removes org.json from srcjar
[jalview.git] / srcjar / org / json / XML.java
diff --git a/srcjar/org/json/XML.java b/srcjar/org/json/XML.java
deleted file mode 100644 (file)
index 55362b2..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,683 +0,0 @@
-package org.json;
-
-/*
-Copyright (c) 2015 JSON.org
-
-Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
-of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
-in the Software without restriction, including without limitation the rights
-to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
-copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
-furnished to do so, subject to the following conditions:
-
-The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
-copies or substantial portions of the Software.
-
-The Software shall be used for Good, not Evil.
-
-THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
-IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
-FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
-AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
-LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
-OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
-SOFTWARE.
-*/
-
-import java.io.Reader;
-import java.io.StringReader;
-import java.util.Iterator;
-
-/**
- * This provides static methods to convert an XML text into a JSONObject, and to
- * covert a JSONObject into an XML text.
- * 
- * @author JSON.org
- * @version 2016-08-10
- */
-@SuppressWarnings("boxing")
-public class XML {
-    /** The Character '&'. */
-    public static final Character AMP = '&';
-
-    /** The Character '''. */
-    public static final Character APOS = '\'';
-
-    /** The Character '!'. */
-    public static final Character BANG = '!';
-
-    /** The Character '='. */
-    public static final Character EQ = '=';
-
-    /** The Character '>'. */
-    public static final Character GT = '>';
-
-    /** The Character '<'. */
-    public static final Character LT = '<';
-
-    /** The Character '?'. */
-    public static final Character QUEST = '?';
-
-    /** The Character '"'. */
-    public static final Character QUOT = '"';
-
-    /** The Character '/'. */
-    public static final Character SLASH = '/';
-    
-    /**
-     * Creates an iterator for navigating Code Points in a string instead of
-     * characters. Once Java7 support is dropped, this can be replaced with
-     * <code>
-     * string.codePoints()
-     * </code>
-     * which is available in Java8 and above.
-     * 
-     * @see <a href=
-     *      "http://stackoverflow.com/a/21791059/6030888">http://stackoverflow.com/a/21791059/6030888</a>
-     */
-    private static Iterable<Integer> codePointIterator(final String string) {
-        return new Iterable<Integer>() {
-            @Override
-            public Iterator<Integer> iterator() {
-                return new Iterator<Integer>() {
-                    private int nextIndex = 0;
-                    private int length = string.length();
-
-                    @Override
-                    public boolean hasNext() {
-                        return this.nextIndex < this.length;
-                    }
-
-                    @Override
-                    public Integer next() {
-                        int result = string.codePointAt(this.nextIndex);
-                        this.nextIndex += Character.charCount(result);
-                        return result;
-                    }
-
-                    @Override
-                    public void remove() {
-                        throw new UnsupportedOperationException();
-                    }
-                };
-            }
-        };
-    }
-
-    /**
-     * Replace special characters with XML escapes:
-     * 
-     * <pre>
-     * &amp; <small>(ampersand)</small> is replaced by &amp;amp;
-     * &lt; <small>(less than)</small> is replaced by &amp;lt;
-     * &gt; <small>(greater than)</small> is replaced by &amp;gt;
-     * &quot; <small>(double quote)</small> is replaced by &amp;quot;
-     * &apos; <small>(single quote / apostrophe)</small> is replaced by &amp;apos;
-     * </pre>
-     * 
-     * @param string
-     *            The string to be escaped.
-     * @return The escaped string.
-     */
-    public static String escape(String string) {
-        StringBuilder sb = new StringBuilder(string.length());
-        for (final int cp : codePointIterator(string)) {
-            switch (cp) {
-            case '&':
-                sb.append("&amp;");
-                break;
-            case '<':
-                sb.append("&lt;");
-                break;
-            case '>':
-                sb.append("&gt;");
-                break;
-            case '"':
-                sb.append("&quot;");
-                break;
-            case '\'':
-                sb.append("&apos;");
-                break;
-            default:
-                if (mustEscape(cp)) {
-                    sb.append("&#x");
-                    sb.append(Integer.toHexString(cp));
-                    sb.append(';');
-                } else {
-                    sb.appendCodePoint(cp);
-                }
-            }
-        }
-        return sb.toString();
-    }
-    
-    /**
-     * @param cp code point to test
-     * @return true if the code point is not valid for an XML
-     */
-    private static boolean mustEscape(int cp) {
-        /* Valid range from https://www.w3.org/TR/REC-xml/#charsets
-         * 
-         * #x9 | #xA | #xD | [#x20-#xD7FF] | [#xE000-#xFFFD] | [#x10000-#x10FFFF] 
-         * 
-         * any Unicode character, excluding the surrogate blocks, FFFE, and FFFF. 
