JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
authorBen Soares <bsoares@dundee.ac.uk>
Mon, 19 Nov 2018 16:20:14 +0000 (16:20 +0000)
committerBen Soares <bsoares@dundee.ac.uk>
Mon, 19 Nov 2018 16:20:14 +0000 (16:20 +0000)
118 files changed:
jalview_java2/bin/java [new file with mode: 0755]
jalview_java2/bin/keytool [new file with mode: 0755]
jalview_java2/bin/rmid [new file with mode: 0755]
jalview_java2/bin/rmiregistry [new file with mode: 0755]
jalview_java2/conf/logging.properties [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/net.properties [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/java.policy [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/java.security [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/policy/README.txt [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/policy/limited/default_US_export.policy [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/policy/limited/default_local.policy [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/policy/limited/exempt_local.policy [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/policy/unlimited/default_US_export.policy [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/security/policy/unlimited/default_local.policy [new file with mode: 0644]
jalview_java2/conf/sound.properties [new file with mode: 0644]
jalview_java2/include/classfile_constants.h [new file with mode: 0644]
jalview_java2/include/darwin/jawt_md.h [new file with mode: 0644]
jalview_java2/include/darwin/jni_md.h [new file with mode: 0644]
jalview_java2/include/jawt.h [new file with mode: 0644]
jalview_java2/include/jni.h [new file with mode: 0644]
jalview_java2/include/jvmti.h [new file with mode: 0644]
jalview_java2/include/jvmticmlr.h [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/LICENSE [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/aes.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/asm.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/c-libutl.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/cldr.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/icu.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/public_suffix.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.base/unicode.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.datatransfer/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.datatransfer/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.datatransfer/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.desktop/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.desktop/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.desktop/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.desktop/colorimaging.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/freetype.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/giflib.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/harfbuzz.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/jpeg.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/lcms.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/libpng.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/mesa3d.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/opengl.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.desktop/xwindows.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.logging/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.logging/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.logging/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.management/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.management/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.management/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.prefs/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.prefs/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.prefs/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.rmi/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.rmi/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.rmi/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.xml.crypto/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.xml.crypto/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.xml.crypto/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.xml.crypto/santuario.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.xml/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/java.xml/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/java.xml/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/legal/java.xml/bcel.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.xml/dom.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.xml/jcup.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.xml/xalan.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/java.xml/xerces.md [new file with mode: 0644]
jalview_java2/legal/jdk.jsobject/ADDITIONAL_LICENSE_INFO [new symlink]
jalview_java2/legal/jdk.jsobject/ASSEMBLY_EXCEPTION [new symlink]
jalview_java2/legal/jdk.jsobject/LICENSE [new symlink]
jalview_java2/lib/classlist [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/fontconfig.bfc [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/fontconfig.properties.src [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/jli/libjli.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/jrt-fs.jar [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/jspawnhelper [new file with mode: 0755]
jalview_java2/lib/jvm.cfg [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libawt.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libawt_lwawt.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libfontmanager.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libfreetype.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libjava.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libjavajpeg.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libjawt.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libjimage.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libjsig.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libjsound.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/liblcms.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libmanagement.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libmlib_image.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libnet.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libnio.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libosx.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libosxapp.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libosxsecurity.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libosxui.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libprefs.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/librmi.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libsplashscreen.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libverify.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/libzip.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/modules [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/psfont.properties.ja [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/psfontj2d.properties [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/security/blacklisted.certs [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/security/cacerts [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/security/default.policy [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/security/public_suffix_list.dat [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/server/Xusage.txt [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/server/libjsig.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/server/libjvm.dylib [new file with mode: 0644]
jalview_java2/lib/tzdb.dat [new file with mode: 0644]
jalview_java2/release [new file with mode: 0644]

diff --git a/jalview_java2/bin/java b/jalview_java2/bin/java
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..b824345
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/bin/java differ
diff --git a/jalview_java2/bin/keytool b/jalview_java2/bin/keytool
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..5d22523
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/bin/keytool differ
diff --git a/jalview_java2/bin/rmid b/jalview_java2/bin/rmid
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..d483c7a
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/bin/rmid differ
diff --git a/jalview_java2/bin/rmiregistry b/jalview_java2/bin/rmiregistry
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..5ac975f
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/bin/rmiregistry differ
diff --git a/jalview_java2/conf/logging.properties b/jalview_java2/conf/logging.properties
new file mode 100644 (file)
index 0000000..58997e5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,63 @@
+############################################################
+#      Default Logging Configuration File
+#
+# You can use a different file by specifying a filename
+# with the java.util.logging.config.file system property.  
+# For example java -Djava.util.logging.config.file=myfile
+############################################################
+
+############################################################
+#      Global properties
+############################################################
+
+# "handlers" specifies a comma separated list of log Handler 
+# classes.  These handlers will be installed during VM startup.
+# Note that these classes must be on the system classpath.
+# By default we only configure a ConsoleHandler, which will only
+# show messages at the INFO and above levels.
+handlers= java.util.logging.ConsoleHandler
+
+# To also add the FileHandler, use the following line instead.
+#handlers= java.util.logging.FileHandler, java.util.logging.ConsoleHandler
+
+# Default global logging level.
+# This specifies which kinds of events are logged across
+# all loggers.  For any given facility this global level
+# can be overriden by a facility specific level
+# Note that the ConsoleHandler also has a separate level
+# setting to limit messages printed to the console.
+.level= INFO
+
+############################################################
+# Handler specific properties.
+# Describes specific configuration info for Handlers.
+############################################################
+
+# default file output is in user's home directory.
+java.util.logging.FileHandler.pattern = %h/java%u.log
+java.util.logging.FileHandler.limit = 50000
+java.util.logging.FileHandler.count = 1
+# Default number of locks FileHandler can obtain synchronously.
+# This specifies maximum number of attempts to obtain lock file by FileHandler
+# implemented by incrementing the unique field %u as per FileHandler API documentation.
+java.util.logging.FileHandler.maxLocks = 100
+java.util.logging.FileHandler.formatter = java.util.logging.XMLFormatter
+
+# Limit the message that are printed on the console to INFO and above.
+java.util.logging.ConsoleHandler.level = INFO
+java.util.logging.ConsoleHandler.formatter = java.util.logging.SimpleFormatter
+
+# Example to customize the SimpleFormatter output format 
+# to print one-line log message like this:
+#     <level>: <log message> [<date/time>]
+#
+# java.util.logging.SimpleFormatter.format=%4$s: %5$s [%1$tc]%n
+
+############################################################
+# Facility specific properties.
+# Provides extra control for each logger.
+############################################################
+
+# For example, set the com.xyz.foo logger to only log SEVERE
+# messages:
+com.xyz.foo.level = SEVERE
diff --git a/jalview_java2/conf/net.properties b/jalview_java2/conf/net.properties
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ac94b30
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,101 @@
+############################################################
+#      Default Networking Configuration File
+#
+# This file may contain default values for the networking system properties.
+# These values are only used when the system properties are not specified
+# on the command line or set programmatically.
+# For now, only the various proxy settings can be configured here.
+############################################################
+
+# Whether or not the DefaultProxySelector will default to System Proxy
+# settings when they do exist.
+# Set it to 'true' to enable this feature and check for platform
+# specific proxy settings
+# Note that the system properties that do explicitly set proxies
+# (like http.proxyHost) do take precedence over the system settings
+# even if java.net.useSystemProxies is set to true.
+java.net.useSystemProxies=false
+
+#------------------------------------------------------------------------
+# Proxy configuration for the various protocol handlers.
+# DO NOT uncomment these lines if you have set java.net.useSystemProxies
+# to true as the protocol specific properties will take precedence over
+# system settings.
+#------------------------------------------------------------------------
+
+# HTTP Proxy settings. proxyHost is the name of the proxy server
+# (e.g. proxy.mydomain.com), proxyPort is the port number to use (default
+# value is 80) and nonProxyHosts is a '|' separated list of hostnames which
+# should be accessed directly, ignoring the proxy server (default value is
+# localhost & 127.0.0.1).
+#
+# http.proxyHost=
+# http.proxyPort=80
+http.nonProxyHosts=localhost|127.*|[::1]
+#
+# HTTPS Proxy Settings. proxyHost is the name of the proxy server
+# (e.g. proxy.mydomain.com), proxyPort is the port number to use (default
+# value is 443). The HTTPS protocol handlers uses the http nonProxyHosts list.
+#
+# https.proxyHost=
+# https.proxyPort=443
+#
+# FTP Proxy settings. proxyHost is the name of the proxy server
+# (e.g. proxy.mydomain.com), proxyPort is the port number to use (default
+# value is 80) and nonProxyHosts is a '|' separated list of hostnames which
+# should be accessed directly, ignoring the proxy server (default value is
+# localhost & 127.0.0.1).
+#
+# ftp.proxyHost=
+# ftp.proxyPort=80
+ftp.nonProxyHosts=localhost|127.*|[::1]
+#
+# Gopher Proxy settings. proxyHost is the name of the proxy server
+# (e.g. proxy.mydomain.com), proxyPort is the port number to use (default
+# value is 80)
+#
+# gopher.proxyHost=
+# gopher.proxyPort=80
+#
+# Socks proxy settings. socksProxyHost is the name of the proxy server
+# (e.g. socks.domain.com), socksProxyPort is the port number to use
+# (default value is 1080)
+#
+# socksProxyHost=
+# socksProxyPort=1080
+#
+# HTTP Keep Alive settings. remainingData is the maximum amount of data
+# in kilobytes that will be cleaned off the underlying socket so that it 
+# can be reused (default value is 512K), queuedConnections is the maximum 
+# number of Keep Alive connections to be on the queue for clean up (default
+# value is 10).
+# http.KeepAlive.remainingData=512
+# http.KeepAlive.queuedConnections=10
+
+# Authentication Scheme restrictions for HTTP and HTTPS.
+#
+# In some environments certain authentication schemes may be undesirable
+# when proxying HTTP or HTTPS.  For example, "Basic" results in effectively the
+# cleartext transmission of the user's password over the physical network.
+# This section describes the mechanism for disabling authentication schemes
+# based on the scheme name. Disabled schemes will be treated as if they are not
+# supported by the implementation.
+#
+# The 'jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes' property lists the authentication
+# schemes that will be disabled when tunneling HTTPS over a proxy, HTTP CONNECT.
+# The 'jdk.http.auth.proxying.disabledSchemes' property lists the authentication
+# schemes that will be disabled when proxying HTTP.
+#
+# In both cases the property is a comma-separated list of, case-insensitive,
+# authentication scheme names, as defined by their relevant RFCs. An
+# implementation may, but is not required to, support common schemes whose names
+# include: 'Basic', 'Digest', 'NTLM', 'Kerberos', 'Negotiate'.  A scheme that
+# is not known, or not supported, by the implementation is ignored.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation. It
+# is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+#jdk.http.auth.proxying.disabledSchemes=
+jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes=Basic
+
diff --git a/jalview_java2/conf/security/java.policy b/jalview_java2/conf/security/java.policy
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1554541
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,44 @@
+//
+// This system policy file grants a set of default permissions to all domains
+// and can be configured to grant additional permissions to modules and other
+// code sources. The code source URL scheme for modules linked into a
+// run-time image is "jrt".
+//
+// For example, to grant permission to read the "foo" property to the module
+// "com.greetings", the grant entry is:
+//
+// grant codeBase "jrt:/com.greetings" {
+//     permission java.util.PropertyPermission "foo", "read";
+// };
+//
+
+// default permissions granted to all domains
+grant {
+    // allows anyone to listen on dynamic ports
+    permission java.net.SocketPermission "localhost:0", "listen";
+
+    // "standard" properies that can be read by anyone
+    permission java.util.PropertyPermission "java.version", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.vendor", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.vendor.url", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.class.version", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.name", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.version", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.arch", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "file.separator", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "path.separator", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "line.separator", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "java.specification.version", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.specification.vendor", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.specification.name", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "java.vm.specification.version", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "java.vm.specification.vendor", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "java.vm.specification.name", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.vm.version", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.vm.vendor", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "java.vm.name", "read";
+};
diff --git a/jalview_java2/conf/security/java.security b/jalview_java2/conf/security/java.security
new file mode 100644 (file)
index 0000000..26beb23
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1065 @@
+#
+# This is the "master security properties file".
+#
+# An alternate java.security properties file may be specified
+# from the command line via the system property
+#
+#    -Djava.security.properties=<URL>
+#
+# This properties file appends to the master security properties file.
+# If both properties files specify values for the same key, the value
+# from the command-line properties file is selected, as it is the last
+# one loaded.
+#
+# Also, if you specify
+#
+#    -Djava.security.properties==<URL> (2 equals),
+#
+# then that properties file completely overrides the master security
+# properties file.
+#
+# To disable the ability to specify an additional properties file from
+# the command line, set the key security.overridePropertiesFile
+# to false in the master security properties file. It is set to true
+# by default.
+
+# In this file, various security properties are set for use by
+# java.security classes. This is where users can statically register
+# Cryptography Package Providers ("providers" for short). The term
+# "provider" refers to a package or set of packages that supply a
+# concrete implementation of a subset of the cryptography aspects of
+# the Java Security API. A provider may, for example, implement one or
+# more digital signature algorithms or message digest algorithms.
+#
+# Each provider must implement a subclass of the Provider class.
+# To register a provider in this master security properties file,
+# specify the provider and priority in the format
+#
+#    security.provider.<n>=<provName | className>
+#
+# This declares a provider, and specifies its preference
+# order n. The preference order is the order in which providers are
+# searched for requested algorithms (when no specific provider is
+# requested). The order is 1-based; 1 is the most preferred, followed
+# by 2, and so on.
+#
+# <provName> must specify the name of the Provider as passed to its super
+# class java.security.Provider constructor. This is for providers loaded
+# through the ServiceLoader mechanism.
+#
+# <className> must specify the subclass of the Provider class whose
+# constructor sets the values of various properties that are required
+# for the Java Security API to look up the algorithms or other
+# facilities implemented by the provider. This is for providers loaded
+# through classpath.
+#
+# Note: Providers can be dynamically registered instead by calls to
+# either the addProvider or insertProviderAt method in the Security
+# class.
+
+#
+# List of providers and their preference orders (see above):
+#
+security.provider.1=SUN
+security.provider.2=SunRsaSign
+security.provider.3=SunEC
+security.provider.4=SunJSSE
+security.provider.5=SunJCE
+security.provider.6=SunJGSS
+security.provider.7=SunSASL
+security.provider.8=XMLDSig
+security.provider.9=SunPCSC
+security.provider.10=JdkLDAP
+security.provider.11=JdkSASL
+security.provider.12=Apple
+security.provider.13=SunPKCS11
+
+#
+# A list of preferred providers for specific algorithms. These providers will
+# be searched for matching algorithms before the list of registered providers.
+# Entries containing errors (parsing, etc) will be ignored. Use the
+# -Djava.security.debug=jca property to debug these errors.
+#
+# The property is a comma-separated list of serviceType.algorithm:provider
+# entries. The serviceType (example: "MessageDigest") is optional, and if
+# not specified, the algorithm applies to all service types that support it.
+# The algorithm is the standard algorithm name or transformation.
+# Transformations can be specified in their full standard name
+# (ex: AES/CBC/PKCS5Padding), or as partial matches (ex: AES, AES/CBC).
+# The provider is the name of the provider. Any provider that does not
+# also appear in the registered list will be ignored.
+#
+# There is a special serviceType for this property only to group a set of
+# algorithms together. The type is "Group" and is followed by an algorithm
+# keyword. Groups are to simplify and lessen the entries on the property
+# line. Current groups are:
+#   Group.SHA2 = SHA-224, SHA-256, SHA-384, SHA-512, SHA-512/224, SHA-512/256
+#   Group.HmacSHA2 = HmacSHA224, HmacSHA256, HmacSHA384, HmacSHA512
+#   Group.SHA2RSA = SHA224withRSA, SHA256withRSA, SHA384withRSA, SHA512withRSA
+#   Group.SHA2DSA = SHA224withDSA, SHA256withDSA, SHA384withDSA, SHA512withDSA
+#   Group.SHA2ECDSA = SHA224withECDSA, SHA256withECDSA, SHA384withECDSA, \
+#                     SHA512withECDSA
+#   Group.SHA3 = SHA3-224, SHA3-256, SHA3-384, SHA3-512
+#   Group.HmacSHA3 = HmacSHA3-224, HmacSHA3-256, HmacSHA3-384, HmacSHA3-512
+#
+# Example:
+#   jdk.security.provider.preferred=AES/GCM/NoPadding:SunJCE, \
+#         MessageDigest.SHA-256:SUN, Group.HmacSHA2:SunJCE
+#
+#jdk.security.provider.preferred=
+
+
+#
+# Sun Provider SecureRandom seed source.
+#
+# Select the primary source of seed data for the "NativePRNG", "SHA1PRNG"
+# and "DRBG" SecureRandom implementations in the "Sun" provider.
+# (Other SecureRandom implementations might also use this property.)
+#
+# On Unix-like systems (for example, Solaris/Linux/MacOS), the
+# "NativePRNG", "SHA1PRNG" and "DRBG" implementations obtains seed data from
+# special device files such as file:/dev/random.
+#
+# On Windows systems, specifying the URLs "file:/dev/random" or
+# "file:/dev/urandom" will enable the native Microsoft CryptoAPI seeding
+# mechanism for SHA1PRNG and DRBG.
+#
+# By default, an attempt is made to use the entropy gathering device
+# specified by the "securerandom.source" Security property.  If an
+# exception occurs while accessing the specified URL:
+#
+#     NativePRNG:
+#         a default value of /dev/random will be used.  If neither
+#         are available, the implementation will be disabled.
+#         "file" is the only currently supported protocol type.
+#
+#     SHA1PRNG and DRBG:
+#         the traditional system/thread activity algorithm will be used.
+#
+# The entropy gathering device can also be specified with the System
+# property "java.security.egd". For example:
+#
+#   % java -Djava.security.egd=file:/dev/random MainClass
+#
+# Specifying this System property will override the
+# "securerandom.source" Security property.
+#
+# In addition, if "file:/dev/random" or "file:/dev/urandom" is
+# specified, the "NativePRNG" implementation will be more preferred than
+# DRBG and SHA1PRNG in the Sun provider.
+#
+securerandom.source=file:/dev/random
+
+#
+# A list of known strong SecureRandom implementations.
+#
+# To help guide applications in selecting a suitable strong
+# java.security.SecureRandom implementation, Java distributions should
+# indicate a list of known strong implementations using the property.
+#
+# This is a comma-separated list of algorithm and/or algorithm:provider
+# entries.
+#
+securerandom.strongAlgorithms=NativePRNGBlocking:SUN,DRBG:SUN
+
+#
+# Sun provider DRBG configuration and default instantiation request.
+#
+# NIST SP 800-90Ar1 lists several DRBG mechanisms. Each can be configured
+# with a DRBG algorithm name, and can be instantiated with a security strength,
+# prediction resistance support, etc. This property defines the configuration
+# and the default instantiation request of "DRBG" SecureRandom implementations
+# in the SUN provider. (Other DRBG implementations can also use this property.)
+# Applications can request different instantiation parameters like security
+# strength, capability, personalization string using one of the
+# getInstance(...,SecureRandomParameters,...) methods with a
+# DrbgParameters.Instantiation argument, but other settings such as the
+# mechanism and DRBG algorithm names are not currently configurable by any API.
+#
+# Please note that the SUN implementation of DRBG always supports reseeding.
+#
+# The value of this property is a comma-separated list of all configurable
+# aspects. The aspects can appear in any order but the same aspect can only
+# appear at most once. Its BNF-style definition is:
+#
+#   Value:
+#     aspect { "," aspect }
+#
+#   aspect:
+#     mech_name | algorithm_name | strength | capability | df
+#
+#   // The DRBG mechanism to use. Default "Hash_DRBG"
+#   mech_name:
+#     "Hash_DRBG" | "HMAC_DRBG" | "CTR_DRBG"
+#
+#   // The DRBG algorithm name. The "SHA-***" names are for Hash_DRBG and
+#   // HMAC_DRBG, default "SHA-256". The "AES-***" names are for CTR_DRBG,
+#   // default "AES-128" when using the limited cryptographic or "AES-256"
+#   // when using the unlimited.
+#   algorithm_name:
+#     "SHA-224" | "SHA-512/224" | "SHA-256" |
+#     "SHA-512/256" | "SHA-384" | "SHA-512" |
+#     "AES-128" | "AES-192" | "AES-256"
+#
+#   // Security strength requested. Default "128"
+#   strength:
+#     "112" | "128" | "192" | "256"
+#
+#   // Prediction resistance and reseeding request. Default "none"
+#   //  "pr_and_reseed" - Both prediction resistance and reseeding
+#   //                    support requested
+#   //  "reseed_only"   - Only reseeding support requested
+#   //  "none"          - Neither prediction resistance not reseeding
+#   //                    support requested
+#   pr:
+#     "pr_and_reseed" | "reseed_only" | "none"
+#
+#   // Whether a derivation function should be used. only applicable
+#   // to CTR_DRBG. Default "use_df"
+#   df:
+#     "use_df" | "no_df"
+#
+# Examples,
+#   securerandom.drbg.config=Hash_DRBG,SHA-224,112,none
+#   securerandom.drbg.config=CTR_DRBG,AES-256,192,pr_and_reseed,use_df
+#
+# The default value is an empty string, which is equivalent to
+#   securerandom.drbg.config=Hash_DRBG,SHA-256,128,none
+#
+securerandom.drbg.config=
+
+#
+# Class to instantiate as the javax.security.auth.login.Configuration
+# provider.
+#
+login.configuration.provider=sun.security.provider.ConfigFile
+
+#
+# Default login configuration file
+#
+#login.config.url.1=file:${user.home}/.java.login.config
+
+#
+# Class to instantiate as the system Policy. This is the name of the class
+# that will be used as the Policy object. The system class loader is used to
+# locate this class.
+#
+policy.provider=sun.security.provider.PolicyFile
+
+# The default is to have a single system-wide policy file,
+# and a policy file in the user's home directory.
+#
+policy.url.1=file:${java.home}/conf/security/java.policy
+policy.url.2=file:${user.home}/.java.policy
+
+# whether or not we expand properties in the policy file
+# if this is set to false, properties (${...}) will not be expanded in policy
+# files.
+#
+policy.expandProperties=true
+
+# whether or not we allow an extra policy to be passed on the command line
+# with -Djava.security.policy=somefile. Comment out this line to disable
+# this feature.
+#
+policy.allowSystemProperty=true
+
+# whether or not we look into the IdentityScope for trusted Identities
+# when encountering a 1.1 signed JAR file. If the identity is found
+# and is trusted, we grant it AllPermission. Note: the default policy
+# provider (sun.security.provider.PolicyFile) does not support this property.
+#
+policy.ignoreIdentityScope=false
+
+#
+# Default keystore type.
+#
+keystore.type=pkcs12
+
+#
+# Controls compatibility mode for JKS and PKCS12 keystore types.
+#
+# When set to 'true', both JKS and PKCS12 keystore types support loading
+# keystore files in either JKS or PKCS12 format. When set to 'false' the
+# JKS keystore type supports loading only JKS keystore files and the PKCS12
+# keystore type supports loading only PKCS12 keystore files.
+#
+keystore.type.compat=true
+
+#
+# List of comma-separated packages that start with or equal this string
+# will cause a security exception to be thrown when passed to the
+# SecurityManager::checkPackageAccess method unless the corresponding
+# RuntimePermission("accessClassInPackage."+package) has been granted.
+#
+package.access=sun.misc.,\
+               sun.reflect.
+
+#
+# List of comma-separated packages that start with or equal this string
+# will cause a security exception to be thrown when passed to the
+# SecurityManager::checkPackageDefinition method unless the corresponding
+# RuntimePermission("defineClassInPackage."+package) has been granted.
+#
+# By default, none of the class loaders supplied with the JDK call
+# checkPackageDefinition.
+#
+package.definition=sun.misc.,\
+                   sun.reflect.
+
+#
+# Determines whether this properties file can be appended to
+# or overridden on the command line via -Djava.security.properties
+#
+security.overridePropertiesFile=true
+
+#
+# Determines the default key and trust manager factory algorithms for
+# the javax.net.ssl package.
+#
+ssl.KeyManagerFactory.algorithm=SunX509
+ssl.TrustManagerFactory.algorithm=PKIX
+
+#
+# The Java-level namelookup cache policy for successful lookups:
+#
+# any negative value: caching forever
+# any positive value: the number of seconds to cache an address for
+# zero: do not cache
+#
+# default value is forever (FOREVER). For security reasons, this
+# caching is made forever when a security manager is set. When a security
+# manager is not set, the default behavior in this implementation
+# is to cache for 30 seconds.
+#
+# NOTE: setting this to anything other than the default value can have
+#       serious security implications. Do not set it unless
+#       you are sure you are not exposed to DNS spoofing attack.
+#
+#networkaddress.cache.ttl=-1
+
+# The Java-level namelookup cache policy for failed lookups:
+#
+# any negative value: cache forever
+# any positive value: the number of seconds to cache negative lookup results
+# zero: do not cache
+#
+# In some Microsoft Windows networking environments that employ
+# the WINS name service in addition to DNS, name service lookups
+# that fail may take a noticeably long time to return (approx. 5 seconds).
+# For this reason the default caching policy is to maintain these
+# results for 10 seconds.
+#
+networkaddress.cache.negative.ttl=10
+
+#
+# Properties to configure OCSP for certificate revocation checking
+#
+
+# Enable OCSP
+#
+# By default, OCSP is not used for certificate revocation checking.
+# This property enables the use of OCSP when set to the value "true".
+#
+# NOTE: SocketPermission is required to connect to an OCSP responder.
+#
+# Example,
+#   ocsp.enable=true
+
+#
+# Location of the OCSP responder
+#
+# By default, the location of the OCSP responder is determined implicitly
+# from the certificate being validated. This property explicitly specifies
+# the location of the OCSP responder. The property is used when the
+# Authority Information Access extension (defined in RFC 5280) is absent
+# from the certificate or when it requires overriding.
+#
+# Example,
+#   ocsp.responderURL=http://ocsp.example.net:80
+
+#
+# Subject name of the OCSP responder's certificate
+#
+# By default, the certificate of the OCSP responder is that of the issuer
+# of the certificate being validated. This property identifies the certificate
+# of the OCSP responder when the default does not apply. Its value is a string
+# distinguished name (defined in RFC 2253) which identifies a certificate in
+# the set of certificates supplied during cert path validation. In cases where
+# the subject name alone is not sufficient to uniquely identify the certificate
+# then both the "ocsp.responderCertIssuerName" and
+# "ocsp.responderCertSerialNumber" properties must be used instead. When this
+# property is set then those two properties are ignored.
+#
+# Example,
+#   ocsp.responderCertSubjectName=CN=OCSP Responder, O=XYZ Corp
+
+#
+# Issuer name of the OCSP responder's certificate
+#
+# By default, the certificate of the OCSP responder is that of the issuer
+# of the certificate being validated. This property identifies the certificate
+# of the OCSP responder when the default does not apply. Its value is a string
+# distinguished name (defined in RFC 2253) which identifies a certificate in
+# the set of certificates supplied during cert path validation. When this
+# property is set then the "ocsp.responderCertSerialNumber" property must also
+# be set. When the "ocsp.responderCertSubjectName" property is set then this
+# property is ignored.
+#
+# Example,
+#   ocsp.responderCertIssuerName=CN=Enterprise CA, O=XYZ Corp
+
+#
+# Serial number of the OCSP responder's certificate
+#
+# By default, the certificate of the OCSP responder is that of the issuer
+# of the certificate being validated. This property identifies the certificate
+# of the OCSP responder when the default does not apply. Its value is a string
+# of hexadecimal digits (colon or space separators may be present) which
+# identifies a certificate in the set of certificates supplied during cert path
+# validation. When this property is set then the "ocsp.responderCertIssuerName"
+# property must also be set. When the "ocsp.responderCertSubjectName" property
+# is set then this property is ignored.
+#
+# Example,
+#   ocsp.responderCertSerialNumber=2A:FF:00
+
+#
+# Policy for failed Kerberos KDC lookups:
+#
+# When a KDC is unavailable (network error, service failure, etc), it is
+# put inside a blacklist and accessed less often for future requests. The
+# value (case-insensitive) for this policy can be:
+#
+# tryLast
+#    KDCs in the blacklist are always tried after those not on the list.
+#
+# tryLess[:max_retries,timeout]
+#    KDCs in the blacklist are still tried by their order in the configuration,
+#    but with smaller max_retries and timeout values. max_retries and timeout
+#    are optional numerical parameters (default 1 and 5000, which means once
+#    and 5 seconds). Please notes that if any of the values defined here is
+#    more than what is defined in krb5.conf, it will be ignored.
+#
+# Whenever a KDC is detected as available, it is removed from the blacklist.
+# The blacklist is reset when krb5.conf is reloaded. You can add
+# refreshKrb5Config=true to a JAAS configuration file so that krb5.conf is
+# reloaded whenever a JAAS authentication is attempted.
+#
+# Example,
+#   krb5.kdc.bad.policy = tryLast
+#   krb5.kdc.bad.policy = tryLess:2,2000
+#
+krb5.kdc.bad.policy = tryLast
+
+#
+# Algorithm restrictions for certification path (CertPath) processing
+#
+# In some environments, certain algorithms or key lengths may be undesirable
+# for certification path building and validation.  For example, "MD2" is
+# generally no longer considered to be a secure hash algorithm.  This section
+# describes the mechanism for disabling algorithms based on algorithm name
+# and/or key length.  This includes algorithms used in certificates, as well
+# as revocation information such as CRLs and signed OCSP Responses.
+# The syntax of the disabled algorithm string is described as follows:
+#   DisabledAlgorithms:
+#       " DisabledAlgorithm { , DisabledAlgorithm } "
+#
+#   DisabledAlgorithm:
+#       AlgorithmName [Constraint] { '&' Constraint }
+#
+#   AlgorithmName:
+#       (see below)
+#
+#   Constraint:
+#       KeySizeConstraint | CAConstraint | DenyAfterConstraint |
+#       UsageConstraint
+#
+#   KeySizeConstraint:
+#       keySize Operator KeyLength
+#
+#   Operator:
+#       <= | < | == | != | >= | >
+#
+#   KeyLength:
+#       Integer value of the algorithm's key length in bits
+#
+#   CAConstraint:
+#       jdkCA
+#
+#   DenyAfterConstraint:
+#       denyAfter YYYY-MM-DD
+#
+#   UsageConstraint:
+#       usage [TLSServer] [TLSClient] [SignedJAR]
+#
+# The "AlgorithmName" is the standard algorithm name of the disabled
+# algorithm. See "Java Cryptography Architecture Standard Algorithm Name
+# Documentation" for information about Standard Algorithm Names.  Matching
+# is performed using a case-insensitive sub-element matching rule.  (For
+# example, in "SHA1withECDSA" the sub-elements are "SHA1" for hashing and
+# "ECDSA" for signatures.)  If the assertion "AlgorithmName" is a
+# sub-element of the certificate algorithm name, the algorithm will be
+# rejected during certification path building and validation.  For example,
+# the assertion algorithm name "DSA" will disable all certificate algorithms
+# that rely on DSA, such as NONEwithDSA, SHA1withDSA.  However, the assertion
+# will not disable algorithms related to "ECDSA".
+#
+# A "Constraint" defines restrictions on the keys and/or certificates for
+# a specified AlgorithmName:
+#
+#   KeySizeConstraint:
+#     keySize Operator KeyLength
+#       The constraint requires a key of a valid size range if the
+#       "AlgorithmName" is of a key algorithm.  The "KeyLength" indicates
+#       the key size specified in number of bits.  For example,
+#       "RSA keySize <= 1024" indicates that any RSA key with key size less
+#       than or equal to 1024 bits should be disabled, and
+#       "RSA keySize < 1024, RSA keySize > 2048" indicates that any RSA key
+#       with key size less than 1024 or greater than 2048 should be disabled.
+#       This constraint is only used on algorithms that have a key size.
+#
+#   CAConstraint:
+#     jdkCA
+#       This constraint prohibits the specified algorithm only if the
+#       algorithm is used in a certificate chain that terminates at a marked
+#       trust anchor in the lib/security/cacerts keystore.  If the jdkCA
+#       constraint is not set, then all chains using the specified algorithm
+#       are restricted.  jdkCA may only be used once in a DisabledAlgorithm
+#       expression.
+#       Example:  To apply this constraint to SHA-1 certificates, include
+#       the following:  "SHA1 jdkCA"
+#
+#   DenyAfterConstraint:
+#     denyAfter YYYY-MM-DD
+#       This constraint prohibits a certificate with the specified algorithm
+#       from being used after the date regardless of the certificate's
+#       validity.  JAR files that are signed and timestamped before the
+#       constraint date with certificates containing the disabled algorithm
+#       will not be restricted.  The date is processed in the UTC timezone.
+#       This constraint can only be used once in a DisabledAlgorithm
+#       expression.
+#       Example:  To deny usage of RSA 2048 bit certificates after Feb 3 2020,
+#       use the following:  "RSA keySize == 2048 & denyAfter 2020-02-03"
+#
+#   UsageConstraint:
+#     usage [TLSServer] [TLSClient] [SignedJAR]
+#       This constraint prohibits the specified algorithm for
+#       a specified usage.  This should be used when disabling an algorithm
+#       for all usages is not practical. 'TLSServer' restricts the algorithm
+#       in TLS server certificate chains when server authentication is
+#       performed. 'TLSClient' restricts the algorithm in TLS client
+#       certificate chains when client authentication is performed.
+#       'SignedJAR' constrains use of certificates in signed jar files.
+#       The usage type follows the keyword and more than one usage type can
+#       be specified with a whitespace delimiter.
+#       Example:  "SHA1 usage TLSServer TLSClient"
+#
+# When an algorithm must satisfy more than one constraint, it must be
+# delimited by an ampersand '&'.  For example, to restrict certificates in a
+# chain that terminate at a distribution provided trust anchor and contain
+# RSA keys that are less than or equal to 1024 bits, add the following
+# constraint:  "RSA keySize <= 1024 & jdkCA".
+#
+# All DisabledAlgorithms expressions are processed in the order defined in the
+# property.  This requires lower keysize constraints to be specified
+# before larger keysize constraints of the same algorithm.  For example:
+# "RSA keySize < 1024 & jdkCA, RSA keySize < 2048".
+#
+# Note: The algorithm restrictions do not apply to trust anchors or
+# self-signed certificates.
+#
+# Note: This property is currently used by Oracle's PKIX implementation. It
+# is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+# Example:
+#   jdk.certpath.disabledAlgorithms=MD2, DSA, RSA keySize < 2048
+#
+#
+jdk.certpath.disabledAlgorithms=MD2, MD5, SHA1 jdkCA & usage TLSServer, \
+    RSA keySize < 1024, DSA keySize < 1024, EC keySize < 224
+
+#
+# Algorithm restrictions for signed JAR files
+#
+# In some environments, certain algorithms or key lengths may be undesirable
+# for signed JAR validation.  For example, "MD2" is generally no longer
+# considered to be a secure hash algorithm.  This section describes the
+# mechanism for disabling algorithms based on algorithm name and/or key length.
+# JARs signed with any of the disabled algorithms or key sizes will be treated
+# as unsigned.
+#
+# The syntax of the disabled algorithm string is described as follows:
+#   DisabledAlgorithms:
+#       " DisabledAlgorithm { , DisabledAlgorithm } "
+#
+#   DisabledAlgorithm:
+#       AlgorithmName [Constraint] { '&' Constraint }
+#
+#   AlgorithmName:
+#       (see below)
+#
+#   Constraint:
+#       KeySizeConstraint | DenyAfterConstraint
+#
+#   KeySizeConstraint:
+#       keySize Operator KeyLength
+#
+#   DenyAfterConstraint:
+#       denyAfter YYYY-MM-DD
+#
+#   Operator:
+#       <= | < | == | != | >= | >
+#
+#   KeyLength:
+#       Integer value of the algorithm's key length in bits
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference
+# implementation. It is not guaranteed to be examined and used by other
+# implementations.
+#
+# See "jdk.certpath.disabledAlgorithms" for syntax descriptions.
+#
+jdk.jar.disabledAlgorithms=MD2, MD5, RSA keySize < 1024, \
+      DSA keySize < 1024
+
+#
+# Algorithm restrictions for Secure Socket Layer/Transport Layer Security
+# (SSL/TLS/DTLS) processing
+#
+# In some environments, certain algorithms or key lengths may be undesirable
+# when using SSL/TLS/DTLS.  This section describes the mechanism for disabling
+# algorithms during SSL/TLS/DTLS security parameters negotiation, including
+# protocol version negotiation, cipher suites selection, peer authentication
+# and key exchange mechanisms.
+#
+# Disabled algorithms will not be negotiated for SSL/TLS connections, even
+# if they are enabled explicitly in an application.
+#
+# For PKI-based peer authentication and key exchange mechanisms, this list
+# of disabled algorithms will also be checked during certification path
+# building and validation, including algorithms used in certificates, as
+# well as revocation information such as CRLs and signed OCSP Responses.
+# This is in addition to the jdk.certpath.disabledAlgorithms property above.
+#
+# See the specification of "jdk.certpath.disabledAlgorithms" for the
+# syntax of the disabled algorithm string.
+#
+# Note: The algorithm restrictions do not apply to trust anchors or
+# self-signed certificates.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation.
+# It is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+# Example:
+#   jdk.tls.disabledAlgorithms=MD5, SSLv3, DSA, RSA keySize < 2048
+jdk.tls.disabledAlgorithms=SSLv3, RC4, MD5withRSA, DH keySize < 1024, \
+    EC keySize < 224, DES40_CBC, RC4_40, 3DES_EDE_CBC
+
+#
+# Legacy algorithms for Secure Socket Layer/Transport Layer Security (SSL/TLS)
+# processing in JSSE implementation.
+#
+# In some environments, a certain algorithm may be undesirable but it
+# cannot be disabled because of its use in legacy applications.  Legacy
+# algorithms may still be supported, but applications should not use them
+# as the security strength of legacy algorithms are usually not strong enough
+# in practice.
+#
+# During SSL/TLS security parameters negotiation, legacy algorithms will
+# not be negotiated unless there are no other candidates.
+#
+# The syntax of the legacy algorithms string is described as this Java
+# BNF-style:
+#   LegacyAlgorithms:
+#       " LegacyAlgorithm { , LegacyAlgorithm } "
+#
+#   LegacyAlgorithm:
+#       AlgorithmName (standard JSSE algorithm name)
+#
+# See the specification of security property "jdk.certpath.disabledAlgorithms"
+# for the syntax and description of the "AlgorithmName" notation.
+#
+# Per SSL/TLS specifications, cipher suites have the form:
+#       SSL_KeyExchangeAlg_WITH_CipherAlg_MacAlg
+# or
+#       TLS_KeyExchangeAlg_WITH_CipherAlg_MacAlg
+#
+# For example, the cipher suite TLS_RSA_WITH_AES_128_CBC_SHA uses RSA as the
+# key exchange algorithm, AES_128_CBC (128 bits AES cipher algorithm in CBC
+# mode) as the cipher (encryption) algorithm, and SHA-1 as the message digest
+# algorithm for HMAC.
+#
+# The LegacyAlgorithm can be one of the following standard algorithm names:
+#     1. JSSE cipher suite name, e.g., TLS_RSA_WITH_AES_128_CBC_SHA
+#     2. JSSE key exchange algorithm name, e.g., RSA
+#     3. JSSE cipher (encryption) algorithm name, e.g., AES_128_CBC
+#     4. JSSE message digest algorithm name, e.g., SHA
+#
+# See SSL/TLS specifications and "Java Cryptography Architecture Standard
+# Algorithm Name Documentation" for information about the algorithm names.
+#
+# Note: If a legacy algorithm is also restricted through the
+# jdk.tls.disabledAlgorithms property or the
+# java.security.AlgorithmConstraints API (See
+# javax.net.ssl.SSLParameters.setAlgorithmConstraints()),
+# then the algorithm is completely disabled and will not be negotiated.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation.
+# It is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+# There is no guarantee the property will continue to exist or be of the
+# same syntax in future releases.
+#
+# Example:
+#   jdk.tls.legacyAlgorithms=DH_anon, DES_CBC, SSL_RSA_WITH_RC4_128_MD5
+#
+jdk.tls.legacyAlgorithms= \
+        K_NULL, C_NULL, M_NULL, \
+        DH_anon, ECDH_anon, \
+        RC4_128, RC4_40, DES_CBC, DES40_CBC, \
+        3DES_EDE_CBC
+
+#
+# The pre-defined default finite field Diffie-Hellman ephemeral (DHE)
+# parameters for Transport Layer Security (SSL/TLS/DTLS) processing.
+#
+# In traditional SSL/TLS/DTLS connections where finite field DHE parameters
+# negotiation mechanism is not used, the server offers the client group
+# parameters, base generator g and prime modulus p, for DHE key exchange.
+# It is recommended to use dynamic group parameters.  This property defines
+# a mechanism that allows you to specify custom group parameters.
+#
+# The syntax of this property string is described as this Java BNF-style:
+#   DefaultDHEParameters:
+#       DefinedDHEParameters { , DefinedDHEParameters }
+#
+#   DefinedDHEParameters:
+#       "{" DHEPrimeModulus , DHEBaseGenerator "}"
+#
+#   DHEPrimeModulus:
+#       HexadecimalDigits
+#
+#   DHEBaseGenerator:
+#       HexadecimalDigits
+#
+#   HexadecimalDigits:
+#       HexadecimalDigit { HexadecimalDigit }
+#
+#   HexadecimalDigit: one of
+#       0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 A B C D E F a b c d e f
+#
+# Whitespace characters are ignored.
+#
+# The "DefinedDHEParameters" defines the custom group parameters, prime
+# modulus p and base generator g, for a particular size of prime modulus p.
+# The "DHEPrimeModulus" defines the hexadecimal prime modulus p, and the
+# "DHEBaseGenerator" defines the hexadecimal base generator g of a group
+# parameter.  It is recommended to use safe primes for the custom group
+# parameters.
+#
+# If this property is not defined or the value is empty, the underlying JSSE
+# provider's default group parameter is used for each connection.
+#
+# If the property value does not follow the grammar, or a particular group
+# parameter is not valid, the connection will fall back and use the
+# underlying JSSE provider's default group parameter.
+#
+# Note: This property is currently used by OpenJDK's JSSE implementation. It
+# is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+# Example:
+#   jdk.tls.server.defaultDHEParameters=
+#       { \
+#       FFFFFFFF FFFFFFFF C90FDAA2 2168C234 C4C6628B 80DC1CD1 \
+#       29024E08 8A67CC74 020BBEA6 3B139B22 514A0879 8E3404DD \
+#       EF9519B3 CD3A431B 302B0A6D F25F1437 4FE1356D 6D51C245 \
+#       E485B576 625E7EC6 F44C42E9 A637ED6B 0BFF5CB6 F406B7ED \
+#       EE386BFB 5A899FA5 AE9F2411 7C4B1FE6 49286651 ECE65381 \
+#       FFFFFFFF FFFFFFFF, 2}
+
+#
+# TLS key limits on symmetric cryptographic algorithms
+#
+# This security property sets limits on algorithms key usage in TLS 1.3.
+# When the amount of data encrypted exceeds the algorithm value listed below,
+# a KeyUpdate message will trigger a key change.  This is for symmetric ciphers
+# with TLS 1.3 only.
+#
+# The syntax for the property is described below:
+#   KeyLimits:
+#       " KeyLimit { , KeyLimit } "
+#
+#   WeakKeyLimit:
+#       AlgorithmName Action Length
+#
+#   AlgorithmName:
+#       A full algorithm transformation.
+#
+#   Action:
+#       KeyUpdate
+#
+#   Length:
+#       The amount of encrypted data in a session before the Action occurs
+#       This value may be an integer value in bytes, or as a power of two, 2^29.
+#
+#   KeyUpdate:
+#       The TLS 1.3 KeyUpdate handshake process begins when the Length amount
+#       is fulfilled.
+#
+# Note: This property is currently used by OpenJDK's JSSE implementation. It
+# is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+jdk.tls.keyLimits=AES/GCM/NoPadding KeyUpdate 2^37
+
+#
+# Cryptographic Jurisdiction Policy defaults
+#
+# Import and export control rules on cryptographic software vary from
+# country to country.  By default, Java provides two different sets of
+# cryptographic policy files[1]:
+#
+#     unlimited:  These policy files contain no restrictions on cryptographic
+#                 strengths or algorithms
+#
+#     limited:    These policy files contain more restricted cryptographic
+#                 strengths
+#
+# The default setting is determined by the value of the "crypto.policy"
+# Security property below. If your country or usage requires the
+# traditional restrictive policy, the "limited" Java cryptographic
+# policy is still available and may be appropriate for your environment.
+#
+# If you have restrictions that do not fit either use case mentioned
+# above, Java provides the capability to customize these policy files.
+# The "crypto.policy" security property points to a subdirectory
+# within <java-home>/conf/security/policy/ which can be customized.
+# Please see the <java-home>/conf/security/policy/README.txt file or consult
+# the Java Security Guide/JCA documentation for more information.
+#
+# YOU ARE ADVISED TO CONSULT YOUR EXPORT/IMPORT CONTROL COUNSEL OR ATTORNEY
+# TO DETERMINE THE EXACT REQUIREMENTS.
+#
+# [1] Please note that the JCE for Java SE, including the JCE framework,
+# cryptographic policy files, and standard JCE providers provided with
+# the Java SE, have been reviewed and approved for export as mass market
+# encryption item by the US Bureau of Industry and Security.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation.
+# It is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+crypto.policy=unlimited
+
+#
+# The policy for the XML Signature secure validation mode. The mode is
+# enabled by setting the property "org.jcp.xml.dsig.secureValidation" to
+# true with the javax.xml.crypto.XMLCryptoContext.setProperty() method,
+# or by running the code with a SecurityManager.
+#
+#   Policy:
+#       Constraint {"," Constraint }
+#   Constraint:
+#       AlgConstraint | MaxTransformsConstraint | MaxReferencesConstraint |
+#       ReferenceUriSchemeConstraint | KeySizeConstraint | OtherConstraint
+#   AlgConstraint
+#       "disallowAlg" Uri
+#   MaxTransformsConstraint:
+#       "maxTransforms" Integer
+#   MaxReferencesConstraint:
+#       "maxReferences" Integer
+#   ReferenceUriSchemeConstraint:
+#       "disallowReferenceUriSchemes" String { String }
+#   KeySizeConstraint:
+#       "minKeySize" KeyAlg Integer
+#   OtherConstraint:
+#       "noDuplicateIds" | "noRetrievalMethodLoops"
+#
+# For AlgConstraint, Uri is the algorithm URI String that is not allowed.
+# See the XML Signature Recommendation for more information on algorithm
+# URI Identifiers. For KeySizeConstraint, KeyAlg is the standard algorithm
+# name of the key type (ex: "RSA"). If the MaxTransformsConstraint,
+# MaxReferencesConstraint or KeySizeConstraint (for the same key type) is
+# specified more than once, only the last entry is enforced.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation. It
+# is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+jdk.xml.dsig.secureValidationPolicy=\
+    disallowAlg http://www.w3.org/TR/1999/REC-xslt-19991116,\
+    disallowAlg http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#rsa-md5,\
+    disallowAlg http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#hmac-md5,\
+    disallowAlg http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#md5,\
+    maxTransforms 5,\
+    maxReferences 30,\
+    disallowReferenceUriSchemes file http https,\
+    minKeySize RSA 1024,\
+    minKeySize DSA 1024,\
+    minKeySize EC 224,\
+    noDuplicateIds,\
+    noRetrievalMethodLoops
+
+#
+# Serialization process-wide filter
+#
+# A filter, if configured, is used by java.io.ObjectInputStream during
+# deserialization to check the contents of the stream.
+# A filter is configured as a sequence of patterns, each pattern is either
+# matched against the name of a class in the stream or defines a limit.
+# Patterns are separated by ";" (semicolon).
+# Whitespace is significant and is considered part of the pattern.
+#
+# If the system property jdk.serialFilter is also specified, it supersedes
+# the security property value defined here.
+#
+# If a pattern includes a "=", it sets a limit.
+# If a limit appears more than once the last value is used.
+# Limits are checked before classes regardless of the order in the
+# sequence of patterns.
+# If any of the limits are exceeded, the filter status is REJECTED.
+#
+#   maxdepth=value - the maximum depth of a graph
+#   maxrefs=value  - the maximum number of internal references
+#   maxbytes=value - the maximum number of bytes in the input stream
+#   maxarray=value - the maximum array length allowed
+#
+# Other patterns, from left to right, match the class or package name as
+# returned from Class.getName.
+# If the class is an array type, the class or package to be matched is the
+# element type.
+# Arrays of any number of dimensions are treated the same as the element type.
+# For example, a pattern of "!example.Foo", rejects creation of any instance or
+# array of example.Foo.
+#
+# If the pattern starts with "!", the status is REJECTED if the remaining
+# pattern is matched; otherwise the status is ALLOWED if the pattern matches.
+# If the pattern contains "/", the non-empty prefix up to the "/" is the
+# module name;
+#   if the module name matches the module name of the class then
+#   the remaining pattern is matched with the class name.
+#   If there is no "/", the module name is not compared.
+# If the pattern ends with ".**" it matches any class in the package and all
+# subpackages.
+# If the pattern ends with ".*" it matches any class in the package.
+# If the pattern ends with "*", it matches any class with the pattern as a
+# prefix.
+# If the pattern is equal to the class name, it matches.
+# Otherwise, the status is UNDECIDED.
+#
+#jdk.serialFilter=pattern;pattern
+
+#
+# RMI Registry Serial Filter
+#
+# The filter pattern uses the same format as jdk.serialFilter.
+# This filter can override the builtin filter if additional types need to be
+# allowed or rejected from the RMI Registry or to decrease limits but not
+# to increase limits.
+# If the limits (maxdepth, maxrefs, or maxbytes) are exceeded, the object is rejected.
+#
+# Each non-array type is allowed or rejected if it matches one of the patterns,
+# evaluated from left to right, and is otherwise allowed. Arrays of any
+# component type, including subarrays and arrays of primitives, are allowed.
+#
+# Array construction of any component type, including subarrays and arrays of
+# primitives, are allowed unless the length is greater than the maxarray limit.
+# The filter is applied to each array element.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation.
+# It is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+# The built-in filter allows subclasses of allowed classes and
+# can approximately be represented as the pattern:
+#
+#sun.rmi.registry.registryFilter=\
+#    maxarray=1000000;\
+#    maxdepth=20;\
+#    java.lang.String;\
+#    java.lang.Number;\
+#    java.lang.reflect.Proxy;\
+#    java.rmi.Remote;\
+#    sun.rmi.server.UnicastRef;\
+#    sun.rmi.server.RMIClientSocketFactory;\
+#    sun.rmi.server.RMIServerSocketFactory;\
+#    java.rmi.activation.ActivationID;\
+#    java.rmi.server.UID
+#
+# RMI Distributed Garbage Collector (DGC) Serial Filter
+#
+# The filter pattern uses the same format as jdk.serialFilter.
+# This filter can override the builtin filter if additional types need to be
+# allowed or rejected from the RMI DGC.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation.
+# It is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+# The builtin DGC filter can approximately be represented as the filter pattern:
+#
+#sun.rmi.transport.dgcFilter=\
+#    java.rmi.server.ObjID;\
+#    java.rmi.server.UID;\
+#    java.rmi.dgc.VMID;\
+#    java.rmi.dgc.Lease;\
+#    maxdepth=5;maxarray=10000
+
+# CORBA ORBIorTypeCheckRegistryFilter
+# Type check enhancement for ORB::string_to_object processing
+#
+# An IOR type check filter, if configured, is used by an ORB during
+# an ORB::string_to_object invocation to check the veracity of the type encoded
+# in the ior string.
+#
+# The filter pattern consists of a semi-colon separated list of class names.
+# The configured list contains the binary class names of the IDL interface types
+# corresponding to the IDL stub class to be instantiated.
+# As such, a filter specifies a list of IDL stub classes that will be
+# allowed by an ORB when an ORB::string_to_object is invoked.
+# It is used to specify a white list configuration of acceptable
+# IDL stub types which may be contained in a stringified IOR
+# parameter passed as input to an ORB::string_to_object method.
+#
+# Note: This property is currently used by the JDK Reference implementation.
+# It is not guaranteed to be examined and used by other implementations.
+#
+#com.sun.CORBA.ORBIorTypeCheckRegistryFilter=binary_class_name;binary_class_name
+
+#
+# JCEKS Encrypted Key Serial Filter
+#
+# This filter, if configured, is used by the JCEKS KeyStore during the
+# deserialization of the encrypted Key object stored inside a key entry.
+# If not configured or the filter result is UNDECIDED (i.e. none of the patterns
+# matches), the filter configured by jdk.serialFilter will be consulted.
+#
+# If the system property jceks.key.serialFilter is also specified, it supersedes
+# the security property value defined here.
+#
+# The filter pattern uses the same format as jdk.serialFilter. The default
+# pattern allows java.lang.Enum, java.security.KeyRep, java.security.KeyRep$Type,
+# and javax.crypto.spec.SecretKeySpec and rejects all the others.
+jceks.key.serialFilter = java.base/java.lang.Enum;java.base/java.security.KeyRep;\
+  java.base/java.security.KeyRep$Type;java.base/javax.crypto.spec.SecretKeySpec;!*
+
+#
+# Enhanced exception message information
+#
+# By default, exception messages should not include potentially sensitive
+# information such as file names, host names, or port numbers. This property
+# accepts one or more comma separated values, each of which represents a
+# category of enhanced exception message information to enable. Values are
+# case-insensitive. Leading and trailing whitespaces, surrounding each value,
+# are ignored. Unknown values are ignored.
+#
+# NOTE: Use caution before setting this property. Setting this property
+# exposes sensitive information in Exceptions, which could, for example,
+# propagate to untrusted code or be emitted in stack traces that are
+# inadvertently disclosed and made accessible over a public network.
+#
+# The categories are:
+#
+#  hostInfo - IOExceptions thrown by java.net.Socket and the socket types in the
+#             java.nio.channels package will contain enhanced exception
+#             message information
+#
+# The property setting in this file can be overridden by a system property of
+# the same name, with the same syntax and possible values.
+#
+#jdk.includeInExceptions=hostInfo
diff --git a/jalview_java2/conf/security/policy/README.txt b/jalview_java2/conf/security/policy/README.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fdf77d3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,54 @@
+
+            Java(TM) Cryptography Extension Policy Files
+    for the Java(TM) Platform, Standard Edition Runtime Environment
+
+                               README
+------------------------------------------------------------------------
+
+Import and export control rules on cryptographic software vary from
+country to country.  The Java Cryptography Extension (JCE) architecture
+allows flexible cryptographic key strength to be configured via the
+jurisdiction policy files which are referenced by the "crypto.policy"
+security property in the <java-home>/conf/security/java.security file.
+
+By default, Java provides two different sets of cryptographic policy
+files:
+
+    unlimited:  These policy files contain no restrictions on cryptographic
+                strengths or algorithms
+
+    limited:    These policy files contain more restricted cryptographic
+                strengths
+
+These files reside in <java-home>/conf/security/policy in the "unlimited"
+or "limited" subdirectories respectively.
+
+Each subdirectory contains a complete policy configuration,
+and subdirectories can be added/edited/removed to reflect your
+import or export control product requirements.
+
+Within a subdirectory, the effective policy is the combined minimum
+permissions of the grant statements in the file(s) matching the filename
+pattern "default_*.policy".  At least one grant is required.  For example:
+
+    limited   =  Export (all) + Import (limited)  =  Limited
+    unlimited =  Export (all) + Import (all)      =  Unlimited
+
+The effective exemption policy is the combined minimum permissions
+of the grant statements in the file(s) matching the filename pattern
+"exempt_*.policy".  Exemption grants are optional.  For example:
+
+    limited   =  grants exemption permissions, by which the
+                 effective policy can be circumvented.
+                 e.g.  KeyRecovery/KeyEscrow/KeyWeakening.
+
+Please see the Java Cryptography Architecture (JCA) documentation for
+additional information on these files and formats.
+
+YOU ARE ADVISED TO CONSULT YOUR EXPORT/IMPORT CONTROL COUNSEL OR ATTORNEY
+TO DETERMINE THE EXACT REQUIREMENTS.
+
+Please note that the JCE for Java SE, including the JCE framework,
+cryptographic policy files, and standard JCE providers provided with
+the Java SE, have been reviewed and approved for export as mass market
+encryption item by the US Bureau of Industry and Security.
diff --git a/jalview_java2/conf/security/policy/limited/default_US_export.policy b/jalview_java2/conf/security/policy/limited/default_US_export.policy
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1f38934
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,6 @@
+// Default US Export policy file.
