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[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / uniprot / IsoformType.java
index ea55664..c3f1d0a 100644 (file)
@@ -2,10 +2,9 @@
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+// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:42 PM BST 
 //
 
-
 package jalview.xml.binding.uniprot;
 
 import java.util.ArrayList;
@@ -17,13 +16,15 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
 
-
 /**
  * Describes isoforms in 'alternative products' annotations.
  * 
- * <p>Java class for isoformType complex type.
+ * <p>
+ * Java class for isoformType complex type.
  * 
- * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+ * <p>
+ * The following schema fragment specifies the expected content contained within
+ * this class.
  * 
  * <pre>
  * &lt;complexType name="isoformType">
@@ -69,302 +70,316 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  * 
  */
 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-@XmlType(name = "isoformType", propOrder = {
-    "id",
-    "name",
-    "sequence",
-    "text"
-})
-public class IsoformType {
+@XmlType(
+  name = "isoformType",
+  propOrder =
+  { "id", "name", "sequence", "text" })
+public class IsoformType
+{
 
-    @XmlElement(required = true)
-    protected List<String> id;
-    @XmlElement(required = true)
-    protected List<IsoformType.Name> name;
-    @XmlElement(required = true)
-    protected IsoformType.Sequence sequence;
-    protected List<EvidencedStringType> text;
+  @XmlElement(required = true)
+  protected List<String> id;
 
-    /**
-     * Gets the value of the id property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the id property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getId().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link String }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<String> getId() {
-        if (id == null) {
-            id = new ArrayList<String>();
-        }
-        return this.id;
+  @XmlElement(required = true)
+  protected List<IsoformType.Name> name;
+
+  @XmlElement(required = true)
+  protected IsoformType.Sequence sequence;
+
+  protected List<EvidencedStringType> text;
+
+  /**
+   * Gets the value of the id property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the id property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getId().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<String> getId()
+  {
+    if (id == null)
+    {
+      id = new ArrayList<String>();
     }
+    return this.id;
+  }
 
-    /**
-     * Gets the value of the name property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the name property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getName().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link IsoformType.Name }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<IsoformType.Name> getName() {
-        if (name == null) {
-            name = new ArrayList<IsoformType.Name>();
-        }
-        return this.name;
+  /**
+   * Gets the value of the name property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the name property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getName().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link IsoformType.Name }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<IsoformType.Name> getName()
+  {
+    if (name == null)
+    {
+      name = new ArrayList<IsoformType.Name>();
+    }
+    return this.name;
+  }
+
+  /**
+   * Gets the value of the sequence property.
+   * 
+   * @return possible object is {@link IsoformType.Sequence }
+   * 
+   */
+  public IsoformType.Sequence getSequence()
+  {
+    return sequence;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of the sequence property.
+   * 
+   * @param value
+   *          allowed object is {@link IsoformType.Sequence }
+   * 
+   */
+  public void setSequence(IsoformType.Sequence value)
+  {
+    this.sequence = value;
+  }
+
+  /**
+   * Gets the value of the text property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the text property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getText().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link EvidencedStringType }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<EvidencedStringType> getText()
+  {
+    if (text == null)
+    {
+      text = new ArrayList<EvidencedStringType>();
     }
+    return this.text;
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;simpleContent>
+   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+   *     &lt;/extension>
+   *   &lt;/simpleContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
+  public static class Name
+  {
+
+    @XmlValue
+    protected String value;
+
+    @XmlAttribute(name = "evidence")
+    protected List<Integer> evidence;
 
     /**
-     * Gets the value of the sequence property.
+     * Gets the value of the value property.
+     * 
+     * @return possible object is {@link String }
      * 
-     * @return
-     *     possible object is
-     *     {@link IsoformType.Sequence }
-     *     
      */
-    public IsoformType.Sequence getSequence() {
-        return sequence;
+    public String getValue()
+    {
+      return value;
     }
 
     /**
-     * Sets the value of the sequence property.
+     * Sets the value of the value property.
      * 
      * @param value
-     *     allowed object is
-     *     {@link IsoformType.Sequence }
-     *     
+     *          allowed object is {@link String }
+     * 
      */
-    public void setSequence(IsoformType.Sequence value) {
-        this.sequence = value;
+    public void setValue(String value)
+    {
+      this.value = value;
     }
 
