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[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / SequenceSet.java
index a915d94..f08b225 100644 (file)
@@ -2,10 +2,9 @@
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+// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:41 PM BST 
 //
 
-
 package jalview.xml.binding.jalview;
 
 import java.util.ArrayList;
@@ -17,11 +16,13 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
-
 /**
- * <p>Java class for anonymous complex type.
+ * <p>
+ * Java class for anonymous complex type.
  * 
- * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+ * <p>
+ * The following schema fragment specifies the expected content contained within
+ * this class.
  * 
  * <pre>
  * &lt;complexType>
@@ -52,267 +53,282 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  * 
  */
 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-@XmlType(name = "", propOrder = {
-    "sequence",
-    "annotation",
-    "sequenceSetProperties",
-    "alcodonFrame"
-})
+@XmlType(
+  name = "",
+  propOrder =
+  { "sequence", "annotation", "sequenceSetProperties", "alcodonFrame" })
 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
-public class SequenceSet {
+public class SequenceSet
+{
 
-    @XmlElement(name = "Sequence")
-    protected List<Sequence> sequence;
-    @XmlElement(name = "Annotation")
-    protected List<Annotation> annotation;
-    protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
-    @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
-    protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
-    @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
-    protected String gapChar;
-    @XmlAttribute(name = "datasetId")
-    protected String datasetId;
+  @XmlElement(name = "Sequence")
+  protected List<Sequence> sequence;
 
-    /**
-     * Gets the value of the sequence property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequence property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getSequence().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link Sequence }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<Sequence> getSequence() {
-        if (sequence == null) {
-            sequence = new ArrayList<Sequence>();
-        }
-        return this.sequence;
+  @XmlElement(name = "Annotation")
+  protected List<Annotation> annotation;
+
+  protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
+
+  @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
+  protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
+
+  @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
+  protected String gapChar;
+
+  @XmlAttribute(name = "datasetId")
+  protected String datasetId;
+
+  /**
+   * Gets the value of the sequence property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the sequence property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getSequence().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Sequence }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<Sequence> getSequence()
+  {
+    if (sequence == null)
+    {
+      sequence = new ArrayList<Sequence>();
     }
+    return this.sequence;
+  }
 
-    /**
-     * Gets the value of the annotation property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotation property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getAnnotation().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link Annotation }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<Annotation> getAnnotation() {
-        if (annotation == null) {
-            annotation = new ArrayList<Annotation>();
-        }
-        return this.annotation;
+  /**
+   * Gets the value of the annotation property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the annotation property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getAnnotation().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Annotation
+   * }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<Annotation> getAnnotation()
+  {
+    if (annotation == null)
+    {
+      annotation = new ArrayList<Annotation>();
     }
+    return this.annotation;
+  }
 
-    /**
-     * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequenceSetProperties property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getSequenceSetProperties().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties() {
-        if (sequenceSetProperties == null) {
-            sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
-        }
-        return this.sequenceSetProperties;
+  /**
+   * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the sequenceSetProperties property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getSequenceSetProperties().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties()
+  {
+    if (sequenceSetProperties == null)
+    {
+      sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
     }
+    return this.sequenceSetProperties;
+  }
 
-    /**
-     * Gets the value of the alcodonFrame property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the alcodonFrame property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getAlcodonFrame().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link AlcodonFrame }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame() {
-        if (alcodonFrame == null) {
-            alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
-        }
-        return this.alcodonFrame;
+  /**
+   * Gets the value of the alcodonFrame property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the alcodonFrame property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getAlcodonFrame().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link AlcodonFrame }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame()
+  {
+    if (alcodonFrame == null)
+    {
+      alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
     }
+    return this.alcodonFrame;
+  }
+
+  /**
+   * Gets the value of the gapChar property.
+   * 
+   * @return possible object is {@link String }
+   * 
+   */
+  public String getGapChar()
+  {
+    return gapChar;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of the gapChar property.
+   * 
+   * @param value
+   *          allowed object is {@link String }
+   * 
+   */
+  public void setGapChar(String value)
+  {
+    this.gapChar = value;
+  }
+
+  /**
+   * Gets the value of the datasetId property.
+   * 
+   * @return possible object is {@link String }
+   * 
+   */
+  public String getDatasetId()
+  {
+    return datasetId;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of the datasetId property.
+   * 
+   * @param value
+   *          allowed object is {@link String }
+   * 
+   */
+  public void setDatasetId(String value)
+  {
+    this.datasetId = value;
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;complexContent>
+   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+   *       &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+   *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+   *     &lt;/restriction>
+   *   &lt;/complexContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "")
+  public static class SequenceSetProperties
+  {
+
+    @XmlAttribute(name = "key")
+    protected String key;
+
+    @XmlAttribute(name = "value")
+    protected String value;
 
     /**
-     * Gets the value of the gapChar property.
+     * Gets the value of the key property.
+     * 
+     * @return possible object is {@link String }
      * 
-     * @return
-     *     possible object is
-     *     {@link String }
-     *     
      */
-    public String getGapChar() {
-        return gapChar;
+    public String getKey()
+    {
+      return key;
     }
 
     /**
-     * Sets the value of the gapChar property.
+     * Sets the value of the key property.
      * 
      * @param value
-     *     allowed object is
-     *     {@link String }
-     *     
-     */
-    public void setGapChar(String value) {
-        this.gapChar = value;
-    }
-
-    /**
-     * Gets the value of the datasetId property.
+     *          allowed object is {@link String }
      * 
-     * @return
-     *     possible object is
-     *     {@link String }
-     *     
      */
-    public String getDatasetId() {
-        return datasetId;
+    public void setKey(String value)
+    {
+      this.key = value;
     }
 
     /**
-     * Sets the value of the datasetId property.
+     * Gets the value of the value property.
+     * 
+     * @return possible object is {@link String }
      * 
-     * @param value
-     *     allowed object is
-     *     {@link String }
-     *     
      */
-    public void setDatasetId(String value) {
-        this.datasetId = value;
+    public String getValue()
+    {
+      return value;
     }
 
-
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
-     * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
-     * 
-     * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;complexContent>
-     *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-     *       &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-     *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-     *     &lt;/restriction>
-     *   &lt;/complexContent>
-     * &lt;/complexType>
-     * </pre>
+     * Sets the value of the value property.
      * 
+     * @param value
+     *          allowed object is {@link String }
      * 
      */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "")
-    public static class SequenceSetProperties {
-
-        @XmlAttribute(name = "key")
-        protected String key;
-        @XmlAttribute(name = "value")
-        protected String value;
-
-        /**
-         * Gets the value of the key property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getKey() {
-            return key;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the key property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setKey(String value) {
-            this.key = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the value property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getValue() {
-            return value;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the value property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setValue(String value) {
-            this.value = value;
-        }
-
+    public void setValue(String value)
+    {
+      this.value = value;
     }
 
+  }
+
 }