+
+grant {
+    // There is no restriction to any algorithms.
+    permission javax.crypto.CryptoAllPermission; 
+};
diff --git a/jalview_java2/conf/security/policy/limited/default_local.policy b/jalview_java2/conf/security/policy/limited/default_local.policy
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2a6d513
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,14 @@
+// Some countries have import limits on crypto strength. This policy file
+// is worldwide importable.
+
+grant {
+    permission javax.crypto.CryptoPermission "DES", 64;
+    permission javax.crypto.CryptoPermission "DESede", *;
+    permission javax.crypto.CryptoPermission "RC2", 128, 
+                                     "javax.crypto.spec.RC2ParameterSpec", 128;
+    permission javax.crypto.CryptoPermission "RC4", 128;
+    permission javax.crypto.CryptoPermission "RC5", 128, 
+          "javax.crypto.spec.RC5ParameterSpec", *, 12, *;
+    permission javax.crypto.CryptoPermission "RSA", *;
+    permission javax.crypto.CryptoPermission *, 128;
+};
diff --git a/jalview_java2/conf/security/policy/limited/exempt_local.policy b/jalview_java2/conf/security/policy/limited/exempt_local.policy
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9dd5b91
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,13 @@
+// Some countries have import limits on crypto strength, but may allow for
+// these exemptions if the exemption mechanism is used.
+
+grant {
+    // There is no restriction to any algorithms if KeyRecovery is enforced.
+    permission javax.crypto.CryptoPermission *, "KeyRecovery"; 
+
+    // There is no restriction to any algorithms if KeyEscrow is enforced.
+    permission javax.crypto.CryptoPermission *, "KeyEscrow"; 
+
+    // There is no restriction to any algorithms if KeyWeakening is enforced. 
+    permission javax.crypto.CryptoPermission *, "KeyWeakening";
+};
diff --git a/jalview_java2/conf/security/policy/unlimited/default_US_export.policy b/jalview_java2/conf/security/policy/unlimited/default_US_export.policy
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1f38934
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,6 @@
+// Default US Export policy file.
+
+grant {
+    // There is no restriction to any algorithms.
+    permission javax.crypto.CryptoAllPermission; 
+};
diff --git a/jalview_java2/conf/security/policy/unlimited/default_local.policy b/jalview_java2/conf/security/policy/unlimited/default_local.policy
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2b907e2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,6 @@
+// Country-specific policy file for countries with no limits on crypto strength.
+
+grant {
+    // There is no restriction to any algorithms.
+    permission javax.crypto.CryptoAllPermission; 
+};
diff --git a/jalview_java2/conf/sound.properties b/jalview_java2/conf/sound.properties
new file mode 100644 (file)
index 0000000..68309d1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,39 @@
+############################################################
+#               Sound Configuration File
+############################################################
+#
+# This properties file is used to specify default service
+# providers for javax.sound.midi.MidiSystem and
+# javax.sound.sampled.AudioSystem.
+#
+# The following keys are recognized by MidiSystem methods:
+#
+# javax.sound.midi.Receiver
+# javax.sound.midi.Sequencer
+# javax.sound.midi.Synthesizer
+# javax.sound.midi.Transmitter
+#
+# The following keys are recognized by AudioSystem methods:
+#
+# javax.sound.sampled.Clip
+# javax.sound.sampled.Port
+# javax.sound.sampled.SourceDataLine
+# javax.sound.sampled.TargetDataLine
+#
+# The values specify the full class name of the service
+# provider, or the device name.
+#
+# See the class descriptions for details.
+#
+# Example 1:
+# Use MyDeviceProvider as default for SourceDataLines:
+# javax.sound.sampled.SourceDataLine=com.xyz.MyDeviceProvider
+#
+# Example 2:
+# Specify the default Synthesizer by its name "InternalSynth".
+# javax.sound.midi.Synthesizer=#InternalSynth
+#
+# Example 3:
+# Specify the default Receiver by provider and name:
+# javax.sound.midi.Receiver=com.sun.media.sound.MidiProvider#SunMIDI1
+#
diff --git a/jalview_java2/include/classfile_constants.h b/jalview_java2/include/classfile_constants.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..68628b1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,582 @@
+/*
+ * Copyright (c) 2004, 2017, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+ * DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+ *
+ * This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+ * under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+ * published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+ * particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+ * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+ *
+ * This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+ * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+ * version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+ * accompanied this code).
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License version
+ * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+ * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+ * questions.
+ */
+
+#ifndef CLASSFILE_CONSTANTS_H
+#define CLASSFILE_CONSTANTS_H
+
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+
+/* Classfile version number for this information */
+#define JVM_CLASSFILE_MAJOR_VERSION 55
+#define JVM_CLASSFILE_MINOR_VERSION 0
+
+/* Flags */
+
+enum {
+    JVM_ACC_PUBLIC        = 0x0001,
+    JVM_ACC_PRIVATE       = 0x0002,
+    JVM_ACC_PROTECTED     = 0x0004,
+    JVM_ACC_STATIC        = 0x0008,
+    JVM_ACC_FINAL         = 0x0010,
+    JVM_ACC_SYNCHRONIZED  = 0x0020,
+    JVM_ACC_SUPER         = 0x0020,
+    JVM_ACC_VOLATILE      = 0x0040,
+    JVM_ACC_BRIDGE        = 0x0040,
+    JVM_ACC_TRANSIENT     = 0x0080,
+    JVM_ACC_VARARGS       = 0x0080,
+    JVM_ACC_NATIVE        = 0x0100,
+    JVM_ACC_INTERFACE     = 0x0200,
+    JVM_ACC_ABSTRACT      = 0x0400,
+    JVM_ACC_STRICT        = 0x0800,
+    JVM_ACC_SYNTHETIC     = 0x1000,
+    JVM_ACC_ANNOTATION    = 0x2000,
+    JVM_ACC_ENUM          = 0x4000,
+    JVM_ACC_MODULE        = 0x8000
+};
+
+#define JVM_ACC_PUBLIC_BIT        0
+#define JVM_ACC_PRIVATE_BIT       1
+#define JVM_ACC_PROTECTED_BIT     2
+#define JVM_ACC_STATIC_BIT        3
+#define JVM_ACC_FINAL_BIT         4
+#define JVM_ACC_SYNCHRONIZED_BIT  5
+#define JVM_ACC_SUPER_BIT         5
+#define JVM_ACC_VOLATILE_BIT      6
+#define JVM_ACC_BRIDGE_BIT        6
+#define JVM_ACC_TRANSIENT_BIT     7
+#define JVM_ACC_VARARGS_BIT       7
+#define JVM_ACC_NATIVE_BIT        8
+#define JVM_ACC_INTERFACE_BIT     9
+#define JVM_ACC_ABSTRACT_BIT      10
+#define JVM_ACC_STRICT_BIT        11
+#define JVM_ACC_SYNTHETIC_BIT     12
+#define JVM_ACC_ANNOTATION_BIT    13
+#define JVM_ACC_ENUM_BIT          14
+
+/* Used in newarray instruction. */
+
+enum {
+    JVM_T_BOOLEAN = 4,
+    JVM_T_CHAR    = 5,
+    JVM_T_FLOAT   = 6,
+    JVM_T_DOUBLE  = 7,
+    JVM_T_BYTE    = 8,
+    JVM_T_SHORT   = 9,
+    JVM_T_INT     = 10,
+    JVM_T_LONG    = 11
+};
+
+/* Constant Pool Entries */
+
+enum {
+    JVM_CONSTANT_Utf8                   = 1,
+    JVM_CONSTANT_Unicode                = 2, /* unused */
+    JVM_CONSTANT_Integer                = 3,
+    JVM_CONSTANT_Float                  = 4,
+    JVM_CONSTANT_Long                   = 5,
+    JVM_CONSTANT_Double                 = 6,
+    JVM_CONSTANT_Class                  = 7,
+    JVM_CONSTANT_String                 = 8,
+    JVM_CONSTANT_Fieldref               = 9,
+    JVM_CONSTANT_Methodref              = 10,
+    JVM_CONSTANT_InterfaceMethodref     = 11,
+    JVM_CONSTANT_NameAndType            = 12,
+    JVM_CONSTANT_MethodHandle           = 15,  // JSR 292
+    JVM_CONSTANT_MethodType             = 16,  // JSR 292
+    JVM_CONSTANT_Dynamic                = 17,
+    JVM_CONSTANT_InvokeDynamic          = 18,
+    JVM_CONSTANT_ExternalMax            = 18
+};
+
+/* JVM_CONSTANT_MethodHandle subtypes */
+enum {
+    JVM_REF_getField                = 1,
+    JVM_REF_getStatic               = 2,
+    JVM_REF_putField                = 3,
+    JVM_REF_putStatic               = 4,
+    JVM_REF_invokeVirtual           = 5,
+    JVM_REF_invokeStatic            = 6,
+    JVM_REF_invokeSpecial           = 7,
+    JVM_REF_newInvokeSpecial        = 8,
+    JVM_REF_invokeInterface         = 9
+};
+
+/* StackMapTable type item numbers */
+
+enum {
+    JVM_ITEM_Top                = 0,
+    JVM_ITEM_Integer            = 1,
+    JVM_ITEM_Float              = 2,
+    JVM_ITEM_Double             = 3,
+    JVM_ITEM_Long               = 4,
+    JVM_ITEM_Null               = 5,
+    JVM_ITEM_UninitializedThis  = 6,
+    JVM_ITEM_Object             = 7,
+    JVM_ITEM_Uninitialized      = 8
+};
+
+/* Type signatures */
+
+enum {
+    JVM_SIGNATURE_ARRAY         = '[',
+    JVM_SIGNATURE_BYTE          = 'B',
+    JVM_SIGNATURE_CHAR          = 'C',
+    JVM_SIGNATURE_CLASS         = 'L',
+    JVM_SIGNATURE_ENDCLASS      = ';',
+    JVM_SIGNATURE_ENUM          = 'E',
+    JVM_SIGNATURE_FLOAT         = 'F',
+    JVM_SIGNATURE_DOUBLE        = 'D',
+    JVM_SIGNATURE_FUNC          = '(',
+    JVM_SIGNATURE_ENDFUNC       = ')',
+    JVM_SIGNATURE_INT           = 'I',
+    JVM_SIGNATURE_LONG          = 'J',
+    JVM_SIGNATURE_SHORT         = 'S',
+    JVM_SIGNATURE_VOID          = 'V',
+    JVM_SIGNATURE_BOOLEAN       = 'Z'
+};
+
+/* Opcodes */
+
+enum {
+    JVM_OPC_nop                 = 0,
+    JVM_OPC_aconst_null         = 1,
+    JVM_OPC_iconst_m1           = 2,
+    JVM_OPC_iconst_0            = 3,
+    JVM_OPC_iconst_1            = 4,
+    JVM_OPC_iconst_2            = 5,
+    JVM_OPC_iconst_3            = 6,
+    JVM_OPC_iconst_4            = 7,
+    JVM_OPC_iconst_5            = 8,
+    JVM_OPC_lconst_0            = 9,
+    JVM_OPC_lconst_1            = 10,
+    JVM_OPC_fconst_0            = 11,
+    JVM_OPC_fconst_1            = 12,
+    JVM_OPC_fconst_2            = 13,
+    JVM_OPC_dconst_0            = 14,
+    JVM_OPC_dconst_1            = 15,
+    JVM_OPC_bipush              = 16,
+    JVM_OPC_sipush              = 17,
+    JVM_OPC_ldc                 = 18,
+    JVM_OPC_ldc_w               = 19,
+    JVM_OPC_ldc2_w              = 20,
+    JVM_OPC_iload               = 21,
+    JVM_OPC_lload               = 22,
+    JVM_OPC_fload               = 23,
+    JVM_OPC_dload               = 24,
+    JVM_OPC_aload               = 25,
+    JVM_OPC_iload_0             = 26,
+    JVM_OPC_iload_1             = 27,
+    JVM_OPC_iload_2             = 28,
+    JVM_OPC_iload_3             = 29,
+    JVM_OPC_lload_0             = 30,
+    JVM_OPC_lload_1             = 31,
+    JVM_OPC_lload_2             = 32,
+    JVM_OPC_lload_3             = 33,
+    JVM_OPC_fload_0             = 34,
+    JVM_OPC_fload_1             = 35,
+    JVM_OPC_fload_2             = 36,
+    JVM_OPC_fload_3             = 37,
+    JVM_OPC_dload_0             = 38,
+    JVM_OPC_dload_1             = 39,
+    JVM_OPC_dload_2             = 40,
+    JVM_OPC_dload_3             = 41,
+    JVM_OPC_aload_0             = 42,
+    JVM_OPC_aload_1             = 43,
+    JVM_OPC_aload_2             = 44,
+    JVM_OPC_aload_3             = 45,
+    JVM_OPC_iaload              = 46,
+    JVM_OPC_laload              = 47,
+    JVM_OPC_faload              = 48,
+    JVM_OPC_daload              = 49,
+    JVM_OPC_aaload              = 50,
+    JVM_OPC_baload              = 51,
+    JVM_OPC_caload              = 52,
+    JVM_OPC_saload              = 53,
+    JVM_OPC_istore              = 54,
+    JVM_OPC_lstore              = 55,
+    JVM_OPC_fstore              = 56,
+    JVM_OPC_dstore              = 57,
+    JVM_OPC_astore              = 58,
+    JVM_OPC_istore_0            = 59,
+    JVM_OPC_istore_1            = 60,
+    JVM_OPC_istore_2            = 61,
+    JVM_OPC_istore_3            = 62,
+    JVM_OPC_lstore_0            = 63,
+    JVM_OPC_lstore_1            = 64,
+    JVM_OPC_lstore_2            = 65,
+    JVM_OPC_lstore_3            = 66,
+    JVM_OPC_fstore_0            = 67,
+    JVM_OPC_fstore_1            = 68,
+    JVM_OPC_fstore_2            = 69,
+    JVM_OPC_fstore_3            = 70,
+    JVM_OPC_dstore_0            = 71,
+    JVM_OPC_dstore_1            = 72,
+    JVM_OPC_dstore_2            = 73,
+    JVM_OPC_dstore_3            = 74,
+    JVM_OPC_astore_0            = 75,
+    JVM_OPC_astore_1            = 76,
+    JVM_OPC_astore_2            = 77,
+    JVM_OPC_astore_3            = 78,
+    JVM_OPC_iastore             = 79,
+    JVM_OPC_lastore             = 80,
+    JVM_OPC_fastore             = 81,
+    JVM_OPC_dastore             = 82,
+    JVM_OPC_aastore             = 83,
+    JVM_OPC_bastore             = 84,
+    JVM_OPC_castore             = 85,
+    JVM_OPC_sastore             = 86,
+    JVM_OPC_pop                 = 87,
+    JVM_OPC_pop2                = 88,
+    JVM_OPC_dup                 = 89,
+    JVM_OPC_dup_x1              = 90,
+    JVM_OPC_dup_x2              = 91,
+    JVM_OPC_dup2                = 92,
+    JVM_OPC_dup2_x1             = 93,
+    JVM_OPC_dup2_x2             = 94,
+    JVM_OPC_swap                = 95,
+    JVM_OPC_iadd                = 96,
+    JVM_OPC_ladd                = 97,
+    JVM_OPC_fadd                = 98,
+    JVM_OPC_dadd                = 99,
+    JVM_OPC_isub                = 100,
+    JVM_OPC_lsub                = 101,
+    JVM_OPC_fsub                = 102,
+    JVM_OPC_dsub                = 103,
+    JVM_OPC_imul                = 104,
+    JVM_OPC_lmul                = 105,
+    JVM_OPC_fmul                = 106,
+    JVM_OPC_dmul                = 107,
+    JVM_OPC_idiv                = 108,
+    JVM_OPC_ldiv                = 109,
+    JVM_OPC_fdiv                = 110,
+    JVM_OPC_ddiv                = 111,
+    JVM_OPC_irem                = 112,
+    JVM_OPC_lrem                = 113,
+    JVM_OPC_frem                = 114,
+    JVM_OPC_drem                = 115,
+    JVM_OPC_ineg                = 116,
+    JVM_OPC_lneg                = 117,
+    JVM_OPC_fneg                = 118,
+    JVM_OPC_dneg                = 119,
+    JVM_OPC_ishl                = 120,
+    JVM_OPC_lshl                = 121,
+    JVM_OPC_ishr                = 122,
+    JVM_OPC_lshr                = 123,
+    JVM_OPC_iushr               = 124,
+    JVM_OPC_lushr               = 125,
+    JVM_OPC_iand                = 126,
+    JVM_OPC_land                = 127,
+    JVM_OPC_ior                 = 128,
+    JVM_OPC_lor                 = 129,
+    JVM_OPC_ixor                = 130,
+    JVM_OPC_lxor                = 131,
+    JVM_OPC_iinc                = 132,
+    JVM_OPC_i2l                 = 133,
+    JVM_OPC_i2f                 = 134,
+    JVM_OPC_i2d                 = 135,
+    JVM_OPC_l2i                 = 136,
+    JVM_OPC_l2f                 = 137,
+    JVM_OPC_l2d                 = 138,
+    JVM_OPC_f2i                 = 139,
+    JVM_OPC_f2l                 = 140,
+    JVM_OPC_f2d                 = 141,
+    JVM_OPC_d2i                 = 142,
+    JVM_OPC_d2l                 = 143,
+    JVM_OPC_d2f                 = 144,
+    JVM_OPC_i2b                 = 145,
+    JVM_OPC_i2c                 = 146,
+    JVM_OPC_i2s                 = 147,
+    JVM_OPC_lcmp                = 148,
+    JVM_OPC_fcmpl               = 149,
+    JVM_OPC_fcmpg               = 150,
+    JVM_OPC_dcmpl               = 151,
+    JVM_OPC_dcmpg               = 152,
+    JVM_OPC_ifeq                = 153,
+    JVM_OPC_ifne                = 154,
+    JVM_OPC_iflt                = 155,
+    JVM_OPC_ifge                = 156,
+    JVM_OPC_ifgt                = 157,
+    JVM_OPC_ifle                = 158,
+    JVM_OPC_if_icmpeq           = 159,
+    JVM_OPC_if_icmpne           = 160,
+    JVM_OPC_if_icmplt           = 161,
+    JVM_OPC_if_icmpge           = 162,
+    JVM_OPC_if_icmpgt           = 163,
+    JVM_OPC_if_icmple           = 164,
+    JVM_OPC_if_acmpeq           = 165,
+    JVM_OPC_if_acmpne           = 166,
+    JVM_OPC_goto                = 167,
+    JVM_OPC_jsr                 = 168,
+    JVM_OPC_ret                 = 169,
+    JVM_OPC_tableswitch         = 170,
+    JVM_OPC_lookupswitch        = 171,
+    JVM_OPC_ireturn             = 172,
+    JVM_OPC_lreturn             = 173,
+    JVM_OPC_freturn             = 174,
+    JVM_OPC_dreturn             = 175,
+    JVM_OPC_areturn             = 176,
+    JVM_OPC_return              = 177,
+    JVM_OPC_getstatic           = 178,
+    JVM_OPC_putstatic           = 179,
+    JVM_OPC_getfield            = 180,
+    JVM_OPC_putfield            = 181,
+    JVM_OPC_invokevirtual       = 182,
+    JVM_OPC_invokespecial       = 183,
+    JVM_OPC_invokestatic        = 184,
+    JVM_OPC_invokeinterface     = 185,
+    JVM_OPC_invokedynamic       = 186,
+    JVM_OPC_new                 = 187,
+    JVM_OPC_newarray            = 188,
+    JVM_OPC_anewarray           = 189,
+    JVM_OPC_arraylength         = 190,
+    JVM_OPC_athrow              = 191,
+    JVM_OPC_checkcast           = 192,
+    JVM_OPC_instanceof          = 193,
+    JVM_OPC_monitorenter        = 194,
+    JVM_OPC_monitorexit         = 195,
+    JVM_OPC_wide                = 196,
+    JVM_OPC_multianewarray      = 197,
+    JVM_OPC_ifnull              = 198,
+    JVM_OPC_ifnonnull           = 199,
+    JVM_OPC_goto_w              = 200,
+    JVM_OPC_jsr_w               = 201,
+    JVM_OPC_MAX                 = 201
+};
+
+/* Opcode length initializer, use with something like:
+ *   unsigned char opcode_length[JVM_OPC_MAX+1] = JVM_OPCODE_LENGTH_INITIALIZER;
+ */
+#define JVM_OPCODE_LENGTH_INITIALIZER { \
+   1,   /* nop */                       \
+   1,   /* aconst_null */               \
+   1,   /* iconst_m1 */                 \
+   1,   /* iconst_0 */                  \
+   1,   /* iconst_1 */                  \
+   1,   /* iconst_2 */                  \
+   1,   /* iconst_3 */                  \
+   1,   /* iconst_4 */                  \
+   1,   /* iconst_5 */                  \
+   1,   /* lconst_0 */                  \
+   1,   /* lconst_1 */                  \
+   1,   /* fconst_0 */                  \
+   1,   /* fconst_1 */                  \
+   1,   /* fconst_2 */                  \
+   1,   /* dconst_0 */                  \
+   1,   /* dconst_1 */                  \
+   2,   /* bipush */                    \
+   3,   /* sipush */                    \
+   2,   /* ldc */                       \
+   3,   /* ldc_w */                     \
+   3,   /* ldc2_w */                    \
+   2,   /* iload */                     \
+   2,   /* lload */                     \
+   2,   /* fload */                     \
+   2,   /* dload */                     \
+   2,   /* aload */                     \
+   1,   /* iload_0 */                   \
+   1,   /* iload_1 */                   \
+   1,   /* iload_2 */                   \
+   1,   /* iload_3 */                   \
+   1,   /* lload_0 */                   \
+   1,   /* lload_1 */                   \
+   1,   /* lload_2 */                   \
+   1,   /* lload_3 */                   \
+   1,   /* fload_0 */                   \
+   1,   /* fload_1 */                   \
+   1,   /* fload_2 */                   \
+   1,   /* fload_3 */                   \
+   1,   /* dload_0 */                   \
+   1,   /* dload_1 */                   \
+   1,   /* dload_2 */                   \
+   1,   /* dload_3 */                   \
+   1,   /* aload_0 */                   \
+   1,   /* aload_1 */                   \
+   1,   /* aload_2 */                   \
+   1,   /* aload_3 */                   \
+   1,   /* iaload */                    \
+   1,   /* laload */                    \
+   1,   /* faload */                    \
+   1,   /* daload */                    \
+   1,   /* aaload */                    \
+   1,   /* baload */                    \
+   1,   /* caload */                    \
+   1,   /* saload */                    \
+   2,   /* istore */                    \
+   2,   /* lstore */                    \
+   2,   /* fstore */                    \
+   2,   /* dstore */                    \
+   2,   /* astore */                    \
+   1,   /* istore_0 */                  \
+   1,   /* istore_1 */                  \
+   1,   /* istore_2 */                  \
+   1,   /* istore_3 */                  \
+   1,   /* lstore_0 */                  \
+   1,   /* lstore_1 */                  \
+   1,   /* lstore_2 */                  \
+   1,   /* lstore_3 */                  \
+   1,   /* fstore_0 */                  \
+   1,   /* fstore_1 */                  \
+   1,   /* fstore_2 */                  \
+   1,   /* fstore_3 */                  \
+   1,   /* dstore_0 */                  \
+   1,   /* dstore_1 */                  \
+   1,   /* dstore_2 */                  \
+   1,   /* dstore_3 */                  \
+   1,   /* astore_0 */                  \
+   1,   /* astore_1 */                  \
+   1,   /* astore_2 */                  \
+   1,   /* astore_3 */                  \
+   1,   /* iastore */                   \
+   1,   /* lastore */                   \
+   1,   /* fastore */                   \
+   1,   /* dastore */                   \
+   1,   /* aastore */                   \
+   1,   /* bastore */                   \
+   1,   /* castore */                   \
+   1,   /* sastore */                   \
+   1,   /* pop */                       \
+   1,   /* pop2 */                      \
+   1,   /* dup */                       \
+   1,   /* dup_x1 */                    \
+   1,   /* dup_x2 */                    \
+   1,   /* dup2 */                      \
+   1,   /* dup2_x1 */                   \
+   1,   /* dup2_x2 */                   \
+   1,   /* swap */                      \
+   1,   /* iadd */                      \
+   1,   /* ladd */                      \
+   1,   /* fadd */                      \
+   1,   /* dadd */                      \
+   1,   /* isub */                      \
+   1,   /* lsub */                      \
+   1,   /* fsub */                      \
+   1,   /* dsub */                      \
+   1,   /* imul */                      \
+   1,   /* lmul */                      \
+   1,   /* fmul */                      \
+   1,   /* dmul */                      \
+   1,   /* idiv */                      \
+   1,   /* ldiv */                      \
+   1,   /* fdiv */                      \
+   1,   /* ddiv */                      \
+   1,   /* irem */                      \
+   1,   /* lrem */                      \
+   1,   /* frem */                      \
+   1,   /* drem */                      \
+   1,   /* ineg */                      \
+   1,   /* lneg */                      \
+   1,   /* fneg */                      \
+   1,   /* dneg */                      \
+   1,   /* ishl */                      \
+   1,   /* lshl */                      \
+   1,   /* ishr */                      \
+   1,   /* lshr */                      \
+   1,   /* iushr */                     \
+   1,   /* lushr */                     \
+   1,   /* iand */                      \
+   1,   /* land */                      \
+   1,   /* ior */                       \
+   1,   /* lor */                       \
+   1,   /* ixor */                      \
+   1,   /* lxor */                      \
+   3,   /* iinc */                      \
+   1,   /* i2l */                       \
+   1,   /* i2f */                       \
+   1,   /* i2d */                       \
+   1,   /* l2i */                       \
+   1,   /* l2f */                       \
+   1,   /* l2d */                       \
+   1,   /* f2i */                       \
+   1,   /* f2l */                       \
+   1,   /* f2d */                       \
+   1,   /* d2i */                       \
+   1,   /* d2l */                       \
+   1,   /* d2f */                       \
+   1,   /* i2b */                       \
+   1,   /* i2c */                       \
+   1,   /* i2s */                       \
+   1,   /* lcmp */                      \
+   1,   /* fcmpl */                     \
+   1,   /* fcmpg */                     \
+   1,   /* dcmpl */                     \
+   1,   /* dcmpg */                     \
+   3,   /* ifeq */                      \
+   3,   /* ifne */                      \
+   3,   /* iflt */                      \
+   3,   /* ifge */                      \
+   3,   /* ifgt */                      \
+   3,   /* ifle */                      \
+   3,   /* if_icmpeq */                 \
+   3,   /* if_icmpne */                 \
+   3,   /* if_icmplt */                 \
+   3,   /* if_icmpge */                 \
+   3,   /* if_icmpgt */                 \
+   3,   /* if_icmple */                 \
+   3,   /* if_acmpeq */                 \
+   3,   /* if_acmpne */                 \
+   3,   /* goto */                      \
+   3,   /* jsr */                       \
+   2,   /* ret */                       \
+   99,  /* tableswitch */               \
+   99,  /* lookupswitch */              \
+   1,   /* ireturn */                   \
+   1,   /* lreturn */                   \
+   1,   /* freturn */                   \
+   1,   /* dreturn */                   \
+   1,   /* areturn */                   \
+   1,   /* return */                    \
+   3,   /* getstatic */                 \
+   3,   /* putstatic */                 \
+   3,   /* getfield */                  \
+   3,   /* putfield */                  \
+   3,   /* invokevirtual */             \
+   3,   /* invokespecial */             \
+   3,   /* invokestatic */              \
+   5,   /* invokeinterface */           \
+   5,   /* invokedynamic */             \
+   3,   /* new */                       \
+   2,   /* newarray */                  \
+   3,   /* anewarray */                 \
+   1,   /* arraylength */               \
+   1,   /* athrow */                    \
+   3,   /* checkcast */                 \
+   3,   /* instanceof */                \
+   1,   /* monitorenter */              \
+   1,   /* monitorexit */               \
+   0,   /* wide */                      \
+   4,   /* multianewarray */            \
+   3,   /* ifnull */                    \
+   3,   /* ifnonnull */                 \
+   5,   /* goto_w */                    \
+   5    /* jsr_w */                     \
+}
+
+#ifdef __cplusplus
+} /* extern "C" */
+#endif /* __cplusplus */
+
+#endif /* CLASSFILE_CONSTANTS */
diff --git a/jalview_java2/include/darwin/jawt_md.h b/jalview_java2/include/darwin/jawt_md.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..94a13c9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,77 @@
+/*
+ * Copyright (c) 1999, 2013, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+ * DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+ *
+ * This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+ * under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+ * published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+ * particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+ * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+ *
+ * This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+ * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+ * version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+ * accompanied this code).
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License version
+ * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+ * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+ * questions.
+ */
+
+#ifndef _JAVASOFT_JAWT_MD_H_
+#define _JAVASOFT_JAWT_MD_H_
+
+#include "jawt.h"
+
+#ifdef __OBJC__
+#import <QuartzCore/CALayer.h>
+#endif
+
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+
+/*
+ * MacOS specific declarations for AWT native interface.
+ * See notes in jawt.h for an example of use.
+ */
+
+/*
+ * When calling JAWT_GetAWT with a JAWT version less than 1.7, you must pass this
+ * flag or you will not be able to get a valid drawing surface and JAWT_GetAWT will
+ * return false. This is to maintain compatibility with applications that used the
+ * interface with Java 6 which had multiple rendering models. This flag is not necessary
+ * when JAWT version 1.7 or greater is used as this is the only supported rendering mode.
+ *
+ * Example:
+ *   JAWT awt;
+ *   awt.version = JAWT_VERSION_1_4 | JAWT_MACOSX_USE_CALAYER;
+ *   jboolean success = JAWT_GetAWT(env, &awt);
+ */
+#define JAWT_MACOSX_USE_CALAYER 0x80000000
+
+/*
+ * When the native Cocoa toolkit is in use, the pointer stored in
+ * JAWT_DrawingSurfaceInfo->platformInfo points to a NSObject that conforms to the
+ * JAWT_SurfaceLayers protocol. Setting the layer property of this object will cause the
+ * specified layer to be overlaid on the Components rectangle. If the window the
+ * Component belongs to has a CALayer attached to it, this layer will be accessible via
+ * the windowLayer property.
+ */
+#ifdef __OBJC__
+@protocol JAWT_SurfaceLayers
+@property (readwrite, retain) CALayer *layer;
+@property (readonly) CALayer *windowLayer;
+@end
+#endif
+
+#ifdef __cplusplus
+}
+#endif
+
+#endif /* !_JAVASOFT_JAWT_MD_H_ */
diff --git a/jalview_java2/include/darwin/jni_md.h b/jalview_java2/include/darwin/jni_md.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6e35203
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,56 @@
+/*
+ * Copyright (c) 1996, 2013, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+ * DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+ *
+ * This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+ * under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+ * published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+ * particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+ * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+ *
+ * This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+ * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+ * version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+ * accompanied this code).
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License version
+ * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+ * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+ * questions.
+ */
+
+#ifndef _JAVASOFT_JNI_MD_H_
+#define _JAVASOFT_JNI_MD_H_
+
+#ifndef __has_attribute
+  #define __has_attribute(x) 0
+#endif
+#if (defined(__GNUC__) && ((__GNUC__ > 4) || (__GNUC__ == 4) && (__GNUC_MINOR__ > 2))) || __has_attribute(visibility)
+  #ifdef ARM
+    #define JNIEXPORT     __attribute__((externally_visible,visibility("default")))
+    #define JNIIMPORT     __attribute__((externally_visible,visibility("default")))
+  #else
+    #define JNIEXPORT     __attribute__((visibility("default")))
+    #define JNIIMPORT     __attribute__((visibility("default")))
+  #endif
+#else
+  #define JNIEXPORT
+  #define JNIIMPORT
+#endif
+
+#define JNICALL
+
+typedef int jint;
+#ifdef _LP64
+typedef long jlong;
+#else
+typedef long long jlong;
+#endif
+
+typedef signed char jbyte;
+
+#endif /* !_JAVASOFT_JNI_MD_H_ */
diff --git a/jalview_java2/include/jawt.h b/jalview_java2/include/jawt.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2079b0b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,356 @@
+/*
+ * Copyright (c) 1999, 2017, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+ * DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+ *
+ * This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+ * under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+ * published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+ * particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+ * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+ *
+ * This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+ * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+ * version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+ * accompanied this code).
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License version
+ * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+ * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+ * questions.
+ */
+
+#ifndef _JAVASOFT_JAWT_H_
+#define _JAVASOFT_JAWT_H_
+
+#include "jni.h"
+
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+
+/*
+ * AWT native interface.
+ *
+ * The AWT native interface allows a native C or C++ application a means
+ * by which to access native structures in AWT.  This is to facilitate moving
+ * legacy C and C++ applications to Java and to target the needs of the
+ * developers who need to do their own native rendering to canvases
+ * for performance or other reasons.
+ *
+ * Conversely it also provides mechanisms for an application which already
+ * has a native window to provide that to AWT for AWT rendering.
+ *
+ * Since every platform may be different in its native data structures
+ * and APIs for windowing systems the application must necessarily
+ * provided per-platform source and compile and deliver per-platform
+ * native code  to use this API.
+ *
+ * These interfaces are not part of the Java SE specification and
+ * a VM is not required to implement this API. However it is strongly
+ * recommended that all implementations which support headful AWT
+ * also support these interfaces.
+ *
+ */
+
+/*
+ * AWT Native Drawing Surface (JAWT_DrawingSurface).
+ *
+ * For each platform, there is a native drawing surface structure.  This
+ * platform-specific structure can be found in jawt_md.h.  It is recommended
+ * that additional platforms follow the same model.  It is also recommended
+ * that VMs on all platforms support the existing structures in jawt_md.h.
+ *
+ *******************
+ * EXAMPLE OF USAGE:
+ *******************
+ *
+ * In Win32, a programmer wishes to access the HWND of a canvas to perform
+ * native rendering into it.  The programmer has declared the paint() method
+ * for their canvas subclass to be native:
+ *
+ *
+ * MyCanvas.java:
+ *
+ * import java.awt.*;
+ *
+ * public class MyCanvas extends Canvas {
+ *
+ *     static {
+ *         System.loadLibrary("mylib");
+ *     }
+ *
+ *     public native void paint(Graphics g);
+ * }
+ *
+ *
+ * myfile.c:
+ *
+ * #include "jawt_md.h"
+ * #include <assert.h>
+ *
+ * JNIEXPORT void JNICALL
+ * Java_MyCanvas_paint(JNIEnv* env, jobject canvas, jobject graphics)
+ * {
+ *     JAWT awt;
+ *     JAWT_DrawingSurface* ds;
+ *     JAWT_DrawingSurfaceInfo* dsi;
+ *     JAWT_Win32DrawingSurfaceInfo* dsi_win;
+ *     jboolean result;
+ *     jint lock;
+ *
+ *     // Get the AWT. Request version 9 to access features in that release.
+ *     awt.version = JAWT_VERSION_9;
+ *     result = JAWT_GetAWT(env, &awt);
+ *     assert(result != JNI_FALSE);
+ *
+ *     // Get the drawing surface
+ *     ds = awt.GetDrawingSurface(env, canvas);
+ *     assert(ds != NULL);
+ *
+ *     // Lock the drawing surface
+ *     lock = ds->Lock(ds);
+ *     assert((lock & JAWT_LOCK_ERROR) == 0);
+ *
+ *     // Get the drawing surface info
+ *     dsi = ds->GetDrawingSurfaceInfo(ds);
+ *
+ *     // Get the platform-specific drawing info
+ *     dsi_win = (JAWT_Win32DrawingSurfaceInfo*)dsi->platformInfo;
+ *
+ *     //////////////////////////////
+ *     // !!! DO PAINTING HERE !!! //
+ *     //////////////////////////////
+ *
+ *     // Free the drawing surface info
+ *     ds->FreeDrawingSurfaceInfo(dsi);
+ *
+ *     // Unlock the drawing surface
+ *     ds->Unlock(ds);
+ *
+ *     // Free the drawing surface
+ *     awt.FreeDrawingSurface(ds);
+ * }
+ *
+ */
+
+/*
+ * JAWT_Rectangle
+ * Structure for a native rectangle.
+ */
+typedef struct jawt_Rectangle {
+    jint x;
+    jint y;
+    jint width;
+    jint height;
+} JAWT_Rectangle;
+
+struct jawt_DrawingSurface;
+
+/*
+ * JAWT_DrawingSurfaceInfo
+ * Structure for containing the underlying drawing information of a component.
+ */
+typedef struct jawt_DrawingSurfaceInfo {
+    /*
+     * Pointer to the platform-specific information.  This can be safely
+     * cast to a JAWT_Win32DrawingSurfaceInfo on Windows or a
+     * JAWT_X11DrawingSurfaceInfo on Linux and Solaris. On Mac OS X this is a
+     * pointer to a NSObject that conforms to the JAWT_SurfaceLayers
+     * protocol. See jawt_md.h for details.
+     */
+    void* platformInfo;
+    /* Cached pointer to the underlying drawing surface */
+    struct jawt_DrawingSurface* ds;
+    /* Bounding rectangle of the drawing surface */
+    JAWT_Rectangle bounds;
+    /* Number of rectangles in the clip */
+    jint clipSize;
+    /* Clip rectangle array */
+    JAWT_Rectangle* clip;
+} JAWT_DrawingSurfaceInfo;
+
+#define JAWT_LOCK_ERROR                 0x00000001
+#define JAWT_LOCK_CLIP_CHANGED          0x00000002
+#define JAWT_LOCK_BOUNDS_CHANGED        0x00000004
+#define JAWT_LOCK_SURFACE_CHANGED       0x00000008
+
+/*
+ * JAWT_DrawingSurface
+ * Structure for containing the underlying drawing information of a component.
+ * All operations on a JAWT_DrawingSurface MUST be performed from the same
+ * thread as the call to GetDrawingSurface.
+ */
+typedef struct jawt_DrawingSurface {
+    /*
+     * Cached reference to the Java environment of the calling thread.
+     * If Lock(), Unlock(), GetDrawingSurfaceInfo() or
+     * FreeDrawingSurfaceInfo() are called from a different thread,
+     * this data member should be set before calling those functions.
+     */
+    JNIEnv* env;
+    /* Cached reference to the target object */
+    jobject target;
+    /*
+     * Lock the surface of the target component for native rendering.
+     * When finished drawing, the surface must be unlocked with
+     * Unlock().  This function returns a bitmask with one or more of the
+     * following values:
+     *
+     * JAWT_LOCK_ERROR - When an error has occurred and the surface could not
+     * be locked.
+     *
+     * JAWT_LOCK_CLIP_CHANGED - When the clip region has changed.
+     *
+     * JAWT_LOCK_BOUNDS_CHANGED - When the bounds of the surface have changed.
+     *
+     * JAWT_LOCK_SURFACE_CHANGED - When the surface itself has changed
+     */
+    jint (JNICALL *Lock)
+        (struct jawt_DrawingSurface* ds);
+    /*
+     * Get the drawing surface info.
+     * The value returned may be cached, but the values may change if
+     * additional calls to Lock() or Unlock() are made.
+     * Lock() must be called before this can return a valid value.
+     * Returns NULL if an error has occurred.
+     * When finished with the returned value, FreeDrawingSurfaceInfo must be
+     * called.
+     */
+    JAWT_DrawingSurfaceInfo* (JNICALL *GetDrawingSurfaceInfo)
+        (struct jawt_DrawingSurface* ds);
+    /*
+     * Free the drawing surface info.
+     */
+    void (JNICALL *FreeDrawingSurfaceInfo)
+        (JAWT_DrawingSurfaceInfo* dsi);
+    /*
+     * Unlock the drawing surface of the target component for native rendering.
+     */
+    void (JNICALL *Unlock)
+        (struct jawt_DrawingSurface* ds);
+} JAWT_DrawingSurface;
+
+/*
+ * JAWT
+ * Structure for containing native AWT functions.
+ */
+typedef struct jawt {
+    /*
+     * Version of this structure.  This must always be set before
+     * calling JAWT_GetAWT(). It affects the functions returned.
+     * Must be one of the known pre-defined versions.
+     */
+    jint version;
+    /*
+     * Return a drawing surface from a target jobject.  This value
+     * may be cached.
+     * Returns NULL if an error has occurred.
+     * Target must be a java.awt.Component (should be a Canvas
+     * or Window for native rendering).
+     * FreeDrawingSurface() must be called when finished with the
+     * returned JAWT_DrawingSurface.
+     */
+    JAWT_DrawingSurface* (JNICALL *GetDrawingSurface)
+        (JNIEnv* env, jobject target);
+    /*
+     * Free the drawing surface allocated in GetDrawingSurface.
+     */
+    void (JNICALL *FreeDrawingSurface)
+        (JAWT_DrawingSurface* ds);
+    /*
+     * Since 1.4
+     * Locks the entire AWT for synchronization purposes
+     */
+    void (JNICALL *Lock)(JNIEnv* env);
+    /*
+     * Since 1.4
+     * Unlocks the entire AWT for synchronization purposes
+     */
+    void (JNICALL *Unlock)(JNIEnv* env);
+    /*
+     * Since 1.4
+     * Returns a reference to a java.awt.Component from a native
+     * platform handle.  On Windows, this corresponds to an HWND;
+     * on Solaris and Linux, this is a Drawable.  For other platforms,
+     * see the appropriate machine-dependent header file for a description.
+     * The reference returned by this function is a local
+     * reference that is only valid in this environment.
+     * This function returns a NULL reference if no component could be
+     * found with matching platform information.
+     */
+    jobject (JNICALL *GetComponent)(JNIEnv* env, void* platformInfo);
+
+    /**
+     * Since 9
+     * Creates a java.awt.Frame placed in a native container. Container is
+     * referenced by the native platform handle. For example on Windows this
+     * corresponds to an HWND. For other platforms, see the appropriate
+     * machine-dependent header file for a description. The reference returned
+     * by this function is a local reference that is only valid in this
+     * environment. This function returns a NULL reference if no frame could be
+     * created with matching platform information.
+     */
+    jobject (JNICALL *CreateEmbeddedFrame) (JNIEnv *env, void* platformInfo);
+
+    /**
+     * Since 9
+     * Moves and resizes the embedded frame. The new location of the top-left
+     * corner is specified by x and y parameters relative to the native parent
+     * component. The new size is specified by width and height.
+     *
+     * The embedded frame should be created by CreateEmbeddedFrame() method, or
+     * this function will not have any effect.
+     *
+     * java.awt.Component.setLocation() and java.awt.Component.setBounds() for
+     * EmbeddedFrame really don't move it within the native parent. These
+     * methods always locate the embedded frame at (0, 0) for backward
+     * compatibility. To allow moving embedded frames this method was
+     * introduced, and it works just the same way as setLocation() and
+     * setBounds() for usual, non-embedded components.
+     *
+     * Using usual get/setLocation() and get/setBounds() together with this new
+     * method is not recommended.
+     */
+    void (JNICALL *SetBounds) (JNIEnv *env, jobject embeddedFrame,
+            jint x, jint y, jint w, jint h);
+    /**
+     * Since 9
+     * Synthesize a native message to activate or deactivate an EmbeddedFrame
+     * window depending on the value of parameter doActivate, if "true"
+     * activates the window; otherwise, deactivates the window.
+     *
+     * The embedded frame should be created by CreateEmbeddedFrame() method, or
+     * this function will not have any effect.
+     */
+    void (JNICALL *SynthesizeWindowActivation) (JNIEnv *env,
+            jobject embeddedFrame, jboolean doActivate);
+} JAWT;
+
+/*
+ * Get the AWT native structure.  This function returns JNI_FALSE if
+ * an error occurs.
+ */
+_JNI_IMPORT_OR_EXPORT_
+jboolean JNICALL JAWT_GetAWT(JNIEnv* env, JAWT* awt);
+
+/*
+ * Specify one of these constants as the JAWT.version
+ * Specifying an earlier version will limit the available functions to
+ * those provided in that earlier version of JAWT.
+ * See the "Since" note on each API. Methods with no "Since"
+ * may be presumed to be present in JAWT_VERSION_1_3.
+ */
+#define JAWT_VERSION_1_3 0x00010003
+#define JAWT_VERSION_1_4 0x00010004
+#define JAWT_VERSION_1_7 0x00010007
+#define JAWT_VERSION_9 0x00090000
+
+#ifdef __cplusplus
+} /* extern "C" */
+#endif
+
+#endif /* !_JAVASOFT_JAWT_H_ */
diff --git a/jalview_java2/include/jni.h b/jalview_java2/include/jni.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e15503f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1973 @@
+/*
+ * Copyright (c) 1996, 2016, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+ * DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+ *
+ * This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+ * under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+ * published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+ * particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+ * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+ *
+ * This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+ * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+ * version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+ * accompanied this code).
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License version
+ * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+ * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+ * questions.
+ */
+
+/*
+ * We used part of Netscape's Java Runtime Interface (JRI) as the starting
+ * point of our design and implementation.
+ */
+
+/******************************************************************************
+ * Java Runtime Interface
+ * Copyright (c) 1996 Netscape Communications Corporation. All rights reserved.
+ *****************************************************************************/
+
+#ifndef _JAVASOFT_JNI_H_
+#define _JAVASOFT_JNI_H_
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdarg.h>
+
+/* jni_md.h contains the machine-dependent typedefs for jbyte, jint
+   and jlong */
+
+#include "jni_md.h"
+
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+
+/*
+ * JNI Types
+ */
+
+#ifndef JNI_TYPES_ALREADY_DEFINED_IN_JNI_MD_H
+
+typedef unsigned char   jboolean;
+typedef unsigned short  jchar;
+typedef short           jshort;
+typedef float           jfloat;
+typedef double          jdouble;
+
+typedef jint            jsize;
+
+#ifdef __cplusplus
+
+class _jobject {};
+class _jclass : public _jobject {};
+class _jthrowable : public _jobject {};
+class _jstring : public _jobject {};
+class _jarray : public _jobject {};
+class _jbooleanArray : public _jarray {};
+class _jbyteArray : public _jarray {};
+class _jcharArray : public _jarray {};
+class _jshortArray : public _jarray {};
+class _jintArray : public _jarray {};
+class _jlongArray : public _jarray {};
+class _jfloatArray : public _jarray {};
+class _jdoubleArray : public _jarray {};
+class _jobjectArray : public _jarray {};
+
+typedef _jobject *jobject;
+typedef _jclass *jclass;
+typedef _jthrowable *jthrowable;
+typedef _jstring *jstring;
+typedef _jarray *jarray;
+typedef _jbooleanArray *jbooleanArray;
+typedef _jbyteArray *jbyteArray;
+typedef _jcharArray *jcharArray;
+typedef _jshortArray *jshortArray;
+typedef _jintArray *jintArray;
+typedef _jlongArray *jlongArray;
+typedef _jfloatArray *jfloatArray;
+typedef _jdoubleArray *jdoubleArray;
+typedef _jobjectArray *jobjectArray;
+
+#else
+
+struct _jobject;
+
+typedef struct _jobject *jobject;
+typedef jobject jclass;
+typedef jobject jthrowable;
+typedef jobject jstring;
+typedef jobject jarray;
+typedef jarray jbooleanArray;
+typedef jarray jbyteArray;
+typedef jarray jcharArray;
+typedef jarray jshortArray;
+typedef jarray jintArray;
+typedef jarray jlongArray;
+typedef jarray jfloatArray;
+typedef jarray jdoubleArray;
+typedef jarray jobjectArray;
+
+#endif
+
+typedef jobject jweak;
+
+typedef union jvalue {
+    jboolean z;
+    jbyte    b;
+    jchar    c;
+    jshort   s;
+    jint     i;
+    jlong    j;
+    jfloat   f;
+    jdouble  d;
+    jobject  l;
+} jvalue;
+
+struct _jfieldID;
+typedef struct _jfieldID *jfieldID;
+
+struct _jmethodID;
+typedef struct _jmethodID *jmethodID;
+
+/* Return values from jobjectRefType */
+typedef enum _jobjectType {
+     JNIInvalidRefType    = 0,
+     JNILocalRefType      = 1,
+     JNIGlobalRefType     = 2,
+     JNIWeakGlobalRefType = 3
+} jobjectRefType;
+
+
+#endif /* JNI_TYPES_ALREADY_DEFINED_IN_JNI_MD_H */
+
+/*
+ * jboolean constants
+ */
+
+#define JNI_FALSE 0
+#define JNI_TRUE 1
+
+/*
+ * possible return values for JNI functions.
+ */
+
+#define JNI_OK           0                 /* success */
+#define JNI_ERR          (-1)              /* unknown error */
+#define JNI_EDETACHED    (-2)              /* thread detached from the VM */
+#define JNI_EVERSION     (-3)              /* JNI version error */
+#define JNI_ENOMEM       (-4)              /* not enough memory */
+#define JNI_EEXIST       (-5)              /* VM already created */
+#define JNI_EINVAL       (-6)              /* invalid arguments */
+
+/*
+ * used in ReleaseScalarArrayElements
+ */
+
+#define JNI_COMMIT 1
+#define JNI_ABORT 2
+
+/*
+ * used in RegisterNatives to describe native method name, signature,
+ * and function pointer.
+ */
+
+typedef struct {
+    char *name;
+    char *signature;
+    void *fnPtr;
+} JNINativeMethod;
+
+/*
+ * JNI Native Method Interface.
+ */
+
+struct JNINativeInterface_;
+
+struct JNIEnv_;
+
+#ifdef __cplusplus
+typedef JNIEnv_ JNIEnv;
+#else
+typedef const struct JNINativeInterface_ *JNIEnv;
+#endif
+
+/*
+ * JNI Invocation Interface.
