<delete dir="${testOutputDir}" includes="*,**/*" />
</target>
- <target name="prepareTests" depends="init,clean">
+ <target name="prepareTests" depends="init,testclean">
<mkdir dir="${testOutputDir}" />
</target>
<ul>
<li>Ensure that you have TestNG plugin correctly install for eclipse</li>
<li>Ensure that your test classes are error free and properly annotated</li>
- <li>Create a lunch configuration "Select the Run / Run... (or Run / Debug...) menu and create a new TestNG configuration"</li>
+ <li>Create a launch configuration "Select the Run / Run... (or Run / Debug...) menu and create a new TestNG configuration"</li>
<li>Run the tests by executing the configuration target created above</li>
</ul>
A more detailed guide for installing and executing TestNG in eclipse is available at <a href=http://testng.org/doc/eclipse.html>testng.org/doc/eclipse.html</a> <br>
<li>BioJS MSA - A JavaScript based multiple sequence alignment
viewer. <br> <em>For interactive alignment data
visualisation in a web browser.<br />Get more info about the
- BioJS MSA viewer at a
- href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>
+ BioJS MSA viewer at <a href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>
</em>
</li>
<p>
In Jalview 2.9, new HTML exporting options were introduced. The
standard HTML export option displays alignments as SVG documents
- embedded as scollable panes. Exported pages can optionally also
+ embedded as scrollable panes. Exported pages can optionally also
include <a href="../features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a> data,
which allows Jalview to extract the original data used to create the
page. Jalview can also generate HTML pages which embed BioJSON data
and the BioJS MSA viewer, a pure javascript alignment viewer that
- provides a range of interactive analysis capabiltiies.
+ provides a range of interactive analysis capabilities.
</p>
<p>
<p>
label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
label.open_split_window = Open split window
label.no_mappings = No mappings found
-label.mapping_failed = No sequence mapping could be made between the alignments.<br>A mapping requires sequence names to match, and equivalent sequence lengths.
action.no = No
action.yes = Yes
label.for = for
label.new_vamsas_session = Nueva sesión Vamsas
label.load_vamsas_session = Cargar sesión Vamsas
label.save_vamsas_session = Guardar sesión Vamsas
+action.save_vamsas_session = Guardar Sesión Vamsas
label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Selecciones una sesión vamsas para abrirla como una nueva sesión.
label.open_saved_vamsas_session = Abrir una sesión VAMSAS guardada
label.groovy_console = Consola Groovy
label.clustalx_colours = Colores de Clustalx
label.above_identity_percentage = Sobre % identidad
label.create_sequence_details_report_annotation_for = Anotación para {0}
-label.sequece_details_for = Detalles de la secuencia para {0}
+label.sequence_details_for = Detalles de la secuencia para {0}
label.sequence_name = Nombre de la secuencia
label.sequence_description = Descripción de la secuencia
label.edit_sequence_name_description = Editar el nombre/descripción de la secuencia
label.set_proxy_settings = Por favor, configure su proxy en la pestaña 'Conexiones' de la ventana de Preferencia
label.proxy_authorization_failed = Autorización del proxy fallida
label.internal_jalview_error = Error interno de Jalview
-label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = No se ha podido encontrar el Servicio de Predicciónd de la Estructura Secudaria {0} en {1}.
+label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = No se ha podido encontrar el Servicio de Predicción de la Estructura Secundaria {0} en {1}.
label.service_called_is_not_msa_service = El Servicio llamado \n{0}\nno es un \nServicio de Alineamiento M\u00FAltiple de Secuencias\!
label.msa_service_is_unknown = El Servicio de Alineamiento Múltiple llamado {0} es desconocido
label.service_called_is_not_seq_search_service = El Servicio llamando \n{0}\nno es un \nServicio de B\u00FAsqueda de Secuencias\!
label.show_logo = Mostrar logo
label.normalise_logo = Normalizar logo
label.no_colour_selection_in_scheme = Por favor, seleccione un color antes de aplicar el esquema cromático
-label.no_colour_selection_warn = Error guardando el esquema cromático
\ No newline at end of file
+label.no_colour_selection_warn = Error guardando el esquema cromático
+label.start_jalview = Arrancar Jalview
+warn.urls_no_jaba=URLs sin servicios JABA
+label.structure_chooser_filter_time=Selector de Estructura - Tiempo de filtro ({0})
+action.back=Atras
+action.choose_annotations=Escoja Anotaciones...
+action.feature_settings=Ajustes de características...
