fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view...
authorjprocter <Jim Procter>
Thu, 17 Feb 2011 11:29:57 +0000 (11:29 +0000)
committerjprocter <Jim Procter>
Thu, 17 Feb 2011 11:29:57 +0000 (11:29 +0000)
112 files changed:
schemas/jalview.xsd
src/jalview/binding/Alignment.java
src/jalview/binding/Annotation.java
src/jalview/binding/AnnotationElement.java
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src/jalview/binding/FeatureSettings.java
src/jalview/binding/Features.java
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src/jalview/binding/JSeq.java
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src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
src/jalview/binding/Pdbentry.java
src/jalview/binding/PdbentryItem.java
src/jalview/binding/Pdbids.java
src/jalview/binding/Property.java
src/jalview/binding/Sequence.java
src/jalview/binding/SequenceSet.java
src/jalview/binding/SequenceType.java
src/jalview/binding/Setting.java
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src/jalview/binding/UserColours.java
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src/jalview/binding/VamsasModel.java
src/jalview/binding/Viewport.java
src/jalview/schemabinding/version2/.castor.cdr
src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java
src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
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src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java

index c847b6d..d179ab2 100755 (executable)
                                                                                                                                                viewId will appear for each instance.</xs:documentation>
                                                                                                                                        </xs:annotation>
                                                                                                                                </xs:attribute>
+                                                                                                                               <xs:attribute name="linkAlignPanel" type="xs:boolean" use="optional" default="true">
+                                                                                                                               <xs:annotation>
+                                                                                                                               <xs:documentation>
+                                                                                                                                       Flag set if the alignment panel containing this JSeq should be explicitly linked to the Jmol view referred to/created by this structureState (since Jalview 2.7).
+                                                                                                                               </xs:documentation>
+                                                                                                                               </xs:annotation>
+                                                                                                                               </xs:attribute>
+                                                                                                                               <xs:attribute name="alignwithAlignPanel" type="xs:boolean" use="optional" default="true">
+                                                                                                                               <xs:annotation>
+                                                                                                                               <xs:documentation>
+                                                                                                                                       Flag set if the alignment panel containing this JSeq should be included in those used to perform a structure superposition (since Jalview 2.7).
+                                                                                                                               </xs:documentation>
+                                                                                                                               </xs:annotation>
+                                                                                                                               </xs:attribute>
                                                                                                                                        
                                                                                                                                
                                                                                                                        </xs:extension>
index 6b1efa8..5b107b5 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,162 +19,151 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Alignment implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _annotation.
-   */
-  private jalview.binding.Annotation _annotation;
-
-  /**
-   * Field _sequenceSet.
-   */
-  private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Alignment()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'annotation'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Annotation'.
-   */
-  public jalview.binding.Annotation getAnnotation()
-  {
-    return this._annotation;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'sequenceSet'.
-   * 
-   * @return the value of field 'SequenceSet'.
-   */
-  public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet()
-  {
-    return this._sequenceSet;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+public class Alignment implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _annotation.
+     */
+    private jalview.binding.Annotation _annotation;
+
+    /**
+     * Field _sequenceSet.
+     */
+    private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Alignment() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'annotation'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Annotation'.
+     */
+    public jalview.binding.Annotation getAnnotation(
+    ) {
+        return this._annotation;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'sequenceSet'.
+     * 
+     * @return the value of field 'SequenceSet'.
+     */
+    public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet(
+    ) {
+        return this._sequenceSet;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'annotation'.
+     * 
+     * @param annotation the value of field 'annotation'.
+     */
+    public void setAnnotation(
+            final jalview.binding.Annotation annotation) {
+        this._annotation = annotation;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'sequenceSet'.
+     * 
+     * @param sequenceSet the value of field 'sequenceSet'.
+     */
+    public void setSequenceSet(
+            final jalview.binding.SequenceSet sequenceSet) {
+        this._sequenceSet = sequenceSet;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Alignment
+     */
+    public static jalview.binding.Alignment unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Alignment.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'annotation'.
-   * 
-   * @param annotation
-   *          the value of field 'annotation'.
-   */
-  public void setAnnotation(final jalview.binding.Annotation annotation)
-  {
-    this._annotation = annotation;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'sequenceSet'.
-   * 
-   * @param sequenceSet
-   *          the value of field 'sequenceSet'.
-   */
-  public void setSequenceSet(final jalview.binding.SequenceSet sequenceSet)
-  {
-    this._sequenceSet = sequenceSet;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Alignment
-   */
-  public static jalview.binding.Alignment unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Alignment.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 87ca721..108d3ad 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,441 +19,414 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Annotation implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _graph.
-   */
-  private boolean _graph;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _graph
-   */
-  private boolean _has_graph;
-
-  /**
-   * Field _graphType.
-   */
-  private int _graphType;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _graphType
-   */
-  private boolean _has_graphType;
-
-  /**
-   * Field _annotationElementList.
-   */
-  private java.util.Vector _annotationElementList;
-
-  /**
-   * Field _label.
-   */
-  private java.lang.String _label;
-
-  /**
-   * Field _description.
-   */
-  private java.lang.String _description;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Annotation()
-  {
-    super();
-    this._annotationElementList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vAnnotationElement
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addAnnotationElement(
-          final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vAnnotationElement
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addAnnotationElement(final int index,
-          final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteGraph()
-  {
-    this._has_graph = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteGraphType()
-  {
-    this._has_graphType = false;
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateAnnotationElement.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.AnnotationElement elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement()
-  {
-    return this._annotationElementList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method getAnnotationElement.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.AnnotationElement at the given
-   *         index
-   */
-  public jalview.binding.AnnotationElement getAnnotationElement(
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "getAnnotationElement: Index value '" + index
-                      + "' not in range [0.."
-                      + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
+public class Annotation implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _graph.
+     */
+    private boolean _graph;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _graph
+     */
+    private boolean _has_graph;
+
+    /**
+     * Field _graphType.
+     */
+    private int _graphType;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _graphType
+     */
+    private boolean _has_graphType;
+
+    /**
+     * Field _annotationElementList.
+     */
+    private java.util.Vector _annotationElementList;
+
+    /**
+     * Field _label.
+     */
+    private java.lang.String _label;
+
+    /**
+     * Field _description.
+     */
+    private java.lang.String _description;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Annotation() {
+        super();
+        this._annotationElementList = new java.util.Vector();
     }
 
-    return (jalview.binding.AnnotationElement) _annotationElementList
-            .get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the collection in an
-   * Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.AnnotationElement[] getAnnotationElement()
-  {
-    jalview.binding.AnnotationElement[] array = new jalview.binding.AnnotationElement[0];
-    return (jalview.binding.AnnotationElement[]) this._annotationElementList
-            .toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getAnnotationElementCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getAnnotationElementCount()
-  {
-    return this._annotationElementList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'description'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Description'.
-   */
-  public java.lang.String getDescription()
-  {
-    return this._description;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'graph'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Graph'.
-   */
-  public boolean getGraph()
-  {
-    return this._graph;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'graphType'.
-   * 
-   * @return the value of field 'GraphType'.
-   */
-  public int getGraphType()
-  {
-    return this._graphType;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'label'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Label'.
-   */
-  public java.lang.String getLabel()
-  {
-    return this._label;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasGraph.
-   * 
-   * @return true if at least one Graph has been added
-   */
-  public boolean hasGraph()
-  {
-    return this._has_graph;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasGraphType.
-   * 
-   * @return true if at least one GraphType has been added
-   */
-  public boolean hasGraphType()
-  {
-    return this._has_graphType;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'graph'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Graph'.
-   */
-  public boolean isGraph()
-  {
-    return this._graph;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vAnnotationElement
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addAnnotationElement(
+            final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllAnnotationElement()
-  {
-    this._annotationElementList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeAnnotationElement.
-   * 
-   * @param vAnnotationElement
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeAnnotationElement(
-          final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
-  {
-    boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeAnnotationElementAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(
-          final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);
-    return (jalview.binding.AnnotationElement) obj;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vAnnotationElement
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setAnnotationElement(final int index,
-          final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "setAnnotationElement: Index value '" + index
-                      + "' not in range [0.."
-                      + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vAnnotationElement
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addAnnotationElement(
+            final int index,
+            final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteGraph(
+    ) {
+        this._has_graph= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteGraphType(
+    ) {
+        this._has_graphType= false;
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateAnnotationElement.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all
+     * jalview.binding.AnnotationElement elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement(
+    ) {
+        return this._annotationElementList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method getAnnotationElement.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.AnnotationElement
+     * at the given index
+     */
+    public jalview.binding.AnnotationElement getAnnotationElement(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.AnnotationElement) _annotationElementList.get(index);
     }
 
-    this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vAnnotationElementArray
-   */
-  public void setAnnotationElement(
-          final jalview.binding.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _annotationElementList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++)
-    {
-      this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);
+    /**
+     * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
+     * collection contents are changing in another thread, we pass
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. 
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
+     * exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.AnnotationElement[] getAnnotationElement(
+    ) {
+        jalview.binding.AnnotationElement[] array = new jalview.binding.AnnotationElement[0];
+        return (jalview.binding.AnnotationElement[]) this._annotationElementList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getAnnotationElementCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getAnnotationElementCount(
+    ) {
+        return this._annotationElementList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'description'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Description'.
+     */
+    public java.lang.String getDescription(
+    ) {
+        return this._description;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'graph'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Graph'.
+     */
+    public boolean getGraph(
+    ) {
+        return this._graph;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'graphType'.
+     * 
+     * @return the value of field 'GraphType'.
+     */
+    public int getGraphType(
+    ) {
+        return this._graphType;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'label'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Label'.
+     */
+    public java.lang.String getLabel(
+    ) {
+        return this._label;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasGraph.
+     * 
+     * @return true if at least one Graph has been added
+     */
+    public boolean hasGraph(
+    ) {
+        return this._has_graph;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasGraphType.
+     * 
+     * @return true if at least one GraphType has been added
+     */
+    public boolean hasGraphType(
+    ) {
+        return this._has_graphType;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'graph'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Graph'.
+     */
+    public boolean isGraph(
+    ) {
+        return this._graph;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllAnnotationElement(
+    ) {
+        this._annotationElementList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeAnnotationElement.
+     * 
+     * @param vAnnotationElement
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeAnnotationElement(
+            final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement) {
+        boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeAnnotationElementAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);
+        return (jalview.binding.AnnotationElement) obj;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vAnnotationElement
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setAnnotationElement(
+            final int index,
+            final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vAnnotationElementArray
+     */
+    public void setAnnotationElement(
+            final jalview.binding.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray) {
+        //-- copy array
+        _annotationElementList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++) {
+                this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'description'.
+     * 
+     * @param description the value of field 'description'.
+     */
+    public void setDescription(
+            final java.lang.String description) {
+        this._description = description;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'graph'.
+     * 
+     * @param graph the value of field 'graph'.
+     */
+    public void setGraph(
+            final boolean graph) {
+        this._graph = graph;
+        this._has_graph = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'graphType'.
+     * 
+     * @param graphType the value of field 'graphType'.
+     */
+    public void setGraphType(
+            final int graphType) {
+        this._graphType = graphType;
+        this._has_graphType = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'label'.
+     * 
+     * @param label the value of field 'label'.
+     */
+    public void setLabel(
+            final java.lang.String label) {
+        this._label = label;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Annotation
+     */
+    public static jalview.binding.Annotation unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Annotation) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Annotation.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'description'.
-   * 
-   * @param description
-   *          the value of field 'description'.
-   */
-  public void setDescription(final java.lang.String description)
-  {
-    this._description = description;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'graph'.
-   * 
-   * @param graph
-   *          the value of field 'graph'.
-   */
-  public void setGraph(final boolean graph)
-  {
-    this._graph = graph;
-    this._has_graph = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'graphType'.
-   * 
-   * @param graphType
-   *          the value of field 'graphType'.
-   */
-  public void setGraphType(final int graphType)
-  {
-    this._graphType = graphType;
-    this._has_graphType = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'label'.
-   * 
-   * @param label
-   *          the value of field 'label'.
-   */
-  public void setLabel(final java.lang.String label)
-  {
-    this._label = label;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Annotation
-   */
-  public static jalview.binding.Annotation unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Annotation) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Annotation.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 7814e34..d133fe0 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,287 +19,273 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class AnnotationElement implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _position.
-   */
-  private int _position;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _position
-   */
-  private boolean _has_position;
-
-  /**
-   * Field _displayCharacter.
-   */
-  private java.lang.String _displayCharacter;
-
-  /**
-   * Field _description.
-   */
-  private java.lang.String _description;
-
-  /**
-   * Field _secondaryStructure.
-   */
-  private java.lang.String _secondaryStructure;
-
-  /**
-   * Field _value.
-   */
-  private float _value;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _value
-   */
-  private boolean _has_value;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public AnnotationElement()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
+public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _position.
+     */
+    private int _position;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _position
+     */
+    private boolean _has_position;
+
+    /**
+     * Field _displayCharacter.
+     */
+    private java.lang.String _displayCharacter;
+
+    /**
+     * Field _description.
+     */
+    private java.lang.String _description;
+
+    /**
+     * Field _secondaryStructure.
+     */
+    private java.lang.String _secondaryStructure;
+
+    /**
+     * Field _value.
+     */
+    private float _value;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _value
+     */
+    private boolean _has_value;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public AnnotationElement() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deletePosition(
+    ) {
+        this._has_position= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteValue(
+    ) {
+        this._has_value= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'description'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Description'.
+     */
+    public java.lang.String getDescription(
+    ) {
+        return this._description;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'displayCharacter'.
+     * 
+     * @return the value of field 'DisplayCharacter'.
+     */
+    public java.lang.String getDisplayCharacter(
+    ) {
+        return this._displayCharacter;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'position'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Position'.
      */
-  public void deletePosition()
-  {
-    this._has_position = false;
-  }
+    public int getPosition(
+    ) {
+        return this._position;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'secondaryStructure'.
+     * 
+     * @return the value of field 'SecondaryStructure'.
+     */
+    public java.lang.String getSecondaryStructure(
+    ) {
+        return this._secondaryStructure;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'value'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Value'.
+     */
+    public float getValue(
+    ) {
+        return this._value;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasPosition.
+     * 
+     * @return true if at least one Position has been added
+     */
+    public boolean hasPosition(
+    ) {
+        return this._has_position;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasValue.
+     * 
+     * @return true if at least one Value has been added
+     */
+    public boolean hasValue(
+    ) {
+        return this._has_value;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'description'.
+     * 
+     * @param description the value of field 'description'.
+     */
+    public void setDescription(
+            final java.lang.String description) {
+        this._description = description;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'displayCharacter'.
+     * 
+     * @param displayCharacter the value of field 'displayCharacter'
+     */
+    public void setDisplayCharacter(
+            final java.lang.String displayCharacter) {
+        this._displayCharacter = displayCharacter;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'position'.
+     * 
+     * @param position the value of field 'position'.
+     */
+    public void setPosition(
+            final int position) {
+        this._position = position;
+        this._has_position = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'secondaryStructure'.
+     * 
+     * @param secondaryStructure the value of field
+     * 'secondaryStructure'.
+     */
+    public void setSecondaryStructure(
+            final java.lang.String secondaryStructure) {
+        this._secondaryStructure = secondaryStructure;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'value'.
+     * 
+     * @param value the value of field 'value'.
+     */
+    public void setValue(
+            final float value) {
+        this._value = value;
+        this._has_value = true;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.AnnotationElement
+     */
+    public static jalview.binding.AnnotationElement unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.AnnotationElement.class, reader);
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
      */
-  public void deleteValue()
-  {
-    this._has_value = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'description'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Description'.
-   */
-  public java.lang.String getDescription()
-  {
-    return this._description;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'displayCharacter'.
-   * 
-   * @return the value of field 'DisplayCharacter'.
-   */
-  public java.lang.String getDisplayCharacter()
-  {
-    return this._displayCharacter;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'position'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Position'.
-   */
-  public int getPosition()
-  {
-    return this._position;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'secondaryStructure'.
-   * 
-   * @return the value of field 'SecondaryStructure'.
-   */
-  public java.lang.String getSecondaryStructure()
-  {
-    return this._secondaryStructure;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'value'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Value'.
-   */
-  public float getValue()
-  {
-    return this._value;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasPosition.
-   * 
-   * @return true if at least one Position has been added
-   */
-  public boolean hasPosition()
-  {
-    return this._has_position;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasValue.
-   * 
-   * @return true if at least one Value has been added
-   */
-  public boolean hasValue()
-  {
-    return this._has_value;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'description'.
-   * 
-   * @param description
-   *          the value of field 'description'.
-   */
-  public void setDescription(final java.lang.String description)
-  {
-    this._description = description;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'displayCharacter'.
-   * 
-   * @param displayCharacter
-   *          the value of field 'displayCharacter'
-   */
-  public void setDisplayCharacter(final java.lang.String displayCharacter)
-  {
-    this._displayCharacter = displayCharacter;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'position'.
-   * 
-   * @param position
-   *          the value of field 'position'.
-   */
-  public void setPosition(final int position)
-  {
-    this._position = position;
-    this._has_position = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'secondaryStructure'.
-   * 
-   * @param secondaryStructure
-   *          the value of field 'secondaryStructure'.
-   */
-  public void setSecondaryStructure(
-          final java.lang.String secondaryStructure)
-  {
-    this._secondaryStructure = secondaryStructure;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'value'.
-   * 
-   * @param value
-   *          the value of field 'value'.
-   */
-  public void setValue(final float value)
-  {
-    this._value = value;
-    this._has_value = true;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.AnnotationElement
-   */
-  public static jalview.binding.AnnotationElement unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.AnnotationElement.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index b1e7916..c041723 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,480 +19,465 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Colour implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _name.
-   */
-  private java.lang.String _name;
-
-  /**
-   * Field _RGB.
-   */
-  private java.lang.String _RGB;
-
-  /**
-   * Field _minRGB.
-   */
-  private java.lang.String _minRGB;
-
-  /**
-   * loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW
-   */
-  private java.lang.String _threshType;
-
-  /**
-   * Field _threshold.
-   */
-  private float _threshold;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _threshold
-   */
-  private boolean _has_threshold;
-
-  /**
-   * Field _max.
-   */
-  private float _max;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _max
-   */
-  private boolean _has_max;
-
-  /**
-   * Field _min.
-   */
-  private float _min;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _min
-   */
-  private boolean _has_min;
-
-  /**
-   * Field _colourByLabel.
-   */
-  private boolean _colourByLabel;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _colourByLabel
-   */
-  private boolean _has_colourByLabel;
-
-  /**
-   * Field _autoScale.
-   */
-  private boolean _autoScale;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _autoScale
-   */
-  private boolean _has_autoScale;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Colour()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-     */
-  public void deleteAutoScale()
-  {
-    this._has_autoScale = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteColourByLabel()
-  {
-    this._has_colourByLabel = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteMax()
-  {
-    this._has_max = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteMin()
-  {
-    this._has_min = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteThreshold()
-  {
-    this._has_threshold = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'autoScale'.
-   * 
-   * @return the value of field 'AutoScale'.
-   */
-  public boolean getAutoScale()
-  {
-    return this._autoScale;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.
-   */
-  public boolean getColourByLabel()
-  {
-    return this._colourByLabel;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'max'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Max'.
-   */
-  public float getMax()
-  {
-    return this._max;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'min'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Min'.
-   */
-  public float getMin()
-  {
-    return this._min;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'minRGB'.
-   * 
-   * @return the value of field 'MinRGB'.
-   */
-  public java.lang.String getMinRGB()
-  {
-    return this._minRGB;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'name'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Name'.
-   */
-  public java.lang.String getName()
-  {
-    return this._name;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'RGB'.
-   * 
-   * @return the value of field 'RGB'.
-   */
-  public java.lang.String getRGB()
-  {
-    return this._RGB;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'threshType'. The field 'threshType' has the
-   * following description: loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW
-   * 
-   * @return the value of field 'ThreshType'.
-   */
-  public java.lang.String getThreshType()
-  {
-    return this._threshType;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'threshold'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Threshold'.
-   */
-  public float getThreshold()
-  {
-    return this._threshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasAutoScale.
-   * 
-   * @return true if at least one AutoScale has been added
-   */
-  public boolean hasAutoScale()
-  {
-    return this._has_autoScale;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasColourByLabel.
-   * 
-   * @return true if at least one ColourByLabel has been added
-   */
-  public boolean hasColourByLabel()
-  {
-    return this._has_colourByLabel;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasMax.
-   * 
-   * @return true if at least one Max has been added
-   */
-  public boolean hasMax()
-  {
-    return this._has_max;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasMin.
-   * 
-   * @return true if at least one Min has been added
-   */
-  public boolean hasMin()
-  {
-    return this._has_min;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasThreshold.
-   * 
-   * @return true if at least one Threshold has been added
-   */
-  public boolean hasThreshold()
-  {
-    return this._has_threshold;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'autoScale'.
-   * 
-   * @return the value of field 'AutoScale'.
-   */
-  public boolean isAutoScale()
-  {
-    return this._autoScale;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.
-   */
-  public boolean isColourByLabel()
-  {
-    return this._colourByLabel;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'autoScale'.
-   * 
-   * @param autoScale
-   *          the value of field 'autoScale'.
-   */
-  public void setAutoScale(final boolean autoScale)
-  {
-    this._autoScale = autoScale;
-    this._has_autoScale = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'colourByLabel'.
-   * 
-   * @param colourByLabel
-   *          the value of field 'colourByLabel'.
-   */
-  public void setColourByLabel(final boolean colourByLabel)
-  {
-    this._colourByLabel = colourByLabel;
-    this._has_colourByLabel = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'max'.
-   * 
-   * @param max
-   *          the value of field 'max'.
-   */
-  public void setMax(final float max)
-  {
-    this._max = max;
-    this._has_max = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'min'.
-   * 
-   * @param min
-   *          the value of field 'min'.
-   */
-  public void setMin(final float min)
-  {
-    this._min = min;
-    this._has_min = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'minRGB'.
-   * 
-   * @param minRGB
-   *          the value of field 'minRGB'.
-   */
-  public void setMinRGB(final java.lang.String minRGB)
-  {
-    this._minRGB = minRGB;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'name'.
-   * 
-   * @param name
-   *          the value of field 'name'.
-   */
-  public void setName(final java.lang.String name)
-  {
-    this._name = name;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'RGB'.
-   * 
-   * @param RGB
-   *          the value of field 'RGB'.
-   */
-  public void setRGB(final java.lang.String RGB)
-  {
-    this._RGB = RGB;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'threshType'. The field 'threshType' has the
-   * following description: loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW
-   * 
-   * @param threshType
-   *          the value of field 'threshType'.
-   */
-  public void setThreshType(final java.lang.String threshType)
-  {
-    this._threshType = threshType;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'threshold'.
-   * 
-   * @param threshold
-   *          the value of field 'threshold'.
-   */
-  public void setThreshold(final float threshold)
-  {
-    this._threshold = threshold;
-    this._has_threshold = true;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Colour
-   */
-  public static jalview.binding.Colour unmarshal(final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Colour) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Colour.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class Colour implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _name.
+     */
+    private java.lang.String _name;
+
+    /**
+     * Field _RGB.
+     */
+    private java.lang.String _RGB;
+
+    /**
+     * Field _minRGB.
+     */
+    private java.lang.String _minRGB;
+
+    /**
+     * loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW
+     */
+    private java.lang.String _threshType;
+
+    /**
+     * Field _threshold.
+     */
+    private float _threshold;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _threshold
+     */
+    private boolean _has_threshold;
+
+    /**
+     * Field _max.
+     */
+    private float _max;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _max
+     */
+    private boolean _has_max;
+
+    /**
+     * Field _min.
+     */
+    private float _min;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _min
+     */
+    private boolean _has_min;
+
+    /**
+     * Field _colourByLabel.
+     */
+    private boolean _colourByLabel;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _colourByLabel
+     */
+    private boolean _has_colourByLabel;
+
+    /**
+     * Field _autoScale.
+     */
+    private boolean _autoScale;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _autoScale
+     */
+    private boolean _has_autoScale;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Colour() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deleteAutoScale(
+    ) {
+        this._has_autoScale= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteColourByLabel(
+    ) {
+        this._has_colourByLabel= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteMax(
+    ) {
+        this._has_max= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteMin(
+    ) {
+        this._has_min= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteThreshold(
+    ) {
+        this._has_threshold= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'autoScale'.
+     * 
+     * @return the value of field 'AutoScale'.
+     */
+    public boolean getAutoScale(
+    ) {
+        return this._autoScale;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.
+     */
+    public boolean getColourByLabel(
+    ) {
+        return this._colourByLabel;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'max'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Max'.
+     */
+    public float getMax(
+    ) {
+        return this._max;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'min'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Min'.
+     */
+    public float getMin(
+    ) {
+        return this._min;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'minRGB'.
+     * 
+     * @return the value of field 'MinRGB'.
+     */
+    public java.lang.String getMinRGB(
+    ) {
+        return this._minRGB;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'name'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Name'.
+     */
+    public java.lang.String getName(
+    ) {
+        return this._name;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'RGB'.
+     * 
+     * @return the value of field 'RGB'.
+     */
+    public java.lang.String getRGB(
+    ) {
+        return this._RGB;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'threshType'. The field
+     * 'threshType' has the following description: loosely
+     * specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW
+     * 
+     * @return the value of field 'ThreshType'.
+     */
+    public java.lang.String getThreshType(
+    ) {
+        return this._threshType;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'threshold'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Threshold'.
+     */
+    public float getThreshold(
+    ) {
+        return this._threshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasAutoScale.
+     * 
+     * @return true if at least one AutoScale has been added
+     */
+    public boolean hasAutoScale(
+    ) {
+        return this._has_autoScale;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasColourByLabel.
+     * 
+     * @return true if at least one ColourByLabel has been added
+     */
+    public boolean hasColourByLabel(
+    ) {
+        return this._has_colourByLabel;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasMax.
+     * 
+     * @return true if at least one Max has been added
+     */
+    public boolean hasMax(
+    ) {
+        return this._has_max;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasMin.
+     * 
+     * @return true if at least one Min has been added
+     */
+    public boolean hasMin(
+    ) {
+        return this._has_min;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasThreshold.
+     * 
+     * @return true if at least one Threshold has been added
+     */
+    public boolean hasThreshold(
+    ) {
+        return this._has_threshold;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'autoScale'.
+     * 
+     * @return the value of field 'AutoScale'.
+     */
+    public boolean isAutoScale(
+    ) {
+        return this._autoScale;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.
+     */
+    public boolean isColourByLabel(
+    ) {
+        return this._colourByLabel;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'autoScale'.
+     * 
+     * @param autoScale the value of field 'autoScale'.
+     */
+    public void setAutoScale(
+            final boolean autoScale) {
+        this._autoScale = autoScale;
+        this._has_autoScale = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'colourByLabel'.
+     * 
+     * @param colourByLabel the value of field 'colourByLabel'.
+     */
+    public void setColourByLabel(
+            final boolean colourByLabel) {
+        this._colourByLabel = colourByLabel;
+        this._has_colourByLabel = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'max'.
+     * 
+     * @param max the value of field 'max'.
+     */
+    public void setMax(
+            final float max) {
+        this._max = max;
+        this._has_max = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'min'.
+     * 
+     * @param min the value of field 'min'.
+     */
+    public void setMin(
+            final float min) {
+        this._min = min;
+        this._has_min = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'minRGB'.
+     * 
+     * @param minRGB the value of field 'minRGB'.
+     */
+    public void setMinRGB(
+            final java.lang.String minRGB) {
+        this._minRGB = minRGB;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'name'.
+     * 
+     * @param name the value of field 'name'.
+     */
+    public void setName(
+            final java.lang.String name) {
+        this._name = name;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'RGB'.
+     * 
+     * @param RGB the value of field 'RGB'.
+     */
+    public void setRGB(
+            final java.lang.String RGB) {
+        this._RGB = RGB;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'threshType'. The field 'threshType'
+     * has the following description: loosely specified
+     * enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW
+     * 
+     * @param threshType the value of field 'threshType'.
+     */
+    public void setThreshType(
+            final java.lang.String threshType) {
+        this._threshType = threshType;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'threshold'.
+     * 
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.
+     */
+    public void setThreshold(
+            final float threshold) {
+        this._threshold = threshold;
+        this._has_threshold = true;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Colour
+     */
+    public static jalview.binding.Colour unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Colour) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Colour.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index cd0c9bd..d429df3 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,286 +19,272 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Feature implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _begin.
-   */
-  private int _begin;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _begin
-   */
-  private boolean _has_begin;
-
-  /**
-   * Field _end.
-   */
-  private int _end;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _end
-   */
-  private boolean _has_end;
-
-  /**
-   * Field _type.
-   */
-  private java.lang.String _type;
-
-  /**
-   * Field _description.
-   */
-  private java.lang.String _description;
-
-  /**
-   * Field _status.
-   */
-  private java.lang.String _status;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Feature()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
+public class Feature implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _begin.
+     */
+    private int _begin;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _begin
+     */
+    private boolean _has_begin;
+
+    /**
+     * Field _end.
+     */
+    private int _end;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _end
+     */
+    private boolean _has_end;
+
+    /**
+     * Field _type.
+     */
+    private java.lang.String _type;
+
+    /**
+     * Field _description.
+     */
+    private java.lang.String _description;
+
+    /**
+     * Field _status.
+     */
+    private java.lang.String _status;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Feature() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deleteBegin(
+    ) {
+        this._has_begin= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteEnd(
+    ) {
+        this._has_end= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'begin'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Begin'.
+     */
+    public int getBegin(
+    ) {
+        return this._begin;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'description'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Description'.
+     */
+    public java.lang.String getDescription(
+    ) {
+        return this._description;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'end'.
+     * 
+     * @return the value of field 'End'.
      */
-  public void deleteBegin()
-  {
-    this._has_begin = false;
-  }
+    public int getEnd(
+    ) {
+        return this._end;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'status'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Status'.
+     */
+    public java.lang.String getStatus(
+    ) {
+        return this._status;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'type'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Type'.
+     */
+    public java.lang.String getType(
+    ) {
+        return this._type;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasBegin.
+     * 
+     * @return true if at least one Begin has been added
+     */
+    public boolean hasBegin(
+    ) {
+        return this._has_begin;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasEnd.
+     * 
+     * @return true if at least one End has been added
+     */
+    public boolean hasEnd(
+    ) {
+        return this._has_end;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'begin'.
+     * 
+     * @param begin the value of field 'begin'.
+     */
+    public void setBegin(
+            final int begin) {
+        this._begin = begin;
+        this._has_begin = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'description'.
+     * 
+     * @param description the value of field 'description'.
+     */
+    public void setDescription(
+            final java.lang.String description) {
+        this._description = description;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'end'.
+     * 
+     * @param end the value of field 'end'.
+     */
+    public void setEnd(
+            final int end) {
+        this._end = end;
+        this._has_end = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'status'.
+     * 
+     * @param status the value of field 'status'.
+     */
+    public void setStatus(
+            final java.lang.String status) {
+        this._status = status;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'type'.
+     * 
+     * @param type the value of field 'type'.
+     */
+    public void setType(
+            final java.lang.String type) {
+        this._type = type;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Feature
+     */
+    public static jalview.binding.Feature unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Feature) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Feature.class, reader);
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
      */
-  public void deleteEnd()
-  {
-    this._has_end = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'begin'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Begin'.
-   */
-  public int getBegin()
-  {
-    return this._begin;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'description'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Description'.
-   */
-  public java.lang.String getDescription()
-  {
-    return this._description;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'end'.
-   * 
-   * @return the value of field 'End'.
-   */
-  public int getEnd()
-  {
-    return this._end;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'status'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Status'.
-   */
-  public java.lang.String getStatus()
-  {
-    return this._status;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'type'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Type'.
-   */
-  public java.lang.String getType()
-  {
-    return this._type;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasBegin.
-   * 
-   * @return true if at least one Begin has been added
-   */
-  public boolean hasBegin()
-  {
-    return this._has_begin;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasEnd.
-   * 
-   * @return true if at least one End has been added
-   */
-  public boolean hasEnd()
-  {
-    return this._has_end;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'begin'.
-   * 
-   * @param begin
-   *          the value of field 'begin'.
-   */
-  public void setBegin(final int begin)
-  {
-    this._begin = begin;
-    this._has_begin = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'description'.
-   * 
-   * @param description
-   *          the value of field 'description'.
-   */
-  public void setDescription(final java.lang.String description)
-  {
-    this._description = description;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'end'.
-   * 
-   * @param end
-   *          the value of field 'end'.
-   */
-  public void setEnd(final int end)
-  {
-    this._end = end;
-    this._has_end = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'status'.
-   * 
-   * @param status
-   *          the value of field 'status'.
-   */
-  public void setStatus(final java.lang.String status)
-  {
-    this._status = status;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'type'.
-   * 
-   * @param type
-   *          the value of field 'type'.
-   */
-  public void setType(final java.lang.String type)
-  {
-    this._type = type;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Feature
-   */
-  public static jalview.binding.Feature unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Feature) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Feature.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 5a768c4..f3d06be 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,271 +19,257 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
-{
+public class FeatureSettings implements java.io.Serializable {
 
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
 
-  /**
-   * Field _settingList.
-   */
-  private java.util.Vector _settingList;
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
 
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
+    /**
+     * Field _settingList.
+     */
+    private java.util.Vector _settingList;
 
-  public FeatureSettings()
-  {
-    super();
-    this._settingList = new java.util.Vector();
-  }
 
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSetting
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSetting(final jalview.binding.Setting vSetting)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._settingList.addElement(vSetting);
-  }
+    public FeatureSettings() {
+        super();
+        this._settingList = new java.util.Vector();
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSetting
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSetting(final int index,
-          final jalview.binding.Setting vSetting)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._settingList.add(index, vSetting);
-  }
 
-  /**
-   * Method enumerateSetting.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Setting elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateSetting()
-  {
-    return this._settingList.elements();
-  }
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
 
-  /**
-   * Method getSetting.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Setting at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Setting getSetting(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSetting
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSetting(
+            final jalview.binding.Setting vSetting)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._settingList.addElement(vSetting);
     }
 
-    return (jalview.binding.Setting) _settingList.get(index);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSetting
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSetting(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Setting vSetting)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._settingList.add(index, vSetting);
+    }
 
-  /**
-   * Method getSetting.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Setting[] getSetting()
-  {
-    jalview.binding.Setting[] array = new jalview.binding.Setting[0];
-    return (jalview.binding.Setting[]) this._settingList.toArray(array);
-  }
+    /**
+     * Method enumerateSetting.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Setting
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateSetting(
+    ) {
+        return this._settingList.elements();
+    }
 
-  /**
-   * Method getSettingCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getSettingCount()
-  {
-    return this._settingList.size();
-  }
+    /**
+     * Method getSetting.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Setting at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.Setting getSetting(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Setting) _settingList.get(index);
+    }
 
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+    /**
+     * Method getSetting.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Setting[] getSetting(
+    ) {
+        jalview.binding.Setting[] array = new jalview.binding.Setting[0];
+        return (jalview.binding.Setting[]) this._settingList.toArray(array);
     }
-    return true;
-  }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
+    /**
+     * Method getSettingCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getSettingCount(
+    ) {
+        return this._settingList.size();
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
      */
-  public void removeAllSetting()
-  {
-    this._settingList.clear();
-  }
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
 
-  /**
-   * Method removeSetting.
-   * 
-   * @param vSetting
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeSetting(final jalview.binding.Setting vSetting)
-  {
-    boolean removed = _settingList.remove(vSetting);
-    return removed;
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
 