+ */
+
+struct JNIInvokeInterface_;
+
+struct JavaVM_;
+
+#ifdef __cplusplus
+typedef JavaVM_ JavaVM;
+#else
+typedef const struct JNIInvokeInterface_ *JavaVM;
+#endif
+
+struct JNINativeInterface_ {
+    void *reserved0;
+    void *reserved1;
+    void *reserved2;
+
+    void *reserved3;
+    jint (JNICALL *GetVersion)(JNIEnv *env);
+
+    jclass (JNICALL *DefineClass)
+      (JNIEnv *env, const char *name, jobject loader, const jbyte *buf,
+       jsize len);
+    jclass (JNICALL *FindClass)
+      (JNIEnv *env, const char *name);
+
+    jmethodID (JNICALL *FromReflectedMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject method);
+    jfieldID (JNICALL *FromReflectedField)
+      (JNIEnv *env, jobject field);
+
+    jobject (JNICALL *ToReflectedMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass cls, jmethodID methodID, jboolean isStatic);
+
+    jclass (JNICALL *GetSuperclass)
+      (JNIEnv *env, jclass sub);
+    jboolean (JNICALL *IsAssignableFrom)
+      (JNIEnv *env, jclass sub, jclass sup);
+
+    jobject (JNICALL *ToReflectedField)
+      (JNIEnv *env, jclass cls, jfieldID fieldID, jboolean isStatic);
+
+    jint (JNICALL *Throw)
+      (JNIEnv *env, jthrowable obj);
+    jint (JNICALL *ThrowNew)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, const char *msg);
+    jthrowable (JNICALL *ExceptionOccurred)
+      (JNIEnv *env);
+    void (JNICALL *ExceptionDescribe)
+      (JNIEnv *env);
+    void (JNICALL *ExceptionClear)
+      (JNIEnv *env);
+    void (JNICALL *FatalError)
+      (JNIEnv *env, const char *msg);
+
+    jint (JNICALL *PushLocalFrame)
+      (JNIEnv *env, jint capacity);
+    jobject (JNICALL *PopLocalFrame)
+      (JNIEnv *env, jobject result);
+
+    jobject (JNICALL *NewGlobalRef)
+      (JNIEnv *env, jobject lobj);
+    void (JNICALL *DeleteGlobalRef)
+      (JNIEnv *env, jobject gref);
+    void (JNICALL *DeleteLocalRef)
+      (JNIEnv *env, jobject obj);
+    jboolean (JNICALL *IsSameObject)
+      (JNIEnv *env, jobject obj1, jobject obj2);
+    jobject (JNICALL *NewLocalRef)
+      (JNIEnv *env, jobject ref);
+    jint (JNICALL *EnsureLocalCapacity)
+      (JNIEnv *env, jint capacity);
+
+    jobject (JNICALL *AllocObject)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz);
+    jobject (JNICALL *NewObject)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jobject (JNICALL *NewObjectV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jobject (JNICALL *NewObjectA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jclass (JNICALL *GetObjectClass)
+      (JNIEnv *env, jobject obj);
+    jboolean (JNICALL *IsInstanceOf)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz);
+
+    jmethodID (JNICALL *GetMethodID)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, const char *name, const char *sig);
+
+    jobject (JNICALL *CallObjectMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jobject (JNICALL *CallObjectMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jobject (JNICALL *CallObjectMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue * args);
+
+    jboolean (JNICALL *CallBooleanMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jboolean (JNICALL *CallBooleanMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jboolean (JNICALL *CallBooleanMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue * args);
+
+    jbyte (JNICALL *CallByteMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jbyte (JNICALL *CallByteMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jbyte (JNICALL *CallByteMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jchar (JNICALL *CallCharMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jchar (JNICALL *CallCharMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jchar (JNICALL *CallCharMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jshort (JNICALL *CallShortMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jshort (JNICALL *CallShortMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jshort (JNICALL *CallShortMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jint (JNICALL *CallIntMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jint (JNICALL *CallIntMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jint (JNICALL *CallIntMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jlong (JNICALL *CallLongMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jlong (JNICALL *CallLongMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jlong (JNICALL *CallLongMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jfloat (JNICALL *CallFloatMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jfloat (JNICALL *CallFloatMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jfloat (JNICALL *CallFloatMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jdouble (JNICALL *CallDoubleMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    jdouble (JNICALL *CallDoubleMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    jdouble (JNICALL *CallDoubleMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    void (JNICALL *CallVoidMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, ...);
+    void (JNICALL *CallVoidMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, va_list args);
+    void (JNICALL *CallVoidMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jmethodID methodID, const jvalue * args);
+
+    jobject (JNICALL *CallNonvirtualObjectMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jobject (JNICALL *CallNonvirtualObjectMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jobject (JNICALL *CallNonvirtualObjectMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue * args);
+
+    jboolean (JNICALL *CallNonvirtualBooleanMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jboolean (JNICALL *CallNonvirtualBooleanMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jboolean (JNICALL *CallNonvirtualBooleanMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue * args);
+
+    jbyte (JNICALL *CallNonvirtualByteMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jbyte (JNICALL *CallNonvirtualByteMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jbyte (JNICALL *CallNonvirtualByteMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue *args);
+
+    jchar (JNICALL *CallNonvirtualCharMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jchar (JNICALL *CallNonvirtualCharMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jchar (JNICALL *CallNonvirtualCharMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue *args);
+
+    jshort (JNICALL *CallNonvirtualShortMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jshort (JNICALL *CallNonvirtualShortMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jshort (JNICALL *CallNonvirtualShortMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue *args);
+
+    jint (JNICALL *CallNonvirtualIntMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jint (JNICALL *CallNonvirtualIntMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jint (JNICALL *CallNonvirtualIntMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue *args);
+
+    jlong (JNICALL *CallNonvirtualLongMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jlong (JNICALL *CallNonvirtualLongMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jlong (JNICALL *CallNonvirtualLongMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue *args);
+
+    jfloat (JNICALL *CallNonvirtualFloatMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jfloat (JNICALL *CallNonvirtualFloatMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jfloat (JNICALL *CallNonvirtualFloatMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue *args);
+
+    jdouble (JNICALL *CallNonvirtualDoubleMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jdouble (JNICALL *CallNonvirtualDoubleMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    jdouble (JNICALL *CallNonvirtualDoubleMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue *args);
+
+    void (JNICALL *CallNonvirtualVoidMethod)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    void (JNICALL *CallNonvirtualVoidMethodV)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       va_list args);
+    void (JNICALL *CallNonvirtualVoidMethodA)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jclass clazz, jmethodID methodID,
+       const jvalue * args);
+
+    jfieldID (JNICALL *GetFieldID)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, const char *name, const char *sig);
+
+    jobject (JNICALL *GetObjectField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jboolean (JNICALL *GetBooleanField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jbyte (JNICALL *GetByteField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jchar (JNICALL *GetCharField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jshort (JNICALL *GetShortField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jint (JNICALL *GetIntField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jlong (JNICALL *GetLongField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jfloat (JNICALL *GetFloatField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+    jdouble (JNICALL *GetDoubleField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID);
+
+    void (JNICALL *SetObjectField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jobject val);
+    void (JNICALL *SetBooleanField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jboolean val);
+    void (JNICALL *SetByteField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jbyte val);
+    void (JNICALL *SetCharField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jchar val);
+    void (JNICALL *SetShortField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jshort val);
+    void (JNICALL *SetIntField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jint val);
+    void (JNICALL *SetLongField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jlong val);
+    void (JNICALL *SetFloatField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jfloat val);
+    void (JNICALL *SetDoubleField)
+      (JNIEnv *env, jobject obj, jfieldID fieldID, jdouble val);
+
+    jmethodID (JNICALL *GetStaticMethodID)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, const char *name, const char *sig);
+
+    jobject (JNICALL *CallStaticObjectMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jobject (JNICALL *CallStaticObjectMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jobject (JNICALL *CallStaticObjectMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jboolean (JNICALL *CallStaticBooleanMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jboolean (JNICALL *CallStaticBooleanMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jboolean (JNICALL *CallStaticBooleanMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jbyte (JNICALL *CallStaticByteMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jbyte (JNICALL *CallStaticByteMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jbyte (JNICALL *CallStaticByteMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jchar (JNICALL *CallStaticCharMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jchar (JNICALL *CallStaticCharMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jchar (JNICALL *CallStaticCharMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jshort (JNICALL *CallStaticShortMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jshort (JNICALL *CallStaticShortMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jshort (JNICALL *CallStaticShortMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jint (JNICALL *CallStaticIntMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jint (JNICALL *CallStaticIntMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jint (JNICALL *CallStaticIntMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jlong (JNICALL *CallStaticLongMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jlong (JNICALL *CallStaticLongMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jlong (JNICALL *CallStaticLongMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jfloat (JNICALL *CallStaticFloatMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jfloat (JNICALL *CallStaticFloatMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jfloat (JNICALL *CallStaticFloatMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    jdouble (JNICALL *CallStaticDoubleMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, ...);
+    jdouble (JNICALL *CallStaticDoubleMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, va_list args);
+    jdouble (JNICALL *CallStaticDoubleMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jmethodID methodID, const jvalue *args);
+
+    void (JNICALL *CallStaticVoidMethod)
+      (JNIEnv *env, jclass cls, jmethodID methodID, ...);
+    void (JNICALL *CallStaticVoidMethodV)
+      (JNIEnv *env, jclass cls, jmethodID methodID, va_list args);
+    void (JNICALL *CallStaticVoidMethodA)
+      (JNIEnv *env, jclass cls, jmethodID methodID, const jvalue * args);
+
+    jfieldID (JNICALL *GetStaticFieldID)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, const char *name, const char *sig);
+    jobject (JNICALL *GetStaticObjectField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jboolean (JNICALL *GetStaticBooleanField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jbyte (JNICALL *GetStaticByteField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jchar (JNICALL *GetStaticCharField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jshort (JNICALL *GetStaticShortField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jint (JNICALL *GetStaticIntField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jlong (JNICALL *GetStaticLongField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jfloat (JNICALL *GetStaticFloatField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+    jdouble (JNICALL *GetStaticDoubleField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID);
+
+    void (JNICALL *SetStaticObjectField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jobject value);
+    void (JNICALL *SetStaticBooleanField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jboolean value);
+    void (JNICALL *SetStaticByteField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jbyte value);
+    void (JNICALL *SetStaticCharField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jchar value);
+    void (JNICALL *SetStaticShortField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jshort value);
+    void (JNICALL *SetStaticIntField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jint value);
+    void (JNICALL *SetStaticLongField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jlong value);
+    void (JNICALL *SetStaticFloatField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jfloat value);
+    void (JNICALL *SetStaticDoubleField)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, jfieldID fieldID, jdouble value);
+
+    jstring (JNICALL *NewString)
+      (JNIEnv *env, const jchar *unicode, jsize len);
+    jsize (JNICALL *GetStringLength)
+      (JNIEnv *env, jstring str);
+    const jchar *(JNICALL *GetStringChars)
+      (JNIEnv *env, jstring str, jboolean *isCopy);
+    void (JNICALL *ReleaseStringChars)
+      (JNIEnv *env, jstring str, const jchar *chars);
+
+    jstring (JNICALL *NewStringUTF)
+      (JNIEnv *env, const char *utf);
+    jsize (JNICALL *GetStringUTFLength)
+      (JNIEnv *env, jstring str);
+    const char* (JNICALL *GetStringUTFChars)
+      (JNIEnv *env, jstring str, jboolean *isCopy);
+    void (JNICALL *ReleaseStringUTFChars)
+      (JNIEnv *env, jstring str, const char* chars);
+
+
+    jsize (JNICALL *GetArrayLength)
+      (JNIEnv *env, jarray array);
+
+    jobjectArray (JNICALL *NewObjectArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len, jclass clazz, jobject init);
+    jobject (JNICALL *GetObjectArrayElement)
+      (JNIEnv *env, jobjectArray array, jsize index);
+    void (JNICALL *SetObjectArrayElement)
+      (JNIEnv *env, jobjectArray array, jsize index, jobject val);
+
+    jbooleanArray (JNICALL *NewBooleanArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+    jbyteArray (JNICALL *NewByteArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+    jcharArray (JNICALL *NewCharArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+    jshortArray (JNICALL *NewShortArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+    jintArray (JNICALL *NewIntArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+    jlongArray (JNICALL *NewLongArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+    jfloatArray (JNICALL *NewFloatArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+    jdoubleArray (JNICALL *NewDoubleArray)
+      (JNIEnv *env, jsize len);
+
+    jboolean * (JNICALL *GetBooleanArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jbooleanArray array, jboolean *isCopy);
+    jbyte * (JNICALL *GetByteArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jbyteArray array, jboolean *isCopy);
+    jchar * (JNICALL *GetCharArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jcharArray array, jboolean *isCopy);
+    jshort * (JNICALL *GetShortArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jshortArray array, jboolean *isCopy);
+    jint * (JNICALL *GetIntArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jintArray array, jboolean *isCopy);
+    jlong * (JNICALL *GetLongArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jlongArray array, jboolean *isCopy);
+    jfloat * (JNICALL *GetFloatArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jfloatArray array, jboolean *isCopy);
+    jdouble * (JNICALL *GetDoubleArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jdoubleArray array, jboolean *isCopy);
+
+    void (JNICALL *ReleaseBooleanArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jbooleanArray array, jboolean *elems, jint mode);
+    void (JNICALL *ReleaseByteArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jbyteArray array, jbyte *elems, jint mode);
+    void (JNICALL *ReleaseCharArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jcharArray array, jchar *elems, jint mode);
+    void (JNICALL *ReleaseShortArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jshortArray array, jshort *elems, jint mode);
+    void (JNICALL *ReleaseIntArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jintArray array, jint *elems, jint mode);
+    void (JNICALL *ReleaseLongArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jlongArray array, jlong *elems, jint mode);
+    void (JNICALL *ReleaseFloatArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jfloatArray array, jfloat *elems, jint mode);
+    void (JNICALL *ReleaseDoubleArrayElements)
+      (JNIEnv *env, jdoubleArray array, jdouble *elems, jint mode);
+
+    void (JNICALL *GetBooleanArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jbooleanArray array, jsize start, jsize l, jboolean *buf);
+    void (JNICALL *GetByteArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jbyteArray array, jsize start, jsize len, jbyte *buf);
+    void (JNICALL *GetCharArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jcharArray array, jsize start, jsize len, jchar *buf);
+    void (JNICALL *GetShortArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jshortArray array, jsize start, jsize len, jshort *buf);
+    void (JNICALL *GetIntArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jintArray array, jsize start, jsize len, jint *buf);
+    void (JNICALL *GetLongArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jlongArray array, jsize start, jsize len, jlong *buf);
+    void (JNICALL *GetFloatArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jfloatArray array, jsize start, jsize len, jfloat *buf);
+    void (JNICALL *GetDoubleArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jdoubleArray array, jsize start, jsize len, jdouble *buf);
+
+    void (JNICALL *SetBooleanArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jbooleanArray array, jsize start, jsize l, const jboolean *buf);
+    void (JNICALL *SetByteArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jbyteArray array, jsize start, jsize len, const jbyte *buf);
+    void (JNICALL *SetCharArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jcharArray array, jsize start, jsize len, const jchar *buf);
+    void (JNICALL *SetShortArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jshortArray array, jsize start, jsize len, const jshort *buf);
+    void (JNICALL *SetIntArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jintArray array, jsize start, jsize len, const jint *buf);
+    void (JNICALL *SetLongArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jlongArray array, jsize start, jsize len, const jlong *buf);
+    void (JNICALL *SetFloatArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jfloatArray array, jsize start, jsize len, const jfloat *buf);
+    void (JNICALL *SetDoubleArrayRegion)
+      (JNIEnv *env, jdoubleArray array, jsize start, jsize len, const jdouble *buf);
+
+    jint (JNICALL *RegisterNatives)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz, const JNINativeMethod *methods,
+       jint nMethods);
+    jint (JNICALL *UnregisterNatives)
+      (JNIEnv *env, jclass clazz);
+
+    jint (JNICALL *MonitorEnter)
+      (JNIEnv *env, jobject obj);
+    jint (JNICALL *MonitorExit)
+      (JNIEnv *env, jobject obj);
+
+    jint (JNICALL *GetJavaVM)
+      (JNIEnv *env, JavaVM **vm);
+
+    void (JNICALL *GetStringRegion)
+      (JNIEnv *env, jstring str, jsize start, jsize len, jchar *buf);
+    void (JNICALL *GetStringUTFRegion)
+      (JNIEnv *env, jstring str, jsize start, jsize len, char *buf);
+
+    void * (JNICALL *GetPrimitiveArrayCritical)
+      (JNIEnv *env, jarray array, jboolean *isCopy);
+    void (JNICALL *ReleasePrimitiveArrayCritical)
+      (JNIEnv *env, jarray array, void *carray, jint mode);
+
+    const jchar * (JNICALL *GetStringCritical)
+      (JNIEnv *env, jstring string, jboolean *isCopy);
+    void (JNICALL *ReleaseStringCritical)
+      (JNIEnv *env, jstring string, const jchar *cstring);
+
+    jweak (JNICALL *NewWeakGlobalRef)
+       (JNIEnv *env, jobject obj);
+    void (JNICALL *DeleteWeakGlobalRef)
+       (JNIEnv *env, jweak ref);
+
+    jboolean (JNICALL *ExceptionCheck)
+       (JNIEnv *env);
+
+    jobject (JNICALL *NewDirectByteBuffer)
+       (JNIEnv* env, void* address, jlong capacity);
+    void* (JNICALL *GetDirectBufferAddress)
+       (JNIEnv* env, jobject buf);
+    jlong (JNICALL *GetDirectBufferCapacity)
+       (JNIEnv* env, jobject buf);
+
+    /* New JNI 1.6 Features */
+
+    jobjectRefType (JNICALL *GetObjectRefType)
+        (JNIEnv* env, jobject obj);
+
+    /* Module Features */
+
+    jobject (JNICALL *GetModule)
+       (JNIEnv* env, jclass clazz);
+};
+
+/*
+ * We use inlined functions for C++ so that programmers can write:
+ *
+ *    env->FindClass("java/lang/String")
+ *
+ * in C++ rather than:
+ *
+ *    (*env)->FindClass(env, "java/lang/String")
+ *
+ * in C.
+ */
+
+struct JNIEnv_ {
+    const struct JNINativeInterface_ *functions;
+#ifdef __cplusplus
+
+    jint GetVersion() {
+        return functions->GetVersion(this);
+    }
+    jclass DefineClass(const char *name, jobject loader, const jbyte *buf,
+                       jsize len) {
+        return functions->DefineClass(this, name, loader, buf, len);
+    }
+    jclass FindClass(const char *name) {
+        return functions->FindClass(this, name);
+    }
+    jmethodID FromReflectedMethod(jobject method) {
+        return functions->FromReflectedMethod(this,method);
+    }
+    jfieldID FromReflectedField(jobject field) {
+        return functions->FromReflectedField(this,field);
+    }
+
+    jobject ToReflectedMethod(jclass cls, jmethodID methodID, jboolean isStatic) {
+        return functions->ToReflectedMethod(this, cls, methodID, isStatic);
+    }
+
+    jclass GetSuperclass(jclass sub) {
+        return functions->GetSuperclass(this, sub);
+    }
+    jboolean IsAssignableFrom(jclass sub, jclass sup) {
+        return functions->IsAssignableFrom(this, sub, sup);
+    }
+
+    jobject ToReflectedField(jclass cls, jfieldID fieldID, jboolean isStatic) {
+        return functions->ToReflectedField(this,cls,fieldID,isStatic);
+    }
+
+    jint Throw(jthrowable obj) {
+        return functions->Throw(this, obj);
+    }
+    jint ThrowNew(jclass clazz, const char *msg) {
+        return functions->ThrowNew(this, clazz, msg);
+    }
+    jthrowable ExceptionOccurred() {
+        return functions->ExceptionOccurred(this);
+    }
+    void ExceptionDescribe() {
+        functions->ExceptionDescribe(this);
+    }
+    void ExceptionClear() {
+        functions->ExceptionClear(this);
+    }
+    void FatalError(const char *msg) {
+        functions->FatalError(this, msg);
+    }
+
+    jint PushLocalFrame(jint capacity) {
+        return functions->PushLocalFrame(this,capacity);
+    }
+    jobject PopLocalFrame(jobject result) {
+        return functions->PopLocalFrame(this,result);
+    }
+
+    jobject NewGlobalRef(jobject lobj) {
+        return functions->NewGlobalRef(this,lobj);
+    }
+    void DeleteGlobalRef(jobject gref) {
+        functions->DeleteGlobalRef(this,gref);
+    }
+    void DeleteLocalRef(jobject obj) {
+        functions->DeleteLocalRef(this, obj);
+    }
+
+    jboolean IsSameObject(jobject obj1, jobject obj2) {
+        return functions->IsSameObject(this,obj1,obj2);
+    }
+
+    jobject NewLocalRef(jobject ref) {
+        return functions->NewLocalRef(this,ref);
+    }
+    jint EnsureLocalCapacity(jint capacity) {
+        return functions->EnsureLocalCapacity(this,capacity);
+    }
+
+    jobject AllocObject(jclass clazz) {
+        return functions->AllocObject(this,clazz);
+    }
+    jobject NewObject(jclass clazz, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jobject result;
+        va_start(args, methodID);
+        result = functions->NewObjectV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jobject NewObjectV(jclass clazz, jmethodID methodID,
+                       va_list args) {
+        return functions->NewObjectV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jobject NewObjectA(jclass clazz, jmethodID methodID,
+                       const jvalue *args) {
+        return functions->NewObjectA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jclass GetObjectClass(jobject obj) {
+        return functions->GetObjectClass(this,obj);
+    }
+    jboolean IsInstanceOf(jobject obj, jclass clazz) {
+        return functions->IsInstanceOf(this,obj,clazz);
+    }
+
+    jmethodID GetMethodID(jclass clazz, const char *name,
+                          const char *sig) {
+        return functions->GetMethodID(this,clazz,name,sig);
+    }
+
+    jobject CallObjectMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jobject result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallObjectMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jobject CallObjectMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                        va_list args) {
+        return functions->CallObjectMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jobject CallObjectMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                        const jvalue * args) {
+        return functions->CallObjectMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jboolean CallBooleanMethod(jobject obj,
+                               jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jboolean result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallBooleanMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jboolean CallBooleanMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                                va_list args) {
+        return functions->CallBooleanMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jboolean CallBooleanMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                                const jvalue * args) {
+        return functions->CallBooleanMethodA(this,obj,methodID, args);
+    }
+
+    jbyte CallByteMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jbyte result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallByteMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jbyte CallByteMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                          va_list args) {
+        return functions->CallByteMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jbyte CallByteMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                          const jvalue * args) {
+        return functions->CallByteMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jchar CallCharMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jchar result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallCharMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jchar CallCharMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                          va_list args) {
+        return functions->CallCharMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jchar CallCharMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                          const jvalue * args) {
+        return functions->CallCharMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jshort CallShortMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jshort result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallShortMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jshort CallShortMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                            va_list args) {
+        return functions->CallShortMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jshort CallShortMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                            const jvalue * args) {
+        return functions->CallShortMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jint CallIntMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jint result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallIntMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jint CallIntMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                        va_list args) {
+        return functions->CallIntMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jint CallIntMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                        const jvalue * args) {
+        return functions->CallIntMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jlong CallLongMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jlong result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallLongMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jlong CallLongMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                          va_list args) {
+        return functions->CallLongMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jlong CallLongMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                          const jvalue * args) {
+        return functions->CallLongMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jfloat CallFloatMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jfloat result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallFloatMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jfloat CallFloatMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                            va_list args) {
+        return functions->CallFloatMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jfloat CallFloatMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                            const jvalue * args) {
+        return functions->CallFloatMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jdouble CallDoubleMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jdouble result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallDoubleMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jdouble CallDoubleMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                        va_list args) {
+        return functions->CallDoubleMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    jdouble CallDoubleMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                        const jvalue * args) {
+        return functions->CallDoubleMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    void CallVoidMethod(jobject obj, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        va_start(args,methodID);
+        functions->CallVoidMethodV(this,obj,methodID,args);
+        va_end(args);
+    }
+    void CallVoidMethodV(jobject obj, jmethodID methodID,
+                         va_list args) {
+        functions->CallVoidMethodV(this,obj,methodID,args);
+    }
+    void CallVoidMethodA(jobject obj, jmethodID methodID,
+                         const jvalue * args) {
+        functions->CallVoidMethodA(this,obj,methodID,args);
+    }
+
+    jobject CallNonvirtualObjectMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                       jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jobject result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualObjectMethodV(this,obj,clazz,
+                                                        methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jobject CallNonvirtualObjectMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                        jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualObjectMethodV(this,obj,clazz,
+                                                      methodID,args);
+    }
+    jobject CallNonvirtualObjectMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                        jmethodID methodID, const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualObjectMethodA(this,obj,clazz,
+                                                      methodID,args);
+    }
+
+    jboolean CallNonvirtualBooleanMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                         jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jboolean result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualBooleanMethodV(this,obj,clazz,
+                                                         methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jboolean CallNonvirtualBooleanMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                          jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualBooleanMethodV(this,obj,clazz,
+                                                       methodID,args);
+    }
+    jboolean CallNonvirtualBooleanMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                          jmethodID methodID, const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualBooleanMethodA(this,obj,clazz,
+                                                       methodID, args);
+    }
+
+    jbyte CallNonvirtualByteMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                   jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jbyte result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualByteMethodV(this,obj,clazz,
+                                                      methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jbyte CallNonvirtualByteMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualByteMethodV(this,obj,clazz,
+                                                    methodID,args);
+    }
+    jbyte CallNonvirtualByteMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualByteMethodA(this,obj,clazz,
+                                                    methodID,args);
+    }
+
+    jchar CallNonvirtualCharMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                   jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jchar result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualCharMethodV(this,obj,clazz,
+                                                      methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jchar CallNonvirtualCharMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualCharMethodV(this,obj,clazz,
+                                                    methodID,args);
+    }
+    jchar CallNonvirtualCharMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualCharMethodA(this,obj,clazz,
+                                                    methodID,args);
+    }
+
+    jshort CallNonvirtualShortMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                     jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jshort result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualShortMethodV(this,obj,clazz,
+                                                       methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jshort CallNonvirtualShortMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                      jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualShortMethodV(this,obj,clazz,
+                                                     methodID,args);
+    }
+    jshort CallNonvirtualShortMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                      jmethodID methodID, const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualShortMethodA(this,obj,clazz,
+                                                     methodID,args);
+    }
+
+    jint CallNonvirtualIntMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                 jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jint result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualIntMethodV(this,obj,clazz,
+                                                     methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jint CallNonvirtualIntMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                  jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualIntMethodV(this,obj,clazz,
+                                                   methodID,args);
+    }
+    jint CallNonvirtualIntMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                  jmethodID methodID, const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualIntMethodA(this,obj,clazz,
+                                                   methodID,args);
+    }
+
+    jlong CallNonvirtualLongMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                   jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jlong result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualLongMethodV(this,obj,clazz,
+                                                      methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jlong CallNonvirtualLongMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualLongMethodV(this,obj,clazz,
+                                                    methodID,args);
+    }
+    jlong CallNonvirtualLongMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualLongMethodA(this,obj,clazz,
+                                                    methodID,args);
+    }
+
+    jfloat CallNonvirtualFloatMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                     jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jfloat result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualFloatMethodV(this,obj,clazz,
+                                                       methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jfloat CallNonvirtualFloatMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                      jmethodID methodID,
+                                      va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualFloatMethodV(this,obj,clazz,
+                                                     methodID,args);
+    }
+    jfloat CallNonvirtualFloatMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                      jmethodID methodID,
+                                      const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualFloatMethodA(this,obj,clazz,
+                                                     methodID,args);
+    }
+
+    jdouble CallNonvirtualDoubleMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                       jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jdouble result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallNonvirtualDoubleMethodV(this,obj,clazz,
+                                                        methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jdouble CallNonvirtualDoubleMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                        jmethodID methodID,
+                                        va_list args) {
+        return functions->CallNonvirtualDoubleMethodV(this,obj,clazz,
+                                                      methodID,args);
+    }
+    jdouble CallNonvirtualDoubleMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                        jmethodID methodID,
+                                        const jvalue * args) {
+        return functions->CallNonvirtualDoubleMethodA(this,obj,clazz,
+                                                      methodID,args);
+    }
+
+    void CallNonvirtualVoidMethod(jobject obj, jclass clazz,
+                                  jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        va_start(args,methodID);
+        functions->CallNonvirtualVoidMethodV(this,obj,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+    }
+    void CallNonvirtualVoidMethodV(jobject obj, jclass clazz,
+                                   jmethodID methodID,
+                                   va_list args) {
+        functions->CallNonvirtualVoidMethodV(this,obj,clazz,methodID,args);
+    }
+    void CallNonvirtualVoidMethodA(jobject obj, jclass clazz,
+                                   jmethodID methodID,
+                                   const jvalue * args) {
+        functions->CallNonvirtualVoidMethodA(this,obj,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jfieldID GetFieldID(jclass clazz, const char *name,
+                        const char *sig) {
+        return functions->GetFieldID(this,clazz,name,sig);
+    }
+
+    jobject GetObjectField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetObjectField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jboolean GetBooleanField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetBooleanField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jbyte GetByteField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetByteField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jchar GetCharField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetCharField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jshort GetShortField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetShortField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jint GetIntField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetIntField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jlong GetLongField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetLongField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jfloat GetFloatField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetFloatField(this,obj,fieldID);
+    }
+    jdouble GetDoubleField(jobject obj, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetDoubleField(this,obj,fieldID);
+    }
+
+    void SetObjectField(jobject obj, jfieldID fieldID, jobject val) {
+        functions->SetObjectField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetBooleanField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                         jboolean val) {
+        functions->SetBooleanField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetByteField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                      jbyte val) {
+        functions->SetByteField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetCharField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                      jchar val) {
+        functions->SetCharField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetShortField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                       jshort val) {
+        functions->SetShortField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetIntField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                     jint val) {
+        functions->SetIntField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetLongField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                      jlong val) {
+        functions->SetLongField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetFloatField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                       jfloat val) {
+        functions->SetFloatField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+    void SetDoubleField(jobject obj, jfieldID fieldID,
+                        jdouble val) {
+        functions->SetDoubleField(this,obj,fieldID,val);
+    }
+
+    jmethodID GetStaticMethodID(jclass clazz, const char *name,
+                                const char *sig) {
+        return functions->GetStaticMethodID(this,clazz,name,sig);
+    }
+
+    jobject CallStaticObjectMethod(jclass clazz, jmethodID methodID,
+                             ...) {
+        va_list args;
+        jobject result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticObjectMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jobject CallStaticObjectMethodV(jclass clazz, jmethodID methodID,
+                              va_list args) {
+        return functions->CallStaticObjectMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jobject CallStaticObjectMethodA(jclass clazz, jmethodID methodID,
+                              const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticObjectMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jboolean CallStaticBooleanMethod(jclass clazz,
+                                     jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jboolean result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticBooleanMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jboolean CallStaticBooleanMethodV(jclass clazz,
+                                      jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticBooleanMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jboolean CallStaticBooleanMethodA(jclass clazz,
+                                      jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticBooleanMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jbyte CallStaticByteMethod(jclass clazz,
+                               jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jbyte result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticByteMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jbyte CallStaticByteMethodV(jclass clazz,
+                                jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticByteMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jbyte CallStaticByteMethodA(jclass clazz,
+                                jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticByteMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jchar CallStaticCharMethod(jclass clazz,
+                               jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jchar result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticCharMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jchar CallStaticCharMethodV(jclass clazz,
+                                jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticCharMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jchar CallStaticCharMethodA(jclass clazz,
+                                jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticCharMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jshort CallStaticShortMethod(jclass clazz,
+                                 jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jshort result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticShortMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jshort CallStaticShortMethodV(jclass clazz,
+                                  jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticShortMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jshort CallStaticShortMethodA(jclass clazz,
+                                  jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticShortMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jint CallStaticIntMethod(jclass clazz,
+                             jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jint result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticIntMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jint CallStaticIntMethodV(jclass clazz,
+                              jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticIntMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jint CallStaticIntMethodA(jclass clazz,
+                              jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticIntMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jlong CallStaticLongMethod(jclass clazz,
+                               jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jlong result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticLongMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jlong CallStaticLongMethodV(jclass clazz,
+                                jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticLongMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jlong CallStaticLongMethodA(jclass clazz,
+                                jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticLongMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jfloat CallStaticFloatMethod(jclass clazz,
+                                 jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jfloat result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticFloatMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jfloat CallStaticFloatMethodV(jclass clazz,
+                                  jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticFloatMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jfloat CallStaticFloatMethodA(jclass clazz,
+                                  jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticFloatMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    jdouble CallStaticDoubleMethod(jclass clazz,
+                                   jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        jdouble result;
+        va_start(args,methodID);
+        result = functions->CallStaticDoubleMethodV(this,clazz,methodID,args);
+        va_end(args);
+        return result;
+    }
+    jdouble CallStaticDoubleMethodV(jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, va_list args) {
+        return functions->CallStaticDoubleMethodV(this,clazz,methodID,args);
+    }
+    jdouble CallStaticDoubleMethodA(jclass clazz,
+                                    jmethodID methodID, const jvalue *args) {
+        return functions->CallStaticDoubleMethodA(this,clazz,methodID,args);
+    }
+
+    void CallStaticVoidMethod(jclass cls, jmethodID methodID, ...) {
+        va_list args;
+        va_start(args,methodID);
+        functions->CallStaticVoidMethodV(this,cls,methodID,args);
+        va_end(args);
+    }
+    void CallStaticVoidMethodV(jclass cls, jmethodID methodID,
+                               va_list args) {
+        functions->CallStaticVoidMethodV(this,cls,methodID,args);
+    }
+    void CallStaticVoidMethodA(jclass cls, jmethodID methodID,
+                               const jvalue * args) {
+        functions->CallStaticVoidMethodA(this,cls,methodID,args);
+    }
+
+    jfieldID GetStaticFieldID(jclass clazz, const char *name,
+                              const char *sig) {
+        return functions->GetStaticFieldID(this,clazz,name,sig);
+    }
+    jobject GetStaticObjectField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticObjectField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jboolean GetStaticBooleanField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticBooleanField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jbyte GetStaticByteField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticByteField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jchar GetStaticCharField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticCharField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jshort GetStaticShortField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticShortField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jint GetStaticIntField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticIntField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jlong GetStaticLongField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticLongField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jfloat GetStaticFloatField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticFloatField(this,clazz,fieldID);
+    }
+    jdouble GetStaticDoubleField(jclass clazz, jfieldID fieldID) {
+        return functions->GetStaticDoubleField(this,clazz,fieldID);
+    }
+
+    void SetStaticObjectField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jobject value) {
+      functions->SetStaticObjectField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticBooleanField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jboolean value) {
+      functions->SetStaticBooleanField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticByteField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jbyte value) {
+      functions->SetStaticByteField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticCharField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jchar value) {
+      functions->SetStaticCharField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticShortField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jshort value) {
+      functions->SetStaticShortField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticIntField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jint value) {
+      functions->SetStaticIntField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticLongField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jlong value) {
+      functions->SetStaticLongField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticFloatField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jfloat value) {
+      functions->SetStaticFloatField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+    void SetStaticDoubleField(jclass clazz, jfieldID fieldID,
+                        jdouble value) {
+      functions->SetStaticDoubleField(this,clazz,fieldID,value);
+    }
+
+    jstring NewString(const jchar *unicode, jsize len) {
+        return functions->NewString(this,unicode,len);
+    }
+    jsize GetStringLength(jstring str) {
+        return functions->GetStringLength(this,str);
+    }
+    const jchar *GetStringChars(jstring str, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetStringChars(this,str,isCopy);
+    }
+    void ReleaseStringChars(jstring str, const jchar *chars) {
+        functions->ReleaseStringChars(this,str,chars);
+    }
+
+    jstring NewStringUTF(const char *utf) {
+        return functions->NewStringUTF(this,utf);
+    }
+    jsize GetStringUTFLength(jstring str) {
+        return functions->GetStringUTFLength(this,str);
+    }
+    const char* GetStringUTFChars(jstring str, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetStringUTFChars(this,str,isCopy);
+    }
+    void ReleaseStringUTFChars(jstring str, const char* chars) {
+        functions->ReleaseStringUTFChars(this,str,chars);
+    }
+
+    jsize GetArrayLength(jarray array) {
+        return functions->GetArrayLength(this,array);
+    }
+
+    jobjectArray NewObjectArray(jsize len, jclass clazz,
+                                jobject init) {
+        return functions->NewObjectArray(this,len,clazz,init);
+    }
+    jobject GetObjectArrayElement(jobjectArray array, jsize index) {
+        return functions->GetObjectArrayElement(this,array,index);
+    }
+    void SetObjectArrayElement(jobjectArray array, jsize index,
+                               jobject val) {
+        functions->SetObjectArrayElement(this,array,index,val);
+    }
+
+    jbooleanArray NewBooleanArray(jsize len) {
+        return functions->NewBooleanArray(this,len);
+    }
+    jbyteArray NewByteArray(jsize len) {
+        return functions->NewByteArray(this,len);
+    }
+    jcharArray NewCharArray(jsize len) {
+        return functions->NewCharArray(this,len);
+    }
+    jshortArray NewShortArray(jsize len) {
+        return functions->NewShortArray(this,len);
+    }
+    jintArray NewIntArray(jsize len) {
+        return functions->NewIntArray(this,len);
+    }
+    jlongArray NewLongArray(jsize len) {
+        return functions->NewLongArray(this,len);
+    }
+    jfloatArray NewFloatArray(jsize len) {
+        return functions->NewFloatArray(this,len);
+    }
+    jdoubleArray NewDoubleArray(jsize len) {
+        return functions->NewDoubleArray(this,len);
+    }
+
+    jboolean * GetBooleanArrayElements(jbooleanArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetBooleanArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+    jbyte * GetByteArrayElements(jbyteArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetByteArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+    jchar * GetCharArrayElements(jcharArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetCharArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+    jshort * GetShortArrayElements(jshortArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetShortArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+    jint * GetIntArrayElements(jintArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetIntArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+    jlong * GetLongArrayElements(jlongArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetLongArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+    jfloat * GetFloatArrayElements(jfloatArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetFloatArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+    jdouble * GetDoubleArrayElements(jdoubleArray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetDoubleArrayElements(this,array,isCopy);
+    }
+
+    void ReleaseBooleanArrayElements(jbooleanArray array,
+                                     jboolean *elems,
+                                     jint mode) {
+        functions->ReleaseBooleanArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+    void ReleaseByteArrayElements(jbyteArray array,
+                                  jbyte *elems,
+                                  jint mode) {
+        functions->ReleaseByteArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+    void ReleaseCharArrayElements(jcharArray array,
+                                  jchar *elems,
+                                  jint mode) {
+        functions->ReleaseCharArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+    void ReleaseShortArrayElements(jshortArray array,
+                                   jshort *elems,
+                                   jint mode) {
+        functions->ReleaseShortArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+    void ReleaseIntArrayElements(jintArray array,
+                                 jint *elems,
+                                 jint mode) {
+        functions->ReleaseIntArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+    void ReleaseLongArrayElements(jlongArray array,
+                                  jlong *elems,
+                                  jint mode) {
+        functions->ReleaseLongArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+    void ReleaseFloatArrayElements(jfloatArray array,
+                                   jfloat *elems,
+                                   jint mode) {
+        functions->ReleaseFloatArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+    void ReleaseDoubleArrayElements(jdoubleArray array,
+                                    jdouble *elems,
+                                    jint mode) {
+        functions->ReleaseDoubleArrayElements(this,array,elems,mode);
+    }
+
+    void GetBooleanArrayRegion(jbooleanArray array,
+                               jsize start, jsize len, jboolean *buf) {
+        functions->GetBooleanArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void GetByteArrayRegion(jbyteArray array,
+                            jsize start, jsize len, jbyte *buf) {
+        functions->GetByteArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void GetCharArrayRegion(jcharArray array,
+                            jsize start, jsize len, jchar *buf) {
+        functions->GetCharArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void GetShortArrayRegion(jshortArray array,
+                             jsize start, jsize len, jshort *buf) {
+        functions->GetShortArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void GetIntArrayRegion(jintArray array,
+                           jsize start, jsize len, jint *buf) {
+        functions->GetIntArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void GetLongArrayRegion(jlongArray array,
+                            jsize start, jsize len, jlong *buf) {
+        functions->GetLongArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void GetFloatArrayRegion(jfloatArray array,
+                             jsize start, jsize len, jfloat *buf) {
+        functions->GetFloatArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void GetDoubleArrayRegion(jdoubleArray array,
+                              jsize start, jsize len, jdouble *buf) {
+        functions->GetDoubleArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+
+    void SetBooleanArrayRegion(jbooleanArray array, jsize start, jsize len,
+                               const jboolean *buf) {
+        functions->SetBooleanArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void SetByteArrayRegion(jbyteArray array, jsize start, jsize len,
+                            const jbyte *buf) {
+        functions->SetByteArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void SetCharArrayRegion(jcharArray array, jsize start, jsize len,
+                            const jchar *buf) {
+        functions->SetCharArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void SetShortArrayRegion(jshortArray array, jsize start, jsize len,
+                             const jshort *buf) {
+        functions->SetShortArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void SetIntArrayRegion(jintArray array, jsize start, jsize len,
+                           const jint *buf) {
+        functions->SetIntArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void SetLongArrayRegion(jlongArray array, jsize start, jsize len,
+                            const jlong *buf) {
+        functions->SetLongArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void SetFloatArrayRegion(jfloatArray array, jsize start, jsize len,
+                             const jfloat *buf) {
+        functions->SetFloatArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+    void SetDoubleArrayRegion(jdoubleArray array, jsize start, jsize len,
+                              const jdouble *buf) {
+        functions->SetDoubleArrayRegion(this,array,start,len,buf);
+    }
+
+    jint RegisterNatives(jclass clazz, const JNINativeMethod *methods,
+                         jint nMethods) {
+        return functions->RegisterNatives(this,clazz,methods,nMethods);
+    }
+    jint UnregisterNatives(jclass clazz) {
+        return functions->UnregisterNatives(this,clazz);
+    }
+
+    jint MonitorEnter(jobject obj) {
+        return functions->MonitorEnter(this,obj);
+    }
+    jint MonitorExit(jobject obj) {
+        return functions->MonitorExit(this,obj);
+    }
+
+    jint GetJavaVM(JavaVM **vm) {
+        return functions->GetJavaVM(this,vm);
+    }
+
+    void GetStringRegion(jstring str, jsize start, jsize len, jchar *buf) {
+        functions->GetStringRegion(this,str,start,len,buf);
+    }
+    void GetStringUTFRegion(jstring str, jsize start, jsize len, char *buf) {
+        functions->GetStringUTFRegion(this,str,start,len,buf);
+    }
+
+    void * GetPrimitiveArrayCritical(jarray array, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetPrimitiveArrayCritical(this,array,isCopy);
+    }
+    void ReleasePrimitiveArrayCritical(jarray array, void *carray, jint mode) {
+        functions->ReleasePrimitiveArrayCritical(this,array,carray,mode);
+    }
+
+    const jchar * GetStringCritical(jstring string, jboolean *isCopy) {
+        return functions->GetStringCritical(this,string,isCopy);
+    }
+    void ReleaseStringCritical(jstring string, const jchar *cstring) {
+        functions->ReleaseStringCritical(this,string,cstring);
+    }
+
+    jweak NewWeakGlobalRef(jobject obj) {
+        return functions->NewWeakGlobalRef(this,obj);
+    }
+    void DeleteWeakGlobalRef(jweak ref) {
+        functions->DeleteWeakGlobalRef(this,ref);
+    }
+
+    jboolean ExceptionCheck() {
+        return functions->ExceptionCheck(this);
+    }
+
+    jobject NewDirectByteBuffer(void* address, jlong capacity) {
+        return functions->NewDirectByteBuffer(this, address, capacity);
+    }
+    void* GetDirectBufferAddress(jobject buf) {
+        return functions->GetDirectBufferAddress(this, buf);
+    }
+    jlong GetDirectBufferCapacity(jobject buf) {
+        return functions->GetDirectBufferCapacity(this, buf);
+    }
+    jobjectRefType GetObjectRefType(jobject obj) {
+        return functions->GetObjectRefType(this, obj);
+    }
+
+    /* Module Features */
+
+    jobject GetModule(jclass clazz) {
+        return functions->GetModule(this, clazz);
+    }
+
+#endif /* __cplusplus */
+};
+
+typedef struct JavaVMOption {
+    char *optionString;
+    void *extraInfo;
+} JavaVMOption;
+
+typedef struct JavaVMInitArgs {
+    jint version;
+
+    jint nOptions;
+    JavaVMOption *options;
+    jboolean ignoreUnrecognized;
+} JavaVMInitArgs;
+
+typedef struct JavaVMAttachArgs {
+    jint version;
+
+    char *name;
+    jobject group;
+} JavaVMAttachArgs;
+
+/* These will be VM-specific. */
+
+#define JDK1_2
+#define JDK1_4
+
+/* End VM-specific. */
+
+struct JNIInvokeInterface_ {
+    void *reserved0;
+    void *reserved1;
+    void *reserved2;
+
+    jint (JNICALL *DestroyJavaVM)(JavaVM *vm);
+
+    jint (JNICALL *AttachCurrentThread)(JavaVM *vm, void **penv, void *args);
+
+    jint (JNICALL *DetachCurrentThread)(JavaVM *vm);
+
+    jint (JNICALL *GetEnv)(JavaVM *vm, void **penv, jint version);
+
+    jint (JNICALL *AttachCurrentThreadAsDaemon)(JavaVM *vm, void **penv, void *args);
+};
+
+struct JavaVM_ {
+    const struct JNIInvokeInterface_ *functions;
+#ifdef __cplusplus
+
+    jint DestroyJavaVM() {
+        return functions->DestroyJavaVM(this);
+    }
+    jint AttachCurrentThread(void **penv, void *args) {
+        return functions->AttachCurrentThread(this, penv, args);
+    }
+    jint DetachCurrentThread() {
+        return functions->DetachCurrentThread(this);
+    }
+
+    jint GetEnv(void **penv, jint version) {
+        return functions->GetEnv(this, penv, version);
+    }
+    jint AttachCurrentThreadAsDaemon(void **penv, void *args) {
+        return functions->AttachCurrentThreadAsDaemon(this, penv, args);
+    }
+#endif
+};
+
+#ifdef _JNI_IMPLEMENTATION_
+#define _JNI_IMPORT_OR_EXPORT_ JNIEXPORT
+#else
+#define _JNI_IMPORT_OR_EXPORT_ JNIIMPORT
+#endif
+_JNI_IMPORT_OR_EXPORT_ jint JNICALL
+JNI_GetDefaultJavaVMInitArgs(void *args);
+
+_JNI_IMPORT_OR_EXPORT_ jint JNICALL
+JNI_CreateJavaVM(JavaVM **pvm, void **penv, void *args);
+
+_JNI_IMPORT_OR_EXPORT_ jint JNICALL
+JNI_GetCreatedJavaVMs(JavaVM **, jsize, jsize *);
+
+/* Defined by native libraries. */
+JNIEXPORT jint JNICALL
+JNI_OnLoad(JavaVM *vm, void *reserved);
+
+JNIEXPORT void JNICALL
+JNI_OnUnload(JavaVM *vm, void *reserved);
+
+#define JNI_VERSION_1_1 0x00010001
+#define JNI_VERSION_1_2 0x00010002
+#define JNI_VERSION_1_4 0x00010004
+#define JNI_VERSION_1_6 0x00010006
+#define JNI_VERSION_1_8 0x00010008
+#define JNI_VERSION_9   0x00090000
+#define JNI_VERSION_10  0x000a0000
+
+#ifdef __cplusplus
+} /* extern "C" */
+#endif /* __cplusplus */
+
+#endif /* !_JAVASOFT_JNI_H_ */
diff --git a/jalview_java2/include/jvmti.h b/jalview_java2/include/jvmti.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..327a192
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2625 @@
+/*
+ * Copyright (c) 2002, 2018, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+ * DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+ *
+ * This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+ * under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+ * published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+ * particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+ * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+ *
+ * This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+ * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+ * version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+ * accompanied this code).
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License version
+ * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+ * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+ * questions.