+info.invalid_msa_notenough=No suficientes datos de sequencia para alinear
+label.result=resultado
+label.results=resultados
+label.no_mappings=No hay mapeados encontrados
+label.struct_from_pdb=Procesar la estructura secundaria PDB
+label.hide_selected_annotations=Ocultar anotaciones seleccionados
+info.select_annotation_row=Seleccionar Fila de Anotaciones
+label.delete_all=Borrar todas las secuencias
+label.rnalifold_calculations=Predicción RNAAliFold
+label.rnalifold_settings=Cambiar ajustes RNAAliFold...
+label.sort_ann_by=Ordenar anotaciones por
+info.enter_search_text_here=Introducir texto de búsqueda aquí
+action.load_vamsas_session=Cargar Sesión Vamsas...
+label.show_all_al_annotations=Mostrar anotaciones relacionadas con el alineamiento
+label.hide_all_al_annotations=Ocultar anotaciones relacionadas con el alineamiento
+label.show_all_seq_annotations=Mostrar anotaciones relacionadas con las secuencias
+label.hide_all_seq_annotations=Ocultar anotaciones relacionadas con las secuencias
+label.close_viewer=Cerrar Visualizador
+label.all_views=Todas las Vistas
+label.search_result=Resultado de búsqueda
+action.fetch_sequences=Recuperar Secuencias...
+label.hide_annotations=Ocultar anotaciones
+action.export_groups=Exportar Grupos
+action.no=No
+action.yes=Sí
+label.export_settings=Exportar Ajustes
+label.linked_view_title=Vista vinculada de cDNA y proteína
+label.view_protein_structure=Ver Estructura Proteica
+label.couldnt_read_data=No se pudo leer los datos
+status.opening_file=abriendo fichero
+label.except_selected_sequences=Todo excepto secuencias seleccionadas
+label.structure_chooser_no_of_structures=Selector de Estructuras - {0} Encontró ({1})
+label.search_filter=filtro de búsqueda
+label.sort_annotations_by_label=Ordenar por etiqueta
+label.sort_annotations_by_sequence=Ordenar por secuencia
+label.biojs_html_export=BioJS
+info.enter_search_text_to_enable=Introducir Texto de Búsqueda para Habilitar
+label.autoadd_secstr=Añadir anotación de estructura secundaria al alineamiento
+action.annotations=Anotaciones
+label.nuc_alignment_colour=Color del Alineamiento Nucleotídico
+label.copy_format_from=Copiar formato de
+label.chimera=Chimera
+label.open_split_window=Abrir ventana dividida
+label.open_split_window?=¿Quieres abrir ventana dividida, con cDNA y proteína vinculadas?
+status.searching_for_pdb_structures=Buscando Estructuras PDB
+label.scale_as_cdna=Adaptar residuos proteicos a los codones
+action.export_hidden_sequences=Exportar Secuencias Ocultas
+action.export_hidden_columns=Exportar Columnas Ocultas
+label.found_structures_summary=Resumen de Estructuras Encontradas
+info.no_pdb_entry_found_for=No se ha encontrada entrada PDB para {0}
+label.turn=Giro
+label.beta_strand=Lámina Beta
+label.show_first=Mostrar arriba
+label.show_last=Mostrar por debajo
+label.split_window=Ventana Dividida
+label.invalid_search=Texto de búsqueda inválido
+action.export_annotations=Exportar Anotaciones
+action.set_as_reference=Marcar como Referencia
+action.unmark_as_reference=Desmarcar como Referencia
+action.set_text_colour=Color de Texto...
+label.chimera_failed=Error al abrir Chimera - está instalado?\nCompruebe ruta en Preferencias, Estructura
+label.find=Buscar
+label.select_pdb_file=Seleccionar Fichero PDB
+label.structures_filter=Filtro de Estructuras
+label.scale_protein_to_cdna=Adaptar proteína a cDNA
+status.loading_cached_pdb_entries=Cargando Entradas PDB en Caché
+label.select=Seleccionar :
+label.select_by_annotation=Seleccionar/Ocultar Columnas por Anotación
+action.select_by_annotation=Seleccionar/Ocultar Columnas por Anotación...
+action.export_features=Exportar Características
+error.invalid_regex=Expresión regular inválida
+label.autoadd_temp=Añadir anotación factor de temperatura al alineamiento
+tooltip.rnalifold_settings=Modificar la configuración de la predicción RNAAlifold. Úselo para ocultar o mostrar resultados del cálculo de RNA, o cambiar parámetros de el plegado de RNA.