-  /**
-   * Method removeSettingAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Setting removeSettingAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Setting) obj;
-  }
+    /**
+     */
+    public void removeAllSetting(
+    ) {
+        this._settingList.clear();
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSetting
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setSetting(final int index,
-          final jalview.binding.Setting vSetting)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+    /**
+     * Method removeSetting.
+     * 
+     * @param vSetting
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeSetting(
+            final jalview.binding.Setting vSetting) {
+        boolean removed = _settingList.remove(vSetting);
+        return removed;
     }
 
-    this._settingList.set(index, vSetting);
-  }
+    /**
+     * Method removeSettingAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Setting removeSettingAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Setting) obj;
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSettingArray
-   */
-  public void setSetting(final jalview.binding.Setting[] vSettingArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _settingList.clear();
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSetting
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setSetting(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Setting vSetting)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._settingList.set(index, vSetting);
+    }
 
-    for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++)
-    {
-      this._settingList.add(vSettingArray[i]);
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSettingArray
+     */
+    public void setSetting(
+            final jalview.binding.Setting[] vSettingArray) {
+        //-- copy array
+        _settingList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++) {
+                this._settingList.add(vSettingArray[i]);
+        }
     }
-  }
 
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.FeatureSettings
-   */
-  public static jalview.binding.FeatureSettings unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.FeatureSettings.class, reader);
-  }
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.FeatureSettings
+     */
+    public static jalview.binding.FeatureSettings unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.FeatureSettings.class, reader);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index 0d65b0c..e50ae7c 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,106 +19,98 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Features extends Feature implements java.io.Serializable
+public class Features extends Feature 
+implements java.io.Serializable
 {
 
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
 
-  public Features()
-  {
-    super();
-  }
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
 
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
+    public Features() {
+        super();
+    }
 
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
     }
-    return true;
-  }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
 
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Feature
-   */
-  public static jalview.binding.Feature unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Feature) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Features.class, reader);
-  }
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Feature
+     */
+    public static jalview.binding.Feature unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Feature) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Features.class, reader);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index 02d9229..862eebd 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,742 +19,721 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class JGroup implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _start.
-   */
-  private int _start;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _start
-   */
-  private boolean _has_start;
-
-  /**
-   * Field _end.
-   */
-  private int _end;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _end
-   */
-  private boolean _has_end;
-
-  /**
-   * Field _name.
-   */
-  private java.lang.String _name;
-
-  /**
-   * Field _colour.
-   */
-  private java.lang.String _colour;
-
-  /**
-   * Field _consThreshold.
-   */
-  private int _consThreshold;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _consThreshold
-   */
-  private boolean _has_consThreshold;
-
-  /**
-   * Field _pidThreshold.
-   */
-  private int _pidThreshold;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _pidThreshold
-   */
-  private boolean _has_pidThreshold;
-
-  /**
-   * Field _outlineColour.
-   */
-  private int _outlineColour;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _outlineColour
-   */
-  private boolean _has_outlineColour;
-
-  /**
-   * Field _displayBoxes.
-   */
-  private boolean _displayBoxes;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _displayBoxes
-   */
-  private boolean _has_displayBoxes;
-
-  /**
-   * Field _displayText.
-   */
-  private boolean _displayText;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _displayText
-   */
-  private boolean _has_displayText;
-
-  /**
-   * Field _colourText.
-   */
-  private boolean _colourText;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _colourText
-   */
-  private boolean _has_colourText;
-
-  /**
-   * Field _seqList.
-   */
-  private java.util.Vector _seqList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public JGroup()
-  {
-    super();
-    this._seqList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSeq
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSeq(final int vSeq)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSeq
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSeq(final int index, final int vSeq)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._seqList.add(index, new java.lang.Integer(vSeq));
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteColourText()
-  {
-    this._has_colourText = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteConsThreshold()
-  {
-    this._has_consThreshold = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteDisplayBoxes()
-  {
-    this._has_displayBoxes = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteDisplayText()
-  {
-    this._has_displayText = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteEnd()
-  {
-    this._has_end = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteOutlineColour()
-  {
-    this._has_outlineColour = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deletePidThreshold()
-  {
-    this._has_pidThreshold = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteStart()
-  {
-    this._has_start = false;
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateSeq.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all int elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateSeq()
-  {
-    return this._seqList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Colour'.
-   */
-  public java.lang.String getColour()
-  {
-    return this._colour;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colourText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ColourText'.
-   */
-  public boolean getColourText()
-  {
-    return this._colourText;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'consThreshold'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ConsThreshold'.
-   */
-  public int getConsThreshold()
-  {
-    return this._consThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'displayBoxes'.
-   * 
-   * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
-   */
-  public boolean getDisplayBoxes()
-  {
-    return this._displayBoxes;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'displayText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'DisplayText'.
-   */
-  public boolean getDisplayText()
-  {
-    return this._displayText;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'end'.
-   * 
-   * @return the value of field 'End'.
-   */
-  public int getEnd()
-  {
-    return this._end;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'name'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Name'.
-   */
-  public java.lang.String getName()
-  {
-    return this._name;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'outlineColour'.
-   * 
-   * @return the value of field 'OutlineColour'.
-   */
-  public int getOutlineColour()
-  {
-    return this._outlineColour;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'pidThreshold'.
-   * 
-   * @return the value of field 'PidThreshold'.
-   */
-  public int getPidThreshold()
-  {
-    return this._pidThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method getSeq.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the int at the given index
-   */
-  public int getSeq(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return ((java.lang.Integer) _seqList.get(index)).intValue();
-  }
-
-  /**
-   * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public int[] getSeq()
-  {
-    int size = this._seqList.size();
-    int[] array = new int[size];
-    java.util.Iterator iter = _seqList.iterator();
-    for (int index = 0; index < size; index++)
-    {
-      array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
-    }
-    return array;
-  }
-
-  /**
-   * Method getSeqCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getSeqCount()
-  {
-    return this._seqList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'start'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Start'.
-   */
-  public int getStart()
-  {
-    return this._start;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasColourText.
-   * 
-   * @return true if at least one ColourText has been added
-   */
-  public boolean hasColourText()
-  {
-    return this._has_colourText;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasConsThreshold.
-   * 
-   * @return true if at least one ConsThreshold has been added
-   */
-  public boolean hasConsThreshold()
-  {
-    return this._has_consThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasDisplayBoxes.
-   * 
-   * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
-   */
-  public boolean hasDisplayBoxes()
-  {
-    return this._has_displayBoxes;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasDisplayText.
-   * 
-   * @return true if at least one DisplayText has been added
-   */
-  public boolean hasDisplayText()
-  {
-    return this._has_displayText;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasEnd.
-   * 
-   * @return true if at least one End has been added
-   */
-  public boolean hasEnd()
-  {
-    return this._has_end;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasOutlineColour.
-   * 
-   * @return true if at least one OutlineColour has been added
-   */
-  public boolean hasOutlineColour()
-  {
-    return this._has_outlineColour;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasPidThreshold.
-   * 
-   * @return true if at least one PidThreshold has been added
-   */
-  public boolean hasPidThreshold()
-  {
-    return this._has_pidThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasStart.
-   * 
-   * @return true if at least one Start has been added
-   */
-  public boolean hasStart()
-  {
-    return this._has_start;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colourText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ColourText'.
-   */
-  public boolean isColourText()
-  {
-    return this._colourText;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'displayBoxes'.
-   * 
-   * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
-   */
-  public boolean isDisplayBoxes()
-  {
-    return this._displayBoxes;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'displayText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'DisplayText'.
-   */
-  public boolean isDisplayText()
-  {
-    return this._displayText;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllSeq()
-  {
-    this._seqList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSeq.
-   * 
-   * @param vSeq
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeSeq(final int vSeq)
-  {
-    boolean removed = _seqList.remove(new java.lang.Integer(vSeq));
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSeqAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public int removeSeqAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
-    return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @param colour
-   *          the value of field 'colour'.
-   */
-  public void setColour(final java.lang.String colour)
-  {
-    this._colour = colour;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'colourText'.
-   * 
-   * @param colourText
-   *          the value of field 'colourText'.
-   */
-  public void setColourText(final boolean colourText)
-  {
-    this._colourText = colourText;
-    this._has_colourText = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'consThreshold'.
-   * 
-   * @param consThreshold
-   *          the value of field 'consThreshold'.
-   */
-  public void setConsThreshold(final int consThreshold)
-  {
-    this._consThreshold = consThreshold;
-    this._has_consThreshold = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'displayBoxes'.
-   * 
-   * @param displayBoxes
-   *          the value of field 'displayBoxes'.
-   */
-  public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
-  {
-    this._displayBoxes = displayBoxes;
-    this._has_displayBoxes = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'displayText'.
-   * 
-   * @param displayText
-   *          the value of field 'displayText'.
-   */
-  public void setDisplayText(final boolean displayText)
-  {
-    this._displayText = displayText;
-    this._has_displayText = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'end'.
-   * 
-   * @param end
-   *          the value of field 'end'.
-   */
-  public void setEnd(final int end)
-  {
-    this._end = end;
-    this._has_end = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'name'.
-   * 
-   * @param name
-   *          the value of field 'name'.
-   */
-  public void setName(final java.lang.String name)
-  {
-    this._name = name;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'outlineColour'.
-   * 
-   * @param outlineColour
-   *          the value of field 'outlineColour'.
-   */
-  public void setOutlineColour(final int outlineColour)
-  {
-    this._outlineColour = outlineColour;
-    this._has_outlineColour = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'pidThreshold'.
-   * 
-   * @param pidThreshold
-   *          the value of field 'pidThreshold'.
-   */
-  public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
-  {
-    this._pidThreshold = pidThreshold;
-    this._has_pidThreshold = true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSeq
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setSeq(final int index, final int vSeq)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._seqList.set(index, new java.lang.Integer(vSeq));
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSeqArray
-   */
-  public void setSeq(final int[] vSeqArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _seqList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
-    {
-      this._seqList.add(new java.lang.Integer(vSeqArray[i]));
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'start'.
-   * 
-   * @param start
-   *          the value of field 'start'.
-   */
-  public void setStart(final int start)
-  {
-    this._start = start;
-    this._has_start = true;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.JGroup
-   */
-  public static jalview.binding.JGroup unmarshal(final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.JGroup.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class JGroup implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _start.
+     */
+    private int _start;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _start
+     */
+    private boolean _has_start;
+
+    /**
+     * Field _end.
+     */
+    private int _end;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _end
+     */
+    private boolean _has_end;
+
+    /**
+     * Field _name.
+     */
+    private java.lang.String _name;
+
+    /**
+     * Field _colour.
+     */
+    private java.lang.String _colour;
+
+    /**
+     * Field _consThreshold.
+     */
+    private int _consThreshold;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _consThreshold
+     */
+    private boolean _has_consThreshold;
+
+    /**
+     * Field _pidThreshold.
+     */
+    private int _pidThreshold;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _pidThreshold
+     */
+    private boolean _has_pidThreshold;
+
+    /**
+     * Field _outlineColour.
+     */
+    private int _outlineColour;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _outlineColour
+     */
+    private boolean _has_outlineColour;
+
+    /**
+     * Field _displayBoxes.
+     */
+    private boolean _displayBoxes;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _displayBoxes
+     */
+    private boolean _has_displayBoxes;
+
+    /**
+     * Field _displayText.
+     */
+    private boolean _displayText;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _displayText
+     */
+    private boolean _has_displayText;
+
+    /**
+     * Field _colourText.
+     */
+    private boolean _colourText;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _colourText
+     */
+    private boolean _has_colourText;
+
+    /**
+     * Field _seqList.
+     */
+    private java.util.Vector _seqList;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public JGroup() {
+        super();
+        this._seqList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSeq
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSeq(
+            final int vSeq)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSeq
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSeq(
+            final int index,
+            final int vSeq)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._seqList.add(index, new java.lang.Integer(vSeq));
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteColourText(
+    ) {
+        this._has_colourText= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteConsThreshold(
+    ) {
+        this._has_consThreshold= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteDisplayBoxes(
+    ) {
+        this._has_displayBoxes= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteDisplayText(
+    ) {
+        this._has_displayText= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteEnd(
+    ) {
+        this._has_end= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteOutlineColour(
+    ) {
+        this._has_outlineColour= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deletePidThreshold(
+    ) {
+        this._has_pidThreshold= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteStart(
+    ) {
+        this._has_start= false;
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateSeq.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all int elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateSeq(
+    ) {
+        return this._seqList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Colour'.
+     */
+    public java.lang.String getColour(
+    ) {
+        return this._colour;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colourText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ColourText'.
+     */
+    public boolean getColourText(
+    ) {
+        return this._colourText;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'consThreshold'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ConsThreshold'.
+     */
+    public int getConsThreshold(
+    ) {
+        return this._consThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'displayBoxes'.
+     * 
+     * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
+     */
+    public boolean getDisplayBoxes(
+    ) {
+        return this._displayBoxes;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'displayText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'DisplayText'.
+     */
+    public boolean getDisplayText(
+    ) {
+        return this._displayText;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'end'.
+     * 
+     * @return the value of field 'End'.
+     */
+    public int getEnd(
+    ) {
+        return this._end;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'name'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Name'.
+     */
+    public java.lang.String getName(
+    ) {
+        return this._name;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'outlineColour'.
+     * 
+     * @return the value of field 'OutlineColour'.
+     */
+    public int getOutlineColour(
+    ) {
+        return this._outlineColour;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'pidThreshold'.
+     * 
+     * @return the value of field 'PidThreshold'.
+     */
+    public int getPidThreshold(
+    ) {
+        return this._pidThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method getSeq.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the int at the given index
+     */
+    public int getSeq(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return ((java.lang.Integer) _seqList.get(index)).intValue();
+    }
+
+    /**
+     * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an
+     * Array.  
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public int[] getSeq(
+    ) {
+        int size = this._seqList.size();
+        int[] array = new int[size];
+        java.util.Iterator iter = _seqList.iterator();
+        for (int index = 0; index < size; index++) {
+            array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
+        }
+        return array;
+    }
+
+    /**
+     * Method getSeqCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getSeqCount(
+    ) {
+        return this._seqList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'start'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Start'.
+     */
+    public int getStart(
+    ) {
+        return this._start;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasColourText.
+     * 
+     * @return true if at least one ColourText has been added
+     */
+    public boolean hasColourText(
+    ) {
+        return this._has_colourText;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasConsThreshold.
+     * 
+     * @return true if at least one ConsThreshold has been added
+     */
+    public boolean hasConsThreshold(
+    ) {
+        return this._has_consThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasDisplayBoxes.
+     * 
+     * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
+     */
+    public boolean hasDisplayBoxes(
+    ) {
+        return this._has_displayBoxes;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasDisplayText.
+     * 
+     * @return true if at least one DisplayText has been added
+     */
+    public boolean hasDisplayText(
+    ) {
+        return this._has_displayText;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasEnd.
+     * 
+     * @return true if at least one End has been added
+     */
+    public boolean hasEnd(
+    ) {
+        return this._has_end;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasOutlineColour.
+     * 
+     * @return true if at least one OutlineColour has been added
+     */
+    public boolean hasOutlineColour(
+    ) {
+        return this._has_outlineColour;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasPidThreshold.
+     * 
+     * @return true if at least one PidThreshold has been added
+     */
+    public boolean hasPidThreshold(
+    ) {
+        return this._has_pidThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasStart.
+     * 
+     * @return true if at least one Start has been added
+     */
+    public boolean hasStart(
+    ) {
+        return this._has_start;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colourText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ColourText'.
+     */
+    public boolean isColourText(
+    ) {
+        return this._colourText;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'displayBoxes'.
+     * 
+     * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
+     */
+    public boolean isDisplayBoxes(
+    ) {
+        return this._displayBoxes;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'displayText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'DisplayText'.
+     */
+    public boolean isDisplayText(
+    ) {
+        return this._displayText;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllSeq(
+    ) {
+        this._seqList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSeq.
+     * 
+     * @param vSeq
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeSeq(
+            final int vSeq) {
+        boolean removed = _seqList.remove(new java.lang.Integer(vSeq));
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSeqAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public int removeSeqAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
+        return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @param colour the value of field 'colour'.
+     */
+    public void setColour(
+            final java.lang.String colour) {
+        this._colour = colour;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'colourText'.
+     * 
+     * @param colourText the value of field 'colourText'.
+     */
+    public void setColourText(
+            final boolean colourText) {
+        this._colourText = colourText;
+        this._has_colourText = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'consThreshold'.
+     * 
+     * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
+     */
+    public void setConsThreshold(
+            final int consThreshold) {
+        this._consThreshold = consThreshold;
+        this._has_consThreshold = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'displayBoxes'.
+     * 
+     * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.
+     */
+    public void setDisplayBoxes(
+            final boolean displayBoxes) {
+        this._displayBoxes = displayBoxes;
+        this._has_displayBoxes = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'displayText'.
+     * 
+     * @param displayText the value of field 'displayText'.
+     */
+    public void setDisplayText(
+            final boolean displayText) {
+        this._displayText = displayText;
+        this._has_displayText = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'end'.
+     * 
+     * @param end the value of field 'end'.
+     */
+    public void setEnd(
+            final int end) {
+        this._end = end;
+        this._has_end = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'name'.
+     * 
+     * @param name the value of field 'name'.
+     */
+    public void setName(
+            final java.lang.String name) {
+        this._name = name;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'outlineColour'.
+     * 
+     * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.
+     */
+    public void setOutlineColour(
+            final int outlineColour) {
+        this._outlineColour = outlineColour;
+        this._has_outlineColour = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'pidThreshold'.
+     * 
+     * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
+     */
+    public void setPidThreshold(
+            final int pidThreshold) {
+        this._pidThreshold = pidThreshold;
+        this._has_pidThreshold = true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSeq
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setSeq(
+            final int index,
+            final int vSeq)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._seqList.set(index, new java.lang.Integer(vSeq));
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSeqArray
+     */
+    public void setSeq(
+            final int[] vSeqArray) {
+        //-- copy array
+        _seqList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {
+                this._seqList.add(new java.lang.Integer(vSeqArray[i]));
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'start'.
+     * 
+     * @param start the value of field 'start'.
+     */
+    public void setStart(
+            final int start) {
+        this._start = start;
+        this._has_start = true;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.JGroup
+     */
+    public static jalview.binding.JGroup unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JGroup.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index cbc949a..14b1f2f 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
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- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,627 +19,605 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class JSeq implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _colour.
-   */
-  private int _colour;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _colour
-   */
-  private boolean _has_colour;
-
-  /**
-   * Field _start.
-   */
-  private int _start;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _start
-   */
-  private boolean _has_start;
-
-  /**
-   * Field _end.
-   */
-  private int _end;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _end
-   */
-  private boolean _has_end;
-
-  /**
-   * Field _id.
-   */
-  private int _id;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _id
-   */
-  private boolean _has_id;
-
-  /**
-   * Field _featuresList.
-   */
-  private java.util.Vector _featuresList;
-
-  /**
-   * Field _pdbidsList.
-   */
-  private java.util.Vector _pdbidsList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public JSeq()
-  {
-    super();
-    this._featuresList = new java.util.Vector();
-    this._pdbidsList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vFeatures
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addFeatures(final jalview.binding.Features vFeatures)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._featuresList.addElement(vFeatures);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vFeatures
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addFeatures(final int index,
-          final jalview.binding.Features vFeatures)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._featuresList.add(index, vFeatures);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vPdbids
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addPdbids(final jalview.binding.Pdbids vPdbids)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vPdbids
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addPdbids(final int index,
-          final jalview.binding.Pdbids vPdbids)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteColour()
-  {
-    this._has_colour = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteEnd()
-  {
-    this._has_end = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteId()
-  {
-    this._has_id = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteStart()
-  {
-    this._has_start = false;
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateFeatures.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Features elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateFeatures()
-  {
-    return this._featuresList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumeratePdbids.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Pdbids elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumeratePdbids()
-  {
-    return this._pdbidsList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Colour'.
-   */
-  public int getColour()
-  {
-    return this._colour;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'end'.
-   * 
-   * @return the value of field 'End'.
-   */
-  public int getEnd()
-  {
-    return this._end;
-  }
-
-  /**
-   * Method getFeatures.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Features at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Features getFeatures(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.Features) _featuresList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Features[] getFeatures()
-  {
-    jalview.binding.Features[] array = new jalview.binding.Features[0];
-    return (jalview.binding.Features[]) this._featuresList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getFeaturesCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getFeaturesCount()
-  {
-    return this._featuresList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'id'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Id'.
-   */
-  public int getId()
-  {
-    return this._id;
-  }
-
-  /**
-   * Method getPdbids.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Pdbids at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Pdbids getPdbids(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Pdbids[] getPdbids()
-  {
-    jalview.binding.Pdbids[] array = new jalview.binding.Pdbids[0];
-    return (jalview.binding.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getPdbidsCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getPdbidsCount()
-  {
-    return this._pdbidsList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'start'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Start'.
-   */
-  public int getStart()
-  {
-    return this._start;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasColour.
-   * 
-   * @return true if at least one Colour has been added
-   */
-  public boolean hasColour()
-  {
-    return this._has_colour;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasEnd.
-   * 
-   * @return true if at least one End has been added
-   */
-  public boolean hasEnd()
-  {
-    return this._has_end;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasId.
-   * 
-   * @return true if at least one Id has been added
-   */
-  public boolean hasId()
-  {
-    return this._has_id;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasStart.
-   * 
-   * @return true if at least one Start has been added
-   */
-  public boolean hasStart()
-  {
-    return this._has_start;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllFeatures()
-  {
-    this._featuresList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllPdbids()
-  {
-    this._pdbidsList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeFeatures.
-   * 
-   * @param vFeatures
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeFeatures(final jalview.binding.Features vFeatures)
-  {
-    boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeFeaturesAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Features removeFeaturesAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Features) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removePdbids.
-   * 
-   * @param vPdbids
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removePdbids(final jalview.binding.Pdbids vPdbids)
-  {
-    boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removePdbidsAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Pdbids removePdbidsAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Pdbids) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @param colour
-   *          the value of field 'colour'.
-   */
-  public void setColour(final int colour)
-  {
-    this._colour = colour;
-    this._has_colour = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'end'.
-   * 
-   * @param end
-   *          the value of field 'end'.
-   */
-  public void setEnd(final int end)
-  {
-    this._end = end;
-    this._has_end = true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vFeatures
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setFeatures(final int index,
-          final jalview.binding.Features vFeatures)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._featuresList.set(index, vFeatures);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vFeaturesArray
-   */
-  public void setFeatures(final jalview.binding.Features[] vFeaturesArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _featuresList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)
-    {
-      this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'id'.
-   * 
-   * @param id
-   *          the value of field 'id'.
-   */
-  public void setId(final int id)
-  {
-    this._id = id;
-    this._has_id = true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vPdbids
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setPdbids(final int index,
-          final jalview.binding.Pdbids vPdbids)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vPdbidsArray
-   */
-  public void setPdbids(final jalview.binding.Pdbids[] vPdbidsArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _pdbidsList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)
-    {
-      this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'start'.
-   * 
-   * @param start
-   *          the value of field 'start'.
-   */
-  public void setStart(final int start)
-  {
-    this._start = start;
-    this._has_start = true;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.JSeq
-   */
-  public static jalview.binding.JSeq unmarshal(final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.JSeq.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class JSeq implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _colour.
+     */
+    private int _colour;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _colour
+     */
+    private boolean _has_colour;
+
+    /**
+     * Field _start.
+     */
+    private int _start;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _start
+     */
+    private boolean _has_start;
+
+    /**
+     * Field _end.
+     */
+    private int _end;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _end
+     */
+    private boolean _has_end;
+
+    /**
+     * Field _id.
+     */
+    private int _id;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _id
+     */
+    private boolean _has_id;
+
+    /**
+     * Field _featuresList.
+     */
+    private java.util.Vector _featuresList;
+
+    /**
+     * Field _pdbidsList.
+     */
+    private java.util.Vector _pdbidsList;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public JSeq() {
+        super();
+        this._featuresList = new java.util.Vector();
+        this._pdbidsList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vFeatures
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addFeatures(
+            final jalview.binding.Features vFeatures)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._featuresList.addElement(vFeatures);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vFeatures
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addFeatures(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Features vFeatures)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._featuresList.add(index, vFeatures);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vPdbids
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addPdbids(
+            final jalview.binding.Pdbids vPdbids)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vPdbids
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addPdbids(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Pdbids vPdbids)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteColour(
+    ) {
+        this._has_colour= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteEnd(
+    ) {
+        this._has_end= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteId(
+    ) {
+        this._has_id= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteStart(
+    ) {
+        this._has_start= false;
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateFeatures.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Features
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateFeatures(
+    ) {
+        return this._featuresList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumeratePdbids.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Pdbids
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumeratePdbids(
+    ) {
+        return this._pdbidsList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Colour'.
+     */
+    public int getColour(
+    ) {
+        return this._colour;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'end'.
+     * 
+     * @return the value of field 'End'.
+     */
+    public int getEnd(
+    ) {
+        return this._end;
+    }
+
+    /**
+     * Method getFeatures.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Features at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.Features getFeatures(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Features) _featuresList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Features[] getFeatures(
+    ) {
+        jalview.binding.Features[] array = new jalview.binding.Features[0];
+        return (jalview.binding.Features[]) this._featuresList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getFeaturesCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getFeaturesCount(
+    ) {
+        return this._featuresList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'id'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Id'.
+     */
+    public int getId(
+    ) {
+        return this._id;
+    }
+
+    /**
+     * Method getPdbids.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Pdbids at the given
+     * index
+     */
+    public jalview.binding.Pdbids getPdbids(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Pdbids[] getPdbids(
+    ) {
+        jalview.binding.Pdbids[] array = new jalview.binding.Pdbids[0];
+        return (jalview.binding.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getPdbidsCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getPdbidsCount(
+    ) {
+        return this._pdbidsList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'start'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Start'.
+     */
+    public int getStart(
+    ) {
+        return this._start;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasColour.
+     * 
+     * @return true if at least one Colour has been added
+     */
+    public boolean hasColour(
+    ) {
+        return this._has_colour;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasEnd.
+     * 
+     * @return true if at least one End has been added
+     */
+    public boolean hasEnd(
+    ) {
+        return this._has_end;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasId.
+     * 
+     * @return true if at least one Id has been added
+     */
+    public boolean hasId(
+    ) {
+        return this._has_id;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasStart.
+     * 
+     * @return true if at least one Start has been added
+     */
+    public boolean hasStart(
+    ) {
+        return this._has_start;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllFeatures(
+    ) {
+        this._featuresList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllPdbids(
+    ) {
+        this._pdbidsList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeFeatures.
+     * 
+     * @param vFeatures
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeFeatures(
+            final jalview.binding.Features vFeatures) {
+        boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeFeaturesAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Features removeFeaturesAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Features) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removePdbids.
+     * 
+     * @param vPdbids
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removePdbids(
+            final jalview.binding.Pdbids vPdbids) {
+        boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removePdbidsAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Pdbids removePdbidsAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Pdbids) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @param colour the value of field 'colour'.
+     */
+    public void setColour(
+            final int colour) {
+        this._colour = colour;
+        this._has_colour = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'end'.
+     * 
+     * @param end the value of field 'end'.
+     */
+    public void setEnd(
+            final int end) {
+        this._end = end;
+        this._has_end = true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vFeatures
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setFeatures(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Features vFeatures)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._featuresList.set(index, vFeatures);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vFeaturesArray
+     */
+    public void setFeatures(
+            final jalview.binding.Features[] vFeaturesArray) {
+        //-- copy array
+        _featuresList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {
+                this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'id'.
+     * 
+     * @param id the value of field 'id'.
+     */
+    public void setId(
+            final int id) {
+        this._id = id;
+        this._has_id = true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vPdbids
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setPdbids(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Pdbids vPdbids)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vPdbidsArray
+     */
+    public void setPdbids(
+            final jalview.binding.Pdbids[] vPdbidsArray) {
+        //-- copy array
+        _pdbidsList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {
+                this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'start'.
+     * 
+     * @param start the value of field 'start'.
+     */
+    public void setStart(
+            final int start) {
+        this._start = start;
+        this._has_start = true;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.JSeq
+     */
+    public static jalview.binding.JSeq unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JSeq.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index 8f12c0c..21f8be9 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,215 +19,202 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class JalviewModel implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _creationDate.
-   */
-  private java.util.Date _creationDate;
-
-  /**
-   * Field _version.
-   */
-  private java.lang.String _version;
-
-  /**
-   * Field _vamsasModel.
-   */
-  private jalview.binding.VamsasModel _vamsasModel;
-
-  /**
-   * Field _jalviewModelSequence.
-   */
-  private jalview.binding.JalviewModelSequence _jalviewModelSequence;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public JalviewModel()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'creationDate'.
-   * 
-   * @return the value of field 'CreationDate'.
-   */
-  public java.util.Date getCreationDate()
-  {
-    return this._creationDate;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'jalviewModelSequence'.
-   * 
-   * @return the value of field 'JalviewModelSequence'.
-   */
-  public jalview.binding.JalviewModelSequence getJalviewModelSequence()
-  {
-    return this._jalviewModelSequence;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'vamsasModel'.
-   * 
-   * @return the value of field 'VamsasModel'.
-   */
-  public jalview.binding.VamsasModel getVamsasModel()
-  {
-    return this._vamsasModel;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'version'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Version'.
-   */
-  public java.lang.String getVersion()
-  {
-    return this._version;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+public class JalviewModel implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _creationDate.
+     */
+    private java.util.Date _creationDate;
+
+    /**
+     * Field _version.
+     */
+    private java.lang.String _version;
+
+    /**
+     * Field _vamsasModel.
+     */
+    private jalview.binding.VamsasModel _vamsasModel;
+
+    /**
+     * Field _jalviewModelSequence.
+     */
+    private jalview.binding.JalviewModelSequence _jalviewModelSequence;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public JalviewModel() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'creationDate'.
+     * 
+     * @return the value of field 'CreationDate'.
+     */
+    public java.util.Date getCreationDate(
+    ) {
+        return this._creationDate;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'jalviewModelSequence'.
+     * 
+     * @return the value of field 'JalviewModelSequence'.
+     */
+    public jalview.binding.JalviewModelSequence getJalviewModelSequence(
+    ) {
+        return this._jalviewModelSequence;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'vamsasModel'.
+     * 
+     * @return the value of field 'VamsasModel'.
+     */
+    public jalview.binding.VamsasModel getVamsasModel(
+    ) {
+        return this._vamsasModel;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'version'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Version'.
+     */
+    public java.lang.String getVersion(
+    ) {
+        return this._version;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'creationDate'.
+     * 
+     * @param creationDate the value of field 'creationDate'.
+     */
+    public void setCreationDate(
+            final java.util.Date creationDate) {
+        this._creationDate = creationDate;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'jalviewModelSequence'.
+     * 
+     * @param jalviewModelSequence the value of field
+     * 'jalviewModelSequence'.
+     */
+    public void setJalviewModelSequence(
+            final jalview.binding.JalviewModelSequence jalviewModelSequence) {
+        this._jalviewModelSequence = jalviewModelSequence;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'vamsasModel'.
+     * 
+     * @param vamsasModel the value of field 'vamsasModel'.
+     */
+    public void setVamsasModel(
+            final jalview.binding.VamsasModel vamsasModel) {
+        this._vamsasModel = vamsasModel;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'version'.
+     * 
+     * @param version the value of field 'version'.
+     */
+    public void setVersion(
+            final java.lang.String version) {
+        this._version = version;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewModel
+     */
+    public static jalview.binding.JalviewModel unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.JalviewModel) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModel.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'creationDate'.
-   * 
-   * @param creationDate
-   *          the value of field 'creationDate'.
-   */
-  public void setCreationDate(final java.util.Date creationDate)
-  {
-    this._creationDate = creationDate;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'jalviewModelSequence'.
-   * 
-   * @param jalviewModelSequence
-   *          the value of field 'jalviewModelSequence'.
-   */
-  public void setJalviewModelSequence(
-          final jalview.binding.JalviewModelSequence jalviewModelSequence)
-  {
-    this._jalviewModelSequence = jalviewModelSequence;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'vamsasModel'.
-   * 
-   * @param vamsasModel
-   *          the value of field 'vamsasModel'.
-   */
-  public void setVamsasModel(final jalview.binding.VamsasModel vamsasModel)
-  {
-    this._vamsasModel = vamsasModel;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'version'.
-   * 
-   * @param version
-   *          the value of field 'version'.
-   */
-  public void setVersion(final java.lang.String version)
-  {
-    this._version = version;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewModel
-   */
-  public static jalview.binding.JalviewModel unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.JalviewModel) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.JalviewModel.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 6b056d3..5ebcee6 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,937 +19,904 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _JSeqList.
-   */
-  private java.util.Vector _JSeqList;
-
-  /**
-   * Field _JGroupList.
-   */
-  private java.util.Vector _JGroupList;
-
-  /**
-   * Field _viewportList.
-   */
-  private java.util.Vector _viewportList;
-
-  /**
-   * Field _userColoursList.
-   */
-  private java.util.Vector _userColoursList;
-
-  /**
-   * Field _treeList.
-   */
-  private java.util.Vector _treeList;
-
-  /**
-   * Field _featureSettings.
-   */
-  private jalview.binding.FeatureSettings _featureSettings;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public JalviewModelSequence()
-  {
-    super();
-    this._JSeqList = new java.util.Vector();
-    this._JGroupList = new java.util.Vector();
-    this._viewportList = new java.util.Vector();
-    this._userColoursList = new java.util.Vector();
-    this._treeList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vJGroup
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addJGroup(final jalview.binding.JGroup vJGroup)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._JGroupList.addElement(vJGroup);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vJGroup
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addJGroup(final int index,
-          final jalview.binding.JGroup vJGroup)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._JGroupList.add(index, vJGroup);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vJSeq
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addJSeq(final jalview.binding.JSeq vJSeq)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._JSeqList.addElement(vJSeq);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vJSeq
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addJSeq(final int index, final jalview.binding.JSeq vJSeq)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._JSeqList.add(index, vJSeq);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vTree
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addTree(final jalview.binding.Tree vTree)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._treeList.addElement(vTree);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vTree
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addTree(final int index, final jalview.binding.Tree vTree)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._treeList.add(index, vTree);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vUserColours
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addUserColours(final jalview.binding.UserColours vUserColours)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._userColoursList.addElement(vUserColours);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vUserColours
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addUserColours(final int index,
-          final jalview.binding.UserColours vUserColours)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._userColoursList.add(index, vUserColours);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vViewport
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addViewport(final jalview.binding.Viewport vViewport)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._viewportList.addElement(vViewport);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vViewport
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addViewport(final int index,
-          final jalview.binding.Viewport vViewport)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._viewportList.add(index, vViewport);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateJGroup.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.JGroup elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateJGroup()
-  {
-    return this._JGroupList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateJSeq.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.JSeq elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateJSeq()
-  {
-    return this._JSeqList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateTree.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Tree elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateTree()
-  {
-    return this._treeList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateUserColours.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.UserColours elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateUserColours()
-  {
-    return this._userColoursList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateViewport.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Viewport elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateViewport()
-  {
-    return this._viewportList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'featureSettings'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FeatureSettings'.
-   */
-  public jalview.binding.FeatureSettings getFeatureSettings()
-  {
-    return this._featureSettings;
-  }
-
-  /**
-   * Method getJGroup.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.JGroup at the given index
-   */
-  public jalview.binding.JGroup getJGroup(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getJGroup: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.JGroup[] getJGroup()
-  {
-    jalview.binding.JGroup[] array = new jalview.binding.JGroup[0];
-    return (jalview.binding.JGroup[]) this._JGroupList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getJGroupCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getJGroupCount()
-  {
-    return this._JGroupList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getJSeq.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.JSeq at the given index
-   */
-  public jalview.binding.JSeq getJSeq(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.JSeq[] getJSeq()
-  {
-    jalview.binding.JSeq[] array = new jalview.binding.JSeq[0];
-    return (jalview.binding.JSeq[]) this._JSeqList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getJSeqCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getJSeqCount()
-  {
-    return this._JSeqList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getTree.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Tree at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Tree getTree(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.Tree) _treeList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getTree.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Tree[] getTree()
-  {
-    jalview.binding.Tree[] array = new jalview.binding.Tree[0];
-    return (jalview.binding.Tree[]) this._treeList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getTreeCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getTreeCount()
-  {
-    return this._treeList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getUserColours.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.UserColours at the given index
-   */
-  public jalview.binding.UserColours getUserColours(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getUserColours.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.UserColours[] getUserColours()
-  {
-    jalview.binding.UserColours[] array = new jalview.binding.UserColours[0];
-    return (jalview.binding.UserColours[]) this._userColoursList
-            .toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getUserColoursCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getUserColoursCount()
-  {
-    return this._userColoursList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getViewport.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Viewport at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Viewport getViewport(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getViewport: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getViewport.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Viewport[] getViewport()
-  {
-    jalview.binding.Viewport[] array = new jalview.binding.Viewport[0];
-    return (jalview.binding.Viewport[]) this._viewportList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getViewportCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getViewportCount()
-  {
-    return this._viewportList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllJGroup()
-  {
-    this._JGroupList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllJSeq()
-  {
-    this._JSeqList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllTree()
-  {
-    this._treeList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllUserColours()
-  {
-    this._userColoursList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllViewport()
-  {
-    this._viewportList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeJGroup.
-   * 
-   * @param vJGroup
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeJGroup(final jalview.binding.JGroup vJGroup)
-  {
-    boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeJGroupAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.JGroup removeJGroupAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);
-    return (jalview.binding.JGroup) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeJSeq.
-   * 
-   * @param vJSeq
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeJSeq(final jalview.binding.JSeq vJSeq)
-  {
-    boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeJSeqAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.JSeq removeJSeqAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);
-    return (jalview.binding.JSeq) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeTree.
-   * 
-   * @param vTree
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeTree(final jalview.binding.Tree vTree)
-  {
-    boolean removed = _treeList.remove(vTree);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeTreeAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Tree removeTreeAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Tree) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeUserColours.
-   * 
-   * @param vUserColours
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeUserColours(
-          final jalview.binding.UserColours vUserColours)
-  {
-    boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeUserColoursAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.UserColours removeUserColoursAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);
-    return (jalview.binding.UserColours) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeViewport.
-   * 
-   * @param vViewport
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeViewport(final jalview.binding.Viewport vViewport)
-  {
-    boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeViewportAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Viewport removeViewportAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Viewport) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'featureSettings'.
-   * 
-   * @param featureSettings
-   *          the value of field 'featureSettings'.
-   */
-  public void setFeatureSettings(
-          final jalview.binding.FeatureSettings featureSettings)
-  {
-    this._featureSettings = featureSettings;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vJGroup
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setJGroup(final int index,
-          final jalview.binding.JGroup vJGroup)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setJGroup: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._JGroupList.set(index, vJGroup);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vJGroupArray
-   */
-  public void setJGroup(final jalview.binding.JGroup[] vJGroupArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _JGroupList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++)
-    {
-      this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vJSeq
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setJSeq(final int index, final jalview.binding.JSeq vJSeq)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._JSeqList.set(index, vJSeq);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vJSeqArray
-   */
-  public void setJSeq(final jalview.binding.JSeq[] vJSeqArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _JSeqList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++)
-    {
-      this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vTree
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setTree(final int index, final jalview.binding.Tree vTree)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._treeList.set(index, vTree);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vTreeArray
-   */
-  public void setTree(final jalview.binding.Tree[] vTreeArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _treeList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++)
-    {
-      this._treeList.add(vTreeArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vUserColours
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setUserColours(final int index,
-          final jalview.binding.UserColours vUserColours)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._userColoursList.set(index, vUserColours);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vUserColoursArray
-   */
-  public void setUserColours(
-          final jalview.binding.UserColours[] vUserColoursArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _userColoursList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++)
-    {
-      this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vViewport
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setViewport(final int index,
-          final jalview.binding.Viewport vViewport)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setViewport: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._viewportList.set(index, vViewport);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vViewportArray
-   */
-  public void setViewport(final jalview.binding.Viewport[] vViewportArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _viewportList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++)
-    {
-      this._viewportList.add(vViewportArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewModelSequence
-   */
-  public static jalview.binding.JalviewModelSequence unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _JSeqList.
+     */
+    private java.util.Vector _JSeqList;
+
+    /**
+     * Field _JGroupList.
+     */
+    private java.util.Vector _JGroupList;
+
+    /**
+     * Field _viewportList.
+     */
+    private java.util.Vector _viewportList;
+
+    /**
+     * Field _userColoursList.
+     */
+    private java.util.Vector _userColoursList;
+
+    /**
+     * Field _treeList.
+     */
+    private java.util.Vector _treeList;
+
+    /**
+     * Field _featureSettings.
+     */
+    private jalview.binding.FeatureSettings _featureSettings;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public JalviewModelSequence() {
+        super();
+        this._JSeqList = new java.util.Vector();
+        this._JGroupList = new java.util.Vector();
+        this._viewportList = new java.util.Vector();
+        this._userColoursList = new java.util.Vector();
+        this._treeList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vJGroup
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addJGroup(
+            final jalview.binding.JGroup vJGroup)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._JGroupList.addElement(vJGroup);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vJGroup
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addJGroup(
+            final int index,
+            final jalview.binding.JGroup vJGroup)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._JGroupList.add(index, vJGroup);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vJSeq
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addJSeq(
+            final jalview.binding.JSeq vJSeq)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._JSeqList.addElement(vJSeq);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vJSeq
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addJSeq(
+            final int index,
+            final jalview.binding.JSeq vJSeq)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._JSeqList.add(index, vJSeq);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vTree
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addTree(
+            final jalview.binding.Tree vTree)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._treeList.addElement(vTree);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vTree
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addTree(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Tree vTree)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._treeList.add(index, vTree);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vUserColours
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addUserColours(
+            final jalview.binding.UserColours vUserColours)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._userColoursList.addElement(vUserColours);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vUserColours
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addUserColours(
+            final int index,
+            final jalview.binding.UserColours vUserColours)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._userColoursList.add(index, vUserColours);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vViewport
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addViewport(
+            final jalview.binding.Viewport vViewport)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._viewportList.addElement(vViewport);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vViewport
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addViewport(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Viewport vViewport)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._viewportList.add(index, vViewport);
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateJGroup.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.JGroup
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateJGroup(
+    ) {
+        return this._JGroupList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateJSeq.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.JSeq elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateJSeq(
+    ) {
+        return this._JSeqList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateTree.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Tree elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateTree(
+    ) {
+        return this._treeList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateUserColours.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.UserColours
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateUserColours(
+    ) {
+        return this._userColoursList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateViewport.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Viewport
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateViewport(
+    ) {
+        return this._viewportList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'featureSettings'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FeatureSettings'.
+     */
+    public jalview.binding.FeatureSettings getFeatureSettings(
+    ) {
+        return this._featureSettings;
+    }
+
+    /**
+     * Method getJGroup.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.JGroup at the given
+     * index
+     */
+    public jalview.binding.JGroup getJGroup(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.JGroup[] getJGroup(
+    ) {
+        jalview.binding.JGroup[] array = new jalview.binding.JGroup[0];
+        return (jalview.binding.JGroup[]) this._JGroupList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getJGroupCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getJGroupCount(
+    ) {
+        return this._JGroupList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method getJSeq.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.JSeq at the given
+     * index
+     */
+    public jalview.binding.JSeq getJSeq(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.JSeq[] getJSeq(
+    ) {
+        jalview.binding.JSeq[] array = new jalview.binding.JSeq[0];
+        return (jalview.binding.JSeq[]) this._JSeqList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getJSeqCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getJSeqCount(
+    ) {
+        return this._JSeqList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method getTree.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Tree at the given
+     * index
+     */
+    public jalview.binding.Tree getTree(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Tree) _treeList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getTree.Returns the contents of the collection in an
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Tree[] getTree(
+    ) {
+        jalview.binding.Tree[] array = new jalview.binding.Tree[0];
+        return (jalview.binding.Tree[]) this._treeList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getTreeCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getTreeCount(
+    ) {
+        return this._treeList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method getUserColours.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.UserColours at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.UserColours getUserColours(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getUserColours.Returns the contents of the collection
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.UserColours[] getUserColours(
+    ) {
+        jalview.binding.UserColours[] array = new jalview.binding.UserColours[0];
+        return (jalview.binding.UserColours[]) this._userColoursList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getUserColoursCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getUserColoursCount(
+    ) {
+        return this._userColoursList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method getViewport.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Viewport at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.Viewport getViewport(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getViewport.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Viewport[] getViewport(
+    ) {
+        jalview.binding.Viewport[] array = new jalview.binding.Viewport[0];
+        return (jalview.binding.Viewport[]) this._viewportList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getViewportCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getViewportCount(
+    ) {
+        return this._viewportList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllJGroup(
+    ) {
+        this._JGroupList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllJSeq(
+    ) {
+        this._JSeqList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllTree(
+    ) {
+        this._treeList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllUserColours(
+    ) {
+        this._userColoursList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllViewport(
+    ) {
+        this._viewportList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeJGroup.
+     * 
+     * @param vJGroup
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeJGroup(
+            final jalview.binding.JGroup vJGroup) {
+        boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeJGroupAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.JGroup removeJGroupAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);
+        return (jalview.binding.JGroup) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeJSeq.
+     * 
+     * @param vJSeq
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeJSeq(
+            final jalview.binding.JSeq vJSeq) {
+        boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeJSeqAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.JSeq removeJSeqAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);
+        return (jalview.binding.JSeq) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeTree.
+     * 
+     * @param vTree
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeTree(
+            final jalview.binding.Tree vTree) {
+        boolean removed = _treeList.remove(vTree);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeTreeAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Tree removeTreeAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Tree) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeUserColours.
+     * 
+     * @param vUserColours
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeUserColours(
+            final jalview.binding.UserColours vUserColours) {
+        boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeUserColoursAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.UserColours removeUserColoursAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);
+        return (jalview.binding.UserColours) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeViewport.
+     * 
+     * @param vViewport
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeViewport(
+            final jalview.binding.Viewport vViewport) {
+        boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeViewportAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Viewport removeViewportAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Viewport) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'featureSettings'.
+     * 
+     * @param featureSettings the value of field 'featureSettings'.
+     */
+    public void setFeatureSettings(
+            final jalview.binding.FeatureSettings featureSettings) {
+        this._featureSettings = featureSettings;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vJGroup
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setJGroup(
+            final int index,
+            final jalview.binding.JGroup vJGroup)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._JGroupList.set(index, vJGroup);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vJGroupArray
+     */
+    public void setJGroup(
+            final jalview.binding.JGroup[] vJGroupArray) {
+        //-- copy array
+        _JGroupList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++) {
+                this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vJSeq
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setJSeq(
+            final int index,
+            final jalview.binding.JSeq vJSeq)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._JSeqList.set(index, vJSeq);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vJSeqArray
+     */
+    public void setJSeq(
+            final jalview.binding.JSeq[] vJSeqArray) {
+        //-- copy array
+        _JSeqList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++) {
+                this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vTree
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setTree(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Tree vTree)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._treeList.set(index, vTree);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vTreeArray
+     */
+    public void setTree(
+            final jalview.binding.Tree[] vTreeArray) {
+        //-- copy array
+        _treeList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++) {
+                this._treeList.add(vTreeArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vUserColours
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setUserColours(
+            final int index,
+            final jalview.binding.UserColours vUserColours)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._userColoursList.set(index, vUserColours);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vUserColoursArray
+     */
+    public void setUserColours(
+            final jalview.binding.UserColours[] vUserColoursArray) {
+        //-- copy array
+        _userColoursList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++) {
+                this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vViewport
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setViewport(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Viewport vViewport)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._viewportList.set(index, vViewport);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vViewportArray
+     */
+    public void setViewport(
+            final jalview.binding.Viewport[] vViewportArray) {
+        //-- copy array
+        _viewportList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++) {
+                this._viewportList.add(vViewportArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewModelSequence
+     */
+    public static jalview.binding.JalviewModelSequence unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index cf575f5..9a6465b 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
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- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,326 +19,312 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _schemeName.
-   */
-  private java.lang.String _schemeName;
-
-  /**
-   * Jalview colour scheme document version.
-   * 
-   */
-  private java.lang.String _version;
-
-  /**
-   * Field _colourList.
-   */
-  private java.util.Vector _colourList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public JalviewUserColours()
-  {
-    super();
-    this._colourList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vColour
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addColour(final Colour vColour)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._colourList.addElement(vColour);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vColour
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addColour(final int index, final Colour vColour)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._colourList.add(index, vColour);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateColour.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all Colour elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateColour()
-  {
-    return this._colourList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method getColour.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the Colour at the given index
-   */
-  public Colour getColour(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._colourList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getColour: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._colourList.size() - 1) + "]");
+public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _schemeName.
+     */
+    private java.lang.String _schemeName;
+
+    /**
+     * Jalview colour scheme document version.
+     *  
+     */
+    private java.lang.String _version;
+
+    /**
+     * Field _colourList.
+     */
+    private java.util.Vector _colourList;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public JalviewUserColours() {
+        super();
+        this._colourList = new java.util.Vector();
     }
 