+ */
+
+ /* AUTOMATICALLY GENERATED FILE - DO NOT EDIT */
+
+    /* Include file for the Java(tm) Virtual Machine Tool Interface */
+
+#ifndef _JAVA_JVMTI_H_
+#define _JAVA_JVMTI_H_
+
+#include "jni.h"
+
+#ifdef __cplusplus
+extern "C" {
+#endif
+
+enum {
+    JVMTI_VERSION_1   = 0x30010000,
+    JVMTI_VERSION_1_0 = 0x30010000,
+    JVMTI_VERSION_1_1 = 0x30010100,
+    JVMTI_VERSION_1_2 = 0x30010200,
+    JVMTI_VERSION_9   = 0x30090000,
+    JVMTI_VERSION_11  = 0x300B0000,
+
+    JVMTI_VERSION = 0x30000000 + (11 * 0x10000) + (0 * 0x100) + 0  /* version: 11.0.0 */
+};
+
+JNIEXPORT jint JNICALL
+Agent_OnLoad(JavaVM *vm, char *options, void *reserved);
+
+JNIEXPORT jint JNICALL
+Agent_OnAttach(JavaVM* vm, char* options, void* reserved);
+
+JNIEXPORT void JNICALL
+Agent_OnUnload(JavaVM *vm);
+
+    /* Forward declaration of the environment */
+
+struct _jvmtiEnv;
+
+struct jvmtiInterface_1_;
+
+#ifdef __cplusplus
+typedef _jvmtiEnv jvmtiEnv;
+#else
+typedef const struct jvmtiInterface_1_ *jvmtiEnv;
+#endif /* __cplusplus */
+
+/* Derived Base Types */
+
+typedef jobject jthread;
+typedef jobject jthreadGroup;
+typedef jlong jlocation;
+struct _jrawMonitorID;
+typedef struct _jrawMonitorID *jrawMonitorID;
+typedef struct JNINativeInterface_ jniNativeInterface;
+
+    /* Constants */
+
+
+    /* Thread State Flags */
+
+enum {
+    JVMTI_THREAD_STATE_ALIVE = 0x0001,
+    JVMTI_THREAD_STATE_TERMINATED = 0x0002,
+    JVMTI_THREAD_STATE_RUNNABLE = 0x0004,
+    JVMTI_THREAD_STATE_BLOCKED_ON_MONITOR_ENTER = 0x0400,
+    JVMTI_THREAD_STATE_WAITING = 0x0080,
+    JVMTI_THREAD_STATE_WAITING_INDEFINITELY = 0x0010,
+    JVMTI_THREAD_STATE_WAITING_WITH_TIMEOUT = 0x0020,
+    JVMTI_THREAD_STATE_SLEEPING = 0x0040,
+    JVMTI_THREAD_STATE_IN_OBJECT_WAIT = 0x0100,
+    JVMTI_THREAD_STATE_PARKED = 0x0200,
+    JVMTI_THREAD_STATE_SUSPENDED = 0x100000,
+    JVMTI_THREAD_STATE_INTERRUPTED = 0x200000,
+    JVMTI_THREAD_STATE_IN_NATIVE = 0x400000,
+    JVMTI_THREAD_STATE_VENDOR_1 = 0x10000000,
+    JVMTI_THREAD_STATE_VENDOR_2 = 0x20000000,
+    JVMTI_THREAD_STATE_VENDOR_3 = 0x40000000
+};
+
+    /* java.lang.Thread.State Conversion Masks */
+
+enum {
+    JVMTI_JAVA_LANG_THREAD_STATE_MASK = JVMTI_THREAD_STATE_TERMINATED | JVMTI_THREAD_STATE_ALIVE | JVMTI_THREAD_STATE_RUNNABLE | JVMTI_THREAD_STATE_BLOCKED_ON_MONITOR_ENTER | JVMTI_THREAD_STATE_WAITING | JVMTI_THREAD_STATE_WAITING_INDEFINITELY | JVMTI_THREAD_STATE_WAITING_WITH_TIMEOUT,
+    JVMTI_JAVA_LANG_THREAD_STATE_NEW = 0,
+    JVMTI_JAVA_LANG_THREAD_STATE_TERMINATED = JVMTI_THREAD_STATE_TERMINATED,
+    JVMTI_JAVA_LANG_THREAD_STATE_RUNNABLE = JVMTI_THREAD_STATE_ALIVE | JVMTI_THREAD_STATE_RUNNABLE,
+    JVMTI_JAVA_LANG_THREAD_STATE_BLOCKED = JVMTI_THREAD_STATE_ALIVE | JVMTI_THREAD_STATE_BLOCKED_ON_MONITOR_ENTER,
+    JVMTI_JAVA_LANG_THREAD_STATE_WAITING = JVMTI_THREAD_STATE_ALIVE | JVMTI_THREAD_STATE_WAITING | JVMTI_THREAD_STATE_WAITING_INDEFINITELY,
+    JVMTI_JAVA_LANG_THREAD_STATE_TIMED_WAITING = JVMTI_THREAD_STATE_ALIVE | JVMTI_THREAD_STATE_WAITING | JVMTI_THREAD_STATE_WAITING_WITH_TIMEOUT
+};
+
+    /* Thread Priority Constants */
+
+enum {
+    JVMTI_THREAD_MIN_PRIORITY = 1,
+    JVMTI_THREAD_NORM_PRIORITY = 5,
+    JVMTI_THREAD_MAX_PRIORITY = 10
+};
+
+    /* Heap Filter Flags */
+
+enum {
+    JVMTI_HEAP_FILTER_TAGGED = 0x4,
+    JVMTI_HEAP_FILTER_UNTAGGED = 0x8,
+    JVMTI_HEAP_FILTER_CLASS_TAGGED = 0x10,
+    JVMTI_HEAP_FILTER_CLASS_UNTAGGED = 0x20
+};
+
+    /* Heap Visit Control Flags */
+
+enum {
+    JVMTI_VISIT_OBJECTS = 0x100,
+    JVMTI_VISIT_ABORT = 0x8000
+};
+
+    /* Heap Reference Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_CLASS = 1,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_FIELD = 2,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_ARRAY_ELEMENT = 3,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_CLASS_LOADER = 4,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_SIGNERS = 5,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_PROTECTION_DOMAIN = 6,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_INTERFACE = 7,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_STATIC_FIELD = 8,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_CONSTANT_POOL = 9,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_SUPERCLASS = 10,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_JNI_GLOBAL = 21,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_SYSTEM_CLASS = 22,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_MONITOR = 23,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_STACK_LOCAL = 24,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_JNI_LOCAL = 25,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_THREAD = 26,
+    JVMTI_HEAP_REFERENCE_OTHER = 27
+} jvmtiHeapReferenceKind;
+
+    /* Primitive Type Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_BOOLEAN = 90,
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_BYTE = 66,
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_CHAR = 67,
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_SHORT = 83,
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_INT = 73,
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_LONG = 74,
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_FLOAT = 70,
+    JVMTI_PRIMITIVE_TYPE_DOUBLE = 68
+} jvmtiPrimitiveType;
+
+    /* Heap Object Filter Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_HEAP_OBJECT_TAGGED = 1,
+    JVMTI_HEAP_OBJECT_UNTAGGED = 2,
+    JVMTI_HEAP_OBJECT_EITHER = 3
+} jvmtiHeapObjectFilter;
+
+    /* Heap Root Kind Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_HEAP_ROOT_JNI_GLOBAL = 1,
+    JVMTI_HEAP_ROOT_SYSTEM_CLASS = 2,
+    JVMTI_HEAP_ROOT_MONITOR = 3,
+    JVMTI_HEAP_ROOT_STACK_LOCAL = 4,
+    JVMTI_HEAP_ROOT_JNI_LOCAL = 5,
+    JVMTI_HEAP_ROOT_THREAD = 6,
+    JVMTI_HEAP_ROOT_OTHER = 7
+} jvmtiHeapRootKind;
+
+    /* Object Reference Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_REFERENCE_CLASS = 1,
+    JVMTI_REFERENCE_FIELD = 2,
+    JVMTI_REFERENCE_ARRAY_ELEMENT = 3,
+    JVMTI_REFERENCE_CLASS_LOADER = 4,
+    JVMTI_REFERENCE_SIGNERS = 5,
+    JVMTI_REFERENCE_PROTECTION_DOMAIN = 6,
+    JVMTI_REFERENCE_INTERFACE = 7,
+    JVMTI_REFERENCE_STATIC_FIELD = 8,
+    JVMTI_REFERENCE_CONSTANT_POOL = 9
+} jvmtiObjectReferenceKind;
+
+    /* Iteration Control Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_ITERATION_CONTINUE = 1,
+    JVMTI_ITERATION_IGNORE = 2,
+    JVMTI_ITERATION_ABORT = 0
+} jvmtiIterationControl;
+
+    /* Class Status Flags */
+
+enum {
+    JVMTI_CLASS_STATUS_VERIFIED = 1,
+    JVMTI_CLASS_STATUS_PREPARED = 2,
+    JVMTI_CLASS_STATUS_INITIALIZED = 4,
+    JVMTI_CLASS_STATUS_ERROR = 8,
+    JVMTI_CLASS_STATUS_ARRAY = 16,
+    JVMTI_CLASS_STATUS_PRIMITIVE = 32
+};
+
+    /* Event Enable/Disable */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_ENABLE = 1,
+    JVMTI_DISABLE = 0
+} jvmtiEventMode;
+
+    /* Extension Function/Event Parameter Types */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_TYPE_JBYTE = 101,
+    JVMTI_TYPE_JCHAR = 102,
+    JVMTI_TYPE_JSHORT = 103,
+    JVMTI_TYPE_JINT = 104,
+    JVMTI_TYPE_JLONG = 105,
+    JVMTI_TYPE_JFLOAT = 106,
+    JVMTI_TYPE_JDOUBLE = 107,
+    JVMTI_TYPE_JBOOLEAN = 108,
+    JVMTI_TYPE_JOBJECT = 109,
+    JVMTI_TYPE_JTHREAD = 110,
+    JVMTI_TYPE_JCLASS = 111,
+    JVMTI_TYPE_JVALUE = 112,
+    JVMTI_TYPE_JFIELDID = 113,
+    JVMTI_TYPE_JMETHODID = 114,
+    JVMTI_TYPE_CCHAR = 115,
+    JVMTI_TYPE_CVOID = 116,
+    JVMTI_TYPE_JNIENV = 117
+} jvmtiParamTypes;
+
+    /* Extension Function/Event Parameter Kinds */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_KIND_IN = 91,
+    JVMTI_KIND_IN_PTR = 92,
+    JVMTI_KIND_IN_BUF = 93,
+    JVMTI_KIND_ALLOC_BUF = 94,
+    JVMTI_KIND_ALLOC_ALLOC_BUF = 95,
+    JVMTI_KIND_OUT = 96,
+    JVMTI_KIND_OUT_BUF = 97
+} jvmtiParamKind;
+
+    /* Timer Kinds */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_TIMER_USER_CPU = 30,
+    JVMTI_TIMER_TOTAL_CPU = 31,
+    JVMTI_TIMER_ELAPSED = 32
+} jvmtiTimerKind;
+
+    /* Phases of execution */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_PHASE_ONLOAD = 1,
+    JVMTI_PHASE_PRIMORDIAL = 2,
+    JVMTI_PHASE_START = 6,
+    JVMTI_PHASE_LIVE = 4,
+    JVMTI_PHASE_DEAD = 8
+} jvmtiPhase;
+
+    /* Version Interface Types */
+
+enum {
+    JVMTI_VERSION_INTERFACE_JNI = 0x00000000,
+    JVMTI_VERSION_INTERFACE_JVMTI = 0x30000000
+};
+
+    /* Version Masks */
+
+enum {
+    JVMTI_VERSION_MASK_INTERFACE_TYPE = 0x70000000,
+    JVMTI_VERSION_MASK_MAJOR = 0x0FFF0000,
+    JVMTI_VERSION_MASK_MINOR = 0x0000FF00,
+    JVMTI_VERSION_MASK_MICRO = 0x000000FF
+};
+
+    /* Version Shifts */
+
+enum {
+    JVMTI_VERSION_SHIFT_MAJOR = 16,
+    JVMTI_VERSION_SHIFT_MINOR = 8,
+    JVMTI_VERSION_SHIFT_MICRO = 0
+};
+
+    /* Verbose Flag Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_VERBOSE_OTHER = 0,
+    JVMTI_VERBOSE_GC = 1,
+    JVMTI_VERBOSE_CLASS = 2,
+    JVMTI_VERBOSE_JNI = 4
+} jvmtiVerboseFlag;
+
+    /* JLocation Format Enumeration */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_JLOCATION_JVMBCI = 1,
+    JVMTI_JLOCATION_MACHINEPC = 2,
+    JVMTI_JLOCATION_OTHER = 0
+} jvmtiJlocationFormat;
+
+    /* Resource Exhaustion Flags */
+
+enum {
+    JVMTI_RESOURCE_EXHAUSTED_OOM_ERROR = 0x0001,
+    JVMTI_RESOURCE_EXHAUSTED_JAVA_HEAP = 0x0002,
+    JVMTI_RESOURCE_EXHAUSTED_THREADS = 0x0004
+};
+
+    /* Errors */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_ERROR_NONE = 0,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_THREAD = 10,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_THREAD_GROUP = 11,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_PRIORITY = 12,
+    JVMTI_ERROR_THREAD_NOT_SUSPENDED = 13,
+    JVMTI_ERROR_THREAD_SUSPENDED = 14,
+    JVMTI_ERROR_THREAD_NOT_ALIVE = 15,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_OBJECT = 20,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_CLASS = 21,
+    JVMTI_ERROR_CLASS_NOT_PREPARED = 22,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_METHODID = 23,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_LOCATION = 24,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_FIELDID = 25,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_MODULE = 26,
+    JVMTI_ERROR_NO_MORE_FRAMES = 31,
+    JVMTI_ERROR_OPAQUE_FRAME = 32,
+    JVMTI_ERROR_TYPE_MISMATCH = 34,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_SLOT = 35,
+    JVMTI_ERROR_DUPLICATE = 40,
+    JVMTI_ERROR_NOT_FOUND = 41,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_MONITOR = 50,
+    JVMTI_ERROR_NOT_MONITOR_OWNER = 51,
+    JVMTI_ERROR_INTERRUPT = 52,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_CLASS_FORMAT = 60,
+    JVMTI_ERROR_CIRCULAR_CLASS_DEFINITION = 61,
+    JVMTI_ERROR_FAILS_VERIFICATION = 62,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_REDEFINITION_METHOD_ADDED = 63,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_REDEFINITION_SCHEMA_CHANGED = 64,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_TYPESTATE = 65,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_REDEFINITION_HIERARCHY_CHANGED = 66,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_REDEFINITION_METHOD_DELETED = 67,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_VERSION = 68,
+    JVMTI_ERROR_NAMES_DONT_MATCH = 69,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_REDEFINITION_CLASS_MODIFIERS_CHANGED = 70,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_REDEFINITION_METHOD_MODIFIERS_CHANGED = 71,
+    JVMTI_ERROR_UNSUPPORTED_REDEFINITION_CLASS_ATTRIBUTE_CHANGED = 72,
+    JVMTI_ERROR_UNMODIFIABLE_CLASS = 79,
+    JVMTI_ERROR_UNMODIFIABLE_MODULE = 80,
+    JVMTI_ERROR_NOT_AVAILABLE = 98,
+    JVMTI_ERROR_MUST_POSSESS_CAPABILITY = 99,
+    JVMTI_ERROR_NULL_POINTER = 100,
+    JVMTI_ERROR_ABSENT_INFORMATION = 101,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_EVENT_TYPE = 102,
+    JVMTI_ERROR_ILLEGAL_ARGUMENT = 103,
+    JVMTI_ERROR_NATIVE_METHOD = 104,
+    JVMTI_ERROR_CLASS_LOADER_UNSUPPORTED = 106,
+    JVMTI_ERROR_OUT_OF_MEMORY = 110,
+    JVMTI_ERROR_ACCESS_DENIED = 111,
+    JVMTI_ERROR_WRONG_PHASE = 112,
+    JVMTI_ERROR_INTERNAL = 113,
+    JVMTI_ERROR_UNATTACHED_THREAD = 115,
+    JVMTI_ERROR_INVALID_ENVIRONMENT = 116,
+    JVMTI_ERROR_MAX = 116
+} jvmtiError;
+
+    /* Event IDs */
+
+typedef enum {
+    JVMTI_MIN_EVENT_TYPE_VAL = 50,
+    JVMTI_EVENT_VM_INIT = 50,
+    JVMTI_EVENT_VM_DEATH = 51,
+    JVMTI_EVENT_THREAD_START = 52,
+    JVMTI_EVENT_THREAD_END = 53,
+    JVMTI_EVENT_CLASS_FILE_LOAD_HOOK = 54,
+    JVMTI_EVENT_CLASS_LOAD = 55,
+    JVMTI_EVENT_CLASS_PREPARE = 56,
+    JVMTI_EVENT_VM_START = 57,
+    JVMTI_EVENT_EXCEPTION = 58,
+    JVMTI_EVENT_EXCEPTION_CATCH = 59,
+    JVMTI_EVENT_SINGLE_STEP = 60,
+    JVMTI_EVENT_FRAME_POP = 61,
+    JVMTI_EVENT_BREAKPOINT = 62,
+    JVMTI_EVENT_FIELD_ACCESS = 63,
+    JVMTI_EVENT_FIELD_MODIFICATION = 64,
+    JVMTI_EVENT_METHOD_ENTRY = 65,
+    JVMTI_EVENT_METHOD_EXIT = 66,
+    JVMTI_EVENT_NATIVE_METHOD_BIND = 67,
+    JVMTI_EVENT_COMPILED_METHOD_LOAD = 68,
+    JVMTI_EVENT_COMPILED_METHOD_UNLOAD = 69,
+    JVMTI_EVENT_DYNAMIC_CODE_GENERATED = 70,
+    JVMTI_EVENT_DATA_DUMP_REQUEST = 71,
+    JVMTI_EVENT_MONITOR_WAIT = 73,
+    JVMTI_EVENT_MONITOR_WAITED = 74,
+    JVMTI_EVENT_MONITOR_CONTENDED_ENTER = 75,
+    JVMTI_EVENT_MONITOR_CONTENDED_ENTERED = 76,
+    JVMTI_EVENT_RESOURCE_EXHAUSTED = 80,
+    JVMTI_EVENT_GARBAGE_COLLECTION_START = 81,
+    JVMTI_EVENT_GARBAGE_COLLECTION_FINISH = 82,
+    JVMTI_EVENT_OBJECT_FREE = 83,
+    JVMTI_EVENT_VM_OBJECT_ALLOC = 84,
+    JVMTI_EVENT_SAMPLED_OBJECT_ALLOC = 86,
+    JVMTI_MAX_EVENT_TYPE_VAL = 86
+} jvmtiEvent;
+
+
+    /* Pre-Declarations */
+struct _jvmtiThreadInfo;
+typedef struct _jvmtiThreadInfo jvmtiThreadInfo;
+struct _jvmtiMonitorStackDepthInfo;
+typedef struct _jvmtiMonitorStackDepthInfo jvmtiMonitorStackDepthInfo;
+struct _jvmtiThreadGroupInfo;
+typedef struct _jvmtiThreadGroupInfo jvmtiThreadGroupInfo;
+struct _jvmtiFrameInfo;
+typedef struct _jvmtiFrameInfo jvmtiFrameInfo;
+struct _jvmtiStackInfo;
+typedef struct _jvmtiStackInfo jvmtiStackInfo;
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoField;
+typedef struct _jvmtiHeapReferenceInfoField jvmtiHeapReferenceInfoField;
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoArray;
+typedef struct _jvmtiHeapReferenceInfoArray jvmtiHeapReferenceInfoArray;
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoConstantPool;
+typedef struct _jvmtiHeapReferenceInfoConstantPool jvmtiHeapReferenceInfoConstantPool;
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoStackLocal;
+typedef struct _jvmtiHeapReferenceInfoStackLocal jvmtiHeapReferenceInfoStackLocal;
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoJniLocal;
+typedef struct _jvmtiHeapReferenceInfoJniLocal jvmtiHeapReferenceInfoJniLocal;
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoReserved;
+typedef struct _jvmtiHeapReferenceInfoReserved jvmtiHeapReferenceInfoReserved;
+union _jvmtiHeapReferenceInfo;
+typedef union _jvmtiHeapReferenceInfo jvmtiHeapReferenceInfo;
+struct _jvmtiHeapCallbacks;
+typedef struct _jvmtiHeapCallbacks jvmtiHeapCallbacks;
+struct _jvmtiClassDefinition;
+typedef struct _jvmtiClassDefinition jvmtiClassDefinition;
+struct _jvmtiMonitorUsage;
+typedef struct _jvmtiMonitorUsage jvmtiMonitorUsage;
+struct _jvmtiLineNumberEntry;
+typedef struct _jvmtiLineNumberEntry jvmtiLineNumberEntry;
+struct _jvmtiLocalVariableEntry;
+typedef struct _jvmtiLocalVariableEntry jvmtiLocalVariableEntry;
+struct _jvmtiParamInfo;
+typedef struct _jvmtiParamInfo jvmtiParamInfo;
+struct _jvmtiExtensionFunctionInfo;
+typedef struct _jvmtiExtensionFunctionInfo jvmtiExtensionFunctionInfo;
+struct _jvmtiExtensionEventInfo;
+typedef struct _jvmtiExtensionEventInfo jvmtiExtensionEventInfo;
+struct _jvmtiTimerInfo;
+typedef struct _jvmtiTimerInfo jvmtiTimerInfo;
+struct _jvmtiAddrLocationMap;
+typedef struct _jvmtiAddrLocationMap jvmtiAddrLocationMap;
+
+    /* Function Types */
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiStartFunction)
+    (jvmtiEnv* jvmti_env, JNIEnv* jni_env, void* arg);
+
+typedef jint (JNICALL *jvmtiHeapIterationCallback)
+    (jlong class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, jint length, void* user_data);
+
+typedef jint (JNICALL *jvmtiHeapReferenceCallback)
+    (jvmtiHeapReferenceKind reference_kind, const jvmtiHeapReferenceInfo* reference_info, jlong class_tag, jlong referrer_class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, jlong* referrer_tag_ptr, jint length, void* user_data);
+
+typedef jint (JNICALL *jvmtiPrimitiveFieldCallback)
+    (jvmtiHeapReferenceKind kind, const jvmtiHeapReferenceInfo* info, jlong object_class_tag, jlong* object_tag_ptr, jvalue value, jvmtiPrimitiveType value_type, void* user_data);
+
+typedef jint (JNICALL *jvmtiArrayPrimitiveValueCallback)
+    (jlong class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, jint element_count, jvmtiPrimitiveType element_type, const void* elements, void* user_data);
+
+typedef jint (JNICALL *jvmtiStringPrimitiveValueCallback)
+    (jlong class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, const jchar* value, jint value_length, void* user_data);
+
+typedef jint (JNICALL *jvmtiReservedCallback)
+    ();
+
+typedef jvmtiIterationControl (JNICALL *jvmtiHeapObjectCallback)
+    (jlong class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, void* user_data);
+
+typedef jvmtiIterationControl (JNICALL *jvmtiHeapRootCallback)
+    (jvmtiHeapRootKind root_kind, jlong class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, void* user_data);
+
+typedef jvmtiIterationControl (JNICALL *jvmtiStackReferenceCallback)
+    (jvmtiHeapRootKind root_kind, jlong class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, jlong thread_tag, jint depth, jmethodID method, jint slot, void* user_data);
+
+typedef jvmtiIterationControl (JNICALL *jvmtiObjectReferenceCallback)
+    (jvmtiObjectReferenceKind reference_kind, jlong class_tag, jlong size, jlong* tag_ptr, jlong referrer_tag, jint referrer_index, void* user_data);
+
+typedef jvmtiError (JNICALL *jvmtiExtensionFunction)
+    (jvmtiEnv* jvmti_env,  ...);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiExtensionEvent)
+    (jvmtiEnv* jvmti_env,  ...);
+
+
+    /* Structure Types */
+struct _jvmtiThreadInfo {
+    char* name;
+    jint priority;
+    jboolean is_daemon;
+    jthreadGroup thread_group;
+    jobject context_class_loader;
+};
+struct _jvmtiMonitorStackDepthInfo {
+    jobject monitor;
+    jint stack_depth;
+};
+struct _jvmtiThreadGroupInfo {
+    jthreadGroup parent;
+    char* name;
+    jint max_priority;
+    jboolean is_daemon;
+};
+struct _jvmtiFrameInfo {
+    jmethodID method;
+    jlocation location;
+};
+struct _jvmtiStackInfo {
+    jthread thread;
+    jint state;
+    jvmtiFrameInfo* frame_buffer;
+    jint frame_count;
+};
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoField {
+    jint index;
+};
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoArray {
+    jint index;
+};
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoConstantPool {
+    jint index;
+};
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoStackLocal {
+    jlong thread_tag;
+    jlong thread_id;
+    jint depth;
+    jmethodID method;
+    jlocation location;
+    jint slot;
+};
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoJniLocal {
+    jlong thread_tag;
+    jlong thread_id;
+    jint depth;
+    jmethodID method;
+};
+struct _jvmtiHeapReferenceInfoReserved {
+    jlong reserved1;
+    jlong reserved2;
+    jlong reserved3;
+    jlong reserved4;
+    jlong reserved5;
+    jlong reserved6;
+    jlong reserved7;
+    jlong reserved8;
+};
+union _jvmtiHeapReferenceInfo {
+    jvmtiHeapReferenceInfoField field;
+    jvmtiHeapReferenceInfoArray array;
+    jvmtiHeapReferenceInfoConstantPool constant_pool;
+    jvmtiHeapReferenceInfoStackLocal stack_local;
+    jvmtiHeapReferenceInfoJniLocal jni_local;
+    jvmtiHeapReferenceInfoReserved other;
+};
+struct _jvmtiHeapCallbacks {
+    jvmtiHeapIterationCallback heap_iteration_callback;
+    jvmtiHeapReferenceCallback heap_reference_callback;
+    jvmtiPrimitiveFieldCallback primitive_field_callback;
+    jvmtiArrayPrimitiveValueCallback array_primitive_value_callback;
+    jvmtiStringPrimitiveValueCallback string_primitive_value_callback;
+    jvmtiReservedCallback reserved5;
+    jvmtiReservedCallback reserved6;
+    jvmtiReservedCallback reserved7;
+    jvmtiReservedCallback reserved8;
+    jvmtiReservedCallback reserved9;
+    jvmtiReservedCallback reserved10;
+    jvmtiReservedCallback reserved11;
+    jvmtiReservedCallback reserved12;
+    jvmtiReservedCallback reserved13;
+    jvmtiReservedCallback reserved14;
+    jvmtiReservedCallback reserved15;
+};
+struct _jvmtiClassDefinition {
+    jclass klass;
+    jint class_byte_count;
+    const unsigned char* class_bytes;
+};
+struct _jvmtiMonitorUsage {
+    jthread owner;
+    jint entry_count;
+    jint waiter_count;
+    jthread* waiters;
+    jint notify_waiter_count;
+    jthread* notify_waiters;
+};
+struct _jvmtiLineNumberEntry {
+    jlocation start_location;
+    jint line_number;
+};
+struct _jvmtiLocalVariableEntry {
+    jlocation start_location;
+    jint length;
+    char* name;
+    char* signature;
+    char* generic_signature;
+    jint slot;
+};
+struct _jvmtiParamInfo {
+    char* name;
+    jvmtiParamKind kind;
+    jvmtiParamTypes base_type;
+    jboolean null_ok;
+};
+struct _jvmtiExtensionFunctionInfo {
+    jvmtiExtensionFunction func;
+    char* id;
+    char* short_description;
+    jint param_count;
+    jvmtiParamInfo* params;
+    jint error_count;
+    jvmtiError* errors;
+};
+struct _jvmtiExtensionEventInfo {
+    jint extension_event_index;
+    char* id;
+    char* short_description;
+    jint param_count;
+    jvmtiParamInfo* params;
+};
+struct _jvmtiTimerInfo {
+    jlong max_value;
+    jboolean may_skip_forward;
+    jboolean may_skip_backward;
+    jvmtiTimerKind kind;
+    jlong reserved1;
+    jlong reserved2;
+};
+struct _jvmtiAddrLocationMap {
+    const void* start_address;
+    jlocation location;
+};
+
+typedef struct {
+    unsigned int can_tag_objects : 1;
+    unsigned int can_generate_field_modification_events : 1;
+    unsigned int can_generate_field_access_events : 1;
+    unsigned int can_get_bytecodes : 1;
+    unsigned int can_get_synthetic_attribute : 1;
+    unsigned int can_get_owned_monitor_info : 1;
+    unsigned int can_get_current_contended_monitor : 1;
+    unsigned int can_get_monitor_info : 1;
+    unsigned int can_pop_frame : 1;
+    unsigned int can_redefine_classes : 1;
+    unsigned int can_signal_thread : 1;
+    unsigned int can_get_source_file_name : 1;
+    unsigned int can_get_line_numbers : 1;
+    unsigned int can_get_source_debug_extension : 1;
+    unsigned int can_access_local_variables : 1;
+    unsigned int can_maintain_original_method_order : 1;
+    unsigned int can_generate_single_step_events : 1;
+    unsigned int can_generate_exception_events : 1;
+    unsigned int can_generate_frame_pop_events : 1;
+    unsigned int can_generate_breakpoint_events : 1;
+    unsigned int can_suspend : 1;
+    unsigned int can_redefine_any_class : 1;
+    unsigned int can_get_current_thread_cpu_time : 1;
+    unsigned int can_get_thread_cpu_time : 1;
+    unsigned int can_generate_method_entry_events : 1;
+    unsigned int can_generate_method_exit_events : 1;
+    unsigned int can_generate_all_class_hook_events : 1;
+    unsigned int can_generate_compiled_method_load_events : 1;
+    unsigned int can_generate_monitor_events : 1;
+    unsigned int can_generate_vm_object_alloc_events : 1;
+    unsigned int can_generate_native_method_bind_events : 1;
+    unsigned int can_generate_garbage_collection_events : 1;
+    unsigned int can_generate_object_free_events : 1;
+    unsigned int can_force_early_return : 1;
+    unsigned int can_get_owned_monitor_stack_depth_info : 1;
+    unsigned int can_get_constant_pool : 1;
+    unsigned int can_set_native_method_prefix : 1;
+    unsigned int can_retransform_classes : 1;
+    unsigned int can_retransform_any_class : 1;
+    unsigned int can_generate_resource_exhaustion_heap_events : 1;
+    unsigned int can_generate_resource_exhaustion_threads_events : 1;
+    unsigned int can_generate_early_vmstart : 1;
+    unsigned int can_generate_early_class_hook_events : 1;
+    unsigned int can_generate_sampled_object_alloc_events : 1;
+    unsigned int : 4;
+    unsigned int : 16;
+    unsigned int : 16;
+    unsigned int : 16;
+    unsigned int : 16;
+    unsigned int : 16;
+} jvmtiCapabilities;
+
+
+    /* Event Definitions */
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventReserved)(void);
+
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventBreakpoint)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jlocation location);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventClassFileLoadHook)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jclass class_being_redefined,
+     jobject loader,
+     const char* name,
+     jobject protection_domain,
+     jint class_data_len,
+     const unsigned char* class_data,
+     jint* new_class_data_len,
+     unsigned char** new_class_data);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventClassLoad)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jclass klass);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventClassPrepare)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jclass klass);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventCompiledMethodLoad)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     jmethodID method,
+     jint code_size,
+     const void* code_addr,
+     jint map_length,
+     const jvmtiAddrLocationMap* map,
+     const void* compile_info);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventCompiledMethodUnload)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     jmethodID method,
+     const void* code_addr);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventDataDumpRequest)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventDynamicCodeGenerated)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     const char* name,
+     const void* address,
+     jint length);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventException)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jlocation location,
+     jobject exception,
+     jmethodID catch_method,
+     jlocation catch_location);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventExceptionCatch)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jlocation location,
+     jobject exception);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventFieldAccess)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jlocation location,
+     jclass field_klass,
+     jobject object,
+     jfieldID field);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventFieldModification)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jlocation location,
+     jclass field_klass,
+     jobject object,
+     jfieldID field,
+     char signature_type,
+     jvalue new_value);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventFramePop)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jboolean was_popped_by_exception);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventGarbageCollectionFinish)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventGarbageCollectionStart)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventMethodEntry)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventMethodExit)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jboolean was_popped_by_exception,
+     jvalue return_value);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventMonitorContendedEnter)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jobject object);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventMonitorContendedEntered)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jobject object);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventMonitorWait)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jobject object,
+     jlong timeout);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventMonitorWaited)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jobject object,
+     jboolean timed_out);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventNativeMethodBind)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     void* address,
+     void** new_address_ptr);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventObjectFree)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     jlong tag);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventResourceExhausted)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jint flags,
+     const void* reserved,
+     const char* description);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventSampledObjectAlloc)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jobject object,
+     jclass object_klass,
+     jlong size);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventSingleStep)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jmethodID method,
+     jlocation location);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventThreadEnd)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventThreadStart)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventVMDeath)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventVMInit)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventVMObjectAlloc)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env,
+     jthread thread,
+     jobject object,
+     jclass object_klass,
+     jlong size);
+
+typedef void (JNICALL *jvmtiEventVMStart)
+    (jvmtiEnv *jvmti_env,
+     JNIEnv* jni_env);
+
+    /* Event Callback Structure */
+
+typedef struct {
+                              /*   50 : VM Initialization Event */
+    jvmtiEventVMInit VMInit;
+                              /*   51 : VM Death Event */
+    jvmtiEventVMDeath VMDeath;
+                              /*   52 : Thread Start */
+    jvmtiEventThreadStart ThreadStart;
+                              /*   53 : Thread End */
+    jvmtiEventThreadEnd ThreadEnd;
+                              /*   54 : Class File Load Hook */
+    jvmtiEventClassFileLoadHook ClassFileLoadHook;
+                              /*   55 : Class Load */
+    jvmtiEventClassLoad ClassLoad;
+                              /*   56 : Class Prepare */
+    jvmtiEventClassPrepare ClassPrepare;
+                              /*   57 : VM Start Event */
+    jvmtiEventVMStart VMStart;
+                              /*   58 : Exception */
+    jvmtiEventException Exception;
+                              /*   59 : Exception Catch */
+    jvmtiEventExceptionCatch ExceptionCatch;
+                              /*   60 : Single Step */
+    jvmtiEventSingleStep SingleStep;
+                              /*   61 : Frame Pop */
+    jvmtiEventFramePop FramePop;
+                              /*   62 : Breakpoint */
+    jvmtiEventBreakpoint Breakpoint;
+                              /*   63 : Field Access */
+    jvmtiEventFieldAccess FieldAccess;
+                              /*   64 : Field Modification */
+    jvmtiEventFieldModification FieldModification;
+                              /*   65 : Method Entry */
+    jvmtiEventMethodEntry MethodEntry;
+                              /*   66 : Method Exit */
+    jvmtiEventMethodExit MethodExit;
+                              /*   67 : Native Method Bind */
+    jvmtiEventNativeMethodBind NativeMethodBind;
+                              /*   68 : Compiled Method Load */
+    jvmtiEventCompiledMethodLoad CompiledMethodLoad;
+                              /*   69 : Compiled Method Unload */
+    jvmtiEventCompiledMethodUnload CompiledMethodUnload;
+                              /*   70 : Dynamic Code Generated */
+    jvmtiEventDynamicCodeGenerated DynamicCodeGenerated;
+                              /*   71 : Data Dump Request */
+    jvmtiEventDataDumpRequest DataDumpRequest;
+                              /*   72 */
+    jvmtiEventReserved reserved72;
+                              /*   73 : Monitor Wait */
+    jvmtiEventMonitorWait MonitorWait;
+                              /*   74 : Monitor Waited */
+    jvmtiEventMonitorWaited MonitorWaited;
+                              /*   75 : Monitor Contended Enter */
+    jvmtiEventMonitorContendedEnter MonitorContendedEnter;
+                              /*   76 : Monitor Contended Entered */
+    jvmtiEventMonitorContendedEntered MonitorContendedEntered;
+                              /*   77 */
+    jvmtiEventReserved reserved77;
+                              /*   78 */
+    jvmtiEventReserved reserved78;
+                              /*   79 */
+    jvmtiEventReserved reserved79;
+                              /*   80 : Resource Exhausted */
+    jvmtiEventResourceExhausted ResourceExhausted;
+                              /*   81 : Garbage Collection Start */
+    jvmtiEventGarbageCollectionStart GarbageCollectionStart;
+                              /*   82 : Garbage Collection Finish */
+    jvmtiEventGarbageCollectionFinish GarbageCollectionFinish;
+                              /*   83 : Object Free */
+    jvmtiEventObjectFree ObjectFree;
+                              /*   84 : VM Object Allocation */
+    jvmtiEventVMObjectAlloc VMObjectAlloc;
+                              /*   85 */
+    jvmtiEventReserved reserved85;
+                              /*   86 : Sampled Object Allocation */
+    jvmtiEventSampledObjectAlloc SampledObjectAlloc;
+} jvmtiEventCallbacks;
+
+
+    /* Function Interface */
+
+typedef struct jvmtiInterface_1_ {
+
+  /*   1 :  RESERVED */
+  void *reserved1;
+
+  /*   2 : Set Event Notification Mode */
+  jvmtiError (JNICALL *SetEventNotificationMode) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiEventMode mode,
+    jvmtiEvent event_type,
+    jthread event_thread,
+     ...);
+
+  /*   3 : Get All Modules */
+  jvmtiError (JNICALL *GetAllModules) (jvmtiEnv* env,
+    jint* module_count_ptr,
+    jobject** modules_ptr);
+
+  /*   4 : Get All Threads */
+  jvmtiError (JNICALL *GetAllThreads) (jvmtiEnv* env,
+    jint* threads_count_ptr,
+    jthread** threads_ptr);
+
+  /*   5 : Suspend Thread */
+  jvmtiError (JNICALL *SuspendThread) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread);
+
+  /*   6 : Resume Thread */
+  jvmtiError (JNICALL *ResumeThread) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread);
+
+  /*   7 : Stop Thread */
+  jvmtiError (JNICALL *StopThread) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jobject exception);
+
+  /*   8 : Interrupt Thread */
+  jvmtiError (JNICALL *InterruptThread) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread);
+
+  /*   9 : Get Thread Info */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadInfo) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jvmtiThreadInfo* info_ptr);
+
+  /*   10 : Get Owned Monitor Info */
+  jvmtiError (JNICALL *GetOwnedMonitorInfo) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint* owned_monitor_count_ptr,
+    jobject** owned_monitors_ptr);
+
+  /*   11 : Get Current Contended Monitor */
+  jvmtiError (JNICALL *GetCurrentContendedMonitor) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jobject* monitor_ptr);
+
+  /*   12 : Run Agent Thread */
+  jvmtiError (JNICALL *RunAgentThread) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jvmtiStartFunction proc,
+    const void* arg,
+    jint priority);
+
+  /*   13 : Get Top Thread Groups */
+  jvmtiError (JNICALL *GetTopThreadGroups) (jvmtiEnv* env,
+    jint* group_count_ptr,
+    jthreadGroup** groups_ptr);
+
+  /*   14 : Get Thread Group Info */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadGroupInfo) (jvmtiEnv* env,
+    jthreadGroup group,
+    jvmtiThreadGroupInfo* info_ptr);
+
+  /*   15 : Get Thread Group Children */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadGroupChildren) (jvmtiEnv* env,
+    jthreadGroup group,
+    jint* thread_count_ptr,
+    jthread** threads_ptr,
+    jint* group_count_ptr,
+    jthreadGroup** groups_ptr);
+
+  /*   16 : Get Frame Count */
+  jvmtiError (JNICALL *GetFrameCount) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint* count_ptr);
+
+  /*   17 : Get Thread State */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadState) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint* thread_state_ptr);
+
+  /*   18 : Get Current Thread */
+  jvmtiError (JNICALL *GetCurrentThread) (jvmtiEnv* env,
+    jthread* thread_ptr);
+
+  /*   19 : Get Frame Location */
+  jvmtiError (JNICALL *GetFrameLocation) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jmethodID* method_ptr,
+    jlocation* location_ptr);
+
+  /*   20 : Notify Frame Pop */
+  jvmtiError (JNICALL *NotifyFramePop) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth);
+
+  /*   21 : Get Local Variable - Object */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLocalObject) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jobject* value_ptr);
+
+  /*   22 : Get Local Variable - Int */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLocalInt) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jint* value_ptr);
+
+  /*   23 : Get Local Variable - Long */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLocalLong) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jlong* value_ptr);
+
+  /*   24 : Get Local Variable - Float */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLocalFloat) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jfloat* value_ptr);
+
+  /*   25 : Get Local Variable - Double */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLocalDouble) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jdouble* value_ptr);
+
+  /*   26 : Set Local Variable - Object */
+  jvmtiError (JNICALL *SetLocalObject) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jobject value);
+
+  /*   27 : Set Local Variable - Int */
+  jvmtiError (JNICALL *SetLocalInt) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jint value);
+
+  /*   28 : Set Local Variable - Long */
+  jvmtiError (JNICALL *SetLocalLong) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jlong value);
+
+  /*   29 : Set Local Variable - Float */
+  jvmtiError (JNICALL *SetLocalFloat) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jfloat value);
+
+  /*   30 : Set Local Variable - Double */
+  jvmtiError (JNICALL *SetLocalDouble) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jint slot,
+    jdouble value);
+
+  /*   31 : Create Raw Monitor */
+  jvmtiError (JNICALL *CreateRawMonitor) (jvmtiEnv* env,
+    const char* name,
+    jrawMonitorID* monitor_ptr);
+
+  /*   32 : Destroy Raw Monitor */
+  jvmtiError (JNICALL *DestroyRawMonitor) (jvmtiEnv* env,
+    jrawMonitorID monitor);
+
+  /*   33 : Raw Monitor Enter */
+  jvmtiError (JNICALL *RawMonitorEnter) (jvmtiEnv* env,
+    jrawMonitorID monitor);
+
+  /*   34 : Raw Monitor Exit */
+  jvmtiError (JNICALL *RawMonitorExit) (jvmtiEnv* env,
+    jrawMonitorID monitor);
+
+  /*   35 : Raw Monitor Wait */
+  jvmtiError (JNICALL *RawMonitorWait) (jvmtiEnv* env,
+    jrawMonitorID monitor,
+    jlong millis);
+
+  /*   36 : Raw Monitor Notify */
+  jvmtiError (JNICALL *RawMonitorNotify) (jvmtiEnv* env,
+    jrawMonitorID monitor);
+
+  /*   37 : Raw Monitor Notify All */
+  jvmtiError (JNICALL *RawMonitorNotifyAll) (jvmtiEnv* env,
+    jrawMonitorID monitor);
+
+  /*   38 : Set Breakpoint */
+  jvmtiError (JNICALL *SetBreakpoint) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jlocation location);
+
+  /*   39 : Clear Breakpoint */
+  jvmtiError (JNICALL *ClearBreakpoint) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jlocation location);
+
+  /*   40 : Get Named Module */
+  jvmtiError (JNICALL *GetNamedModule) (jvmtiEnv* env,
+    jobject class_loader,
+    const char* package_name,
+    jobject* module_ptr);
+
+  /*   41 : Set Field Access Watch */
+  jvmtiError (JNICALL *SetFieldAccessWatch) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field);
+
+  /*   42 : Clear Field Access Watch */
+  jvmtiError (JNICALL *ClearFieldAccessWatch) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field);
+
+  /*   43 : Set Field Modification Watch */
+  jvmtiError (JNICALL *SetFieldModificationWatch) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field);
+
+  /*   44 : Clear Field Modification Watch */
+  jvmtiError (JNICALL *ClearFieldModificationWatch) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field);
+
+  /*   45 : Is Modifiable Class */
+  jvmtiError (JNICALL *IsModifiableClass) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jboolean* is_modifiable_class_ptr);
+
+  /*   46 : Allocate */
+  jvmtiError (JNICALL *Allocate) (jvmtiEnv* env,
+    jlong size,
+    unsigned char** mem_ptr);
+
+  /*   47 : Deallocate */
+  jvmtiError (JNICALL *Deallocate) (jvmtiEnv* env,
+    unsigned char* mem);
+
+  /*   48 : Get Class Signature */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassSignature) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    char** signature_ptr,
+    char** generic_ptr);
+
+  /*   49 : Get Class Status */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassStatus) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jint* status_ptr);
+
+  /*   50 : Get Source File Name */
+  jvmtiError (JNICALL *GetSourceFileName) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    char** source_name_ptr);
+
+  /*   51 : Get Class Modifiers */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassModifiers) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jint* modifiers_ptr);
+
+  /*   52 : Get Class Methods */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassMethods) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jint* method_count_ptr,
+    jmethodID** methods_ptr);
+
+  /*   53 : Get Class Fields */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassFields) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jint* field_count_ptr,
+    jfieldID** fields_ptr);
+
+  /*   54 : Get Implemented Interfaces */
+  jvmtiError (JNICALL *GetImplementedInterfaces) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jint* interface_count_ptr,
+    jclass** interfaces_ptr);
+
+  /*   55 : Is Interface */
+  jvmtiError (JNICALL *IsInterface) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jboolean* is_interface_ptr);
+
+  /*   56 : Is Array Class */
+  jvmtiError (JNICALL *IsArrayClass) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jboolean* is_array_class_ptr);
+
+  /*   57 : Get Class Loader */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassLoader) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jobject* classloader_ptr);
+
+  /*   58 : Get Object Hash Code */
+  jvmtiError (JNICALL *GetObjectHashCode) (jvmtiEnv* env,
+    jobject object,
+    jint* hash_code_ptr);
+
+  /*   59 : Get Object Monitor Usage */
+  jvmtiError (JNICALL *GetObjectMonitorUsage) (jvmtiEnv* env,
+    jobject object,
+    jvmtiMonitorUsage* info_ptr);
+
+  /*   60 : Get Field Name (and Signature) */
+  jvmtiError (JNICALL *GetFieldName) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field,
+    char** name_ptr,
+    char** signature_ptr,
+    char** generic_ptr);
+
+  /*   61 : Get Field Declaring Class */
+  jvmtiError (JNICALL *GetFieldDeclaringClass) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field,
+    jclass* declaring_class_ptr);
+
+  /*   62 : Get Field Modifiers */
+  jvmtiError (JNICALL *GetFieldModifiers) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field,
+    jint* modifiers_ptr);
+
+  /*   63 : Is Field Synthetic */
+  jvmtiError (JNICALL *IsFieldSynthetic) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jfieldID field,
+    jboolean* is_synthetic_ptr);
+
+  /*   64 : Get Method Name (and Signature) */
+  jvmtiError (JNICALL *GetMethodName) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    char** name_ptr,
+    char** signature_ptr,
+    char** generic_ptr);
+
+  /*   65 : Get Method Declaring Class */
+  jvmtiError (JNICALL *GetMethodDeclaringClass) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jclass* declaring_class_ptr);
+
+  /*   66 : Get Method Modifiers */
+  jvmtiError (JNICALL *GetMethodModifiers) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jint* modifiers_ptr);
+
+  /*   67 :  RESERVED */
+  void *reserved67;
+
+  /*   68 : Get Max Locals */
+  jvmtiError (JNICALL *GetMaxLocals) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jint* max_ptr);
+
+  /*   69 : Get Arguments Size */
+  jvmtiError (JNICALL *GetArgumentsSize) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jint* size_ptr);
+
+  /*   70 : Get Line Number Table */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLineNumberTable) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jint* entry_count_ptr,
+    jvmtiLineNumberEntry** table_ptr);
+
+  /*   71 : Get Method Location */
+  jvmtiError (JNICALL *GetMethodLocation) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jlocation* start_location_ptr,
+    jlocation* end_location_ptr);
+
+  /*   72 : Get Local Variable Table */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLocalVariableTable) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jint* entry_count_ptr,
+    jvmtiLocalVariableEntry** table_ptr);
+
+  /*   73 : Set Native Method Prefix */
+  jvmtiError (JNICALL *SetNativeMethodPrefix) (jvmtiEnv* env,
+    const char* prefix);
+
+  /*   74 : Set Native Method Prefixes */
+  jvmtiError (JNICALL *SetNativeMethodPrefixes) (jvmtiEnv* env,
+    jint prefix_count,
+    char** prefixes);
+
+  /*   75 : Get Bytecodes */
+  jvmtiError (JNICALL *GetBytecodes) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jint* bytecode_count_ptr,
+    unsigned char** bytecodes_ptr);
+
+  /*   76 : Is Method Native */
+  jvmtiError (JNICALL *IsMethodNative) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jboolean* is_native_ptr);
+
+  /*   77 : Is Method Synthetic */
+  jvmtiError (JNICALL *IsMethodSynthetic) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jboolean* is_synthetic_ptr);
+
+  /*   78 : Get Loaded Classes */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLoadedClasses) (jvmtiEnv* env,
+    jint* class_count_ptr,
+    jclass** classes_ptr);
+
+  /*   79 : Get Classloader Classes */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassLoaderClasses) (jvmtiEnv* env,
+    jobject initiating_loader,
+    jint* class_count_ptr,
+    jclass** classes_ptr);
+
+  /*   80 : Pop Frame */
+  jvmtiError (JNICALL *PopFrame) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread);
+
+  /*   81 : Force Early Return - Object */
+  jvmtiError (JNICALL *ForceEarlyReturnObject) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jobject value);
+
+  /*   82 : Force Early Return - Int */
+  jvmtiError (JNICALL *ForceEarlyReturnInt) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint value);
+
+  /*   83 : Force Early Return - Long */
+  jvmtiError (JNICALL *ForceEarlyReturnLong) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jlong value);
+
+  /*   84 : Force Early Return - Float */
+  jvmtiError (JNICALL *ForceEarlyReturnFloat) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jfloat value);
+
+  /*   85 : Force Early Return - Double */
+  jvmtiError (JNICALL *ForceEarlyReturnDouble) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jdouble value);
+
+  /*   86 : Force Early Return - Void */
+  jvmtiError (JNICALL *ForceEarlyReturnVoid) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread);
+
+  /*   87 : Redefine Classes */
+  jvmtiError (JNICALL *RedefineClasses) (jvmtiEnv* env,
+    jint class_count,
+    const jvmtiClassDefinition* class_definitions);
+
+  /*   88 : Get Version Number */
+  jvmtiError (JNICALL *GetVersionNumber) (jvmtiEnv* env,
+    jint* version_ptr);
+
+  /*   89 : Get Capabilities */
+  jvmtiError (JNICALL *GetCapabilities) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiCapabilities* capabilities_ptr);
+
+  /*   90 : Get Source Debug Extension */
+  jvmtiError (JNICALL *GetSourceDebugExtension) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    char** source_debug_extension_ptr);
+
+  /*   91 : Is Method Obsolete */
+  jvmtiError (JNICALL *IsMethodObsolete) (jvmtiEnv* env,
+    jmethodID method,
+    jboolean* is_obsolete_ptr);
+
+  /*   92 : Suspend Thread List */
+  jvmtiError (JNICALL *SuspendThreadList) (jvmtiEnv* env,
+    jint request_count,
+    const jthread* request_list,
+    jvmtiError* results);
+
+  /*   93 : Resume Thread List */
+  jvmtiError (JNICALL *ResumeThreadList) (jvmtiEnv* env,
+    jint request_count,
+    const jthread* request_list,
+    jvmtiError* results);
+
+  /*   94 : Add Module Reads */
+  jvmtiError (JNICALL *AddModuleReads) (jvmtiEnv* env,
+    jobject module,
+    jobject to_module);
+
+  /*   95 : Add Module Exports */
+  jvmtiError (JNICALL *AddModuleExports) (jvmtiEnv* env,
+    jobject module,
+    const char* pkg_name,
+    jobject to_module);
+
+  /*   96 : Add Module Opens */
+  jvmtiError (JNICALL *AddModuleOpens) (jvmtiEnv* env,
+    jobject module,
+    const char* pkg_name,
+    jobject to_module);
+
+  /*   97 : Add Module Uses */
+  jvmtiError (JNICALL *AddModuleUses) (jvmtiEnv* env,
+    jobject module,
+    jclass service);
+
+  /*   98 : Add Module Provides */
+  jvmtiError (JNICALL *AddModuleProvides) (jvmtiEnv* env,
+    jobject module,
+    jclass service,
+    jclass impl_class);
+
+  /*   99 : Is Modifiable Module */
+  jvmtiError (JNICALL *IsModifiableModule) (jvmtiEnv* env,
+    jobject module,
+    jboolean* is_modifiable_module_ptr);
+
+  /*   100 : Get All Stack Traces */
+  jvmtiError (JNICALL *GetAllStackTraces) (jvmtiEnv* env,
+    jint max_frame_count,
+    jvmtiStackInfo** stack_info_ptr,
+    jint* thread_count_ptr);
+
+  /*   101 : Get Thread List Stack Traces */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadListStackTraces) (jvmtiEnv* env,
+    jint thread_count,
+    const jthread* thread_list,
+    jint max_frame_count,
+    jvmtiStackInfo** stack_info_ptr);
+
+  /*   102 : Get Thread Local Storage */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadLocalStorage) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    void** data_ptr);
+
+  /*   103 : Set Thread Local Storage */
+  jvmtiError (JNICALL *SetThreadLocalStorage) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    const void* data);
+
+  /*   104 : Get Stack Trace */
+  jvmtiError (JNICALL *GetStackTrace) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint start_depth,
+    jint max_frame_count,
+    jvmtiFrameInfo* frame_buffer,
+    jint* count_ptr);
+
+  /*   105 :  RESERVED */
+  void *reserved105;
+
+  /*   106 : Get Tag */
+  jvmtiError (JNICALL *GetTag) (jvmtiEnv* env,
+    jobject object,
+    jlong* tag_ptr);
+
+  /*   107 : Set Tag */
+  jvmtiError (JNICALL *SetTag) (jvmtiEnv* env,
+    jobject object,
+    jlong tag);
+
+  /*   108 : Force Garbage Collection */
+  jvmtiError (JNICALL *ForceGarbageCollection) (jvmtiEnv* env);
+
+  /*   109 : Iterate Over Objects Reachable From Object */
+  jvmtiError (JNICALL *IterateOverObjectsReachableFromObject) (jvmtiEnv* env,
+    jobject object,
+    jvmtiObjectReferenceCallback object_reference_callback,
+    const void* user_data);
+
+  /*   110 : Iterate Over Reachable Objects */
+  jvmtiError (JNICALL *IterateOverReachableObjects) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiHeapRootCallback heap_root_callback,
+    jvmtiStackReferenceCallback stack_ref_callback,
+    jvmtiObjectReferenceCallback object_ref_callback,
+    const void* user_data);
+
+  /*   111 : Iterate Over Heap */
+  jvmtiError (JNICALL *IterateOverHeap) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiHeapObjectFilter object_filter,
+    jvmtiHeapObjectCallback heap_object_callback,
+    const void* user_data);
+
+  /*   112 : Iterate Over Instances Of Class */
+  jvmtiError (JNICALL *IterateOverInstancesOfClass) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jvmtiHeapObjectFilter object_filter,
+    jvmtiHeapObjectCallback heap_object_callback,
+    const void* user_data);
+
+  /*   113 :  RESERVED */
+  void *reserved113;
+
+  /*   114 : Get Objects With Tags */
+  jvmtiError (JNICALL *GetObjectsWithTags) (jvmtiEnv* env,
+    jint tag_count,
+    const jlong* tags,
+    jint* count_ptr,
+    jobject** object_result_ptr,
+    jlong** tag_result_ptr);
+
+  /*   115 : Follow References */
+  jvmtiError (JNICALL *FollowReferences) (jvmtiEnv* env,
+    jint heap_filter,
+    jclass klass,
+    jobject initial_object,
+    const jvmtiHeapCallbacks* callbacks,
+    const void* user_data);
+
+  /*   116 : Iterate Through Heap */
+  jvmtiError (JNICALL *IterateThroughHeap) (jvmtiEnv* env,
+    jint heap_filter,
+    jclass klass,
+    const jvmtiHeapCallbacks* callbacks,
+    const void* user_data);
+
+  /*   117 :  RESERVED */
+  void *reserved117;
+
+  /*   118 :  RESERVED */
+  void *reserved118;
+
+  /*   119 :  RESERVED */
+  void *reserved119;
+
+  /*   120 : Set JNI Function Table */
+  jvmtiError (JNICALL *SetJNIFunctionTable) (jvmtiEnv* env,
+    const jniNativeInterface* function_table);
+
+  /*   121 : Get JNI Function Table */
+  jvmtiError (JNICALL *GetJNIFunctionTable) (jvmtiEnv* env,
+    jniNativeInterface** function_table);
+
+  /*   122 : Set Event Callbacks */
+  jvmtiError (JNICALL *SetEventCallbacks) (jvmtiEnv* env,
+    const jvmtiEventCallbacks* callbacks,
+    jint size_of_callbacks);
+
+  /*   123 : Generate Events */
+  jvmtiError (JNICALL *GenerateEvents) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiEvent event_type);
+
+  /*   124 : Get Extension Functions */
+  jvmtiError (JNICALL *GetExtensionFunctions) (jvmtiEnv* env,
+    jint* extension_count_ptr,
+    jvmtiExtensionFunctionInfo** extensions);
+
+  /*   125 : Get Extension Events */
+  jvmtiError (JNICALL *GetExtensionEvents) (jvmtiEnv* env,
+    jint* extension_count_ptr,
+    jvmtiExtensionEventInfo** extensions);
+
+  /*   126 : Set Extension Event Callback */
+  jvmtiError (JNICALL *SetExtensionEventCallback) (jvmtiEnv* env,
+    jint extension_event_index,
+    jvmtiExtensionEvent callback);
+
+  /*   127 : Dispose Environment */
+  jvmtiError (JNICALL *DisposeEnvironment) (jvmtiEnv* env);
+
+  /*   128 : Get Error Name */
+  jvmtiError (JNICALL *GetErrorName) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiError error,
+    char** name_ptr);
+
+  /*   129 : Get JLocation Format */
+  jvmtiError (JNICALL *GetJLocationFormat) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiJlocationFormat* format_ptr);
+
+  /*   130 : Get System Properties */
+  jvmtiError (JNICALL *GetSystemProperties) (jvmtiEnv* env,
+    jint* count_ptr,
+    char*** property_ptr);
+
+  /*   131 : Get System Property */
+  jvmtiError (JNICALL *GetSystemProperty) (jvmtiEnv* env,
+    const char* property,
+    char** value_ptr);
+
+  /*   132 : Set System Property */
+  jvmtiError (JNICALL *SetSystemProperty) (jvmtiEnv* env,
+    const char* property,
+    const char* value_ptr);
+
+  /*   133 : Get Phase */
+  jvmtiError (JNICALL *GetPhase) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiPhase* phase_ptr);
+
+  /*   134 : Get Current Thread CPU Timer Information */
+  jvmtiError (JNICALL *GetCurrentThreadCpuTimerInfo) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiTimerInfo* info_ptr);
+
+  /*   135 : Get Current Thread CPU Time */
+  jvmtiError (JNICALL *GetCurrentThreadCpuTime) (jvmtiEnv* env,
+    jlong* nanos_ptr);
+
+  /*   136 : Get Thread CPU Timer Information */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadCpuTimerInfo) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiTimerInfo* info_ptr);
+
+  /*   137 : Get Thread CPU Time */
+  jvmtiError (JNICALL *GetThreadCpuTime) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jlong* nanos_ptr);
+
+  /*   138 : Get Timer Information */
+  jvmtiError (JNICALL *GetTimerInfo) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiTimerInfo* info_ptr);
+
+  /*   139 : Get Time */
+  jvmtiError (JNICALL *GetTime) (jvmtiEnv* env,
+    jlong* nanos_ptr);
+
+  /*   140 : Get Potential Capabilities */
+  jvmtiError (JNICALL *GetPotentialCapabilities) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiCapabilities* capabilities_ptr);
+
+  /*   141 :  RESERVED */
+  void *reserved141;
+
+  /*   142 : Add Capabilities */
+  jvmtiError (JNICALL *AddCapabilities) (jvmtiEnv* env,
+    const jvmtiCapabilities* capabilities_ptr);
+
+  /*   143 : Relinquish Capabilities */
+  jvmtiError (JNICALL *RelinquishCapabilities) (jvmtiEnv* env,
+    const jvmtiCapabilities* capabilities_ptr);
+
+  /*   144 : Get Available Processors */
+  jvmtiError (JNICALL *GetAvailableProcessors) (jvmtiEnv* env,
+    jint* processor_count_ptr);
+
+  /*   145 : Get Class Version Numbers */
+  jvmtiError (JNICALL *GetClassVersionNumbers) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jint* minor_version_ptr,
+    jint* major_version_ptr);
+
+  /*   146 : Get Constant Pool */
+  jvmtiError (JNICALL *GetConstantPool) (jvmtiEnv* env,
+    jclass klass,
+    jint* constant_pool_count_ptr,
+    jint* constant_pool_byte_count_ptr,
+    unsigned char** constant_pool_bytes_ptr);
+
+  /*   147 : Get Environment Local Storage */
+  jvmtiError (JNICALL *GetEnvironmentLocalStorage) (jvmtiEnv* env,
+    void** data_ptr);
+
+  /*   148 : Set Environment Local Storage */
+  jvmtiError (JNICALL *SetEnvironmentLocalStorage) (jvmtiEnv* env,
+    const void* data);
+
+  /*   149 : Add To Bootstrap Class Loader Search */
+  jvmtiError (JNICALL *AddToBootstrapClassLoaderSearch) (jvmtiEnv* env,
+    const char* segment);
+
+  /*   150 : Set Verbose Flag */
+  jvmtiError (JNICALL *SetVerboseFlag) (jvmtiEnv* env,
+    jvmtiVerboseFlag flag,
+    jboolean value);
+
+  /*   151 : Add To System Class Loader Search */
+  jvmtiError (JNICALL *AddToSystemClassLoaderSearch) (jvmtiEnv* env,
+    const char* segment);
+
+  /*   152 : Retransform Classes */
+  jvmtiError (JNICALL *RetransformClasses) (jvmtiEnv* env,
+    jint class_count,
+    const jclass* classes);
+
+  /*   153 : Get Owned Monitor Stack Depth Info */
+  jvmtiError (JNICALL *GetOwnedMonitorStackDepthInfo) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint* monitor_info_count_ptr,
+    jvmtiMonitorStackDepthInfo** monitor_info_ptr);
+
+  /*   154 : Get Object Size */
+  jvmtiError (JNICALL *GetObjectSize) (jvmtiEnv* env,
+    jobject object,
+    jlong* size_ptr);
+
+  /*   155 : Get Local Instance */
+  jvmtiError (JNICALL *GetLocalInstance) (jvmtiEnv* env,
+    jthread thread,
+    jint depth,
+    jobject* value_ptr);
+
+  /*   156 : Set Heap Sampling Interval */
+  jvmtiError (JNICALL *SetHeapSamplingInterval) (jvmtiEnv* env,
+    jint sampling_interval);
+
+} jvmtiInterface_1;
+
+struct _jvmtiEnv {
+    const struct jvmtiInterface_1_ *functions;
+#ifdef __cplusplus
+
+
+  jvmtiError Allocate(jlong size,
+            unsigned char** mem_ptr) {
+    return functions->Allocate(this, size, mem_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError Deallocate(unsigned char* mem) {
+    return functions->Deallocate(this, mem);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadState(jthread thread,
+            jint* thread_state_ptr) {
+    return functions->GetThreadState(this, thread, thread_state_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetCurrentThread(jthread* thread_ptr) {
+    return functions->GetCurrentThread(this, thread_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetAllThreads(jint* threads_count_ptr,
+            jthread** threads_ptr) {
+    return functions->GetAllThreads(this, threads_count_ptr, threads_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError SuspendThread(jthread thread) {
+    return functions->SuspendThread(this, thread);
+  }
+
+  jvmtiError SuspendThreadList(jint request_count,
+            const jthread* request_list,
+            jvmtiError* results) {
+    return functions->SuspendThreadList(this, request_count, request_list, results);
+  }
+
+  jvmtiError ResumeThread(jthread thread) {
+    return functions->ResumeThread(this, thread);
+  }
+
+  jvmtiError ResumeThreadList(jint request_count,
+            const jthread* request_list,
+            jvmtiError* results) {
+    return functions->ResumeThreadList(this, request_count, request_list, results);
+  }
+
+  jvmtiError StopThread(jthread thread,
+            jobject exception) {
+    return functions->StopThread(this, thread, exception);
+  }
+
+  jvmtiError InterruptThread(jthread thread) {
+    return functions->InterruptThread(this, thread);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadInfo(jthread thread,
+            jvmtiThreadInfo* info_ptr) {
+    return functions->GetThreadInfo(this, thread, info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetOwnedMonitorInfo(jthread thread,
+            jint* owned_monitor_count_ptr,
+            jobject** owned_monitors_ptr) {
+    return functions->GetOwnedMonitorInfo(this, thread, owned_monitor_count_ptr, owned_monitors_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetOwnedMonitorStackDepthInfo(jthread thread,
+            jint* monitor_info_count_ptr,
+            jvmtiMonitorStackDepthInfo** monitor_info_ptr) {
+    return functions->GetOwnedMonitorStackDepthInfo(this, thread, monitor_info_count_ptr, monitor_info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetCurrentContendedMonitor(jthread thread,
+            jobject* monitor_ptr) {
+    return functions->GetCurrentContendedMonitor(this, thread, monitor_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError RunAgentThread(jthread thread,
+            jvmtiStartFunction proc,
+            const void* arg,
+            jint priority) {
+    return functions->RunAgentThread(this, thread, proc, arg, priority);
+  }
+
+  jvmtiError SetThreadLocalStorage(jthread thread,
+            const void* data) {
+    return functions->SetThreadLocalStorage(this, thread, data);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadLocalStorage(jthread thread,
+            void** data_ptr) {
+    return functions->GetThreadLocalStorage(this, thread, data_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetTopThreadGroups(jint* group_count_ptr,
+            jthreadGroup** groups_ptr) {
+    return functions->GetTopThreadGroups(this, group_count_ptr, groups_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadGroupInfo(jthreadGroup group,
+            jvmtiThreadGroupInfo* info_ptr) {
+    return functions->GetThreadGroupInfo(this, group, info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadGroupChildren(jthreadGroup group,
+            jint* thread_count_ptr,
+            jthread** threads_ptr,
+            jint* group_count_ptr,
+            jthreadGroup** groups_ptr) {
+    return functions->GetThreadGroupChildren(this, group, thread_count_ptr, threads_ptr, group_count_ptr, groups_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetStackTrace(jthread thread,
+            jint start_depth,
+            jint max_frame_count,
+            jvmtiFrameInfo* frame_buffer,
+            jint* count_ptr) {
+    return functions->GetStackTrace(this, thread, start_depth, max_frame_count, frame_buffer, count_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetAllStackTraces(jint max_frame_count,
+            jvmtiStackInfo** stack_info_ptr,
+            jint* thread_count_ptr) {
+    return functions->GetAllStackTraces(this, max_frame_count, stack_info_ptr, thread_count_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadListStackTraces(jint thread_count,
+            const jthread* thread_list,
+            jint max_frame_count,
+            jvmtiStackInfo** stack_info_ptr) {
+    return functions->GetThreadListStackTraces(this, thread_count, thread_list, max_frame_count, stack_info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetFrameCount(jthread thread,
+            jint* count_ptr) {
+    return functions->GetFrameCount(this, thread, count_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError PopFrame(jthread thread) {
+    return functions->PopFrame(this, thread);
+  }
+
+  jvmtiError GetFrameLocation(jthread thread,
+            jint depth,
+            jmethodID* method_ptr,
+            jlocation* location_ptr) {
+    return functions->GetFrameLocation(this, thread, depth, method_ptr, location_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError NotifyFramePop(jthread thread,
+            jint depth) {
+    return functions->NotifyFramePop(this, thread, depth);
+  }
+
+  jvmtiError ForceEarlyReturnObject(jthread thread,
+            jobject value) {
+    return functions->ForceEarlyReturnObject(this, thread, value);
+  }
+
+  jvmtiError ForceEarlyReturnInt(jthread thread,
+            jint value) {
+    return functions->ForceEarlyReturnInt(this, thread, value);
+  }
+
+  jvmtiError ForceEarlyReturnLong(jthread thread,
+            jlong value) {
+    return functions->ForceEarlyReturnLong(this, thread, value);
+  }
+
+  jvmtiError ForceEarlyReturnFloat(jthread thread,
+            jfloat value) {
+    return functions->ForceEarlyReturnFloat(this, thread, value);
+  }
+
+  jvmtiError ForceEarlyReturnDouble(jthread thread,
+            jdouble value) {
+    return functions->ForceEarlyReturnDouble(this, thread, value);
+  }
+
+  jvmtiError ForceEarlyReturnVoid(jthread thread) {
+    return functions->ForceEarlyReturnVoid(this, thread);
+  }
+
+  jvmtiError FollowReferences(jint heap_filter,
+            jclass klass,
+            jobject initial_object,
+            const jvmtiHeapCallbacks* callbacks,
+            const void* user_data) {
+    return functions->FollowReferences(this, heap_filter, klass, initial_object, callbacks, user_data);
+  }
+
+  jvmtiError IterateThroughHeap(jint heap_filter,
+            jclass klass,
+            const jvmtiHeapCallbacks* callbacks,
+            const void* user_data) {
+    return functions->IterateThroughHeap(this, heap_filter, klass, callbacks, user_data);
+  }
+
+  jvmtiError GetTag(jobject object,
+            jlong* tag_ptr) {
+    return functions->GetTag(this, object, tag_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError SetTag(jobject object,
+            jlong tag) {
+    return functions->SetTag(this, object, tag);
+  }
+
+  jvmtiError GetObjectsWithTags(jint tag_count,
+            const jlong* tags,
+            jint* count_ptr,
+            jobject** object_result_ptr,
+            jlong** tag_result_ptr) {
+    return functions->GetObjectsWithTags(this, tag_count, tags, count_ptr, object_result_ptr, tag_result_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError ForceGarbageCollection() {
+    return functions->ForceGarbageCollection(this);
+  }
+
+  jvmtiError IterateOverObjectsReachableFromObject(jobject object,
+            jvmtiObjectReferenceCallback object_reference_callback,
+            const void* user_data) {
+    return functions->IterateOverObjectsReachableFromObject(this, object, object_reference_callback, user_data);
+  }
+
+  jvmtiError IterateOverReachableObjects(jvmtiHeapRootCallback heap_root_callback,
+            jvmtiStackReferenceCallback stack_ref_callback,
+            jvmtiObjectReferenceCallback object_ref_callback,
+            const void* user_data) {
+    return functions->IterateOverReachableObjects(this, heap_root_callback, stack_ref_callback, object_ref_callback, user_data);
+  }
+
+  jvmtiError IterateOverHeap(jvmtiHeapObjectFilter object_filter,
+            jvmtiHeapObjectCallback heap_object_callback,
+            const void* user_data) {
+    return functions->IterateOverHeap(this, object_filter, heap_object_callback, user_data);
+  }
+
+  jvmtiError IterateOverInstancesOfClass(jclass klass,
+            jvmtiHeapObjectFilter object_filter,
+            jvmtiHeapObjectCallback heap_object_callback,
+            const void* user_data) {
+    return functions->IterateOverInstancesOfClass(this, klass, object_filter, heap_object_callback, user_data);
+  }
+
+  jvmtiError GetLocalObject(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jobject* value_ptr) {
+    return functions->GetLocalObject(this, thread, depth, slot, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLocalInstance(jthread thread,
+            jint depth,
+            jobject* value_ptr) {
+    return functions->GetLocalInstance(this, thread, depth, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLocalInt(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jint* value_ptr) {
+    return functions->GetLocalInt(this, thread, depth, slot, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLocalLong(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jlong* value_ptr) {
+    return functions->GetLocalLong(this, thread, depth, slot, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLocalFloat(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jfloat* value_ptr) {
+    return functions->GetLocalFloat(this, thread, depth, slot, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLocalDouble(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jdouble* value_ptr) {
+    return functions->GetLocalDouble(this, thread, depth, slot, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError SetLocalObject(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jobject value) {
+    return functions->SetLocalObject(this, thread, depth, slot, value);
+  }
+
+  jvmtiError SetLocalInt(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jint value) {
+    return functions->SetLocalInt(this, thread, depth, slot, value);
+  }
+
+  jvmtiError SetLocalLong(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jlong value) {
+    return functions->SetLocalLong(this, thread, depth, slot, value);
+  }
+
+  jvmtiError SetLocalFloat(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jfloat value) {
+    return functions->SetLocalFloat(this, thread, depth, slot, value);
+  }
+
+  jvmtiError SetLocalDouble(jthread thread,
+            jint depth,
+            jint slot,
+            jdouble value) {
+    return functions->SetLocalDouble(this, thread, depth, slot, value);
+  }
+
+  jvmtiError SetBreakpoint(jmethodID method,
+            jlocation location) {
+    return functions->SetBreakpoint(this, method, location);
+  }
+
+  jvmtiError ClearBreakpoint(jmethodID method,
+            jlocation location) {
+    return functions->ClearBreakpoint(this, method, location);
+  }
+
+  jvmtiError SetFieldAccessWatch(jclass klass,
+            jfieldID field) {
+    return functions->SetFieldAccessWatch(this, klass, field);
+  }
+
+  jvmtiError ClearFieldAccessWatch(jclass klass,
+            jfieldID field) {
+    return functions->ClearFieldAccessWatch(this, klass, field);
+  }
+