     /**
-     * Gets the value of the text property.
+     * Gets the value of the evidence property.
      * 
      * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the text property.
+     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
+     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
+     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
+     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
      * 
      * <p>
      * For example, to add a new item, do as follows:
+     * 
      * <pre>
-     *    getText().add(newItem);
+     * getEvidence().add(newItem);
      * </pre>
      * 
      * 
      * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link EvidencedStringType }
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
      * 
      * 
      */
-    public List<EvidencedStringType> getText() {
-        if (text == null) {
-            text = new ArrayList<EvidencedStringType>();
-        }
-        return this.text;
+    public List<Integer> getEvidence()
+    {
+      if (evidence == null)
+      {
+        evidence = new ArrayList<Integer>();
+      }
+      return this.evidence;
     }
 
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;complexContent>
+   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+   *       &lt;attribute name="type" use="required">
+   *         &lt;simpleType>
+   *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
+   *             &lt;enumeration value="not described"/>
+   *             &lt;enumeration value="described"/>
+   *             &lt;enumeration value="displayed"/>
+   *             &lt;enumeration value="external"/>
+   *           &lt;/restriction>
+   *         &lt;/simpleType>
+   *       &lt;/attribute>
+   *       &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+   *     &lt;/restriction>
+   *   &lt;/complexContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "")
+  public static class Sequence
+  {
+
+    @XmlAttribute(name = "type", required = true)
+    protected String type;
+
+    @XmlAttribute(name = "ref")
+    protected String ref;
 
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
+     * Gets the value of the type property.
      * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * @return possible object is {@link String }
      * 
-     * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;simpleContent>
-     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-     *     &lt;/extension>
-     *   &lt;/simpleContent>
-     * &lt;/complexType>
-     * </pre>
+     */
+    public String getType()
+    {
+      return type;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of the type property.
      * 
+     * @param value
+     *          allowed object is {@link String }
      * 
      */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "", propOrder = {
-        "value"
-    })
-    public static class Name {
-
-        @XmlValue
-        protected String value;
-        @XmlAttribute(name = "evidence")
-        protected List<Integer> evidence;
-
-        /**
-         * Gets the value of the value property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getValue() {
-            return value;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the value property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setValue(String value) {
-            this.value = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * This accessor method returns a reference to the live list,
-         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-         * returned list will be present inside the JAXB object.
-         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * For example, to add a new item, do as follows:
-         * <pre>
-         *    getEvidence().add(newItem);
-         * </pre>
-         * 
-         * 
-         * <p>
-         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-         * {@link Integer }
-         * 
-         * 
-         */
-        public List<Integer> getEvidence() {
-            if (evidence == null) {
-                evidence = new ArrayList<Integer>();
-            }
-            return this.evidence;
-        }
-
+    public void setType(String value)
+    {
+      this.type = value;
     }
 
-
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
+     * Gets the value of the ref property.
      * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * @return possible object is {@link String }
      * 
-     * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;complexContent>
-     *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-     *       &lt;attribute name="type" use="required">
-     *         &lt;simpleType>
-     *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
-     *             &lt;enumeration value="not described"/>
-     *             &lt;enumeration value="described"/>
-     *             &lt;enumeration value="displayed"/>
-     *             &lt;enumeration value="external"/>
-     *           &lt;/restriction>
-     *         &lt;/simpleType>
-     *       &lt;/attribute>
-     *       &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
-     *     &lt;/restriction>
-     *   &lt;/complexContent>
-     * &lt;/complexType>
-     * </pre>
+     */
+    public String getRef()
+    {
+      return ref;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of the ref property.
      * 
+     * @param value
+     *          allowed object is {@link String }
      * 
      */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "")
-    public static class Sequence {
-
-        @XmlAttribute(name = "type", required = true)
-        protected String type;
-        @XmlAttribute(name = "ref")
-        protected String ref;
-
-        /**
-         * Gets the value of the type property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getType() {
-            return type;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the type property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setType(String value) {
-            this.type = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the ref property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getRef() {
-            return ref;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the ref property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setRef(String value) {
-            this.ref = value;
-        }
-
+    public void setRef(String value)
+    {
+      this.ref = value;
     }
 
+  }
+
 }