-    return (Colour) _colourList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getColour.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public Colour[] getColour()
-  {
-    Colour[] array = new Colour[0];
-    return (Colour[]) this._colourList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getColourCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getColourCount()
-  {
-    return this._colourList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'schemeName'.
-   * 
-   * @return the value of field 'SchemeName'.
-   */
-  public java.lang.String getSchemeName()
-  {
-    return this._schemeName;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'version'. The field 'version' has the following
-   * description: Jalview colour scheme document version.
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Version'.
-   */
-  public java.lang.String getVersion()
-  {
-    return this._version;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vColour
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addColour(
+            final Colour vColour)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._colourList.addElement(vColour);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vColour
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addColour(
+            final int index,
+            final Colour vColour)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._colourList.add(index, vColour);
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateColour.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all Colour elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateColour(
+    ) {
+        return this._colourList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method getColour.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the Colour at the given index
+     */
+    public Colour getColour(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (Colour) _colourList.get(index);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
+
+    /**
+     * Method getColour.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public Colour[] getColour(
+    ) {
+        Colour[] array = new Colour[0];
+        return (Colour[]) this._colourList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getColourCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
      */
-  public void removeAllColour()
-  {
-    this._colourList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeColour.
-   * 
-   * @param vColour
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeColour(final Colour vColour)
-  {
-    boolean removed = _colourList.remove(vColour);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeColourAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public Colour removeColourAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._colourList.remove(index);
-    return (Colour) obj;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vColour
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setColour(final int index, final Colour vColour)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._colourList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setColour: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._colourList.size() - 1) + "]");
+    public int getColourCount(
+    ) {
+        return this._colourList.size();
     }
 
-    this._colourList.set(index, vColour);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vColourArray
-   */
-  public void setColour(final Colour[] vColourArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _colourList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vColourArray.length; i++)
-    {
-      this._colourList.add(vColourArray[i]);
+    /**
+     * Returns the value of field 'schemeName'.
+     * 
+     * @return the value of field 'SchemeName'.
+     */
+    public java.lang.String getSchemeName(
+    ) {
+        return this._schemeName;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'version'. The field 'version'
+     * has the following description: Jalview colour scheme
+     * document version.
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Version'.
+     */
+    public java.lang.String getVersion(
+    ) {
+        return this._version;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllColour(
+    ) {
+        this._colourList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeColour.
+     * 
+     * @param vColour
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeColour(
+            final Colour vColour) {
+        boolean removed = _colourList.remove(vColour);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeColourAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public Colour removeColourAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._colourList.remove(index);
+        return (Colour) obj;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vColour
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setColour(
+            final int index,
+            final Colour vColour)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._colourList.set(index, vColour);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vColourArray
+     */
+    public void setColour(
+            final Colour[] vColourArray) {
+        //-- copy array
+        _colourList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vColourArray.length; i++) {
+                this._colourList.add(vColourArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'schemeName'.
+     * 
+     * @param schemeName the value of field 'schemeName'.
+     */
+    public void setSchemeName(
+            final java.lang.String schemeName) {
+        this._schemeName = schemeName;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has
+     * the following description: Jalview colour scheme document
+     * version.
+     *  
+     * 
+     * @param version the value of field 'version'.
+     */
+    public void setVersion(
+            final java.lang.String version) {
+        this._version = version;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewUserColours
+     */
+    public static jalview.binding.JalviewUserColours unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewUserColours.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'schemeName'.
-   * 
-   * @param schemeName
-   *          the value of field 'schemeName'.
-   */
-  public void setSchemeName(final java.lang.String schemeName)
-  {
-    this._schemeName = schemeName;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has the following
-   * description: Jalview colour scheme document version.
-   * 
-   * 
-   * @param version
-   *          the value of field 'version'.
-   */
-  public void setVersion(final java.lang.String version)
-  {
-    this._version = version;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewUserColours
-   */
-  public static jalview.binding.JalviewUserColours unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.JalviewUserColours.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 54c678c..cac4cf6 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
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- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,326 +19,308 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Pdbentry implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _id.
-   */
-  private java.lang.String _id;
-
-  /**
-   * Field _type.
-   */
-  private java.lang.String _type;
-
-  /**
-   * Field _items.
-   */
-  private java.util.Vector _items;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Pdbentry()
-  {
-    super();
-    this._items = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vPdbentryItem
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addPdbentryItem(
-          final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._items.addElement(vPdbentryItem);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vPdbentryItem
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addPdbentryItem(final int index,
-          final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._items.add(index, vPdbentryItem);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumeratePdbentryItem.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.PdbentryItem elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumeratePdbentryItem()
-  {
-    return this._items.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'id'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Id'.
-   */
-  public java.lang.String getId()
-  {
-    return this._id;
-  }
-
-  /**
-   * Method getPdbentryItem.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.PdbentryItem at the given index
-   */
-  public jalview.binding.PdbentryItem getPdbentryItem(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._items.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbentryItem: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1)
-              + "]");
+public class Pdbentry implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _id.
+     */
+    private java.lang.String _id;
+
+    /**
+     * Field _type.
+     */
+    private java.lang.String _type;
+
+    /**
+     * Field _items.
+     */
+    private java.util.Vector _items;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Pdbentry() {
+        super();
+        this._items = new java.util.Vector();
     }
 
-    return (jalview.binding.PdbentryItem) _items.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getPdbentryItem.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.PdbentryItem[] getPdbentryItem()
-  {
-    jalview.binding.PdbentryItem[] array = new jalview.binding.PdbentryItem[0];
-    return (jalview.binding.PdbentryItem[]) this._items.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getPdbentryItemCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getPdbentryItemCount()
-  {
-    return this._items.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'type'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Type'.
-   */
-  public java.lang.String getType()
-  {
-    return this._type;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vPdbentryItem
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addPdbentryItem(
+            final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._items.addElement(vPdbentryItem);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vPdbentryItem
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addPdbentryItem(
+            final int index,
+            final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._items.add(index, vPdbentryItem);
+    }
+
+    /**
+     * Method enumeratePdbentryItem.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.PdbentryItem
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumeratePdbentryItem(
+    ) {
+        return this._items.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'id'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Id'.
+     */
+    public java.lang.String getId(
+    ) {
+        return this._id;
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
+
+    /**
+     * Method getPdbentryItem.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.PdbentryItem at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.PdbentryItem getPdbentryItem(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._items.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbentryItem: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.PdbentryItem) _items.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getPdbentryItem.Returns the contents of the
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
+     * collection contents are changing in another thread, we pass
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. 
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
+     * exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
      */
-  public void removeAllPdbentryItem()
-  {
-    this._items.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removePdbentryItem.
-   * 
-   * @param vPdbentryItem
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removePdbentryItem(
-          final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem)
-  {
-    boolean removed = _items.remove(vPdbentryItem);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removePdbentryItemAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.PdbentryItem removePdbentryItemAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._items.remove(index);
-    return (jalview.binding.PdbentryItem) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'id'.
-   * 
-   * @param id
-   *          the value of field 'id'.
-   */
-  public void setId(final java.lang.String id)
-  {
-    this._id = id;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vPdbentryItem
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setPdbentryItem(final int index,
-          final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._items.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbentryItem: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1)
-              + "]");
+    public jalview.binding.PdbentryItem[] getPdbentryItem(
+    ) {
+        jalview.binding.PdbentryItem[] array = new jalview.binding.PdbentryItem[0];
+        return (jalview.binding.PdbentryItem[]) this._items.toArray(array);
     }
 
-    this._items.set(index, vPdbentryItem);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vPdbentryItemArray
-   */
-  public void setPdbentryItem(
-          final jalview.binding.PdbentryItem[] vPdbentryItemArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _items.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vPdbentryItemArray.length; i++)
-    {
-      this._items.add(vPdbentryItemArray[i]);
+    /**
+     * Method getPdbentryItemCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getPdbentryItemCount(
+    ) {
+        return this._items.size();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'type'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Type'.
+     */
+    public java.lang.String getType(
+    ) {
+        return this._type;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllPdbentryItem(
+    ) {
+        this._items.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removePdbentryItem.
+     * 
+     * @param vPdbentryItem
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removePdbentryItem(
+            final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem) {
+        boolean removed = _items.remove(vPdbentryItem);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removePdbentryItemAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.PdbentryItem removePdbentryItemAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._items.remove(index);
+        return (jalview.binding.PdbentryItem) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'id'.
+     * 
+     * @param id the value of field 'id'.
+     */
+    public void setId(
+            final java.lang.String id) {
+        this._id = id;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vPdbentryItem
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setPdbentryItem(
+            final int index,
+            final jalview.binding.PdbentryItem vPdbentryItem)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._items.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbentryItem: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._items.set(index, vPdbentryItem);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vPdbentryItemArray
+     */
+    public void setPdbentryItem(
+            final jalview.binding.PdbentryItem[] vPdbentryItemArray) {
+        //-- copy array
+        _items.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vPdbentryItemArray.length; i++) {
+                this._items.add(vPdbentryItemArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'type'.
+     * 
+     * @param type the value of field 'type'.
+     */
+    public void setType(
+            final java.lang.String type) {
+        this._type = type;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Pdbentry
+     */
+    public static jalview.binding.Pdbentry unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Pdbentry) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Pdbentry.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'type'.
-   * 
-   * @param type
-   *          the value of field 'type'.
-   */
-  public void setType(final java.lang.String type)
-  {
-    this._type = type;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Pdbentry
-   */
-  public static jalview.binding.Pdbentry unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Pdbentry) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Pdbentry.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 7e40e0c..83bc40a 100755 (executable)
@@ -1,20 +1,10 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
 /**
@@ -22,185 +12,181 @@ package jalview.binding;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class PdbentryItem implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _propertyList.
-   */
-  private java.util.Vector _propertyList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public PdbentryItem()
-  {
-    super();
-    this._propertyList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vProperty
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addProperty(final jalview.binding.Property vProperty)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._propertyList.addElement(vProperty);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vProperty
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addProperty(final int index,
-          final jalview.binding.Property vProperty)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._propertyList.add(index, vProperty);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateProperty.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Property elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateProperty()
-  {
-    return this._propertyList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method getProperty.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Property at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Property getProperty(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._propertyList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
+public class PdbentryItem implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _propertyList.
+     */
+    private java.util.Vector _propertyList;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public PdbentryItem() {
+        super();
+        this._propertyList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vProperty
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addProperty(
+            final jalview.binding.Property vProperty)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._propertyList.addElement(vProperty);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vProperty
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addProperty(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Property vProperty)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._propertyList.add(index, vProperty);
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateProperty.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Property
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateProperty(
+    ) {
+        return this._propertyList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method getProperty.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Property at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.Property getProperty(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Property) _propertyList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getProperty.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Property[] getProperty(
+    ) {
+        jalview.binding.Property[] array = new jalview.binding.Property[0];
+        return (jalview.binding.Property[]) this._propertyList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getPropertyCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getPropertyCount(
+    ) {
+        return this._propertyList.size();
     }
 
-    return (jalview.binding.Property) _propertyList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getProperty.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Property[] getProperty()
-  {
-    jalview.binding.Property[] array = new jalview.binding.Property[0];
-    return (jalview.binding.Property[]) this._propertyList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getPropertyCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getPropertyCount()
-  {
-    return this._propertyList.size();
-  }
-
-  /**
+    /**
      */
-  public void removeAllProperty()
-  {
-    this._propertyList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeProperty.
-   * 
-   * @param vProperty
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeProperty(final jalview.binding.Property vProperty)
-  {
-    boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removePropertyAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Property removePropertyAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Property) obj;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vProperty
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setProperty(final int index,
-          final jalview.binding.Property vProperty)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._propertyList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
+    public void removeAllProperty(
+    ) {
+        this._propertyList.clear();
     }
 
-    this._propertyList.set(index, vProperty);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vPropertyArray
-   */
-  public void setProperty(final jalview.binding.Property[] vPropertyArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _propertyList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++)
-    {
-      this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);
+    /**
+     * Method removeProperty.
+     * 
+     * @param vProperty
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeProperty(
+            final jalview.binding.Property vProperty) {
+        boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removePropertyAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Property removePropertyAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Property) obj;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vProperty
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setProperty(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Property vProperty)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._propertyList.set(index, vProperty);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vPropertyArray
+     */
+    public void setProperty(
+            final jalview.binding.Property[] vPropertyArray) {
+        //-- copy array
+        _propertyList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++) {
+                this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);
+        }
     }
-  }
 
 }
index 4857701..b4745a2 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,106 +19,98 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Pdbids extends Pdbentry implements java.io.Serializable
+public class Pdbids extends Pdbentry 
+implements java.io.Serializable
 {
 
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
 
-  public Pdbids()
-  {
-    super();
-  }
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
 
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
+    public Pdbids() {
+        super();
+    }
 
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
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+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
     }
-    return true;
-  }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
 
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Pdbentry
-   */
-  public static jalview.binding.Pdbentry unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Pdbentry) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Pdbids.class, reader);
-  }
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Pdbentry
+     */
+    public static jalview.binding.Pdbentry unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Pdbentry) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Pdbids.class, reader);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index b051b0d..f1114f7 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,162 +19,151 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Property implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _name.
-   */
-  private java.lang.String _name;
-
-  /**
-   * Field _value.
-   */
-  private java.lang.String _value;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Property()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'name'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Name'.
-   */
-  public java.lang.String getName()
-  {
-    return this._name;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'value'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Value'.
-   */
-  public java.lang.String getValue()
-  {
-    return this._value;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+public class Property implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _name.
+     */
+    private java.lang.String _name;
+
+    /**
+     * Field _value.
+     */
+    private java.lang.String _value;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Property() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'name'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Name'.
+     */
+    public java.lang.String getName(
+    ) {
+        return this._name;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'value'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Value'.
+     */
+    public java.lang.String getValue(
+    ) {
+        return this._value;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'name'.
+     * 
+     * @param name the value of field 'name'.
+     */
+    public void setName(
+            final java.lang.String name) {
+        this._name = name;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'value'.
+     * 
+     * @param value the value of field 'value'.
+     */
+    public void setValue(
+            final java.lang.String value) {
+        this._value = value;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Property
+     */
+    public static jalview.binding.Property unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Property) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Property.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'name'.
-   * 
-   * @param name
-   *          the value of field 'name'.
-   */
-  public void setName(final java.lang.String name)
-  {
-    this._name = name;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'value'.
-   * 
-   * @param value
-   *          the value of field 'value'.
-   */
-  public void setValue(final java.lang.String value)
-  {
-    this._value = value;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Property
-   */
-  public static jalview.binding.Property unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Property) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Property.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index e69fa67..9c8cbc2 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,106 +19,98 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Sequence extends SequenceType implements java.io.Serializable
+public class Sequence extends SequenceType 
+implements java.io.Serializable
 {
 
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
 
-  public Sequence()
-  {
-    super();
-  }
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
 
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
+    public Sequence() {
+        super();
+    }
 
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
     }
-    return true;
-  }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
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-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
 
