git://source.jalview.org / jalview.git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: bedaaf8)
test data for JAL-701
authorjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Wed, 14 Sep 2011 10:59:51 +0000 (11:59 +0100)
committerjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Wed, 14 Sep 2011 10:59:51 +0000 (11:59 +0100)
examples/testdata/plantfdx.features [new file with mode: 0644] patch | blob

diff --git a/examples/testdata/plantfdx.features b/examples/testdata/plantfdx.features
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ec06f67
--- /dev/null
+++ b/examples/testdata/plantfdx.features
@@ -0,0 +1,118 @@
+HELIX  d4d189
+MOD_RES        47e459
+TRANSIT        6f949b
+TURN   1d1e2d
+METAL  70686e
+SIGNAL 92c7dd
+VARIANT        60beac
+Pfam   dc206a
+CONFLICT       c46c6e
+STRAND 25c54c
+
+STARTGROUP     uniprot
+Iron-sulfur (2Fe-2S) < me < them > you         FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S) < me < them > you         FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S) <>,.?//   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
+Chloroplast    FER_CAPAN       -1      1       47      TRANSIT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
+Phosphothreonine       FER_CAPAN       -1      136     136     MOD_RES
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
+Chloroplast    FER1_SOLLC      -1      1       47      TRANSIT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
+Evidence: EI4  Q93XJ9_SOLTU    -1      1       48      SIGNAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
+Chloroplast    FER1_PEA        -1      1       52      TRANSIT
+L -> I (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      59      59      VARIANT
+I -> L (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      85      85      VARIANT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      96      96      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
+YPTS -> PPPA (in Ref. 2)       FER1_PEA        -1      132     135     CONFLICT
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 63_138</a></html>     Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
+Chloroplast    FER1_MESCR      -1      1       51      TRANSIT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 59_134</a></html>     FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
+Chloroplast    FER1_SPIOL      -1      1       50      TRANSIT
+STRAND FER1_SPIOL      -1      52      59      STRAND
+TURN   FER1_SPIOL      -1      60      61      TURN
+STRAND FER1_SPIOL      -1      62      69      STRAND
+TURN   FER1_SPIOL      -1      70      71      TURN
+HELIX  FER1_SPIOL      -1      74      80      HELIX
+TURN   FER1_SPIOL      -1      81      82      TURN
+STRAND FER1_SPIOL      -1      88      92      STRAND
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL
+TURN   FER1_SPIOL      -1      96      97      TURN
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL
+STRAND FER1_SPIOL      -1      98      104     STRAND
+TURN   FER1_SPIOL      -1      109     110     TURN
+HELIX  FER1_SPIOL      -1      116     121     HELIX
+TURN   FER1_SPIOL      -1      122     122     TURN
+STRAND FER1_SPIOL      -1      123     125     STRAND
+HELIX  FER1_SPIOL      -1      126     128     HELIX
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
+STRAND FER1_SPIOL      -1      130     133     STRAND
+STRAND FER1_SPIOL      -1      135     138     STRAND
+HELIX  FER1_SPIOL      -1      142     144     HELIX
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 58_133</a></html>     FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
+I -> V         FER3_RAPSA      -1      8       8       VARIANT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL
+S -> T         FER3_RAPSA      -1      55      55      VARIANT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
+R -> K         FER3_RAPSA      -1      91      91      VARIANT
+M -> V         FER3_RAPSA      -1      95      95      VARIANT
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
+Chloroplast    FER1_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      96      96      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      99      99      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      129     129     METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
+Chloroplast    FER2_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_118</a></html>     Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
+Chloroplast    FER1_MAIZE      -1      1       52      TRANSIT
+STRAND FER1_MAIZE      -1      57      59      STRAND
+STRAND FER1_MAIZE      -1      72      74      STRAND
+HELIX  FER1_MAIZE      -1      76      80      HELIX
+TURN   FER1_MAIZE      -1      81      84      TURN
+STRAND FER1_MAIZE      -1      90      97      STRAND
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL
+TURN   FER1_MAIZE      -1      98      99      TURN
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL
+TURN   FER1_MAIZE      -1      118     119     TURN
+HELIX  FER1_MAIZE      -1      120     123     HELIX
+TURN   FER1_MAIZE      -1      128     129     TURN
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
+STRAND FER1_MAIZE      -1      132     135     STRAND
+STRAND FER1_MAIZE      -1      137     141     STRAND
+TURN   FER1_MAIZE      -1      142     142     TURN
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 52_127</a></html>     O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
+ENDGROUP       uniprot