JAL-3285 build Jalview XML file for current version
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Thu, 6 Jun 2019 16:00:19 +0000 (17:00 +0100)
committertva <tva@10.205.251.175>
Thu, 6 Jun 2019 16:00:19 +0000 (17:00 +0100)
27 files changed:
src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java
src/jalview/project/Jalview2XML.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationColourScheme.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationElement.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleMatrix.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleVector.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcher.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcherSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FilterBy.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewUserColours.java
src/jalview/xml/binding/jalview/MapListType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java
src/jalview/xml/binding/jalview/NoValueColour.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.java
src/jalview/xml/binding/jalview/PcaDataType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Pdbentry.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ThresholdType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/VAMSAS.java
src/jalview/xml/binding/jalview/WebServiceParameterSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/package-info.java

index 00c5a92..5b411b4 100644 (file)
@@ -126,7 +126,7 @@ public class OptsAndParamsPage
 
     OptionI option;
 
-    JComboBox<String> val;
+    JComboBox<Object> val;
 
     /**
      * Constructs and adds labels and controls to the panel for one Option
@@ -357,7 +357,7 @@ public class OptsAndParamsPage
     /*
      * drop-down list of choice options (if applicable)
      */
-    JComboBox<String> choicebox;
+    JComboBox<Object> choicebox;
 
     /*
      * radio buttons as an alternative to combo box
@@ -1172,13 +1172,15 @@ public class OptsAndParamsPage
    * @param opt
    * @return
    */
-  protected static JComboBox<String> buildComboBox(OptionI opt)
+  protected static JComboBox<Object> buildComboBox(OptionI opt)
   {
-    JComboBox<String> cb = null;
+    JComboBox<Object> cb = null;
     List<String> displayNames = opt.getDisplayNames();
     if (displayNames != null)
     {
-      cb = JvSwingUtils.buildComboWithTooltips(displayNames,
+      List<Object> displayNamesObjects = new ArrayList<>();
+      displayNamesObjects.addAll(displayNames);
+      cb = JvSwingUtils.buildComboWithTooltips(displayNamesObjects,
               opt.getPossibleValues());
     }
     else
index d045a3c..82ad987 100644 (file)
@@ -3621,11 +3621,14 @@ public class Jalview2XML
         /*
          * load any HMMER profile
          */
-                               String hmmJarFile = jseqs.get(i).getHmmerProfile();
+        // TODO fix this
+
+        String hmmJarFile = jseqs.get(i).getHmmerProfile();
         if (hmmJarFile != null && jprovider != null)
         {
           loadHmmerProfile(jprovider, hmmJarFile, al.getSequenceAt(i));
         }
+
       }
     } // end !multipleview
 
index 83f1ee2..fe5376c 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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 //
 
 
index 0dbcad0..699863b 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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 //
 
 
index 44affa2..6698cc5 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index de408d2..abddad1 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index b4c07bc..abccb4f 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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index e2592ab..303481e 100644 (file)
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index 9001ee2..72a33e4 100644 (file)
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index 0daf56a..67a81e8 100644 (file)
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index bf69d5b..d3f4955 100644 (file)
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+// Generated on: 2019.06.06 at 04:31:20 PM BST 
 //
 
 
index 5684acf..b4d7fc5 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index ed57edc..1ff0699 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
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+// Generated on: 2019.06.06 at 04:31:20 PM BST 
 //
 
 
@@ -96,6 +96,7 @@ import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  *                         &lt;/complexContent>
  *                       &lt;/complexType>
  *                     &lt;/element>
+ *                     &lt;element name="hmmerProfile" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  *                   &lt;/sequence>
  *                   &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  *                   &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
@@ -1943,6 +1944,7 @@ public class JalviewModel {
      *             &lt;/complexContent>
      *           &lt;/complexType>
      *         &lt;/element>
+     *         &lt;element name="hmmerProfile" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
      *       &lt;/sequence>
      *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
      *       &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
@@ -1962,7 +1964,8 @@ public class JalviewModel {
         "features",
         "pdbids",
         "hiddenSequences",
-        "rnaViewer"
+        "rnaViewer",
+        "hmmerProfile"
     })
     public static class JSeq {
 
@@ -1974,6 +1977,8 @@ public class JalviewModel {
         protected List<Integer> hiddenSequences;
         @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
         protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> rnaViewer;
+        @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
+        protected String hmmerProfile;
         @XmlAttribute(name = "colour")
         protected Integer colour;
         @XmlAttribute(name = "start", required = true)
@@ -2104,6 +2109,30 @@ public class JalviewModel {
         }
 
         /**
+         * Gets the value of the hmmerProfile property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public String getHmmerProfile() {
+            return hmmerProfile;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the hmmerProfile property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link String }
+         *     
+         */
+        public void setHmmerProfile(String value) {
+            this.hmmerProfile = value;
+        }
+
+        /**
          * Gets the value of the colour property.
          * 
          * @return
index 701647c..b5666fe 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index 3d7b5eb..73d35da 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index 3cbebc0..bfc4549 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index 15fc45d..60707e4 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index 6858f07..ee00172 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index e8c7cf2..ae83b4c 100644 (file)
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 //
 
 
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 //
 
 
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@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
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@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index 1f68de9..95280dc 100644 (file)
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