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceType
-   */
-  public static jalview.binding.SequenceType unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Sequence.class, reader);
-  }
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceType
+     */
+    public static jalview.binding.SequenceType unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Sequence.class, reader);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index fa6feda..13a9020 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,520 +19,496 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class SequenceSet implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _gapChar.
-   */
-  private java.lang.String _gapChar;
-
-  /**
-   * Field _aligned.
-   */
-  private boolean _aligned;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _aligned
-   */
-  private boolean _has_aligned;
-
-  /**
-   * Field _sequenceList.
-   */
-  private java.util.Vector _sequenceList;
-
-  /**
-   * Field _annotationList.
-   */
-  private java.util.Vector _annotationList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public SequenceSet()
-  {
-    super();
-    this._sequenceList = new java.util.Vector();
-    this._annotationList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vAnnotation
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addAnnotation(final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._annotationList.addElement(vAnnotation);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vAnnotation
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addAnnotation(final int index,
-          final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._annotationList.add(index, vAnnotation);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSequence
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSequence(final jalview.binding.Sequence vSequence)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._sequenceList.addElement(vSequence);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSequence
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSequence(final int index,
-          final jalview.binding.Sequence vSequence)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._sequenceList.add(index, vSequence);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteAligned()
-  {
-    this._has_aligned = false;
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateAnnotation.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Annotation elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateAnnotation()
-  {
-    return this._annotationList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateSequence.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.Sequence elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateSequence()
-  {
-    return this._sequenceList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'aligned'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Aligned'.
-   */
-  public boolean getAligned()
-  {
-    return this._aligned;
-  }
-
-  /**
-   * Method getAnnotation.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Annotation at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Annotation getAnnotation(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._annotationList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotation: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.Annotation) _annotationList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getAnnotation.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Annotation[] getAnnotation()
-  {
-    jalview.binding.Annotation[] array = new jalview.binding.Annotation[0];
-    return (jalview.binding.Annotation[]) this._annotationList
-            .toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getAnnotationCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getAnnotationCount()
-  {
-    return this._annotationList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'gapChar'.
-   * 
-   * @return the value of field 'GapChar'.
-   */
-  public java.lang.String getGapChar()
-  {
-    return this._gapChar;
-  }
-
-  /**
-   * Method getSequence.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.Sequence at the given index
-   */
-  public jalview.binding.Sequence getSequence(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSequence: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.Sequence) _sequenceList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getSequence.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.Sequence[] getSequence()
-  {
-    jalview.binding.Sequence[] array = new jalview.binding.Sequence[0];
-    return (jalview.binding.Sequence[]) this._sequenceList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getSequenceCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getSequenceCount()
-  {
-    return this._sequenceList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method hasAligned.
-   * 
-   * @return true if at least one Aligned has been added
-   */
-  public boolean hasAligned()
-  {
-    return this._has_aligned;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'aligned'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Aligned'.
-   */
-  public boolean isAligned()
-  {
-    return this._aligned;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllAnnotation()
-  {
-    this._annotationList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllSequence()
-  {
-    this._sequenceList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeAnnotation.
-   * 
-   * @param vAnnotation
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeAnnotation(
-          final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
-  {
-    boolean removed = _annotationList.remove(vAnnotation);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeAnnotationAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Annotation removeAnnotationAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._annotationList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Annotation) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSequence.
-   * 
-   * @param vSequence
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeSequence(final jalview.binding.Sequence vSequence)
-  {
-    boolean removed = _sequenceList.remove(vSequence);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSequenceAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.Sequence removeSequenceAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._sequenceList.remove(index);
-    return (jalview.binding.Sequence) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'aligned'.
-   * 
-   * @param aligned
-   *          the value of field 'aligned'.
-   */
-  public void setAligned(final boolean aligned)
-  {
-    this._aligned = aligned;
-    this._has_aligned = true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vAnnotation
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setAnnotation(final int index,
-          final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._annotationList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotation: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._annotationList.set(index, vAnnotation);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vAnnotationArray
-   */
-  public void setAnnotation(
-          final jalview.binding.Annotation[] vAnnotationArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _annotationList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vAnnotationArray.length; i++)
-    {
-      this._annotationList.add(vAnnotationArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'gapChar'.
-   * 
-   * @param gapChar
-   *          the value of field 'gapChar'.
-   */
-  public void setGapChar(final java.lang.String gapChar)
-  {
-    this._gapChar = gapChar;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSequence
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setSequence(final int index,
-          final jalview.binding.Sequence vSequence)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSequence: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._sequenceList.set(index, vSequence);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSequenceArray
-   */
-  public void setSequence(final jalview.binding.Sequence[] vSequenceArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _sequenceList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vSequenceArray.length; i++)
-    {
-      this._sequenceList.add(vSequenceArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceSet
-   */
-  public static jalview.binding.SequenceSet unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.SequenceSet) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.SequenceSet.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class SequenceSet implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _gapChar.
+     */
+    private java.lang.String _gapChar;
+
+    /**
+     * Field _aligned.
+     */
+    private boolean _aligned;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _aligned
+     */
+    private boolean _has_aligned;
+
+    /**
+     * Field _sequenceList.
+     */
+    private java.util.Vector _sequenceList;
+
+    /**
+     * Field _annotationList.
+     */
+    private java.util.Vector _annotationList;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public SequenceSet() {
+        super();
+        this._sequenceList = new java.util.Vector();
+        this._annotationList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vAnnotation
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addAnnotation(
+            final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._annotationList.addElement(vAnnotation);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vAnnotation
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addAnnotation(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._annotationList.add(index, vAnnotation);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSequence
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSequence(
+            final jalview.binding.Sequence vSequence)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._sequenceList.addElement(vSequence);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSequence
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSequence(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Sequence vSequence)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._sequenceList.add(index, vSequence);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteAligned(
+    ) {
+        this._has_aligned= false;
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateAnnotation.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Annotation
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateAnnotation(
+    ) {
+        return this._annotationList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateSequence.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all jalview.binding.Sequence
+     * elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateSequence(
+    ) {
+        return this._sequenceList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'aligned'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Aligned'.
+     */
+    public boolean getAligned(
+    ) {
+        return this._aligned;
+    }
+
+    /**
+     * Method getAnnotation.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Annotation at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.Annotation getAnnotation(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Annotation) _annotationList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getAnnotation.Returns the contents of the collection
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Annotation[] getAnnotation(
+    ) {
+        jalview.binding.Annotation[] array = new jalview.binding.Annotation[0];
+        return (jalview.binding.Annotation[]) this._annotationList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getAnnotationCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getAnnotationCount(
+    ) {
+        return this._annotationList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'gapChar'.
+     * 
+     * @return the value of field 'GapChar'.
+     */
+    public java.lang.String getGapChar(
+    ) {
+        return this._gapChar;
+    }
+
+    /**
+     * Method getSequence.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the jalview.binding.Sequence at the
+     * given index
+     */
+    public jalview.binding.Sequence getSequence(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (jalview.binding.Sequence) _sequenceList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getSequence.Returns the contents of the collection in
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public jalview.binding.Sequence[] getSequence(
+    ) {
+        jalview.binding.Sequence[] array = new jalview.binding.Sequence[0];
+        return (jalview.binding.Sequence[]) this._sequenceList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getSequenceCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getSequenceCount(
+    ) {
+        return this._sequenceList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method hasAligned.
+     * 
+     * @return true if at least one Aligned has been added
+     */
+    public boolean hasAligned(
+    ) {
+        return this._has_aligned;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'aligned'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Aligned'.
+     */
+    public boolean isAligned(
+    ) {
+        return this._aligned;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllAnnotation(
+    ) {
+        this._annotationList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllSequence(
+    ) {
+        this._sequenceList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeAnnotation.
+     * 
+     * @param vAnnotation
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeAnnotation(
+            final jalview.binding.Annotation vAnnotation) {
+        boolean removed = _annotationList.remove(vAnnotation);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeAnnotationAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Annotation removeAnnotationAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._annotationList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Annotation) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSequence.
+     * 
+     * @param vSequence
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeSequence(
+            final jalview.binding.Sequence vSequence) {
+        boolean removed = _sequenceList.remove(vSequence);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSequenceAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public jalview.binding.Sequence removeSequenceAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._sequenceList.remove(index);
+        return (jalview.binding.Sequence) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'aligned'.
+     * 
+     * @param aligned the value of field 'aligned'.
+     */
+    public void setAligned(
+            final boolean aligned) {
+        this._aligned = aligned;
+        this._has_aligned = true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vAnnotation
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setAnnotation(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._annotationList.set(index, vAnnotation);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vAnnotationArray
+     */
+    public void setAnnotation(
+            final jalview.binding.Annotation[] vAnnotationArray) {
+        //-- copy array
+        _annotationList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vAnnotationArray.length; i++) {
+                this._annotationList.add(vAnnotationArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'gapChar'.
+     * 
+     * @param gapChar the value of field 'gapChar'.
+     */
+    public void setGapChar(
+            final java.lang.String gapChar) {
+        this._gapChar = gapChar;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSequence
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setSequence(
+            final int index,
+            final jalview.binding.Sequence vSequence)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._sequenceList.set(index, vSequence);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSequenceArray
+     */
+    public void setSequence(
+            final jalview.binding.Sequence[] vSequenceArray) {
+        //-- copy array
+        _sequenceList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vSequenceArray.length; i++) {
+                this._sequenceList.add(vSequenceArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceSet
+     */
+    public static jalview.binding.SequenceSet unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.SequenceSet) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.SequenceSet.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index 1b420a0..1bb2a62 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,188 +19,176 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class SequenceType implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _id.
-   */
-  private java.lang.String _id;
-
-  /**
-   * Field _sequence.
-   */
-  private java.lang.String _sequence;
-
-  /**
-   * Field _name.
-   */
-  private java.lang.String _name;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public SequenceType()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'id'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Id'.
-   */
-  public java.lang.String getId()
-  {
-    return this._id;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'name'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Name'.
-   */
-  public java.lang.String getName()
-  {
-    return this._name;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'sequence'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Sequence'.
-   */
-  public java.lang.String getSequence()
-  {
-    return this._sequence;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+public class SequenceType implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _id.
+     */
+    private java.lang.String _id;
+
+    /**
+     * Field _sequence.
+     */
+    private java.lang.String _sequence;
+
+    /**
+     * Field _name.
+     */
+    private java.lang.String _name;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public SequenceType() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'id'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Id'.
+     */
+    public java.lang.String getId(
+    ) {
+        return this._id;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'name'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Name'.
+     */
+    public java.lang.String getName(
+    ) {
+        return this._name;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'sequence'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Sequence'.
+     */
+    public java.lang.String getSequence(
+    ) {
+        return this._sequence;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'id'.
+     * 
+     * @param id the value of field 'id'.
+     */
+    public void setId(
+            final java.lang.String id) {
+        this._id = id;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'name'.
+     * 
+     * @param name the value of field 'name'.
+     */
+    public void setName(
+            final java.lang.String name) {
+        this._name = name;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'sequence'.
+     * 
+     * @param sequence the value of field 'sequence'.
+     */
+    public void setSequence(
+            final java.lang.String sequence) {
+        this._sequence = sequence;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceType
+     */
+    public static jalview.binding.SequenceType unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.SequenceType.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'id'.
-   * 
-   * @param id
-   *          the value of field 'id'.
-   */
-  public void setId(final java.lang.String id)
-  {
-    this._id = id;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'name'.
-   * 
-   * @param name
-   *          the value of field 'name'.
-   */
-  public void setName(final java.lang.String name)
-  {
-    this._name = name;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'sequence'.
-   * 
-   * @param sequence
-   *          the value of field 'sequence'.
-   */
-  public void setSequence(final java.lang.String sequence)
-  {
-    this._sequence = sequence;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceType
-   */
-  public static jalview.binding.SequenceType unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.SequenceType.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index a9717e7..9cd84b4 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,244 +19,232 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Setting implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _type.
-   */
-  private java.lang.String _type;
-
-  /**
-   * Field _colour.
-   */
-  private int _colour;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _colour
-   */
-  private boolean _has_colour;
-
-  /**
-   * Field _display.
-   */
-  private boolean _display;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _display
-   */
-  private boolean _has_display;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Setting()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
+public class Setting implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _type.
+     */
+    private java.lang.String _type;
+
+    /**
+     * Field _colour.
+     */
+    private int _colour;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _colour
+     */
+    private boolean _has_colour;
+
+    /**
+     * Field _display.
+     */
+    private boolean _display;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _display
+     */
+    private boolean _has_display;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Setting() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deleteColour(
+    ) {
+        this._has_colour= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteDisplay(
+    ) {
+        this._has_display= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Colour'.
+     */
+    public int getColour(
+    ) {
+        return this._colour;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'display'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Display'.
      */
-  public void deleteColour()
-  {
-    this._has_colour = false;
-  }
+    public boolean getDisplay(
+    ) {
+        return this._display;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'type'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Type'.
+     */
+    public java.lang.String getType(
+    ) {
+        return this._type;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasColour.
+     * 
+     * @return true if at least one Colour has been added
+     */
+    public boolean hasColour(
+    ) {
+        return this._has_colour;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasDisplay.
+     * 
+     * @return true if at least one Display has been added
+     */
+    public boolean hasDisplay(
+    ) {
+        return this._has_display;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'display'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Display'.
+     */
+    public boolean isDisplay(
+    ) {
+        return this._display;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @param colour the value of field 'colour'.
+     */
+    public void setColour(
+            final int colour) {
+        this._colour = colour;
+        this._has_colour = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'display'.
+     * 
+     * @param display the value of field 'display'.
+     */
+    public void setDisplay(
+            final boolean display) {
+        this._display = display;
+        this._has_display = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'type'.
+     * 
+     * @param type the value of field 'type'.
+     */
+    public void setType(
+            final java.lang.String type) {
+        this._type = type;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Setting
+     */
+    public static jalview.binding.Setting unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Setting) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Setting.class, reader);
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
      */
-  public void deleteDisplay()
-  {
-    this._has_display = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Colour'.
-   */
-  public int getColour()
-  {
-    return this._colour;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'display'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Display'.
-   */
-  public boolean getDisplay()
-  {
-    return this._display;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'type'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Type'.
-   */
-  public java.lang.String getType()
-  {
-    return this._type;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasColour.
-   * 
-   * @return true if at least one Colour has been added
-   */
-  public boolean hasColour()
-  {
-    return this._has_colour;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasDisplay.
-   * 
-   * @return true if at least one Display has been added
-   */
-  public boolean hasDisplay()
-  {
-    return this._has_display;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'display'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Display'.
-   */
-  public boolean isDisplay()
-  {
-    return this._display;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @param colour
-   *          the value of field 'colour'.
-   */
-  public void setColour(final int colour)
-  {
-    this._colour = colour;
-    this._has_colour = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'display'.
-   * 
-   * @param display
-   *          the value of field 'display'.
-   */
-  public void setDisplay(final boolean display)
-  {
-    this._display = display;
-    this._has_display = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'type'.
-   * 
-   * @param type
-   *          the value of field 'type'.
-   */
-  public void setType(final java.lang.String type)
-  {
-    this._type = type;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Setting
-   */
-  public static jalview.binding.Setting unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Setting) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Setting.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 2e62e4a..5f138d0 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,825 +19,802 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Tree implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _width.
-   */
-  private int _width;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _width
-   */
-  private boolean _has_width;
-
-  /**
-   * Field _height.
-   */
-  private int _height;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _height
-   */
-  private boolean _has_height;
-
-  /**
-   * Field _xpos.
-   */
-  private int _xpos;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _xpos
-   */
-  private boolean _has_xpos;
-
-  /**
-   * Field _ypos.
-   */
-  private int _ypos;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _ypos
-   */
-  private boolean _has_ypos;
-
-  /**
-   * Field _fontName.
-   */
-  private java.lang.String _fontName;
-
-  /**
-   * Field _fontSize.
-   */
-  private int _fontSize;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _fontSize
-   */
-  private boolean _has_fontSize;
-
-  /**
-   * Field _fontStyle.
-   */
-  private int _fontStyle;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _fontStyle
-   */
-  private boolean _has_fontStyle;
-
-  /**
-   * Field _threshold.
-   */
-  private float _threshold;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _threshold
-   */
-  private boolean _has_threshold;
-
-  /**
-   * Field _showBootstrap.
-   */
-  private boolean _showBootstrap;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showBootstrap
-   */
-  private boolean _has_showBootstrap;
-
-  /**
-   * Field _showDistances.
-   */
-  private boolean _showDistances;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showDistances
-   */
-  private boolean _has_showDistances;
-
-  /**
-   * Field _markUnlinked.
-   */
-  private boolean _markUnlinked;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _markUnlinked
-   */
-  private boolean _has_markUnlinked;
-
-  /**
-   * Field _fitToWindow.
-   */
-  private boolean _fitToWindow;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _fitToWindow
-   */
-  private boolean _has_fitToWindow;
-
-  /**
-   * Field _currentTree.
-   */
-  private boolean _currentTree;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _currentTree
-   */
-  private boolean _has_currentTree;
-
-  /**
-   * Field _title.
-   */
-  private java.lang.String _title;
-
-  /**
-   * Field _newick.
-   */
-  private java.lang.String _newick;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Tree()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-     */
-  public void deleteCurrentTree()
-  {
-    this._has_currentTree = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteFitToWindow()
-  {
-    this._has_fitToWindow = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteFontSize()
-  {
-    this._has_fontSize = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteFontStyle()
-  {
-    this._has_fontStyle = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteHeight()
-  {
-    this._has_height = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteMarkUnlinked()
-  {
-    this._has_markUnlinked = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteShowBootstrap()
-  {
-    this._has_showBootstrap = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteShowDistances()
-  {
-    this._has_showDistances = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteThreshold()
-  {
-    this._has_threshold = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteWidth()
-  {
-    this._has_width = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteXpos()
-  {
-    this._has_xpos = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteYpos()
-  {
-    this._has_ypos = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'currentTree'.
-   * 
-   * @return the value of field 'CurrentTree'.
-   */
-  public boolean getCurrentTree()
-  {
-    return this._currentTree;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fitToWindow'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FitToWindow'.
-   */
-  public boolean getFitToWindow()
-  {
-    return this._fitToWindow;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fontName'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FontName'.
-   */
-  public java.lang.String getFontName()
-  {
-    return this._fontName;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fontSize'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FontSize'.
-   */
-  public int getFontSize()
-  {
-    return this._fontSize;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fontStyle'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FontStyle'.
-   */
-  public int getFontStyle()
-  {
-    return this._fontStyle;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'height'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Height'.
-   */
-  public int getHeight()
-  {
-    return this._height;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'markUnlinked'.
-   * 
-   * @return the value of field 'MarkUnlinked'.
-   */
-  public boolean getMarkUnlinked()
-  {
-    return this._markUnlinked;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'newick'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Newick'.
-   */
-  public java.lang.String getNewick()
-  {
-    return this._newick;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showBootstrap'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowBootstrap'.
-   */
-  public boolean getShowBootstrap()
-  {
-    return this._showBootstrap;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showDistances'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowDistances'.
-   */
-  public boolean getShowDistances()
-  {
-    return this._showDistances;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'threshold'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Threshold'.
-   */
-  public float getThreshold()
-  {
-    return this._threshold;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'title'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Title'.
-   */
-  public java.lang.String getTitle()
-  {
-    return this._title;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'width'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Width'.
-   */
-  public int getWidth()
-  {
-    return this._width;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'xpos'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Xpos'.
-   */
-  public int getXpos()
-  {
-    return this._xpos;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'ypos'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Ypos'.
-   */
-  public int getYpos()
-  {
-    return this._ypos;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasCurrentTree.
-   * 
-   * @return true if at least one CurrentTree has been added
-   */
-  public boolean hasCurrentTree()
-  {
-    return this._has_currentTree;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasFitToWindow.
-   * 
-   * @return true if at least one FitToWindow has been added
-   */
-  public boolean hasFitToWindow()
-  {
-    return this._has_fitToWindow;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasFontSize.
-   * 
-   * @return true if at least one FontSize has been added
-   */
-  public boolean hasFontSize()
-  {
-    return this._has_fontSize;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasFontStyle.
-   * 
-   * @return true if at least one FontStyle has been added
-   */
-  public boolean hasFontStyle()
-  {
-    return this._has_fontStyle;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasHeight.
-   * 
-   * @return true if at least one Height has been added
-   */
-  public boolean hasHeight()
-  {
-    return this._has_height;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasMarkUnlinked.
-   * 
-   * @return true if at least one MarkUnlinked has been added
-   */
-  public boolean hasMarkUnlinked()
-  {
-    return this._has_markUnlinked;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowBootstrap.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowBootstrap has been added
-   */
-  public boolean hasShowBootstrap()
-  {
-    return this._has_showBootstrap;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowDistances.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowDistances has been added
-   */
-  public boolean hasShowDistances()
-  {
-    return this._has_showDistances;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasThreshold.
-   * 
-   * @return true if at least one Threshold has been added
-   */
-  public boolean hasThreshold()
-  {
-    return this._has_threshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasWidth.
-   * 
-   * @return true if at least one Width has been added
-   */
-  public boolean hasWidth()
-  {
-    return this._has_width;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasXpos.
-   * 
-   * @return true if at least one Xpos has been added
-   */
-  public boolean hasXpos()
-  {
-    return this._has_xpos;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasYpos.
-   * 
-   * @return true if at least one Ypos has been added
-   */
-  public boolean hasYpos()
-  {
-    return this._has_ypos;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'currentTree'.
-   * 
-   * @return the value of field 'CurrentTree'.
-   */
-  public boolean isCurrentTree()
-  {
-    return this._currentTree;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fitToWindow'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FitToWindow'.
-   */
-  public boolean isFitToWindow()
-  {
-    return this._fitToWindow;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'markUnlinked'.
-   * 
-   * @return the value of field 'MarkUnlinked'.
-   */
-  public boolean isMarkUnlinked()
-  {
-    return this._markUnlinked;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showBootstrap'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowBootstrap'.
-   */
-  public boolean isShowBootstrap()
-  {
-    return this._showBootstrap;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showDistances'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowDistances'.
-   */
-  public boolean isShowDistances()
-  {
-    return this._showDistances;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'currentTree'.
-   * 
-   * @param currentTree
-   *          the value of field 'currentTree'.
-   */
-  public void setCurrentTree(final boolean currentTree)
-  {
-    this._currentTree = currentTree;
-    this._has_currentTree = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'fitToWindow'.
-   * 
-   * @param fitToWindow
-   *          the value of field 'fitToWindow'.
-   */
-  public void setFitToWindow(final boolean fitToWindow)
-  {
-    this._fitToWindow = fitToWindow;
-    this._has_fitToWindow = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'fontName'.
-   * 
-   * @param fontName
-   *          the value of field 'fontName'.
-   */
-  public void setFontName(final java.lang.String fontName)
-  {
-    this._fontName = fontName;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'fontSize'.
-   * 
-   * @param fontSize
-   *          the value of field 'fontSize'.
-   */
-  public void setFontSize(final int fontSize)
-  {
-    this._fontSize = fontSize;
-    this._has_fontSize = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'fontStyle'.
-   * 
-   * @param fontStyle
-   *          the value of field 'fontStyle'.
-   */
-  public void setFontStyle(final int fontStyle)
-  {
-    this._fontStyle = fontStyle;
-    this._has_fontStyle = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'height'.
-   * 
-   * @param height
-   *          the value of field 'height'.
-   */
-  public void setHeight(final int height)
-  {
-    this._height = height;
-    this._has_height = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'markUnlinked'.
-   * 
-   * @param markUnlinked
-   *          the value of field 'markUnlinked'.
-   */
-  public void setMarkUnlinked(final boolean markUnlinked)
-  {
-    this._markUnlinked = markUnlinked;
-    this._has_markUnlinked = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'newick'.
-   * 
-   * @param newick
-   *          the value of field 'newick'.
-   */
-  public void setNewick(final java.lang.String newick)
-  {
-    this._newick = newick;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showBootstrap'.
-   * 
-   * @param showBootstrap
-   *          the value of field 'showBootstrap'.
-   */
-  public void setShowBootstrap(final boolean showBootstrap)
-  {
-    this._showBootstrap = showBootstrap;
-    this._has_showBootstrap = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showDistances'.
-   * 
-   * @param showDistances
-   *          the value of field 'showDistances'.
-   */
-  public void setShowDistances(final boolean showDistances)
-  {
-    this._showDistances = showDistances;
-    this._has_showDistances = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'threshold'.
-   * 
-   * @param threshold
-   *          the value of field 'threshold'.
-   */
-  public void setThreshold(final float threshold)
-  {
-    this._threshold = threshold;
-    this._has_threshold = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'title'.
-   * 
-   * @param title
-   *          the value of field 'title'.
-   */
-  public void setTitle(final java.lang.String title)
-  {
-    this._title = title;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'width'.
-   * 
-   * @param width
-   *          the value of field 'width'.
-   */
-  public void setWidth(final int width)
-  {
-    this._width = width;
-    this._has_width = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'xpos'.
-   * 
-   * @param xpos
-   *          the value of field 'xpos'.
-   */
-  public void setXpos(final int xpos)
-  {
-    this._xpos = xpos;
-    this._has_xpos = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'ypos'.
-   * 
-   * @param ypos
-   *          the value of field 'ypos'.
-   */
-  public void setYpos(final int ypos)
-  {
-    this._ypos = ypos;
-    this._has_ypos = true;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Tree
-   */
-  public static jalview.binding.Tree unmarshal(final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Tree) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Tree.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class Tree implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _width.
+     */
+    private int _width;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _width
+     */
+    private boolean _has_width;
+
+    /**
+     * Field _height.
+     */
+    private int _height;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _height
+     */
+    private boolean _has_height;
+
+    /**
+     * Field _xpos.
+     */
+    private int _xpos;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _xpos
+     */
+    private boolean _has_xpos;
+
+    /**
+     * Field _ypos.
+     */
+    private int _ypos;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _ypos
+     */
+    private boolean _has_ypos;
+
+    /**
+     * Field _fontName.
+     */
+    private java.lang.String _fontName;
+
+    /**
+     * Field _fontSize.
+     */
+    private int _fontSize;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _fontSize
+     */
+    private boolean _has_fontSize;
+
+    /**
+     * Field _fontStyle.
+     */
+    private int _fontStyle;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _fontStyle
+     */
+    private boolean _has_fontStyle;
+
+    /**
+     * Field _threshold.
+     */
+    private float _threshold;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _threshold
+     */
+    private boolean _has_threshold;
+
+    /**
+     * Field _showBootstrap.
+     */
+    private boolean _showBootstrap;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showBootstrap
+     */
+    private boolean _has_showBootstrap;
+
+    /**
+     * Field _showDistances.
+     */
+    private boolean _showDistances;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showDistances
+     */
+    private boolean _has_showDistances;
+
+    /**
+     * Field _markUnlinked.
+     */
+    private boolean _markUnlinked;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _markUnlinked
+     */
+    private boolean _has_markUnlinked;
+
+    /**
+     * Field _fitToWindow.
+     */
+    private boolean _fitToWindow;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _fitToWindow
+     */
+    private boolean _has_fitToWindow;
+
+    /**
+     * Field _currentTree.
+     */
+    private boolean _currentTree;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _currentTree
+     */
+    private boolean _has_currentTree;
+
+    /**
+     * Field _title.
+     */
+    private java.lang.String _title;
+
+    /**
+     * Field _newick.
+     */
+    private java.lang.String _newick;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Tree() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deleteCurrentTree(
+    ) {
+        this._has_currentTree= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteFitToWindow(
+    ) {
+        this._has_fitToWindow= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteFontSize(
+    ) {
+        this._has_fontSize= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteFontStyle(
+    ) {
+        this._has_fontStyle= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteHeight(
+    ) {
+        this._has_height= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteMarkUnlinked(
+    ) {
+        this._has_markUnlinked= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowBootstrap(
+    ) {
+        this._has_showBootstrap= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowDistances(
+    ) {
+        this._has_showDistances= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteThreshold(
+    ) {
+        this._has_threshold= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteWidth(
+    ) {
+        this._has_width= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteXpos(
+    ) {
+        this._has_xpos= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteYpos(
+    ) {
+        this._has_ypos= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'currentTree'.
+     * 
+     * @return the value of field 'CurrentTree'.
+     */
+    public boolean getCurrentTree(
+    ) {
+        return this._currentTree;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fitToWindow'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FitToWindow'.
+     */
+    public boolean getFitToWindow(
+    ) {
+        return this._fitToWindow;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fontName'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FontName'.
+     */
+    public java.lang.String getFontName(
+    ) {
+        return this._fontName;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fontSize'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FontSize'.
+     */
+    public int getFontSize(
+    ) {
+        return this._fontSize;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fontStyle'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FontStyle'.
+     */
+    public int getFontStyle(
+    ) {
+        return this._fontStyle;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'height'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Height'.
+     */
+    public int getHeight(
+    ) {
+        return this._height;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'markUnlinked'.
+     * 
+     * @return the value of field 'MarkUnlinked'.
+     */
+    public boolean getMarkUnlinked(
+    ) {
+        return this._markUnlinked;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'newick'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Newick'.
+     */
+    public java.lang.String getNewick(
+    ) {
+        return this._newick;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showBootstrap'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowBootstrap'.
+     */
+    public boolean getShowBootstrap(
+    ) {
+        return this._showBootstrap;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showDistances'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowDistances'.
+     */
+    public boolean getShowDistances(
+    ) {
+        return this._showDistances;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'threshold'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Threshold'.
+     */
+    public float getThreshold(
+    ) {
+        return this._threshold;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'title'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Title'.
+     */
+    public java.lang.String getTitle(
+    ) {
+        return this._title;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'width'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Width'.
+     */
+    public int getWidth(
+    ) {
+        return this._width;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'xpos'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Xpos'.
+     */
+    public int getXpos(
+    ) {
+        return this._xpos;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'ypos'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Ypos'.
+     */
+    public int getYpos(
+    ) {
+        return this._ypos;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasCurrentTree.
+     * 
+     * @return true if at least one CurrentTree has been added
+     */
+    public boolean hasCurrentTree(
+    ) {
+        return this._has_currentTree;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasFitToWindow.
+     * 
+     * @return true if at least one FitToWindow has been added
+     */
+    public boolean hasFitToWindow(
+    ) {
+        return this._has_fitToWindow;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasFontSize.
+     * 
+     * @return true if at least one FontSize has been added
+     */
+    public boolean hasFontSize(
+    ) {
+        return this._has_fontSize;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasFontStyle.
+     * 
+     * @return true if at least one FontStyle has been added
+     */
+    public boolean hasFontStyle(
+    ) {
+        return this._has_fontStyle;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasHeight.
+     * 
+     * @return true if at least one Height has been added
+     */
+    public boolean hasHeight(
+    ) {
+        return this._has_height;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasMarkUnlinked.
+     * 
+     * @return true if at least one MarkUnlinked has been added
+     */
+    public boolean hasMarkUnlinked(
+    ) {
+        return this._has_markUnlinked;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasShowBootstrap.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowBootstrap has been added
+     */
+    public boolean hasShowBootstrap(
+    ) {
+        return this._has_showBootstrap;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasShowDistances.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowDistances has been added
+     */
+    public boolean hasShowDistances(
+    ) {
+        return this._has_showDistances;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasThreshold.
+     * 
+     * @return true if at least one Threshold has been added
+     */
+    public boolean hasThreshold(
+    ) {
+        return this._has_threshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasWidth.
+     * 
+     * @return true if at least one Width has been added
+     */
+    public boolean hasWidth(
+    ) {
+        return this._has_width;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasXpos.
+     * 
+     * @return true if at least one Xpos has been added
+     */
+    public boolean hasXpos(
+    ) {
+        return this._has_xpos;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasYpos.
+     * 
+     * @return true if at least one Ypos has been added
+     */
+    public boolean hasYpos(
+    ) {
+        return this._has_ypos;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'currentTree'.
+     * 
+     * @return the value of field 'CurrentTree'.
+     */
+    public boolean isCurrentTree(
+    ) {
+        return this._currentTree;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fitToWindow'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FitToWindow'.
+     */
+    public boolean isFitToWindow(
+    ) {
+        return this._fitToWindow;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'markUnlinked'.
+     * 
+     * @return the value of field 'MarkUnlinked'.
+     */
+    public boolean isMarkUnlinked(
+    ) {
+        return this._markUnlinked;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showBootstrap'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowBootstrap'.
+     */
+    public boolean isShowBootstrap(
+    ) {
+        return this._showBootstrap;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showDistances'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowDistances'.
+     */
+    public boolean isShowDistances(
+    ) {
+        return this._showDistances;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'currentTree'.
+     * 
+     * @param currentTree the value of field 'currentTree'.
+     */
+    public void setCurrentTree(
+            final boolean currentTree) {
+        this._currentTree = currentTree;
+        this._has_currentTree = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'fitToWindow'.
+     * 
+     * @param fitToWindow the value of field 'fitToWindow'.
+     */
+    public void setFitToWindow(
+            final boolean fitToWindow) {
+        this._fitToWindow = fitToWindow;
+        this._has_fitToWindow = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'fontName'.
+     * 
+     * @param fontName the value of field 'fontName'.
+     */
+    public void setFontName(
+            final java.lang.String fontName) {
+        this._fontName = fontName;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'fontSize'.
+     * 
+     * @param fontSize the value of field 'fontSize'.
+     */
+    public void setFontSize(
+            final int fontSize) {
+        this._fontSize = fontSize;
+        this._has_fontSize = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'fontStyle'.
+     * 
+     * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.
+     */
+    public void setFontStyle(
+            final int fontStyle) {
+        this._fontStyle = fontStyle;
+        this._has_fontStyle = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'height'.
+     * 
+     * @param height the value of field 'height'.
+     */
+    public void setHeight(
+            final int height) {
+        this._height = height;
+        this._has_height = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'markUnlinked'.
+     * 
+     * @param markUnlinked the value of field 'markUnlinked'.
+     */
+    public void setMarkUnlinked(
+            final boolean markUnlinked) {
+        this._markUnlinked = markUnlinked;
+        this._has_markUnlinked = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'newick'.
+     * 
+     * @param newick the value of field 'newick'.
+     */
+    public void setNewick(
+            final java.lang.String newick) {
+        this._newick = newick;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showBootstrap'.
+     * 
+     * @param showBootstrap the value of field 'showBootstrap'.
+     */
+    public void setShowBootstrap(
+            final boolean showBootstrap) {
+        this._showBootstrap = showBootstrap;
+        this._has_showBootstrap = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showDistances'.
+     * 
+     * @param showDistances the value of field 'showDistances'.
+     */
+    public void setShowDistances(
+            final boolean showDistances) {
+        this._showDistances = showDistances;
+        this._has_showDistances = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'threshold'.
+     * 
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.
+     */
+    public void setThreshold(
+            final float threshold) {
+        this._threshold = threshold;
+        this._has_threshold = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'title'.
+     * 
+     * @param title the value of field 'title'.
+     */
+    public void setTitle(
+            final java.lang.String title) {
+        this._title = title;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'width'.
+     * 
+     * @param width the value of field 'width'.
+     */
+    public void setWidth(
+            final int width) {
+        this._width = width;
+        this._has_width = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'xpos'.
+     * 
+     * @param xpos the value of field 'xpos'.
+     */
+    public void setXpos(
+            final int xpos) {
+        this._xpos = xpos;
+        this._has_xpos = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'ypos'.
+     * 
+     * @param ypos the value of field 'ypos'.
+     */
+    public void setYpos(
+            final int ypos) {
+        this._ypos = ypos;
+        this._has_ypos = true;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Tree
+     */
+    public static jalview.binding.Tree unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Tree) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Tree.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index 915881b..24c97ff 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,107 +19,98 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class UserColourScheme extends JalviewUserColours implements
-        java.io.Serializable
+public class UserColourScheme extends JalviewUserColours 
+implements java.io.Serializable
 {
 
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
 
-  public UserColourScheme()
-  {
-    super();
-  }
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
 
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
+    public UserColourScheme() {
+        super();
+    }
 
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
     }
-    return true;
-  }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
 
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewUserColours
-   */
-  public static jalview.binding.JalviewUserColours unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.UserColourScheme.class, reader);
-  }
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewUserColours
+     */
+    public static jalview.binding.JalviewUserColours unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.UserColourScheme.class, reader);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index cf195e7..bdefe05 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,163 +19,151 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class UserColours implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _id.
-   */
-  private java.lang.String _id;
-
-  /**
-   * Field _userColourScheme.
-   */
-  private jalview.binding.UserColourScheme _userColourScheme;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public UserColours()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'id'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Id'.
-   */
-  public java.lang.String getId()
-  {
-    return this._id;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'userColourScheme'.
-   * 
-   * @return the value of field 'UserColourScheme'.
-   */
-  public jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme()
-  {
-    return this._userColourScheme;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
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+public class UserColours implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _id.
+     */
+    private java.lang.String _id;
+
+    /**
+     * Field _userColourScheme.
+     */
+    private jalview.binding.UserColourScheme _userColourScheme;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public UserColours() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'id'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Id'.
+     */
+    public java.lang.String getId(
+    ) {
+        return this._id;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'userColourScheme'.
+     * 
+     * @return the value of field 'UserColourScheme'.
+     */
+    public jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme(
+    ) {
+        return this._userColourScheme;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
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+
+    /**
+     * Sets the value of field 'id'.
+     * 
+     * @param id the value of field 'id'.
+     */
+    public void setId(
+            final java.lang.String id) {
+        this._id = id;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'userColourScheme'.
+     * 
+     * @param userColourScheme the value of field 'userColourScheme'
+     */
+    public void setUserColourScheme(
+            final jalview.binding.UserColourScheme userColourScheme) {
+        this._userColourScheme = userColourScheme;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.UserColours
+     */
+    public static jalview.binding.UserColours unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.UserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.UserColours.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'id'.
-   * 
-   * @param id
-   *          the value of field 'id'.
-   */
-  public void setId(final java.lang.String id)
-  {
-    this._id = id;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'userColourScheme'.
-   * 
-   * @param userColourScheme
-   *          the value of field 'userColourScheme'
-   */
-  public void setUserColourScheme(
-          final jalview.binding.UserColourScheme userColourScheme)
-  {
-    this._userColourScheme = userColourScheme;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.UserColours
-   */
-  public static jalview.binding.UserColours unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.UserColours) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.UserColours.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index d7610d4..1c92bd3 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,584 +19,563 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class VAMSAS implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _alignmentList.
-   */
-  private java.util.Vector _alignmentList;
-
-  /**
-   * Field _treeList.
-   */
-  private java.util.Vector _treeList;
-
-  /**
-   * Field _sequenceSetList.
-   */
-  private java.util.Vector _sequenceSetList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public VAMSAS()
-  {
-    super();
-    this._alignmentList = new java.util.Vector();
-    this._treeList = new java.util.Vector();
-    this._sequenceSetList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vAlignment
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addAlignment(final Alignment vAlignment)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._alignmentList.addElement(vAlignment);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vAlignment
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addAlignment(final int index, final Alignment vAlignment)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._alignmentList.add(index, vAlignment);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSequenceSet
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSequenceSet(final SequenceSet vSequenceSet)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSequenceSet
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSequenceSet(final int index, final SequenceSet vSequenceSet)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._sequenceSetList.add(index, vSequenceSet);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vTree
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addTree(final java.lang.String vTree)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._treeList.addElement(vTree);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vTree
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addTree(final int index, final java.lang.String vTree)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._treeList.add(index, vTree);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateAlignment.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all Alignment elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateAlignment()
-  {
-    return this._alignmentList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateSequenceSet.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all SequenceSet elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet()
-  {
-    return this._sequenceSetList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateTree.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateTree()
-  {
-    return this._treeList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method getAlignment.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the Alignment at the given index
-   */
-  public Alignment getAlignment(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._alignmentList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getAlignment: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._alignmentList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (Alignment) _alignmentList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getAlignment.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public Alignment[] getAlignment()
-  {
-    Alignment[] array = new Alignment[0];
-    return (Alignment[]) this._alignmentList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getAlignmentCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getAlignmentCount()
-  {
-    return this._alignmentList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getSequenceSet.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the SequenceSet at the given index
-   */
-  public SequenceSet getSequenceSet(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSequenceSet: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (SequenceSet) _sequenceSetList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getSequenceSet.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public SequenceSet[] getSequenceSet()
-  {
-    SequenceSet[] array = new SequenceSet[0];
-    return (SequenceSet[]) this._sequenceSetList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getSequenceSetCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getSequenceSetCount()
-  {
-    return this._sequenceSetList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getTree.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the java.lang.String at the given index
-   */
-  public java.lang.String getTree(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (java.lang.String) _treeList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getTree.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public java.lang.String[] getTree()
-  {
-    java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
-    return (java.lang.String[]) this._treeList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getTreeCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getTreeCount()
-  {
-    return this._treeList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Method removeAlignment.
-   * 
-   * @param vAlignment
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeAlignment(final Alignment vAlignment)
-  {
-    boolean removed = _alignmentList.remove(vAlignment);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeAlignmentAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public Alignment removeAlignmentAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._alignmentList.remove(index);
-    return (Alignment) obj;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllAlignment()
-  {
-    this._alignmentList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllSequenceSet()
-  {
-    this._sequenceSetList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllTree()
-  {
-    this._treeList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSequenceSet.
-   * 
-   * @param vSequenceSet
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeSequenceSet(final SequenceSet vSequenceSet)
-  {
-    boolean removed = _sequenceSetList.remove(vSequenceSet);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSequenceSetAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public SequenceSet removeSequenceSetAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._sequenceSetList.remove(index);
-    return (SequenceSet) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeTree.
-   * 
-   * @param vTree
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeTree(final java.lang.String vTree)
-  {
-    boolean removed = _treeList.remove(vTree);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeTreeAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public java.lang.String removeTreeAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
-    return (java.lang.String) obj;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vAlignment
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setAlignment(final int index, final Alignment vAlignment)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._alignmentList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setAlignment: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._alignmentList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._alignmentList.set(index, vAlignment);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vAlignmentArray
-   */
-  public void setAlignment(final Alignment[] vAlignmentArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _alignmentList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vAlignmentArray.length; i++)
-    {
-      this._alignmentList.add(vAlignmentArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSequenceSet
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setSequenceSet(final int index, final SequenceSet vSequenceSet)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSequenceSet: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._sequenceSetList.set(index, vSequenceSet);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSequenceSetArray
-   */
-  public void setSequenceSet(final SequenceSet[] vSequenceSetArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _sequenceSetList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vSequenceSetArray.length; i++)
-    {
-      this._sequenceSetList.add(vSequenceSetArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vTree
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setTree(final int index, final java.lang.String vTree)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._treeList.set(index, vTree);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vTreeArray
-   */
-  public void setTree(final java.lang.String[] vTreeArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _treeList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++)
-    {
-      this._treeList.add(vTreeArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.VAMSAS
-   */
-  public static jalview.binding.VAMSAS unmarshal(final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.VAMSAS.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class VAMSAS implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _alignmentList.
+     */
+    private java.util.Vector _alignmentList;
+
+    /**
+     * Field _treeList.
+     */
+    private java.util.Vector _treeList;
+
+    /**
+     * Field _sequenceSetList.
+     */
+    private java.util.Vector _sequenceSetList;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public VAMSAS() {
+        super();
+        this._alignmentList = new java.util.Vector();
+        this._treeList = new java.util.Vector();
+        this._sequenceSetList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vAlignment
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addAlignment(
+            final Alignment vAlignment)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._alignmentList.addElement(vAlignment);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vAlignment
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addAlignment(
+            final int index,
+            final Alignment vAlignment)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._alignmentList.add(index, vAlignment);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSequenceSet
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSequenceSet(
+            final SequenceSet vSequenceSet)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSequenceSet
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addSequenceSet(
+            final int index,
+            final SequenceSet vSequenceSet)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._sequenceSetList.add(index, vSequenceSet);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vTree
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addTree(
+            final java.lang.String vTree)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._treeList.addElement(vTree);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vTree
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addTree(
+            final int index,
+            final java.lang.String vTree)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._treeList.add(index, vTree);
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateAlignment.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all Alignment elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateAlignment(
+    ) {
+        return this._alignmentList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateSequenceSet.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all SequenceSet elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet(
+    ) {
+        return this._sequenceSetList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateTree.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateTree(
+    ) {
+        return this._treeList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Method getAlignment.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the Alignment at the given index
+     */
+    public Alignment getAlignment(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._alignmentList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAlignment: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alignmentList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (Alignment) _alignmentList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getAlignment.Returns the contents of the collection
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public Alignment[] getAlignment(
+    ) {
+        Alignment[] array = new Alignment[0];
+        return (Alignment[]) this._alignmentList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getAlignmentCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getAlignmentCount(
+    ) {
+        return this._alignmentList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method getSequenceSet.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the SequenceSet at the given index
+     */
+    public SequenceSet getSequenceSet(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSequenceSet: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (SequenceSet) _sequenceSetList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getSequenceSet.Returns the contents of the collection
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public SequenceSet[] getSequenceSet(
+    ) {
+        SequenceSet[] array = new SequenceSet[0];
+        return (SequenceSet[]) this._sequenceSetList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getSequenceSetCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getSequenceSetCount(
+    ) {
+        return this._sequenceSetList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method getTree.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the java.lang.String at the given index
+     */
+    public java.lang.String getTree(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (java.lang.String) _treeList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getTree.Returns the contents of the collection in an
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public java.lang.String[] getTree(
+    ) {
+        java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
+        return (java.lang.String[]) this._treeList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getTreeCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getTreeCount(
+    ) {
+        return this._treeList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Method removeAlignment.
+     * 
+     * @param vAlignment
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeAlignment(
+            final Alignment vAlignment) {
+        boolean removed = _alignmentList.remove(vAlignment);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeAlignmentAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public Alignment removeAlignmentAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._alignmentList.remove(index);
+        return (Alignment) obj;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllAlignment(
+    ) {
+        this._alignmentList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllSequenceSet(
+    ) {
+        this._sequenceSetList.clear();
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void removeAllTree(
+    ) {
+        this._treeList.clear();
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSequenceSet.
+     * 
+     * @param vSequenceSet
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeSequenceSet(
+            final SequenceSet vSequenceSet) {
+        boolean removed = _sequenceSetList.remove(vSequenceSet);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeSequenceSetAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public SequenceSet removeSequenceSetAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._sequenceSetList.remove(index);
+        return (SequenceSet) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeTree.
+     * 
+     * @param vTree
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeTree(
+            final java.lang.String vTree) {
+        boolean removed = _treeList.remove(vTree);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeTreeAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public java.lang.String removeTreeAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
+        return (java.lang.String) obj;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vAlignment
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setAlignment(
+            final int index,
+            final Alignment vAlignment)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._alignmentList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAlignment: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alignmentList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._alignmentList.set(index, vAlignment);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vAlignmentArray
+     */
+    public void setAlignment(
+            final Alignment[] vAlignmentArray) {
+        //-- copy array
+        _alignmentList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vAlignmentArray.length; i++) {
+                this._alignmentList.add(vAlignmentArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vSequenceSet
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setSequenceSet(
+            final int index,
+            final SequenceSet vSequenceSet)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSequenceSet: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._sequenceSetList.set(index, vSequenceSet);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vSequenceSetArray
+     */
+    public void setSequenceSet(
+            final SequenceSet[] vSequenceSetArray) {
+        //-- copy array
+        _sequenceSetList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vSequenceSetArray.length; i++) {
+                this._sequenceSetList.add(vSequenceSetArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vTree
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setTree(
+            final int index,
+            final java.lang.String vTree)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._treeList.set(index, vTree);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vTreeArray
+     */
+    public void setTree(
+            final java.lang.String[] vTreeArray) {
+        //-- copy array
+        _treeList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++) {
+                this._treeList.add(vTreeArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.VAMSAS
+     */
+    public static jalview.binding.VAMSAS unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.VAMSAS.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index 2b1bc0e..5fda35e 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,105 +19,98 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class VamsasModel extends VAMSAS implements java.io.Serializable
+public class VamsasModel extends VAMSAS 
+implements java.io.Serializable
 {
 
