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[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / uniprot / SourceDataType.java
index 9796260..4c92560 100644 (file)
@@ -2,10 +2,9 @@
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+// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:42 PM BST 
 //
 
-
 package jalview.xml.binding.uniprot;
 
 import java.util.ArrayList;
@@ -18,14 +17,16 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlElements;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
 
-
 /**
- * Describes the source of the sequence according to the citation.
- *             Equivalent to the flat file RC-line.
+ * Describes the source of the sequence according to the citation. Equivalent to
+ * the flat file RC-line.
  * 
- * <p>Java class for sourceDataType complex type.
+ * <p>
+ * Java class for sourceDataType complex type.
  * 
- * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+ * <p>
+ * The following schema fragment specifies the expected content contained within
+ * this class.
  * 
  * <pre>
  * &lt;complexType name="sourceDataType">
@@ -77,385 +78,401 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  * 
  */
 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-@XmlType(name = "sourceDataType", propOrder = {
-    "strainOrPlasmidOrTransposon"
-})
-public class SourceDataType {
-
-    @XmlElements({
-        @XmlElement(name = "strain", type = SourceDataType.Strain.class),
-        @XmlElement(name = "plasmid", type = SourceDataType.Plasmid.class),
-        @XmlElement(name = "transposon", type = SourceDataType.Transposon.class),
-        @XmlElement(name = "tissue", type = SourceDataType.Tissue.class)
-    })
-    protected List<Object> strainOrPlasmidOrTransposon;
+@XmlType(
+  name = "sourceDataType",
+  propOrder =
+  { "strainOrPlasmidOrTransposon" })
+public class SourceDataType
+{
+
+  @XmlElements({
+      @XmlElement(name = "strain", type = SourceDataType.Strain.class),
+      @XmlElement(name = "plasmid", type = SourceDataType.Plasmid.class),
+      @XmlElement(
+        name = "transposon",
+        type = SourceDataType.Transposon.class),
+      @XmlElement(name = "tissue", type = SourceDataType.Tissue.class) })
+  protected List<Object> strainOrPlasmidOrTransposon;
+
+  /**
+   * Gets the value of the strainOrPlasmidOrTransposon property.
+   * 
+   * <p>
+   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
+   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
+   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
+   * for the strainOrPlasmidOrTransposon property.
+   * 
+   * <p>
+   * For example, to add a new item, do as follows:
+   * 
+   * <pre>
+   * getStrainOrPlasmidOrTransposon().add(newItem);
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   * <p>
+   * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+   * {@link SourceDataType.Strain } {@link SourceDataType.Plasmid }
+   * {@link SourceDataType.Transposon } {@link SourceDataType.Tissue }
+   * 
+   * 
+   */
+  public List<Object> getStrainOrPlasmidOrTransposon()
+  {
+    if (strainOrPlasmidOrTransposon == null)
+    {
+      strainOrPlasmidOrTransposon = new ArrayList<Object>();
+    }
+    return this.strainOrPlasmidOrTransposon;
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;simpleContent>
+   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+   *     &lt;/extension>
+   *   &lt;/simpleContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
+  public static class Plasmid
+  {
+
+    @XmlValue
+    protected String value;
+
+    @XmlAttribute(name = "evidence")
+    protected List<Integer> evidence;
+
+    /**
+     * Gets the value of the value property.
+     * 
+     * @return possible object is {@link String }
+     * 
+     */
+    public String getValue()
+    {
+      return value;
+    }
 
     /**
-     * Gets the value of the strainOrPlasmidOrTransposon property.
+     * Sets the value of the value property.
+     * 
+     * @param value
+     *          allowed object is {@link String }
+     * 
+     */
+    public void setValue(String value)
+    {
+      this.value = value;
+    }
+
+    /**
+     * Gets the value of the evidence property.
      * 
      * <p>
-     * This accessor method returns a reference to the live list,
-     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-     * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the strainOrPlasmidOrTransposon property.
+     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
+     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
+     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
+     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
      * 
      * <p>
      * For example, to add a new item, do as follows:
+     * 
      * <pre>
-     *    getStrainOrPlasmidOrTransposon().add(newItem);
+     * getEvidence().add(newItem);
      * </pre>
      * 
      * 
      * <p>
-     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link SourceDataType.Strain }
-     * {@link SourceDataType.Plasmid }
-     * {@link SourceDataType.Transposon }
-     * {@link SourceDataType.Tissue }
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
      * 
      * 
      */
-    public List<Object> getStrainOrPlasmidOrTransposon() {
-        if (strainOrPlasmidOrTransposon == null) {
-            strainOrPlasmidOrTransposon = new ArrayList<Object>();
-        }
-        return this.strainOrPlasmidOrTransposon;
+    public List<Integer> getEvidence()
+    {
+      if (evidence == null)
+      {
+        evidence = new ArrayList<Integer>();
+      }
+      return this.evidence;
     }
 
