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[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / uniprot / OrganismType.java
index bb76add..b053df8 100644 (file)
@@ -2,10 +2,9 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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-// Generated on: 2023.03.17 at 05:31:46 PM GMT 
+// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:42 PM BST 
 //
 
-
 package jalview.xml.binding.uniprot;
 
 import java.util.ArrayList;
@@ -16,13 +15,15 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
-
 /**
  * Describes the source organism.
  * 
- * <p>Java class for organismType complex type.
+ * <p>
+ * Java class for organismType complex type.
  * 
- * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+ * <p>
+ * The following schema fragment specifies the expected content contained within
+ * this class.
  * 
  * <pre>
  * &lt;complexType name="organismType">
@@ -52,190 +53,203 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  * 
  */
 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-@XmlType(name = "organismType", propOrder = {
-    "name",
-    "dbReference",
-    "lineage"
-})
-public class OrganismType {
-
-    @XmlElement(required = true)
-    protected List<OrganismNameType> name;
-    @XmlElement(required = true)
-    protected List<DbReferenceType> dbReference;
-    protected OrganismType.Lineage lineage;
-    @XmlAttribute(name = "evidence")
-    protected List<Integer> evidence;
-
-    /**
-     * Gets the value of the name property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the name property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getName().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link OrganismNameType }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<OrganismNameType> getName() {
-        if (name == null) {
-            name = new ArrayList<OrganismNameType>();
-        }
-        return this.name;
+@XmlType(
+  name = "organismType",
+  propOrder =
+  { "name", "dbReference", "lineage" })
+public class OrganismType
+{
+
+  @XmlElement(required = true)
+  protected List<OrganismNameType> name;
+
+  @XmlElement(required = true)
+  protected List<DbReferenceType> dbReference;
+
+  protected OrganismType.Lineage lineage;
+
+  @XmlAttribute(name = "evidence")
+  protected List<Integer> evidence;
+
+  /**
+   * Gets the value of the name property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the name property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getName().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link OrganismNameType }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<OrganismNameType> getName()
+  {
+    if (name == null)
+    {
+      name = new ArrayList<OrganismNameType>();
     }
-
-    /**
-     * Gets the value of the dbReference property.
-     * 
-     * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the dbReference property.
-     * 
-     * <p>
-     * For example, to add a new item, do as follows:
-     * <pre>
-     *    getDbReference().add(newItem);
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link DbReferenceType }
-     * 
-     * 
-     */
-    public List<DbReferenceType> getDbReference() {
-        if (dbReference == null) {
-            dbReference = new ArrayList<DbReferenceType>();
-        }
-        return this.dbReference;
+    return this.name;
+  }
+
+  /**
+   * Gets the value of the dbReference property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the dbReference property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getDbReference().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link DbReferenceType }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<DbReferenceType> getDbReference()
+  {
+    if (dbReference == null)
+    {
+      dbReference = new ArrayList<DbReferenceType>();
     }
-
-    /**
-     * Gets the value of the lineage property.
-     * 
-     * @return
-     *     possible object is
-     *     {@link OrganismType.Lineage }
-     *     
-     */
-    public OrganismType.Lineage getLineage() {
-        return lineage;
+    return this.dbReference;
+  }
+
+  /**
+   * Gets the value of the lineage property.
+   * 
+   * @return possible object is {@link OrganismType.Lineage }
+   * 
+   */
+  public OrganismType.Lineage getLineage()
+  {
+    return lineage;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of the lineage property.
+   * 
+   * @param value
+   *          allowed object is {@link OrganismType.Lineage }
+   * 
+   */
+  public void setLineage(OrganismType.Lineage value)
+  {
+    this.lineage = value;
+  }
+
+  /**
+   * Gets the value of the evidence property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the evidence property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getEvidence().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<Integer> getEvidence()
+  {
+    if (evidence == null)
+    {
+      evidence = new ArrayList<Integer>();
     }
+    return this.evidence;
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;complexContent>
+   *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+   *       &lt;sequence>
+   *         &lt;element name="taxon" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
+   *       &lt;/sequence>
+   *     &lt;/restriction>
+   *   &lt;/complexContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "", propOrder = { "taxon" })
+  public static class Lineage
+  {
 
-    /**
-     * Sets the value of the lineage property.
-     * 
-     * @param value
-     *     allowed object is
-     *     {@link OrganismType.Lineage }
-     *     
-     */
-    public void setLineage(OrganismType.Lineage value) {
-        this.lineage = value;
-    }
+    @XmlElement(required = true)
+    protected List<String> taxon;
 
     /**
-     * Gets the value of the evidence property.
+     * Gets the value of the taxon property.
      * 
      * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
+     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
+     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
+     * <CODE>set</CODE> method for the taxon property.
      * 
      * <p>
      * For example, to add a new item, do as follows:
+     * 
      * <pre>
-     *    getEvidence().add(newItem);
+     * getTaxon().add(newItem);
      * </pre>
      * 
      * 
      * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link Integer }
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
      * 
      * 
      */
-    public List<Integer> getEvidence() {
-        if (evidence == null) {
-            evidence = new ArrayList<Integer>();
-        }
-        return this.evidence;
+    public List<String> getTaxon()
+    {
+      if (taxon == null)
+      {
+        taxon = new ArrayList<String>();
+      }
+      return this.taxon;
     }
 
-
-    /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
-     * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
-     * 
-     * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;complexContent>
-     *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
-     *       &lt;sequence>
-     *         &lt;element name="taxon" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
-     *       &lt;/sequence>
-     *     &lt;/restriction>
-     *   &lt;/complexContent>
-     * &lt;/complexType>
-     * </pre>
-     * 
-     * 
-     */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "", propOrder = {
-        "taxon"
-    })
-    public static class Lineage {
-
-        @XmlElement(required = true)
-        protected List<String> taxon;
-
-        /**
-         * Gets the value of the taxon property.
-         * 
-         * <p>
-         * This accessor method returns a reference to the live list,
-         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-         * returned list will be present inside the JAXB object.
-         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the taxon property.
-         * 
-         * <p>
-         * For example, to add a new item, do as follows:
-         * <pre>
-         *    getTaxon().add(newItem);
-         * </pre>
-         * 
-         * 
-         * <p>
-         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-         * {@link String }
-         * 
-         * 
-         */
-        public List<String> getTaxon() {
-            if (taxon == null) {
-                taxon = new ArrayList<String>();
-            }
-            return this.taxon;
-        }
-
-    }
+  }
 
 }