+label.chimera_path_tip=Jalview intentará primero las rutas introducidas aquí, Y si no las rutas usuales de instalación
+label.structure_chooser=Selector de Estructuras
+label.structure_chooser_manual_association=Selector de Estructuras - asociación manual
+label.threshold_filter=Filtro de Umbral
+label.add_reference_annotations=Añadir anotaciones de referencia
+label.hide_insertions=Ocultar Inserciones
+info.change_threshold_mode_to_enable=Cambiar Modo de Umbral para Habilitar
+label.separate_multiple_query_values=Introducir uno o mas {0}s separados por punto y coma ";"
+label.let_chimera_manage_structure_colours=Deja que Chimera maneje colores de estructuras
+label.view_rna_structure=Estructura 2D VARNA
+label.scale_protein_to_cdna_tip=Hacer a los residuos de proteínas de la misma anchura que los codones en ventanas divididas
+label.colour_with_chimera=Colorear con Chimera
+label.show_pdbstruct_dialog=Datos de Estructura 3D...
+label.hide_all=Ocultar todos
+label.invert=Invertir
+label.pdb_sequence_getcher=Buscador de Secuencias PDB
+tooltip.aacon_settings=Cambiar ajustes para cálculos AACon
+label.align=Alinear
+label.mark_as_representative=Marcar como representativa
+label.include_description=Incluir Descripción
+label.for=para
+label.invalid_chimera_path=Ruta de Chimera no encontrada o no ejecutable
+info.search_in_annotation_label=Buscar en etiqueta de {0}
+info.search_in_annotation_description=Buscar en descripción de {0}
+label.select_many_views=Seleccionar múltiples vistas
+label.add_annotations_for=Añadir anotaciones para
+action.background_colour=Color de Fondo...
+warn.urls_not_contacted=URLs que no pudieron ser contactados
+label.prot_alignment_colour=Color del Alineamiento Proteico
+info.associate_wit_sequence=Asociar con secuencia
+label.protein=Proteína
+warn.oneseq_msainput_selection=La selección actual sólo contiene una única secuencia. ¿Quieres enviar todas las secuencias para la alineación en su lugar?
+label.use_rnaview=Usar RNAView para estructura secondaria
+label.opens_the_jabaws_server_homepage=Abre la página de inicio del servidor JABAWS en navegador
+label.search_all=Introducir uno o más valores de búsqueda separados por punto y coma ";" (Nota: buscará en toda la base de datos PDB)
+label.confirm_close_chimera=Cerrará la conexión de Jalview a {0}.<br>¿Quieres cerrar la ventana Chimera también?
+tooltip.rnalifold_calculations=Se calcularán predicciones de estructura secondaria de RNA para el alineaminento, y se actualizarán si se efectuan cambios
+Calcular predicciónes de estructura secondaria para el alineamiento
+label.show_selected_annotations=Mostrar anotaciones seleccionadas
+status.colouring_chimera=Coloreando Chimera
+label.configure_displayed_columns=Configurar Columnas Mostradas
+exception.pdb_server_error=Error desde el servidor PDB
+exception.resource_not_be_found=El recurso solicitado no se ha encontrado
+label.aacon_calculations=cálculos AACon
+label.pdb_web-service_error=Error de servicio web PDB
+exception.unable_to_detect_internet_connection=Jalview no puede detectar una conexión a Internet
+label.chimera_path=Ruta de acceso a programa Chimera
+warn.delete_all=<html>Borrar todas las secuencias cerrará la ventana del alineamiento.<br>Confirmar o Cancelar.
+label.select_all=Seleccionar Todos
+label.alpha_helix=Hélice Alfa
+label.sequence_details_for=Detalles de secuencia para {0}
+label.chimera_help=Ayuda para Chimera
+label.find_tip=Buscar alineamiento, selección o IDs de secuencia para una subsecuencia (sin huecos)
+exception.pdb_server_unreachable=Jalview no puede conectar con el servidor PDBE Solr.\nPor favor, asegúrese de que está conectado a Internet y vuelva a intentarlo.
+label.structure_viewer=Visualizador de estructura for defecto
+label.embbed_biojson=Incrustar BioJSON al exportar HTML
+label.transparency_tip=Ajustar la transparencia a "ver a través" los colores de las características.
+label.choose_annotations=Escoja anotaciones
+label.structure_options=Opciones Estructura
+label.view_name_original=Original
+label.aacon_settings=Cambiar Ajustes AACon...
+tooltip.aacon_calculations=Actualizar cálculos AACon automáticamente.
+info.select_filter_option=Escoger Opción de Filtro / Entrada Manual
+info.invalid_msa_input_mininfo=Necesita por lo menos dos secuencias con al menos 3 residuos cada una, sin regiones ocultas entre ellas.