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
 
-  public VamsasModel()
-  {
-    super();
-  }
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
 
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
+    public VamsasModel() {
+        super();
+    }
 
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
     }
-    return true;
-  }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
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-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
 
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.VAMSAS
-   */
-  public static jalview.binding.VAMSAS unmarshal(final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.VamsasModel.class, reader);
-  }
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.VAMSAS
+     */
+    public static jalview.binding.VAMSAS unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.VamsasModel.class, reader);
+    }
 
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index ee663c7..643c323 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,1445 +19,1414 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Viewport implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _conservationSelected.
-   */
-  private boolean _conservationSelected;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _conservationSelected
-   */
-  private boolean _has_conservationSelected;
-
-  /**
-   * Field _pidSelected.
-   */
-  private boolean _pidSelected;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _pidSelected
-   */
-  private boolean _has_pidSelected;
-
-  /**
-   * Field _bgColour.
-   */
-  private java.lang.String _bgColour;
-
-  /**
-   * Field _consThreshold.
-   */
-  private int _consThreshold;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _consThreshold
-   */
-  private boolean _has_consThreshold;
-
-  /**
-   * Field _pidThreshold.
-   */
-  private int _pidThreshold;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _pidThreshold
-   */
-  private boolean _has_pidThreshold;
-
-  /**
-   * Field _title.
-   */
-  private java.lang.String _title;
-
-  /**
-   * Field _showFullId.
-   */
-  private boolean _showFullId;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showFullId
-   */
-  private boolean _has_showFullId;
-
-  /**
-   * Field _showText.
-   */
-  private boolean _showText;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showText
-   */
-  private boolean _has_showText;
-
-  /**
-   * Field _showColourText.
-   */
-  private boolean _showColourText;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showColourText
-   */
-  private boolean _has_showColourText;
-
-  /**
-   * Field _showBoxes.
-   */
-  private boolean _showBoxes;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showBoxes
-   */
-  private boolean _has_showBoxes;
-
-  /**
-   * Field _wrapAlignment.
-   */
-  private boolean _wrapAlignment;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _wrapAlignment
-   */
-  private boolean _has_wrapAlignment;
-
-  /**
-   * Field _renderGaps.
-   */
-  private boolean _renderGaps;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _renderGaps
-   */
-  private boolean _has_renderGaps;
-
-  /**
-   * Field _showSequenceFeatures.
-   */
-  private boolean _showSequenceFeatures;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
-   */
-  private boolean _has_showSequenceFeatures;
-
-  /**
-   * Field _showAnnotation.
-   */
-  private boolean _showAnnotation;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showAnnotation
-   */
-  private boolean _has_showAnnotation;
-
-  /**
-   * Field _showConservation.
-   */
-  private boolean _showConservation;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showConservation
-   */
-  private boolean _has_showConservation;
-
-  /**
-   * Field _showQuality.
-   */
-  private boolean _showQuality;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showQuality
-   */
-  private boolean _has_showQuality;
-
-  /**
-   * Field _showIdentity.
-   */
-  private boolean _showIdentity;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _showIdentity
-   */
-  private boolean _has_showIdentity;
-
-  /**
-   * Field _xpos.
-   */
-  private int _xpos;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _xpos
-   */
-  private boolean _has_xpos;
-
-  /**
-   * Field _ypos.
-   */
-  private int _ypos;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _ypos
-   */
-  private boolean _has_ypos;
-
-  /**
-   * Field _width.
-   */
-  private int _width;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _width
-   */
-  private boolean _has_width;
-
-  /**
-   * Field _height.
-   */
-  private int _height;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _height
-   */
-  private boolean _has_height;
-
-  /**
-   * Field _startRes.
-   */
-  private int _startRes;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _startRes
-   */
-  private boolean _has_startRes;
-
-  /**
-   * Field _startSeq.
-   */
-  private int _startSeq;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _startSeq
-   */
-  private boolean _has_startSeq;
-
-  /**
-   * Field _fontName.
-   */
-  private java.lang.String _fontName;
-
-  /**
-   * Field _fontSize.
-   */
-  private int _fontSize;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _fontSize
-   */
-  private boolean _has_fontSize;
-
-  /**
-   * Field _fontStyle.
-   */
-  private int _fontStyle;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _fontStyle
-   */
-  private boolean _has_fontStyle;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Viewport()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
+public class Viewport implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _conservationSelected.
+     */
+    private boolean _conservationSelected;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _conservationSelected
+     */
+    private boolean _has_conservationSelected;
+
+    /**
+     * Field _pidSelected.
+     */
+    private boolean _pidSelected;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _pidSelected
+     */
+    private boolean _has_pidSelected;
+
+    /**
+     * Field _bgColour.
+     */
+    private java.lang.String _bgColour;
+
+    /**
+     * Field _consThreshold.
+     */
+    private int _consThreshold;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _consThreshold
+     */
+    private boolean _has_consThreshold;
+
+    /**
+     * Field _pidThreshold.
+     */
+    private int _pidThreshold;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _pidThreshold
+     */
+    private boolean _has_pidThreshold;
+
+    /**
+     * Field _title.
+     */
+    private java.lang.String _title;
+
+    /**
+     * Field _showFullId.
+     */
+    private boolean _showFullId;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showFullId
+     */
+    private boolean _has_showFullId;
+
+    /**
+     * Field _showText.
+     */
+    private boolean _showText;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showText
+     */
+    private boolean _has_showText;
+
+    /**
+     * Field _showColourText.
+     */
+    private boolean _showColourText;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showColourText
+     */
+    private boolean _has_showColourText;
+
+    /**
+     * Field _showBoxes.
+     */
+    private boolean _showBoxes;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showBoxes
+     */
+    private boolean _has_showBoxes;
+
+    /**
+     * Field _wrapAlignment.
+     */
+    private boolean _wrapAlignment;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _wrapAlignment
+     */
+    private boolean _has_wrapAlignment;
+
+    /**
+     * Field _renderGaps.
+     */
+    private boolean _renderGaps;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _renderGaps
+     */
+    private boolean _has_renderGaps;
+
+    /**
+     * Field _showSequenceFeatures.
+     */
+    private boolean _showSequenceFeatures;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
+     */
+    private boolean _has_showSequenceFeatures;
+
+    /**
+     * Field _showAnnotation.
+     */
+    private boolean _showAnnotation;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showAnnotation
+     */
+    private boolean _has_showAnnotation;
+
+    /**
+     * Field _showConservation.
+     */
+    private boolean _showConservation;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showConservation
+     */
+    private boolean _has_showConservation;
+
+    /**
+     * Field _showQuality.
+     */
+    private boolean _showQuality;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showQuality
+     */
+    private boolean _has_showQuality;
+
+    /**
+     * Field _showIdentity.
+     */
+    private boolean _showIdentity;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _showIdentity
+     */
+    private boolean _has_showIdentity;
+
+    /**
+     * Field _xpos.
+     */
+    private int _xpos;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _xpos
+     */
+    private boolean _has_xpos;
+
+    /**
+     * Field _ypos.
+     */
+    private int _ypos;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _ypos
+     */
+    private boolean _has_ypos;
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+    /**
+     * Field _width.
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+    private int _width;
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+    /**
+     * keeps track of state for field: _width
+     */
+    private boolean _has_width;
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+    /**
+     * Field _height.
+     */
+    private int _height;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _height
+     */
+    private boolean _has_height;
+
+    /**
+     * Field _startRes.
+     */
+    private int _startRes;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _startRes
+     */
+    private boolean _has_startRes;
+
+    /**
+     * Field _startSeq.
+     */
+    private int _startSeq;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _startSeq
+     */
+    private boolean _has_startSeq;
+
+    /**
+     * Field _fontName.
+     */
+    private java.lang.String _fontName;
+
+    /**
+     * Field _fontSize.
+     */
+    private int _fontSize;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _fontSize
+     */
+    private boolean _has_fontSize;
+
+    /**
+     * Field _fontStyle.
+     */
+    private int _fontStyle;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _fontStyle
+     */
+    private boolean _has_fontStyle;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Viewport() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deleteConsThreshold(
+    ) {
+        this._has_consThreshold= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteConservationSelected(
+    ) {
+        this._has_conservationSelected= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteFontSize(
+    ) {
+        this._has_fontSize= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteFontStyle(
+    ) {
+        this._has_fontStyle= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteHeight(
+    ) {
+        this._has_height= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deletePidSelected(
+    ) {
+        this._has_pidSelected= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deletePidThreshold(
+    ) {
+        this._has_pidThreshold= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteRenderGaps(
+    ) {
+        this._has_renderGaps= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowAnnotation(
+    ) {
+        this._has_showAnnotation= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowBoxes(
+    ) {
+        this._has_showBoxes= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowColourText(
+    ) {
+        this._has_showColourText= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowConservation(
+    ) {
+        this._has_showConservation= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowFullId(
+    ) {
+        this._has_showFullId= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowIdentity(
+    ) {
+        this._has_showIdentity= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowQuality(
+    ) {
+        this._has_showQuality= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowSequenceFeatures(
+    ) {
+        this._has_showSequenceFeatures= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteShowText(
+    ) {
+        this._has_showText= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteStartRes(
+    ) {
+        this._has_startRes= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteStartSeq(
+    ) {
+        this._has_startSeq= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteWidth(
+    ) {
+        this._has_width= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteWrapAlignment(
+    ) {
+        this._has_wrapAlignment= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteXpos(
+    ) {
+        this._has_xpos= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteYpos(
+    ) {
+        this._has_ypos= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'bgColour'.
+     * 
+     * @return the value of field 'BgColour'.
+     */
+    public java.lang.String getBgColour(
+    ) {
+        return this._bgColour;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'consThreshold'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ConsThreshold'.
+     */
+    public int getConsThreshold(
+    ) {
+        return this._consThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'conservationSelected'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ConservationSelected'.
+     */
+    public boolean getConservationSelected(
+    ) {
+        return this._conservationSelected;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fontName'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FontName'.
+     */
+    public java.lang.String getFontName(
+    ) {
+        return this._fontName;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fontSize'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FontSize'.
+     */
+    public int getFontSize(
+    ) {
+        return this._fontSize;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'fontStyle'.
+     * 
+     * @return the value of field 'FontStyle'.
+     */
+    public int getFontStyle(
+    ) {
+        return this._fontStyle;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'height'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Height'.
+     */
+    public int getHeight(
+    ) {
+        return this._height;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'pidSelected'.
+     * 
+     * @return the value of field 'PidSelected'.
+     */
+    public boolean getPidSelected(
+    ) {
+        return this._pidSelected;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'pidThreshold'.
+     * 
+     * @return the value of field 'PidThreshold'.
+     */
+    public int getPidThreshold(
+    ) {
+        return this._pidThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'renderGaps'.
+     * 
+     * @return the value of field 'RenderGaps'.
+     */
+    public boolean getRenderGaps(
+    ) {
+        return this._renderGaps;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showAnnotation'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
+     */
+    public boolean getShowAnnotation(
+    ) {
+        return this._showAnnotation;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showBoxes'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowBoxes'.
+     */
+    public boolean getShowBoxes(
+    ) {
+        return this._showBoxes;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showColourText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowColourText'.
+     */
+    public boolean getShowColourText(
+    ) {
+        return this._showColourText;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showConservation'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowConservation'.
+     */
+    public boolean getShowConservation(
+    ) {
+        return this._showConservation;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showFullId'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowFullId'.
+     */
+    public boolean getShowFullId(
+    ) {
+        return this._showFullId;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showIdentity'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowIdentity'.
+     */
+    public boolean getShowIdentity(
+    ) {
+        return this._showIdentity;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showQuality'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowQuality'.
+     */
+    public boolean getShowQuality(
+    ) {
+        return this._showQuality;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
+     */
+    public boolean getShowSequenceFeatures(
+    ) {
+        return this._showSequenceFeatures;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowText'.
+     */
+    public boolean getShowText(
+    ) {
+        return this._showText;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'startRes'.
+     * 
+     * @return the value of field 'StartRes'.
+     */
+    public int getStartRes(
+    ) {
+        return this._startRes;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'startSeq'.
+     * 
+     * @return the value of field 'StartSeq'.
+     */
+    public int getStartSeq(
+    ) {
+        return this._startSeq;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'title'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Title'.
+     */
+    public java.lang.String getTitle(
+    ) {
+        return this._title;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'width'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Width'.
+     */
+    public int getWidth(
+    ) {
+        return this._width;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
+     * 
+     * @return the value of field 'WrapAlignment'.
+     */
+    public boolean getWrapAlignment(
+    ) {
+        return this._wrapAlignment;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'xpos'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Xpos'.
+     */
+    public int getXpos(
+    ) {
+        return this._xpos;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'ypos'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Ypos'.
+     */
+    public int getYpos(
+    ) {
+        return this._ypos;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasConsThreshold.
+     * 
+     * @return true if at least one ConsThreshold has been added
+     */
+    public boolean hasConsThreshold(
+    ) {
+        return this._has_consThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasConservationSelected.
+     * 
+     * @return true if at least one ConservationSelected has been
+     * added
+     */
+    public boolean hasConservationSelected(
+    ) {
+        return this._has_conservationSelected;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasFontSize.
+     * 
+     * @return true if at least one FontSize has been added
+     */
+    public boolean hasFontSize(
+    ) {
+        return this._has_fontSize;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasFontStyle.
+     * 
+     * @return true if at least one FontStyle has been added
+     */
+    public boolean hasFontStyle(
+    ) {
+        return this._has_fontStyle;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasHeight.
+     * 
+     * @return true if at least one Height has been added
+     */
+    public boolean hasHeight(
+    ) {
+        return this._has_height;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasPidSelected.
+     * 
+     * @return true if at least one PidSelected has been added
+     */
+    public boolean hasPidSelected(
+    ) {
+        return this._has_pidSelected;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasPidThreshold.
+     * 
+     * @return true if at least one PidThreshold has been added
+     */
+    public boolean hasPidThreshold(
+    ) {
+        return this._has_pidThreshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasRenderGaps.
+     * 
+     * @return true if at least one RenderGaps has been added
+     */
+    public boolean hasRenderGaps(
+    ) {
+        return this._has_renderGaps;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasShowAnnotation.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
+     */
+    public boolean hasShowAnnotation(
+    ) {
+        return this._has_showAnnotation;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasShowBoxes.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowBoxes has been added
+     */
+    public boolean hasShowBoxes(
+    ) {
+        return this._has_showBoxes;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasShowColourText.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowColourText has been added
+     */
+    public boolean hasShowColourText(
+    ) {
+        return this._has_showColourText;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasShowConservation.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowConservation has been added
+     */
+    public boolean hasShowConservation(
+    ) {
+        return this._has_showConservation;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasShowFullId.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowFullId has been added
+     */
+    public boolean hasShowFullId(
+    ) {
+        return this._has_showFullId;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasShowIdentity.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowIdentity has been added
      */
-  public void deleteConsThreshold()
-  {
-    this._has_consThreshold = false;
-  }
+    public boolean hasShowIdentity(
+    ) {
+        return this._has_showIdentity;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasShowQuality.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowQuality has been added
      */
-  public void deleteConservationSelected()
-  {
-    this._has_conservationSelected = false;
-  }
+    public boolean hasShowQuality(
+    ) {
+        return this._has_showQuality;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasShowSequenceFeatures.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been
+     * added
      */
-  public void deleteFontSize()
-  {
-    this._has_fontSize = false;
-  }
+    public boolean hasShowSequenceFeatures(
+    ) {
+        return this._has_showSequenceFeatures;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasShowText.
+     * 
+     * @return true if at least one ShowText has been added
      */
-  public void deleteFontStyle()
-  {
-    this._has_fontStyle = false;
-  }
+    public boolean hasShowText(
+    ) {
+        return this._has_showText;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasStartRes.
+     * 
+     * @return true if at least one StartRes has been added
      */
-  public void deleteHeight()
-  {
-    this._has_height = false;
-  }
+    public boolean hasStartRes(
+    ) {
+        return this._has_startRes;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasStartSeq.
+     * 
+     * @return true if at least one StartSeq has been added
      */
-  public void deletePidSelected()
-  {
-    this._has_pidSelected = false;
-  }
+    public boolean hasStartSeq(
+    ) {
+        return this._has_startSeq;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasWidth.
+     * 
+     * @return true if at least one Width has been added
      */
-  public void deletePidThreshold()
-  {
-    this._has_pidThreshold = false;
-  }
+    public boolean hasWidth(
+    ) {
+        return this._has_width;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasWrapAlignment.
+     * 
+     * @return true if at least one WrapAlignment has been added
      */
-  public void deleteRenderGaps()
-  {
-    this._has_renderGaps = false;
-  }
+    public boolean hasWrapAlignment(
+    ) {
+        return this._has_wrapAlignment;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasXpos.
+     * 
+     * @return true if at least one Xpos has been added
      */
-  public void deleteShowAnnotation()
-  {
-    this._has_showAnnotation = false;
-  }
+    public boolean hasXpos(
+    ) {
+        return this._has_xpos;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Method hasYpos.
+     * 
+     * @return true if at least one Ypos has been added
      */
-  public void deleteShowBoxes()
-  {
-    this._has_showBoxes = false;
-  }
+    public boolean hasYpos(
+    ) {
+        return this._has_ypos;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Returns the value of field 'conservationSelected'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ConservationSelected'.
      */
-  public void deleteShowColourText()
-  {
-    this._has_showColourText = false;
-  }
+    public boolean isConservationSelected(
+    ) {
+        return this._conservationSelected;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Returns the value of field 'pidSelected'.
+     * 
+     * @return the value of field 'PidSelected'.
      */
-  public void deleteShowConservation()
-  {
-    this._has_showConservation = false;
-  }
+    public boolean isPidSelected(
+    ) {
+        return this._pidSelected;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Returns the value of field 'renderGaps'.
+     * 
+     * @return the value of field 'RenderGaps'.
      */
-  public void deleteShowFullId()
-  {
-    this._has_showFullId = false;
-  }
+    public boolean isRenderGaps(
+    ) {
+        return this._renderGaps;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Returns the value of field 'showAnnotation'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
      */
-  public void deleteShowIdentity()
-  {
-    this._has_showIdentity = false;
-  }
+    public boolean isShowAnnotation(
+    ) {
+        return this._showAnnotation;
+    }
 