+  jvmtiError SetFieldModificationWatch(jclass klass,
+            jfieldID field) {
+    return functions->SetFieldModificationWatch(this, klass, field);
+  }
+
+  jvmtiError ClearFieldModificationWatch(jclass klass,
+            jfieldID field) {
+    return functions->ClearFieldModificationWatch(this, klass, field);
+  }
+
+  jvmtiError GetAllModules(jint* module_count_ptr,
+            jobject** modules_ptr) {
+    return functions->GetAllModules(this, module_count_ptr, modules_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetNamedModule(jobject class_loader,
+            const char* package_name,
+            jobject* module_ptr) {
+    return functions->GetNamedModule(this, class_loader, package_name, module_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError AddModuleReads(jobject module,
+            jobject to_module) {
+    return functions->AddModuleReads(this, module, to_module);
+  }
+
+  jvmtiError AddModuleExports(jobject module,
+            const char* pkg_name,
+            jobject to_module) {
+    return functions->AddModuleExports(this, module, pkg_name, to_module);
+  }
+
+  jvmtiError AddModuleOpens(jobject module,
+            const char* pkg_name,
+            jobject to_module) {
+    return functions->AddModuleOpens(this, module, pkg_name, to_module);
+  }
+
+  jvmtiError AddModuleUses(jobject module,
+            jclass service) {
+    return functions->AddModuleUses(this, module, service);
+  }
+
+  jvmtiError AddModuleProvides(jobject module,
+            jclass service,
+            jclass impl_class) {
+    return functions->AddModuleProvides(this, module, service, impl_class);
+  }
+
+  jvmtiError IsModifiableModule(jobject module,
+            jboolean* is_modifiable_module_ptr) {
+    return functions->IsModifiableModule(this, module, is_modifiable_module_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLoadedClasses(jint* class_count_ptr,
+            jclass** classes_ptr) {
+    return functions->GetLoadedClasses(this, class_count_ptr, classes_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassLoaderClasses(jobject initiating_loader,
+            jint* class_count_ptr,
+            jclass** classes_ptr) {
+    return functions->GetClassLoaderClasses(this, initiating_loader, class_count_ptr, classes_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassSignature(jclass klass,
+            char** signature_ptr,
+            char** generic_ptr) {
+    return functions->GetClassSignature(this, klass, signature_ptr, generic_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassStatus(jclass klass,
+            jint* status_ptr) {
+    return functions->GetClassStatus(this, klass, status_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetSourceFileName(jclass klass,
+            char** source_name_ptr) {
+    return functions->GetSourceFileName(this, klass, source_name_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassModifiers(jclass klass,
+            jint* modifiers_ptr) {
+    return functions->GetClassModifiers(this, klass, modifiers_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassMethods(jclass klass,
+            jint* method_count_ptr,
+            jmethodID** methods_ptr) {
+    return functions->GetClassMethods(this, klass, method_count_ptr, methods_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassFields(jclass klass,
+            jint* field_count_ptr,
+            jfieldID** fields_ptr) {
+    return functions->GetClassFields(this, klass, field_count_ptr, fields_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetImplementedInterfaces(jclass klass,
+            jint* interface_count_ptr,
+            jclass** interfaces_ptr) {
+    return functions->GetImplementedInterfaces(this, klass, interface_count_ptr, interfaces_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassVersionNumbers(jclass klass,
+            jint* minor_version_ptr,
+            jint* major_version_ptr) {
+    return functions->GetClassVersionNumbers(this, klass, minor_version_ptr, major_version_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetConstantPool(jclass klass,
+            jint* constant_pool_count_ptr,
+            jint* constant_pool_byte_count_ptr,
+            unsigned char** constant_pool_bytes_ptr) {
+    return functions->GetConstantPool(this, klass, constant_pool_count_ptr, constant_pool_byte_count_ptr, constant_pool_bytes_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError IsInterface(jclass klass,
+            jboolean* is_interface_ptr) {
+    return functions->IsInterface(this, klass, is_interface_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError IsArrayClass(jclass klass,
+            jboolean* is_array_class_ptr) {
+    return functions->IsArrayClass(this, klass, is_array_class_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError IsModifiableClass(jclass klass,
+            jboolean* is_modifiable_class_ptr) {
+    return functions->IsModifiableClass(this, klass, is_modifiable_class_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetClassLoader(jclass klass,
+            jobject* classloader_ptr) {
+    return functions->GetClassLoader(this, klass, classloader_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetSourceDebugExtension(jclass klass,
+            char** source_debug_extension_ptr) {
+    return functions->GetSourceDebugExtension(this, klass, source_debug_extension_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError RetransformClasses(jint class_count,
+            const jclass* classes) {
+    return functions->RetransformClasses(this, class_count, classes);
+  }
+
+  jvmtiError RedefineClasses(jint class_count,
+            const jvmtiClassDefinition* class_definitions) {
+    return functions->RedefineClasses(this, class_count, class_definitions);
+  }
+
+  jvmtiError GetObjectSize(jobject object,
+            jlong* size_ptr) {
+    return functions->GetObjectSize(this, object, size_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetObjectHashCode(jobject object,
+            jint* hash_code_ptr) {
+    return functions->GetObjectHashCode(this, object, hash_code_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetObjectMonitorUsage(jobject object,
+            jvmtiMonitorUsage* info_ptr) {
+    return functions->GetObjectMonitorUsage(this, object, info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetFieldName(jclass klass,
+            jfieldID field,
+            char** name_ptr,
+            char** signature_ptr,
+            char** generic_ptr) {
+    return functions->GetFieldName(this, klass, field, name_ptr, signature_ptr, generic_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetFieldDeclaringClass(jclass klass,
+            jfieldID field,
+            jclass* declaring_class_ptr) {
+    return functions->GetFieldDeclaringClass(this, klass, field, declaring_class_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetFieldModifiers(jclass klass,
+            jfieldID field,
+            jint* modifiers_ptr) {
+    return functions->GetFieldModifiers(this, klass, field, modifiers_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError IsFieldSynthetic(jclass klass,
+            jfieldID field,
+            jboolean* is_synthetic_ptr) {
+    return functions->IsFieldSynthetic(this, klass, field, is_synthetic_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetMethodName(jmethodID method,
+            char** name_ptr,
+            char** signature_ptr,
+            char** generic_ptr) {
+    return functions->GetMethodName(this, method, name_ptr, signature_ptr, generic_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetMethodDeclaringClass(jmethodID method,
+            jclass* declaring_class_ptr) {
+    return functions->GetMethodDeclaringClass(this, method, declaring_class_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetMethodModifiers(jmethodID method,
+            jint* modifiers_ptr) {
+    return functions->GetMethodModifiers(this, method, modifiers_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetMaxLocals(jmethodID method,
+            jint* max_ptr) {
+    return functions->GetMaxLocals(this, method, max_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetArgumentsSize(jmethodID method,
+            jint* size_ptr) {
+    return functions->GetArgumentsSize(this, method, size_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLineNumberTable(jmethodID method,
+            jint* entry_count_ptr,
+            jvmtiLineNumberEntry** table_ptr) {
+    return functions->GetLineNumberTable(this, method, entry_count_ptr, table_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetMethodLocation(jmethodID method,
+            jlocation* start_location_ptr,
+            jlocation* end_location_ptr) {
+    return functions->GetMethodLocation(this, method, start_location_ptr, end_location_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetLocalVariableTable(jmethodID method,
+            jint* entry_count_ptr,
+            jvmtiLocalVariableEntry** table_ptr) {
+    return functions->GetLocalVariableTable(this, method, entry_count_ptr, table_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetBytecodes(jmethodID method,
+            jint* bytecode_count_ptr,
+            unsigned char** bytecodes_ptr) {
+    return functions->GetBytecodes(this, method, bytecode_count_ptr, bytecodes_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError IsMethodNative(jmethodID method,
+            jboolean* is_native_ptr) {
+    return functions->IsMethodNative(this, method, is_native_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError IsMethodSynthetic(jmethodID method,
+            jboolean* is_synthetic_ptr) {
+    return functions->IsMethodSynthetic(this, method, is_synthetic_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError IsMethodObsolete(jmethodID method,
+            jboolean* is_obsolete_ptr) {
+    return functions->IsMethodObsolete(this, method, is_obsolete_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError SetNativeMethodPrefix(const char* prefix) {
+    return functions->SetNativeMethodPrefix(this, prefix);
+  }
+
+  jvmtiError SetNativeMethodPrefixes(jint prefix_count,
+            char** prefixes) {
+    return functions->SetNativeMethodPrefixes(this, prefix_count, prefixes);
+  }
+
+  jvmtiError CreateRawMonitor(const char* name,
+            jrawMonitorID* monitor_ptr) {
+    return functions->CreateRawMonitor(this, name, monitor_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError DestroyRawMonitor(jrawMonitorID monitor) {
+    return functions->DestroyRawMonitor(this, monitor);
+  }
+
+  jvmtiError RawMonitorEnter(jrawMonitorID monitor) {
+    return functions->RawMonitorEnter(this, monitor);
+  }
+
+  jvmtiError RawMonitorExit(jrawMonitorID monitor) {
+    return functions->RawMonitorExit(this, monitor);
+  }
+
+  jvmtiError RawMonitorWait(jrawMonitorID monitor,
+            jlong millis) {
+    return functions->RawMonitorWait(this, monitor, millis);
+  }
+
+  jvmtiError RawMonitorNotify(jrawMonitorID monitor) {
+    return functions->RawMonitorNotify(this, monitor);
+  }
+
+  jvmtiError RawMonitorNotifyAll(jrawMonitorID monitor) {
+    return functions->RawMonitorNotifyAll(this, monitor);
+  }
+
+  jvmtiError SetJNIFunctionTable(const jniNativeInterface* function_table) {
+    return functions->SetJNIFunctionTable(this, function_table);
+  }
+
+  jvmtiError GetJNIFunctionTable(jniNativeInterface** function_table) {
+    return functions->GetJNIFunctionTable(this, function_table);
+  }
+
+  jvmtiError SetEventCallbacks(const jvmtiEventCallbacks* callbacks,
+            jint size_of_callbacks) {
+    return functions->SetEventCallbacks(this, callbacks, size_of_callbacks);
+  }
+
+  jvmtiError SetEventNotificationMode(jvmtiEventMode mode,
+            jvmtiEvent event_type,
+            jthread event_thread,
+             ...) {
+    return functions->SetEventNotificationMode(this, mode, event_type, event_thread);
+  }
+
+  jvmtiError GenerateEvents(jvmtiEvent event_type) {
+    return functions->GenerateEvents(this, event_type);
+  }
+
+  jvmtiError GetExtensionFunctions(jint* extension_count_ptr,
+            jvmtiExtensionFunctionInfo** extensions) {
+    return functions->GetExtensionFunctions(this, extension_count_ptr, extensions);
+  }
+
+  jvmtiError GetExtensionEvents(jint* extension_count_ptr,
+            jvmtiExtensionEventInfo** extensions) {
+    return functions->GetExtensionEvents(this, extension_count_ptr, extensions);
+  }
+
+  jvmtiError SetExtensionEventCallback(jint extension_event_index,
+            jvmtiExtensionEvent callback) {
+    return functions->SetExtensionEventCallback(this, extension_event_index, callback);
+  }
+
+  jvmtiError GetPotentialCapabilities(jvmtiCapabilities* capabilities_ptr) {
+    return functions->GetPotentialCapabilities(this, capabilities_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError AddCapabilities(const jvmtiCapabilities* capabilities_ptr) {
+    return functions->AddCapabilities(this, capabilities_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError RelinquishCapabilities(const jvmtiCapabilities* capabilities_ptr) {
+    return functions->RelinquishCapabilities(this, capabilities_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetCapabilities(jvmtiCapabilities* capabilities_ptr) {
+    return functions->GetCapabilities(this, capabilities_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetCurrentThreadCpuTimerInfo(jvmtiTimerInfo* info_ptr) {
+    return functions->GetCurrentThreadCpuTimerInfo(this, info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetCurrentThreadCpuTime(jlong* nanos_ptr) {
+    return functions->GetCurrentThreadCpuTime(this, nanos_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadCpuTimerInfo(jvmtiTimerInfo* info_ptr) {
+    return functions->GetThreadCpuTimerInfo(this, info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetThreadCpuTime(jthread thread,
+            jlong* nanos_ptr) {
+    return functions->GetThreadCpuTime(this, thread, nanos_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetTimerInfo(jvmtiTimerInfo* info_ptr) {
+    return functions->GetTimerInfo(this, info_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetTime(jlong* nanos_ptr) {
+    return functions->GetTime(this, nanos_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetAvailableProcessors(jint* processor_count_ptr) {
+    return functions->GetAvailableProcessors(this, processor_count_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError AddToBootstrapClassLoaderSearch(const char* segment) {
+    return functions->AddToBootstrapClassLoaderSearch(this, segment);
+  }
+
+  jvmtiError AddToSystemClassLoaderSearch(const char* segment) {
+    return functions->AddToSystemClassLoaderSearch(this, segment);
+  }
+
+  jvmtiError GetSystemProperties(jint* count_ptr,
+            char*** property_ptr) {
+    return functions->GetSystemProperties(this, count_ptr, property_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetSystemProperty(const char* property,
+            char** value_ptr) {
+    return functions->GetSystemProperty(this, property, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError SetSystemProperty(const char* property,
+            const char* value_ptr) {
+    return functions->SetSystemProperty(this, property, value_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetPhase(jvmtiPhase* phase_ptr) {
+    return functions->GetPhase(this, phase_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError DisposeEnvironment() {
+    return functions->DisposeEnvironment(this);
+  }
+
+  jvmtiError SetEnvironmentLocalStorage(const void* data) {
+    return functions->SetEnvironmentLocalStorage(this, data);
+  }
+
+  jvmtiError GetEnvironmentLocalStorage(void** data_ptr) {
+    return functions->GetEnvironmentLocalStorage(this, data_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetVersionNumber(jint* version_ptr) {
+    return functions->GetVersionNumber(this, version_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError GetErrorName(jvmtiError error,
+            char** name_ptr) {
+    return functions->GetErrorName(this, error, name_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError SetVerboseFlag(jvmtiVerboseFlag flag,
+            jboolean value) {
+    return functions->SetVerboseFlag(this, flag, value);
+  }
+
+  jvmtiError GetJLocationFormat(jvmtiJlocationFormat* format_ptr) {
+    return functions->GetJLocationFormat(this, format_ptr);
+  }
+
+  jvmtiError SetHeapSamplingInterval(jint sampling_interval) {
+    return functions->SetHeapSamplingInterval(this, sampling_interval);
+  }
+
+#endif /* __cplusplus */
+};
+
+
+#ifdef __cplusplus
+} /* extern "C" */
+#endif /* __cplusplus */
+
+#endif /* !_JAVA_JVMTI_H_ */
diff --git a/jalview_java2/include/jvmticmlr.h b/jalview_java2/include/jvmticmlr.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c2106d3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,115 @@
+/*
+ * Copyright (c) 2010, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+ * DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+ *
+ * This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+ * under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+ * published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+ * particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+ * by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+ *
+ * This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+ * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+ * version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+ * accompanied this code).
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License version
+ * 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+ *
+ * Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+ * or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+ * questions.
+ */
+
+/*
+ * This header file defines the data structures sent by the VM
+ * through the JVMTI CompiledMethodLoad callback function via the
+ * "void * compile_info" parameter. The memory pointed to by the
+ * compile_info parameter may not be referenced after returning from
+ * the CompiledMethodLoad callback. These are VM implementation
+ * specific data structures that may evolve in future releases. A
+ * JVMTI agent should interpret a non-NULL compile_info as a pointer
+ * to a region of memory containing a list of records. In a typical
+ * usage scenario, a JVMTI agent would cast each record to a
+ * jvmtiCompiledMethodLoadRecordHeader, a struct that represents
+ * arbitrary information. This struct contains a kind field to indicate
+ * the kind of information being passed, and a pointer to the next
+ * record. If the kind field indicates inlining information, then the
+ * agent would cast the record to a jvmtiCompiledMethodLoadInlineRecord.
+ * This record contains an array of PCStackInfo structs, which indicate
+ * for every pc address what are the methods on the invocation stack.
+ * The "methods" and "bcis" fields in each PCStackInfo struct specify a
+ * 1-1 mapping between these inlined methods and their bytecode indices.
+ * This can be used to derive the proper source lines of the inlined
+ * methods.
+ */
+
+#ifndef _JVMTI_CMLR_H_
+#define _JVMTI_CMLR_H_
+
+enum {
+    JVMTI_CMLR_MAJOR_VERSION_1 = 0x00000001,
+    JVMTI_CMLR_MINOR_VERSION_0 = 0x00000000,
+
+    JVMTI_CMLR_MAJOR_VERSION   = 0x00000001,
+    JVMTI_CMLR_MINOR_VERSION   = 0x00000000
+
+    /*
+     * This comment is for the "JDK import from HotSpot" sanity check:
+     * version: 1.0.0
+     */
+};
+
+typedef enum {
+    JVMTI_CMLR_DUMMY       = 1,
+    JVMTI_CMLR_INLINE_INFO = 2
+} jvmtiCMLRKind;
+
+/*
+ * Record that represents arbitrary information passed through JVMTI
+ * CompiledMethodLoadEvent void pointer.
+ */
+typedef struct _jvmtiCompiledMethodLoadRecordHeader {
+  jvmtiCMLRKind kind;     /* id for the kind of info passed in the record */
+  jint majorinfoversion;  /* major and minor info version values. Init'ed */
+  jint minorinfoversion;  /* to current version value in jvmtiExport.cpp. */
+
+  struct _jvmtiCompiledMethodLoadRecordHeader* next;
+} jvmtiCompiledMethodLoadRecordHeader;
+
+/*
+ * Record that gives information about the methods on the compile-time
+ * stack at a specific pc address of a compiled method. Each element in
+ * the methods array maps to same element in the bcis array.
+ */
+typedef struct _PCStackInfo {
+  void* pc;             /* the pc address for this compiled method */
+  jint numstackframes;  /* number of methods on the stack */
+  jmethodID* methods;   /* array of numstackframes method ids */
+  jint* bcis;           /* array of numstackframes bytecode indices */
+} PCStackInfo;
+
+/*
+ * Record that contains inlining information for each pc address of
+ * an nmethod.
+ */
+typedef struct _jvmtiCompiledMethodLoadInlineRecord {
+  jvmtiCompiledMethodLoadRecordHeader header;  /* common header for casting */
+  jint numpcs;          /* number of pc descriptors in this nmethod */
+  PCStackInfo* pcinfo;  /* array of numpcs pc descriptors */
+} jvmtiCompiledMethodLoadInlineRecord;
+
+/*
+ * Dummy record used to test that we can pass records with different
+ * information through the void pointer provided that they can be cast
+ * to a jvmtiCompiledMethodLoadRecordHeader.
+ */
+
+typedef struct _jvmtiCompiledMethodLoadDummyRecord {
+  jvmtiCompiledMethodLoadRecordHeader header;  /* common header for casting */
+  char message[50];
+} jvmtiCompiledMethodLoadDummyRecord;
+
+#endif
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ff700cd
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,37 @@
+                      ADDITIONAL INFORMATION ABOUT LICENSING
+
+Certain files distributed by Oracle America, Inc. and/or its affiliates are 
+subject to the following clarification and special exception to the GPLv2, 
+based on the GNU Project exception for its Classpath libraries, known as the 
+GNU Classpath Exception.
+
+Note that Oracle includes multiple, independent programs in this software 
+package.  Some of those programs are provided under licenses deemed 
+incompatible with the GPLv2 by the Free Software Foundation and others. 
+For example, the package includes programs licensed under the Apache 
+License, Version 2.0 and may include FreeType. Such programs are licensed 
+to you under their original licenses. 
+
+Oracle facilitates your further distribution of this package by adding the 
+Classpath Exception to the necessary parts of its GPLv2 code, which permits 
+you to use that code in combination with other independent modules not 
+licensed under the GPLv2. However, note that this would not permit you to 
+commingle code under an incompatible license with Oracle's GPLv2 licensed 
+code by, for example, cutting and pasting such code into a file also 
+containing Oracle's GPLv2 licensed code and then distributing the result. 
+
+Additionally, if you were to remove the Classpath Exception from any of the 
+files to which it applies and distribute the result, you would likely be 
+required to license some or all of the other code in that distribution under 
+the GPLv2 as well, and since the GPLv2 is incompatible with the license terms 
+of some items included in the distribution by Oracle, removing the Classpath 
+Exception could therefore effectively compromise your ability to further 
+distribute the package. 
+
+Failing to distribute notices associated with some files may also create 
+unexpected legal consequences.
+Proceed with caution and we recommend that you obtain the advice of a lawyer 
+skilled in open source matters before removing the Classpath Exception or 
+making modifications to this package which may subsequently be redistributed 
+and/or involve the use of third party software.
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 100644 (file)
index 0000000..065b8d9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,27 @@
+
+OPENJDK ASSEMBLY EXCEPTION
+
+The OpenJDK source code made available by Oracle America, Inc. (Oracle) at
+openjdk.java.net ("OpenJDK Code") is distributed under the terms of the GNU
+General Public License <http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html> version 2
+only ("GPL2"), with the following clarification and special exception.
+
+    Linking this OpenJDK Code statically or dynamically with other code
+    is making a combined work based on this library.  Thus, the terms
+    and conditions of GPL2 cover the whole combination.
+
+    As a special exception, Oracle gives you permission to link this
+    OpenJDK Code with certain code licensed by Oracle as indicated at
+    http://openjdk.java.net/legal/exception-modules-2007-05-08.html
+    ("Designated Exception Modules") to produce an executable,
+    regardless of the license terms of the Designated Exception Modules,
+    and to copy and distribute the resulting executable under GPL2,
+    provided that the Designated Exception Modules continue to be
+    governed by the licenses under which they were offered by Oracle.
+
+As such, it allows licensees and sublicensees of Oracle's GPL2 OpenJDK Code
+to build an executable that includes those portions of necessary code that
+Oracle could not provide under GPL2 (or that Oracle has provided under GPL2
+with the Classpath exception).  If you modify or add to the OpenJDK code,
+that new GPL2 code may still be combined with Designated Exception Modules
+if the new code is made subject to this exception by its copyright holder.
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.base/LICENSE
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8b400c7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,347 @@
+The GNU General Public License (GPL)
+
+Version 2, June 1991
+
+Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.
+51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
+
+Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies of this license
+document, but changing it is not allowed.
+
+Preamble
+
+The licenses for most software are designed to take away your freedom to share
+and change it.  By contrast, the GNU General Public License is intended to
+guarantee your freedom to share and change free software--to make sure the
+software is free for all its users.  This General Public License applies to
+most of the Free Software Foundation's software and to any other program whose
+authors commit to using it.  (Some other Free Software Foundation software is
+covered by the GNU Library General Public License instead.) You can apply it to
+your programs, too.
+
+When we speak of free software, we are referring to freedom, not price.  Our
+General Public Licenses are designed to make sure that you have the freedom to
+distribute copies of free software (and charge for this service if you wish),
+that you receive source code or can get it if you want it, that you can change
+the software or use pieces of it in new free programs; and that you know you
+can do these things.
+
+To protect your rights, we need to make restrictions that forbid anyone to deny
+you these rights or to ask you to surrender the rights.  These restrictions
+translate to certain responsibilities for you if you distribute copies of the
+software, or if you modify it.
+
+For example, if you distribute copies of such a program, whether gratis or for
+a fee, you must give the recipients all the rights that you have.  You must
+make sure that they, too, receive or can get the source code.  And you must
+show them these terms so they know their rights.
+
+We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and (2)
+offer you this license which gives you legal permission to copy, distribute
+and/or modify the software.
+
+Also, for each author's protection and ours, we want to make certain that
+everyone understands that there is no warranty for this free software.  If the
+software is modified by someone else and passed on, we want its recipients to
+know that what they have is not the original, so that any problems introduced
+by others will not reflect on the original authors' reputations.
+
+Finally, any free program is threatened constantly by software patents.  We
+wish to avoid the danger that redistributors of a free program will
+individually obtain patent licenses, in effect making the program proprietary.
+To prevent this, we have made it clear that any patent must be licensed for
+everyone's free use or not licensed at all.
+
+The precise terms and conditions for copying, distribution and modification
+follow.
+
+TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+0. This License applies to any program or other work which contains a notice
+placed by the copyright holder saying it may be distributed under the terms of
+this General Public License.  The "Program", below, refers to any such program
+or work, and a "work based on the Program" means either the Program or any
+derivative work under copyright law: that is to say, a work containing the
+Program or a portion of it, either verbatim or with modifications and/or
+translated into another language.  (Hereinafter, translation is included
+without limitation in the term "modification".) Each licensee is addressed as
+"you".
+
+Activities other than copying, distribution and modification are not covered by
+this License; they are outside its scope.  The act of running the Program is
+not restricted, and the output from the Program is covered only if its contents
+constitute a work based on the Program (independent of having been made by
+running the Program).  Whether that is true depends on what the Program does.
+
+1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's source code as
+you receive it, in any medium, provided that you conspicuously and
+appropriately publish on each copy an appropriate copyright notice and
+disclaimer of warranty; keep intact all the notices that refer to this License
+and to the absence of any warranty; and give any other recipients of the
+Program a copy of this License along with the Program.
+
+You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and you may
+at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
+
+2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion of it, thus
+forming a work based on the Program, and copy and distribute such modifications
+or work under the terms of Section 1 above, provided that you also meet all of
+these conditions:
+
+    a) You must cause the modified files to carry prominent notices stating
+    that you changed the files and the date of any change.
+
+    b) You must cause any work that you distribute or publish, that in whole or
+    in part contains or is derived from the Program or any part thereof, to be
+    licensed as a whole at no charge to all third parties under the terms of
+    this License.
+
+    c) If the modified program normally reads commands interactively when run,
+    you must cause it, when started running for such interactive use in the
+    most ordinary way, to print or display an announcement including an
+    appropriate copyright notice and a notice that there is no warranty (or
+    else, saying that you provide a warranty) and that users may redistribute
+    the program under these conditions, and telling the user how to view a copy
+    of this License.  (Exception: if the Program itself is interactive but does
+    not normally print such an announcement, your work based on the Program is
+    not required to print an announcement.)
+
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If identifiable
+sections of that work are not derived from the Program, and can be reasonably
+considered independent and separate works in themselves, then this License, and
+its terms, do not apply to those sections when you distribute them as separate
+works.  But when you distribute the same sections as part of a whole which is a
+work based on the Program, the distribution of the whole must be on the terms
+of this License, whose permissions for other licensees extend to the entire
+whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
+
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest your
+rights to work written entirely by you; rather, the intent is to exercise the
+right to control the distribution of derivative or collective works based on
+the Program.
+
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Program with the
+Program (or with a work based on the Program) on a volume of a storage or
+distribution medium does not bring the other work under the scope of this
+License.
+
+3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it, under
+Section 2) in object code or executable form under the terms of Sections 1 and
+2 above provided that you also do one of the following:
+
+    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable source
+    code, which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above
+    on a medium customarily used for software interchange; or,
+
+    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three years, to
+    give any third party, for a charge no more than your cost of physically
+    performing source distribution, a complete machine-readable copy of the
+    corresponding source code, to be distributed under the terms of Sections 1
+    and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
+
+    c) Accompany it with the information you received as to the offer to
+    distribute corresponding source code.  (This alternative is allowed only
+    for noncommercial distribution and only if you received the program in
+    object code or executable form with such an offer, in accord with
+    Subsection b above.)
+
+The source code for a work means the preferred form of the work for making
+modifications to it.  For an executable work, complete source code means all
+the source code for all modules it contains, plus any associated interface
+definition files, plus the scripts used to control compilation and installation
+of the executable.  However, as a special exception, the source code
+distributed need not include anything that is normally distributed (in either
+source or binary form) with the major components (compiler, kernel, and so on)
+of the operating system on which the executable runs, unless that component
+itself accompanies the executable.
+
+If distribution of executable or object code is made by offering access to copy
+from a designated place, then offering equivalent access to copy the source
+code from the same place counts as distribution of the source code, even though
+third parties are not compelled to copy the source along with the object code.
+
+4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program except as
+expressly provided under this License.  Any attempt otherwise to copy, modify,
+sublicense or distribute the Program is void, and will automatically terminate
+your rights under this License.  However, parties who have received copies, or
+rights, from you under this License will not have their licenses terminated so
+long as such parties remain in full compliance.
+
+5. You are not required to accept this License, since you have not signed it.
+However, nothing else grants you permission to modify or distribute the Program
+or its derivative works.  These actions are prohibited by law if you do not
+accept this License.  Therefore, by modifying or distributing the Program (or
+any work based on the Program), you indicate your acceptance of this License to
+do so, and all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Program or works based on it.
+
+6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the Program),
+the recipient automatically receives a license from the original licensor to
+copy, distribute or modify the Program subject to these terms and conditions.
+You may not impose any further restrictions on the recipients' exercise of the
+rights granted herein.  You are not responsible for enforcing compliance by
+third parties to this License.
+
+7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues), conditions
+are imposed on you (whether by court order, agreement or otherwise) that
+contradict the conditions of this License, they do not excuse you from the
+conditions of this License.  If you cannot distribute so as to satisfy
+simultaneously your obligations under this License and any other pertinent
+obligations, then as a consequence you may not distribute the Program at all.
+For example, if a patent license would not permit royalty-free redistribution
+of the Program by all those who receive copies directly or indirectly through
+you, then the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Program.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
+particular circumstance, the balance of the section is intended to apply and
+the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any patents or
+other property right claims or to contest validity of any such claims; this
+section has the sole purpose of protecting the integrity of the free software
+distribution system, which is implemented by public license practices.  Many
+people have made generous contributions to the wide range of software
+distributed through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing to
+distribute software through any other system and a licensee cannot impose that
+choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to be a
+consequence of the rest of this License.
+
+8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in certain
+countries either by patents or by copyrighted interfaces, the original
+copyright holder who places the Program under this License may add an explicit
+geographical distribution limitation excluding those countries, so that
+distribution is permitted only in or among countries not thus excluded.  In
+such case, this License incorporates the limitation as if written in the body
+of this License.
+
+9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions of the
+General Public License from time to time.  Such new versions will be similar in
+spirit to the present version, but may differ in detail to address new problems
+or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
+specifies a version number of this License which applies to it and "any later
+version", you have the option of following the terms and conditions either of
+that version or of any later version published by the Free Software Foundation.
+If the Program does not specify a version number of this License, you may
+choose any version ever published by the Free Software Foundation.
+
+10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free programs
+whose distribution conditions are different, write to the author to ask for
+permission.  For software which is copyrighted by the Free Software Foundation,
+write to the Free Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.
+Our decision will be guided by the two goals of preserving the free status of
+all derivatives of our free software and of promoting the sharing and reuse of
+software generally.
+
+NO WARRANTY
+
+11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY FOR
+THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN OTHERWISE
+STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE
+PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED,
+INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND
+PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE,
+YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
+
+12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING WILL
+ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR REDISTRIBUTE THE
+PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY
+GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR
+INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA
+BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
+FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER
+OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
+
+END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+How to Apply These Terms to Your New Programs
+
+If you develop a new program, and you want it to be of the greatest possible
+use to the public, the best way to achieve this is to make it free software
+which everyone can redistribute and change under these terms.
+
+To do so, attach the following notices to the program.  It is safest to attach
+them to the start of each source file to most effectively convey the exclusion
+of warranty; and each file should have at least the "copyright" line and a
+pointer to where the full notice is found.
+
+    One line to give the program's name and a brief idea of what it does.
+
+    Copyright (C) <year> <name of author>
+
+    This program is free software; you can redistribute it and/or modify it
+    under the terms of the GNU General Public License as published by the Free
+    Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option)
+    any later version.
+
+    This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+    ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+    FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for
+    more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License along
+    with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
+    51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+If the program is interactive, make it output a short notice like this when it
+starts in an interactive mode:
+
+    Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author Gnomovision comes
+    with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type 'show w'.  This is free
+    software, and you are welcome to redistribute it under certain conditions;
+    type 'show c' for details.
+
+The hypothetical commands 'show w' and 'show c' should show the appropriate
+parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may be
+called something other than 'show w' and 'show c'; they could even be
+mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your school,
+if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if necessary.  Here
+is a sample; alter the names:
+
+    Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
+    'Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
+
+    signature of Ty Coon, 1 April 1989
+
+    Ty Coon, President of Vice
+
+This General Public License does not permit incorporating your program into
+proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
+consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
+library.  If this is what you want to do, use the GNU Library General Public
+License instead of this License.
+
+
+"CLASSPATH" EXCEPTION TO THE GPL
+
+Certain source files distributed by Oracle America and/or its affiliates are
+subject to the following clarification and special exception to the GPL, but
+only where Oracle has expressly included in the particular source file's header
+the words "Oracle designates this particular file as subject to the "Classpath"
+exception as provided by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code."
+
+    Linking this library statically or dynamically with other modules is making
+    a combined work based on this library.  Thus, the terms and conditions of
+    the GNU General Public License cover the whole combination.
+
+    As a special exception, the copyright holders of this library give you
+    permission to link this library with independent modules to produce an
+    executable, regardless of the license terms of these independent modules,
+    and to copy and distribute the resulting executable under terms of your
+    choice, provided that you also meet, for each linked independent module,
+    the terms and conditions of the license of that module.  An independent
+    module is a module which is not derived from or based on this library.  If
+    you modify this library, you may extend this exception to your version of
+    the library, but you are not obligated to do so.  If you do not wish to do
+    so, delete this exception statement from your version.
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/aes.md b/jalview_java2/legal/java.base/aes.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6d0ee2e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,36 @@
+## Cryptix AES v3.2.0
+
+### Cryptix General License
+<pre>
+
+Cryptix General License
+
+Copyright (c) 1995-2005 The Cryptix Foundation Limited.
+All rights reserved.
+
+Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+modification, are permitted provided that the following conditions are
+met:
+
+  1. Redistributions of source code must retain the copyright notice,
+     this list of conditions and the following disclaimer.
+
+  2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
+     notice, this list of conditions and the following disclaimer in
+     the documentation and/or other materials provided with the
+     distribution.
+
+THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE CRYPTIX FOUNDATION LIMITED AND
+CONTRIBUTORS ``AS IS'' AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES,
+INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED.
+IN NO EVENT SHALL THE CRYPTIX FOUNDATION LIMITED OR CONTRIBUTORS BE
+LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
+CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
+SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR
+BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
+WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE
+OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN
+IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/asm.md b/jalview_java2/legal/java.base/asm.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..351e45a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,36 @@
+## ASM Bytecode Manipulation Framework v6.0
+
+### ASM License
+<pre>
+
+Copyright (c) 2000-2011 France Télécom
+All rights reserved.
+
+Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+modification, are permitted provided that the following conditions
+are met:
+
+1. Redistributions of source code must retain the above copyright
+   notice, this list of conditions and the following disclaimer.
+
+2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
+   notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
+   documentation and/or other materials provided with the distribution.
+
+3. Neither the name of the copyright holders nor the names of its
+   contributors may be used to endorse or promote products derived from
+   this software without specific prior written permission.
+
+THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
+AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
+IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
+ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE
+LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
+CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
+SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
+INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
+CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
+ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF
+THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/c-libutl.md b/jalview_java2/legal/java.base/c-libutl.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8bc9880
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,35 @@
+## c-libutl 20160225
+
+### c-libutl License
+```
+
+This software is distributed under the terms of the BSD license.
+
+==  BSD LICENSE  ===============================================================
+
+ (C) 2009 by Remo Dentato (rdentato@gmail.com)
+
+
+Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification,
+are permitted provided that the following conditions are met:
+
+    * Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
+      this list of conditions and the following disclaimer.
+    * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
+      this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
+      and/or other materials provided with the distribution.
+
+THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND
+ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
+WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
+DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR
+ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
+(INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
+LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
+ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
+(INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
+SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
+
+http://opensource.org/licenses/bsd-license.php
+
+```
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/cldr.md b/jalview_java2/legal/java.base/cldr.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f6141ee
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,66 @@
+## Unicode Common Local Data Repository (CLDR) v33
+
+### CLDR License
+
+```
+
+UNICODE, INC. LICENSE AGREEMENT - DATA FILES AND SOFTWARE
+Unicode Data Files include all data files under the directories
+http://www.unicode.org/Public/, http://www.unicode.org/reports/,
+http://www.unicode.org/cldr/data/,
+http://source.icu-project.org/repos/icu/, and
+http://www.unicode.org/utility/trac/browser/.
+
+Unicode Data Files do not include PDF online code charts under the
+directory http://www.unicode.org/Public/.
+
+Software includes any source code published in the Unicode Standard
+or under the directories
+http://www.unicode.org/Public/, http://www.unicode.org/reports/,
+http://www.unicode.org/cldr/data/,
+http://source.icu-project.org/repos/icu/, and
+http://www.unicode.org/utility/trac/browser/.
+
+NOTICE TO USER: Carefully read the following legal agreement.
+BY DOWNLOADING, INSTALLING, COPYING OR OTHERWISE USING UNICODE INC.'S
+DATA FILES ("DATA FILES"), AND/OR SOFTWARE ("SOFTWARE"),
+YOU UNEQUIVOCALLY ACCEPT, AND AGREE TO BE BOUND BY, ALL OF THE
+TERMS AND CONDITIONS OF THIS AGREEMENT.
+IF YOU DO NOT AGREE, DO NOT DOWNLOAD, INSTALL, COPY, DISTRIBUTE OR USE
+THE DATA FILES OR SOFTWARE.
+
+COPYRIGHT AND PERMISSION NOTICE
+
+Copyright Â© 1991-2018 Unicode, Inc. All rights reserved.
+Distributed under the Terms of Use in http://www.unicode.org/copyright.html.
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
+a copy of the Unicode data files and any associated documentation
+(the "Data Files") or Unicode software and any associated documentation
+(the "Software") to deal in the Data Files or Software
+without restriction, including without limitation the rights to use,
+copy, modify, merge, publish, distribute, and/or sell copies of
+the Data Files or Software, and to permit persons to whom the Data Files
+or Software are furnished to do so, provided that either
+(a) this copyright and permission notice appear with all copies
+of the Data Files or Software, or
+(b) this copyright and permission notice appear in associated
+Documentation.
+
+THE DATA FILES AND SOFTWARE ARE PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF
+ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE
+WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
+NONINFRINGEMENT OF THIRD PARTY RIGHTS.
+IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR HOLDERS INCLUDED IN THIS
+NOTICE BE LIABLE FOR ANY CLAIM, OR ANY SPECIAL INDIRECT OR CONSEQUENTIAL
+DAMAGES, OR ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE,
+DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER
+TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE OR
+PERFORMANCE OF THE DATA FILES OR SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of a copyright holder
+shall not be used in advertising or otherwise to promote the sale,
+use or other dealings in these Data Files or Software without prior
+written authorization of the copyright holder.
+
+```
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/icu.md b/jalview_java2/legal/java.base/icu.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9bf02a6
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,66 @@
+## International Components for Unicode (ICU4J) v60.2
+
+### ICU4J License
+
+```
+
+UNICODE, INC. LICENSE AGREEMENT - DATA FILES AND SOFTWARE
+Unicode Data Files include all data files under the directories
+http://www.unicode.org/Public/, http://www.unicode.org/reports/,
+http://www.unicode.org/cldr/data/,
+http://source.icu-project.org/repos/icu/, and
+http://www.unicode.org/utility/trac/browser/.
+
+Unicode Data Files do not include PDF online code charts under the
+directory http://www.unicode.org/Public/.
+
+Software includes any source code published in the Unicode Standard
+or under the directories
+http://www.unicode.org/Public/, http://www.unicode.org/reports/,
+http://www.unicode.org/cldr/data/,
+http://source.icu-project.org/repos/icu/, and
+http://www.unicode.org/utility/trac/browser/.
+
+NOTICE TO USER: Carefully read the following legal agreement.
+BY DOWNLOADING, INSTALLING, COPYING OR OTHERWISE USING UNICODE INC.'S
+DATA FILES ("DATA FILES"), AND/OR SOFTWARE ("SOFTWARE"),
+YOU UNEQUIVOCALLY ACCEPT, AND AGREE TO BE BOUND BY, ALL OF THE
+TERMS AND CONDITIONS OF THIS AGREEMENT.
+IF YOU DO NOT AGREE, DO NOT DOWNLOAD, INSTALL, COPY, DISTRIBUTE OR USE
+THE DATA FILES OR SOFTWARE.
+
+COPYRIGHT AND PERMISSION NOTICE
+
+Copyright Â© 1991-2018 Unicode, Inc. All rights reserved.
+Distributed under the Terms of Use in http://www.unicode.org/copyright.html.
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
+a copy of the Unicode data files and any associated documentation
+(the "Data Files") or Unicode software and any associated documentation
+(the "Software") to deal in the Data Files or Software
+without restriction, including without limitation the rights to use,
+copy, modify, merge, publish, distribute, and/or sell copies of
+the Data Files or Software, and to permit persons to whom the Data Files
+or Software are furnished to do so, provided that either
+(a) this copyright and permission notice appear with all copies
+of the Data Files or Software, or
+(b) this copyright and permission notice appear in associated
+Documentation.
+
+THE DATA FILES AND SOFTWARE ARE PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF
+ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE
+WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
+NONINFRINGEMENT OF THIRD PARTY RIGHTS.
+IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR HOLDERS INCLUDED IN THIS
+NOTICE BE LIABLE FOR ANY CLAIM, OR ANY SPECIAL INDIRECT OR CONSEQUENTIAL
+DAMAGES, OR ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE,
+DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER
+TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE OR
+PERFORMANCE OF THE DATA FILES OR SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of a copyright holder
+shall not be used in advertising or otherwise to promote the sale,
+use or other dealings in these Data Files or Software without prior
+written authorization of the copyright holder.
+
+```
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/public_suffix.md b/jalview_java2/legal/java.base/public_suffix.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5f7cd5a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,399 @@
+## Mozilla Public Suffix List
+
+### Public Suffix Notice
+```
+You are receiving a copy of the Mozilla Public Suffix List in the following
+file: <java-home>/lib/security/public_suffix_list.dat. The terms of the
+Oracle license do NOT apply to this file; it is licensed under the
+Mozilla Public License 2.0, separately from the Oracle programs you receive.
+If you do not wish to use the Public Suffix List, you may remove the
+<java-home>/lib/security/public_suffix_list.dat file.
+
+The Source Code of this file is available under the
+Mozilla Public License, v. 2.0 and is located at
+https://raw.githubusercontent.com/publicsuffix/list/2225db8d9f4a2a27ec697c883360632fa0c16261/public_suffix_list.dat.
+If a copy of the MPL was not distributed with this file, you can obtain one
+at https://mozilla.org/MPL/2.0/.
+
+Software distributed under the License is distributed on an "AS IS" basis,
+WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, either express or implied. See the License
+for the specific language governing rights and limitations under the License. 
+```
+
+### MPL v2.0
+```
+Mozilla Public License Version 2.0
+==================================
+
+1. Definitions
+--------------
+
+1.1. "Contributor"
+    means each individual or legal entity that creates, contributes to
+    the creation of, or owns Covered Software.
+
+1.2. "Contributor Version"
+    means the combination of the Contributions of others (if any) used
+    by a Contributor and that particular Contributor's Contribution.
+
+1.3. "Contribution"
+    means Covered Software of a particular Contributor.
+
+1.4. "Covered Software"
+    means Source Code Form to which the initial Contributor has attached
+    the notice in Exhibit A, the Executable Form of such Source Code
+    Form, and Modifications of such Source Code Form, in each case
+    including portions thereof.
+
+1.5. "Incompatible With Secondary Licenses"
+    means
+
+    (a) that the initial Contributor has attached the notice described
+        in Exhibit B to the Covered Software; or
+
+    (b) that the Covered Software was made available under the terms of
+        version 1.1 or earlier of the License, but not also under the
+        terms of a Secondary License.
+
+1.6. "Executable Form"
+    means any form of the work other than Source Code Form.
+
+1.7. "Larger Work"
+    means a work that combines Covered Software with other material, in 
+    a separate file or files, that is not Covered Software.
+
+1.8. "License"
+    means this document.
+
+1.9. "Licensable"
+    means having the right to grant, to the maximum extent possible,
+    whether at the time of the initial grant or subsequently, any and
+    all of the rights conveyed by this License.
+
+1.10. "Modifications"
+    means any of the following:
+
+    (a) any file in Source Code Form that results from an addition to,
+        deletion from, or modification of the contents of Covered
+        Software; or
+
+    (b) any new file in Source Code Form that contains any Covered
+        Software.
+
+1.11. "Patent Claims" of a Contributor
+    means any patent claim(s), including without limitation, method,
+    process, and apparatus claims, in any patent Licensable by such
+    Contributor that would be infringed, but for the grant of the
+    License, by the making, using, selling, offering for sale, having
+    made, import, or transfer of either its Contributions or its
+    Contributor Version.
+
+1.12. "Secondary License"
+    means either the GNU General Public License, Version 2.0, the GNU
+    Lesser General Public License, Version 2.1, the GNU Affero General
+    Public License, Version 3.0, or any later versions of those
+    licenses.
+
+1.13. "Source Code Form"
+    means the form of the work preferred for making modifications.
+
+1.14. "You" (or "Your")
+    means an individual or a legal entity exercising rights under this
+    License. For legal entities, "You" includes any entity that
+    controls, is controlled by, or is under common control with You. For
+    purposes of this definition, "control" means (a) the power, direct
+    or indirect, to cause the direction or management of such entity,
+    whether by contract or otherwise, or (b) ownership of more than
+    fifty percent (50%) of the outstanding shares or beneficial
+    ownership of such entity.
+
+2. License Grants and Conditions
+--------------------------------
+
+2.1. Grants
+
+Each Contributor hereby grants You a world-wide, royalty-free,
+non-exclusive license:
+
+(a) under intellectual property rights (other than patent or trademark)
+    Licensable by such Contributor to use, reproduce, make available,
+    modify, display, perform, distribute, and otherwise exploit its
+    Contributions, either on an unmodified basis, with Modifications, or
+    as part of a Larger Work; and
+
+(b) under Patent Claims of such Contributor to make, use, sell, offer
+    for sale, have made, import, and otherwise transfer either its
+    Contributions or its Contributor Version.
+
+2.2. Effective Date
+
+The licenses granted in Section 2.1 with respect to any Contribution
+become effective for each Contribution on the date the Contributor first
+distributes such Contribution.
+
+2.3. Limitations on Grant Scope
+
+The licenses granted in this Section 2 are the only rights granted under
+this License. No additional rights or licenses will be implied from the
+distribution or licensing of Covered Software under this License.
+Notwithstanding Section 2.1(b) above, no patent license is granted by a
+Contributor:
+
+(a) for any code that a Contributor has removed from Covered Software;
+    or
+
+(b) for infringements caused by: (i) Your and any other third party's
+    modifications of Covered Software, or (ii) the combination of its
+    Contributions with other software (except as part of its Contributor
+    Version); or
+
+(c) under Patent Claims infringed by Covered Software in the absence of
+    its Contributions.
+
+This License does not grant any rights in the trademarks, service marks,
+or logos of any Contributor (except as may be necessary to comply with
+the notice requirements in Section 3.4).
+
+2.4. Subsequent Licenses
+
+No Contributor makes additional grants as a result of Your choice to
+distribute the Covered Software under a subsequent version of this
+License (see Section 10.2) or under the terms of a Secondary License (if
+permitted under the terms of Section 3.3).
+
+2.5. Representation
+
+Each Contributor represents that the Contributor believes its
+Contributions are its original creation(s) or it has sufficient rights
+to grant the rights to its Contributions conveyed by this License.
+
+2.6. Fair Use
+
+This License is not intended to limit any rights You have under
+applicable copyright doctrines of fair use, fair dealing, or other
+equivalents.
+
+2.7. Conditions
+
+Sections 3.1, 3.2, 3.3, and 3.4 are conditions of the licenses granted
+in Section 2.1.
+
+3. Responsibilities
+-------------------
+
+3.1. Distribution of Source Form
+
+All distribution of Covered Software in Source Code Form, including any
+Modifications that You create or to which You contribute, must be under
+the terms of this License. You must inform recipients that the Source
+Code Form of the Covered Software is governed by the terms of this
+License, and how they can obtain a copy of this License. You may not
+attempt to alter or restrict the recipients' rights in the Source Code
+Form.
+
+3.2. Distribution of Executable Form
+
+If You distribute Covered Software in Executable Form then:
+
+(a) such Covered Software must also be made available in Source Code
+    Form, as described in Section 3.1, and You must inform recipients of
+    the Executable Form how they can obtain a copy of such Source Code
+    Form by reasonable means in a timely manner, at a charge no more
+    than the cost of distribution to the recipient; and
+
+(b) You may distribute such Executable Form under the terms of this
+    License, or sublicense it under different terms, provided that the
+    license for the Executable Form does not attempt to limit or alter
+    the recipients' rights in the Source Code Form under this License.
+
+3.3. Distribution of a Larger Work
+
+You may create and distribute a Larger Work under terms of Your choice,
+provided that You also comply with the requirements of this License for
+the Covered Software. If the Larger Work is a combination of Covered
+Software with a work governed by one or more Secondary Licenses, and the
+Covered Software is not Incompatible With Secondary Licenses, this
+License permits You to additionally distribute such Covered Software
+under the terms of such Secondary License(s), so that the recipient of
+the Larger Work may, at their option, further distribute the Covered
+Software under the terms of either this License or such Secondary
+License(s).
+
+3.4. Notices
+
+You may not remove or alter the substance of any license notices
+(including copyright notices, patent notices, disclaimers of warranty,
+or limitations of liability) contained within the Source Code Form of
+the Covered Software, except that You may alter any license notices to
+the extent required to remedy known factual inaccuracies.
+
+3.5. Application of Additional Terms
+
+You may choose to offer, and to charge a fee for, warranty, support,
+indemnity or liability obligations to one or more recipients of Covered
+Software. However, You may do so only on Your own behalf, and not on
+behalf of any Contributor. You must make it absolutely clear that any
+such warranty, support, indemnity, or liability obligation is offered by
+You alone, and You hereby agree to indemnify every Contributor for any
+liability incurred by such Contributor as a result of warranty, support,
+indemnity or liability terms You offer. You may include additional
+disclaimers of warranty and limitations of liability specific to any
+jurisdiction.
+
+4. Inability to Comply Due to Statute or Regulation
+---------------------------------------------------
+
+If it is impossible for You to comply with any of the terms of this
+License with respect to some or all of the Covered Software due to
+statute, judicial order, or regulation then You must: (a) comply with
+the terms of this License to the maximum extent possible; and (b)
+describe the limitations and the code they affect. Such description must
+be placed in a text file included with all distributions of the Covered
+Software under this License. Except to the extent prohibited by statute
+or regulation, such description must be sufficiently detailed for a
+recipient of ordinary skill to be able to understand it.
+
+5. Termination
+--------------
+
+5.1. The rights granted under this License will terminate automatically
+if You fail to comply with any of its terms. However, if You become
+compliant, then the rights granted under this License from a particular
+Contributor are reinstated (a) provisionally, unless and until such
+Contributor explicitly and finally terminates Your grants, and (b) on an
+ongoing basis, if such Contributor fails to notify You of the
+non-compliance by some reasonable means prior to 60 days after You have
+come back into compliance. Moreover, Your grants from a particular
+Contributor are reinstated on an ongoing basis if such Contributor
+notifies You of the non-compliance by some reasonable means, this is the
+first time You have received notice of non-compliance with this License
+from such Contributor, and You become compliant prior to 30 days after
+Your receipt of the notice.
+
+5.2. If You initiate litigation against any entity by asserting a patent
+infringement claim (excluding declaratory judgment actions,
+counter-claims, and cross-claims) alleging that a Contributor Version
+directly or indirectly infringes any patent, then the rights granted to
+You by any and all Contributors for the Covered Software under Section
+2.1 of this License shall terminate.
+
+5.3. In the event of termination under Sections 5.1 or 5.2 above, all
+end user license agreements (excluding distributors and resellers) which
+have been validly granted by You or Your distributors under this License
+prior to termination shall survive termination.
+
+************************************************************************
+*                                                                      *
+*  6. Disclaimer of Warranty                                           *
+*  -------------------------                                           *
+*                                                                      *
+*  Covered Software is provided under this License on an "as is"       *
+*  basis, without warranty of any kind, either expressed, implied, or  *
+*  statutory, including, without limitation, warranties that the       *
+*  Covered Software is free of defects, merchantable, fit for a        *
+*  particular purpose or non-infringing. The entire risk as to the     *
+*  quality and performance of the Covered Software is with You.        *
+*  Should any Covered Software prove defective in any respect, You     *
+*  (not any Contributor) assume the cost of any necessary servicing,   *
+*  repair, or correction. This disclaimer of warranty constitutes an   *
+*  essential part of this License. No use of any Covered Software is   *
+*  authorized under this License except under this disclaimer.         *
+*                                                                      *
+************************************************************************
+
+************************************************************************
+*                                                                      *
+*  7. Limitation of Liability                                          *
+*  --------------------------                                          *
+*                                                                      *
+*  Under no circumstances and under no legal theory, whether tort      *
+*  (including negligence), contract, or otherwise, shall any           *
+*  Contributor, or anyone who distributes Covered Software as          *
+*  permitted above, be liable to You for any direct, indirect,         *
+*  special, incidental, or consequential damages of any character      *
+*  including, without limitation, damages for lost profits, loss of    *
+*  goodwill, work stoppage, computer failure or malfunction, or any    *
+*  and all other commercial damages or losses, even if such party      *
+*  shall have been informed of the possibility of such damages. This   *
+*  limitation of liability shall not apply to liability for death or   *
+*  personal injury resulting from such party's negligence to the       *
+*  extent applicable law prohibits such limitation. Some               *
+*  jurisdictions do not allow the exclusion or limitation of           *
+*  incidental or consequential damages, so this exclusion and          *
+*  limitation may not apply to You.                                    *
+*                                                                      *
+************************************************************************
+
+8. Litigation
+-------------
+
+Any litigation relating to this License may be brought only in the
+courts of a jurisdiction where the defendant maintains its principal
+place of business and such litigation shall be governed by laws of that
+jurisdiction, without reference to its conflict-of-law provisions.