+label.chimera_missing=Visualizador de estructura Chimera no encontrado.<br/>Por favor, introduzca la ruta de Chimera,<br/>o descargar e instalar la UCSF Chimera.
+label.save_as_biojs_html=Guardar como HTML BioJs
+exception.pdb_rest_service_no_longer_available=Servicios Rest PDB ya no están disponibles!
package com.stevesoft.pat;
import java.io.IOException;
+import java.io.StringWriter;
import java.io.Writer;
import com.stevesoft.pat.wrap.WriterWrap;
{
bufferSize = i;
}
+
+ static void test(String re, String inp, int n) throws Exception
+ {
+ StringWriter sw = new StringWriter();
+ Regex rex = Regex.perlCode(re);
+ String res1 = rex.replaceAll(inp);
+ RegexWriter rw = new RegexWriter(rex, sw);
+ for (int i = 0; i < inp.length(); i++)
+ {
+ rw.write(inp.charAt(i));
+ }
+ rw.close();
+ String res2 = sw.toString();
+ if (!res1.equals(res2))
+ {
+ System.out.println("nmax=" + n);
+ System.out.println("re=" + re);
+ System.out.println("inp=" + inp);
+ System.out.println("res1=" + res1);
+ System.out.println("res2=" + res2);
+ System.exit(255);
+ }
+ }
+
+ public static void main(String[] args) throws Exception
+ {
+ for (int n = 1; n <= 1; n++)
+ {
+ test("s/x/y/", "-----x123456789", n);
+ test("s/x/y/", "x123456789", n);
+ test("s/x/y/", "-----x", n);
+ test("s/x.*?x/y/", ".xx..x..x...x...x....x....x", n);
+ test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x--xx", n);
+ test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x------", n);
+ test("s/.$/a/m", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbbbbbbbbbbbb", n);
+ test("s/.$/a/", "123", n);
+ test("s/.$/a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb", n);
+ test("s/^./a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb", n);
+ test("s/$/a/", "bbb", n);
+ test("s/^/a/", "bbb", n);
+ test("s/^/a/", "", n);
+ test("s{.*}{N}", "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx", n);
+ test("s/.{0,7}/y/", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA", n);
+ test("s/x/$&/", "xxx", n);
+ }
+ System.out.println("Success!!!");
+ }
}
normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo());
applyToAllGroups.setState(viewport.getColourAppliesToAllGroups());
annotationPanelMenuItem.setState(viewport.isShowAnnotation());
- showAlignmentAnnotations.setState(viewport.isShowAnnotation());
- showSequenceAnnotations.setState(viewport.isShowAnnotation());
+ showAlignmentAnnotations.setEnabled(annotationPanelMenuItem.getState());
+ showSequenceAnnotations.setEnabled(annotationPanelMenuItem.getState());
+ showAlignmentAnnotations.setState(true);
+ showSequenceAnnotations.setState(false);
seqLimits.setState(viewport.getShowJVSuffix());
}
else if (source == annotationPanelMenuItem)
{
- viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());
- alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());
+ boolean showAnnotations = annotationPanelMenuItem.getState();
+ showAlignmentAnnotations.setEnabled(showAnnotations);
+ showSequenceAnnotations.setEnabled(showAnnotations);
+ viewport.setShowAnnotation(showAnnotations);
+ alignPanel.setAnnotationVisible(showAnnotations);
}
else if (source == sequenceFeatures)
{
URL localref)
{
String resolvedPath = "";
+ if (targetPath.startsWith("/"))
+ {
+ String codebase = localref.toString();
+ String localfile = localref.getFile();
+ resolvedPath = codebase.substring(0,
+ codebase.length() - localfile.length())
+ + targetPath;
+ return resolvedPath;
+ }
/*
* get URL path and strip off any trailing file e.g.
annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(annotationScroller
.getWidth(), annotationHeight));
+ Dimension e = idPanel.getSize();
+ alabels.setSize(new Dimension(e.width, annotationHeight));
+
annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), annotationHeight));
annotationScroller.validate();
required = true,
minLength = 3,
maxLength = 2147483647,
- description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters â\80\9c.â\80?, â\80\9c-â\80? or â\80\9c â\80?")
+ description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters “.”, “-” or “ ”")
private String seq;
@Attributes(required = true, description = "Sequence name")
+++ /dev/null
-/*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- *
- * This file is part of Jalview.