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;simpleContent>
+   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+   *     &lt;/extension>
+   *   &lt;/simpleContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
+  public static class Strain
+  {
+
+    @XmlValue
+    protected String value;
+
+    @XmlAttribute(name = "evidence")
+    protected List<Integer> evidence;
 
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
+     * Gets the value of the value property.
      * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * @return possible object is {@link String }
      * 
-     * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;simpleContent>
-     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-     *     &lt;/extension>
-     *   &lt;/simpleContent>
-     * &lt;/complexType>
-     * </pre>
+     */
+    public String getValue()
+    {
+      return value;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of the value property.
      * 
+     * @param value
+     *          allowed object is {@link String }
      * 
      */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "", propOrder = {
-        "value"
-    })
-    public static class Plasmid {
-
-        @XmlValue
-        protected String value;
-        @XmlAttribute(name = "evidence")
-        protected List<Integer> evidence;
-
-        /**
-         * Gets the value of the value property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getValue() {
-            return value;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the value property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setValue(String value) {
-            this.value = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * This accessor method returns a reference to the live list,
-         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-         * returned list will be present inside the JAXB object.
-         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * For example, to add a new item, do as follows:
-         * <pre>
-         *    getEvidence().add(newItem);
-         * </pre>
-         * 
-         * 
-         * <p>
-         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-         * {@link Integer }
-         * 
-         * 
-         */
-        public List<Integer> getEvidence() {
-            if (evidence == null) {
-                evidence = new ArrayList<Integer>();
-            }
-            return this.evidence;
-        }
-
+    public void setValue(String value)
+    {
+      this.value = value;
     }
 
-
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
+     * Gets the value of the evidence property.
      * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * <p>
+     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
+     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
+     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
+     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+     * 
+     * <p>
+     * For example, to add a new item, do as follows:
      * 
      * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;simpleContent>
-     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-     *     &lt;/extension>
-     *   &lt;/simpleContent>
-     * &lt;/complexType>
+     * getEvidence().add(newItem);
      * </pre>
      * 
      * 
+     * <p>
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
+     * 
+     * 
      */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "", propOrder = {
-        "value"
-    })
-    public static class Strain {
-
-        @XmlValue
-        protected String value;
-        @XmlAttribute(name = "evidence")
-        protected List<Integer> evidence;
-
-        /**
-         * Gets the value of the value property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getValue() {
-            return value;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the value property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setValue(String value) {
-            this.value = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * This accessor method returns a reference to the live list,
-         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-         * returned list will be present inside the JAXB object.
-         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * For example, to add a new item, do as follows:
-         * <pre>
-         *    getEvidence().add(newItem);
-         * </pre>
-         * 
-         * 
-         * <p>
-         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-         * {@link Integer }
-         * 
-         * 
-         */
-        public List<Integer> getEvidence() {
-            if (evidence == null) {
-                evidence = new ArrayList<Integer>();
-            }
-            return this.evidence;
-        }
+    public List<Integer> getEvidence()
+    {
+      if (evidence == null)
+      {
+        evidence = new ArrayList<Integer>();
+      }
+      return this.evidence;
+    }
+
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;simpleContent>
+   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+   *     &lt;/extension>
+   *   &lt;/simpleContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
+  public static class Tissue
+  {
+
+    @XmlValue
+    protected String value;
+
+    @XmlAttribute(name = "evidence")
+    protected List<Integer> evidence;
 
+    /**
+     * Gets the value of the value property.
+     * 
+     * @return possible object is {@link String }
+     * 
+     */
+    public String getValue()
+    {
+      return value;
     }
 
+    /**
+     * Sets the value of the value property.
+     * 
+     * @param value
+     *          allowed object is {@link String }
+     * 
+     */
+    public void setValue(String value)
+    {
+      this.value = value;
+    }
 