-         */
-        // isISOControl is true when (cp >= 0 && cp <= 0x1F) || (cp >= 0x7F && cp <= 0x9F)
-        // all ISO control characters are out of range except tabs and new lines
-        return (Character.isISOControl(cp)
-                && cp != 0x9
-                && cp != 0xA
-                && cp != 0xD
-            ) || !(
-                // valid the range of acceptable characters that aren't control
-                (cp >= 0x20 && cp <= 0xD7FF)
-                || (cp >= 0xE000 && cp <= 0xFFFD)
-                || (cp >= 0x10000 && cp <= 0x10FFFF)
-            )
-        ;
-    }
-
-    /**
-     * Removes XML escapes from the string.
-     * 
-     * @param string
-     *            string to remove escapes from
-     * @return string with converted entities
-     */
-    public static String unescape(String string) {
-        StringBuilder sb = new StringBuilder(string.length());
-        for (int i = 0, length = string.length(); i < length; i++) {
-            char c = string.charAt(i);
-            if (c == '&') {
-                final int semic = string.indexOf(';', i);
-                if (semic > i) {
-                    final String entity = string.substring(i + 1, semic);
-                    sb.append(XMLTokener.unescapeEntity(entity));
-                    // skip past the entity we just parsed.
-                    i += entity.length() + 1;
-                } else {
-                    // this shouldn't happen in most cases since the parser
-                    // errors on unclosed entries.
-                    sb.append(c);
-                }
-            } else {
-                // not part of an entity
-                sb.append(c);
-            }
-        }
-        return sb.toString();
-    }
-
-    /**
-     * Throw an exception if the string contains whitespace. Whitespace is not
-     * allowed in tagNames and attributes.
-     * 
-     * @param string
-     *            A string.
-     * @throws JSONException Thrown if the string contains whitespace or is empty.
-     */
-    public static void noSpace(String string) throws JSONException {
-        int i, length = string.length();
-        if (length == 0) {
-            throw new JSONException("Empty string.");
-        }
-        for (i = 0; i < length; i += 1) {
-            if (Character.isWhitespace(string.charAt(i))) {
-                throw new JSONException("'" + string
-                        + "' contains a space character.");
-            }
-        }
-    }
-
-    /**
-     * Scan the content following the named tag, attaching it to the context.
-     * 
-     * @param x
-     *            The XMLTokener containing the source string.
-     * @param context
-     *            The JSONObject that will include the new material.
-     * @param name
-     *            The tag name.
-     * @return true if the close tag is processed.
-     * @throws JSONException
-     */
-    private static boolean parse(XMLTokener x, JSONObject context, String name, boolean keepStrings)
-            throws JSONException {
-        char c;
-        int i;
-        JSONObject jsonobject = null;
-        String string;
-        String tagName;
-        Object token;
-
-        // Test for and skip past these forms:
-        // <!-- ... -->
-        // <! ... >
-        // <![ ... ]]>
-        // <? ... ?>
-        // Report errors for these forms:
-        // <>
-        // <=
-        // <<
-
-        token = x.nextToken();
-
-        // <!
-
-        if (token == BANG) {
-            c = x.next();
-            if (c == '-') {
-                if (x.next() == '-') {
-                    x.skipPast("-->");
-                    return false;
-                }
-                x.back();
-            } else if (c == '[') {
-                token = x.nextToken();
-                if ("CDATA".equals(token)) {
-                    if (x.next() == '[') {
-                        string = x.nextCDATA();
-                        if (string.length() > 0) {
-                            context.accumulate("content", string);
-                        }
-                        return false;
-                    }
-                }
-                throw x.syntaxError("Expected 'CDATA['");
-            }
-            i = 1;
-            do {
-                token = x.nextMeta();
-                if (token == null) {
-                    throw x.syntaxError("Missing '>' after '<!'.");
-                } else if (token == LT) {
-                    i += 1;
-                } else if (token == GT) {
-                    i -= 1;
-                }
-            } while (i > 0);
-            return false;
-        } else if (token == QUEST) {
-
-            // <?
