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JAL-4124 matrix is saved in dataset, with forward references made from alignments
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / SequenceSet.java
diff --git a/src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java b/src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
index 78df533..ce80b9c 100644 (file)
--- a/src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
@@ -1,8 +1,8 @@
 //
-// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
-// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
+// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
+// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2023.08.28 at 01:52:46 PM BST 
+// Generated on: 2023.09.01 at 02:16:11 PM BST 
 //
 
 
@@ -19,36 +19,36 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
 
 /**
- * <p>Java class for anonymous complex type.
+ * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  * 
- * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+ * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  * 
- * <pre>
- * &lt;complexType>
- *   &lt;complexContent>
- *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *       &lt;sequence>
- *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element name="sequenceSetProperties" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
- *           &lt;complexType>
- *             &lt;complexContent>
- *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
- *                 &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *               &lt;/restriction>
- *             &lt;/complexContent>
- *           &lt;/complexType>
- *         &lt;/element>
- *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *         &lt;element name="Matrices" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
- *       &lt;/sequence>
- *       &lt;attribute name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *       &lt;attribute name="datasetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
- *     &lt;/restriction>
- *   &lt;/complexContent>
- * &lt;/complexType>
- * </pre>
+ * &lt;pre&gt;
+ * &amp;lt;complexType&amp;gt;
+ *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element name="sequenceSetProperties" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
+ *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
+ *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+ *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+ *                 &amp;lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *                 &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
+ *         &amp;lt;/element&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
+ *         &amp;lt;element name="Matrix" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
+ *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *       &amp;lt;attribute name="datasetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+ *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+ *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+ * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
+ * &lt;/pre&gt;
  * 
  * 
  */
@@ -58,7 +58,7 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
     "annotation",
     "sequenceSetProperties",
     "alcodonFrame",
-    "matrices"
+    "matrix"
 })
 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
 public class SequenceSet {
@@ -70,8 +70,8 @@ public class SequenceSet {
     protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
     @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
     protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
-    @XmlElement(name = "Matrices")
-    protected List<MatrixType> matrices;
+    @XmlElement(name = "Matrix")
+    protected List<MatrixType> matrix;
     @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
     protected String gapChar;
     @XmlAttribute(name = "datasetId")
@@ -80,20 +80,20 @@ public class SequenceSet {
     /**
      * Gets the value of the sequence property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequence property.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequence property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
+     * &lt;pre&gt;
      *    getSequence().add(newItem);
-     * </pre>
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link Sequence }
      * 
@@ -109,20 +109,20 @@ public class SequenceSet {
     /**
      * Gets the value of the annotation property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotation property.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotation property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
+     * &lt;pre&gt;
      *    getAnnotation().add(newItem);
-     * </pre>
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link Annotation }
      * 
@@ -138,20 +138,20 @@ public class SequenceSet {
     /**
      * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequenceSetProperties property.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequenceSetProperties property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
+     * &lt;pre&gt;
      *    getSequenceSetProperties().add(newItem);
-     * </pre>
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
      * 
@@ -167,20 +167,20 @@ public class SequenceSet {
     /**
      * Gets the value of the alcodonFrame property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the alcodonFrame property.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodonFrame property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
+     * &lt;pre&gt;
      *    getAlcodonFrame().add(newItem);
-     * </pre>
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link AlcodonFrame }
      * 
@@ -194,32 +194,32 @@ public class SequenceSet {
     }
 
     /**
-     * Gets the value of the matrices property.
+     * Gets the value of the matrix property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the matrices property.
+     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the matrix property.
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getMatrices().add(newItem);
-     * </pre>
+     * &lt;pre&gt;
+     *    getMatrix().add(newItem);
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
-     * <p>
+     * &lt;p&gt;
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link MatrixType }
      * 
      * 
      */
-    public List<MatrixType> getMatrices() {
-        if (matrices == null) {
-            matrices = new ArrayList<MatrixType>();
+    public List<MatrixType> getMatrix() {
+        if (matrix == null) {
+            matrix = new ArrayList<MatrixType>();
         }
-        return this.matrices;
+        return this.matrix;
     }
 
     /**
@@ -272,20 +272,20 @@ public class SequenceSet {
 
 
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
-     * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
-     * 
-     * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;complexContent>
-     *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-     *       &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-     *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-     *     &lt;/restriction>
-     *   &lt;/complexContent>
-     * &lt;/complexType>
-     * </pre>
+     * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+     * 
+     * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * 
+     * &lt;pre&gt;
+     * &amp;lt;complexType&amp;gt;
+     *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
+     *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
+     *       &amp;lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+     *       &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
+     *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
+     *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
+     * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
+     * &lt;/pre&gt;
      * 
      * 
      */