-  /**
+    /**
+     * Returns the value of field 'showBoxes'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowBoxes'.
      */
-  public void deleteShowQuality()
-  {
-    this._has_showQuality = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteShowSequenceFeatures()
-  {
-    this._has_showSequenceFeatures = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteShowText()
-  {
-    this._has_showText = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteStartRes()
-  {
-    this._has_startRes = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteStartSeq()
-  {
-    this._has_startSeq = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteWidth()
-  {
-    this._has_width = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteWrapAlignment()
-  {
-    this._has_wrapAlignment = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteXpos()
-  {
-    this._has_xpos = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteYpos()
-  {
-    this._has_ypos = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'bgColour'.
-   * 
-   * @return the value of field 'BgColour'.
-   */
-  public java.lang.String getBgColour()
-  {
-    return this._bgColour;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'consThreshold'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ConsThreshold'.
-   */
-  public int getConsThreshold()
-  {
-    return this._consThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'conservationSelected'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ConservationSelected'.
-   */
-  public boolean getConservationSelected()
-  {
-    return this._conservationSelected;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fontName'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FontName'.
-   */
-  public java.lang.String getFontName()
-  {
-    return this._fontName;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fontSize'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FontSize'.
-   */
-  public int getFontSize()
-  {
-    return this._fontSize;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'fontStyle'.
-   * 
-   * @return the value of field 'FontStyle'.
-   */
-  public int getFontStyle()
-  {
-    return this._fontStyle;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'height'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Height'.
-   */
-  public int getHeight()
-  {
-    return this._height;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'pidSelected'.
-   * 
-   * @return the value of field 'PidSelected'.
-   */
-  public boolean getPidSelected()
-  {
-    return this._pidSelected;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'pidThreshold'.
-   * 
-   * @return the value of field 'PidThreshold'.
-   */
-  public int getPidThreshold()
-  {
-    return this._pidThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'renderGaps'.
-   * 
-   * @return the value of field 'RenderGaps'.
-   */
-  public boolean getRenderGaps()
-  {
-    return this._renderGaps;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showAnnotation'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
-   */
-  public boolean getShowAnnotation()
-  {
-    return this._showAnnotation;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showBoxes'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowBoxes'.
-   */
-  public boolean getShowBoxes()
-  {
-    return this._showBoxes;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showColourText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowColourText'.
-   */
-  public boolean getShowColourText()
-  {
-    return this._showColourText;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showConservation'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowConservation'.
-   */
-  public boolean getShowConservation()
-  {
-    return this._showConservation;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showFullId'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowFullId'.
-   */
-  public boolean getShowFullId()
-  {
-    return this._showFullId;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showIdentity'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowIdentity'.
-   */
-  public boolean getShowIdentity()
-  {
-    return this._showIdentity;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showQuality'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowQuality'.
-   */
-  public boolean getShowQuality()
-  {
-    return this._showQuality;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
-   */
-  public boolean getShowSequenceFeatures()
-  {
-    return this._showSequenceFeatures;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowText'.
-   */
-  public boolean getShowText()
-  {
-    return this._showText;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'startRes'.
-   * 
-   * @return the value of field 'StartRes'.
-   */
-  public int getStartRes()
-  {
-    return this._startRes;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'startSeq'.
-   * 
-   * @return the value of field 'StartSeq'.
-   */
-  public int getStartSeq()
-  {
-    return this._startSeq;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'title'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Title'.
-   */
-  public java.lang.String getTitle()
-  {
-    return this._title;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'width'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Width'.
-   */
-  public int getWidth()
-  {
-    return this._width;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
-   * 
-   * @return the value of field 'WrapAlignment'.
-   */
-  public boolean getWrapAlignment()
-  {
-    return this._wrapAlignment;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'xpos'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Xpos'.
-   */
-  public int getXpos()
-  {
-    return this._xpos;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'ypos'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Ypos'.
-   */
-  public int getYpos()
-  {
-    return this._ypos;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasConsThreshold.
-   * 
-   * @return true if at least one ConsThreshold has been added
-   */
-  public boolean hasConsThreshold()
-  {
-    return this._has_consThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasConservationSelected.
-   * 
-   * @return true if at least one ConservationSelected has been added
-   */
-  public boolean hasConservationSelected()
-  {
-    return this._has_conservationSelected;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasFontSize.
-   * 
-   * @return true if at least one FontSize has been added
-   */
-  public boolean hasFontSize()
-  {
-    return this._has_fontSize;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasFontStyle.
-   * 
-   * @return true if at least one FontStyle has been added
-   */
-  public boolean hasFontStyle()
-  {
-    return this._has_fontStyle;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasHeight.
-   * 
-   * @return true if at least one Height has been added
-   */
-  public boolean hasHeight()
-  {
-    return this._has_height;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasPidSelected.
-   * 
-   * @return true if at least one PidSelected has been added
-   */
-  public boolean hasPidSelected()
-  {
-    return this._has_pidSelected;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasPidThreshold.
-   * 
-   * @return true if at least one PidThreshold has been added
-   */
-  public boolean hasPidThreshold()
-  {
-    return this._has_pidThreshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasRenderGaps.
-   * 
-   * @return true if at least one RenderGaps has been added
-   */
-  public boolean hasRenderGaps()
-  {
-    return this._has_renderGaps;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowAnnotation.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
-   */
-  public boolean hasShowAnnotation()
-  {
-    return this._has_showAnnotation;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowBoxes.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowBoxes has been added
-   */
-  public boolean hasShowBoxes()
-  {
-    return this._has_showBoxes;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowColourText.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowColourText has been added
-   */
-  public boolean hasShowColourText()
-  {
-    return this._has_showColourText;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowConservation.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowConservation has been added
-   */
-  public boolean hasShowConservation()
-  {
-    return this._has_showConservation;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowFullId.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowFullId has been added
-   */
-  public boolean hasShowFullId()
-  {
-    return this._has_showFullId;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowIdentity.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowIdentity has been added
-   */
-  public boolean hasShowIdentity()
-  {
-    return this._has_showIdentity;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowQuality.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowQuality has been added
-   */
-  public boolean hasShowQuality()
-  {
-    return this._has_showQuality;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowSequenceFeatures.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
-   */
-  public boolean hasShowSequenceFeatures()
-  {
-    return this._has_showSequenceFeatures;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasShowText.
-   * 
-   * @return true if at least one ShowText has been added
-   */
-  public boolean hasShowText()
-  {
-    return this._has_showText;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasStartRes.
-   * 
-   * @return true if at least one StartRes has been added
-   */
-  public boolean hasStartRes()
-  {
-    return this._has_startRes;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasStartSeq.
-   * 
-   * @return true if at least one StartSeq has been added
-   */
-  public boolean hasStartSeq()
-  {
-    return this._has_startSeq;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasWidth.
-   * 
-   * @return true if at least one Width has been added
-   */
-  public boolean hasWidth()
-  {
-    return this._has_width;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasWrapAlignment.
-   * 
-   * @return true if at least one WrapAlignment has been added
-   */
-  public boolean hasWrapAlignment()
-  {
-    return this._has_wrapAlignment;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasXpos.
-   * 
-   * @return true if at least one Xpos has been added
-   */
-  public boolean hasXpos()
-  {
-    return this._has_xpos;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasYpos.
-   * 
-   * @return true if at least one Ypos has been added
-   */
-  public boolean hasYpos()
-  {
-    return this._has_ypos;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'conservationSelected'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ConservationSelected'.
-   */
-  public boolean isConservationSelected()
-  {
-    return this._conservationSelected;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'pidSelected'.
-   * 
-   * @return the value of field 'PidSelected'.
-   */
-  public boolean isPidSelected()
-  {
-    return this._pidSelected;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'renderGaps'.
-   * 
-   * @return the value of field 'RenderGaps'.
-   */
-  public boolean isRenderGaps()
-  {
-    return this._renderGaps;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showAnnotation'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
-   */
-  public boolean isShowAnnotation()
-  {
-    return this._showAnnotation;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showBoxes'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowBoxes'.
-   */
-  public boolean isShowBoxes()
-  {
-    return this._showBoxes;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showColourText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowColourText'.
-   */
-  public boolean isShowColourText()
-  {
-    return this._showColourText;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showConservation'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowConservation'.
-   */
-  public boolean isShowConservation()
-  {
-    return this._showConservation;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showFullId'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowFullId'.
-   */
-  public boolean isShowFullId()
-  {
-    return this._showFullId;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showIdentity'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowIdentity'.
-   */
-  public boolean isShowIdentity()
-  {
-    return this._showIdentity;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showQuality'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowQuality'.
-   */
-  public boolean isShowQuality()
-  {
-    return this._showQuality;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
-   */
-  public boolean isShowSequenceFeatures()
-  {
-    return this._showSequenceFeatures;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'showText'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ShowText'.
-   */
-  public boolean isShowText()
-  {
-    return this._showText;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
-   * 
-   * @return the value of field 'WrapAlignment'.
-   */
-  public boolean isWrapAlignment()
-  {
-    return this._wrapAlignment;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'bgColour'.
-   * 
-   * @param bgColour
-   *          the value of field 'bgColour'.
-   */
-  public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
-  {
-    this._bgColour = bgColour;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'consThreshold'.
-   * 
-   * @param consThreshold
-   *          the value of field 'consThreshold'.
-   */
-  public void setConsThreshold(final int consThreshold)
-  {
-    this._consThreshold = consThreshold;
-    this._has_consThreshold = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'conservationSelected'.
-   * 
-   * @param conservationSelected
-   *          the value of field 'conservationSelected'.
-   */
-  public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
-  {
-    this._conservationSelected = conservationSelected;
-    this._has_conservationSelected = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'fontName'.
-   * 
-   * @param fontName
-   *          the value of field 'fontName'.
-   */
-  public void setFontName(final java.lang.String fontName)
-  {
-    this._fontName = fontName;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'fontSize'.
-   * 
-   * @param fontSize
-   *          the value of field 'fontSize'.
-   */
-  public void setFontSize(final int fontSize)
-  {
-    this._fontSize = fontSize;
-    this._has_fontSize = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'fontStyle'.
-   * 
-   * @param fontStyle
-   *          the value of field 'fontStyle'.
-   */
-  public void setFontStyle(final int fontStyle)
-  {
-    this._fontStyle = fontStyle;
-    this._has_fontStyle = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'height'.
-   * 
-   * @param height
-   *          the value of field 'height'.
-   */
-  public void setHeight(final int height)
-  {
-    this._height = height;
-    this._has_height = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'pidSelected'.
-   * 
-   * @param pidSelected
-   *          the value of field 'pidSelected'.
-   */
-  public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
-  {
-    this._pidSelected = pidSelected;
-    this._has_pidSelected = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'pidThreshold'.
-   * 
-   * @param pidThreshold
-   *          the value of field 'pidThreshold'.
-   */
-  public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
-  {
-    this._pidThreshold = pidThreshold;
-    this._has_pidThreshold = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'renderGaps'.
-   * 
-   * @param renderGaps
-   *          the value of field 'renderGaps'.
-   */
-  public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
-  {
-    this._renderGaps = renderGaps;
-    this._has_renderGaps = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showAnnotation'.
-   * 
-   * @param showAnnotation
-   *          the value of field 'showAnnotation'.
-   */
-  public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
-  {
-    this._showAnnotation = showAnnotation;
-    this._has_showAnnotation = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showBoxes'.
-   * 
-   * @param showBoxes
-   *          the value of field 'showBoxes'.
-   */
-  public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
-  {
-    this._showBoxes = showBoxes;
-    this._has_showBoxes = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showColourText'.
-   * 
-   * @param showColourText
-   *          the value of field 'showColourText'.
-   */
-  public void setShowColourText(final boolean showColourText)
-  {
-    this._showColourText = showColourText;
-    this._has_showColourText = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showConservation'.
-   * 
-   * @param showConservation
-   *          the value of field 'showConservation'
-   */
-  public void setShowConservation(final boolean showConservation)
-  {
-    this._showConservation = showConservation;
-    this._has_showConservation = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showFullId'.
-   * 
-   * @param showFullId
-   *          the value of field 'showFullId'.
-   */
-  public void setShowFullId(final boolean showFullId)
-  {
-    this._showFullId = showFullId;
-    this._has_showFullId = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showIdentity'.
-   * 
-   * @param showIdentity
-   *          the value of field 'showIdentity'.
-   */
-  public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
-  {
-    this._showIdentity = showIdentity;
-    this._has_showIdentity = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showQuality'.
-   * 
-   * @param showQuality
-   *          the value of field 'showQuality'.
-   */
-  public void setShowQuality(final boolean showQuality)
-  {
-    this._showQuality = showQuality;
-    this._has_showQuality = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
-   * 
-   * @param showSequenceFeatures
-   *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
-   */
-  public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
-  {
-    this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
-    this._has_showSequenceFeatures = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'showText'.
-   * 
-   * @param showText
-   *          the value of field 'showText'.
-   */
-  public void setShowText(final boolean showText)
-  {
-    this._showText = showText;
-    this._has_showText = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'startRes'.
-   * 
-   * @param startRes
-   *          the value of field 'startRes'.
-   */
-  public void setStartRes(final int startRes)
-  {
-    this._startRes = startRes;
-    this._has_startRes = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'startSeq'.
-   * 
-   * @param startSeq
-   *          the value of field 'startSeq'.
-   */
-  public void setStartSeq(final int startSeq)
-  {
-    this._startSeq = startSeq;
-    this._has_startSeq = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'title'.
-   * 
-   * @param title
-   *          the value of field 'title'.
-   */
-  public void setTitle(final java.lang.String title)
-  {
-    this._title = title;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'width'.
-   * 
-   * @param width
-   *          the value of field 'width'.
-   */
-  public void setWidth(final int width)
-  {
-    this._width = width;
-    this._has_width = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
-   * 
-   * @param wrapAlignment
-   *          the value of field 'wrapAlignment'.
-   */
-  public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
-  {
-    this._wrapAlignment = wrapAlignment;
-    this._has_wrapAlignment = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'xpos'.
-   * 
-   * @param xpos
-   *          the value of field 'xpos'.
-   */
-  public void setXpos(final int xpos)
-  {
-    this._xpos = xpos;
-    this._has_xpos = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'ypos'.
-   * 
-   * @param ypos
-   *          the value of field 'ypos'.
-   */
-  public void setYpos(final int ypos)
-  {
-    this._ypos = ypos;
-    this._has_ypos = true;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
-   */
-  public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.Viewport.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+    public boolean isShowBoxes(
+    ) {
+        return this._showBoxes;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showColourText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowColourText'.
+     */
+    public boolean isShowColourText(
+    ) {
+        return this._showColourText;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showConservation'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowConservation'.
+     */
+    public boolean isShowConservation(
+    ) {
+        return this._showConservation;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showFullId'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowFullId'.
+     */
+    public boolean isShowFullId(
+    ) {
+        return this._showFullId;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showIdentity'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowIdentity'.
+     */
+    public boolean isShowIdentity(
+    ) {
+        return this._showIdentity;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showQuality'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowQuality'.
+     */
+    public boolean isShowQuality(
+    ) {
+        return this._showQuality;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
+     */
+    public boolean isShowSequenceFeatures(
+    ) {
+        return this._showSequenceFeatures;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'showText'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ShowText'.
+     */
+    public boolean isShowText(
+    ) {
+        return this._showText;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
+     * 
+     * @return the value of field 'WrapAlignment'.
+     */
+    public boolean isWrapAlignment(
+    ) {
+        return this._wrapAlignment;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'bgColour'.
+     * 
+     * @param bgColour the value of field 'bgColour'.
+     */
+    public void setBgColour(
+            final java.lang.String bgColour) {
+        this._bgColour = bgColour;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'consThreshold'.
+     * 
+     * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
+     */
+    public void setConsThreshold(
+            final int consThreshold) {
+        this._consThreshold = consThreshold;
+        this._has_consThreshold = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'conservationSelected'.
+     * 
+     * @param conservationSelected the value of field
+     * 'conservationSelected'.
+     */
+    public void setConservationSelected(
+            final boolean conservationSelected) {
+        this._conservationSelected = conservationSelected;
+        this._has_conservationSelected = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'fontName'.
+     * 
+     * @param fontName the value of field 'fontName'.
+     */
+    public void setFontName(
+            final java.lang.String fontName) {
+        this._fontName = fontName;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'fontSize'.
+     * 
+     * @param fontSize the value of field 'fontSize'.
+     */
+    public void setFontSize(
+            final int fontSize) {
+        this._fontSize = fontSize;
+        this._has_fontSize = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'fontStyle'.
+     * 
+     * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.
+     */
+    public void setFontStyle(
+            final int fontStyle) {
+        this._fontStyle = fontStyle;
+        this._has_fontStyle = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'height'.
+     * 
+     * @param height the value of field 'height'.
+     */
+    public void setHeight(
+            final int height) {
+        this._height = height;
+        this._has_height = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'pidSelected'.
+     * 
+     * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.
+     */
+    public void setPidSelected(
+            final boolean pidSelected) {
+        this._pidSelected = pidSelected;
+        this._has_pidSelected = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'pidThreshold'.
+     * 
+     * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
+     */
+    public void setPidThreshold(
+            final int pidThreshold) {
+        this._pidThreshold = pidThreshold;
+        this._has_pidThreshold = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'renderGaps'.
+     * 
+     * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.
+     */
+    public void setRenderGaps(
+            final boolean renderGaps) {
+        this._renderGaps = renderGaps;
+        this._has_renderGaps = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showAnnotation'.
+     * 
+     * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.
+     */
+    public void setShowAnnotation(
+            final boolean showAnnotation) {
+        this._showAnnotation = showAnnotation;
+        this._has_showAnnotation = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showBoxes'.
+     * 
+     * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.
+     */
+    public void setShowBoxes(
+            final boolean showBoxes) {
+        this._showBoxes = showBoxes;
+        this._has_showBoxes = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showColourText'.
+     * 
+     * @param showColourText the value of field 'showColourText'.
+     */
+    public void setShowColourText(
+            final boolean showColourText) {
+        this._showColourText = showColourText;
+        this._has_showColourText = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showConservation'.
+     * 
+     * @param showConservation the value of field 'showConservation'
+     */
+    public void setShowConservation(
+            final boolean showConservation) {
+        this._showConservation = showConservation;
+        this._has_showConservation = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showFullId'.
+     * 
+     * @param showFullId the value of field 'showFullId'.
+     */
+    public void setShowFullId(
+            final boolean showFullId) {
+        this._showFullId = showFullId;
+        this._has_showFullId = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showIdentity'.
+     * 
+     * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.
+     */
+    public void setShowIdentity(
+            final boolean showIdentity) {
+        this._showIdentity = showIdentity;
+        this._has_showIdentity = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showQuality'.
+     * 
+     * @param showQuality the value of field 'showQuality'.
+     */
+    public void setShowQuality(
+            final boolean showQuality) {
+        this._showQuality = showQuality;
+        this._has_showQuality = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
+     * 
+     * @param showSequenceFeatures the value of field
+     * 'showSequenceFeatures'.
+     */
+    public void setShowSequenceFeatures(
+            final boolean showSequenceFeatures) {
+        this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
+        this._has_showSequenceFeatures = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'showText'.
+     * 
+     * @param showText the value of field 'showText'.
+     */
+    public void setShowText(
+            final boolean showText) {
+        this._showText = showText;
+        this._has_showText = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'startRes'.
+     * 
+     * @param startRes the value of field 'startRes'.
+     */
+    public void setStartRes(
+            final int startRes) {
+        this._startRes = startRes;
+        this._has_startRes = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'startSeq'.
+     * 
+     * @param startSeq the value of field 'startSeq'.
+     */
+    public void setStartSeq(
+            final int startSeq) {
+        this._startSeq = startSeq;
+        this._has_startSeq = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'title'.
+     * 
+     * @param title the value of field 'title'.
+     */
+    public void setTitle(
+            final java.lang.String title) {
+        this._title = title;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'width'.
+     * 
+     * @param width the value of field 'width'.
+     */
+    public void setWidth(
+            final int width) {
+        this._width = width;
+        this._has_width = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
+     * 
+     * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.
+     */
+    public void setWrapAlignment(
+            final boolean wrapAlignment) {
+        this._wrapAlignment = wrapAlignment;
+        this._has_wrapAlignment = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'xpos'.
+     * 
+     * @param xpos the value of field 'xpos'.
+     */
+    public void setXpos(
+            final int xpos) {
+        this._xpos = xpos;
+        this._has_xpos = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'ypos'.
+     * 
+     * @param ypos the value of field 'ypos'.
+     */
+    public void setYpos(
+            final int ypos) {
+        this._ypos = ypos;
+        this._has_ypos = true;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
+     */
+    public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Viewport.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index 93d2e0f..e54b627 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-#Mon Sep 06 13:16:48 BST 2010\r
+#Tue Feb 15 17:12:42 GMT 2011\r
 jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine=jalview.schemabinding.version2.descriptors.ThresholdLineDescriptor\r
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 /*\r
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- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,174 +19,166 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AlcodMap implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * internal jalview id for the dnasq for this mapping.\r
-   * \r
-   */\r
-  private java.lang.String _dnasq;\r
-\r
-  /**\r
-   * a Mapping entry and an associated protein sequence\r
-   * \r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AlcodMap()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the following\r
-   * description: internal jalview id for the dnasq for this mapping.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Dnasq'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDnasq()\r
-  {\r
-    return this._dnasq;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has the following\r
-   * description: a Mapping entry and an associated protein sequence\r
-   * \r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Mapping'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping()\r
-  {\r
-    return this._mapping;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class AlcodMap implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * internal jalview id for the dnasq for this mapping.\r
+     *  \r
+     */\r
+    private java.lang.String _dnasq;\r
+\r
+    /**\r
+     * a Mapping entry and an associated protein sequence\r
+     *  \r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AlcodMap() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has\r
+     * the following description: internal jalview id for the dnasq\r
+     * for this mapping.\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Dnasq'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDnasq(\r
+    ) {\r
+        return this._dnasq;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'mapping'. The field 'mapping'\r
+     * has the following description: a Mapping entry and an\r
+     * associated protein sequence\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Mapping'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping(\r
+    ) {\r
+        return this._mapping;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the\r
+     * following description: internal jalview id for the dnasq for\r
+     * this mapping.\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param dnasq the value of field 'dnasq'.\r
+     */\r
+    public void setDnasq(\r
+            final java.lang.String dnasq) {\r
+        this._dnasq = dnasq;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has\r
+     * the following description: a Mapping entry and an associated\r
+     * protein sequence\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param mapping the value of field 'mapping'.\r
+     */\r
+    public void setMapping(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping) {\r
+        this._mapping = mapping;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AlcodMap\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.AlcodMap unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the following\r
-   * description: internal jalview id for the dnasq for this mapping.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param dnasq\r
-   *          the value of field 'dnasq'.\r
-   */\r
-  public void setDnasq(final java.lang.String dnasq)\r
-  {\r
-    this._dnasq = dnasq;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has the following\r
-   * description: a Mapping entry and an associated protein sequence\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param mapping\r
-   *          the value of field 'mapping'.\r
-   */\r
-  public void setMapping(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping)\r
-  {\r
-    this._mapping = mapping;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.AlcodMap\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.AlcodMap unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 9bd0a7f..cffbd9a 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,257 +19,245 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Alcodon implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pos1.\r
-   */\r
-  private long _pos1;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _pos1\r
-   */\r
-  private boolean _has_pos1;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pos2.\r
-   */\r
-  private long _pos2;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _pos2\r
-   */\r
-  private boolean _has_pos2;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pos3.\r
-   */\r
-  private long _pos3;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _pos3\r
-   */\r
-  private boolean _has_pos3;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Alcodon()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
+public class Alcodon implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pos1.\r
+     */\r
+    private long _pos1;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pos1\r
+     */\r
+    private boolean _has_pos1;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pos2.\r
+     */\r
+    private long _pos2;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pos2\r
+     */\r
+    private boolean _has_pos2;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pos3.\r
+     */\r
+    private long _pos3;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pos3\r
+     */\r
+    private boolean _has_pos3;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Alcodon() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
      */\r
-  public void deletePos1()\r
-  {\r
-    this._has_pos1 = false;\r
-  }\r
+    public void deletePos1(\r
+    ) {\r
+        this._has_pos1= false;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
      */\r
-  public void deletePos2()\r
-  {\r
-    this._has_pos2 = false;\r
-  }\r
+    public void deletePos2(\r
+    ) {\r
+        this._has_pos2= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deletePos3(\r
+    ) {\r
+        this._has_pos3= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pos1'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Pos1'.\r
+     */\r
+    public long getPos1(\r
+    ) {\r
+        return this._pos1;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pos2'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Pos2'.\r
+     */\r
+    public long getPos2(\r
+    ) {\r
+        return this._pos2;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pos3'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Pos3'.\r
+     */\r
+    public long getPos3(\r
+    ) {\r
+        return this._pos3;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPos1.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Pos1 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasPos1(\r
+    ) {\r
+        return this._has_pos1;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPos2.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Pos2 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasPos2(\r
+    ) {\r
+        return this._has_pos2;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPos3.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Pos3 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasPos3(\r
+    ) {\r
+        return this._has_pos3;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pos1'.\r
+     * \r
+     * @param pos1 the value of field 'pos1'.\r
+     */\r
+    public void setPos1(\r
+            final long pos1) {\r
+        this._pos1 = pos1;\r
+        this._has_pos1 = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pos2'.\r
+     * \r
+     * @param pos2 the value of field 'pos2'.\r
+     */\r
+    public void setPos2(\r
+            final long pos2) {\r
+        this._pos2 = pos2;\r
+        this._has_pos2 = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pos3'.\r
+     * \r
+     * @param pos3 the value of field 'pos3'.\r
+     */\r
+    public void setPos3(\r
+            final long pos3) {\r
+        this._pos3 = pos3;\r
+        this._has_pos3 = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Alcodo\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Alcodon unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, reader);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-  public void deletePos3()\r
-  {\r
-    this._has_pos3 = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pos1'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Pos1'.\r
-   */\r
-  public long getPos1()\r
-  {\r
-    return this._pos1;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pos2'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Pos2'.\r
-   */\r
-  public long getPos2()\r
-  {\r
-    return this._pos2;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pos3'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Pos3'.\r
-   */\r
-  public long getPos3()\r
-  {\r
-    return this._pos3;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPos1.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Pos1 has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasPos1()\r
-  {\r
-    return this._has_pos1;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPos2.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Pos2 has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasPos2()\r
-  {\r
-    return this._has_pos2;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPos3.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Pos3 has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasPos3()\r
-  {\r
-    return this._has_pos3;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pos1'.\r
-   * \r
-   * @param pos1\r
-   *          the value of field 'pos1'.\r
-   */\r
-  public void setPos1(final long pos1)\r
-  {\r
-    this._pos1 = pos1;\r
-    this._has_pos1 = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pos2'.\r
-   * \r
-   * @param pos2\r
-   *          the value of field 'pos2'.\r
-   */\r
-  public void setPos2(final long pos2)\r
-  {\r
-    this._pos2 = pos2;\r
-    this._has_pos2 = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pos3'.\r
-   * \r
-   * @param pos3\r
-   *          the value of field 'pos3'.\r
-   */\r
-  public void setPos3(final long pos3)\r
-  {\r
-    this._pos3 = pos3;\r
-    this._has_pos3 = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Alcodo\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Alcodon unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 8bbe3dd..b8b2a41 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,448 +19,414 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AlcodonFrame implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _alcodonList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _alcodonList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _alcodMapList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _alcodMapList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AlcodonFrame()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._alcodonList = new java.util.Vector();\r
-    this._alcodMapList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAlcodMap\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAlcodMap(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._alcodMapList.addElement(vAlcodMap);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAlcodMap\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAlcodMap(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._alcodMapList.add(index, vAlcodMap);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAlcodon\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAlcodon(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._alcodonList.addElement(vAlcodon);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAlcodon\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAlcodon(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._alcodonList.add(index, vAlcodon);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateAlcodMap.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.AlcodMap\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateAlcodMap()\r
-  {\r
-    return this._alcodMapList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateAlcodon.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Alcodon\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateAlcodon()\r
-  {\r
-    return this._alcodonList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodMap.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.AlcodMap at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AlcodMap getAlcodMap(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._alcodMapList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getAlcodMap: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._alcodMapList.size() - 1) + "]");\r
+public class AlcodonFrame implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _alcodonList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _alcodonList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _alcodMapList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _alcodMapList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AlcodonFrame() {\r
+        super();\r
+        this._alcodonList = new java.util.Vector();\r
+        this._alcodMapList = new java.util.Vector();\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) _alcodMapList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodMap.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[] getAlcodMap()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[] array = new jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[]) this._alcodMapList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodMapCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getAlcodMapCount()\r
-  {\r
-    return this._alcodMapList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodon.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Alcodon at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Alcodon getAlcodon(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._alcodonList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getAlcodon: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._alcodonList.size() - 1) + "]");\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAlcodMap\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAlcodMap(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._alcodMapList.addElement(vAlcodMap);\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) _alcodonList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodon.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Alcodon[] getAlcodon()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Alcodon[] array = new jalview.schemabinding.version2.Alcodon[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon[]) this._alcodonList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodonCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getAlcodonCount()\r
-  {\r
-    return this._alcodonList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAlcodMap\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAlcodMap(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._alcodMapList.add(index, vAlcodMap);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAlcodMap.\r
-   * \r
-   * @param vAlcodMap\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeAlcodMap(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap)\r
-  {\r
-    boolean removed = _alcodMapList.remove(vAlcodMap);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAlcodMapAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AlcodMap removeAlcodMapAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._alcodMapList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAlcodon.\r
-   * \r
-   * @param vAlcodon\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeAlcodon(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon)\r
-  {\r
-    boolean removed = _alcodonList.remove(vAlcodon);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAlcodonAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Alcodon removeAlcodonAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._alcodonList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAlcodon\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-  public void removeAllAlcodMap()\r
-  {\r
-    this._alcodMapList.clear();\r
-  }\r
+    public void addAlcodon(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._alcodonList.addElement(vAlcodon);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAlcodon\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-  public void removeAllAlcodon()\r
-  {\r
-    this._alcodonList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAlcodMap\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setAlcodMap(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._alcodMapList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setAlcodMap: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._alcodMapList.size() - 1) + "]");\r
+    public void addAlcodon(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._alcodonList.add(index, vAlcodon);\r
     }\r
 \r
-    this._alcodMapList.set(index, vAlcodMap);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAlcodMapArray\r
-   */\r
-  public void setAlcodMap(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[] vAlcodMapArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _alcodMapList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vAlcodMapArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._alcodMapList.add(vAlcodMapArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Method enumerateAlcodMap.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AlcodMap elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateAlcodMap(\r
+    ) {\r
+        return this._alcodMapList.elements();\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAlcodon\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setAlcodon(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._alcodonList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setAlcodon: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._alcodonList.size() - 1) + "]");\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateAlcodon.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Alcodon elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateAlcodon(\r
+    ) {\r
+        return this._alcodonList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodMap.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AlcodMap at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AlcodMap getAlcodMap(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._alcodMapList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAlcodMap: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodMapList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) _alcodMapList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodMap.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[] getAlcodMap(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[] array = new jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[]) this._alcodMapList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodMapCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getAlcodMapCount(\r
+    ) {\r
+        return this._alcodMapList.size();\r
     }\r
 \r
-    this._alcodonList.set(index, vAlcodon);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAlcodonArray\r
-   */\r
-  public void setAlcodon(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Alcodon[] vAlcodonArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _alcodonList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vAlcodonArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._alcodonList.add(vAlcodonArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodon.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Alcodon at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Alcodon getAlcodon(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._alcodonList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAlcodon: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodonList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) _alcodonList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodon.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Alcodon[] getAlcodon(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Alcodon[] array = new jalview.schemabinding.version2.Alcodon[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon[]) this._alcodonList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodonCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getAlcodonCount(\r
+    ) {\r
+        return this._alcodonList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAlcodMap.\r
+     * \r
+     * @param vAlcodMap\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeAlcodMap(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap) {\r
+        boolean removed = _alcodMapList.remove(vAlcodMap);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAlcodMapAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AlcodMap removeAlcodMapAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._alcodMapList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAlcodon.\r
+     * \r
+     * @param vAlcodon\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeAlcodon(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon) {\r
+        boolean removed = _alcodonList.remove(vAlcodon);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAlcodonAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Alcodon removeAlcodonAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._alcodonList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllAlcodMap(\r
+    ) {\r
+        this._alcodMapList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllAlcodon(\r
+    ) {\r
+        this._alcodonList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAlcodMap\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setAlcodMap(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap vAlcodMap)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._alcodMapList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAlcodMap: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodMapList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._alcodMapList.set(index, vAlcodMap);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAlcodMapArray\r
+     */\r
+    public void setAlcodMap(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodMap[] vAlcodMapArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _alcodMapList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vAlcodMapArray.length; i++) {\r
+                this._alcodMapList.add(vAlcodMapArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAlcodon\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setAlcodon(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Alcodon vAlcodon)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._alcodonList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAlcodon: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodonList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._alcodonList.set(index, vAlcodon);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAlcodonArray\r
+     */\r
+    public void setAlcodon(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Alcodon[] vAlcodonArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _alcodonList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vAlcodonArray.length; i++) {\r
+                this._alcodonList.add(vAlcodonArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index ddf63fb..8c5c8ff 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,1054 +19,1014 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Annotation implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _graph.\r
-   */\r
-  private boolean _graph;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _graph\r
-   */\r
-  private boolean _has_graph;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _graphType.\r
-   */\r
-  private int _graphType;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _graphType\r
-   */\r
-  private boolean _has_graphType;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequenceRef.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _sequenceRef;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _groupRef.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _groupRef;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _graphColour.\r
-   */\r
-  private int _graphColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _graphColour\r
-   */\r
-  private boolean _has_graphColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _graphGroup.\r
-   */\r
-  private int _graphGroup;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _graphGroup\r
-   */\r
-  private boolean _has_graphGroup;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _id.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _scoreOnly.\r
-   */\r
-  private boolean _scoreOnly = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _scoreOnly\r
-   */\r
-  private boolean _has_scoreOnly;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _score.\r
-   */\r
-  private double _score;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _score\r
-   */\r
-  private boolean _has_score;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _visible.\r
-   */\r
-  private boolean _visible;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _visible\r
-   */\r
-  private boolean _has_visible;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _centreColLabels.\r
-   */\r
-  private boolean _centreColLabels;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _centreColLabels\r
-   */\r
-  private boolean _has_centreColLabels;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _scaleColLabels.\r
-   */\r
-  private boolean _scaleColLabels;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _scaleColLabels\r
-   */\r
-  private boolean _has_scaleColLabels;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showAllColLabels.\r
-   */\r
-  private boolean _showAllColLabels;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showAllColLabels\r
-   */\r
-  private boolean _has_showAllColLabels;\r
-\r
-  /**\r
-   * is an autocalculated annotation row\r
-   */\r
-  private boolean _autoCalculated = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _autoCalculated\r
-   */\r
-  private boolean _has_autoCalculated;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _annotationElementList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _annotationElementList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _label.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _label;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _description.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _description;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _thresholdLine.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine _thresholdLine;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Annotation()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._annotationElementList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAnnotationElement\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAnnotationElement(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAnnotationElement\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAnnotationElement(\r
-          final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteAutoCalculated()\r
-  {\r
-    this._has_autoCalculated = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteCentreColLabels()\r
-  {\r
-    this._has_centreColLabels = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteGraph()\r
-  {\r
-    this._has_graph = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteGraphColour()\r
-  {\r
-    this._has_graphColour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteGraphGroup()\r
-  {\r
-    this._has_graphGroup = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteGraphType()\r
-  {\r
-    this._has_graphType = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteScaleColLabels()\r
-  {\r
-    this._has_scaleColLabels = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteScore()\r
-  {\r
-    this._has_score = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteScoreOnly()\r
-  {\r
-    this._has_scoreOnly = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteShowAllColLabels()\r
-  {\r
-    this._has_showAllColLabels = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteVisible()\r
-  {\r
-    this._has_visible = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateAnnotationElement.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all\r
-   *         jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement()\r
-  {\r
-    return this._annotationElementList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAnnotationElement.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement\r
-   *         at the given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement getAnnotationElement(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "getAnnotationElement: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) _annotationElementList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the collection in an\r
-   * Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] getAnnotationElement()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] array = new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[]) this._annotationElementList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAnnotationElementCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getAnnotationElementCount()\r
-  {\r
-    return this._annotationElementList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field 'autoCalculated' has\r
-   * the following description: is an autocalculated annotation row\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoCalculated'.\r
-   */\r
-  public boolean getAutoCalculated()\r
-  {\r
-    return this._autoCalculated;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'centreColLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'CentreColLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean getCentreColLabels()\r
-  {\r
-    return this._centreColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Description'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDescription()\r
-  {\r
-    return this._description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'graph'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Graph'.\r
-   */\r
-  public boolean getGraph()\r
-  {\r
-    return this._graph;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'graphColour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'GraphColour'.\r
-   */\r
-  public int getGraphColour()\r
-  {\r
-    return this._graphColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'graphGroup'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'GraphGroup'.\r
-   */\r
-  public int getGraphGroup()\r
-  {\r
-    return this._graphGroup;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'graphType'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'GraphType'.\r
-   */\r
-  public int getGraphType()\r
-  {\r
-    return this._graphType;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'groupRef'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'GroupRef'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getGroupRef()\r
-  {\r
-    return this._groupRef;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'label'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Label'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getLabel()\r
-  {\r
-    return this._label;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'scaleColLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ScaleColLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean getScaleColLabels()\r
-  {\r
-    return this._scaleColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'score'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Score'.\r
-   */\r
-  public double getScore()\r
-  {\r
-    return this._score;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
-   */\r
-  public boolean getScoreOnly()\r
-  {\r
-    return this._scoreOnly;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'sequenceRef'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'SequenceRef'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSequenceRef()\r
-  {\r
-    return this._sequenceRef;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showAllColLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowAllColLabels()\r
-  {\r
-    return this._showAllColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'thresholdLine'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ThresholdLine'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine getThresholdLine()\r
-  {\r
-    return this._thresholdLine;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'visible'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Visible'.\r
-   */\r
-  public boolean getVisible()\r
-  {\r
-    return this._visible;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasAutoCalculated.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one AutoCalculated has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasAutoCalculated()\r
-  {\r
-    return this._has_autoCalculated;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasCentreColLabels.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one CentreColLabels has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasCentreColLabels()\r
-  {\r
-    return this._has_centreColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasGraph.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Graph has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasGraph()\r
-  {\r
-    return this._has_graph;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasGraphColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one GraphColour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasGraphColour()\r
-  {\r
-    return this._has_graphColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasGraphGroup.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one GraphGroup has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasGraphGroup()\r
-  {\r
-    return this._has_graphGroup;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasGraphType.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one GraphType has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasGraphType()\r
-  {\r
-    return this._has_graphType;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasScaleColLabels.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ScaleColLabels has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasScaleColLabels()\r
-  {\r
-    return this._has_scaleColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasScore.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Score has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasScore()\r
-  {\r
-    return this._has_score;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasScoreOnly.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ScoreOnly has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasScoreOnly()\r
-  {\r
-    return this._has_scoreOnly;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowAllColLabels.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowAllColLabels has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowAllColLabels()\r
-  {\r
-    return this._has_showAllColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasVisible.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Visible has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasVisible()\r
-  {\r
-    return this._has_visible;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field 'autoCalculated' has\r
-   * the following description: is an autocalculated annotation row\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoCalculated'.\r
-   */\r
-  public boolean isAutoCalculated()\r
-  {\r
-    return this._autoCalculated;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'centreColLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'CentreColLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean isCentreColLabels()\r
-  {\r
-    return this._centreColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'graph'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Graph'.\r
-   */\r
-  public boolean isGraph()\r
-  {\r
-    return this._graph;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'scaleColLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ScaleColLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean isScaleColLabels()\r
-  {\r
-    return this._scaleColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
-   */\r
-  public boolean isScoreOnly()\r
-  {\r
-    return this._scoreOnly;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showAllColLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowAllColLabels()\r
-  {\r
-    return this._showAllColLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'visible'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Visible'.\r
-   */\r
-  public boolean isVisible()\r
-  {\r
-    return this._visible;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllAnnotationElement()\r
-  {\r
-    this._annotationElementList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAnnotationElement.\r
-   * \r
-   * @param vAnnotationElement\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeAnnotationElement(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
-  {\r
-    boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAnnotationElementAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAnnotationElement\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setAnnotationElement(\r
-          final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "setAnnotationElement: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAnnotationElementArray\r
-   */\r
-  public void setAnnotationElement(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _annotationElementList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'autoCalculated'. The field 'autoCalculated' has\r
-   * the following description: is an autocalculated annotation row\r
-   * \r
-   * @param autoCalculated\r
-   *          the value of field 'autoCalculated'.\r
-   */\r
-  public void setAutoCalculated(final boolean autoCalculated)\r
-  {\r
-    this._autoCalculated = autoCalculated;\r
-    this._has_autoCalculated = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'centreColLabels'.\r
-   * \r
-   * @param centreColLabels\r
-   *          the value of field 'centreColLabels'.\r
-   */\r
-  public void setCentreColLabels(final boolean centreColLabels)\r
-  {\r
-    this._centreColLabels = centreColLabels;\r
-    this._has_centreColLabels = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @param description\r
-   *          the value of field 'description'.\r
-   */\r
-  public void setDescription(final java.lang.String description)\r
-  {\r
-    this._description = description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'graph'.\r
-   * \r
-   * @param graph\r
-   *          the value of field 'graph'.\r
-   */\r
-  public void setGraph(final boolean graph)\r
-  {\r
-    this._graph = graph;\r
-    this._has_graph = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'graphColour'.\r
-   * \r
-   * @param graphColour\r
-   *          the value of field 'graphColour'.\r
-   */\r
-  public void setGraphColour(final int graphColour)\r
-  {\r
-    this._graphColour = graphColour;\r
-    this._has_graphColour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'graphGroup'.\r
-   * \r
-   * @param graphGroup\r
-   *          the value of field 'graphGroup'.\r
-   */\r
-  public void setGraphGroup(final int graphGroup)\r
-  {\r
-    this._graphGroup = graphGroup;\r
-    this._has_graphGroup = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'graphType'.\r
-   * \r
-   * @param graphType\r
-   *          the value of field 'graphType'.\r
-   */\r
-  public void setGraphType(final int graphType)\r
-  {\r
-    this._graphType = graphType;\r
-    this._has_graphType = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'groupRef'.\r
-   * \r
-   * @param groupRef\r
-   *          the value of field 'groupRef'.\r
-   */\r
-  public void setGroupRef(final java.lang.String groupRef)\r
-  {\r
-    this._groupRef = groupRef;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'label'.\r
-   * \r
-   * @param label\r
-   *          the value of field 'label'.\r
-   */\r
-  public void setLabel(final java.lang.String label)\r
-  {\r
-    this._label = label;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'scaleColLabels'.\r
-   * \r
-   * @param scaleColLabels\r
-   *          the value of field 'scaleColLabels'.\r
-   */\r
-  public void setScaleColLabels(final boolean scaleColLabels)\r
-  {\r
-    this._scaleColLabels = scaleColLabels;\r
-    this._has_scaleColLabels = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'score'.\r
-   * \r
-   * @param score\r
-   *          the value of field 'score'.\r
-   */\r
-  public void setScore(final double score)\r
-  {\r
-    this._score = score;\r
-    this._has_score = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'scoreOnly'.\r
-   * \r
-   * @param scoreOnly\r
-   *          the value of field 'scoreOnly'.\r
-   */\r
-  public void setScoreOnly(final boolean scoreOnly)\r
-  {\r
-    this._scoreOnly = scoreOnly;\r
-    this._has_scoreOnly = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'sequenceRef'.\r
-   * \r
-   * @param sequenceRef\r
-   *          the value of field 'sequenceRef'.\r
-   */\r
-  public void setSequenceRef(final java.lang.String sequenceRef)\r