+Nothing in this Section shall prevent a party's ability to bring
+cross-claims or counter-claims.
+
+9. Miscellaneous
+----------------
+
+This License represents the complete agreement concerning the subject
+matter hereof. If any provision of this License is held to be
+unenforceable, such provision shall be reformed only to the extent
+necessary to make it enforceable. Any law or regulation which provides
+that the language of a contract shall be construed against the drafter
+shall not be used to construe this License against a Contributor.
+
+10. Versions of the License
+---------------------------
+
+10.1. New Versions
+
+Mozilla Foundation is the license steward. Except as provided in Section
+10.3, no one other than the license steward has the right to modify or
+publish new versions of this License. Each version will be given a
+distinguishing version number.
+
+10.2. Effect of New Versions
+
+You may distribute the Covered Software under the terms of the version
+of the License under which You originally received the Covered Software,
+or under the terms of any subsequent version published by the license
+steward.
+
+10.3. Modified Versions
+
+If you create software not governed by this License, and you want to
+create a new license for such software, you may create and use a
+modified version of this License if you rename the license and remove
+any references to the name of the license steward (except to note that
+such modified license differs from this License).
+
+10.4. Distributing Source Code Form that is Incompatible With Secondary
+Licenses
+
+If You choose to distribute Source Code Form that is Incompatible With
+Secondary Licenses under the terms of this version of the License, the
+notice described in Exhibit B of this License must be attached.
+
+Exhibit A - Source Code Form License Notice
+-------------------------------------------
+
+  This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public
+  License, v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this
+  file, You can obtain one at https://mozilla.org/MPL/2.0/.
+
+If it is not possible or desirable to put the notice in a particular
+file, then You may include the notice in a location (such as a LICENSE
+file in a relevant directory) where a recipient would be likely to look
+for such a notice.
+
+You may add additional accurate notices of copyright ownership.
+
+Exhibit B - "Incompatible With Secondary Licenses" Notice
+---------------------------------------------------------
+
+  This Source Code Form is "Incompatible With Secondary Licenses", as
+  defined by the Mozilla Public License, v. 2.0.
+
+```
diff --git a/jalview_java2/legal/java.base/unicode.md b/jalview_java2/legal/java.base/unicode.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..87ee4fa
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,66 @@
+## The Unicode Standard, Unicode Character Database, Version 10.0.0
+
+### Unicode Character Database
+
+```
+
+UNICODE, INC. LICENSE AGREEMENT - DATA FILES AND SOFTWARE
+Unicode Data Files include all data files under the directories
+http://www.unicode.org/Public/, http://www.unicode.org/reports/,
+http://www.unicode.org/cldr/data/,
+http://source.icu-project.org/repos/icu/, and
+http://www.unicode.org/utility/trac/browser/.
+
+Unicode Data Files do not include PDF online code charts under the
+directory http://www.unicode.org/Public/.
+
+Software includes any source code published in the Unicode Standard
+or under the directories
+http://www.unicode.org/Public/, http://www.unicode.org/reports/,
+http://www.unicode.org/cldr/data/,
+http://source.icu-project.org/repos/icu/, and
+http://www.unicode.org/utility/trac/browser/.
+
+NOTICE TO USER: Carefully read the following legal agreement.
+BY DOWNLOADING, INSTALLING, COPYING OR OTHERWISE USING UNICODE INC.'S
+DATA FILES ("DATA FILES"), AND/OR SOFTWARE ("SOFTWARE"),
+YOU UNEQUIVOCALLY ACCEPT, AND AGREE TO BE BOUND BY, ALL OF THE
+TERMS AND CONDITIONS OF THIS AGREEMENT.
+IF YOU DO NOT AGREE, DO NOT DOWNLOAD, INSTALL, COPY, DISTRIBUTE OR USE
+THE DATA FILES OR SOFTWARE.
+
+COPYRIGHT AND PERMISSION NOTICE
+
+Copyright Â© 1991-2018 Unicode, Inc. All rights reserved.
+Distributed under the Terms of Use in http://www.unicode.org/copyright.html.
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
+a copy of the Unicode data files and any associated documentation
+(the "Data Files") or Unicode software and any associated documentation
+(the "Software") to deal in the Data Files or Software
+without restriction, including without limitation the rights to use,
+copy, modify, merge, publish, distribute, and/or sell copies of
+the Data Files or Software, and to permit persons to whom the Data Files
+or Software are furnished to do so, provided that either
+(a) this copyright and permission notice appear with all copies
+of the Data Files or Software, or
+(b) this copyright and permission notice appear in associated
+Documentation.
+
+THE DATA FILES AND SOFTWARE ARE PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF
+ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE
+WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
+NONINFRINGEMENT OF THIRD PARTY RIGHTS.
+IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR HOLDERS INCLUDED IN THIS
+NOTICE BE LIABLE FOR ANY CLAIM, OR ANY SPECIAL INDIRECT OR CONSEQUENTIAL
+DAMAGES, OR ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE,
+DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER
+TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE OR
+PERFORMANCE OF THE DATA FILES OR SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of a copyright holder
+shall not be used in advertising or otherwise to promote the sale,
+use or other dealings in these Data Files or Software without prior
+written authorization of the copyright holder.
+
+```
diff --git a/jalview_java2/legal/java.datatransfer/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.datatransfer/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.datatransfer/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.datatransfer/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.datatransfer/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.datatransfer/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.desktop/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.desktop/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.desktop/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/colorimaging.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/colorimaging.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..eeb9932
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,7 @@
+## Eastman Kodak Company: Portions of color management and imaging software
+
+### Eastman Kodak Notice
+<pre>
+Portions Copyright Eastman Kodak Company 1991-2003
+</pre>
+
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/freetype.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/freetype.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d943e08
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,537 @@
+## The FreeType Project: Freetype v2.9.1
+
+
+### FreeType Notice
+
+```
+FreeType comes with two licenses from which you can choose the one
+which fits your needs best.
+
+    The FreeType License (FTL) is the most commonly used one. It is
+    a BSD-style license with a credit clause and thus compatible with
+    the GNU Public License (GPL) version 3, but not with the
+    GPL version 2.
+
+    The GNU General Public License (GPL), version 2. Use it for all
+    projects which use the GPLv2 also, or which need a license
+    compatible to the GPLv2.
+
+```
+
+### FreeType License
+```
+                   The FreeType Project LICENSE
+                    ----------------------------
+
+                            2006-Jan-27
+
+                    Copyright 1996-2002, 2006 by
+          David Turner, Robert Wilhelm, and Werner Lemberg
+
+
+
+Introduction
+============
+
+  The FreeType  Project is distributed in  several archive packages;
+  some of them may contain, in addition to the FreeType font engine,
+  various tools and  contributions which rely on, or  relate to, the
+  FreeType Project.
+
+  This  license applies  to all  files found  in such  packages, and
+  which do not  fall under their own explicit  license.  The license
+  affects  thus  the  FreeType   font  engine,  the  test  programs,
+  documentation and makefiles, at the very least.
+
+  This  license   was  inspired  by  the  BSD,   Artistic,  and  IJG
+  (Independent JPEG  Group) licenses, which  all encourage inclusion
+  and  use of  free  software in  commercial  and freeware  products
+  alike.  As a consequence, its main points are that:
+
+    o We don't promise that this software works. However, we will be
+      interested in any kind of bug reports. (`as is' distribution)
+
+    o You can  use this software for whatever you  want, in parts or
+      full form, without having to pay us. (`royalty-free' usage)
+
+    o You may not pretend that  you wrote this software.  If you use
+      it, or  only parts of it,  in a program,  you must acknowledge
+      somewhere  in  your  documentation  that  you  have  used  the
+      FreeType code. (`credits')
+
+  We  specifically  permit  and  encourage  the  inclusion  of  this
+  software, with  or without modifications,  in commercial products.
+  We  disclaim  all warranties  covering  The  FreeType Project  and
+  assume no liability related to The FreeType Project.
+
+
+  Finally,  many  people  asked  us  for  a  preferred  form  for  a
+  credit/disclaimer to use in compliance with this license.  We thus
+  encourage you to use the following text:
+
+   """
+    Portions of this software are copyright Â© <year> The FreeType
+    Project (www.freetype.org).  All rights reserved.
+   """
+
+  Please replace <year> with the value from the FreeType version you
+  actually use.
+
+
+Legal Terms
+===========
+
+0. Definitions
+--------------
+
+  Throughout this license,  the terms `package', `FreeType Project',
+  and  `FreeType  archive' refer  to  the  set  of files  originally
+  distributed  by the  authors  (David Turner,  Robert Wilhelm,  and
+  Werner Lemberg) as the `FreeType Project', be they named as alpha,
+  beta or final release.
+
+  `You' refers to  the licensee, or person using  the project, where
+  `using' is a generic term including compiling the project's source
+  code as  well as linking it  to form a  `program' or `executable'.
+  This  program is  referred to  as  `a program  using the  FreeType
+  engine'.
+
+  This  license applies  to all  files distributed  in  the original
+  FreeType  Project,   including  all  source   code,  binaries  and
+  documentation,  unless  otherwise  stated   in  the  file  in  its
+  original, unmodified form as  distributed in the original archive.
+  If you are  unsure whether or not a particular  file is covered by
+  this license, you must contact us to verify this.
+
+  The FreeType  Project is copyright (C) 1996-2000  by David Turner,
+  Robert Wilhelm, and Werner Lemberg.  All rights reserved except as
+  specified below.
+
+1. No Warranty
+--------------
+
+  THE FREETYPE PROJECT  IS PROVIDED `AS IS' WITHOUT  WARRANTY OF ANY
+  KIND, EITHER  EXPRESS OR IMPLIED,  INCLUDING, BUT NOT  LIMITED TO,
+  WARRANTIES  OF  MERCHANTABILITY   AND  FITNESS  FOR  A  PARTICULAR
+  PURPOSE.  IN NO EVENT WILL ANY OF THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
+  BE LIABLE  FOR ANY DAMAGES CAUSED  BY THE USE OR  THE INABILITY TO
+  USE, OF THE FREETYPE PROJECT.
+
+2. Redistribution
+-----------------
+
+  This  license  grants  a  worldwide, royalty-free,  perpetual  and
+  irrevocable right  and license to use,  execute, perform, compile,
+  display,  copy,   create  derivative  works   of,  distribute  and
+  sublicense the  FreeType Project (in  both source and  object code
+  forms)  and  derivative works  thereof  for  any  purpose; and  to
+  authorize others  to exercise  some or all  of the  rights granted
+  herein, subject to the following conditions:
+
+    o Redistribution of  source code  must retain this  license file
+      (`FTL.TXT') unaltered; any  additions, deletions or changes to
+      the original  files must be clearly  indicated in accompanying
+      documentation.   The  copyright   notices  of  the  unaltered,
+      original  files must  be  preserved in  all  copies of  source
+      files.
+
+    o Redistribution in binary form must provide a  disclaimer  that
+      states  that  the software is based in part of the work of the
+      FreeType Team,  in  the  distribution  documentation.  We also
+      encourage you to put an URL to the FreeType web page  in  your
+      documentation, though this isn't mandatory.
+
+  These conditions  apply to any  software derived from or  based on
+  the FreeType Project,  not just the unmodified files.   If you use
+  our work, you  must acknowledge us.  However, no  fee need be paid
+  to us.
+
+3. Advertising
+--------------
+
+  Neither the  FreeType authors and  contributors nor you  shall use
+  the name of the  other for commercial, advertising, or promotional
+  purposes without specific prior written permission.
+
+  We suggest,  but do not require, that  you use one or  more of the
+  following phrases to refer  to this software in your documentation
+  or advertising  materials: `FreeType Project',  `FreeType Engine',
+  `FreeType library', or `FreeType Distribution'.
+
+  As  you have  not signed  this license,  you are  not  required to
+  accept  it.   However,  as  the FreeType  Project  is  copyrighted
+  material, only  this license, or  another one contracted  with the
+  authors, grants you  the right to use, distribute,  and modify it.
+  Therefore,  by  using,  distributing,  or modifying  the  FreeType
+  Project, you indicate that you understand and accept all the terms
+  of this license.
+
+4. Contacts
+-----------
+
+  There are two mailing lists related to FreeType:
+
+    o freetype@nongnu.org
+
+      Discusses general use and applications of FreeType, as well as
+      future and  wanted additions to the  library and distribution.
+      If  you are looking  for support,  start in  this list  if you
+      haven't found anything to help you in the documentation.
+
+    o freetype-devel@nongnu.org
+
+      Discusses bugs,  as well  as engine internals,  design issues,
+      specific licenses, porting, etc.
+
+  Our home page can be found at
+
+    http://www.freetype.org
+
+```
+
+### GPL v2
+
+```
+                   GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+                      Version 2, June 1991
+
+ Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.
+     51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+                           Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+License is intended to guarantee your freedom to share and change free
+software--to make sure the software is free for all its users.  This
+General Public License applies to most of the Free Software
+Foundation's software and to any other program whose authors commit to
+using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
+the GNU Library General Public License instead.)  You can apply it to
+your programs, too.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
+price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
+have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
+this service if you wish), that you receive source code or can get it
+if you want it, that you can change the software or use pieces of it
+in new free programs; and that you know you can do these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
+These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
+distribute copies of the software, or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of such a program, whether
+gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
+you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
+source code.  And you must show them these terms so they know their
+rights.
+
+  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
+(2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
+distribute and/or modify the software.
+
+  Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
+that everyone understands that there is no warranty for this free
+software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
+want its recipients to know that what they have is not the original, so
+that any problems introduced by others will not reflect on the original
+authors' reputations.
+
+  Finally, any free program is threatened constantly by software
+patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
+program will individually obtain patent licenses, in effect making the
+program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
+patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.
+\f
+                   GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License applies to any program or other work which contains
+a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
+under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
+refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
+means either the Program or any derivative work under copyright law:
+that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
+either verbatim or with modifications and/or translated into another
+language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
+the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
+
+Activities other than copying, distribution and modification are not
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+running the Program is not restricted, and the output from the Program
+is covered only if its contents constitute a work based on the
+Program (independent of having been made by running the Program).
+Whether that is true depends on what the Program does.
+
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
+source code as you receive it, in any medium, provided that you
+conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
+copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
+notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
+and give any other recipients of the Program a copy of this License
+along with the Program.
+
+You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
+you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
+
+  2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
+of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+above, provided that you also meet all of these conditions:
+
+    a) You must cause the modified files to carry prominent notices
+    stating that you changed the files and the date of any change.
+
+    b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
+    whole or in part contains or is derived from the Program or any
+    part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
+    parties under the terms of this License.
+
+    c) If the modified program normally reads commands interactively
+    when run, you must cause it, when started running for such
+    interactive use in the most ordinary way, to print or display an
+    announcement including an appropriate copyright notice and a
+    notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
+    a warranty) and that users may redistribute the program under
+    these conditions, and telling the user how to view a copy of this
+    License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
+    does not normally print such an announcement, your work based on
+    the Program is not required to print an announcement.)
+\f
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If
+identifiable sections of that work are not derived from the Program,
+and can be reasonably considered independent and separate works in
+themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
+sections when you distribute them as separate works.  But when you
+distribute the same sections as part of a whole which is a work based
+on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
+this License, whose permissions for other licensees extend to the
+entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
+
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
+your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
+exercise the right to control the distribution of derivative or
+collective works based on the Program.
+
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
+with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
+a storage or distribution medium does not bring the other work under
+the scope of this License.
+
+  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
+under Section 2) in object code or executable form under the terms of
+Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
+
+    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
+    source code, which must be distributed under the terms of Sections
+    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
+
+    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
+    years, to give any third party, for a charge no more than your
+    cost of physically performing source distribution, a complete
+    machine-readable copy of the corresponding source code, to be
+    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
+    customarily used for software interchange; or,
+
+    c) Accompany it with the information you received as to the offer
+    to distribute corresponding source code.  (This alternative is
+    allowed only for noncommercial distribution and only if you
+    received the program in object code or executable form with such
+    an offer, in accord with Subsection b above.)
+
+The source code for a work means the preferred form of the work for
+making modifications to it.  For an executable work, complete source
+code means all the source code for all modules it contains, plus any
+associated interface definition files, plus the scripts used to
+control compilation and installation of the executable.  However, as a
+special exception, the source code distributed need not include
+anything that is normally distributed (in either source or binary
+form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
+operating system on which the executable runs, unless that component
+itself accompanies the executable.
+
+If distribution of executable or object code is made by offering
+access to copy from a designated place, then offering equivalent
+access to copy the source code from the same place counts as
+distribution of the source code, even though third parties are not
+compelled to copy the source along with the object code.
+\f
+  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
+except as expressly provided under this License.  Any attempt
+otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
+void, and will automatically terminate your rights under this License.
+However, parties who have received copies, or rights, from you under
+this License will not have their licenses terminated so long as such
+parties remain in full compliance.
+
+  5. You are not required to accept this License, since you have not
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+distribute the Program or its derivative works.  These actions are
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+modifying or distributing the Program (or any work based on the
+Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Program or works based on it.
+
+  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
+Program), the recipient automatically receives a license from the
+original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
+these terms and conditions.  You may not impose any further
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
+this License.
+
+  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
+license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Program.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
+any particular circumstance, the balance of the section is intended to
+apply and the section as a whole is intended to apply in other
+circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+patents or other property right claims or to contest validity of any
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+integrity of the free software distribution system, which is
+implemented by public license practices.  Many people have made
+generous contributions to the wide range of software distributed
+through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+to distribute software through any other system and a licensee cannot
+impose that choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+be a consequence of the rest of this License.
+\f
+  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+original copyright holder who places the Program under this License
+may add an explicit geographical distribution limitation excluding
+those countries, so that distribution is permitted only in or among
+countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
+the limitation as if written in the body of this License.
+
+  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
+of the General Public License from time to time.  Such new versions will
+be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
+address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
+specifies a version number of this License which applies to it and "any
+later version", you have the option of following the terms and conditions
+either of that version or of any later version published by the Free
+Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
+this License, you may choose any version ever published by the Free Software
+Foundation.
+
+  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
+programs whose distribution conditions are different, write to the author
+to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
+Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
+make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
+of preserving the free status of all derivatives of our free software and
+of promoting the sharing and reuse of software generally.
+
+                           NO WARRANTY
+
+  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
+FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
+OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
+PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
+OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
+TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
+PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
+REPAIR OR CORRECTION.
+
+  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
+WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
+REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
+INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
+OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
+TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
+YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
+PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
+POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
+
+                    END OF TERMS AND CONDITIONS
+\f
+           How to Apply These Terms to Your New Programs
+
+  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
+free software which everyone can redistribute and change under these terms.
+
+  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
+to attach them to the start of each source file to most effectively
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
+the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
+
+    <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
+    Copyright (C) <year>  <name of author>
+
+    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    This program is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with this program; if not, write to the Free Software
+    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
+
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+If the program is interactive, make it output a short notice like this
+when it starts in an interactive mode:
+
+    Gnomovision version 69, Copyright (C) year  name of author
+    Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
+    This is free software, and you are welcome to redistribute it
+    under certain conditions; type `show c' for details.
+
+The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
+parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
+be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
+mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
+necessary.  Here is a sample; alter the names:
+
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
+  `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
+
+  <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
+  Ty Coon, President of Vice
+
+This General Public License does not permit incorporating your program into
+proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
+consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
+library.  If this is what you want to do, use the GNU Library General
+Public License instead of this License.
+
+```
+
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/giflib.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/giflib.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a2c1e7e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,26 @@
+## GIFLIB v5.1.4
+
+### GIFLIB License
+<pre>
+
+The GIFLIB distribution is Copyright (c) 1997 Eric S. Raymond
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
+THE SOFTWARE.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/harfbuzz.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/harfbuzz.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b8625f2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,64 @@
+## Harfbuzz v1.8.2
+
+### Harfbuzz License
+
+http://cgit.freedesktop.org/harfbuzz/tree/COPYING
+
+<pre>
+
+HarfBuzz is licensed under the so-called "Old MIT" license. Details follow.
+For parts of HarfBuzz that are licensed under different licenses see individual
+files names COPYING in subdirectories where applicable.
+
+Copyright Â© 2010,2011,2012  Google, Inc.
+Copyright Â© 2012  Mozilla Foundation
+Copyright Â© 2011  Codethink Limited
+Copyright Â© 2008,2010  Nokia Corporation and/or its subsidiary(-ies)
+Copyright Â© 2009  Keith Stribley
+Copyright Â© 2009  Martin Hosken and SIL International
+Copyright Â© 2007  Chris Wilson
+Copyright Â© 2006  Behdad Esfahbod
+Copyright Â© 2005  David Turner
+Copyright Â© 2004,2007,2008,2009,2010  Red Hat, Inc.
+Copyright Â© 1998-2004  David Turner and Werner Lemberg
+
+For full copyright notices consult the individual files in the package.
+
+
+Permission is hereby granted, without written agreement and without
+license or royalty fees, to use, copy, modify, and distribute this
+software and its documentation for any purpose, provided that the
+above copyright notice and the following two paragraphs appear in
+all copies of this software.
+
+IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER BE LIABLE TO ANY PARTY FOR
+DIRECT, INDIRECT, SPECIAL, INCIDENTAL, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
+ARISING OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE AND ITS DOCUMENTATION, EVEN
+IF THE COPYRIGHT HOLDER HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
+DAMAGE.
+
+THE COPYRIGHT HOLDER SPECIFICALLY DISCLAIMS ANY WARRANTIES, INCLUDING,
+BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE SOFTWARE PROVIDED HEREUNDER IS
+ON AN "AS IS" BASIS, AND THE COPYRIGHT HOLDER HAS NO OBLIGATION TO
+PROVIDE MAINTENANCE, SUPPORT, UPDATES, ENHANCEMENTS, OR MODIFICATIONS.
+
+All source code, except for one section, is licensed as above. The one
+exception is licensed with a slightly different MIT variant:
+The contents of this directory are licensed under the following terms:
+
+Copyright (C) 2012 Grigori Goronzy <greg@kinoho.net>
+
+Permission to use, copy, modify, and/or distribute this software for any
+purpose with or without fee is hereby granted, provided that the above
+copyright notice and this permission notice appear in all copies.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS" AND THE AUTHOR DISCLAIMS ALL WARRANTIES
+WITH REGARD TO THIS SOFTWARE INCLUDING ALL IMPLIED WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY AND FITNESS. IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR
+ANY SPECIAL, DIRECT, INDIRECT, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR ANY DAMAGES
+WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE, DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN
+ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER TORTIOUS ACTION, ARISING OUT OF
+OR IN CONNECTION WITH THE USE OR PERFORMANCE OF THIS SOFTWARE.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/jpeg.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/jpeg.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..da64b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,83 @@
+## Independent JPEG Group: JPEG release 6b
+
+### JPEG License
+<pre>
+
+Must reproduce following license in documentation and/or other materials
+provided with distribution:
+
+The authors make NO WARRANTY or representation, either express or implied,
+with respect to this software, its quality, accuracy, merchantability, or
+fitness for a particular purpose.  This software is provided "AS IS",
+and you, its user, assume the entire risk as to its quality and accuracy.
+
+This software is copyright (C) 1991-1998, Thomas G. Lane.
+All Rights Reserved except as specified below.
+
+Permission is hereby granted to use, copy, modify, and distribute
+this software (or portions thereof) for any purpose, without fee,
+subject to these conditions:
+
+(1) If any part of the source code for this software is distributed,
+then this README file must be included, with this copyright and no-warranty
+notice unaltered; and any additions, deletions, or changes to the original
+files must be clearly indicated in accompanying documentation.
+
+(2) If only executable code is distributed, then the accompanying documentation
+must state that "this software is based in part on the work of the
+Independent JPEG Group".
+
+(3) Permission for use of this software is granted only if the user accepts
+full responsibility for any undesirable consequences; the authors accept
+NO LIABILITY for damages of any kind.
+
+These conditions apply to any software derived from or based on the IJG code,
+not just to the unmodified library.  If you use our work, you ought to
+acknowledge us.
+
+Permission is NOT granted for the use of any IJG author's name or company name
+in advertising or publicity relating to this software or products derived
+from it.  This software may be referred to only as "the Independent JPEG
+Group's software".
+
+We specifically permit and encourage the use of this software as the basis
+of commercial products, provided that all warranty or liability claims are
+assumed by the product vendor.
+
+
+ansi2knr.c is included in this distribution by permission of L. Peter Deutsch,
+sole proprietor of its copyright holder, Aladdin Enterprises of Menlo Park, CA.
+ansi2knr.c is NOT covered by the above copyright and conditions, but instead
+by the usual distribution terms of the Free Software Foundation; principally,
+that you must include source code if you redistribute it.
+(See the file ansi2knr.c for full details.)  However, since ansi2knr.c is
+not needed as part of any program generated from the IJG code, this does not
+limit you more than the foregoing paragraphs do.
+
+The Unix configuration script "configure" was produced with GNU Autoconf.
+It is copyright by the Free Software Foundation but is freely distributable.
+The same holds for its supporting scripts (config.guess, config.sub,
+ltconfig, ltmain.sh).  Another support script, install-sh, is copyright
+by M.I.T. but is also freely distributable.
+
+It appears that the arithmetic coding option of the JPEG spec is covered
+by patents owned by IBM, AT&T, and Mitsubishi.  Hence arithmetic coding
+cannot legally be used without obtaining one or more licenses.  For this
+reason, support for arithmetic coding has been removed from the free
+JPEG software. (Since arithmetic coding provides only a marginal gain
+over the unpatented Huffman mode, it is unlikely that very many
+implementations will support it.) So far as we are aware, there are
+no patent restrictions on the remaining code.
+
+The IJG distribution formerly included code to read and write GIF files.
+To avoid entanglement with the Unisys LZW patent, GIF reading support
+has been removed altogether, and the GIF writer has been simplified to
+produce "uncompressed GIFs".  This technique does not use the LZW algorithm;
+the resulting GIF files are larger than usual, but are readable by all
+standard GIF decoders.
+
+We are required to state that "The Graphics Interchange Format(c) is
+the Copyright property of CompuServe Incorporated.  GIF(sm) is a
+Service Mark property of CompuServe Incorporated."
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/lcms.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/lcms.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a8a0632
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,27 @@
+## Little Color Management System (LCMS) v2.9
+
+### LCMS License
+<pre>
+
+Little Color Management System
+Copyright (c) 1998-2011 Marti Maria Saguer
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
+a copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
+to deal in the Software without restriction, including without limitation
+the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
+and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the Software
+is furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO
+THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
+NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE
+LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION
+OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION
+WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/libpng.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/libpng.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..746946c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,112 @@
+## libpng v1.6.35
+
+### libpng License
+<pre>
+
+This copy of the libpng notices is provided for your convenience.  In case of
+any discrepancy between this copy and the notices in the file png.h that is
+included in the libpng distribution, the latter shall prevail.
+
+COPYRIGHT NOTICE, DISCLAIMER, and LICENSE:
+
+If you modify libpng you may insert additional notices immediately following
+this sentence.
+
+This code is released under the libpng license.
+
+libpng versions 1.0.7, July 1, 2000 through 1.6.35, September 29, 2017 are
+Copyright (c) 2000-2002, 2004, 2006-2018 Glenn Randers-Pehrson, are
+derived from libpng-1.0.6, and are distributed according to the same
+disclaimer and license as libpng-1.0.6 with the following individuals
+added to the list of Contributing Authors:
+
+   Simon-Pierre Cadieux
+   Eric S. Raymond
+   Mans Rullgard
+   Cosmin Truta
+   Gilles Vollant
+   James Yu
+   Mandar Sahastrabuddhe
+   Google Inc.
+   Vadim Barkov
+
+and with the following additions to the disclaimer:
+
+   There is no warranty against interference with your enjoyment of the
+   library or against infringement.  There is no warranty that our
+   efforts or the library will fulfill any of your particular purposes
+   or needs.  This library is provided with all faults, and the entire
+   risk of satisfactory quality, performance, accuracy, and effort is with
+   the user.
+
+Some files in the "contrib" directory and some configure-generated
+files that are distributed with libpng have other copyright owners and
+are released under other open source licenses.
+
+libpng versions 0.97, January 1998, through 1.0.6, March 20, 2000, are
+Copyright (c) 1998-2000 Glenn Randers-Pehrson, are derived from
+libpng-0.96, and are distributed according to the same disclaimer and
+license as libpng-0.96, with the following individuals added to the list
+of Contributing Authors:
+
+   Tom Lane
+   Glenn Randers-Pehrson
+   Willem van Schaik
+
+libpng versions 0.89, June 1996, through 0.96, May 1997, are
+Copyright (c) 1996-1997 Andreas Dilger, are derived from libpng-0.88,
+and are distributed according to the same disclaimer and license as
+libpng-0.88, with the following individuals added to the list of
+Contributing Authors:
+
+   John Bowler
+   Kevin Bracey
+   Sam Bushell
+   Magnus Holmgren
+   Greg Roelofs
+   Tom Tanner
+
+Some files in the "scripts" directory have other copyright owners
+but are released under this license.
+
+libpng versions 0.5, May 1995, through 0.88, January 1996, are
+Copyright (c) 1995-1996 Guy Eric Schalnat, Group 42, Inc.
+
+For the purposes of this copyright and license, "Contributing Authors"
+is defined as the following set of individuals:
+
+   Andreas Dilger
+   Dave Martindale
+   Guy Eric Schalnat
+   Paul Schmidt
+   Tim Wegner
+
+The PNG Reference Library is supplied "AS IS".  The Contributing Authors
+and Group 42, Inc. disclaim all warranties, expressed or implied,
+including, without limitation, the warranties of merchantability and of
+fitness for any purpose.  The Contributing Authors and Group 42, Inc.
+assume no liability for direct, indirect, incidental, special, exemplary,
+or consequential damages, which may result from the use of the PNG
+Reference Library, even if advised of the possibility of such damage.
+
+Permission is hereby granted to use, copy, modify, and distribute this
+source code, or portions hereof, for any purpose, without fee, subject
+to the following restrictions:
+
+  1. The origin of this source code must not be misrepresented.
+
+  2. Altered versions must be plainly marked as such and must not
+     be misrepresented as being the original source.
+
+  3. This Copyright notice may not be removed or altered from any
+     source or altered source distribution.
+
+The Contributing Authors and Group 42, Inc. specifically permit, without
+fee, and encourage the use of this source code as a component to
+supporting the PNG file format in commercial products.  If you use this
+source code in a product, acknowledgment is not required but would be
+appreciated.
+
+END OF COPYRIGHT NOTICE, DISCLAIMER, and LICENSE.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/mesa3d.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/mesa3d.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3d2168e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,28 @@
+## Mesa 3-D Graphics Library v4.1
+
+### Mesa License
+<pre>
+
+Mesa 3-D graphics library
+Version:  4.1
+
+Copyright (C) 1999-2002  Brian Paul   All Rights Reserved.
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
+copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
+to deal in the Software without restriction, including without limitation
+the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
+and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
+Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included
+in all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS
+OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
+BRIAN PAUL BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN
+AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
+CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/opengl.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/opengl.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..41c811b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,27 @@
+## Khronos Group OpenGL Headers v2.1
+
+### Khronos Group License
+<pre>
+
+Copyright (c) 2007 The Khronos Group Inc.
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
+copy of this software and/or associated documentation files (the
+"Materials"), to deal in the Materials without restriction, including
+without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
+distribute, sublicense, and/or sell copies of the Materials, and to
+permit persons to whom the Materials are furnished to do so, subject to
+the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included
+in all copies or substantial portions of the Materials.
+
+THE MATERIALS ARE PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.
+IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY
+CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT,
+TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE
+MATERIALS OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE MATERIALS.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.desktop/xwindows.md b/jalview_java2/legal/java.desktop/xwindows.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..42b2841
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,232 @@
+## X Windows System v6.8.2
+
+### X Windows System License
+<pre>
+
+This is the copyright for the files in src/java.desktop/unix/native/libawt_xawt:
+list.h, multiVis.h, wsutils.h, list.c, multiVis.c
+
+Copyright (c) 1994 Hewlett-Packard Co.
+Copyright (c) 1996 X Consortium
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
+a copy of this software and associated documentation files (the
+"Software"), to deal in the Software without restriction, including
+without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
+distribute, sublicense, and sell copies of the Software, and to
+permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
+the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included
+in all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS
+OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.
+IN NO EVENT SHALL THE X CONSORTIUM BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
+OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
+ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
+OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of the X Consortium shall
+not be used in advertising or otherwise to promote the sale, use or
+other dealings in this Software without prior written authorization
+from the X Consortium.
+
+___________________________
+
+
+The files in motif/lib/Xm/util included this copyright:
+mkdirhier.man,xmkmf.man, chownxterm.c, makeg.man, mergelib.cpp,
+ lndir.man, makestrs.man, checktree.c, lndir.c, makestrs.c
+
+Copyright (c) 1993, 1994 X Consortium
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
+copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
+to deal in the Software without restriction, including without limitation
+the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
+and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
+Software furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
+THE X CONSORTIUM BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY,
+WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF
+OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of the X Consortium shall not
+be used in advertising or otherwise to promote the sale, use or other
+dealing in this Software without prior written authorization from the
+X Consortium.
+
+_____________________________
+
+Xmos_r.h:
+/*
+Copyright (c) 1996 X Consortium
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+X CONSORTIUM BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN
+AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
+CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of the X Consortium shall not be
+used in advertising or otherwise to promote the sale, use or other dealings
+in this Software without prior written authorization from the X Consortium.
+*/
+
+_____________________________
+
+Copyright notice for extutil.h:
+Copyright 1989, 1998 The Open Group
+
+All Rights Reserved.
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in
+all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+OPEN GROUP BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN
+AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
+CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of The Open Group shall not be
+used in advertising or otherwise to promote the sale, use or other dealings
+in this Software without prior written authorization from The Open Group.
+*
+* Author: Jim Fulton, MIT The Open Group
+*
+* Xlib Extension-Writing Utilities
+*
+* This package contains utilities for writing the client API for various
+* protocol extensions. THESE INTERFACES ARE NOT PART OF THE X STANDARD AND
+* ARE SUBJECT TO CHANGE!
+*/
+
+_____________________________
+
+Copyright notice for HPkeysym.h:
+/*
+
+Copyright 1987, 1998 The Open Group
+
+All Rights Reserved.
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included
+in all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS
+OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.
+IN NO EVENT SHALL THE OPEN GROUP BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
+OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
+ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
+OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of The Open Group shall
+not be used in advertising or otherwise to promote the sale, use or
+other dealings in this Software without prior written authorization
+from The Open Group.
+
+Copyright 1987 by Digital Equipment Corporation, Maynard, Massachusetts,
+
+All Rights Reserved
+
+Permission to use, copy, modify, and distribute this software and its
+documentation for any purpose and without fee is hereby granted,
+provided that the above copyright notice appear in all copies and that
+both that copyright notice and this permission notice appear in
+supporting documentation, and that the names of Hewlett Packard
+or Digital not be
+used in advertising or publicity pertaining to distribution of the
+software without specific, written prior permission.
+
+DIGITAL DISCLAIMS ALL WARRANTIES WITH REGARD TO THIS SOFTWARE, INCLUDING
+ALL IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS, IN NO EVENT SHALL
+DIGITAL BE LIABLE FOR ANY SPECIAL, INDIRECT OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR
+ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE, DATA OR PROFITS,
+WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER TORTIOUS ACTION,
+ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE OR PERFORMANCE OF THIS
+SOFTWARE.
+
+HEWLETT-PACKARD MAKES NO WARRANTY OF ANY KIND WITH REGARD
+TO THIS SOFWARE, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
+WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
+PURPOSE. Hewlett-Packard shall not be liable for errors
+contained herein or direct, indirect, special, incidental or
+consequential damages in connection with the furnishing,
+performance, or use of this material.
+
+*/
+_____________________________________
+
+Copyright notice in keysym2ucs.h:
+
+Copyright 1987, 1994, 1998 The Open Group
+
+Permission to use, copy, modify, distribute, and sell this software and its
+documentation for any purpose is hereby granted without fee, provided that
+the above copyright notice appear in all copies and that both that
+copyright notice and this permission notice appear in supporting
+documentation.
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included
+in all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS
+OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.
+IN NO EVENT SHALL THE OPEN GROUP BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
+OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
+ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
+OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+Except as contained in this notice, the name of The Open Group shall
+not be used in advertising or otherwise to promote the sale, use or
+other dealings in this Software without prior written authorization
+from The Open Group.
+
+
+Copyright 1987 by Digital Equipment Corporation, Maynard, Massachusetts
+
+All Rights Reserved
+
+Permission to use, copy, modify, and distribute this software and its
+documentation for any purpose and without fee is hereby granted,
+provided that the above copyright notice appear in all copies and that
+both that copyright notice and this permission notice appear in
+supporting documentation, and that the name of Digital not be
+used in advertising or publicity pertaining to distribution of the
+software without specific, written prior permission.
+
+DIGITAL DISCLAIMS ALL WARRANTIES WITH REGARD TO THIS SOFTWARE, INCLUDING
+ALL IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS, IN NO EVENT SHALL
+DIGITAL BE LIABLE FOR ANY SPECIAL, INDIRECT OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR
+ANY DAMAGES WHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE, DATA OR PROFITS,
+WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER TORTIOUS ACTION,
+ARISING OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE USE OR PERFORMANCE OF THIS
+SOFTWARE.
+
+******************************************************************/
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.logging/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.logging/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.logging/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.logging/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.logging/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.logging/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.management/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.management/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.management/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.management/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.management/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.management/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.prefs/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.prefs/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.prefs/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.prefs/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.prefs/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.prefs/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.rmi/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.rmi/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.rmi/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.rmi/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.rmi/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.rmi/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/santuario.md b/jalview_java2/legal/java.xml.crypto/santuario.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..03dfdd5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,225 @@
+## Apache Santuario v2.1.1
+
+### Apache Santuario Notice
+<pre>
+
+  Apache Santuario - XML Security for Java
+  Copyright 1999-2018 The Apache Software Foundation
+
+  This product includes software developed at
+  The Apache Software Foundation (http://www.apache.org/).
+
+  It was originally based on software copyright (c) 2001, Institute for
+  Data Communications Systems, <http://www.nue.et-inf.uni-siegen.de/>.
+
+  The development of this software was partly funded by the European
+  Commission in the <WebSig> project in the ISIS Programme.
+
+</pre>
+
+### Apache 2.0 License
+<pre>
+
+                              Apache License
+                        Version 2.0, January 2004
+                     http://www.apache.org/licenses/
+
+TERMS AND CONDITIONS FOR USE, REPRODUCTION, AND DISTRIBUTION
+
+1. Definitions.
+
+   "License" shall mean the terms and conditions for use, reproduction,
+   and distribution as defined by Sections 1 through 9 of this document.
+
+   "Licensor" shall mean the copyright owner or entity authorized by
+   the copyright owner that is granting the License.
+
+   "Legal Entity" shall mean the union of the acting entity and all
+   other entities that control, are controlled by, or are under common
+   control with that entity. For the purposes of this definition,
+   "control" means (i) the power, direct or indirect, to cause the
+   direction or management of such entity, whether by contract or
+   otherwise, or (ii) ownership of fifty percent (50%) or more of the
+   outstanding shares, or (iii) beneficial ownership of such entity.
+
+   "You" (or "Your") shall mean an individual or Legal Entity
+   exercising permissions granted by this License.
+
+   "Source" form shall mean the preferred form for making modifications,
+   including but not limited to software source code, documentation
+   source, and configuration files.
+
+   "Object" form shall mean any form resulting from mechanical
+   transformation or translation of a Source form, including but
+   not limited to compiled object code, generated documentation,
+   and conversions to other media types.
+
+   "Work" shall mean the work of authorship, whether in Source or
+   Object form, made available under the License, as indicated by a
+   copyright notice that is included in or attached to the work
+   (an example is provided in the Appendix below).
+
+   "Derivative Works" shall mean any work, whether in Source or Object
+   form, that is based on (or derived from) the Work and for which the
+   editorial revisions, annotations, elaborations, or other modifications
+   represent, as a whole, an original work of authorship. For the purposes
+   of this License, Derivative Works shall not include works that remain
+   separable from, or merely link (or bind by name) to the interfaces of,
+   the Work and Derivative Works thereof.
+
+   "Contribution" shall mean any work of authorship, including
+   the original version of the Work and any modifications or additions
+   to that Work or Derivative Works thereof, that is intentionally
+   submitted to Licensor for inclusion in the Work by the copyright owner
+   or by an individual or Legal Entity authorized to submit on behalf of
+   the copyright owner. For the purposes of this definition, "submitted"
+   means any form of electronic, verbal, or written communication sent
+   to the Licensor or its representatives, including but not limited to
+   communication on electronic mailing lists, source code control systems,
+   and issue tracking systems that are managed by, or on behalf of, the
+   Licensor for the purpose of discussing and improving the Work, but
+   excluding communication that is conspicuously marked or otherwise
+   designated in writing by the copyright owner as "Not a Contribution."
+
+   "Contributor" shall mean Licensor and any individual or Legal Entity
+   on behalf of whom a Contribution has been received by Licensor and
+   subsequently incorporated within the Work.
+
+2. Grant of Copyright License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   copyright license to reproduce, prepare Derivative Works of,
+   publicly display, publicly perform, sublicense, and distribute the
+   Work and such Derivative Works in Source or Object form.
+
+3. Grant of Patent License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   (except as stated in this section) patent license to make, have made,
+   use, offer to sell, sell, import, and otherwise transfer the Work,
+   where such license applies only to those patent claims licensable
+   by such Contributor that are necessarily infringed by their
+   Contribution(s) alone or by combination of their Contribution(s)
+   with the Work to which such Contribution(s) was submitted. If You
+   institute patent litigation against any entity (including a
+   cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that the Work
+   or a Contribution incorporated within the Work constitutes direct
+   or contributory patent infringement, then any patent licenses
+   granted to You under this License for that Work shall terminate
+   as of the date such litigation is filed.
+
+4. Redistribution. You may reproduce and distribute copies of the
+   Work or Derivative Works thereof in any medium, with or without
+   modifications, and in Source or Object form, provided that You
+   meet the following conditions:
+
+   (a) You must give any other recipients of the Work or
+       Derivative Works a copy of this License; and
+
+   (b) You must cause any modified files to carry prominent notices
+       stating that You changed the files; and
+
+   (c) You must retain, in the Source form of any Derivative Works
+       that You distribute, all copyright, patent, trademark, and
+       attribution notices from the Source form of the Work,
+       excluding those notices that do not pertain to any part of
+       the Derivative Works; and
+
+   (d) If the Work includes a "NOTICE" text file as part of its
+       distribution, then any Derivative Works that You distribute must
+       include a readable copy of the attribution notices contained
+       within such NOTICE file, excluding those notices that do not
+       pertain to any part of the Derivative Works, in at least one
+       of the following places: within a NOTICE text file distributed
+       as part of the Derivative Works; within the Source form or
+       documentation, if provided along with the Derivative Works; or,
+       within a display generated by the Derivative Works, if and
+       wherever such third-party notices normally appear. The contents
+       of the NOTICE file are for informational purposes only and
+       do not modify the License. You may add Your own attribution
+       notices within Derivative Works that You distribute, alongside
+       or as an addendum to the NOTICE text from the Work, provided
+       that such additional attribution notices cannot be construed
+       as modifying the License.
+
+   You may add Your own copyright statement to Your modifications and
+   may provide additional or different license terms and conditions
+   for use, reproduction, or distribution of Your modifications, or
+   for any such Derivative Works as a whole, provided Your use,
+   reproduction, and distribution of the Work otherwise complies with
+   the conditions stated in this License.
+
+5. Submission of Contributions. Unless You explicitly state otherwise,
+   any Contribution intentionally submitted for inclusion in the Work
+   by You to the Licensor shall be under the terms and conditions of
+   this License, without any additional terms or conditions.
+   Notwithstanding the above, nothing herein shall supersede or modify
+   the terms of any separate license agreement you may have executed
+   with Licensor regarding such Contributions.
+
+6. Trademarks. This License does not grant permission to use the trade
+   names, trademarks, service marks, or product names of the Licensor,
+   except as required for reasonable and customary use in describing the
+   origin of the Work and reproducing the content of the NOTICE file.
+
+7. Disclaimer of Warranty. Unless required by applicable law or
+   agreed to in writing, Licensor provides the Work (and each
+   Contributor provides its Contributions) on an "AS IS" BASIS,
+   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or
+   implied, including, without limitation, any warranties or conditions
+   of TITLE, NON-INFRINGEMENT, MERCHANTABILITY, or FITNESS FOR A
+   PARTICULAR PURPOSE. You are solely responsible for determining the
+   appropriateness of using or redistributing the Work and assume any
+   risks associated with Your exercise of permissions under this License.
+
+8. Limitation of Liability. In no event and under no legal theory,
+   whether in tort (including negligence), contract, or otherwise,
+   unless required by applicable law (such as deliberate and grossly
+   negligent acts) or agreed to in writing, shall any Contributor be
+   liable to You for damages, including any direct, indirect, special,
+   incidental, or consequential damages of any character arising as a
+   result of this License or out of the use or inability to use the
+   Work (including but not limited to damages for loss of goodwill,
+   work stoppage, computer failure or malfunction, or any and all
+   other commercial damages or losses), even if such Contributor
+   has been advised of the possibility of such damages.
+
+9. Accepting Warranty or Additional Liability. While redistributing
+   the Work or Derivative Works thereof, You may choose to offer,
+   and charge a fee for, acceptance of support, warranty, indemnity,
+   or other liability obligations and/or rights consistent with this
+   License. However, in accepting such obligations, You may act only
+   on Your own behalf and on Your sole responsibility, not on behalf
+   of any other Contributor, and only if You agree to indemnify,
+   defend, and hold each Contributor harmless for any liability
+   incurred by, or claims asserted against, such Contributor by reason
+   of your accepting any such warranty or additional liability.
+
+END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+APPENDIX: How to apply the Apache License to your work.
+
+   To apply the Apache License to your work, attach the following
+   boilerplate notice, with the fields enclosed by brackets "[]"
+   replaced with your own identifying information. (Don't include
+   the brackets!)  The text should be enclosed in the appropriate
+   comment syntax for the file format. We also recommend that a
+   file or class name and description of purpose be included on the
+   same "printed page" as the copyright notice for easier
+   identification within third-party archives.
+
+Copyright [yyyy] [name of copyright owner]
+
+Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
+you may not use this file except in compliance with the License.
+You may obtain a copy of the License at
+
+    http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+
+Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
+WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
+See the License for the specific language governing permissions and
+limitations under the License.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/java.xml/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/java.xml/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/LICENSE b/jalview_java2/legal/java.xml/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/bcel.md b/jalview_java2/legal/java.xml/bcel.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..bb434b0
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,222 @@
+## Apache Commons Byte Code Engineering Library (BCEL) Version 6.0 
+
+### Apache Commons BCEL Notice
+<pre>
+
+    =========================================================================
+    ==  NOTICE file corresponding to the section 4 d of                    ==
+    ==  the Apache License, Version 2.0,                                   ==
+    ==  in this case for the Apache Commons BCEL distribution.             ==
+    =========================================================================
+
+   This product includes software developed by
+   The Apache Software Foundation (http://www.apache.org/).
+
+</pre>
+
+### Apache 2.0 License
+<pre>
+
+                              Apache License
+                        Version 2.0, January 2004
+                     http://www.apache.org/licenses/
+
+TERMS AND CONDITIONS FOR USE, REPRODUCTION, AND DISTRIBUTION
+
+1. Definitions.
+
+   "License" shall mean the terms and conditions for use, reproduction,
+   and distribution as defined by Sections 1 through 9 of this document.
+
+   "Licensor" shall mean the copyright owner or entity authorized by
+   the copyright owner that is granting the License.
+
+   "Legal Entity" shall mean the union of the acting entity and all
+   other entities that control, are controlled by, or are under common
+   control with that entity. For the purposes of this definition,
+   "control" means (i) the power, direct or indirect, to cause the
+   direction or management of such entity, whether by contract or
+   otherwise, or (ii) ownership of fifty percent (50%) or more of the
+   outstanding shares, or (iii) beneficial ownership of such entity.
+
+   "You" (or "Your") shall mean an individual or Legal Entity
+   exercising permissions granted by this License.
+
+   "Source" form shall mean the preferred form for making modifications,
+   including but not limited to software source code, documentation
+   source, and configuration files.
+
+   "Object" form shall mean any form resulting from mechanical
+   transformation or translation of a Source form, including but
+   not limited to compiled object code, generated documentation,
+   and conversions to other media types.
+
+   "Work" shall mean the work of authorship, whether in Source or
+   Object form, made available under the License, as indicated by a
+   copyright notice that is included in or attached to the work
+   (an example is provided in the Appendix below).
+
+   "Derivative Works" shall mean any work, whether in Source or Object
+   form, that is based on (or derived from) the Work and for which the
+   editorial revisions, annotations, elaborations, or other modifications
+   represent, as a whole, an original work of authorship. For the purposes
+   of this License, Derivative Works shall not include works that remain
+   separable from, or merely link (or bind by name) to the interfaces of,
+   the Work and Derivative Works thereof.
+
+   "Contribution" shall mean any work of authorship, including
+   the original version of the Work and any modifications or additions
+   to that Work or Derivative Works thereof, that is intentionally
+   submitted to Licensor for inclusion in the Work by the copyright owner
+   or by an individual or Legal Entity authorized to submit on behalf of
+   the copyright owner. For the purposes of this definition, "submitted"
+   means any form of electronic, verbal, or written communication sent
+   to the Licensor or its representatives, including but not limited to
+   communication on electronic mailing lists, source code control systems,
+   and issue tracking systems that are managed by, or on behalf of, the
+   Licensor for the purpose of discussing and improving the Work, but
+   excluding communication that is conspicuously marked or otherwise
+   designated in writing by the copyright owner as "Not a Contribution."
+
+   "Contributor" shall mean Licensor and any individual or Legal Entity
+   on behalf of whom a Contribution has been received by Licensor and
+   subsequently incorporated within the Work.
+
+2. Grant of Copyright License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   copyright license to reproduce, prepare Derivative Works of,
+   publicly display, publicly perform, sublicense, and distribute the
+   Work and such Derivative Works in Source or Object form.
+
+3. Grant of Patent License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   (except as stated in this section) patent license to make, have made,
+   use, offer to sell, sell, import, and otherwise transfer the Work,
+   where such license applies only to those patent claims licensable
+   by such Contributor that are necessarily infringed by their
+   Contribution(s) alone or by combination of their Contribution(s)
+   with the Work to which such Contribution(s) was submitted. If You
+   institute patent litigation against any entity (including a
+   cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that the Work
+   or a Contribution incorporated within the Work constitutes direct
+   or contributory patent infringement, then any patent licenses
+   granted to You under this License for that Work shall terminate
+   as of the date such litigation is filed.
+
+4. Redistribution. You may reproduce and distribute copies of the
+   Work or Derivative Works thereof in any medium, with or without
+   modifications, and in Source or Object form, provided that You
+   meet the following conditions:
+
+   (a) You must give any other recipients of the Work or
+       Derivative Works a copy of this License; and
+
+   (b) You must cause any modified files to carry prominent notices
+       stating that You changed the files; and
+
+   (c) You must retain, in the Source form of any Derivative Works
+       that You distribute, all copyright, patent, trademark, and
+       attribution notices from the Source form of the Work,
+       excluding those notices that do not pertain to any part of
+       the Derivative Works; and
+
+   (d) If the Work includes a "NOTICE" text file as part of its
+       distribution, then any Derivative Works that You distribute must
+       include a readable copy of the attribution notices contained
+       within such NOTICE file, excluding those notices that do not
+       pertain to any part of the Derivative Works, in at least one
+       of the following places: within a NOTICE text file distributed
+       as part of the Derivative Works; within the Source form or
+       documentation, if provided along with the Derivative Works; or,
+       within a display generated by the Derivative Works, if and
+       wherever such third-party notices normally appear. The contents
+       of the NOTICE file are for informational purposes only and
+       do not modify the License. You may add Your own attribution
+       notices within Derivative Works that You distribute, alongside
+       or as an addendum to the NOTICE text from the Work, provided
+       that such additional attribution notices cannot be construed
+       as modifying the License.
+
+   You may add Your own copyright statement to Your modifications and
+   may provide additional or different license terms and conditions
+   for use, reproduction, or distribution of Your modifications, or
+   for any such Derivative Works as a whole, provided Your use,
+   reproduction, and distribution of the Work otherwise complies with
+   the conditions stated in this License.
+
+5. Submission of Contributions. Unless You explicitly state otherwise,
+   any Contribution intentionally submitted for inclusion in the Work
+   by You to the Licensor shall be under the terms and conditions of
+   this License, without any additional terms or conditions.
+   Notwithstanding the above, nothing herein shall supersede or modify
+   the terms of any separate license agreement you may have executed
+   with Licensor regarding such Contributions.
+
+6. Trademarks. This License does not grant permission to use the trade
+   names, trademarks, service marks, or product names of the Licensor,
+   except as required for reasonable and customary use in describing the
+   origin of the Work and reproducing the content of the NOTICE file.
+
+7. Disclaimer of Warranty. Unless required by applicable law or
+   agreed to in writing, Licensor provides the Work (and each
+   Contributor provides its Contributions) on an "AS IS" BASIS,
+   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or
+   implied, including, without limitation, any warranties or conditions
+   of TITLE, NON-INFRINGEMENT, MERCHANTABILITY, or FITNESS FOR A
+   PARTICULAR PURPOSE. You are solely responsible for determining the
+   appropriateness of using or redistributing the Work and assume any
+   risks associated with Your exercise of permissions under this License.
+
+8. Limitation of Liability. In no event and under no legal theory,
+   whether in tort (including negligence), contract, or otherwise,
+   unless required by applicable law (such as deliberate and grossly
+   negligent acts) or agreed to in writing, shall any Contributor be
+   liable to You for damages, including any direct, indirect, special,
+   incidental, or consequential damages of any character arising as a
+   result of this License or out of the use or inability to use the
+   Work (including but not limited to damages for loss of goodwill,
+   work stoppage, computer failure or malfunction, or any and all
+   other commercial damages or losses), even if such Contributor
+   has been advised of the possibility of such damages.
+
+9. Accepting Warranty or Additional Liability. While redistributing
+   the Work or Derivative Works thereof, You may choose to offer,
+   and charge a fee for, acceptance of support, warranty, indemnity,
+   or other liability obligations and/or rights consistent with this
+   License. However, in accepting such obligations, You may act only
+   on Your own behalf and on Your sole responsibility, not on behalf
+   of any other Contributor, and only if You agree to indemnify,
+   defend, and hold each Contributor harmless for any liability
+   incurred by, or claims asserted against, such Contributor by reason
+   of your accepting any such warranty or additional liability.
+
+END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+APPENDIX: How to apply the Apache License to your work.
+
+   To apply the Apache License to your work, attach the following
+   boilerplate notice, with the fields enclosed by brackets "[]"
+   replaced with your own identifying information. (Don't include
+   the brackets!)  The text should be enclosed in the appropriate
+   comment syntax for the file format. We also recommend that a
+   file or class name and description of purpose be included on the
+   same "printed page" as the copyright notice for easier
+   identification within third-party archives.
+
+Copyright [yyyy] [name of copyright owner]
+
+Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
+you may not use this file except in compliance with the License.
+You may obtain a copy of the License at
+
+    http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+
+Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
+WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
+See the License for the specific language governing permissions and
+limitations under the License.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/dom.md b/jalview_java2/legal/java.xml/dom.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b0fb1ae
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,62 @@
+## DOM Level 3 Core Specification v1.0
+
+### W3C License
+<pre>
+
+W3C SOFTWARE NOTICE AND LICENSE
+
+http://www.w3.org/Consortium/Legal/2002/copyright-software-20021231
+
+This work (and included software, documentation such as READMEs, or other
+related items) is being provided by the copyright holders under the following
+license. By obtaining, using and/or copying this work, you (the licensee)
+agree that you have read, understood, and will comply with the following terms
+and conditions.
+
+Permission to copy, modify, and distribute this software and its
+documentation, with or without modification, for any purpose and without fee
+or royalty is hereby granted, provided that you include the following on ALL
+copies of the software and documentation or portions thereof, including
+modifications:
+
+   1.The full text of this NOTICE in a location viewable to users of the
+   redistributed or derivative work.
+
+   2.Any pre-existing intellectual property disclaimers, notices, or terms and
+   conditions. If none exist, the W3C Software Short Notice should be included
+   (hypertext is preferred, text is permitted) within the body of any
+   redistributed or derivative code.