-            x.skipPast("?>");
-            return false;
-        } else if (token == SLASH) {
-
-            // Close tag </
-
-            token = x.nextToken();
-            if (name == null) {
-                throw x.syntaxError("Mismatched close tag " + token);
-            }
-            if (!token.equals(name)) {
-                throw x.syntaxError("Mismatched " + name + " and " + token);
-            }
-            if (x.nextToken() != GT) {
-                throw x.syntaxError("Misshaped close tag");
-            }
-            return true;
-
-        } else if (token instanceof Character) {
-            throw x.syntaxError("Misshaped tag");
-
-            // Open tag <
-
-        } else {
-            tagName = (String) token;
-            token = null;
-            jsonobject = new JSONObject();
-            for (;;) {
-                if (token == null) {
-                    token = x.nextToken();
-                }
-                // attribute = value
-                if (token instanceof String) {
-                    string = (String) token;
-                    token = x.nextToken();
-                    if (token == EQ) {
-                        token = x.nextToken();
-                        if (!(token instanceof String)) {
-                            throw x.syntaxError("Missing value");
-                        }
-                        jsonobject.accumulate(string,
-                                keepStrings ? ((String)token) : stringToValue((String) token));
-                        token = null;
-                    } else {
-                        jsonobject.accumulate(string, "");
-                    }
-
-
-                } else if (token == SLASH) {
-                    // Empty tag <.../>
-                    if (x.nextToken() != GT) {
-                        throw x.syntaxError("Misshaped tag");
-                    }
-                    if (jsonobject.length() > 0) {
-                        context.accumulate(tagName, jsonobject);
-                    } else {
-                        context.accumulate(tagName, "");
-                    }
-                    return false;
-
-                } else if (token == GT) {
-                    // Content, between <...> and </...>
-                    for (;;) {
-                        token = x.nextContent();
-                        if (token == null) {
-                            if (tagName != null) {
-                                throw x.syntaxError("Unclosed tag " + tagName);
-                            }
-                            return false;
-                        } else if (token instanceof String) {
-                            string = (String) token;
-                            if (string.length() > 0) {
-                                jsonobject.accumulate("content",
-                                        keepStrings ? string : stringToValue(string));
-                            }
-
-                        } else if (token == LT) {
-                            // Nested element
-                            if (parse(x, jsonobject, tagName,keepStrings)) {
-                                if (jsonobject.length() == 0) {
-                                    context.accumulate(tagName, "");
-                                } else if (jsonobject.length() == 1
-                                        && jsonobject.opt("content") != null) {
-                                    context.accumulate(tagName,
-                                            jsonobject.opt("content"));
-                                } else {
-                                    context.accumulate(tagName, jsonobject);
-                                }
-                                return false;
-                            }
-                        }
-                    }
-                } else {
-                    throw x.syntaxError("Misshaped tag");
-                }
-            }
-        }
-    }
-    
-    /**
-     * This method is the same as {@link JSONObject#stringToValue(String)}.
-     * 
-     * @param string String to convert
-     * @return JSON value of this string or the string
-     */
-    // To maintain compatibility with the Android API, this method is a direct copy of
-    // the one in JSONObject. Changes made here should be reflected there.
-    public static Object stringToValue(String string) {
-        if (string.equals("")) {
-            return string;
-        }
-        if (string.equalsIgnoreCase("true")) {
-            return Boolean.TRUE;
-        }
-        if (string.equalsIgnoreCase("false")) {
-            return Boolean.FALSE;
-        }
-        if (string.equalsIgnoreCase("null")) {
-            return JSONObject.NULL;
-        }
-
-        /*
-         * If it might be a number, try converting it. If a number cannot be
-         * produced, then the value will just be a string.
