JAL-3032 explicit Integer.intValue() conversion for safety

diff --git a/src/jalview/util/QuickSort.java b/src/jalview/util/QuickSort.java
index 0c0fabf..6901e24 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/QuickSort.java
+++ b/src/jalview/util/QuickSort.java
@@ -51,8 +51,9 @@ public class QuickSort
     @Override
     public int compare(Integer o1, Integer o2)
     {
-      return ascending ? Float.compare(values[o1], values[o2])
-              : Float.compare(values[o2], values[o1]);
+      return ascending
+              ? Float.compare(values[o1.intValue()], values[o2.intValue()])
+              : Float.compare(values[o2.intValue()], values[o1.intValue()]);
     }
   }
 
@@ -77,11 +78,11 @@ public class QuickSort
     {
       if (ascending)
       {
-        return Double.compare(values[o1], values[o2]);
+        return Double.compare(values[o1.intValue()], values[o2.intValue()]);
       }
       else
       {
-        return Double.compare(values[o2], values[o1]);
+        return Double.compare(values[o2.intValue()], values[o1.intValue()]);
       }
     }
   }
@@ -105,8 +106,11 @@ public class QuickSort
     @Override
     public int compare(Integer o1, Integer o2)
     {
-      return ascending ? Integer.compare(values[o1], values[o2])
-              : Integer.compare(values[o2], values[o1]);
+      return ascending
+              ? Integer.compare(values[o1.intValue()],
+                      values[o2.intValue()])
+              : Integer.compare(values[o2.intValue()],
+                      values[o1.intValue()]);
     }
   }
 
@@ -129,8 +133,9 @@ public class QuickSort
     @Override
     public int compare(Integer o1, Integer o2)
     {
-      return ascending ? values[o1].compareTo(values[o2])
-              : values[o2].compareTo(values[o1]);
+      return ascending
+              ? values[o1.intValue()].compareTo(values[o2.intValue()])
+              : values[o2.intValue()].compareTo(values[o1.intValue()]);
     }
   }