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JAL-3210 Barebones gradle/buildship/eclipse. See README
[jalview.git] / test / jalview / gui / AnnotationLabelsTest.java
diff --git a/test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java b/test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java
deleted file mode 100644 (file)
index 616a1a6..0000000
--- a/test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java
+++ /dev/null
@@ -1,153 +0,0 @@
-package jalview.gui;
-
-import static org.testng.Assert.assertEquals;
-import static org.testng.Assert.assertNull;
-
-import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
-import jalview.datamodel.Sequence;
-
-import org.testng.annotations.Test;
-
-public class AnnotationLabelsTest
-{
-  @Test(groups = "Functional")
-  public void testGetTooltip()
-  {
-    assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(null));
-
-    /*
-     * simple description only
-     */
-    AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation("thelabel", "thedesc",
-            null);
-    String expected = "<html>thedesc</html>";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
-
-    /*
-     * description needing html encoding
-     * (no idea why '<' is encoded but '>' is not)
-     */
-    ann.description = "TCoffee scores < 56 and > 28";
-    expected = "<html>TCoffee scores &lt; 56 and > 28</html>";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
-
-    /*
-     * description already html formatted
-     */
-    ann.description = "<html>hello world</html>";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), ann.description);
-
-    /*
-     * simple description and score
-     */
-    ann.description = "hello world";
-    ann.setScore(2.34d);
-    expected = "<html>hello world<br/> Score: 2.34</html>";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
-
-    /*
-     * html description and score
-     */
-    ann.description = "<html>hello world</html>";
-    ann.setScore(2.34d);
-    expected = "<html>hello world<br/> Score: 2.34</html>";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
-
-    /*
-     * score, no description
-     */
-    ann.description = " ";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann),
-            "<html> Score: 2.34</html>");
-    ann.description = null;
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann),
-            "<html> Score: 2.34</html>");
-    
-    /*
-     * sequenceref, simple description
-     */
-    ann.description = "Count < 12";
-    ann.sequenceRef = new Sequence("Seq1", "MLRIQST");
-    ann.hasScore = false;
-    ann.score = Double.NaN;
-    expected = "<html>Seq1 : Count &lt; 12</html>";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
-
-    /*
-     * sequenceref, html description, score
-     */
-    ann.description = "<html>Score < 4.8</html>";
-    ann.sequenceRef = new Sequence("Seq1", "MLRIQST");
-    ann.setScore(-2.1D);
-    expected = "<html>Seq1 : Score < 4.8<br/> Score: -2.1</html>";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
-
-    /*
-     * no score, null description
-     */
-    ann.description = null;
-    ann.hasScore = false;
-    ann.score = Double.NaN;
-    assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(ann));
-
-    /*
-     * no score, empty description, sequenceRef
-     */
-    ann.description = "";
-    assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), "<html>Seq1 :</html>");
-
-    /*
-     * no score, empty description, no sequenceRef
-     */
-    ann.sequenceRef = null;
-    assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(ann));
-  }
-
-  @Test(groups = "Functional")
-  public void testGetStatusMessage()
-  {
-    assertNull(AnnotationLabels.getStatusMessage(null, null));
-
-    /*
-     * simple label
-     */
-    AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("IUPredWS Short",
-            "Protein disorder", null);
-    assertEquals(AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, null),
-            "IUPredWS Short");
-
-    /*
-     * with sequence ref
-     */
-    aa.setSequenceRef(new Sequence("FER_CAPAA", "MIGRKQL"));
-    assertEquals(AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, null),
-            "FER_CAPAA : IUPredWS Short");
-
-    /*
-     * with graph group (degenerate, one annotation only)
-     */
-    aa.graphGroup = 1;
-    AlignmentAnnotation aa2 = new AlignmentAnnotation("IUPredWS Long",
-            "Protein disorder", null);
-    assertEquals(
-            AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
-            { aa, aa2 }), "FER_CAPAA : IUPredWS Short");
-
-    /*
-     * graph group with two members; note labels are appended in
-     * reverse order (matching rendering order on screen)
-     */
-    aa2.graphGroup = 1;
-    assertEquals(
-            AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
-            { aa, aa2 }), "FER_CAPAA : IUPredWS Long, IUPredWS Short");
-
-    /*
-     * graph group with no sequence ref
-     */
-    aa.sequenceRef = null;
-    assertEquals(
-            AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
-            { aa, aa2 }), "IUPredWS Long, IUPredWS Short");
-  }
-}