-  {\r
-    this._sequenceRef = sequenceRef;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showAllColLabels'.\r
-   * \r
-   * @param showAllColLabels\r
-   *          the value of field 'showAllColLabels'\r
-   */\r
-  public void setShowAllColLabels(final boolean showAllColLabels)\r
-  {\r
-    this._showAllColLabels = showAllColLabels;\r
-    this._has_showAllColLabels = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'thresholdLine'.\r
-   * \r
-   * @param thresholdLine\r
-   *          the value of field 'thresholdLine'.\r
-   */\r
-  public void setThresholdLine(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine thresholdLine)\r
-  {\r
-    this._thresholdLine = thresholdLine;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'visible'.\r
-   * \r
-   * @param visible\r
-   *          the value of field 'visible'.\r
-   */\r
-  public void setVisible(final boolean visible)\r
-  {\r
-    this._visible = visible;\r
-    this._has_visible = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Annotation\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Annotation unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Annotation.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class Annotation implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _graph.\r
+     */\r
+    private boolean _graph;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _graph\r
+     */\r
+    private boolean _has_graph;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _graphType.\r
+     */\r
+    private int _graphType;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _graphType\r
+     */\r
+    private boolean _has_graphType;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequenceRef.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _sequenceRef;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _groupRef.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _groupRef;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _graphColour.\r
+     */\r
+    private int _graphColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _graphColour\r
+     */\r
+    private boolean _has_graphColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _graphGroup.\r
+     */\r
+    private int _graphGroup;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _graphGroup\r
+     */\r
+    private boolean _has_graphGroup;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _id.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _scoreOnly.\r
+     */\r
+    private boolean _scoreOnly = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _scoreOnly\r
+     */\r
+    private boolean _has_scoreOnly;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _score.\r
+     */\r
+    private double _score;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _score\r
+     */\r
+    private boolean _has_score;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _visible.\r
+     */\r
+    private boolean _visible;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _visible\r
+     */\r
+    private boolean _has_visible;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _centreColLabels.\r
+     */\r
+    private boolean _centreColLabels;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _centreColLabels\r
+     */\r
+    private boolean _has_centreColLabels;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _scaleColLabels.\r
+     */\r
+    private boolean _scaleColLabels;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _scaleColLabels\r
+     */\r
+    private boolean _has_scaleColLabels;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showAllColLabels.\r
+     */\r
+    private boolean _showAllColLabels;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showAllColLabels\r
+     */\r
+    private boolean _has_showAllColLabels;\r
+\r
+    /**\r
+     * is an autocalculated annotation row\r
+     */\r
+    private boolean _autoCalculated = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _autoCalculated\r
+     */\r
+    private boolean _has_autoCalculated;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _annotationElementList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _annotationElementList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _label.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _label;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _description.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _description;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _thresholdLine.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine _thresholdLine;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Annotation() {\r
+        super();\r
+        this._annotationElementList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAnnotationElement\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAnnotationElement(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAnnotationElement\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAnnotationElement(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteAutoCalculated(\r
+    ) {\r
+        this._has_autoCalculated= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteCentreColLabels(\r
+    ) {\r
+        this._has_centreColLabels= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteGraph(\r
+    ) {\r
+        this._has_graph= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteGraphColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_graphColour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteGraphGroup(\r
+    ) {\r
+        this._has_graphGroup= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteGraphType(\r
+    ) {\r
+        this._has_graphType= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteScaleColLabels(\r
+    ) {\r
+        this._has_scaleColLabels= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteScore(\r
+    ) {\r
+        this._has_score= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteScoreOnly(\r
+    ) {\r
+        this._has_scoreOnly= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowAllColLabels(\r
+    ) {\r
+        this._has_showAllColLabels= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteVisible(\r
+    ) {\r
+        this._has_visible= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateAnnotationElement.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement(\r
+    ) {\r
+        return this._annotationElementList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAnnotationElement.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement at the\r
+     * given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement getAnnotationElement(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) _annotationElementList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the\r
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
+     * collection contents are changing in another thread, we pass\r
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
+     * exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] getAnnotationElement(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] array = new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[]) this._annotationElementList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAnnotationElementCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getAnnotationElementCount(\r
+    ) {\r
+        return this._annotationElementList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field\r
+     * 'autoCalculated' has the following description: is an\r
+     * autocalculated annotation row\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoCalculated'.\r
+     */\r
+    public boolean getAutoCalculated(\r
+    ) {\r
+        return this._autoCalculated;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'centreColLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'CentreColLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean getCentreColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._centreColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Description'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDescription(\r
+    ) {\r
+        return this._description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'graph'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Graph'.\r
+     */\r
+    public boolean getGraph(\r
+    ) {\r
+        return this._graph;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'graphColour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'GraphColour'.\r
+     */\r
+    public int getGraphColour(\r
+    ) {\r
+        return this._graphColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'graphGroup'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'GraphGroup'.\r
+     */\r
+    public int getGraphGroup(\r
+    ) {\r
+        return this._graphGroup;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'graphType'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'GraphType'.\r
+     */\r
+    public int getGraphType(\r
+    ) {\r
+        return this._graphType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'groupRef'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'GroupRef'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getGroupRef(\r
+    ) {\r
+        return this._groupRef;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'label'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Label'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._label;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'scaleColLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ScaleColLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean getScaleColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._scaleColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'score'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Score'.\r
+     */\r
+    public double getScore(\r
+    ) {\r
+        return this._score;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
+     */\r
+    public boolean getScoreOnly(\r
+    ) {\r
+        return this._scoreOnly;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'sequenceRef'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'SequenceRef'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSequenceRef(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceRef;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showAllColLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowAllColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._showAllColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'thresholdLine'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ThresholdLine'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine getThresholdLine(\r
+    ) {\r
+        return this._thresholdLine;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'visible'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Visible'.\r
+     */\r
+    public boolean getVisible(\r
+    ) {\r
+        return this._visible;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasAutoCalculated.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one AutoCalculated has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasAutoCalculated(\r
+    ) {\r
+        return this._has_autoCalculated;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasCentreColLabels.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one CentreColLabels has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasCentreColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._has_centreColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasGraph.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Graph has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasGraph(\r
+    ) {\r
+        return this._has_graph;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasGraphColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one GraphColour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasGraphColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_graphColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasGraphGroup.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one GraphGroup has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasGraphGroup(\r
+    ) {\r
+        return this._has_graphGroup;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasGraphType.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one GraphType has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasGraphType(\r
+    ) {\r
+        return this._has_graphType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasScaleColLabels.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ScaleColLabels has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasScaleColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._has_scaleColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasScore.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Score has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasScore(\r
+    ) {\r
+        return this._has_score;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasScoreOnly.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ScoreOnly has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasScoreOnly(\r
+    ) {\r
+        return this._has_scoreOnly;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowAllColLabels.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowAllColLabels has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowAllColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showAllColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasVisible.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Visible has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasVisible(\r
+    ) {\r
+        return this._has_visible;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field\r
+     * 'autoCalculated' has the following description: is an\r
+     * autocalculated annotation row\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoCalculated'.\r
+     */\r
+    public boolean isAutoCalculated(\r
+    ) {\r
+        return this._autoCalculated;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'centreColLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'CentreColLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean isCentreColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._centreColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'graph'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Graph'.\r
+     */\r
+    public boolean isGraph(\r
+    ) {\r
+        return this._graph;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'scaleColLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ScaleColLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean isScaleColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._scaleColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
+     */\r
+    public boolean isScoreOnly(\r
+    ) {\r
+        return this._scoreOnly;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showAllColLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowAllColLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._showAllColLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'visible'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Visible'.\r
+     */\r
+    public boolean isVisible(\r
+    ) {\r
+        return this._visible;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllAnnotationElement(\r
+    ) {\r
+        this._annotationElementList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAnnotationElement.\r
+     * \r
+     * @param vAnnotationElement\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeAnnotationElement(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement) {\r
+        boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAnnotationElementAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAnnotationElement\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setAnnotationElement(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAnnotationElementArray\r
+     */\r
+    public void setAnnotationElement(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _annotationElementList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++) {\r
+                this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'autoCalculated'. The field\r
+     * 'autoCalculated' has the following description: is an\r
+     * autocalculated annotation row\r
+     * \r
+     * @param autoCalculated the value of field 'autoCalculated'.\r
+     */\r
+    public void setAutoCalculated(\r
+            final boolean autoCalculated) {\r
+        this._autoCalculated = autoCalculated;\r
+        this._has_autoCalculated = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'centreColLabels'.\r
+     * \r
+     * @param centreColLabels the value of field 'centreColLabels'.\r
+     */\r
+    public void setCentreColLabels(\r
+            final boolean centreColLabels) {\r
+        this._centreColLabels = centreColLabels;\r
+        this._has_centreColLabels = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @param description the value of field 'description'.\r
+     */\r
+    public void setDescription(\r
+            final java.lang.String description) {\r
+        this._description = description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'graph'.\r
+     * \r
+     * @param graph the value of field 'graph'.\r
+     */\r
+    public void setGraph(\r
+            final boolean graph) {\r
+        this._graph = graph;\r
+        this._has_graph = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'graphColour'.\r
+     * \r
+     * @param graphColour the value of field 'graphColour'.\r
+     */\r
+    public void setGraphColour(\r
+            final int graphColour) {\r
+        this._graphColour = graphColour;\r
+        this._has_graphColour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'graphGroup'.\r
+     * \r
+     * @param graphGroup the value of field 'graphGroup'.\r
+     */\r
+    public void setGraphGroup(\r
+            final int graphGroup) {\r
+        this._graphGroup = graphGroup;\r
+        this._has_graphGroup = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'graphType'.\r
+     * \r
+     * @param graphType the value of field 'graphType'.\r
+     */\r
+    public void setGraphType(\r
+            final int graphType) {\r
+        this._graphType = graphType;\r
+        this._has_graphType = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'groupRef'.\r
+     * \r
+     * @param groupRef the value of field 'groupRef'.\r
+     */\r
+    public void setGroupRef(\r
+            final java.lang.String groupRef) {\r
+        this._groupRef = groupRef;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'label'.\r
+     * \r
+     * @param label the value of field 'label'.\r
+     */\r
+    public void setLabel(\r
+            final java.lang.String label) {\r
+        this._label = label;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'scaleColLabels'.\r
+     * \r
+     * @param scaleColLabels the value of field 'scaleColLabels'.\r
+     */\r
+    public void setScaleColLabels(\r
+            final boolean scaleColLabels) {\r
+        this._scaleColLabels = scaleColLabels;\r
+        this._has_scaleColLabels = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'score'.\r
+     * \r
+     * @param score the value of field 'score'.\r
+     */\r
+    public void setScore(\r
+            final double score) {\r
+        this._score = score;\r
+        this._has_score = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'scoreOnly'.\r
+     * \r
+     * @param scoreOnly the value of field 'scoreOnly'.\r
+     */\r
+    public void setScoreOnly(\r
+            final boolean scoreOnly) {\r
+        this._scoreOnly = scoreOnly;\r
+        this._has_scoreOnly = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'sequenceRef'.\r
+     * \r
+     * @param sequenceRef the value of field 'sequenceRef'.\r
+     */\r
+    public void setSequenceRef(\r
+            final java.lang.String sequenceRef) {\r
+        this._sequenceRef = sequenceRef;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showAllColLabels'.\r
+     * \r
+     * @param showAllColLabels the value of field 'showAllColLabels'\r
+     */\r
+    public void setShowAllColLabels(\r
+            final boolean showAllColLabels) {\r
+        this._showAllColLabels = showAllColLabels;\r
+        this._has_showAllColLabels = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'thresholdLine'.\r
+     * \r
+     * @param thresholdLine the value of field 'thresholdLine'.\r
+     */\r
+    public void setThresholdLine(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine thresholdLine) {\r
+        this._thresholdLine = thresholdLine;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'visible'.\r
+     * \r
+     * @param visible the value of field 'visible'.\r
+     */\r
+    public void setVisible(\r
+            final boolean visible) {\r
+        this._visible = visible;\r
+        this._has_visible = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Annotation\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Annotation unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Annotation.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 19f92b8..36f9f93 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,360 +19,344 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AnnotationColours implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _aboveThreshold.\r
-   */\r
-  private int _aboveThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _aboveThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_aboveThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _annotation.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _annotation;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _minColour.\r
-   */\r
-  private int _minColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _minColour\r
-   */\r
-  private boolean _has_minColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _maxColour.\r
-   */\r
-  private int _maxColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _maxColour\r
-   */\r
-  private boolean _has_maxColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colourScheme.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _colourScheme;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _threshold.\r
-   */\r
-  private float _threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _threshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_threshold;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AnnotationColours()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteAboveThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_aboveThreshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMaxColour()\r
-  {\r
-    this._has_maxColour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMinColour()\r
-  {\r
-    this._has_minColour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_threshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'aboveThreshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AboveThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getAboveThreshold()\r
-  {\r
-    return this._aboveThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'annotation'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Annotation'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getAnnotation()\r
-  {\r
-    return this._annotation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourScheme'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourScheme'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getColourScheme()\r
-  {\r
-    return this._colourScheme;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'maxColour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MaxColour'.\r
-   */\r
-  public int getMaxColour()\r
-  {\r
-    return this._maxColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'minColour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MinColour'.\r
-   */\r
-  public int getMinColour()\r
-  {\r
-    return this._minColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Threshold'.\r
-   */\r
-  public float getThreshold()\r
-  {\r
-    return this._threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasAboveThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one AboveThreshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasAboveThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_aboveThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMaxColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one MaxColour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMaxColour()\r
-  {\r
-    return this._has_maxColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMinColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one MinColour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMinColour()\r
-  {\r
-    return this._has_minColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Threshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class AnnotationColours implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _aboveThreshold.\r
+     */\r
+    private int _aboveThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _aboveThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_aboveThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _annotation.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _annotation;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _minColour.\r
+     */\r
+    private int _minColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _minColour\r
+     */\r
+    private boolean _has_minColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _maxColour.\r
+     */\r
+    private int _maxColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _maxColour\r
+     */\r
+    private boolean _has_maxColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourScheme.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _colourScheme;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _threshold.\r
+     */\r
+    private float _threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _threshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_threshold;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AnnotationColours() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteAboveThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_aboveThreshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMaxColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_maxColour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMinColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_minColour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_threshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'aboveThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AboveThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getAboveThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._aboveThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'annotation'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Annotation'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getAnnotation(\r
+    ) {\r
+        return this._annotation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourScheme'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourScheme'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getColourScheme(\r
+    ) {\r
+        return this._colourScheme;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'maxColour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MaxColour'.\r
+     */\r
+    public int getMaxColour(\r
+    ) {\r
+        return this._maxColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'minColour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MinColour'.\r
+     */\r
+    public int getMinColour(\r
+    ) {\r
+        return this._minColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Threshold'.\r
+     */\r
+    public float getThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasAboveThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one AboveThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasAboveThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_aboveThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMaxColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one MaxColour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMaxColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_maxColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMinColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one MinColour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMinColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_minColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Threshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'aboveThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param aboveThreshold the value of field 'aboveThreshold'.\r
+     */\r
+    public void setAboveThreshold(\r
+            final int aboveThreshold) {\r
+        this._aboveThreshold = aboveThreshold;\r
+        this._has_aboveThreshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'annotation'.\r
+     * \r
+     * @param annotation the value of field 'annotation'.\r
+     */\r
+    public void setAnnotation(\r
+            final java.lang.String annotation) {\r
+        this._annotation = annotation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colourScheme'.\r
+     * \r
+     * @param colourScheme the value of field 'colourScheme'.\r
+     */\r
+    public void setColourScheme(\r
+            final java.lang.String colourScheme) {\r
+        this._colourScheme = colourScheme;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'maxColour'.\r
+     * \r
+     * @param maxColour the value of field 'maxColour'.\r
+     */\r
+    public void setMaxColour(\r
+            final int maxColour) {\r
+        this._maxColour = maxColour;\r
+        this._has_maxColour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'minColour'.\r
+     * \r
+     * @param minColour the value of field 'minColour'.\r
+     */\r
+    public void setMinColour(\r
+            final int minColour) {\r
+        this._minColour = minColour;\r
+        this._has_minColour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
+     */\r
+    public void setThreshold(\r
+            final float threshold) {\r
+        this._threshold = threshold;\r
+        this._has_threshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'aboveThreshold'.\r
-   * \r
-   * @param aboveThreshold\r
-   *          the value of field 'aboveThreshold'.\r
-   */\r
-  public void setAboveThreshold(final int aboveThreshold)\r
-  {\r
-    this._aboveThreshold = aboveThreshold;\r
-    this._has_aboveThreshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'annotation'.\r
-   * \r
-   * @param annotation\r
-   *          the value of field 'annotation'.\r
-   */\r
-  public void setAnnotation(final java.lang.String annotation)\r
-  {\r
-    this._annotation = annotation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colourScheme'.\r
-   * \r
-   * @param colourScheme\r
-   *          the value of field 'colourScheme'.\r
-   */\r
-  public void setColourScheme(final java.lang.String colourScheme)\r
-  {\r
-    this._colourScheme = colourScheme;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'maxColour'.\r
-   * \r
-   * @param maxColour\r
-   *          the value of field 'maxColour'.\r
-   */\r
-  public void setMaxColour(final int maxColour)\r
-  {\r
-    this._maxColour = maxColour;\r
-    this._has_maxColour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'minColour'.\r
-   * \r
-   * @param minColour\r
-   *          the value of field 'minColour'.\r
-   */\r
-  public void setMinColour(final int minColour)\r
-  {\r
-    this._minColour = minColour;\r
-    this._has_minColour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @param threshold\r
-   *          the value of field 'threshold'.\r
-   */\r
-  public void setThreshold(final float threshold)\r
-  {\r
-    this._threshold = threshold;\r
-    this._has_threshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(\r
-                    jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 5f2ab2c..eca3e6a 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,338 +19,322 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AnnotationElement implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _position.\r
-   */\r
-  private int _position;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _position\r
-   */\r
-  private boolean _has_position;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colour.\r
-   */\r
-  private int _colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colour\r
-   */\r
-  private boolean _has_colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _displayCharacter.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _displayCharacter;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _description;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _secondaryStructure;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _value.\r
-   */\r
-  private float _value;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _value\r
-   */\r
-  private boolean _has_value;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AnnotationElement()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColour()\r
-  {\r
-    this._has_colour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deletePosition()\r
-  {\r
-    this._has_position = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteValue()\r
-  {\r
-    this._has_value = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Colour'.\r
-   */\r
-  public int getColour()\r
-  {\r
-    return this._colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Description'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDescription()\r
-  {\r
-    return this._description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'displayCharacter'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DisplayCharacter'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDisplayCharacter()\r
-  {\r
-    return this._displayCharacter;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'position'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Position'.\r
-   */\r
-  public int getPosition()\r
-  {\r
-    return this._position;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'secondaryStructure'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'SecondaryStructure'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSecondaryStructure()\r
-  {\r
-    return this._secondaryStructure;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Value'.\r
-   */\r
-  public float getValue()\r
-  {\r
-    return this._value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Colour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColour()\r
-  {\r
-    return this._has_colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPosition.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Position has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasPosition()\r
-  {\r
-    return this._has_position;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasValue.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Value has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasValue()\r
-  {\r
-    return this._has_value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _position.\r
+     */\r
+    private int _position;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _position\r
+     */\r
+    private boolean _has_position;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colour.\r
+     */\r
+    private int _colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colour\r
+     */\r
+    private boolean _has_colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _displayCharacter.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _displayCharacter;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _description.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _description;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _secondaryStructure.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _secondaryStructure;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _value.\r
+     */\r
+    private float _value;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _value\r
+     */\r
+    private boolean _has_value;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AnnotationElement() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_colour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deletePosition(\r
+    ) {\r
+        this._has_position= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteValue(\r
+    ) {\r
+        this._has_value= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Colour'.\r
+     */\r
+    public int getColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Description'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDescription(\r
+    ) {\r
+        return this._description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'displayCharacter'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'DisplayCharacter'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDisplayCharacter(\r
+    ) {\r
+        return this._displayCharacter;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'position'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Position'.\r
+     */\r
+    public int getPosition(\r
+    ) {\r
+        return this._position;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'secondaryStructure'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'SecondaryStructure'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSecondaryStructure(\r
+    ) {\r
+        return this._secondaryStructure;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Value'.\r
+     */\r
+    public float getValue(\r
+    ) {\r
+        return this._value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Colour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPosition.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Position has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasPosition(\r
+    ) {\r
+        return this._has_position;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasValue.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Value has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasValue(\r
+    ) {\r
+        return this._has_value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @param colour the value of field 'colour'.\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final int colour) {\r
+        this._colour = colour;\r
+        this._has_colour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @param description the value of field 'description'.\r
+     */\r
+    public void setDescription(\r
+            final java.lang.String description) {\r
+        this._description = description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'displayCharacter'.\r
+     * \r
+     * @param displayCharacter the value of field 'displayCharacter'\r
+     */\r
+    public void setDisplayCharacter(\r
+            final java.lang.String displayCharacter) {\r
+        this._displayCharacter = displayCharacter;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'position'.\r
+     * \r
+     * @param position the value of field 'position'.\r
+     */\r
+    public void setPosition(\r
+            final int position) {\r
+        this._position = position;\r
+        this._has_position = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'secondaryStructure'.\r
+     * \r
+     * @param secondaryStructure the value of field\r
+     * 'secondaryStructure'.\r
+     */\r
+    public void setSecondaryStructure(\r
+            final java.lang.String secondaryStructure) {\r
+        this._secondaryStructure = secondaryStructure;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @param value the value of field 'value'.\r
+     */\r
+    public void setValue(\r
+            final float value) {\r
+        this._value = value;\r
+        this._has_value = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @param colour\r
-   *          the value of field 'colour'.\r
-   */\r
-  public void setColour(final int colour)\r
-  {\r
-    this._colour = colour;\r
-    this._has_colour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @param description\r
-   *          the value of field 'description'.\r
-   */\r
-  public void setDescription(final java.lang.String description)\r
-  {\r
-    this._description = description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'displayCharacter'.\r
-   * \r
-   * @param displayCharacter\r
-   *          the value of field 'displayCharacter'\r
-   */\r
-  public void setDisplayCharacter(final java.lang.String displayCharacter)\r
-  {\r
-    this._displayCharacter = displayCharacter;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'position'.\r
-   * \r
-   * @param position\r
-   *          the value of field 'position'.\r
-   */\r
-  public void setPosition(final int position)\r
-  {\r
-    this._position = position;\r
-    this._has_position = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'secondaryStructure'.\r
-   * \r
-   * @param secondaryStructure\r
-   *          the value of field 'secondaryStructure'.\r
-   */\r
-  public void setSecondaryStructure(\r
-          final java.lang.String secondaryStructure)\r
-  {\r
-    this._secondaryStructure = secondaryStructure;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @param value\r
-   *          the value of field 'value'.\r
-   */\r
-  public void setValue(final float value)\r
-  {\r
-    this._value = value;\r
-    this._has_value = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(\r
-                    jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 7f4a6b1..d7650a0 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,481 +19,465 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Colour implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _name.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _name;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _RGB.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _RGB;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _minRGB.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _minRGB;\r
-\r
-  /**\r
-   * loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
-   */\r
-  private java.lang.String _threshType;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _threshold.\r
-   */\r
-  private float _threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _threshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _max.\r
-   */\r
-  private float _max;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _max\r
-   */\r
-  private boolean _has_max;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _min.\r
-   */\r
-  private float _min;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _min\r
-   */\r
-  private boolean _has_min;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colourByLabel.\r
-   */\r
-  private boolean _colourByLabel;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colourByLabel\r
-   */\r
-  private boolean _has_colourByLabel;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _autoScale.\r
-   */\r
-  private boolean _autoScale;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _autoScale\r
-   */\r
-  private boolean _has_autoScale;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Colour()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteAutoScale()\r
-  {\r
-    this._has_autoScale = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColourByLabel()\r
-  {\r
-    this._has_colourByLabel = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMax()\r
-  {\r
-    this._has_max = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMin()\r
-  {\r
-    this._has_min = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_threshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoScale'.\r
-   */\r
-  public boolean getAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
-   */\r
-  public boolean getColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'max'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Max'.\r
-   */\r
-  public float getMax()\r
-  {\r
-    return this._max;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'min'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Min'.\r
-   */\r
-  public float getMin()\r
-  {\r
-    return this._min;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'minRGB'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MinRGB'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getMinRGB()\r
-  {\r
-    return this._minRGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Name'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getName()\r
-  {\r
-    return this._name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'RGB'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'RGB'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getRGB()\r
-  {\r
-    return this._RGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshType'. The field 'threshType' has the\r
-   * following description: loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ThreshType'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getThreshType()\r
-  {\r
-    return this._threshType;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Threshold'.\r
-   */\r
-  public float getThreshold()\r
-  {\r
-    return this._threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasAutoScale.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one AutoScale has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._has_autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColourByLabel.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ColourByLabel has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._has_colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMax.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Max has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMax()\r
-  {\r
-    return this._has_max;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMin.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Min has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMin()\r
-  {\r
-    return this._has_min;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Threshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoScale'.\r
-   */\r
-  public boolean isAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
-   */\r
-  public boolean isColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @param autoScale\r
-   *          the value of field 'autoScale'.\r
-   */\r
-  public void setAutoScale(final boolean autoScale)\r
-  {\r
-    this._autoScale = autoScale;\r
-    this._has_autoScale = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @param colourByLabel\r
-   *          the value of field 'colourByLabel'.\r
-   */\r
-  public void setColourByLabel(final boolean colourByLabel)\r
-  {\r
-    this._colourByLabel = colourByLabel;\r
-    this._has_colourByLabel = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'max'.\r
-   * \r
-   * @param max\r
-   *          the value of field 'max'.\r
-   */\r
-  public void setMax(final float max)\r
-  {\r
-    this._max = max;\r
-    this._has_max = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'min'.\r
-   * \r
-   * @param min\r
-   *          the value of field 'min'.\r
-   */\r
-  public void setMin(final float min)\r
-  {\r
-    this._min = min;\r
-    this._has_min = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'minRGB'.\r
-   * \r
-   * @param minRGB\r
-   *          the value of field 'minRGB'.\r
-   */\r
-  public void setMinRGB(final java.lang.String minRGB)\r
-  {\r
-    this._minRGB = minRGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @param name\r
-   *          the value of field 'name'.\r
-   */\r
-  public void setName(final java.lang.String name)\r
-  {\r
-    this._name = name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'RGB'.\r
-   * \r
-   * @param RGB\r
-   *          the value of field 'RGB'.\r
-   */\r
-  public void setRGB(final java.lang.String RGB)\r
-  {\r
-    this._RGB = RGB;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshType'. The field 'threshType' has the\r
-   * following description: loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
-   * \r
-   * @param threshType\r
-   *          the value of field 'threshType'.\r
-   */\r
-  public void setThreshType(final java.lang.String threshType)\r
-  {\r
-    this._threshType = threshType;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @param threshold\r
-   *          the value of field 'threshold'.\r
-   */\r
-  public void setThreshold(final float threshold)\r
-  {\r
-    this._threshold = threshold;\r
-    this._has_threshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Colour\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Colour unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Colour) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Colour.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class Colour implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _name.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _name;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _RGB.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _RGB;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _minRGB.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _minRGB;\r
+\r
+    /**\r
+     * loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     */\r
+    private java.lang.String _threshType;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _threshold.\r
+     */\r
+    private float _threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _threshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _max.\r
+     */\r
+    private float _max;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _max\r
+     */\r
+    private boolean _has_max;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _min.\r
+     */\r
+    private float _min;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _min\r
+     */\r
+    private boolean _has_min;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourByLabel.\r
+     */\r
+    private boolean _colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colourByLabel\r
+     */\r
+    private boolean _has_colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _autoScale.\r
+     */\r
+    private boolean _autoScale;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _autoScale\r
+     */\r
+    private boolean _has_autoScale;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Colour() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteAutoScale(\r
+    ) {\r
+        this._has_autoScale= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        this._has_colourByLabel= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMax(\r
+    ) {\r
+        this._has_max= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMin(\r
+    ) {\r
+        this._has_min= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_threshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean getAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean getColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Max'.\r
+     */\r
+    public float getMax(\r
+    ) {\r
+        return this._max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Min'.\r
+     */\r
+    public float getMin(\r
+    ) {\r
+        return this._min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'minRGB'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MinRGB'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getMinRGB(\r
+    ) {\r
+        return this._minRGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
+        return this._name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'RGB'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'RGB'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getRGB(\r
+    ) {\r
+        return this._RGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshType'. The field\r
+     * 'threshType' has the following description: loosely\r
+     * specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ThreshType'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getThreshType(\r
+    ) {\r
+        return this._threshType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Threshold'.\r
+     */\r
+    public float getThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasAutoScale.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one AutoScale has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._has_autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColourByLabel.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ColourByLabel has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMax.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Max has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMax(\r
+    ) {\r
+        return this._has_max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMin.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Min has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMin(\r
+    ) {\r
+        return this._has_min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Threshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean isAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean isColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @param autoScale the value of field 'autoScale'.\r
+     */\r
+    public void setAutoScale(\r
+            final boolean autoScale) {\r
+        this._autoScale = autoScale;\r
+        this._has_autoScale = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @param colourByLabel the value of field 'colourByLabel'.\r
+     */\r
+    public void setColourByLabel(\r
+            final boolean colourByLabel) {\r
+        this._colourByLabel = colourByLabel;\r
+        this._has_colourByLabel = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @param max the value of field 'max'.\r
+     */\r
+    public void setMax(\r
+            final float max) {\r
+        this._max = max;\r
+        this._has_max = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @param min the value of field 'min'.\r
+     */\r
+    public void setMin(\r
+            final float min) {\r
+        this._min = min;\r
+        this._has_min = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'minRGB'.\r
+     * \r
+     * @param minRGB the value of field 'minRGB'.\r
+     */\r
+    public void setMinRGB(\r
+            final java.lang.String minRGB) {\r
+        this._minRGB = minRGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @param name the value of field 'name'.\r
+     */\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
+        this._name = name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'RGB'.\r
+     * \r
+     * @param RGB the value of field 'RGB'.\r
+     */\r
+    public void setRGB(\r
+            final java.lang.String RGB) {\r
+        this._RGB = RGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshType'. The field 'threshType'\r
+     * has the following description: loosely specified\r
+     * enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     * \r
+     * @param threshType the value of field 'threshType'.\r
+     */\r
+    public void setThreshType(\r
+            final java.lang.String threshType) {\r
+        this._threshType = threshType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
+     */\r
+    public void setThreshold(\r
+            final float threshold) {\r
+        this._threshold = threshold;\r
+        this._has_threshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Colour\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Colour unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Colour) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Colour.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 155d162..4d67250 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,215 +19,201 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class DBRef implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _source.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _source;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _version.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _version;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _accessionId.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _accessionId;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _mapping.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public DBRef()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'accessionId'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AccessionId'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getAccessionId()\r
-  {\r
-    return this._accessionId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'mapping'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Mapping'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping()\r
-  {\r
-    return this._mapping;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'source'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Source'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSource()\r
-  {\r
-    return this._source;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'version'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Version'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getVersion()\r
-  {\r
-    return this._version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class DBRef implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _source.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _source;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _version.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _version;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _accessionId.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _accessionId;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _mapping.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public DBRef() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'accessionId'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AccessionId'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getAccessionId(\r
+    ) {\r
+        return this._accessionId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'mapping'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Mapping'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping(\r
+    ) {\r
+        return this._mapping;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'source'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Source'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSource(\r
+    ) {\r
+        return this._source;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'version'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Version'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getVersion(\r
+    ) {\r
+        return this._version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'accessionId'.\r
+     * \r
+     * @param accessionId the value of field 'accessionId'.\r
+     */\r
+    public void setAccessionId(\r
+            final java.lang.String accessionId) {\r
+        this._accessionId = accessionId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'mapping'.\r
+     * \r
+     * @param mapping the value of field 'mapping'.\r
+     */\r
+    public void setMapping(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping) {\r
+        this._mapping = mapping;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'source'.\r
+     * \r
+     * @param source the value of field 'source'.\r
+     */\r
+    public void setSource(\r
+            final java.lang.String source) {\r
+        this._source = source;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'version'.\r
+     * \r
+     * @param version the value of field 'version'.\r
+     */\r
+    public void setVersion(\r
+            final java.lang.String version) {\r
+        this._version = version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.DBRef\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.DBRef unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'accessionId'.\r
-   * \r
-   * @param accessionId\r
-   *          the value of field 'accessionId'.\r
-   */\r
-  public void setAccessionId(final java.lang.String accessionId)\r
-  {\r
-    this._accessionId = accessionId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'mapping'.\r
-   * \r
-   * @param mapping\r
-   *          the value of field 'mapping'.\r
-   */\r
-  public void setMapping(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping)\r
-  {\r
-    this._mapping = mapping;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'source'.\r
-   * \r
-   * @param source\r
-   *          the value of field 'source'.\r
-   */\r
-  public void setSource(final java.lang.String source)\r
-  {\r
-    this._source = source;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'version'.\r
-   * \r
-   * @param version\r
-   *          the value of field 'version'.\r
-   */\r
-  public void setVersion(final java.lang.String version)\r
-  {\r
-    this._version = version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.DBRef\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.DBRef unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index ebd7424..109ec6e 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,530 +19,501 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Feature implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _begin.\r
-   */\r
-  private int _begin;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _begin\r
-   */\r
-  private boolean _has_begin;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _end.\r
-   */\r
-  private int _end;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _end\r
-   */\r
-  private boolean _has_end;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _type.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _type;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _description.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _description;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _status.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _status;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _featureGroup.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _featureGroup;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _score.\r
-   */\r
-  private float _score;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _score\r
-   */\r
-  private boolean _has_score;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _otherDataList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _otherDataList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Feature()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._otherDataList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vOtherData\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addOtherData(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._otherDataList.addElement(vOtherData);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vOtherData\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addOtherData(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._otherDataList.add(index, vOtherData);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteBegin()\r
-  {\r
-    this._has_begin = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteEnd()\r
-  {\r
-    this._has_end = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteScore()\r
-  {\r
-    this._has_score = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateOtherData.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.OtherData\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateOtherData()\r
-  {\r
-    return this._otherDataList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'begin'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Begin'.\r
-   */\r
-  public int getBegin()\r
-  {\r
-    return this._begin;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Description'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDescription()\r
-  {\r
-    return this._description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'End'.\r
-   */\r
-  public int getEnd()\r
-  {\r
-    return this._end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'featureGroup'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FeatureGroup'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getFeatureGroup()\r
-  {\r
-    return this._featureGroup;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getOtherData.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.OtherData at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.OtherData getOtherData(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._otherDataList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getOtherData: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._otherDataList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) _otherDataList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getOtherData.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.OtherData[] getOtherData()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.OtherData[] array = new jalview.schemabinding.version2.OtherData[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.OtherData[]) this._otherDataList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getOtherDataCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getOtherDataCount()\r
-  {\r
-    return this._otherDataList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'score'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Score'.\r
-   */\r
-  public float getScore()\r
-  {\r
-    return this._score;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'status'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Status'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getStatus()\r
-  {\r
-    return this._status;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'type'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Type'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getType()\r
-  {\r
-    return this._type;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasBegin.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Begin has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasBegin()\r
-  {\r
-    return this._has_begin;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasEnd.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one End has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasEnd()\r
-  {\r
-    return this._has_end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasScore.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Score has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasScore()\r
-  {\r
-    return this._has_score;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllOtherData()\r
-  {\r
-    this._otherDataList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeOtherData.\r
-   * \r
-   * @param vOtherData\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeOtherData(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
-  {\r
-    boolean removed = _otherDataList.remove(vOtherData);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeOtherDataAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.OtherData removeOtherDataAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._otherDataList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'begin'.\r
-   * \r
-   * @param begin\r
-   *          the value of field 'begin'.\r
-   */\r
-  public void setBegin(final int begin)\r
-  {\r
-    this._begin = begin;\r
-    this._has_begin = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @param description\r
-   *          the value of field 'description'.\r
-   */\r
-  public void setDescription(final java.lang.String description)\r
-  {\r
-    this._description = description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @param end\r
-   *          the value of field 'end'.\r
-   */\r
-  public void setEnd(final int end)\r
-  {\r
-    this._end = end;\r
-    this._has_end = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'featureGroup'.\r
-   * \r
-   * @param featureGroup\r
-   *          the value of field 'featureGroup'.\r
-   */\r
-  public void setFeatureGroup(final java.lang.String featureGroup)\r
-  {\r
-    this._featureGroup = featureGroup;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vOtherData\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setOtherData(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._otherDataList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setOtherData: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._otherDataList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._otherDataList.set(index, vOtherData);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vOtherDataArray\r
-   */\r
-  public void setOtherData(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.OtherData[] vOtherDataArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _otherDataList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vOtherDataArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._otherDataList.add(vOtherDataArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'score'.\r
-   * \r
-   * @param score\r
-   *          the value of field 'score'.\r
-   */\r
-  public void setScore(final float score)\r
-  {\r
-    this._score = score;\r
-    this._has_score = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'status'.\r
-   * \r
-   * @param status\r
-   *          the value of field 'status'.\r
-   */\r
-  public void setStatus(final java.lang.String status)\r
-  {\r
-    this._status = status;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'type'.\r
-   * \r
-   * @param type\r
-   *          the value of field 'type'.\r
-   */\r
-  public void setType(final java.lang.String type)\r
-  {\r
-    this._type = type;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Featur\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Feature unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Feature) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Feature.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class Feature implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _begin.\r
+     */\r
+    private int _begin;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _begin\r
+     */\r
+    private boolean _has_begin;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _end.\r
+     */\r
+    private int _end;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _end\r
+     */\r
+    private boolean _has_end;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _type.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _type;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _description.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _description;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _status.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _status;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _featureGroup.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _featureGroup;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _score.\r
+     */\r
+    private float _score;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _score\r
+     */\r
+    private boolean _has_score;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _otherDataList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _otherDataList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Feature() {\r
+        super();\r
+        this._otherDataList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vOtherData\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addOtherData(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._otherDataList.addElement(vOtherData);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vOtherData\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addOtherData(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._otherDataList.add(index, vOtherData);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteBegin(\r
+    ) {\r
+        this._has_begin= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteEnd(\r