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
+     * Gets the value of the evidence property.
      * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * <p>
+     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
+     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
+     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
+     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+     * 
+     * <p>
+     * For example, to add a new item, do as follows:
      * 
      * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;simpleContent>
-     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-     *     &lt;/extension>
-     *   &lt;/simpleContent>
-     * &lt;/complexType>
+     * getEvidence().add(newItem);
      * </pre>
      * 
      * 
+     * <p>
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
+     * 
+     * 
      */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "", propOrder = {
-        "value"
-    })
-    public static class Tissue {
-
-        @XmlValue
-        protected String value;
-        @XmlAttribute(name = "evidence")
-        protected List<Integer> evidence;
-
-        /**
-         * Gets the value of the value property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getValue() {
-            return value;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the value property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setValue(String value) {
-            this.value = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * This accessor method returns a reference to the live list,
-         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-         * returned list will be present inside the JAXB object.
-         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * For example, to add a new item, do as follows:
-         * <pre>
-         *    getEvidence().add(newItem);
-         * </pre>
-         * 
-         * 
-         * <p>
-         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-         * {@link Integer }
-         * 
-         * 
-         */
-        public List<Integer> getEvidence() {
-            if (evidence == null) {
-                evidence = new ArrayList<Integer>();
-            }
-            return this.evidence;
-        }
+    public List<Integer> getEvidence()
+    {
+      if (evidence == null)
+      {
+        evidence = new ArrayList<Integer>();
+      }
+      return this.evidence;
+    }
 
+  }
+
+  /**
+   * <p>
+   * Java class for anonymous complex type.
+   * 
+   * <p>
+   * The following schema fragment specifies the expected content contained
+   * within this class.
+   * 
+   * <pre>
+   * &lt;complexType>
+   *   &lt;simpleContent>
+   *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
+   *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
+   *     &lt;/extension>
+   *   &lt;/simpleContent>
+   * &lt;/complexType>
+   * </pre>
+   * 
+   * 
+   */
+  @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
+  @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
+  public static class Transposon
+  {
+
+    @XmlValue
+    protected String value;
+
+    @XmlAttribute(name = "evidence")
+    protected List<Integer> evidence;
+
+    /**
+     * Gets the value of the value property.
+     * 
+     * @return possible object is {@link String }
+     * 
+     */
+    public String getValue()
+    {
+      return value;
     }
 
+    /**
+     * Sets the value of the value property.
+     * 
+     * @param value
+     *          allowed object is {@link String }
+     * 
+     */
+    public void setValue(String value)
+    {
+      this.value = value;
+    }
 
     /**
-     * <p>Java class for anonymous complex type.
+     * Gets the value of the evidence property.
      * 
-     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * <p>
+     * This accessor method returns a reference to the live list, not a
+     * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
+     * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
+     * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
+     * 
+     * <p>
+     * For example, to add a new item, do as follows:
      * 
      * <pre>
-     * &lt;complexType>
-     *   &lt;simpleContent>
-     *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
-     *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
-     *     &lt;/extension>
-     *   &lt;/simpleContent>
-     * &lt;/complexType>
+     * getEvidence().add(newItem);
      * </pre>
      * 
      * 
+     * <p>
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
+     * 
+     * 
      */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "", propOrder = {
-        "value"
-    })
-    public static class Transposon {
-
-        @XmlValue
-        protected String value;
-        @XmlAttribute(name = "evidence")
-        protected List<Integer> evidence;
-
-        /**
-         * Gets the value of the value property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getValue() {
-            return value;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the value property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setValue(String value) {
-            this.value = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * This accessor method returns a reference to the live list,
-         * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
-         * returned list will be present inside the JAXB object.
-         * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
-         * 
-         * <p>
-         * For example, to add a new item, do as follows:
-         * <pre>
-         *    getEvidence().add(newItem);
-         * </pre>
-         * 
-         * 
-         * <p>
-         * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-         * {@link Integer }
-         * 
-         * 
-         */
-        public List<Integer> getEvidence() {
-            if (evidence == null) {
-                evidence = new ArrayList<Integer>();
-            }
-            return this.evidence;
-        }
-
+    public List<Integer> getEvidence()
+    {
+      if (evidence == null)
+      {
+        evidence = new ArrayList<Integer>();
+      }
+      return this.evidence;
     }
 
+  }
+
 }