- *
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
- * PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
- *
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- */
-package com.stevesoft.pat;
-
-import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
-
-import java.io.IOException;
-import java.io.StringWriter;
-
-import org.testng.annotations.DataProvider;
-import org.testng.annotations.Test;
-
-/**
- * Test class refactored from RegexWriter main method
- */
-public class RegexWriterTest
-{
-
- /**
- * Asserts that the result of performing 'replaceAll' on the input using the
- * regular expression is the same as the output of a RegexWriter, constructed
- * from the regular expression, writing out each character of the input
- * string.
- *
- * @param re
- * a regular expression
- * @param inp
- * an input string
- * @throws Exception
- */
-
- @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "testWriteParam")
- void test(String re, String inp) throws IOException
- {
- StringWriter sw = new StringWriter();
- Regex rex = Regex.perlCode(re);
- String res1 = rex.replaceAll(inp);
- RegexWriter rw = new RegexWriter(rex, sw);
- for (int i = 0; i < inp.length(); i++)
- {
- rw.write(inp.charAt(i));
- }
- rw.close();
- String res2 = sw.toString();
- if (!res1.equals(res2))
- {
- System.out.println("re=" + re);
- System.out.println("inp=" + inp);
- System.out.println("res1=" + res1);
- System.out.println("res2=" + res2);
- assertEquals(res1, res2);
- }
- }
-
- // @Test(groups ={ "Functional" })
- // public void testWrite() throws IOException
- // {
- // for (int n = 1; n <= 1; n++)
- // {
- // test("s/x/y/", "-----x123456789");
- // test("s/x/y/", "x123456789");
- // test("s/x/y/", "-----x");
- // test("s/x.*?x/y/", ".xx..x..x...x...x....x....x");
- // test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x--xx");
- // test("s/x.*x/[$&]/", "--x........x------");
- // test("s/.$/a/m", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbbbbbbbbbbbb");
- // test("s/.$/a/", "123");
- // test("s/.$/a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb");
- // test("s/^./a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb");
- // test("s/$/a/", "bbb");
- // test("s/^/a/", "bbb");
- // test("s/^/a/", "");
- // test("s{.*}{N}", "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx");
- // test("s/.{0,7}/y/", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA");
- // test("s/x/$&/", "xxx");
- // }
- // }
-
- @DataProvider(name = "testWriteParam")
- public Object[][] regexTestParams()
- {
- return new Object[][] { { "s/x/y/", "-----x123456789" },
- { "s/x/y/", "x123456789" }, { "s/x/y/", "-----x" },
- { "s/x.*?x/y/", ".xx..x..x...x...x....x....x" },
- { "s/x.*x/[$&]/", "--x........x--xx" },
- { "s/x.*x/[$&]/", "--x........x------" },
- { "s/.$/a/m", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbbbbbbbbbbbb" },
- { "s/.$/a/", "123" },
- { "s/.$/a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb" },
- { "s/^./a/", "bb\nbbb\nbbbb\nbbbbb\nbbbbbb\nbb" },
- { "s/$/a/", "bbb" }, { "s/^/a/", "bbb" }, { "s/^/a/", "" },
- { "s{.*}{N}", "xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx" },
- { "s/.{0,7}/y/", "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" },
- { "s/x/$&/", "xxx" } };
- }
-}
// pin down annotation sort order for test
Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
SequenceAnnotationOrder.NONE.name());
- final String True = Boolean.TRUE.toString();
+ final String TRUE = Boolean.TRUE.toString();
Cache.applicationProperties.setProperty(
- Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, True);
- Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", True);
- Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", True);
- Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", True);
+ Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, TRUE);
+ Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", TRUE);
+ Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", TRUE);
+ Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", TRUE);
AlignmentI al = new jalview.io.FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
AppletFormatAdapter.PASTE, "FASTA");
assertTrue(i + "'th sequence not visible", anns[i].visible);
}
+ /*
+ * check options to hide JMol and IUPRED annotations for all sequences
+ */
final Checkbox hideCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 1);
setSelected(hideCheckbox, true);
assertTrue(anns[0].visible); // Conservation
assertTrue(anns[1].visible); // Quality
assertTrue(anns[2].visible); // Consensus
- assertTrue(anns[3].visible); // Beauty (not seq-related)
- assertFalse(anns[4].visible); // IUPRED
+ assertFalse(anns[3].visible); // IUPRED
+ assertTrue(anns[4].visible); // Beauty (not seq-related)
assertFalse(anns[5].visible); // JMol
assertFalse(anns[6].visible); // IUPRED
assertFalse(anns[7].visible); // JMol
* available, plain) fonts and point sizes that would be rejected by Jalview's
* FontChooser as having an I-width of less than 1.0.
*/
- @Test(groups = { "Functional" })
+ @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
public void dumpInvalidFonts()
{
String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
git://source.jalview.org / jalview.git / commitdiff