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[jalview.git] / src2 / fr / orsay / lri / varna / models / geom / HalfEllipse.java
diff --git a/src2/fr/orsay/lri/varna/models/geom/HalfEllipse.java b/src2/fr/orsay/lri/varna/models/geom/HalfEllipse.java
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index d4155df..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,192 +0,0 @@
-package fr.orsay.lri.varna.models.geom;
-
-
-import java.awt.geom.AffineTransform;
-import java.awt.geom.Point2D;
-
-
-/**
- * Ellipse, with axis = X and Y.
- * This class is useful for constant speed parameterization
- * (just like CubicBezierCurve).
- * The ellipse drawn is in fact an half-ellipse, from 0 to PI.
- * 
- * @author Raphael Champeimont
- */
-public class HalfEllipse {
-       
-       /**
-        * The four points defining the curve.
-        */
-       private double a, b;
-       
-
-       
-       private int n;
-       /**
-        * The number of lines approximating the curve.
-        */
-       public int getN() {
-               return n;
-       }
-       
-       
-       /**
-        * Get the (exact) length of the approximation curve.
-        */
-       public double getApproxCurveLength() {
-               return lengths[n-1];
-       }
-       
-       
-       
-       /**
-        * The n+1 points between the n lines.
-        */
-       private Point2D.Double[] points;
-       
-       
-       
-       /**
-        * Array of length n.
-        * lengths[i] is the sum of lengths of lines up to and including the
-        * line starting at point points[i]. 
-        */
-       private double[] lengths;
-       
-       
-       /**
-        * Array of length n.
-        * The vectors along each line, with a norm of 1.
-        */
-       private Point2D.Double[] unitVectors; 
-       
-       
-       
-       /**
-        * The standard ellipse parameterization.
-        * Argument t must be in [0,1].
-        */
-       public Point2D.Double standardParam(double t) {
-               double x = a*Math.cos(t*Math.PI);
-               double y = b*Math.sin(t*Math.PI);
-               return new Point2D.Double(x, y);
-       }
-       
-       
-       
-
-       
-       /**
-        * Uniform approximated parameterization.
-        * A value in t must be in [0, getApproxCurveLength()].
-        * We have built a function f such that f(t) is the position of
-        * the point on the approximation curve (n straight lines).
-        * The interesting property is that the length of the curve
-        * { f(t), t in [0,l] } is exactly l.
-        * The java function is simply the application of f over each element
-        * of a sorted array, ie. uniformParam(t)[k] = f(t[k]).
-        * Computation time is O(n+m) where n is the number of lines in which
-        * the curve is divided and m is the length of the array given as an
-        * argument. The use of a sorted array instead of m calls to the
-        * function enables us to have a complexity of O(n+m) instead of O(n*m)
-        * because we don't need to search in all the n possible lines for
-        * each value in t (as we know their are in increasing order).
-        */
-       public Point2D.Double[] uniformParam(double[] t) {
-               int m = t.length;
-               Point2D.Double[] result = new Point2D.Double[m];
-               int line = 0;
-               for (int i=0; i<m; i++) {
-                       while ((line<n) && (lengths[line] < t[i])) {
-                               line++;
-                       }
-                       if (line >= n) {
-                               // In theory should not happen, but float computation != math.
-                               line = n-1;
-                       }
-                       if (t[i] < 0) {
-                               throw (new IllegalArgumentException("t[" + i + "] < 0"));
-                       }
-                       // So now we know on which line we are
-                       double lengthOnLine = t[i] - (line != 0 ? lengths[line-1] : 0);
-                       double x = points[line].x + unitVectors[line].x * lengthOnLine;
-                       double y = points[line].y + unitVectors[line].y * lengthOnLine;
-                       result[i] = new Point2D.Double(x, y);
-               }
-               return result;
-       }
-       
-       
-       
-       /**
-        * An ellipse that has axis equal to X and Y axis needs only
-        * two numbers (half-axis lengths) to be defined.
-        * They are resp. a for X axis and b for Y axis.
-        * n = how many line segments we want to cut the curve
-        * (if n is bigger the computation takes longer but the precision is better).
-        * The number of lines must be at least 1.
-        */
-       public HalfEllipse(double a, double b, int n) {
-               this.a = a;
-               this.b = b;
-               this.n = n;
-               if (n < 1) {
-                       throw (new IllegalArgumentException("n must be at least 1"));
-               }
-               computeData();
-       }
-       
-       
-       /**
-        * Returns that affine transform that moves the ellipse
-        * given by this class such that its 0/pi axis matches P0-P1.
-        */
-       public static AffineTransform matchAxisA(Point2D.Double P0, Point2D.Double P1) {
-               double theta = MiscGeom.angleFromVector(P0.x-P1.x, P0.y-P1.y);
-               Point2D.Double mid = new Point2D.Double((P0.x+P1.x)/2, (P0.y+P1.y)/2);
-               AffineTransform transform = new AffineTransform();
-               transform.translate(mid.x, mid.y);
-               transform.rotate(theta);
-               return transform;
-       }
-
-       
-       private void computeData() {
-               points = new Point2D.Double[n+1];
-               for (int k=0; k<=n; k++) {
-                       points[k] = standardParam(((double) k) / n);
-               }
-               
-               lengths = new double[n];
-               unitVectors = new Point2D.Double[n];
-               double sum = 0;
-               for (int i=0; i<n; i++) {
-                       double l = lineLength(points[i], points[i+1]);
-                       double dx = (points[i+1].x - points[i].x) / l;
-                       double dy = (points[i+1].y - points[i].y) / l;
-                       unitVectors[i] = new Point2D.Double(dx, dy);
-                       sum += l;
-                       lengths[i] = sum;
-               }
-               
-
-               
-       }
-       
-       
-       private double lineLength(Point2D.Double P1, Point2D.Double P2) {
-               return P2.distance(P1);
-       }
-       
-       public double getA() {
-               return a;
-       }
-       
-       public double getB() {
-               return b;
-       }
-
-
-       
-}