+
+   3.Notice of any changes or modifications to the files, including the date
+   changes were made. (We recommend you provide URIs to the location from
+   which the code is derived.)
+
+THIS SOFTWARE AND DOCUMENTATION IS PROVIDED "AS IS," AND COPYRIGHT HOLDERS
+MAKE NO REPRESENTATIONS OR WARRANTIES, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT
+LIMITED TO, WARRANTIES OF MERCHANTABILITY OR FITNESS FOR ANY PARTICULAR
+PURPOSE OR THAT THE USE OF THE SOFTWARE OR DOCUMENTATION WILL NOT INFRINGE ANY
+THIRD PARTY PATENTS,COPYRIGHTS, TRADEMARKS OR OTHER RIGHTS.
+
+COPYRIGHT HOLDERS WILL NOT BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, SPECIAL
+OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF ANY USE OF THE SOFTWARE OR
+DOCUMENTATION.  The name and trademarks of copyright holders may NOT be used
+in advertising or publicity pertaining to the software without specific,
+written prior permission. Title to copyright in this software and any
+associated documentation will at all times remain with copyright holders.
+
+____________________________________
+
+This formulation of W3C's notice and license became active on December 31
+2002. This version removes the copyright ownership notice such that this
+license can be used with materials other than those owned by the W3C, reflects
+that ERCIM is now a host of the W3C, includes references to this specific
+dated version of the license, and removes the ambiguous grant of "use".
+Otherwise, this version is the same as the previous version and is written so
+as to preserve the Free Software Foundation's assessment of GPL compatibility
+and OSI's certification under the Open Source Definition. Please see our
+Copyright FAQ for common questions about using materials from our site,
+including specific terms and conditions for packages like libwww, Amaya, and
+Jigsaw. Other questions about this notice can be directed to
+site-policy@w3.org.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/jcup.md b/jalview_java2/legal/java.xml/jcup.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..acceffd
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,24 @@
+## CUP Parser Generator for Java v 0.10k
+
+### CUP Parser Generator License
+<pre>
+
+Copyright 1996-1999 by Scott Hudson, Frank Flannery, C. Scott Ananian
+
+Permission to use, copy, modify, and distribute this software and its
+documentation for any purpose and without fee is hereby granted, provided
+that the above copyright notice appear in all copies and that both
+the copyright notice and this permission notice and warranty disclaimer
+appear in supporting documentation, and that the names of the authors or
+their employers not be used in advertising or publicity pertaining to
+distribution of the software without specific, written prior permission.
+
+The authors and their employers disclaim all warranties with regard to
+this software, including all implied warranties of merchantability and
+fitness. In no event shall the authors or their employers be liable for
+any special, indirect or consequential damages or any damages whatsoever
+resulting from loss of use, data or profits, whether in an action of
+contract, negligence or other tortious action, arising out of or in
+connection with the use or performance of this software.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/xalan.md b/jalview_java2/legal/java.xml/xalan.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..54141ef
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,234 @@
+## Apache Xalan v2.7.2
+
+### Apache Xalan Notice
+<pre>
+
+    ======================================================================================
+    ==  NOTICE file corresponding to the section 4d of the Apache License, Version 2.0, ==
+    ==  in this case for the Apache Xalan distribution.                                 ==
+    ======================================================================================
+
+   This product includes software developed by
+   The Apache Software Foundation (http://www.apache.org/).
+
+   Specifically, we only include the XSLTC portion of the source from the Xalan distribution. 
+   The Xalan project has two processors: an interpretive one (Xalan Interpretive) and a 
+   compiled one (The XSLT Compiler (XSLTC)). We *only* use the XSLTC part of Xalan; We use
+   the source from the packages that are part of the XSLTC sources.
+
+   Portions of this software was originally based on the following:
+
+     - software copyright (c) 1999-2002, Lotus Development Corporation., http://www.lotus.com.
+     - software copyright (c) 2001-2002, Sun Microsystems., http://www.sun.com.
+     - software copyright (c) 2003, IBM Corporation., http://www.ibm.com.
+     - voluntary contributions made by Ovidiu Predescu (ovidiu@cup.hp.com) on behalf of the
+       Apache Software Foundation and was originally developed at Hewlett Packard Company.
+
+</pre>
+
+### Apache 2.0 License
+<pre>
+
+                              Apache License
+                        Version 2.0, January 2004
+                     http://www.apache.org/licenses/
+
+TERMS AND CONDITIONS FOR USE, REPRODUCTION, AND DISTRIBUTION
+
+1. Definitions.
+
+   "License" shall mean the terms and conditions for use, reproduction,
+   and distribution as defined by Sections 1 through 9 of this document.
+
+   "Licensor" shall mean the copyright owner or entity authorized by
+   the copyright owner that is granting the License.
+
+   "Legal Entity" shall mean the union of the acting entity and all
+   other entities that control, are controlled by, or are under common
+   control with that entity. For the purposes of this definition,
+   "control" means (i) the power, direct or indirect, to cause the
+   direction or management of such entity, whether by contract or
+   otherwise, or (ii) ownership of fifty percent (50%) or more of the
+   outstanding shares, or (iii) beneficial ownership of such entity.
+
+   "You" (or "Your") shall mean an individual or Legal Entity
+   exercising permissions granted by this License.
+
+   "Source" form shall mean the preferred form for making modifications,
+   including but not limited to software source code, documentation
+   source, and configuration files.
+
+   "Object" form shall mean any form resulting from mechanical
+   transformation or translation of a Source form, including but
+   not limited to compiled object code, generated documentation,
+   and conversions to other media types.
+
+   "Work" shall mean the work of authorship, whether in Source or
+   Object form, made available under the License, as indicated by a
+   copyright notice that is included in or attached to the work
+   (an example is provided in the Appendix below).
+
+   "Derivative Works" shall mean any work, whether in Source or Object
+   form, that is based on (or derived from) the Work and for which the
+   editorial revisions, annotations, elaborations, or other modifications
+   represent, as a whole, an original work of authorship. For the purposes
+   of this License, Derivative Works shall not include works that remain
+   separable from, or merely link (or bind by name) to the interfaces of,
+   the Work and Derivative Works thereof.
+
+   "Contribution" shall mean any work of authorship, including
+   the original version of the Work and any modifications or additions
+   to that Work or Derivative Works thereof, that is intentionally
+   submitted to Licensor for inclusion in the Work by the copyright owner
+   or by an individual or Legal Entity authorized to submit on behalf of
+   the copyright owner. For the purposes of this definition, "submitted"
+   means any form of electronic, verbal, or written communication sent
+   to the Licensor or its representatives, including but not limited to
+   communication on electronic mailing lists, source code control systems,
+   and issue tracking systems that are managed by, or on behalf of, the
+   Licensor for the purpose of discussing and improving the Work, but
+   excluding communication that is conspicuously marked or otherwise
+   designated in writing by the copyright owner as "Not a Contribution."
+
+   "Contributor" shall mean Licensor and any individual or Legal Entity
+   on behalf of whom a Contribution has been received by Licensor and
+   subsequently incorporated within the Work.
+
+2. Grant of Copyright License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   copyright license to reproduce, prepare Derivative Works of,
+   publicly display, publicly perform, sublicense, and distribute the
+   Work and such Derivative Works in Source or Object form.
+
+3. Grant of Patent License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   (except as stated in this section) patent license to make, have made,
+   use, offer to sell, sell, import, and otherwise transfer the Work,
+   where such license applies only to those patent claims licensable
+   by such Contributor that are necessarily infringed by their
+   Contribution(s) alone or by combination of their Contribution(s)
+   with the Work to which such Contribution(s) was submitted. If You
+   institute patent litigation against any entity (including a
+   cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that the Work
+   or a Contribution incorporated within the Work constitutes direct
+   or contributory patent infringement, then any patent licenses
+   granted to You under this License for that Work shall terminate
+   as of the date such litigation is filed.
+
+4. Redistribution. You may reproduce and distribute copies of the
+   Work or Derivative Works thereof in any medium, with or without
+   modifications, and in Source or Object form, provided that You
+   meet the following conditions:
+
+   (a) You must give any other recipients of the Work or
+       Derivative Works a copy of this License; and
+
+   (b) You must cause any modified files to carry prominent notices
+       stating that You changed the files; and
+
+   (c) You must retain, in the Source form of any Derivative Works
+       that You distribute, all copyright, patent, trademark, and
+       attribution notices from the Source form of the Work,
+       excluding those notices that do not pertain to any part of
+       the Derivative Works; and
+
+   (d) If the Work includes a "NOTICE" text file as part of its
+       distribution, then any Derivative Works that You distribute must
+       include a readable copy of the attribution notices contained
+       within such NOTICE file, excluding those notices that do not
+       pertain to any part of the Derivative Works, in at least one
+       of the following places: within a NOTICE text file distributed
+       as part of the Derivative Works; within the Source form or
+       documentation, if provided along with the Derivative Works; or,
+       within a display generated by the Derivative Works, if and
+       wherever such third-party notices normally appear. The contents
+       of the NOTICE file are for informational purposes only and
+       do not modify the License. You may add Your own attribution
+       notices within Derivative Works that You distribute, alongside
+       or as an addendum to the NOTICE text from the Work, provided
+       that such additional attribution notices cannot be construed
+       as modifying the License.
+
+   You may add Your own copyright statement to Your modifications and
+   may provide additional or different license terms and conditions
+   for use, reproduction, or distribution of Your modifications, or
+   for any such Derivative Works as a whole, provided Your use,
+   reproduction, and distribution of the Work otherwise complies with
+   the conditions stated in this License.
+
+5. Submission of Contributions. Unless You explicitly state otherwise,
+   any Contribution intentionally submitted for inclusion in the Work
+   by You to the Licensor shall be under the terms and conditions of
+   this License, without any additional terms or conditions.
+   Notwithstanding the above, nothing herein shall supersede or modify
+   the terms of any separate license agreement you may have executed
+   with Licensor regarding such Contributions.
+
+6. Trademarks. This License does not grant permission to use the trade
+   names, trademarks, service marks, or product names of the Licensor,
+   except as required for reasonable and customary use in describing the
+   origin of the Work and reproducing the content of the NOTICE file.
+
+7. Disclaimer of Warranty. Unless required by applicable law or
+   agreed to in writing, Licensor provides the Work (and each
+   Contributor provides its Contributions) on an "AS IS" BASIS,
+   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or
+   implied, including, without limitation, any warranties or conditions
+   of TITLE, NON-INFRINGEMENT, MERCHANTABILITY, or FITNESS FOR A
+   PARTICULAR PURPOSE. You are solely responsible for determining the
+   appropriateness of using or redistributing the Work and assume any
+   risks associated with Your exercise of permissions under this License.
+
+8. Limitation of Liability. In no event and under no legal theory,
+   whether in tort (including negligence), contract, or otherwise,
+   unless required by applicable law (such as deliberate and grossly
+   negligent acts) or agreed to in writing, shall any Contributor be
+   liable to You for damages, including any direct, indirect, special,
+   incidental, or consequential damages of any character arising as a
+   result of this License or out of the use or inability to use the
+   Work (including but not limited to damages for loss of goodwill,
+   work stoppage, computer failure or malfunction, or any and all
+   other commercial damages or losses), even if such Contributor
+   has been advised of the possibility of such damages.
+
+9. Accepting Warranty or Additional Liability. While redistributing
+   the Work or Derivative Works thereof, You may choose to offer,
+   and charge a fee for, acceptance of support, warranty, indemnity,
+   or other liability obligations and/or rights consistent with this
+   License. However, in accepting such obligations, You may act only
+   on Your own behalf and on Your sole responsibility, not on behalf
+   of any other Contributor, and only if You agree to indemnify,
+   defend, and hold each Contributor harmless for any liability
+   incurred by, or claims asserted against, such Contributor by reason
+   of your accepting any such warranty or additional liability.
+
+END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+APPENDIX: How to apply the Apache License to your work.
+
+   To apply the Apache License to your work, attach the following
+   boilerplate notice, with the fields enclosed by brackets "[]"
+   replaced with your own identifying information. (Don't include
+   the brackets!)  The text should be enclosed in the appropriate
+   comment syntax for the file format. We also recommend that a
+   file or class name and description of purpose be included on the
+   same "printed page" as the copyright notice for easier
+   identification within third-party archives.
+
+Copyright [yyyy] [name of copyright owner]
+
+Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
+you may not use this file except in compliance with the License.
+You may obtain a copy of the License at
+
+    http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+
+Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
+WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
+See the License for the specific language governing permissions and
+limitations under the License.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/java.xml/xerces.md b/jalview_java2/legal/java.xml/xerces.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ff0167b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,227 @@
+## Apache Xerces v2.11.0
+
+### Apache Xerces Notice
+<pre>
+    =========================================================================
+    == NOTICE file corresponding to section 4(d) of the Apache License, ==
+    == Version 2.0, in this case for the Apache Xerces Java distribution. ==
+    =========================================================================
+    
+    Apache Xerces Java
+    Copyright 1999-2010 The Apache Software Foundation
+    This product includes software developed at
+    The Apache Software Foundation (http://www.apache.org/).
+    Portions of this software were originally based on the following:
+    - software copyright (c) 1999, IBM Corporation., http://www.ibm.com.
+    - software copyright (c) 1999, Sun Microsystems., http://www.sun.com.
+    - voluntary contributions made by Paul Eng on behalf of the
+    Apache Software Foundation that were originally developed at iClick, Inc.,
+    software copyright (c) 1999.
+</pre>
+
+### Apache 2.0 License
+<pre>
+
+                              Apache License
+                        Version 2.0, January 2004
+                     http://www.apache.org/licenses/
+
+TERMS AND CONDITIONS FOR USE, REPRODUCTION, AND DISTRIBUTION
+
+1. Definitions.
+
+   "License" shall mean the terms and conditions for use, reproduction,
+   and distribution as defined by Sections 1 through 9 of this document.
+
+   "Licensor" shall mean the copyright owner or entity authorized by
+   the copyright owner that is granting the License.
+
+   "Legal Entity" shall mean the union of the acting entity and all
+   other entities that control, are controlled by, or are under common
+   control with that entity. For the purposes of this definition,
+   "control" means (i) the power, direct or indirect, to cause the
+   direction or management of such entity, whether by contract or
+   otherwise, or (ii) ownership of fifty percent (50%) or more of the
+   outstanding shares, or (iii) beneficial ownership of such entity.
+
+   "You" (or "Your") shall mean an individual or Legal Entity
+   exercising permissions granted by this License.
+
+   "Source" form shall mean the preferred form for making modifications,
+   including but not limited to software source code, documentation
+   source, and configuration files.
+
+   "Object" form shall mean any form resulting from mechanical
+   transformation or translation of a Source form, including but
+   not limited to compiled object code, generated documentation,
+   and conversions to other media types.
+
+   "Work" shall mean the work of authorship, whether in Source or
+   Object form, made available under the License, as indicated by a
+   copyright notice that is included in or attached to the work
+   (an example is provided in the Appendix below).
+
+   "Derivative Works" shall mean any work, whether in Source or Object
+   form, that is based on (or derived from) the Work and for which the
+   editorial revisions, annotations, elaborations, or other modifications
+   represent, as a whole, an original work of authorship. For the purposes
+   of this License, Derivative Works shall not include works that remain
+   separable from, or merely link (or bind by name) to the interfaces of,
+   the Work and Derivative Works thereof.
+
+   "Contribution" shall mean any work of authorship, including
+   the original version of the Work and any modifications or additions
+   to that Work or Derivative Works thereof, that is intentionally
+   submitted to Licensor for inclusion in the Work by the copyright owner
+   or by an individual or Legal Entity authorized to submit on behalf of
+   the copyright owner. For the purposes of this definition, "submitted"
+   means any form of electronic, verbal, or written communication sent
+   to the Licensor or its representatives, including but not limited to
+   communication on electronic mailing lists, source code control systems,
+   and issue tracking systems that are managed by, or on behalf of, the
+   Licensor for the purpose of discussing and improving the Work, but
+   excluding communication that is conspicuously marked or otherwise
+   designated in writing by the copyright owner as "Not a Contribution."
+
+   "Contributor" shall mean Licensor and any individual or Legal Entity
+   on behalf of whom a Contribution has been received by Licensor and
+   subsequently incorporated within the Work.
+
+2. Grant of Copyright License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   copyright license to reproduce, prepare Derivative Works of,
+   publicly display, publicly perform, sublicense, and distribute the
+   Work and such Derivative Works in Source or Object form.
+
+3. Grant of Patent License. Subject to the terms and conditions of
+   this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+   worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+   (except as stated in this section) patent license to make, have made,
+   use, offer to sell, sell, import, and otherwise transfer the Work,
+   where such license applies only to those patent claims licensable
+   by such Contributor that are necessarily infringed by their
+   Contribution(s) alone or by combination of their Contribution(s)
+   with the Work to which such Contribution(s) was submitted. If You
+   institute patent litigation against any entity (including a
+   cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that the Work
+   or a Contribution incorporated within the Work constitutes direct
+   or contributory patent infringement, then any patent licenses
+   granted to You under this License for that Work shall terminate
+   as of the date such litigation is filed.
+
+4. Redistribution. You may reproduce and distribute copies of the
+   Work or Derivative Works thereof in any medium, with or without
+   modifications, and in Source or Object form, provided that You
+   meet the following conditions:
+
+   (a) You must give any other recipients of the Work or
+       Derivative Works a copy of this License; and
+
+   (b) You must cause any modified files to carry prominent notices
+       stating that You changed the files; and
+
+   (c) You must retain, in the Source form of any Derivative Works
+       that You distribute, all copyright, patent, trademark, and
+       attribution notices from the Source form of the Work,
+       excluding those notices that do not pertain to any part of
+       the Derivative Works; and
+
+   (d) If the Work includes a "NOTICE" text file as part of its
+       distribution, then any Derivative Works that You distribute must
+       include a readable copy of the attribution notices contained
+       within such NOTICE file, excluding those notices that do not
+       pertain to any part of the Derivative Works, in at least one
+       of the following places: within a NOTICE text file distributed
+       as part of the Derivative Works; within the Source form or
+       documentation, if provided along with the Derivative Works; or,
+       within a display generated by the Derivative Works, if and
+       wherever such third-party notices normally appear. The contents
+       of the NOTICE file are for informational purposes only and
+       do not modify the License. You may add Your own attribution
+       notices within Derivative Works that You distribute, alongside
+       or as an addendum to the NOTICE text from the Work, provided
+       that such additional attribution notices cannot be construed
+       as modifying the License.
+
+   You may add Your own copyright statement to Your modifications and
+   may provide additional or different license terms and conditions
+   for use, reproduction, or distribution of Your modifications, or
+   for any such Derivative Works as a whole, provided Your use,
+   reproduction, and distribution of the Work otherwise complies with
+   the conditions stated in this License.
+
+5. Submission of Contributions. Unless You explicitly state otherwise,
+   any Contribution intentionally submitted for inclusion in the Work
+   by You to the Licensor shall be under the terms and conditions of
+   this License, without any additional terms or conditions.
+   Notwithstanding the above, nothing herein shall supersede or modify
+   the terms of any separate license agreement you may have executed
+   with Licensor regarding such Contributions.
+
+6. Trademarks. This License does not grant permission to use the trade
+   names, trademarks, service marks, or product names of the Licensor,
+   except as required for reasonable and customary use in describing the
+   origin of the Work and reproducing the content of the NOTICE file.
+
+7. Disclaimer of Warranty. Unless required by applicable law or
+   agreed to in writing, Licensor provides the Work (and each
+   Contributor provides its Contributions) on an "AS IS" BASIS,
+   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or
+   implied, including, without limitation, any warranties or conditions
+   of TITLE, NON-INFRINGEMENT, MERCHANTABILITY, or FITNESS FOR A
+   PARTICULAR PURPOSE. You are solely responsible for determining the
+   appropriateness of using or redistributing the Work and assume any
+   risks associated with Your exercise of permissions under this License.
+
+8. Limitation of Liability. In no event and under no legal theory,
+   whether in tort (including negligence), contract, or otherwise,
+   unless required by applicable law (such as deliberate and grossly
+   negligent acts) or agreed to in writing, shall any Contributor be
+   liable to You for damages, including any direct, indirect, special,
+   incidental, or consequential damages of any character arising as a
+   result of this License or out of the use or inability to use the
+   Work (including but not limited to damages for loss of goodwill,
+   work stoppage, computer failure or malfunction, or any and all
+   other commercial damages or losses), even if such Contributor
+   has been advised of the possibility of such damages.
+
+9. Accepting Warranty or Additional Liability. While redistributing
+   the Work or Derivative Works thereof, You may choose to offer,
+   and charge a fee for, acceptance of support, warranty, indemnity,
+   or other liability obligations and/or rights consistent with this
+   License. However, in accepting such obligations, You may act only
+   on Your own behalf and on Your sole responsibility, not on behalf
+   of any other Contributor, and only if You agree to indemnify,
+   defend, and hold each Contributor harmless for any liability
+   incurred by, or claims asserted against, such Contributor by reason
+   of your accepting any such warranty or additional liability.
+
+END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+APPENDIX: How to apply the Apache License to your work.
+
+   To apply the Apache License to your work, attach the following
+   boilerplate notice, with the fields enclosed by brackets "[]"
+   replaced with your own identifying information. (Don't include
+   the brackets!)  The text should be enclosed in the appropriate
+   comment syntax for the file format. We also recommend that a
+   file or class name and description of purpose be included on the
+   same "printed page" as the copyright notice for easier
+   identification within third-party archives.
+
+Copyright [yyyy] [name of copyright owner]
+
+Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
+you may not use this file except in compliance with the License.
+You may obtain a copy of the License at
+
+    http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+
+Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
+WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
+See the License for the specific language governing permissions and
+limitations under the License.
+
+</pre>
diff --git a/jalview_java2/legal/jdk.jsobject/ADDITIONAL_LICENSE_INFO b/jalview_java2/legal/jdk.jsobject/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..76b7b2f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ADDITIONAL_LICENSE_INFO
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/jdk.jsobject/ASSEMBLY_EXCEPTION b/jalview_java2/legal/jdk.jsobject/ASSEMBLY_EXCEPTION
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..bd8da86
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/ASSEMBLY_EXCEPTION
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/legal/jdk.jsobject/LICENSE b/jalview_java2/legal/jdk.jsobject/LICENSE
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..902705b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+../java.base/LICENSE
\ No newline at end of file
diff --git a/jalview_java2/lib/classlist b/jalview_java2/lib/classlist
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e4194fa
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1146 @@
+java/lang/Object
+java/lang/String
+java/io/Serializable
+java/lang/Comparable
+java/lang/CharSequence
+java/lang/Class
+java/lang/reflect/GenericDeclaration
+java/lang/reflect/AnnotatedElement
+java/lang/reflect/Type
+java/lang/Cloneable
+java/lang/ClassLoader
+java/lang/System
+java/lang/Throwable
+java/lang/Error
+java/lang/ThreadDeath
+java/lang/Exception
+java/lang/RuntimeException
+java/lang/SecurityManager
+java/security/ProtectionDomain
+java/security/AccessControlContext
+java/security/SecureClassLoader
+java/lang/ClassNotFoundException
+java/lang/ReflectiveOperationException
+java/lang/NoClassDefFoundError
+java/lang/LinkageError
+java/lang/ClassCastException
+java/lang/ArrayStoreException
+java/lang/VirtualMachineError
+java/lang/OutOfMemoryError
+java/lang/StackOverflowError
+java/lang/IllegalMonitorStateException
+java/lang/ref/Reference
+java/lang/ref/SoftReference
+java/lang/ref/WeakReference
+java/lang/ref/FinalReference
+java/lang/ref/PhantomReference
+java/lang/ref/Finalizer
+java/lang/Thread
+java/lang/Runnable
+java/lang/ThreadGroup
+java/lang/Thread$UncaughtExceptionHandler
+java/util/Properties
+java/util/Hashtable
+java/util/Map
+java/util/Dictionary
+java/lang/Module
+java/lang/reflect/AccessibleObject
+java/lang/reflect/Field
+java/lang/reflect/Member
+java/lang/reflect/Parameter
+java/lang/reflect/Method
+java/lang/reflect/Executable
+java/lang/reflect/Constructor
+jdk/internal/reflect/MagicAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/MethodAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/MethodAccessor
+jdk/internal/reflect/ConstructorAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/ConstructorAccessor
+jdk/internal/reflect/DelegatingClassLoader
+jdk/internal/reflect/ConstantPool
+jdk/internal/reflect/UnsafeStaticFieldAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/UnsafeFieldAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/FieldAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/FieldAccessor
+jdk/internal/reflect/CallerSensitive
+java/lang/annotation/Annotation
+java/lang/invoke/DirectMethodHandle
+java/lang/invoke/MethodHandle
+java/lang/invoke/VarHandle
+java/lang/invoke/MemberName
+java/lang/invoke/ResolvedMethodName
+java/lang/invoke/MethodHandleNatives
+java/lang/invoke/LambdaForm
+java/lang/invoke/MethodType
+java/lang/BootstrapMethodError
+java/lang/invoke/CallSite
+java/lang/invoke/MethodHandleNatives$CallSiteContext
+java/lang/invoke/ConstantCallSite
+java/lang/invoke/MutableCallSite
+java/lang/invoke/VolatileCallSite
+java/lang/AssertionStatusDirectives
+java/lang/StringBuffer
+java/lang/AbstractStringBuilder
+java/lang/Appendable
+java/lang/StringBuilder
+jdk/internal/misc/Unsafe
+jdk/internal/module/Modules
+java/io/ByteArrayInputStream
+java/io/InputStream
+java/io/Closeable
+java/lang/AutoCloseable
+java/net/URL
+java/util/jar/Manifest
+jdk/internal/loader/ClassLoaders
+jdk/internal/loader/ClassLoaders$AppClassLoader
+jdk/internal/loader/BuiltinClassLoader
+jdk/internal/loader/ClassLoaders$PlatformClassLoader
+java/security/CodeSource
+java/lang/StackTraceElement
+java/nio/Buffer
+java/lang/StackWalker
+java/lang/StackStreamFactory$AbstractStackWalker
+java/lang/StackFrameInfo
+java/lang/StackWalker$StackFrame
+java/lang/LiveStackFrameInfo
+java/lang/LiveStackFrame
+java/util/concurrent/locks/AbstractOwnableSynchronizer
+java/lang/Boolean
+java/lang/Character
+java/lang/Float
+java/lang/Number
+java/lang/Double
+java/lang/Byte
+java/lang/Short
+java/lang/Integer
+java/lang/Long
+java/lang/NullPointerException
+java/lang/ArithmeticException
+java/io/ObjectStreamField
+java/lang/String$CaseInsensitiveComparator
+java/util/Comparator
+java/security/AccessController
+java/util/Set
+java/util/Collection
+java/lang/Iterable
+java/util/ImmutableCollections$Set12
+java/util/ImmutableCollections$AbstractImmutableSet
+java/util/ImmutableCollections$AbstractImmutableCollection
+java/util/AbstractCollection
+java/util/Objects
+jdk/internal/reflect/ReflectionFactory$GetReflectionFactoryAction
+java/security/PrivilegedAction
+java/security/cert/Certificate
+java/util/HashSet
+java/util/AbstractSet
+java/util/HashMap
+java/util/AbstractMap
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap
+java/util/concurrent/ConcurrentMap
+java/lang/Runtime
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$Segment
+java/util/concurrent/locks/ReentrantLock
+java/util/concurrent/locks/Lock
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$CounterCell
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$Node
+java/util/Map$Entry
+java/util/concurrent/locks/LockSupport
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$ReservationNode
+jdk/internal/reflect/ReflectionFactory
+java/lang/ref/Reference$ReferenceHandler
+jdk/internal/ref/Cleaner
+java/lang/ref/ReferenceQueue
+java/lang/ref/ReferenceQueue$Null
+java/lang/ref/ReferenceQueue$Lock
+java/lang/ref/Reference$1
+jdk/internal/misc/JavaLangRefAccess
+jdk/internal/misc/SharedSecrets
+java/lang/ref/Finalizer$FinalizerThread
+jdk/internal/misc/VM
+java/lang/StringLatin1
+java/util/Properties$EntrySet
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$EntrySetView
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$CollectionView
+java/util/Collections
+java/util/Collections$EmptySet
+java/util/Collections$EmptyList
+java/util/RandomAccess
+java/util/AbstractList
+java/util/List
+java/util/Collections$EmptyMap
+java/util/Collections$SynchronizedSet
+java/util/Collections$SynchronizedCollection
+java/lang/reflect/Array
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$EntryIterator
+java/util/Iterator
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$BaseIterator
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$Traverser
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$MapEntry
+java/util/ImmutableCollections$MapN
+java/util/ImmutableCollections$AbstractImmutableMap
+java/lang/Math
+jdk/internal/util/StaticProperty
+java/lang/VersionProps
+java/io/FileInputStream
+java/io/FileDescriptor
+java/io/FileDescriptor$1
+jdk/internal/misc/JavaIOFileDescriptorAccess
+java/io/FileOutputStream
+java/io/OutputStream
+java/io/Flushable
+java/io/BufferedInputStream
+java/io/FilterInputStream
+java/io/PrintStream
+java/io/FilterOutputStream
+java/io/BufferedOutputStream
+java/io/OutputStreamWriter
+java/io/Writer
+sun/nio/cs/StreamEncoder
+java/nio/charset/Charset
+sun/nio/cs/StandardCharsets
+java/nio/charset/spi/CharsetProvider
+java/lang/ThreadLocal
+java/util/concurrent/atomic/AtomicInteger
+sun/security/action/GetPropertyAction
+sun/nio/cs/UTF_8
+sun/nio/cs/Unicode
+sun/nio/cs/HistoricallyNamedCharset
+sun/nio/cs/UTF_8$Encoder
+java/nio/charset/CharsetEncoder
+java/nio/charset/CodingErrorAction
+java/util/Arrays
+java/nio/ByteBuffer
+java/nio/Buffer$1
+jdk/internal/misc/JavaNioAccess
+java/nio/HeapByteBuffer
+java/nio/ByteOrder
+java/io/BufferedWriter
+java/lang/Terminator
+java/lang/Terminator$1
+jdk/internal/misc/Signal$Handler
+jdk/internal/misc/Signal
+java/util/Hashtable$Entry
+jdk/internal/misc/Signal$NativeHandler
+java/lang/Integer$IntegerCache
+jdk/internal/misc/OSEnvironment
+java/lang/System$2
+jdk/internal/misc/JavaLangAccess
+java/lang/IllegalArgumentException
+java/lang/invoke/MethodHandleStatics
+java/lang/CharacterData
+java/lang/CharacterDataLatin1
+jdk/internal/module/ModuleBootstrap
+java/lang/module/ModuleDescriptor
+java/lang/module/ModuleDescriptor$1
+jdk/internal/misc/JavaLangModuleAccess
+java/io/File
+java/io/DefaultFileSystem
+java/io/UnixFileSystem
+java/io/FileSystem
+java/io/ExpiringCache
+java/io/ExpiringCache$1
+java/util/LinkedHashMap
+jdk/internal/module/ModulePatcher
+jdk/internal/module/SystemModuleFinders
+java/net/URI
+java/net/URI$1
+jdk/internal/misc/JavaNetUriAccess
+jdk/internal/module/SystemModulesMap
+jdk/internal/module/SystemModules$all
+jdk/internal/module/SystemModules
+jdk/internal/module/Builder
+java/lang/module/ModuleDescriptor$Requires
+java/util/ImmutableCollections
+java/util/ImmutableCollections$SetN
+java/lang/module/ModuleDescriptor$Exports
+java/lang/module/ModuleDescriptor$Opens
+java/lang/module/ModuleDescriptor$Provides
+java/util/ImmutableCollections$List12
+java/util/ImmutableCollections$AbstractImmutableList
+java/lang/module/ModuleDescriptor$Version
+java/util/ArrayList
+java/lang/module/ModuleDescriptor$Modifier
+java/lang/Enum
+java/lang/module/ModuleDescriptor$Requires$Modifier
+jdk/internal/module/ModuleTarget
+jdk/internal/module/ModuleHashes
+jdk/internal/module/ModuleResolution
+java/lang/module/ModuleReference
+jdk/internal/module/SystemModuleFinders$2
+java/util/function/Supplier
+jdk/internal/module/ModuleReferenceImpl
+java/util/KeyValueHolder
+jdk/internal/module/SystemModuleFinders$SystemModuleFinder
+java/lang/module/ModuleFinder
+jdk/internal/module/ModuleBootstrap$Counters
+java/util/Optional
+jdk/internal/loader/BootLoader
+jdk/internal/module/ServicesCatalog
+jdk/internal/loader/ClassLoaderValue
+jdk/internal/loader/AbstractClassLoaderValue
+jdk/internal/loader/ClassLoaders$BootClassLoader
+jdk/internal/reflect/Reflection
+java/util/HashMap$Node
+java/lang/ClassLoader$ParallelLoaders
+java/util/WeakHashMap
+java/util/WeakHashMap$Entry
+java/util/Collections$SetFromMap
+java/util/WeakHashMap$KeySet
+java/util/Vector
+java/security/ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl
+jdk/internal/misc/JavaSecurityAccess
+java/security/ProtectionDomain$Key
+java/security/Principal
+jdk/internal/loader/URLClassPath
+java/net/URL$DefaultFactory
+java/net/URLStreamHandlerFactory
+java/net/URL$3
+jdk/internal/misc/JavaNetURLAccess
+java/io/File$PathStatus
+java/io/ExpiringCache$Entry
+java/util/LinkedHashMap$Entry
+sun/net/www/ParseUtil
+sun/net/www/protocol/file/Handler
+java/net/URLStreamHandler
+java/lang/Class$ReflectionData
+java/lang/Class$Atomic
+java/lang/reflect/Modifier
+java/lang/reflect/ReflectAccess
+jdk/internal/reflect/LangReflectAccess
+java/lang/Class$1
+jdk/internal/reflect/NativeConstructorAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/DelegatingConstructorAccessorImpl
+java/util/ArrayDeque
+java/util/Deque
+java/util/Queue
+jdk/internal/util/Preconditions
+jdk/internal/loader/BuiltinClassLoader$LoadedModule
+sun/net/www/protocol/jrt/Handler
+java/util/ImmutableCollections$SetN$SetNIterator
+java/lang/module/Configuration
+java/lang/module/ResolvedModule
+java/util/AbstractMap$1
+java/util/AbstractMap$1$1
+java/util/ImmutableCollections$MapN$1
+java/util/ImmutableCollections$MapN$MapNIterator
+java/util/ImmutableCollections$Set12$1
+jdk/internal/module/ModuleLoaderMap
+java/util/HashMap$TreeNode
+jdk/internal/module/ModuleLoaderMap$Mapper
+java/util/function/Function
+java/lang/ModuleLayer
+java/util/ImmutableCollections$ListN
+java/util/ImmutableCollections$ListItr
+java/util/ListIterator
+java/util/ArrayList$Itr
+java/util/Collections$UnmodifiableSet
+java/util/Collections$UnmodifiableCollection
+java/util/Collections$UnmodifiableCollection$1
+java/util/concurrent/CopyOnWriteArrayList
+jdk/internal/module/ServicesCatalog$ServiceProvider
+java/util/HashMap$KeySet
+java/util/HashMap$KeyIterator
+java/util/HashMap$HashIterator
+java/lang/ModuleLayer$Controller
+jdk/internal/module/IllegalAccessLogger$Mode
+jdk/internal/module/IllegalAccessLogger$Builder
+java/util/HashMap$Values
+java/util/HashMap$ValueIterator
+jdk/internal/module/ModuleBootstrap$2
+java/util/Collections$UnmodifiableMap
+jdk/internal/module/IllegalAccessLogger
+sun/launcher/LauncherHelper
+java/lang/StringCoding
+sun/nio/cs/ISO_8859_1
+sun/nio/cs/US_ASCII
+java/lang/StringCoding$1
+java/lang/ThreadLocal$ThreadLocalMap
+java/lang/ThreadLocal$ThreadLocalMap$Entry
+jdk/internal/misc/TerminatingThreadLocal
+java/lang/StringCoding$Result
+sun/net/util/URLUtil
+java/util/Locale
+java/util/Locale$Cache
+sun/util/locale/LocaleObjectCache
+sun/util/locale/BaseLocale
+sun/util/locale/BaseLocale$Cache
+sun/util/locale/BaseLocale$Key
+sun/util/locale/LocaleObjectCache$CacheEntry
+sun/util/locale/LocaleUtils
+sun/util/locale/InternalLocaleBuilder
+sun/util/locale/InternalLocaleBuilder$CaseInsensitiveChar
+jdk/internal/loader/URLClassPath$3
+java/security/PrivilegedExceptionAction
+jdk/internal/loader/URLClassPath$JarLoader
+jdk/internal/loader/URLClassPath$Loader
+java/util/zip/ZipFile
+java/util/zip/ZipConstants
+java/util/zip/ZipFile$1
+jdk/internal/misc/JavaUtilZipFileAccess
+sun/net/www/protocol/jar/Handler
+jdk/internal/loader/URLClassPath$JarLoader$1
+jdk/internal/loader/FileURLMapper
+java/util/jar/JarFile
+java/util/jar/JavaUtilJarAccessImpl
+jdk/internal/misc/JavaUtilJarAccess
+java/lang/Runtime$Version
+java/nio/charset/StandardCharsets
+sun/nio/cs/UTF_16BE
+sun/nio/cs/UTF_16LE
+sun/nio/cs/UTF_16
+java/util/zip/ZipCoder
+java/util/zip/ZipCoder$UTF8
+java/util/zip/ZipFile$CleanableResource
+jdk/internal/ref/CleanerFactory
+jdk/internal/ref/CleanerFactory$1
+java/util/concurrent/ThreadFactory
+java/lang/ref/Cleaner
+java/lang/ref/Cleaner$1
+jdk/internal/ref/CleanerImpl
+jdk/internal/ref/CleanerImpl$PhantomCleanableRef
+jdk/internal/ref/PhantomCleanable
+java/lang/ref/Cleaner$Cleanable
+jdk/internal/ref/CleanerImpl$WeakCleanableRef
+jdk/internal/ref/WeakCleanable
+jdk/internal/ref/CleanerImpl$SoftCleanableRef
+jdk/internal/ref/SoftCleanable
+jdk/internal/ref/CleanerImpl$CleanerCleanable
+jdk/internal/ref/CleanerFactory$1$1
+jdk/internal/misc/InnocuousThread
+jdk/internal/misc/InnocuousThread$3
+jdk/internal/misc/InnocuousThread$2
+java/util/zip/ZipFile$Source
+java/util/zip/ZipFile$Source$Key
+java/nio/file/FileSystems
+sun/nio/fs/DefaultFileSystemProvider
+sun/nio/fs/MacOSXFileSystemProvider
+sun/nio/fs/BsdFileSystemProvider
+sun/nio/fs/UnixFileSystemProvider
+sun/nio/fs/AbstractFileSystemProvider
+java/nio/file/spi/FileSystemProvider
+java/nio/file/StandardOpenOption
+java/nio/file/OpenOption
+sun/nio/fs/MacOSXFileSystem
+sun/nio/fs/BsdFileSystem
+sun/nio/fs/UnixFileSystem
+java/nio/file/FileSystem
+sun/nio/fs/UnixPath
+java/nio/file/Path
+java/nio/file/Watchable
+sun/nio/fs/Util
+sun/nio/fs/UnixNativeDispatcher
+sun/nio/fs/UnixNativeDispatcher$1
+java/lang/ClassLoader$2
+java/lang/ClassLoader$NativeLibrary
+java/util/ArrayDeque$DeqIterator
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$ValuesView
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$ValueIterator
+java/util/Enumeration
+sun/nio/fs/UnixFileAttributes
+java/nio/file/attribute/PosixFileAttributes
+java/nio/file/attribute/BasicFileAttributes
+sun/nio/fs/UnixFileStoreAttributes
+sun/nio/fs/UnixMountEntry
+java/nio/CharBuffer
+java/lang/Readable
+java/nio/HeapCharBuffer
+java/nio/charset/CoderResult
+java/nio/file/FileSystems$DefaultFileSystemHolder
+java/nio/file/FileSystems$DefaultFileSystemHolder$1
+java/net/URI$Parser
+java/nio/file/LinkOption
+java/nio/file/CopyOption
+java/nio/file/Files
+java/nio/file/attribute/BasicFileAttributeView
+java/nio/file/attribute/FileAttributeView
+java/nio/file/attribute/AttributeView
+sun/nio/fs/UnixFileAttributeViews
+sun/nio/fs/UnixFileAttributeViews$Basic
+sun/nio/fs/AbstractBasicFileAttributeView
+sun/nio/fs/DynamicFileAttributeView
+sun/nio/fs/NativeBuffers
+sun/nio/fs/NativeBuffers$1
+jdk/internal/misc/TerminatingThreadLocal$1
+java/util/IdentityHashMap
+java/util/IdentityHashMap$KeySet
+sun/nio/fs/NativeBuffer
+sun/nio/fs/NativeBuffer$Deallocator
+sun/nio/fs/UnixFileAttributes$UnixAsBasicFileAttributes
+java/util/concurrent/TimeUnit
+java/nio/file/attribute/FileTime
+java/io/RandomAccessFile
+java/io/DataOutput
+java/io/DataInput
+java/io/RandomAccessFile$2
+jdk/internal/misc/JavaIORandomAccessFileAccess
+java/util/concurrent/atomic/AtomicBoolean
+java/lang/invoke/MethodHandles
+java/lang/invoke/MemberName$Factory
+java/lang/reflect/ReflectPermission
+java/security/BasicPermission
+java/security/Permission
+java/security/Guard
+java/lang/invoke/MethodHandles$Lookup
+sun/invoke/util/VerifyAccess
+java/lang/NoSuchFieldException
+java/lang/invoke/VarHandles
+java/lang/invoke/VarHandleInts$FieldInstanceReadWrite
+java/lang/invoke/VarHandleInts$FieldInstanceReadOnly
+java/lang/invoke/VarHandle$1
+jdk/internal/util/Preconditions$1
+java/util/function/BiFunction
+java/lang/invoke/VarHandleGuards
+java/lang/invoke/VarForm
+java/lang/invoke/VarHandle$AccessType
+java/lang/Void
+java/lang/invoke/VarHandle$AccessMode
+java/lang/invoke/MethodType$ConcurrentWeakInternSet
+java/lang/invoke/MethodType$ConcurrentWeakInternSet$WeakEntry
+java/lang/invoke/MethodTypeForm
+sun/invoke/util/Wrapper
+sun/invoke/util/Wrapper$Format
+java/io/FileCleanable
+java/util/zip/ZipFile$Source$End
+java/util/zip/ZipUtils
+jdk/internal/perf/PerfCounter
+jdk/internal/perf/Perf$GetPerfAction
+jdk/internal/perf/Perf
+jdk/internal/perf/PerfCounter$CoreCounters
+sun/nio/ch/DirectBuffer
+java/nio/DirectByteBuffer
+java/nio/MappedByteBuffer
+java/nio/Bits
+java/util/concurrent/atomic/AtomicLong
+java/nio/Bits$1
+jdk/internal/misc/JavaNioAccess$BufferPool
+java/nio/DirectLongBufferU
+java/nio/LongBuffer
+jdk/internal/util/jar/JarIndex
+java/util/jar/JarFile$1
+java/util/jar/JarFile$JarFileEntry
+java/util/jar/JarEntry
+java/util/zip/ZipEntry
+java/util/zip/ZipFile$ZipFileInputStream
+java/util/zip/ZipFile$ZipFileInflaterInputStream
+java/util/zip/InflaterInputStream
+java/util/zip/Inflater
+java/util/zip/Inflater$InflaterZStreamRef
+java/util/zip/ZipFile$InflaterCleanupAction
+jdk/internal/loader/URLClassPath$JarLoader$2
+jdk/internal/loader/Resource
+java/util/jar/Attributes
+java/util/jar/Manifest$FastInputStream
+sun/nio/cs/StandardCharsets$Aliases
+sun/util/PreHashedMap
+sun/nio/cs/StandardCharsets$Cache
+java/util/jar/Attributes$Name
+java/util/jar/JarVerifier
+sun/security/util/Debug
+java/security/CodeSigner
+java/io/ByteArrayOutputStream
+java/lang/Package
+java/lang/NamedPackage
+java/lang/Package$VersionInfo
+sun/security/util/ManifestEntryVerifier
+sun/nio/ByteBuffered
+java/security/SecureClassLoader$CodeSourceKey
+java/security/SecureClassLoader$1
+java/security/Permissions
+java/security/PermissionCollection
+sun/net/www/protocol/file/FileURLConnection
+sun/net/www/URLConnection
+java/net/URLConnection
+sun/net/www/MessageHeader
+java/io/FilePermission
+java/io/FilePermission$1
+jdk/internal/misc/JavaIOFilePermissionAccess
+sun/security/util/FilePermCompat
+java/security/Permissions$1
+java/io/FilePermissionCollection
+java/io/FilePermissionCollection$1
+java/security/AllPermission
+java/security/UnresolvedPermission
+java/lang/RuntimePermission
+java/security/BasicPermissionCollection
+java/security/SecureClassLoader$DebugHolder
+java/time/temporal/TemporalAccessor
+java/lang/PublicMethods$MethodList
+java/lang/PublicMethods$Key
+java/util/logging/Logger
+java/util/logging/Handler
+java/util/logging/Level
+java/util/logging/Level$KnownLevel
+java/util/logging/Logger$LoggerBundle
+java/util/logging/Logger$ConfigurationData
+java/util/logging/LogManager
+java/util/logging/LogManager$1
+java/util/logging/LogManager$SystemLoggerContext
+java/util/logging/LogManager$LoggerContext
+java/util/logging/LogManager$LogNode
+java/util/concurrent/locks/ReentrantLock$NonfairSync
+java/util/concurrent/locks/ReentrantLock$Sync
+java/util/concurrent/locks/AbstractQueuedSynchronizer
+java/util/concurrent/locks/AbstractQueuedSynchronizer$Node
+java/lang/invoke/VarHandleObjects$FieldInstanceReadWrite
+java/lang/invoke/VarHandleObjects$FieldInstanceReadOnly
+java/util/Collections$SynchronizedMap
+java/util/logging/LogManager$Cleaner
+java/lang/ApplicationShutdownHooks
+java/lang/ApplicationShutdownHooks$1
+java/lang/Shutdown
+java/lang/Shutdown$Lock
+java/util/logging/LoggingPermission
+java/util/logging/LogManager$LoggingProviderAccess
+sun/util/logging/internal/LoggingProviderImpl$LogManagerAccess
+java/security/AccessController$1
+sun/security/util/SecurityConstants
+java/net/NetPermission
+java/security/SecurityPermission
+java/net/SocketPermission
+sun/security/action/GetBooleanAction
+java/security/AllPermissionCollection
+sun/util/logging/internal/LoggingProviderImpl
+jdk/internal/logger/DefaultLoggerFinder
+java/lang/System$LoggerFinder
+java/lang/invoke/VarHandle$AccessDescriptor
+java/util/logging/LogManager$2
+java/util/logging/LogManager$RootLogger
+java/nio/file/Paths
+java/util/logging/LogManager$LoggerWeakRef
+java/lang/invoke/StringConcatFactory
+java/lang/invoke/LambdaForm$NamedFunction
+java/lang/invoke/DirectMethodHandle$Holder
+sun/invoke/util/ValueConversions
+java/lang/invoke/MethodHandleImpl
+java/lang/invoke/Invokers
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$Strategy
+java/lang/invoke/LambdaForm$Kind
+java/lang/NoSuchMethodException
+java/lang/invoke/LambdaForm$BasicType
+java/lang/invoke/LambdaForm$Name
+java/lang/invoke/LambdaForm$Holder
+java/lang/invoke/MethodHandleImpl$Intrinsic
+java/lang/invoke/InvokerBytecodeGenerator
+java/lang/invoke/InvokerBytecodeGenerator$2
+java/lang/StringUTF16
+jdk/internal/org/objectweb/asm/ClassWriter
+jdk/internal/org/objectweb/asm/ClassVisitor
+jdk/internal/org/objectweb/asm/ByteVector
+jdk/internal/org/objectweb/asm/Item
+sun/invoke/util/BytecodeDescriptor
+jdk/internal/org/objectweb/asm/MethodWriter
+jdk/internal/org/objectweb/asm/MethodVisitor
+jdk/internal/org/objectweb/asm/Type
+jdk/internal/org/objectweb/asm/Label
+jdk/internal/org/objectweb/asm/Frame
+jdk/internal/org/objectweb/asm/AnnotationWriter
+jdk/internal/org/objectweb/asm/AnnotationVisitor
+java/lang/invoke/InvokerBytecodeGenerator$CpPatch
+sun/invoke/util/VerifyType
+sun/invoke/empty/Empty
+sun/reflect/misc/ReflectUtil
+java/lang/invoke/MethodHandleImpl$1
+jdk/internal/misc/JavaLangInvokeAccess
+java/lang/invoke/MethodHandleImpl$AsVarargsCollector
+java/lang/invoke/DelegatingMethodHandle
+java/lang/invoke/DelegatingMethodHandle$Holder
+java/lang/invoke/SimpleMethodHandle
+java/lang/invoke/BoundMethodHandle
+java/lang/invoke/Invokers$Holder
+java/lang/NoSuchMethodError
+java/lang/IncompatibleClassChangeError
+java/lang/invoke/BootstrapMethodInvoker
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$1
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$Mode
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$Recipe
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$RecipeElement
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$MethodHandleInlineCopyStrategy
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$MethodHandleInlineCopyStrategy$1
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$MethodHandleInlineCopyStrategy$2
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$MethodHandleInlineCopyStrategy$3
+java/lang/StringConcatHelper
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$Stringifiers
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$Stringifiers$StringifierMost
+java/lang/ClassValue
+java/lang/ClassValue$Entry
+java/lang/ClassValue$Identity
+java/lang/ClassValue$Version
+java/lang/invoke/StringConcatFactory$Stringifiers$StringifierAny
+java/lang/ClassValue$ClassValueMap
+java/util/Arrays$ArrayList
+java/lang/invoke/BoundMethodHandle$Specializer
+java/lang/invoke/ClassSpecializer
+java/lang/invoke/ClassSpecializer$1
+java/lang/invoke/BoundMethodHandle$SpeciesData
+java/lang/invoke/ClassSpecializer$SpeciesData
+java/util/ImmutableCollections$SubList
+java/lang/invoke/BoundMethodHandle$Specializer$Factory
+java/lang/invoke/ClassSpecializer$Factory
+java/lang/invoke/BoundMethodHandle$Species_L
+java/lang/invoke/DirectMethodHandle$1
+java/lang/invoke/DirectMethodHandle$Accessor
+java/util/Arrays$ArrayItr
+java/lang/invoke/LambdaFormEditor
+java/lang/invoke/LambdaFormEditor$Transform
+java/lang/invoke/LambdaFormBuffer
+jdk/internal/org/objectweb/asm/FieldWriter
+jdk/internal/org/objectweb/asm/FieldVisitor
+java/lang/invoke/ClassSpecializer$Factory$1Var
+java/util/Collections$UnmodifiableRandomAccessList
+java/util/Collections$UnmodifiableList
+java/lang/Byte$ByteCache
+java/lang/invoke/MethodHandles$1
+sun/invoke/util/ValueConversions$WrapperCache
+java/util/logging/LogManager$VisitedLoggers
+java/util/function/Predicate
+java/util/logging/LogManager$LoggerContext$1
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$KeySetView
+java/util/Collections$3
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$KeyIterator
+java/util/Properties$LineReader
+java/util/Hashtable$Enumerator
+java/lang/invoke/LambdaMetafactory
+java/lang/invoke/InnerClassLambdaMetafactory
+java/lang/invoke/AbstractValidatingLambdaMetafactory
+java/lang/invoke/InfoFromMemberName
+java/lang/invoke/MethodHandleInfo
+java/lang/invoke/InnerClassLambdaMetafactory$ForwardingMethodGenerator
+java/lang/invoke/TypeConvertingMethodAdapter
+java/lang/invoke/InnerClassLambdaMetafactory$1
+sun/invoke/util/Wrapper$1
+java/lang/invoke/MethodHandleImpl$IntrinsicMethodHandle
+java/util/ArrayList$ArrayListSpliterator
+java/util/Spliterator
+java/util/stream/StreamSupport
+java/util/stream/ReferencePipeline$Head
+java/util/stream/ReferencePipeline
+java/util/stream/Stream
+java/util/stream/BaseStream
+java/util/stream/AbstractPipeline
+java/util/stream/PipelineHelper
+java/util/stream/StreamOpFlag
+java/util/stream/StreamOpFlag$Type
+java/util/stream/StreamOpFlag$MaskBuilder
+java/util/EnumMap
+java/util/EnumMap$1
+java/lang/Class$3
+java/util/HashMap$EntrySet
+java/util/HashMap$EntryIterator
+sun/reflect/annotation/AnnotationParser
+jdk/internal/reflect/NativeMethodAccessorImpl
+jdk/internal/reflect/DelegatingMethodAccessorImpl
+java/util/stream/ReferencePipeline$3
+java/util/stream/ReferencePipeline$StatelessOp
+java/util/stream/StreamShape
+java/util/stream/ReferencePipeline$7
+java/util/stream/FindOps
+java/util/stream/FindOps$FindSink$OfRef
+java/util/stream/FindOps$FindSink
+java/util/stream/TerminalSink
+java/util/stream/Sink
+java/util/function/Consumer
+java/util/stream/FindOps$FindOp
+java/util/stream/TerminalOp
+java/lang/invoke/DirectMethodHandle$Constructor
+java/util/stream/ReferencePipeline$7$1
+java/util/stream/Sink$ChainedReference
+java/util/stream/ReferencePipeline$3$1
+java/util/stream/Streams$StreamBuilderImpl
+java/util/stream/Stream$Builder
+java/util/stream/Streams$AbstractStreamBuilderImpl
+java/util/stream/Streams
+java/util/IdentityHashMap$Values
+java/io/FileInputStream$1
+jdk/internal/logger/BootstrapLogger
+java/lang/System$Logger
+sun/util/logging/PlatformLogger$Bridge
+sun/util/logging/PlatformLogger$ConfigurableBridge
+jdk/internal/logger/BootstrapLogger$DetectBackend
+jdk/internal/logger/BootstrapLogger$DetectBackend$1
+java/util/ServiceLoader
+java/util/ServiceLoader$ModuleServicesLookupIterator
+java/util/Spliterators
+java/util/Spliterators$EmptySpliterator$OfRef
+java/util/Spliterators$EmptySpliterator
+java/util/Spliterators$EmptySpliterator$OfInt
+java/util/Spliterator$OfInt
+java/util/Spliterator$OfPrimitive
+java/util/Spliterators$EmptySpliterator$OfLong
+java/util/Spliterator$OfLong
+java/util/Spliterators$EmptySpliterator$OfDouble
+java/util/Spliterator$OfDouble
+java/util/Spliterators$1Adapter
+java/util/ServiceLoader$LazyClassPathLookupIterator
+java/util/ServiceLoader$2
+java/util/ServiceLoader$3
+jdk/internal/loader/AbstractClassLoaderValue$Memoizer
+java/util/Collections$EmptyIterator
+jdk/internal/module/Resources
+jdk/internal/loader/BuiltinClassLoader$2
+jdk/internal/loader/BuiltinClassLoader$5
+jdk/internal/module/SystemModuleFinders$SystemModuleReader
+java/lang/module/ModuleReader
+jdk/internal/module/SystemModuleFinders$SystemImage
+jdk/internal/jimage/ImageReaderFactory
+jdk/internal/jimage/ImageReaderFactory$1
+jdk/internal/jimage/ImageReader
+jdk/internal/jimage/ImageReader$SharedImageReader
+jdk/internal/jimage/BasicImageReader
+jdk/internal/jimage/BasicImageReader$1
+jdk/internal/jimage/NativeImageBuffer
+jdk/internal/jimage/NativeImageBuffer$1
+jdk/internal/jimage/ImageHeader
+java/nio/DirectIntBufferU
+java/nio/IntBuffer
+java/nio/DirectByteBufferR
+java/nio/DirectIntBufferRU
+jdk/internal/jimage/ImageStringsReader
+jdk/internal/jimage/ImageStrings
+jdk/internal/jimage/decompressor/Decompressor
+java/util/Collections$EmptyEnumeration
+jdk/internal/loader/BuiltinClassLoader$1
+java/lang/CompoundEnumeration
+jdk/internal/loader/URLClassPath$1
+java/util/concurrent/CopyOnWriteArrayList$COWIterator
+java/util/ServiceLoader$1
+java/util/ServiceLoader$ProviderImpl
+java/util/ServiceLoader$Provider
+jdk/internal/logger/BootstrapLogger$LoggingBackend
+jdk/internal/logger/BootstrapLogger$RedirectedLoggers
+jdk/internal/logger/BootstrapLogger$BootstrapExecutors
+java/util/logging/LogManager$4
+java/util/logging/Logger$SystemLoggerHelper
+java/util/logging/Logger$SystemLoggerHelper$1
+jdk/internal/logger/DefaultLoggerFinder$1
+java/net/InetAddress
+java/net/InetAddress$1
+java/net/InetAddress$2
+jdk/internal/misc/JavaNetInetAddressAccess
+java/net/InetAddress$InetAddressHolder
+java/util/concurrent/ConcurrentSkipListSet
+java/util/NavigableSet
+java/util/SortedSet
+java/util/concurrent/ConcurrentSkipListMap
+java/util/concurrent/ConcurrentNavigableMap
+java/util/NavigableMap
+java/util/SortedMap
+java/util/concurrent/ConcurrentSkipListMap$Index
+java/util/concurrent/atomic/LongAdder
+java/util/concurrent/atomic/Striped64
+java/util/concurrent/ConcurrentSkipListMap$Node
+java/net/InetAddressImplFactory
+java/net/Inet6AddressImpl
+java/net/InetAddressImpl
+java/net/InetAddress$PlatformNameService
+java/net/InetAddress$NameService
+java/net/Inet4AddressImpl
+java/net/Inet4Address
+java/util/Spliterators$ArraySpliterator
+java/util/concurrent/ConcurrentHashMap$ForwardingNode
+java/util/stream/Collectors
+java/util/stream/Collector$Characteristics
+java/util/EnumSet
+java/util/RegularEnumSet
+java/util/stream/Collectors$CollectorImpl
+java/util/stream/Collector
+java/util/StringJoiner
+java/util/function/BiConsumer
+java/util/function/BinaryOperator
+java/util/stream/ReduceOps
+java/util/stream/ReduceOps$3
+java/util/stream/ReduceOps$ReduceOp
+java/util/stream/ReduceOps$ReduceTask
+java/util/stream/AbstractTask
+java/util/concurrent/CountedCompleter
+java/util/concurrent/ForkJoinTask
+java/util/concurrent/Future
+java/util/concurrent/ForkJoinTask$ExceptionNode
+java/util/concurrent/ForkJoinPool
+java/util/concurrent/AbstractExecutorService
+java/util/concurrent/ExecutorService
+java/util/concurrent/Executor
+java/lang/invoke/VarHandleLongs$FieldInstanceReadWrite
+java/lang/invoke/VarHandleLongs$FieldInstanceReadOnly
+java/lang/invoke/VarHandleObjects$Array
+java/util/concurrent/ForkJoinPool$DefaultForkJoinWorkerThreadFactory
+java/util/concurrent/ForkJoinPool$ForkJoinWorkerThreadFactory
+java/util/concurrent/ForkJoinPool$1
+java/util/concurrent/ForkJoinPool$WorkQueue
+java/util/concurrent/ForkJoinWorkerThread
+java/util/concurrent/ThreadLocalRandom
+java/util/Random
+java/util/concurrent/ForkJoinPool$DefaultForkJoinWorkerThreadFactory$1
+java/util/stream/ReduceOps$3ReducingSink
+java/util/stream/ReduceOps$AccumulatingSink
+java/util/stream/ReduceOps$Box
+java/util/ArrayList$SubList
+java/time/format/DateTimeFormatter
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder
+java/time/ZoneId
+java/time/temporal/TemporalQuery
+java/lang/Character$CharacterCache
+java/time/temporal/ChronoField
+java/time/temporal/TemporalField
+java/time/temporal/ChronoUnit
+java/time/temporal/TemporalUnit
+java/time/Duration
+java/time/temporal/TemporalAmount
+java/math/BigInteger
+java/time/temporal/ValueRange
+java/time/temporal/IsoFields
+java/time/temporal/IsoFields$Field
+java/time/temporal/IsoFields$Field$1
+java/time/temporal/IsoFields$Field$2
+java/time/temporal/IsoFields$Field$3
+java/time/temporal/IsoFields$Field$4
+java/time/temporal/IsoFields$Unit
+java/time/temporal/JulianFields
+java/time/temporal/JulianFields$Field
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$2
+java/time/format/SignStyle
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$NumberPrinterParser
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$DateTimePrinterParser
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$CharLiteralPrinterParser
+java/time/format/ResolverStyle
+java/time/chrono/IsoChronology
+java/time/chrono/AbstractChronology
+java/time/chrono/Chronology
+java/util/Locale$Category
+java/util/Locale$1
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$CompositePrinterParser
+java/time/format/DecimalStyle
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$SettingsParser
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$OffsetIdPrinterParser
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$FractionPrinterParser
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$ZoneIdPrinterParser
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$StringLiteralPrinterParser
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$InstantPrinterParser
+java/lang/Long$LongCache
+java/time/format/TextStyle
+java/util/Collections$SingletonMap
+java/time/format/DateTimeTextProvider$LocaleStore
+java/util/AbstractMap$SimpleImmutableEntry
+java/util/Collections$SingletonSet
+java/util/Collections$1
+java/util/LinkedHashMap$LinkedEntrySet
+java/util/LinkedHashMap$LinkedEntryIterator
+java/util/LinkedHashMap$LinkedHashIterator
+java/time/format/DateTimeTextProvider
+java/time/format/DateTimeTextProvider$1
+java/util/Arrays$LegacyMergeSort
+java/util/TimSort
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$1
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$TextPrinterParser
+java/time/Period
+java/time/chrono/ChronoPeriod
+java/time/ZoneOffset
+java/time/temporal/TemporalAdjuster
+java/time/ZoneRegion
+java/time/zone/ZoneRules
+java/time/zone/ZoneOffsetTransitionRule
+java/time/LocalDateTime
+java/time/temporal/Temporal
+java/time/chrono/ChronoLocalDateTime
+java/time/LocalDate
+java/time/chrono/ChronoLocalDate
+java/time/LocalTime
+java/time/Clock
+java/time/Clock$SystemClock
+java/time/Instant
+java/time/format/DateTimePrintContext
+java/time/temporal/TemporalQueries
+java/time/temporal/TemporalQueries$1
+java/time/temporal/TemporalQueries$2
+java/time/temporal/TemporalQueries$3
+java/time/temporal/TemporalQueries$4
+java/time/temporal/TemporalQueries$5
+java/time/temporal/TemporalQueries$6
+java/time/temporal/TemporalQueries$7
+java/time/LocalDate$1
+java/time/format/DateTimeFormatterBuilder$3
+java/time/LocalTime$1
+java/math/BigDecimal
+java/math/BigDecimal$1
+java/math/RoundingMode
+java/text/DateFormat
+java/text/Format
+java/text/spi/DateFormatProvider
+java/util/spi/LocaleServiceProvider
+sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter
+sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter$Type
+sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter$NonExistentAdapter
+sun/util/locale/provider/FallbackLocaleProviderAdapter
+sun/util/locale/provider/JRELocaleProviderAdapter
+sun/util/locale/provider/ResourceBundleBasedAdapter
+sun/util/locale/LanguageTag
+sun/util/locale/provider/LocaleResources
+sun/util/resources/LocaleData
+java/util/ResourceBundle$Control
+java/util/ResourceBundle$Control$CandidateListCache
+java/util/ResourceBundle
+sun/util/locale/provider/LocaleProviderAdapter$1
+sun/util/cldr/CLDRLocaleProviderAdapter
+sun/util/cldr/CLDRBaseLocaleDataMetaInfo
+sun/util/locale/provider/LocaleDataMetaInfo
+sun/util/locale/ParseStatus
+sun/util/locale/StringTokenIterator
+sun/util/cldr/CLDRLocaleProviderAdapter$1
+java/lang/invoke/DirectMethodHandle$Special
+sun/util/locale/provider/DateFormatProviderImpl
+sun/util/locale/provider/AvailableLanguageTags
+java/util/StringTokenizer
+sun/util/locale/provider/CalendarDataUtility
+java/text/SimpleDateFormat
+java/text/DateFormat$Field
+java/text/Format$Field
+java/text/AttributedCharacterIterator$Attribute
+java/util/Calendar
+java/util/TimeZone
+sun/util/calendar/ZoneInfo
+sun/util/calendar/ZoneInfoFile
+sun/util/calendar/ZoneInfoFile$1
+java/io/DataInputStream
+sun/util/calendar/ZoneInfoFile$ZoneOffsetTransitionRule
+sun/util/spi/CalendarProvider
+sun/util/locale/provider/CalendarProviderImpl
+java/util/Calendar$Builder
+java/util/GregorianCalendar
+sun/util/calendar/CalendarSystem
+sun/util/calendar/Gregorian
+sun/util/calendar/BaseCalendar
+sun/util/calendar/AbstractCalendar
+java/util/spi/CalendarDataProvider
+sun/util/locale/provider/LocaleServiceProviderPool
+java/text/spi/BreakIteratorProvider
+java/text/spi/CollatorProvider
+java/text/spi/DateFormatSymbolsProvider
+java/text/spi/DecimalFormatSymbolsProvider
+java/text/spi/NumberFormatProvider
+java/util/spi/CurrencyNameProvider
+java/util/spi/LocaleNameProvider
+java/util/spi/TimeZoneNameProvider
+sun/util/locale/provider/CalendarDataUtility$CalendarWeekParameterGetter
+sun/util/locale/provider/LocaleServiceProviderPool$LocalizedObjectGetter
+java/util/ResourceBundle$NoFallbackControl
+java/util/ResourceBundle$SingleFormatControl
+java/util/LinkedList
+java/util/AbstractSequentialList
+java/util/LinkedList$Node
+sun/util/cldr/CLDRCalendarDataProviderImpl
+sun/util/locale/provider/CalendarDataProviderImpl
+sun/util/logging/PlatformLogger
+sun/util/logging/PlatformLogger$Level
+java/lang/System$Logger$Level
+jdk/internal/logger/LazyLoggers
+jdk/internal/logger/LazyLoggers$1
+jdk/internal/logger/LazyLoggers$LazyLoggerFactories
+jdk/internal/logger/LoggerFinderLoader
+sun/util/logging/internal/LoggingProviderImpl$JULWrapper
+sun/util/logging/PlatformLogger$ConfigurableBridge$LoggerConfiguration
+sun/util/calendar/Gregorian$Date
+sun/util/calendar/BaseCalendar$Date
+sun/util/calendar/CalendarDate
+sun/util/calendar/CalendarUtils
+java/text/DateFormatSymbols
+sun/util/locale/provider/DateFormatSymbolsProviderImpl
+sun/util/resources/LocaleData$1
+sun/util/resources/LocaleData$LocaleDataStrategy
+sun/util/resources/Bundles$Strategy
+sun/util/resources/Bundles
+sun/util/resources/Bundles$1
+java/util/ResourceBundle$1
+jdk/internal/misc/JavaUtilResourceBundleAccess
+java/util/ResourceBundle$2
+sun/util/resources/Bundles$CacheKey
+sun/text/resources/cldr/FormatData
+java/util/ListResourceBundle
+java/util/ResourceBundle$ResourceBundleProviderHelper
+sun/util/resources/Bundles$BundleReference
+sun/util/resources/Bundles$CacheKeyReference
+java/text/NumberFormat
+sun/util/locale/provider/NumberFormatProviderImpl
+sun/util/locale/provider/LocaleResources$ResourceReference
+java/text/DecimalFormatSymbols
+sun/util/locale/provider/DecimalFormatSymbolsProviderImpl
+java/text/DecimalFormat
+java/text/FieldPosition
+java/text/DigitList
+java/util/Date
+java/text/DontCareFieldPosition
+java/text/DontCareFieldPosition$1
+java/text/Format$FieldDelegate
+java/text/NumberFormat$Field
+java/util/Formatter
+java/util/regex/Pattern
+java/util/regex/Pattern$1
+java/util/regex/Pattern$Node
+java/util/regex/Pattern$LastNode
+java/util/regex/Pattern$GroupHead
+java/util/regex/Pattern$BmpCharPredicate
+java/util/regex/Pattern$CharPredicate
+java/util/regex/Pattern$BmpCharProperty
+java/util/regex/Pattern$CharProperty
+java/util/regex/Pattern$GroupTail
+java/util/regex/CharPredicates
+java/util/regex/Pattern$BmpCharPropertyGreedy
+java/util/regex/Pattern$CharPropertyGreedy
+java/util/regex/Pattern$Ques
+java/util/regex/Pattern$Qtype
+java/util/regex/Pattern$BranchConn
+java/util/regex/Pattern$Branch
+java/util/regex/Pattern$BitClass
+java/util/regex/Pattern$Slice
+java/util/regex/Pattern$SliceNode
+java/util/regex/Pattern$Begin
+java/util/regex/Pattern$First
+java/util/regex/Pattern$Start
+java/util/regex/Pattern$TreeInfo
+java/util/regex/Matcher
+java/util/regex/MatchResult
+java/util/regex/IntHashSet
+java/util/regex/ASCII
+java/util/Formatter$FormatSpecifier
+java/util/Formatter$FormatString
+java/util/Formatter$Flags
+java/util/Formatter$Conversion
+java/util/Formattable
+java/util/logging/LogRecord
+java/util/logging/ConsoleHandler
+java/util/logging/StreamHandler
+java/util/logging/SimpleFormatter
+java/util/logging/Formatter
+jdk/internal/logger/SurrogateLogger
+jdk/internal/logger/SimpleConsoleLogger
+jdk/internal/logger/SimpleConsoleLogger$Formatting
+java/util/logging/ErrorManager
+java/util/logging/Handler$1
+java/util/logging/StreamHandler$1
+java/util/logging/LogManager$CloseOnReset
+java/time/ZonedDateTime
+java/time/chrono/ChronoZonedDateTime
+java/util/logging/LogRecord$CallerFinder
+java/lang/StackWalker$Option
+java/lang/StackStreamFactory
+java/lang/StackWalker$ExtendedOption
+java/lang/StackStreamFactory$StackFrameTraverser
+java/lang/StackStreamFactory$WalkerState
+java/lang/StackStreamFactory$1
+java/lang/StackStreamFactory$StackFrameTraverser$StackFrameBuffer
+java/lang/StackStreamFactory$FrameBuffer
+java/util/stream/ReferencePipeline$2
+java/util/stream/ReferencePipeline$2$1
+java/util/logging/Level$RbAccess
+java/util/ResourceBundle$CacheKey
+java/util/ResourceBundle$KeyElementReference
+java/util/ResourceBundle$CacheKeyReference
+java/util/ResourceBundle$3
+sun/util/logging/resources/logging
+java/util/ResourceBundle$BundleReference
+jdk/internal/module/Checks
+jdk/internal/jimage/ImageLocation
+java/util/Formatter$DateTime
+java/util/Formatter$FixedString
+java/time/ZonedDateTime$1
+sun/text/resources/cldr/FormatData_en
+java/util/IdentityHashMap$KeyIterator
+java/util/IdentityHashMap$IdentityHashMapIterator
diff --git a/jalview_java2/lib/fontconfig.bfc b/jalview_java2/lib/fontconfig.bfc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ff37a46
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/fontconfig.bfc differ
diff --git a/jalview_java2/lib/fontconfig.properties.src b/jalview_java2/lib/fontconfig.properties.src
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e1b8cdc
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,258 @@
+#
+# Copyright (c) 2011, 2012, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+# DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+#
+# This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+# under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+# published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+# particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+# by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+#
+# This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+# ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+# version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+# accompanied this code).