-         */
-
-        char initial = string.charAt(0);
-        if ((initial >= '0' && initial <= '9') || initial == '-') {
-            try {
-                // if we want full Big Number support this block can be replaced with:
-                // return stringToNumber(string);
-                if (string.indexOf('.') > -1 || string.indexOf('e') > -1
-                        || string.indexOf('E') > -1 || "-0".equals(string)) {
-                    Double d = Double.valueOf(string);
-                    if (!d.isInfinite() && !d.isNaN()) {
-                        return d;
-                    }
-                } else {
-                    Long myLong = Long.valueOf(string);
-                    if (string.equals(myLong.toString())) {
-                        if (myLong.longValue() == myLong.intValue()) {
-                            return Integer.valueOf(myLong.intValue());
-                        }
-                        return myLong;
-                    }
-                }
-            } catch (Exception ignore) {
-            }
-        }
-        return string;
-    }
-
-    /**
-     * Convert a well-formed (but not necessarily valid) XML string into a
-     * JSONObject. Some information may be lost in this transformation because
-     * JSON is a data format and XML is a document format. XML uses elements,
-     * attributes, and content text, while JSON uses unordered collections of
-     * name/value pairs and arrays of values. JSON does not does not like to
-     * distinguish between elements and attributes. Sequences of similar
-     * elements are represented as JSONArrays. Content text may be placed in a
-     * "content" member. Comments, prologs, DTDs, and <code>&lt;[ [ ]]></code>
-     * are ignored.
-     * 
-     * @param string
-     *            The source string.
-     * @return A JSONObject containing the structured data from the XML string.
-     * @throws JSONException Thrown if there is an errors while parsing the string
-     */
-    public static JSONObject toJSONObject(String string) throws JSONException {
-        return toJSONObject(string, false);
-    }
-
-    /**
-     * Convert a well-formed (but not necessarily valid) XML into a
-     * JSONObject. Some information may be lost in this transformation because
-     * JSON is a data format and XML is a document format. XML uses elements,
-     * attributes, and content text, while JSON uses unordered collections of
-     * name/value pairs and arrays of values. JSON does not does not like to
-     * distinguish between elements and attributes. Sequences of similar
-     * elements are represented as JSONArrays. Content text may be placed in a
-     * "content" member. Comments, prologs, DTDs, and <code>&lt;[ [ ]]></code>
-     * are ignored.
-     *
-     * @param reader The XML source reader.
-     * @return A JSONObject containing the structured data from the XML string.
-     * @throws JSONException Thrown if there is an errors while parsing the string
-     */
-    public static JSONObject toJSONObject(Reader reader) throws JSONException {
-        return toJSONObject(reader, false);
-    }
-
-    /**
-     * Convert a well-formed (but not necessarily valid) XML into a
-     * JSONObject. Some information may be lost in this transformation because
-     * JSON is a data format and XML is a document format. XML uses elements,
-     * attributes, and content text, while JSON uses unordered collections of
-     * name/value pairs and arrays of values. JSON does not does not like to
-     * distinguish between elements and attributes. Sequences of similar
-     * elements are represented as JSONArrays. Content text may be placed in a
-     * "content" member. Comments, prologs, DTDs, and <code>&lt;[ [ ]]></code>
-     * are ignored.
-     *
-     * All values are converted as strings, for 1, 01, 29.0 will not be coerced to
-     * numbers but will instead be the exact value as seen in the XML document.
-     *
-     * @param reader The XML source reader.
-     * @param keepStrings If true, then values will not be coerced into boolean
-     *  or numeric values and will instead be left as strings
-     * @return A JSONObject containing the structured data from the XML string.
-     * @throws JSONException Thrown if there is an errors while parsing the string
-     */
-    public static JSONObject toJSONObject(Reader reader, boolean keepStrings) throws JSONException {
-        JSONObject jo = new JSONObject();
-        XMLTokener x = new XMLTokener(reader);
-        while (x.more()) {
-            x.skipPast("<");
-            if(x.more()) {
-                parse(x, jo, null, keepStrings);
-            }
-        }
-        return jo;
-    }
-
-    /**
-     * Convert a well-formed (but not necessarily valid) XML string into a
-     * JSONObject. Some information may be lost in this transformation because
-     * JSON is a data format and XML is a document format. XML uses elements,
-     * attributes, and content text, while JSON uses unordered collections of
-     * name/value pairs and arrays of values. JSON does not does not like to
-     * distinguish between elements and attributes. Sequences of similar
-     * elements are represented as JSONArrays. Content text may be placed in a
-     * "content" member. Comments, prologs, DTDs, and <code>&lt;[ [ ]]></code>
-     * are ignored.
-     * 
-     * All values are converted as strings, for 1, 01, 29.0 will not be coerced to
-     * numbers but will instead be the exact value as seen in the XML document.
-     * 
-     * @param string
-     *            The source string.