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License version
+# 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+# Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+#
+# Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+# or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+# questions.
+#
+
+# Version
+
+version=1
+
+# Component Font Mappings
+
+allfonts.chinese-ms936=SimSun
+allfonts.chinese-gb18030=SimSun-18030
+allfonts.chinese-hkscs=MingLiU_HKSCS
+allfonts.devanagari=Mangal
+allfonts.dingbats=Wingdings
+allfonts.symbol=Symbol
+
+serif.plain.alphabetic=Times New Roman
+serif.plain.chinese-ms950=MingLiU
+serif.plain.hebrew=David
+serif.plain.japanese=MS Mincho
+serif.plain.korean=Batang
+
+serif.bold.alphabetic=Times New Roman Bold
+serif.bold.chinese-ms950=PMingLiU
+serif.bold.hebrew=David Bold
+serif.bold.japanese=MS Mincho
+serif.bold.korean=Batang
+
+serif.italic.alphabetic=Times New Roman Italic
+serif.italic.chinese-ms950=PMingLiU
+serif.italic.hebrew=David
+serif.italic.japanese=MS Mincho
+serif.italic.korean=Batang
+
+serif.bolditalic.alphabetic=Times New Roman Bold Italic
+serif.bolditalic.chinese-ms950=PMingLiU
+serif.bolditalic.hebrew=David Bold
+serif.bolditalic.japanese=MS Mincho
+serif.bolditalic.korean=Batang
+
+sansserif.plain.alphabetic=Arial
+sansserif.plain.chinese-ms950=MingLiU
+sansserif.plain.hebrew=David
+sansserif.plain.japanese=MS Gothic
+sansserif.plain.korean=Gulim
+
+sansserif.bold.alphabetic=Arial Bold
+sansserif.bold.chinese-ms950=PMingLiU
+sansserif.bold.hebrew=David Bold
+sansserif.bold.japanese=MS Gothic
+sansserif.bold.korean=Gulim
+
+sansserif.italic.alphabetic=Arial Italic
+sansserif.italic.chinese-ms950=PMingLiU
+sansserif.italic.hebrew=David
+sansserif.italic.japanese=MS Gothic
+sansserif.italic.korean=Gulim
+
+sansserif.bolditalic.alphabetic=Arial Bold Italic
+sansserif.bolditalic.chinese-ms950=PMingLiU
+sansserif.bolditalic.hebrew=David Bold
+sansserif.bolditalic.japanese=MS Gothic
+sansserif.bolditalic.korean=Gulim
+
+monospaced.plain.alphabetic=Courier New
+monospaced.plain.chinese-ms950=MingLiU
+monospaced.plain.hebrew=David
+monospaced.plain.japanese=MS Gothic
+monospaced.plain.korean=GulimChe
+
+monospaced.bold.alphabetic=Courier New Bold
+monospaced.bold.chinese-ms950=PMingLiU
+monospaced.bold.hebrew=David Bold
+monospaced.bold.japanese=MS Gothic
+monospaced.bold.korean=GulimChe
+
+monospaced.italic.alphabetic=Courier New Italic
+monospaced.italic.chinese-ms950=PMingLiU
+monospaced.italic.hebrew=David
+monospaced.italic.japanese=MS Gothic
+monospaced.italic.korean=GulimChe
+
+monospaced.bolditalic.alphabetic=Courier New Bold Italic
+monospaced.bolditalic.chinese-ms950=PMingLiU
+monospaced.bolditalic.hebrew=David Bold
+monospaced.bolditalic.japanese=MS Gothic
+monospaced.bolditalic.korean=GulimChe
+
+dialog.plain.alphabetic=Arial
+dialog.plain.chinese-ms950=MingLiU
+dialog.plain.hebrew=David
+dialog.plain.japanese=MS Gothic
+dialog.plain.korean=Gulim
+
+dialog.bold.alphabetic=Arial Bold
+dialog.bold.chinese-ms950=PMingLiU
+dialog.bold.hebrew=David Bold
+dialog.bold.japanese=MS Gothic
+dialog.bold.korean=Gulim
+
+dialog.italic.alphabetic=Arial Italic
+dialog.italic.chinese-ms950=PMingLiU
+dialog.italic.hebrew=David
+dialog.italic.japanese=MS Gothic
+dialog.italic.korean=Gulim
+
+dialog.bolditalic.alphabetic=Arial Bold Italic
+dialog.bolditalic.chinese-ms950=PMingLiU
+dialog.bolditalic.hebrew=David Bold
+dialog.bolditalic.japanese=MS Gothic
+dialog.bolditalic.korean=Gulim
+
+dialoginput.plain.alphabetic=Courier New
+dialoginput.plain.chinese-ms950=MingLiU
+dialoginput.plain.hebrew=David
+dialoginput.plain.japanese=MS Gothic
+dialoginput.plain.korean=Gulim
+
+dialoginput.bold.alphabetic=Courier New Bold
+dialoginput.bold.chinese-ms950=PMingLiU
+dialoginput.bold.hebrew=David Bold
+dialoginput.bold.japanese=MS Gothic
+dialoginput.bold.korean=Gulim
+
+dialoginput.italic.alphabetic=Courier New Italic
+dialoginput.italic.chinese-ms950=PMingLiU
+dialoginput.italic.hebrew=David
+dialoginput.italic.japanese=MS Gothic
+dialoginput.italic.korean=Gulim
+
+dialoginput.bolditalic.alphabetic=Courier New Bold Italic
+dialoginput.bolditalic.chinese-ms950=PMingLiU
+dialoginput.bolditalic.hebrew=David Bold
+dialoginput.bolditalic.japanese=MS Gothic
+dialoginput.bolditalic.korean=Gulim
+
+# Search Sequences
+
+sequence.allfonts=alphabetic/default,dingbats,symbol
+
+sequence.serif.GBK=alphabetic,chinese-ms936,dingbats,symbol
+sequence.sansserif.GBK=alphabetic,chinese-ms936,dingbats,symbol
+sequence.monospaced.GBK=chinese-ms936,alphabetic,dingbats,symbol
+sequence.dialog.GBK=alphabetic,chinese-ms936,dingbats,symbol
+sequence.dialoginput.GBK=alphabetic,chinese-ms936,dingbats,symbol
+
+sequence.serif.GB18030=alphabetic,chinese-gb18030,dingbats,symbol
+sequence.sansserif.GB18030=alphabetic,chinese-gb18030,dingbats,symbol
+sequence.monospaced.GB18030=chinese-gb18030,alphabetic,dingbats,symbol
+sequence.dialog.GB18030=alphabetic,chinese-gb18030,dingbats,symbol
+sequence.dialoginput.GB18030=alphabetic,chinese-gb18030,dingbats,symbol
+
+sequence.serif.x-windows-950=alphabetic,chinese-ms950,dingbats,symbol
+sequence.sansserif.x-windows-950=alphabetic,chinese-ms950,dingbats,symbol
+sequence.monospaced.x-windows-950=chinese-ms950,alphabetic,dingbats,symbol
+sequence.dialog.x-windows-950=alphabetic,chinese-ms950,dingbats,symbol
+sequence.dialoginput.x-windows-950=alphabetic,chinese-ms950,dingbats,symbol
+
+sequence.serif.x-MS950-HKSCS=alphabetic,chinese-ms950,chinese-hkscs,dingbats,symbol
+sequence.sansserif.x-MS950-HKSCS=alphabetic,chinese-ms950,chinese-hkscs,dingbats,symbol
+sequence.monospaced.x-MS950-HKSCS=chinese-ms950,alphabetic,chinese-hkscs,dingbats,symbol
+sequence.dialog.x-MS950-HKSCS=alphabetic,chinese-ms950,chinese-hkscs,dingbats,symbol
+sequence.dialoginput.x-MS950-HKSCS=alphabetic,chinese-ms950,chinese-hkscs,dingbats,symbol
+
+sequence.allfonts.UTF-8.hi=alphabetic/1252,devanagari,dingbats,symbol
+
+sequence.allfonts.windows-1255=hebrew,alphabetic/1252,dingbats,symbol
+
+sequence.serif.windows-31j=alphabetic,japanese,dingbats,symbol
+sequence.sansserif.windows-31j=alphabetic,japanese,dingbats,symbol
+sequence.monospaced.windows-31j=japanese,alphabetic,dingbats,symbol
+sequence.dialog.windows-31j=alphabetic,japanese,dingbats,symbol
+sequence.dialoginput.windows-31j=alphabetic,japanese,dingbats,symbol
+
+sequence.serif.x-windows-949=alphabetic,korean,dingbats,symbol
+sequence.sansserif.x-windows-949=alphabetic,korean,dingbats,symbol
+sequence.monospaced.x-windows-949=korean,alphabetic,dingbats,symbol
+sequence.dialog.x-windows-949=alphabetic,korean,dingbats,symbol
+sequence.dialoginput.x-windows-949=alphabetic,korean,dingbats,symbol
+
+sequence.allfonts.x-windows-874=alphabetic,dingbats,symbol
+
+sequence.fallback=chinese-ms950,chinese-hkscs,chinese-ms936,chinese-gb18030,\
+                  japanese,korean
+
+# Exclusion Ranges
+
+exclusion.alphabetic=0700-1e9f,1f00-20ab,20ad-f8ff
+exclusion.chinese-gb18030=0390-03d6,2200-22ef,2701-27be
+exclusion.hebrew=0041-005a,0060-007a,007f-00ff,20ac-20ac
+
+# Monospaced to Proportional width variant mapping
+# (Experimental private syntax)
+proportional.MS_Gothic=MS PGothic
+proportional.MS_Mincho=MS PMincho
+proportional.MingLiU=PMingLiU
+
+# Font File Names
+
+filename.Arial=ARIAL.TTF
+filename.Arial_Bold=ARIALBD.TTF
+filename.Arial_Italic=ARIALI.TTF
+filename.Arial_Bold_Italic=ARIALBI.TTF
+
+filename.Courier_New=COUR.TTF
+filename.Courier_New_Bold=COURBD.TTF
+filename.Courier_New_Italic=COURI.TTF
+filename.Courier_New_Bold_Italic=COURBI.TTF
+
+filename.Times_New_Roman=TIMES.TTF
+filename.Times_New_Roman_Bold=TIMESBD.TTF
+filename.Times_New_Roman_Italic=TIMESI.TTF
+filename.Times_New_Roman_Bold_Italic=TIMESBI.TTF
+
+filename.SimSun=SIMSUN.TTC
+filename.SimSun-18030=SIMSUN18030.TTC
+
+filename.MingLiU=MINGLIU.TTC
+filename.PMingLiU=MINGLIU.TTC
+filename.MingLiU_HKSCS=hkscsm3u.ttf
+
+filename.David=DAVID.TTF
+filename.David_Bold=DAVIDBD.TTF
+
+filename.MS_Mincho=MSMINCHO.TTC
+filename.MS_PMincho=MSMINCHO.TTC
+filename.MS_Gothic=MSGOTHIC.TTC
+filename.MS_PGothic=MSGOTHIC.TTC
+
+filename.Gulim=gulim.TTC
+filename.Batang=batang.TTC
+filename.GulimChe=gulim.TTC
+
+filename.Mangal=MANGAL.TTF
+filename.Symbol=SYMBOL.TTF
+filename.Wingdings=WINGDING.TTF
diff --git a/jalview_java2/lib/jli/libjli.dylib b/jalview_java2/lib/jli/libjli.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7beca99
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/jli/libjli.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/jrt-fs.jar b/jalview_java2/lib/jrt-fs.jar
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1f6954e
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/jrt-fs.jar differ
diff --git a/jalview_java2/lib/jspawnhelper b/jalview_java2/lib/jspawnhelper
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..935f19f
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/jspawnhelper differ
diff --git a/jalview_java2/lib/jvm.cfg b/jalview_java2/lib/jvm.cfg
new file mode 100644 (file)
index 0000000..97225c8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2 @@
+-server KNOWN
+-client IGNORE
diff --git a/jalview_java2/lib/libawt.dylib b/jalview_java2/lib/libawt.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9a5983d
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libawt.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libawt_lwawt.dylib b/jalview_java2/lib/libawt_lwawt.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b27c719
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libawt_lwawt.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libfontmanager.dylib b/jalview_java2/lib/libfontmanager.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6b682e9
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libfontmanager.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libfreetype.dylib b/jalview_java2/lib/libfreetype.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2814c96
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libfreetype.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libjava.dylib b/jalview_java2/lib/libjava.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a5f93c1
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libjava.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libjavajpeg.dylib b/jalview_java2/lib/libjavajpeg.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4bff2bb
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libjavajpeg.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libjawt.dylib b/jalview_java2/lib/libjawt.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..425f035
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libjawt.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libjimage.dylib b/jalview_java2/lib/libjimage.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..129a2c6
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libjimage.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libjsig.dylib b/jalview_java2/lib/libjsig.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5c0b243
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libjsig.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libjsound.dylib b/jalview_java2/lib/libjsound.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5611374
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libjsound.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/liblcms.dylib b/jalview_java2/lib/liblcms.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..028bcdc
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/liblcms.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libmanagement.dylib b/jalview_java2/lib/libmanagement.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1d21ed4
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libmanagement.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libmlib_image.dylib b/jalview_java2/lib/libmlib_image.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b1375e4
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libmlib_image.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libnet.dylib b/jalview_java2/lib/libnet.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5e7bc47
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libnet.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libnio.dylib b/jalview_java2/lib/libnio.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..404b525
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libnio.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libosx.dylib b/jalview_java2/lib/libosx.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6cd58c7
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libosx.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libosxapp.dylib b/jalview_java2/lib/libosxapp.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..53788b6
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libosxapp.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libosxsecurity.dylib b/jalview_java2/lib/libosxsecurity.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8bdd0a8
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libosxsecurity.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libosxui.dylib b/jalview_java2/lib/libosxui.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fcf2722
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libosxui.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libprefs.dylib b/jalview_java2/lib/libprefs.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..06ca41f
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libprefs.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/librmi.dylib b/jalview_java2/lib/librmi.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e9b1580
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/librmi.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libsplashscreen.dylib b/jalview_java2/lib/libsplashscreen.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f1a37cf
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libsplashscreen.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libverify.dylib b/jalview_java2/lib/libverify.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..646886f
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libverify.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/libzip.dylib b/jalview_java2/lib/libzip.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2968a5b
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/libzip.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/modules b/jalview_java2/lib/modules
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ec20bd5
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/modules differ
diff --git a/jalview_java2/lib/psfont.properties.ja b/jalview_java2/lib/psfont.properties.ja
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d17cf40
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,119 @@
+#
+#
+# Copyright (c) 1996, 2000, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+# DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+#
+# This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+# under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+# published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+# particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+# by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+#
+# This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+# ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+# version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+# accompanied this code).
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License version
+# 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+# Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+#
+# Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+# or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+# questions.
+#
+
+#
+#      Japanese PostScript printer property file
+#
+font.num=16
+#
+serif=serif
+timesroman=serif
+sansserif=sansserif
+helvetica=sansserif
+monospaced=monospaced
+courier=monospaced
+dialog=sansserif
+dialoginput=monospaced
+#
+serif.latin1.plain=Times-Roman
+serif.latin1.italic=Times-Italic
+serif.latin1.bolditalic=Times-BoldItalic
+serif.latin1.bold=Times-Bold
+#
+sansserif.latin1.plain=Helvetica
+sansserif.latin1.italic=Helvetica-Oblique
+sansserif.latin1.bolditalic=Helvetica-BoldOblique
+sansserif.latin1.bold=Helvetica-Bold
+#
+monospaced.latin1.plain=Courier
+monospaced.latin1.italic=Courier-Oblique
+monospaced.latin1.bolditalic=Courier-BoldOblique
+monospaced.latin1.bold=Courier-Bold
+#
+serif.x11jis0208.plain=Ryumin-Light-H
+serif.x11jis0208.italic=Ryumin-Light-H
+serif.x11jis0208.bolditalic=Ryumin-Light-H
+serif.x11jis0208.bold=Ryumin-Light-H
+#
+sansserif.x11jis0208.plain=GothicBBB-Medium-H
+sansserif.x11jis0208.italic=GothicBBB-Medium-H
+sansserif.x11jis0208.bolditalic=GothicBBB-Medium-H
+sansserif.x11jis0208.bold=GothicBBB-Medium-H
+#
+monospaced.x11jis0208.plain=GothicBBB-Medium-H
+monospaced.x11jis0208.italic=GothicBBB-Medium-H
+monospaced.x11jis0208.bolditalic=GothicBBB-Medium-H
+monospaced.x11jis0208.bold=GothicBBB-Medium-H
+#
+serif.x11jis0201.plain=Ryumin-Light.Hankaku
+serif.x11jis0201.italic=Ryumin-Light.Hankaku
+serif.x11jis0201.bolditalic=Ryumin-Light.Hankaku
+serif.x11jis0201.bold=Ryumin-Light.Hankaku
+#
+sansserif.x11jis0201.plain=GothicBBB-Medium.Hankaku
+sansserif.x11jis0201.italic=GothicBBB-Medium.Hankaku
+sansserif.x11jis0201.bolditalic=GothicBBB-Medium.Hankaku
+sansserif.x11jis0201.bold=GothicBBB-Medium.Hankaku
+#
+monospaced.x11jis0201.plain=GothicBBB-Medium.Hankaku
+monospaced.x11jis0201.italic=GothicBBB-Medium.Hankaku
+monospaced.x11jis0201.bolditalic=GothicBBB-Medium.Hankaku
+monospaced.x11jis0201.bold=GothicBBB-Medium.Hankaku
+#
+Helvetica=0
+Helvetica-Bold=1
+Helvetica-Oblique=2
+Helvetica-BoldOblique=3
+Times-Roman=4
+Times-Bold=5
+Times-Italic=6
+Times-BoldItalic=7
+Courier=8
+Courier-Bold=9
+Courier-Oblique=10
+Courier-BoldOblique=11
+GothicBBB-Medium-H=12
+Ryumin-Light-H=13
+GothicBBB-Medium.Hankaku=14
+Ryumin-Light.Hankaku=15
+#
+font.0=Helvetica ISOF
+font.1=Helvetica-Bold ISOF
+font.2=Helvetica-Oblique ISOF
+font.3=Helvetica-BoldOblique ISOF
+font.4=Times-Roman ISOF
+font.5=Times-Bold ISOF
+font.6=Times-Italic ISOF
+font.7=Times-BoldItalic ISOF
+font.8=Courier ISOF
+font.9=Courier-Bold ISOF
+font.10=Courier-Oblique ISOF
+font.11=Courier-BoldOblique ISOF
+font.12=GothicBBB-Medium-H findfont
+font.13=Ryumin-Light-H findfont
+font.14=GothicBBB-Medium.Hankaku findfont
+font.15=Ryumin-Light.Hankaku findfont
+#
diff --git a/jalview_java2/lib/psfontj2d.properties b/jalview_java2/lib/psfontj2d.properties
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5eb2c4b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,323 @@
+#
+#
+# Copyright (c) 1999, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.
+# DO NOT ALTER OR REMOVE COPYRIGHT NOTICES OR THIS FILE HEADER.
+#
+# This code is free software; you can redistribute it and/or modify it
+# under the terms of the GNU General Public License version 2 only, as
+# published by the Free Software Foundation.  Oracle designates this
+# particular file as subject to the "Classpath" exception as provided
+# by Oracle in the LICENSE file that accompanied this code.
+#
+# This code is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
+# ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
+# FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
+# version 2 for more details (a copy is included in the LICENSE file that
+# accompanied this code).
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License version
+# 2 along with this work; if not, write to the Free Software Foundation,
+# Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+#
+# Please contact Oracle, 500 Oracle Parkway, Redwood Shores, CA 94065 USA
+# or visit www.oracle.com if you need additional information or have any
+# questions.
+
+#
+#      PostScript printer property file for Java 2D printing.
+#
+# WARNING: This is an internal implementation file, not a public file.
+# Any customisation or reliance on the existence of this file and its
+# contents or syntax is discouraged and unsupported.
+# It may be incompatibly changed or removed without any notice.
+#
+#
+font.num=35
+#
+# Legacy logical font family names and logical font aliases should all
+# map to the primary logical font names.
+#
+serif=serif
+times=serif
+timesroman=serif
+sansserif=sansserif
+helvetica=sansserif
+dialog=sansserif
+dialoginput=monospaced
+monospaced=monospaced
+courier=monospaced
+#
+# Next, physical fonts which can be safely mapped to standard postscript fonts
+# These keys generally map to a value which is the same as the key, so
+# the key/value is just a way to say the font has a mapping.
+# Sometimes however we map more than one screen font to the same PS font.
+#
+avantgarde=avantgarde_book
+avantgarde_book=avantgarde_book
+avantgarde_demi=avantgarde_demi
+avantgarde_book_oblique=avantgarde_book_oblique
+avantgarde_demi_oblique=avantgarde_demi_oblique
+#
+itcavantgarde=avantgarde_book
+itcavantgarde=avantgarde_book
+itcavantgarde_demi=avantgarde_demi
+itcavantgarde_oblique=avantgarde_book_oblique
+itcavantgarde_demi_oblique=avantgarde_demi_oblique
+#
+bookman=bookman_light
+bookman_light=bookman_light
+bookman_demi=bookman_demi
+bookman_light_italic=bookman_light_italic
+bookman_demi_italic=bookman_demi_italic
+#
+# Exclude "helvetica" on its own as that's a legacy name for a logical font
+helvetica_bold=helvetica_bold
+helvetica_oblique=helvetica_oblique
+helvetica_bold_oblique=helvetica_bold_oblique
+#
+itcbookman_light=bookman_light
+itcbookman_demi=bookman_demi
+itcbookman_light_italic=bookman_light_italic
+itcbookman_demi_italic=bookman_demi_italic
+#
+# Exclude "courier" on its own as that's a legacy name for a logical font
+courier_bold=courier_bold
+courier_oblique=courier_oblique
+courier_bold_oblique=courier_bold_oblique
+#
+courier_new=courier
+courier_new_bold=courier_bold
+#
+monotype_century_schoolbook=newcenturyschoolbook
+monotype_century_schoolbook_bold=newcenturyschoolbook_bold
+monotype_century_schoolbook_italic=newcenturyschoolbook_italic
+monotype_century_schoolbook_bold_italic=newcenturyschoolbook_bold_italic
+#
+newcenturyschoolbook=newcenturyschoolbook
+newcenturyschoolbook_bold=newcenturyschoolbook_bold
+newcenturyschoolbook_italic=newcenturyschoolbook_italic
+newcenturyschoolbook_bold_italic=newcenturyschoolbook_bold_italic
+#
+palatino=palatino
+palatino_bold=palatino_bold
+palatino_italic=palatino_italic
+palatino_bold_italic=palatino_bold_italic
+#
+# Exclude "times" on its own as that's a legacy name for a logical font
+times_bold=times_roman_bold
+times_italic=times_roman_italic
+times_bold_italic=times_roman_bold_italic
+#
+times_roman=times_roman
+times_roman_bold=times_roman_bold
+times_roman_italic=times_roman_italic
+times_roman_bold_italic=times_roman_bold_italic
+#
+times_new_roman=times_roman
+times_new_roman_bold=times_roman_bold
+times_new_roman_italic=times_roman_italic
+times_new_roman_bold_italic=times_roman_bold_italic
+#
+zapfchancery_italic=zapfchancery_italic
+itczapfchancery_italic=zapfchancery_italic
+#
+# Next the mapping of the font name + charset + style to Postscript font name
+# for the logical fonts.
+#
+serif.latin1.plain=Times-Roman
+serif.latin1.bold=Times-Bold
+serif.latin1.italic=Times-Italic
+serif.latin1.bolditalic=Times-BoldItalic
+serif.symbol.plain=Symbol
+serif.dingbats.plain=ZapfDingbats
+serif.symbol.bold=Symbol
+serif.dingbats.bold=ZapfDingbats
+serif.symbol.italic=Symbol
+serif.dingbats.italic=ZapfDingbats
+serif.symbol.bolditalic=Symbol
+serif.dingbats.bolditalic=ZapfDingbats
+#
+sansserif.latin1.plain=Helvetica
+sansserif.latin1.bold=Helvetica-Bold
+sansserif.latin1.italic=Helvetica-Oblique
+sansserif.latin1.bolditalic=Helvetica-BoldOblique
+sansserif.symbol.plain=Symbol
+sansserif.dingbats.plain=ZapfDingbats
+sansserif.symbol.bold=Symbol
+sansserif.dingbats.bold=ZapfDingbats
+sansserif.symbol.italic=Symbol
+sansserif.dingbats.italic=ZapfDingbats
+sansserif.symbol.bolditalic=Symbol
+sansserif.dingbats.bolditalic=ZapfDingbats
+#
+monospaced.latin1.plain=Courier
+monospaced.latin1.bold=Courier-Bold
+monospaced.latin1.italic=Courier-Oblique
+monospaced.latin1.bolditalic=Courier-BoldOblique
+monospaced.symbol.plain=Symbol
+monospaced.dingbats.plain=ZapfDingbats
+monospaced.symbol.bold=Symbol
+monospaced.dingbats.bold=ZapfDingbats
+monospaced.symbol.italic=Symbol
+monospaced.dingbats.italic=ZapfDingbats
+monospaced.symbol.bolditalic=Symbol
+monospaced.dingbats.bolditalic=ZapfDingbats
+#
+# Next the mapping of the font name + charset + style to Postscript font name
+# for the physical fonts. Since these always report style as plain, the
+# style key is always plain. So we map using the face name to the correct
+# style for the postscript font. This is possible since the face names can
+# be replied upon to be different for each style.
+# However an application may try to create a Font applying a style to an
+# physical name. We want to map to the correct Postscript font there too
+# if possible but we do not map cases where the application tries to
+# augment a style (eg ask for a bold version of a bold font)
+# Defer to the 2D package to attempt create an artificially styled version
+#
+avantgarde_book.latin1.plain=AvantGarde-Book
+avantgarde_demi.latin1.plain=AvantGarde-Demi
+avantgarde_book_oblique.latin1.plain=AvantGarde-BookOblique
+avantgarde_demi_oblique.latin1.plain=AvantGarde-DemiOblique
+#
+avantgarde_book.latin1.bold=AvantGarde-Demi
+avantgarde_book.latin1.italic=AvantGarde-BookOblique
+avantgarde_book.latin1.bolditalic=AvantGarde-DemiOblique
+avantgarde_demi.latin1.italic=AvantGarde-DemiOblique
+avantgarde_book_oblique.latin1.bold=AvantGarde-DemiOblique
+#
+bookman_light.latin1.plain=Bookman-Light
+bookman_demi.latin1.plain=Bookman-Demi
+bookman_light_italic.latin1.plain=Bookman-LightItalic
+bookman_demi_italic.latin1.plain=Bookman-DemiItalic
+#
+bookman_light.latin1.bold=Bookman-Demi
+bookman_light.latin1.italic=Bookman-LightItalic
+bookman_light.latin1.bolditalic=Bookman-DemiItalic
+bookman_light_bold.latin1.italic=Bookman-DemiItalic
+bookman_light_italic.latin1.bold=Bookman-DemiItalic
+#
+courier.latin1.plain=Courier
+courier_bold.latin1.plain=Courier-Bold
+courier_oblique.latin1.plain=Courier-Oblique
+courier_bold_oblique.latin1.plain=Courier-BoldOblique
+courier.latin1.bold=Courier-Bold
+courier.latin1.italic=Courier-Oblique
+courier.latin1.bolditalic=Courier-BoldOblique
+courier_bold.latin1.italic=Courier-BoldOblique
+courier_italic.latin1.bold=Courier-BoldOblique
+#
+helvetica_bold.latin1.plain=Helvetica-Bold
+helvetica_oblique.latin1.plain=Helvetica-Oblique
+helvetica_bold_oblique.latin1.plain=Helvetica-BoldOblique
+helvetica.latin1.bold=Helvetica-Bold
+helvetica.latin1.italic=Helvetica-Oblique
+helvetica.latin1.bolditalic=Helvetica-BoldOblique
+helvetica_bold.latin1.italic=Helvetica-BoldOblique
+helvetica_italic.latin1.bold=Helvetica-BoldOblique
+#
+newcenturyschoolbook.latin1.plain=NewCenturySchlbk-Roman
+newcenturyschoolbook_bold.latin1.plain=NewCenturySchlbk-Bold
+newcenturyschoolbook_italic.latin1.plain=NewCenturySchlbk-Italic
+newcenturyschoolbook_bold_italic.latin1.plain=NewCenturySchlbk-BoldItalic
+newcenturyschoolbook.latin1.bold=NewCenturySchlbk-Bold
+newcenturyschoolbook.latin1.italic=NewCenturySchlbk-Italic
+newcenturyschoolbook.latin1.bolditalic=NewCenturySchlbk-BoldItalic
+newcenturyschoolbook_bold.latin1.italic=NewCenturySchlbk-BoldItalic
+newcenturyschoolbook_italic.latin1.bold=NewCenturySchlbk-BoldItalic
+#
+palatino.latin1.plain=Palatino-Roman
+palatino_bold.latin1.plain=Palatino-Bold
+palatino_italic.latin1.plain=Palatino-Italic
+palatino_bold_italic.latin1.plain=Palatino-BoldItalic
+palatino.latin1.bold=Palatino-Bold
+palatino.latin1.italic=Palatino-Italic
+palatino.latin1.bolditalic=Palatino-BoldItalic
+palatino_bold.latin1.italic=Palatino-BoldItalic
+palatino_italic.latin1.bold=Palatino-BoldItalic
+#
+times_roman.latin1.plain=Times-Roman
+times_roman_bold.latin1.plain=Times-Bold
+times_roman_italic.latin1.plain=Times-Italic
+times_roman_bold_italic.latin1.plain=Times-BoldItalic
+times_roman.latin1.bold=Times-Bold
+times_roman.latin1.italic=Times-Italic
+times_roman.latin1.bolditalic=Times-BoldItalic
+times_roman_bold.latin1.italic=Times-BoldItalic
+times_roman_italic.latin1.bold=Times-BoldItalic
+#
+zapfchancery_italic.latin1.plain=ZapfChancery-MediumItalic
+#
+# Finally the mappings of PS font names to indexes.
+#
+AvantGarde-Book=0
+AvantGarde-BookOblique=1
+AvantGarde-Demi=2
+AvantGarde-DemiOblique=3
+Bookman-Demi=4
+Bookman-DemiItalic=5
+Bookman-Light=6
+Bookman-LightItalic=7
+Courier=8
+Courier-Bold=9
+Courier-BoldOblique=10
+Courier-Oblique=11
+Helvetica=12
+Helvetica-Bold=13
+Helvetica-BoldOblique=14
+Helvetica-Narrow=15
+Helvetica-Narrow-Bold=16
+Helvetica-Narrow-BoldOblique=17
+Helvetica-Narrow-Oblique=18
+Helvetica-Oblique=19
+NewCenturySchlbk-Bold=20
+NewCenturySchlbk-BoldItalic=21
+NewCenturySchlbk-Italic=22
+NewCenturySchlbk-Roman=23
+Palatino-Bold=24
+Palatino-BoldItalic=25
+Palatino-Italic=26
+Palatino-Roman=27
+Symbol=28
+Times-Bold=29
+Times-BoldItalic=30
+Times-Italic=31
+Times-Roman=32
+ZapfDingbats=33
+ZapfChancery-MediumItalic=34
+#
+font.0=AvantGarde-Book ISOF
+font.1=AvantGarde-BookOblique ISOF
+font.2=AvantGarde-Demi ISOF
+font.3=AvantGarde-DemiOblique ISOF
+font.4=Bookman-Demi ISOF
+font.5=Bookman-DemiItalic ISOF
+font.6=Bookman-Light ISOF
+font.7=Bookman-LightItalic ISOF
+font.8=Courier ISOF
+font.9=Courier-Bold ISOF
+font.10=Courier-BoldOblique ISOF
+font.11=Courier-Oblique ISOF
+font.12=Helvetica ISOF
+font.13=Helvetica-Bold ISOF
+font.14=Helvetica-BoldOblique ISOF
+font.15=Helvetica-Narrow ISOF
+font.16=Helvetica-Narrow-Bold ISOF
+font.17=Helvetica-Narrow-BoldOblique ISOF
+font.18=Helvetica-Narrow-Oblique ISOF
+font.19=Helvetica-Oblique ISOF
+font.20=NewCenturySchlbk-Bold ISOF
+font.21=NewCenturySchlbk-BoldItalic ISOF
+font.22=NewCenturySchlbk-Italic ISOF
+font.23=NewCenturySchlbk-Roman ISOF
+font.24=Palatino-Bold ISOF
+font.25=Palatino-BoldItalic ISOF
+font.26=Palatino-Italic ISOF
+font.27=Palatino-Roman ISOF
+font.28=Symbol findfont
+font.29=Times-Bold ISOF
+font.30=Times-BoldItalic ISOF
+font.31=Times-Italic ISOF
+font.32=Times-Roman ISOF
+font.33=ZapfDingbats findfont
+font.34=ZapfChancery-MediumItalic ISOF
+#
diff --git a/jalview_java2/lib/security/blacklisted.certs b/jalview_java2/lib/security/blacklisted.certs
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e192c1a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,20 @@
+Algorithm=SHA-256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 --git a/jalview_java2/lib/security/cacerts b/jalview_java2/lib/security/cacerts
new file mode 100644 (file)
index 0000000..0981dbc
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/security/cacerts differ
diff --git a/jalview_java2/lib/security/default.policy b/jalview_java2/lib/security/default.policy
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b0ffc99
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,211 @@
+//
+// Permissions required by modules stored in a run-time image and loaded
+// by the platform class loader.
+//
+// NOTE that this file is not intended to be modified. If additional
+// permissions need to be granted to the modules in this file, it is
+// recommended that they be configured in a separate policy file or
+// ${java.home}/conf/security/java.policy.
+//
+
+
+grant codeBase "jrt:/java.compiler" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+
+grant codeBase "jrt:/java.net.http" {
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.net";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.net.util";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.net.www";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.jdk.internal.misc";
+    permission java.net.SocketPermission "*","connect,resolve";
+    permission java.net.URLPermission "http:*","*:*";
+    permission java.net.URLPermission "https:*","*:*";
+    permission java.net.URLPermission "ws:*","*:*";
+    permission java.net.URLPermission "wss:*","*:*";
+    permission java.net.URLPermission "socket:*","CONNECT";  // proxy
+    // For request/response body processors, fromFile, asFile
+    permission java.io.FilePermission "<<ALL FILES>>","read,write,delete";
+    permission java.util.PropertyPermission "*","read";
+    permission java.net.NetPermission "getProxySelector";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/java.scripting" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/java.security.jgss" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/java.smartcardio" {
+    permission javax.smartcardio.CardPermission "*", "*";
+    permission java.lang.RuntimePermission "loadLibrary.j2pcsc";
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.sun.security.jca";
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.sun.security.util";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "javax.smartcardio.TerminalFactory.DefaultType", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.name", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.arch", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "sun.arch.data.model", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "sun.security.smartcardio.library", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "sun.security.smartcardio.t0GetResponse", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "sun.security.smartcardio.t1GetResponse", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission
+                   "sun.security.smartcardio.t1StripLe", "read";
+    // needed for looking up native PC/SC library
+    permission java.io.FilePermission "<<ALL FILES>>","read";
+    permission java.security.SecurityPermission "putProviderProperty.SunPCSC";
+    permission java.security.SecurityPermission
+                   "clearProviderProperties.SunPCSC";
+    permission java.security.SecurityPermission
+                   "removeProviderProperty.SunPCSC";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/java.sql" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/java.sql.rowset" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+
+grant codeBase "jrt:/java.xml.crypto" {
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.sun.security.util";
+    permission java.util.PropertyPermission "*", "read";
+    permission java.security.SecurityPermission "putProviderProperty.XMLDSig";
+    permission java.security.SecurityPermission
+                   "clearProviderProperties.XMLDSig";
+    permission java.security.SecurityPermission
+                   "removeProviderProperty.XMLDSig";
+    permission java.security.SecurityPermission
+                   "com.sun.org.apache.xml.internal.security.register";
+    permission java.security.SecurityPermission
+                   "getProperty.jdk.xml.dsig.secureValidationPolicy";
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.com.sun.org.apache.xml.internal.*";
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.com.sun.org.apache.xpath.internal";
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.com.sun.org.apache.xpath.internal.*";
+};
+
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.accessibility" {
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.awt";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.charsets" {
+    permission java.util.PropertyPermission "os.name", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "sun.nio.cs.map", "read";
+    permission java.lang.RuntimePermission "charsetProvider";
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.jdk.internal.misc";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.nio.cs";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.crypto.ec" {
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.sun.security.*";
+    permission java.lang.RuntimePermission "loadLibrary.sunec";
+    permission java.security.SecurityPermission "putProviderProperty.SunEC";
+    permission java.security.SecurityPermission "clearProviderProperties.SunEC";
+    permission java.security.SecurityPermission "removeProviderProperty.SunEC";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.crypto.cryptoki" {
+    permission java.lang.RuntimePermission
+                   "accessClassInPackage.sun.security.*";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.nio.ch";
+    permission java.lang.RuntimePermission "loadLibrary.j2pkcs11";
+    permission java.util.PropertyPermission "sun.security.pkcs11.allowSingleThreadedModules", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.name", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.arch", "read";
+    permission java.util.PropertyPermission "jdk.crypto.KeyAgreement.legacyKDF", "read";
+    permission java.security.SecurityPermission "putProviderProperty.*";
+    permission java.security.SecurityPermission "clearProviderProperties.*";
+    permission java.security.SecurityPermission "removeProviderProperty.*";
+    permission java.security.SecurityPermission
+                   "getProperty.auth.login.defaultCallbackHandler";
+    permission java.security.SecurityPermission "authProvider.*";
+    // Needed for reading PKCS11 config file and NSS library check
+    permission java.io.FilePermission "<<ALL FILES>>", "read";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.desktop" {
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.com.sun.awt";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.dynalink" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.httpserver" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.internal.le" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.internal.vm.compiler" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.internal.vm.compiler.management" {
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.org.graalvm.compiler.hotspot";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.jdk.vm.ci.runtime";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.management.spi";
+    permission java.lang.RuntimePermission "sun.management.spi.PlatformMBeanProvider.subclass";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.jsobject" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.localedata" {
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.text.*";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.sun.util.*";
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.naming.dns" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.scripting.nashorn" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.scripting.nashorn.shell" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.security.auth" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.security.jgss" {
+    permission java.security.AllPermission;
+};
+
+grant codeBase "jrt:/jdk.zipfs" {
+    permission java.io.FilePermission "<<ALL FILES>>", "read,write,delete";
+    permission java.lang.RuntimePermission "fileSystemProvider";
+    permission java.util.PropertyPermission "os.name", "read";
+};
+
+// permissions needed by applications using java.desktop module
+grant {
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.com.sun.beans";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.com.sun.beans.*";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.com.sun.java.swing.plaf.*";
+    permission java.lang.RuntimePermission "accessClassInPackage.com.apple.*";
+};
diff --git a/jalview_java2/lib/security/public_suffix_list.dat b/jalview_java2/lib/security/public_suffix_list.dat
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9b0f023
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/security/public_suffix_list.dat differ
diff --git a/jalview_java2/lib/server/Xusage.txt b/jalview_java2/lib/server/Xusage.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8940af8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,22 @@
+    -Xmixed           mixed mode execution (default)
+    -Xint             interpreted mode execution only
+    -Xbootclasspath:<directories and zip/jar files separated by :>
+                      set search path for bootstrap classes and resources
+    -Xbootclasspath/a:<directories and zip/jar files separated by :>
+                      append to end of bootstrap class path
+    -Xbootclasspath/p:<directories and zip/jar files separated by :>
+                      prepend in front of bootstrap class path
+    -Xnoclassgc       disable class garbage collection
+    -Xlog:<opts>      control JVM logging, use -Xlog:help for details
+    -Xbatch           disable background compilation
+    -Xms<size>        set initial Java heap size
+    -Xmx<size>        set maximum Java heap size
+    -Xss<size>        set java thread stack size
+    -Xfuture          enable strictest checks, anticipating future default
+    -Xrs              reduce use of OS signals by Java/VM (see documentation)
+    -Xcheck:jni       perform additional checks for JNI functions
+    -Xshare:off              do not attempt to use shared class data
+    -Xshare:auto      use shared class data if possible (default)
+    -Xshare:on       require using shared class data, otherwise fail.
+
+The -X options are non-standard and subject to change without notice.
diff --git a/jalview_java2/lib/server/libjsig.dylib b/jalview_java2/lib/server/libjsig.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5c0b243
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/server/libjsig.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/server/libjvm.dylib b/jalview_java2/lib/server/libjvm.dylib
new file mode 100644 (file)
index 0000000..25c866c
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/server/libjvm.dylib differ
diff --git a/jalview_java2/lib/tzdb.dat b/jalview_java2/lib/tzdb.dat
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3f2d54b
Binary files /dev/null and b/jalview_java2/lib/tzdb.dat differ
diff --git a/jalview_java2/release b/jalview_java2/release
new file mode 100644 (file)
index 0000000..888824b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2 @@
+JAVA_VERSION="11"
+MODULES="java.base java.datatransfer java.xml java.prefs java.desktop java.logging java.activation java.annotation java.management java.rmi java.xml.bind java.xml.crypto java.xml.soap java.xml.ws javax.jws jdk.jsobject"