-     * @param keepStrings If true, then values will not be coerced into boolean
-     *  or numeric values and will instead be left as strings
-     * @return A JSONObject containing the structured data from the XML string.
-     * @throws JSONException Thrown if there is an errors while parsing the string
-     */
-    public static JSONObject toJSONObject(String string, boolean keepStrings) throws JSONException {
-        return toJSONObject(new StringReader(string), keepStrings);
-    }
-
-    /**
-     * Convert a JSONObject into a well-formed, element-normal XML string.
-     * 
-     * @param object
-     *            A JSONObject.
-     * @return A string.
-     * @throws JSONException Thrown if there is an error parsing the string
-     */
-    public static String toString(Object object) throws JSONException {
-        return toString(object, null);
-    }
-
-    /**
-     * Convert a JSONObject into a well-formed, element-normal XML string.
-     * 
-     * @param object
-     *            A JSONObject.
-     * @param tagName
-     *            The optional name of the enclosing tag.
-     * @return A string.
-     * @throws JSONException Thrown if there is an error parsing the string
-     */
-    public static String toString(final Object object, final String tagName)
-            throws JSONException {
-        StringBuilder sb = new StringBuilder();
-        JSONArray ja;
-        JSONObject jo;
-        String string;
-
-        if (object instanceof JSONObject) {
-
-            // Emit <tagName>
-            if (tagName != null) {
-                sb.append('<');
-                sb.append(tagName);
-                sb.append('>');
-            }
-
-            // Loop thru the keys.
-            // don't use the new entrySet accessor to maintain Android Support
-            jo = (JSONObject) object;
-            for (final String key : jo.keySet()) {
-                Object value = jo.opt(key);
-                if (value == null) {
-                    value = "";
-                } else if (value.getClass().isArray()) {
-                    value = new JSONArray(value);
-                }
-
-                // Emit content in body
-                if ("content".equals(key)) {
-                    if (value instanceof JSONArray) {
-                        ja = (JSONArray) value;
-                        int jaLength = ja.length();
-                        // don't use the new iterator API to maintain support for Android
-                                               for (int i = 0; i < jaLength; i++) {
-                            if (i > 0) {
-                                sb.append('\n');
-                            }
-                            Object val = ja.opt(i);
-                            sb.append(escape(val.toString()));
-                        }
-                    } else {
-                        sb.append(escape(value.toString()));
-                    }
-
-                    // Emit an array of similar keys
-
-                } else if (value instanceof JSONArray) {
-                    ja = (JSONArray) value;
-                    int jaLength = ja.length();
-                    // don't use the new iterator API to maintain support for Android
-                                       for (int i = 0; i < jaLength; i++) {
-                        Object val = ja.opt(i);
-                        if (val instanceof JSONArray) {
-                            sb.append('<');
-                            sb.append(key);
-                            sb.append('>');
-                            sb.append(toString(val));
-                            sb.append("</");
-                            sb.append(key);
-                            sb.append('>');
-                        } else {
-                            sb.append(toString(val, key));
-                        }
-                    }
-                } else if ("".equals(value)) {
-                    sb.append('<');
-                    sb.append(key);
-                    sb.append("/>");
-
-                    // Emit a new tag <k>
-
-                } else {
-                    sb.append(toString(value, key));
-                }
-            }
-            if (tagName != null) {
-
-                // Emit the </tagname> close tag
-                sb.append("</");
-                sb.append(tagName);
-                sb.append('>');
-            }
-            return sb.toString();
-
-        }
-
-        if (object != null && (object instanceof JSONArray ||  object.getClass().isArray())) {
-            if(object.getClass().isArray()) {
-                ja = new JSONArray(object);
-            } else {
-                ja = (JSONArray) object;
-            }
-            int jaLength = ja.length();
-            // don't use the new iterator API to maintain support for Android
-                       for (int i = 0; i < jaLength; i++) {
-                Object val = ja.opt(i);
-                // XML does not have good support for arrays. If an array
-                // appears in a place where XML is lacking, synthesize an
-                // <array> element.
-                sb.append(toString(val, tagName == null ? "array" : tagName));
-            }
-            return sb.toString();
-        }
-
-        string = (object == null) ? "null" : escape(object.toString());
-        return (tagName == null) ? "\"" + string + "\""
-                : (string.length() == 0) ? "<" + tagName + "/>" : "<" + tagName
-                        + ">" + string + "</" + tagName + ">";
-
-    }
-}