+    ) {\r
+        this._has_end= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteScore(\r
+    ) {\r
+        this._has_score= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateOtherData.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.OtherData elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateOtherData(\r
+    ) {\r
+        return this._otherDataList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'begin'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Begin'.\r
+     */\r
+    public int getBegin(\r
+    ) {\r
+        return this._begin;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Description'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDescription(\r
+    ) {\r
+        return this._description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'End'.\r
+     */\r
+    public int getEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'featureGroup'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FeatureGroup'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getFeatureGroup(\r
+    ) {\r
+        return this._featureGroup;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getOtherData.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.OtherData at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.OtherData getOtherData(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._otherDataList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getOtherData: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._otherDataList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) _otherDataList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getOtherData.Returns the contents of the collection\r
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.OtherData[] getOtherData(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.OtherData[] array = new jalview.schemabinding.version2.OtherData[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.OtherData[]) this._otherDataList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getOtherDataCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getOtherDataCount(\r
+    ) {\r
+        return this._otherDataList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'score'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Score'.\r
+     */\r
+    public float getScore(\r
+    ) {\r
+        return this._score;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'status'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Status'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getStatus(\r
+    ) {\r
+        return this._status;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'type'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Type'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getType(\r
+    ) {\r
+        return this._type;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasBegin.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Begin has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasBegin(\r
+    ) {\r
+        return this._has_begin;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasEnd.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one End has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._has_end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasScore.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Score has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasScore(\r
+    ) {\r
+        return this._has_score;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllOtherData(\r
+    ) {\r
+        this._otherDataList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeOtherData.\r
+     * \r
+     * @param vOtherData\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeOtherData(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData) {\r
+        boolean removed = _otherDataList.remove(vOtherData);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeOtherDataAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.OtherData removeOtherDataAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._otherDataList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'begin'.\r
+     * \r
+     * @param begin the value of field 'begin'.\r
+     */\r
+    public void setBegin(\r
+            final int begin) {\r
+        this._begin = begin;\r
+        this._has_begin = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @param description the value of field 'description'.\r
+     */\r
+    public void setDescription(\r
+            final java.lang.String description) {\r
+        this._description = description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @param end the value of field 'end'.\r
+     */\r
+    public void setEnd(\r
+            final int end) {\r
+        this._end = end;\r
+        this._has_end = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'featureGroup'.\r
+     * \r
+     * @param featureGroup the value of field 'featureGroup'.\r
+     */\r
+    public void setFeatureGroup(\r
+            final java.lang.String featureGroup) {\r
+        this._featureGroup = featureGroup;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vOtherData\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setOtherData(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.OtherData vOtherData)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._otherDataList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setOtherData: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._otherDataList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._otherDataList.set(index, vOtherData);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vOtherDataArray\r
+     */\r
+    public void setOtherData(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.OtherData[] vOtherDataArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _otherDataList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vOtherDataArray.length; i++) {\r
+                this._otherDataList.add(vOtherDataArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'score'.\r
+     * \r
+     * @param score the value of field 'score'.\r
+     */\r
+    public void setScore(\r
+            final float score) {\r
+        this._score = score;\r
+        this._has_score = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'status'.\r
+     * \r
+     * @param status the value of field 'status'.\r
+     */\r
+    public void setStatus(\r
+            final java.lang.String status) {\r
+        this._status = status;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'type'.\r
+     * \r
+     * @param type the value of field 'type'.\r
+     */\r
+    public void setType(\r
+            final java.lang.String type) {\r
+        this._type = type;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Featur\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Feature unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Feature) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Feature.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 9bacca3..5ce4054 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,444 +19,414 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class FeatureSettings implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _settingList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _settingList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _groupList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _groupList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public FeatureSettings()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._settingList = new java.util.Vector();\r
-    this._groupList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vGroup\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addGroup(final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._groupList.addElement(vGroup);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vGroup\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addGroup(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._groupList.add(index, vGroup);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSetting\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSetting(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._settingList.addElement(vSetting);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSetting\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSetting(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._settingList.add(index, vSetting);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateGroup.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Group\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateGroup()\r
-  {\r
-    return this._groupList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateSetting.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Setting\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateSetting()\r
-  {\r
-    return this._settingList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getGroup.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Group at the given\r
-   *         index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Group getGroup(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._groupList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getGroup: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");\r
+public class FeatureSettings implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _settingList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _settingList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _groupList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _groupList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public FeatureSettings() {\r
+        super();\r
+        this._settingList = new java.util.Vector();\r
+        this._groupList = new java.util.Vector();\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Group) _groupList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getGroup.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Group[] getGroup()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Group[] array = new jalview.schemabinding.version2.Group[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Group[]) this._groupList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getGroupCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getGroupCount()\r
-  {\r
-    return this._groupList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSetting.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Setting at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Setting getSetting(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._settingList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vGroup\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addGroup(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._groupList.addElement(vGroup);\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting) _settingList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSetting.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Setting[] getSetting()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Setting[] array = new jalview.schemabinding.version2.Setting[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting[]) this._settingList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSettingCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getSettingCount()\r
-  {\r
-    return this._settingList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vGroup\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addGroup(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._groupList.add(index, vGroup);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSetting\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-  public void removeAllGroup()\r
-  {\r
-    this._groupList.clear();\r
-  }\r
+    public void addSetting(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._settingList.addElement(vSetting);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSetting\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-  public void removeAllSetting()\r
-  {\r
-    this._settingList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeGroup.\r
-   * \r
-   * @param vGroup\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeGroup(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
-  {\r
-    boolean removed = _groupList.remove(vGroup);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeGroupAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Group removeGroupAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._groupList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Group) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSetting.\r
-   * \r
-   * @param vSetting\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeSetting(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
-  {\r
-    boolean removed = _settingList.remove(vSetting);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSettingAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Setting removeSettingAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vGroup\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setGroup(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._groupList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setGroup: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");\r
+    public void addSetting(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._settingList.add(index, vSetting);\r
     }\r
 \r
-    this._groupList.set(index, vGroup);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vGroupArray\r
-   */\r
-  public void setGroup(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Group[] vGroupArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _groupList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vGroupArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._groupList.add(vGroupArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Method enumerateGroup.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Group elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateGroup(\r
+    ) {\r
+        return this._groupList.elements();\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSetting\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setSetting(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._settingList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateSetting.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Setting elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateSetting(\r
+    ) {\r
+        return this._settingList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getGroup.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Group at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Group getGroup(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._groupList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Group) _groupList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getGroup.Returns the contents of the collection in an\r
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Group[] getGroup(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Group[] array = new jalview.schemabinding.version2.Group[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Group[]) this._groupList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getGroupCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getGroupCount(\r
+    ) {\r
+        return this._groupList.size();\r
     }\r
 \r
-    this._settingList.set(index, vSetting);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSettingArray\r
-   */\r
-  public void setSetting(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting[] vSettingArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _settingList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._settingList.add(vSettingArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Method getSetting.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Setting at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Setting getSetting(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) _settingList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSetting.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Setting[] getSetting(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Setting[] array = new jalview.schemabinding.version2.Setting[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting[]) this._settingList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSettingCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getSettingCount(\r
+    ) {\r
+        return this._settingList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllGroup(\r
+    ) {\r
+        this._groupList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllSetting(\r
+    ) {\r
+        this._settingList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeGroup.\r
+     * \r
+     * @param vGroup\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeGroup(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup) {\r
+        boolean removed = _groupList.remove(vGroup);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeGroupAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Group removeGroupAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._groupList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Group) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSetting.\r
+     * \r
+     * @param vSetting\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeSetting(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting) {\r
+        boolean removed = _settingList.remove(vSetting);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSettingAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Setting removeSettingAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vGroup\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setGroup(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._groupList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._groupList.set(index, vGroup);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vGroupArray\r
+     */\r
+    public void setGroup(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Group[] vGroupArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _groupList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vGroupArray.length; i++) {\r
+                this._groupList.add(vGroupArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSetting\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setSetting(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._settingList.set(index, vSetting);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSettingArray\r
+     */\r
+    public void setSetting(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Setting[] vSettingArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _settingList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++) {\r
+                this._settingList.add(vSettingArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(\r
-                    jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 790ecfa..47b28a3 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,106 +19,98 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Features extends Feature implements java.io.Serializable\r
+public class Features extends Feature \r
+implements java.io.Serializable\r
 {\r
 \r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
 \r
-  public Features()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
+    public Features() {\r
+        super();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Featur\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Feature unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Feature) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Features.class, reader);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Featur\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Feature unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Feature) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Features.class, reader);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index e446cb2..826667e 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,195 +19,184 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Group implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _name;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
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-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _display\r
-   */\r
-  private boolean _has_display;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Group()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
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-\r
-  /**\r
+public class Group implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _name.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _name;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _display.\r
+     */\r
+    private boolean _display;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _display\r
+     */\r
+    private boolean _has_display;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Group() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteDisplay(\r
+    ) {\r
+        this._has_display= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'display'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Display'.\r
+     */\r
+    public boolean getDisplay(\r
+    ) {\r
+        return this._display;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
+        return this._name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasDisplay.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Display has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasDisplay(\r
+    ) {\r
+        return this._has_display;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'display'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Display'.\r
+     */\r
+    public boolean isDisplay(\r
+    ) {\r
+        return this._display;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'display'.\r
+     * \r
+     * @param display the value of field 'display'.\r
+     */\r
+    public void setDisplay(\r
+            final boolean display) {\r
+        this._display = display;\r
+        this._has_display = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @param name the value of field 'name'.\r
+     */\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
+        this._name = name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Group\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Group unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Group) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Group.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-  public void deleteDisplay()\r
-  {\r
-    this._has_display = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'display'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Display'.\r
-   */\r
-  public boolean getDisplay()\r
-  {\r
-    return this._display;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Name'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getName()\r
-  {\r
-    return this._name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasDisplay.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Display has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasDisplay()\r
-  {\r
-    return this._has_display;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'display'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Display'.\r
-   */\r
-  public boolean isDisplay()\r
-  {\r
-    return this._display;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'display'.\r
-   * \r
-   * @param display\r
-   *          the value of field 'display'.\r
-   */\r
-  public void setDisplay(final boolean display)\r
-  {\r
-    this._display = display;\r
-    this._has_display = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @param name\r
-   *          the value of field 'name'.\r
-   */\r
-  public void setName(final java.lang.String name)\r
-  {\r
-    this._name = name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Group\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Group unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Group) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Group.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index ea6f422..716bfbc 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,209 +19,198 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class HiddenColumns implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _start.\r
-   */\r
-  private int _start;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _start\r
-   */\r
-  private boolean _has_start;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _end.\r
-   */\r
-  private int _end;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _end\r
-   */\r
-  private boolean _has_end;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public HiddenColumns()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteEnd()\r
-  {\r
-    this._has_end = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteStart()\r
-  {\r
-    this._has_start = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'End'.\r
-   */\r
-  public int getEnd()\r
-  {\r
-    return this._end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Start'.\r
-   */\r
-  public int getStart()\r
-  {\r
-    return this._start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasEnd.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one End has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasEnd()\r
-  {\r
-    return this._has_end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStart.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Start has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasStart()\r
-  {\r
-    return this._has_start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class HiddenColumns implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _start.\r
+     */\r
+    private int _start;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _start\r
+     */\r
+    private boolean _has_start;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _end.\r
+     */\r
+    private int _end;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _end\r
+     */\r
+    private boolean _has_end;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public HiddenColumns() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteEnd(\r
+    ) {\r
+        this._has_end= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteStart(\r
+    ) {\r
+        this._has_start= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'End'.\r
+     */\r
+    public int getEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Start'.\r
+     */\r
+    public int getStart(\r
+    ) {\r
+        return this._start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasEnd.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one End has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._has_end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStart.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Start has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStart(\r
+    ) {\r
+        return this._has_start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @param end the value of field 'end'.\r
+     */\r
+    public void setEnd(\r
+            final int end) {\r
+        this._end = end;\r
+        this._has_end = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @param start the value of field 'start'.\r
+     */\r
+    public void setStart(\r
+            final int start) {\r
+        this._start = start;\r
+        this._has_start = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @param end\r
-   *          the value of field 'end'.\r
-   */\r
-  public void setEnd(final int end)\r
-  {\r
-    this._end = end;\r
-    this._has_end = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @param start\r
-   *          the value of field 'start'.\r
-   */\r
-  public void setStart(final int start)\r
-  {\r
-    this._start = start;\r
-    this._has_start = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 4da0f75..309e704 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,1156 +19,1132 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JGroup implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _start.\r
-   */\r
-  private int _start;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _start\r
-   */\r
-  private boolean _has_start;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _end.\r
-   */\r
-  private int _end;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _end\r
-   */\r
-  private boolean _has_end;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _name.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _name;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colour.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _consThreshold.\r
-   */\r
-  private int _consThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _consThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_consThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pidThreshold.\r
-   */\r
-  private int _pidThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_pidThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _outlineColour.\r
-   */\r
-  private int _outlineColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _outlineColour\r
-   */\r
-  private boolean _has_outlineColour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _displayBoxes.\r
-   */\r
-  private boolean _displayBoxes;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
-   */\r
-  private boolean _has_displayBoxes;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _displayText.\r
-   */\r
-  private boolean _displayText;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _displayText\r
-   */\r
-  private boolean _has_displayText;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colourText.\r
-   */\r
-  private boolean _colourText;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colourText\r
-   */\r
-  private boolean _has_colourText;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textCol1.\r
-   */\r
-  private int _textCol1;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textCol1\r
-   */\r
-  private boolean _has_textCol1;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textCol2.\r
-   */\r
-  private int _textCol2;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textCol2\r
-   */\r
-  private boolean _has_textCol2;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textColThreshold.\r
-   */\r
-  private int _textColThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_textColThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showUnconserved.\r
-   */\r
-  private boolean _showUnconserved;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
-   */\r
-  private boolean _has_showUnconserved;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
-   */\r
-  private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
-   */\r
-  private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showConsensusHistogram.\r
-   */\r
-  private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
-   */\r
-  private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showSequenceLogo.\r
-   */\r
-  private boolean _showSequenceLogo = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
-   */\r
-  private boolean _has_showSequenceLogo;\r
-\r
-  /**\r
-   * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)\r
-   * \r
-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _seqList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _seqList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JGroup()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._seqList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSeq\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSeq(final java.lang.String vSeq)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._seqList.addElement(vSeq);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSeq\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._seqList.add(index, vSeq);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColourText()\r
-  {\r
-    this._has_colourText = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteConsThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_consThreshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteDisplayBoxes()\r
-  {\r
-    this._has_displayBoxes = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteDisplayText()\r
-  {\r
-    this._has_displayText = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteEnd()\r
-  {\r
-    this._has_end = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    this._has_ignoreGapsinConsensus = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteOutlineColour()\r
-  {\r
-    this._has_outlineColour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deletePidThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_pidThreshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    this._has_showConsensusHistogram = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    this._has_showSequenceLogo = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteShowUnconserved()\r
-  {\r
-    this._has_showUnconserved = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteStart()\r
-  {\r
-    this._has_start = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteTextCol1()\r
-  {\r
-    this._has_textCol1 = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteTextCol2()\r
-  {\r
-    this._has_textCol2 = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteTextColThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_textColThreshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateSeq.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateSeq()\r
-  {\r
-    return this._seqList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Colour'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getColour()\r
-  {\r
-    return this._colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourText'.\r
-   */\r
-  public boolean getColourText()\r
-  {\r
-    return this._colourText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getConsThreshold()\r
-  {\r
-    return this._consThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
-   */\r
-  public boolean getDisplayBoxes()\r
-  {\r
-    return this._displayBoxes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'displayText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DisplayText'.\r
-   */\r
-  public boolean getDisplayText()\r
-  {\r
-    return this._displayText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'End'.\r
-   */\r
-  public int getEnd()\r
-  {\r
-    return this._end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following\r
-   * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this\r
-   * alignment)\r
-   * \r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
-   */\r
-  public boolean getIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    return this._ignoreGapsinConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Name'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getName()\r
-  {\r
-    return this._name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
-   */\r
-  public int getOutlineColour()\r
-  {\r
-    return this._outlineColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getPidThreshold()\r
-  {\r
-    return this._pidThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSeq.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSeq(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._seqList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public java.lang.String[] getSeq()\r
-  {\r
-    java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
-    return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSeqCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getSeqCount()\r
-  {\r
-    return this._seqList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    return this._showConsensusHistogram;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    return this._showSequenceLogo;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowUnconserved()\r
-  {\r
-    return this._showUnconserved;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Start'.\r
-   */\r
-  public int getStart()\r
-  {\r
-    return this._start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textCol1'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'TextCol1'.\r
-   */\r
-  public int getTextCol1()\r
-  {\r
-    return this._textCol1;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textCol2'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'TextCol2'.\r
-   */\r
-  public int getTextCol2()\r
-  {\r
-    return this._textCol2;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getTextColThreshold()\r
-  {\r
-    return this._textColThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColourText.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ColourText has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColourText()\r
-  {\r
-    return this._has_colourText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasConsThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasConsThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_consThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasDisplayBoxes.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasDisplayBoxes()\r
-  {\r
-    return this._has_displayBoxes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasDisplayText.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one DisplayText has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasDisplayText()\r
-  {\r
-    return this._has_displayText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasEnd.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one End has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasEnd()\r
-  {\r
-    return this._has_end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasOutlineColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasOutlineColour()\r
-  {\r
-    return this._has_outlineColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPidThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasPidThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_pidThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowConsensusHistogram.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    return this._has_showConsensusHistogram;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowSequenceLogo.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    return this._has_showSequenceLogo;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowUnconserved.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowUnconserved()\r
-  {\r
-    return this._has_showUnconserved;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStart.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Start has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasStart()\r
-  {\r
-    return this._has_start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextCol1.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasTextCol1()\r
-  {\r
-    return this._has_textCol1;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextCol2.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasTextCol2()\r
-  {\r
-    return this._has_textCol2;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextColThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasTextColThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_textColThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourText'.\r
-   */\r
-  public boolean isColourText()\r
-  {\r
-    return this._colourText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
-   */\r
-  public boolean isDisplayBoxes()\r
-  {\r
-    return this._displayBoxes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'displayText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DisplayText'.\r
-   */\r
-  public boolean isDisplayText()\r
-  {\r
-    return this._displayText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
-   */\r
-  public boolean isIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    return this._ignoreGapsinConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    return this._showConsensusHistogram;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    return this._showSequenceLogo;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowUnconserved()\r
-  {\r
-    return this._showUnconserved;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllSeq()\r
-  {\r
-    this._seqList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSeq.\r
-   * \r
-   * @param vSeq\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)\r
-  {\r
-    boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSeqAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public java.lang.String removeSeqAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
-    return (java.lang.String) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @param colour\r
-   *          the value of field 'colour'.\r
-   */\r
-  public void setColour(final java.lang.String colour)\r
-  {\r
-    this._colour = colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colourText'.\r
-   * \r
-   * @param colourText\r
-   *          the value of field 'colourText'.\r
-   */\r
-  public void setColourText(final boolean colourText)\r
-  {\r
-    this._colourText = colourText;\r
-    this._has_colourText = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
-   * \r
-   * @param consThreshold\r
-   *          the value of field 'consThreshold'.\r
-   */\r
-  public void setConsThreshold(final int consThreshold)\r
-  {\r
-    this._consThreshold = consThreshold;\r
-    this._has_consThreshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
-   * \r
-   * @param displayBoxes\r
-   *          the value of field 'displayBoxes'.\r
-   */\r
-  public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)\r
-  {\r
-    this._displayBoxes = displayBoxes;\r
-    this._has_displayBoxes = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'displayText'.\r
-   * \r
-   * @param displayText\r
-   *          the value of field 'displayText'.\r
-   */\r
-  public void setDisplayText(final boolean displayText)\r
-  {\r
-    this._displayText = displayText;\r
-    this._has_displayText = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @param end\r
-   *          the value of field 'end'.\r
-   */\r
-  public void setEnd(final int end)\r
-  {\r
-    this._end = end;\r
-    this._has_end = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:\r
-   * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   * \r
-   * @param ignoreGapsinConsensus\r
-   *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   */\r
-  public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)\r
-  {\r
-    this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
-    this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @param name\r
-   *          the value of field 'name'.\r
-   */\r
-  public void setName(final java.lang.String name)\r
-  {\r
-    this._name = name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
-   * \r
-   * @param outlineColour\r
-   *          the value of field 'outlineColour'.\r
-   */\r
-  public void setOutlineColour(final int outlineColour)\r
-  {\r
-    this._outlineColour = outlineColour;\r
-    this._has_outlineColour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
-   * \r
-   * @param pidThreshold\r
-   *          the value of field 'pidThreshold'.\r
-   */\r
-  public void setPidThreshold(final int pidThreshold)\r
-  {\r
-    this._pidThreshold = pidThreshold;\r
-    this._has_pidThreshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSeq\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._seqList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._seqList.set(index, vSeq);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSeqArray\r
-   */\r
-  public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _seqList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   * \r
-   * @param showConsensusHistogram\r
-   *          the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   */\r
-  public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)\r
-  {\r
-    this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
-    this._has_showConsensusHistogram = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
-   * \r
-   * @param showSequenceLogo\r
-   *          the value of field 'showSequenceLogo'\r
-   */\r
-  public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)\r
-  {\r
-    this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
-    this._has_showSequenceLogo = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
-   * \r
-   * @param showUnconserved\r
-   *          the value of field 'showUnconserved'.\r
-   */\r
-  public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)\r
-  {\r
-    this._showUnconserved = showUnconserved;\r
-    this._has_showUnconserved = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @param start\r
-   *          the value of field 'start'.\r
-   */\r
-  public void setStart(final int start)\r
-  {\r
-    this._start = start;\r
-    this._has_start = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textCol1'.\r
-   * \r
-   * @param textCol1\r
-   *          the value of field 'textCol1'.\r
-   */\r
-  public void setTextCol1(final int textCol1)\r
-  {\r
-    this._textCol1 = textCol1;\r
-    this._has_textCol1 = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textCol2'.\r
-   * \r
-   * @param textCol2\r
-   *          the value of field 'textCol2'.\r
-   */\r
-  public void setTextCol2(final int textCol2)\r
-  {\r
-    this._textCol2 = textCol2;\r
-    this._has_textCol2 = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
-   * \r
-   * @param textColThreshold\r
-   *          the value of field 'textColThreshold'\r
-   */\r
-  public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)\r
-  {\r
-    this._textColThreshold = textColThreshold;\r
-    this._has_textColThreshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _start.\r
+     */\r
+    private int _start;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _start\r
+     */\r
+    private boolean _has_start;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _end.\r
+     */\r
+    private int _end;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _end\r
+     */\r
+    private boolean _has_end;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _name.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _name;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colour.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _consThreshold.\r
+     */\r
+    private int _consThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _consThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_consThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pidThreshold.\r
+     */\r
+    private int _pidThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_pidThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _outlineColour.\r
+     */\r
+    private int _outlineColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _outlineColour\r
+     */\r
+    private boolean _has_outlineColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _displayBoxes.\r
+     */\r
+    private boolean _displayBoxes;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
+     */\r
+    private boolean _has_displayBoxes;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _displayText.\r
+     */\r
+    private boolean _displayText;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _displayText\r
+     */\r
+    private boolean _has_displayText;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourText.\r
+     */\r
+    private boolean _colourText;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colourText\r
+     */\r
+    private boolean _has_colourText;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textCol1.\r
+     */\r
+    private int _textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol1\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol1;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textCol2.\r
+     */\r
+    private int _textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol2\r
+     */\r
+    private boolean _has_textCol2;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _textColThreshold.\r
+     */\r
+    private int _textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_textColThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showUnconserved.\r
+     */\r
+    private boolean _showUnconserved;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
+     */\r
+    private boolean _has_showUnconserved;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
+     */\r
+    private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
+     */\r
+    private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showConsensusHistogram.\r
+     */\r
+    private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
+     */\r
+    private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showSequenceLogo.\r
+     */\r
+    private boolean _showSequenceLogo = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
+     */\r
+    private boolean _has_showSequenceLogo;\r
+\r
+    /**\r
+     * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this\r
+     * alignment)\r
+     *  \r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _seqList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _seqList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JGroup() {\r
+        super();\r
+        this._seqList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSeq(\r
+            final java.lang.String vSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._seqList.addElement(vSeq);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSeq(\r
+            final int index,\r
+            final java.lang.String vSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._seqList.add(index, vSeq);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColourText(\r
+    ) {\r
+        this._has_colourText= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteConsThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_consThreshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
+        this._has_displayBoxes= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteDisplayText(\r
+    ) {\r
+        this._has_displayText= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteEnd(\r
+    ) {\r
+        this._has_end= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteOutlineColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_outlineColour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deletePidThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_pidThreshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        this._has_showConsensusHistogram= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        this._has_showSequenceLogo= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        this._has_showUnconserved= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteStart(\r
+    ) {\r
+        this._has_start= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteTextCol1(\r
+    ) {\r
+        this._has_textCol1= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteTextCol2(\r
+    ) {\r
+        this._has_textCol2= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteTextColThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_textColThreshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateSeq.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
+    ) {\r
+        return this._seqList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Colour'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourText'.\r
+     */\r
+    public boolean getColourText(\r
+    ) {\r
+        return this._colourText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getConsThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._consThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
+     */\r
+    public boolean getDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
+        return this._displayBoxes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'displayText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'DisplayText'.\r
+     */\r
+    public boolean getDisplayText(\r
+    ) {\r
+        return this._displayText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'End'.\r
+     */\r
+    public int getEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: Optional sequence group ID (only\r
+     * needs to be unique for this alignment)\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
+        return this._name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
+     */\r
+    public int getOutlineColour(\r
+    ) {\r
+        return this._outlineColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getPidThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._pidThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSeq.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSeq(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public java.lang.String[] getSeq(\r
+    ) {\r
+        java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
+        return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSeqCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getSeqCount(\r
+    ) {\r
+        return this._seqList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Start'.\r
+     */\r
+    public int getStart(\r
+    ) {\r
+        return this._start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'TextCol1'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol1(\r
+    ) {\r
+        return this._textCol1;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'TextCol2'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol2(\r
+    ) {\r
+        return this._textCol2;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getTextColThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._textColThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColourText.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ColourText has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColourText(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colourText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasConsThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasConsThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_consThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasDisplayBoxes.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
+        return this._has_displayBoxes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasDisplayText.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one DisplayText has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasDisplayText(\r
+    ) {\r
+        return this._has_displayText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasEnd.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one End has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._has_end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasOutlineColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasOutlineColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_outlineColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPidThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasPidThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_pidThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowConsensusHistogram.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowSequenceLogo.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowUnconserved.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStart.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Start has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStart(\r
+    ) {\r
+        return this._has_start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextCol1.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextCol1(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textCol1;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextCol2.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextCol2(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textCol2;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextColThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextColThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textColThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourText'.\r
+     */\r
+    public boolean isColourText(\r
+    ) {\r
+        return this._colourText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
+     */\r
+    public boolean isDisplayBoxes(\r
+    ) {\r
+        return this._displayBoxes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'displayText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'DisplayText'.\r
+     */\r
+    public boolean isDisplayText(\r
+    ) {\r
+        return this._displayText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllSeq(\r
+    ) {\r
+        this._seqList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSeq.\r
+     * \r
+     * @param vSeq\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeSeq(\r
+            final java.lang.String vSeq) {\r
+        boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSeqAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public java.lang.String removeSeqAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
+        return (java.lang.String) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @param colour the value of field 'colour'.\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final java.lang.String colour) {\r
+        this._colour = colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colourText'.\r
+     * \r
+     * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
+     */\r
+    public void setColourText(\r
+            final boolean colourText) {\r
+        this._colourText = colourText;\r
+        this._has_colourText = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
+     */\r
+    public void setConsThreshold(\r
+            final int consThreshold) {\r
+        this._consThreshold = consThreshold;\r
+        this._has_consThreshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
+     * \r
+     * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
+     */\r
+    public void setDisplayBoxes(\r
+            final boolean displayBoxes) {\r
+        this._displayBoxes = displayBoxes;\r
+        this._has_displayBoxes = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'displayText'.\r
+     * \r
+     * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
+     */\r
+    public void setDisplayText(\r
+            final boolean displayText) {\r
+        this._displayText = displayText;\r
+        this._has_displayText = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @param end the value of field 'end'.\r
+     */\r
+    public void setEnd(\r
+            final int end) {\r
+        this._end = end;\r
+        this._has_end = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: Optional sequence group ID (only\r
+     * needs to be unique for this alignment)\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
+     * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
+            final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
+        this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
+        this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @param name the value of field 'name'.\r
+     */\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
+        this._name = name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
+     * \r
+     * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
+     */\r
+    public void setOutlineColour(\r
+            final int outlineColour) {\r
+        this._outlineColour = outlineColour;\r
+        this._has_outlineColour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
+     */\r
+    public void setPidThreshold(\r
+            final int pidThreshold) {\r
+        this._pidThreshold = pidThreshold;\r
+        this._has_pidThreshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setSeq(\r
+            final int index,\r
+            final java.lang.String vSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._seqList.set(index, vSeq);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSeqArray\r
+     */\r
+    public void setSeq(\r
+            final java.lang.String[] vSeqArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _seqList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
+                this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
+     * \r
+     * @param showConsensusHistogram the value of field\r
+     * 'showConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public void setShowConsensusHistogram(\r
+            final boolean showConsensusHistogram) {\r
+        this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
+        this._has_showConsensusHistogram = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
+     * \r
+     * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'\r
+     */\r
+    public void setShowSequenceLogo(\r
+            final boolean showSequenceLogo) {\r
+        this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
+        this._has_showSequenceLogo = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
+     * \r
+     * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
+     */\r
+    public void setShowUnconserved(\r
+            final boolean showUnconserved) {\r
+        this._showUnconserved = showUnconserved;\r
+        this._has_showUnconserved = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @param start the value of field 'start'.\r
+     */\r
+    public void setStart(\r
+            final int start) {\r
+        this._start = start;\r
+        this._has_start = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol1(\r
+            final int textCol1) {\r
+        this._textCol1 = textCol1;\r
+        this._has_textCol1 = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol2(\r
+            final int textCol2) {\r
+        this._textCol2 = textCol2;\r
+        this._has_textCol2 = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
+     */\r
+    public void setTextColThreshold(\r
+            final int textColThreshold) {\r
+        this._textColThreshold = textColThreshold;\r
+        this._has_textColThreshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index cad210a..a5dc2f7 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,847 +19,796 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JSeq implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colour.\r
-   */\r
-  private int _colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colour\r
-   */\r
-  private boolean _has_colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _start.\r
-   */\r
-  private int _start;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _start\r
-   */\r
-  private boolean _has_start;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _end.\r
-   */\r
-  private int _end;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _end\r
-   */\r
-  private boolean _has_end;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _id.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _hidden.\r
-   */\r
-  private boolean _hidden;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _hidden\r
-   */\r
-  private boolean _has_hidden;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _featuresList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _featuresList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pdbidsList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _pdbidsList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _hiddenSequencesList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JSeq()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._featuresList = new java.util.Vector();\r
-    this._pdbidsList = new java.util.Vector();\r
-    this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vFeatures\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addFeatures(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._featuresList.addElement(vFeatures);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vFeatures\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addFeatures(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._featuresList.add(index, vFeatures);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vHiddenSequences\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addHiddenSequences(final int vHiddenSequences)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(\r
-            vHiddenSequences));\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vHiddenSequences\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(\r
-            vHiddenSequences));\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vPdbids\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addPdbids(final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vPdbids\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addPdbids(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._pdbidsList.add(index, vPdbids);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColour()\r
-  {\r
-    this._has_colour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteEnd()\r
-  {\r
-    this._has_end = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteHidden()\r
-  {\r
-    this._has_hidden = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteStart()\r
-  {\r
-    this._has_start = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateFeatures.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Features\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateFeatures()\r
-  {\r
-    return this._featuresList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateHiddenSequences.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all int elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()\r
-  {\r
-    return this._hiddenSequencesList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumeratePdbids.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Pdbids\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumeratePdbids()\r
-  {\r
-    return this._pdbidsList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Colour'.\r
-   */\r
-  public int getColour()\r
-  {\r
-    return this._colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'End'.\r
-   */\r
-  public int getEnd()\r
-  {\r
-    return this._end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getFeatures.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Features at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getFeaturesCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getFeaturesCount()\r
-  {\r
-    return this._featuresList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'hidden'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Hidden'.\r
-   */\r
-  public boolean getHidden()\r
-  {\r
-    return this._hidden;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenSequences.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the int at the given index\r
-   */\r
-  public int getHiddenSequences(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "getHiddenSequences: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the collection in an\r
-   * Array.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public int[] getHiddenSequences()\r
-  {\r
-    int size = this._hiddenSequencesList.size();\r
-    int[] array = new int[size];\r
-    java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();\r
-    for (int index = 0; index < size; index++)\r
-    {\r
-      array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
-    }\r
-    return array;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenSequencesCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getHiddenSequencesCount()\r
-  {\r
-    return this._hiddenSequencesList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPdbids.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given\r
-   *         index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPdbidsCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getPdbidsCount()\r
-  {\r
-    return this._pdbidsList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Start'.\r
-   */\r
-  public int getStart()\r
-  {\r
-    return this._start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Colour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColour()\r
-  {\r
-    return this._has_colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasEnd.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one End has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasEnd()\r
-  {\r
-    return this._has_end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasHidden.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Hidden has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasHidden()\r
-  {\r
-    return this._has_hidden;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStart.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Start has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasStart()\r
-  {\r
-    return this._has_start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'hidden'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Hidden'.\r
-   */\r
-  public boolean isHidden()\r
-  {\r
-    return this._hidden;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllFeatures()\r
-  {\r
-    this._featuresList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllHiddenSequences()\r
-  {\r
-    this._hiddenSequencesList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllPdbids()\r
-  {\r
-    this._pdbidsList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeFeatures.\r
-   * \r
-   * @param vFeatures\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeFeatures(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
-  {\r
-    boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeFeaturesAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeHiddenSequences.\r
-   * \r
-   * @param vHiddenSequences\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeHiddenSequences(final int vHiddenSequences)\r
-  {\r
-    boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(\r
-            vHiddenSequences));\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeHiddenSequencesAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public int removeHiddenSequencesAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);\r
-    return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removePdbids.\r
-   * \r
-   * @param vPdbids\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removePdbids(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
-  {\r
-    boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removePdbidsAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @param colour\r
-   *          the value of field 'colour'.\r
-   */\r
-  public void setColour(final int colour)\r
-  {\r
-    this._colour = colour;\r
-    this._has_colour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @param end\r
-   *          the value of field 'end'.\r
-   */\r
-  public void setEnd(final int end)\r
-  {\r
-    this._end = end;\r
-    this._has_end = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vFeatures\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setFeatures(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._featuresList.set(index, vFeatures);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vFeaturesArray\r
-   */\r
-  public void setFeatures(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _featuresList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'hidden'.\r
-   * \r
-   * @param hidden\r
-   *          the value of field 'hidden'.\r
-   */\r
-  public void setHidden(final boolean hidden)\r
-  {\r
-    this._hidden = hidden;\r
-    this._has_hidden = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vHiddenSequences\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "setHiddenSequences: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(\r
-            vHiddenSequences));\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vHiddenSequencesArray\r
-   */\r
-  public void setHiddenSequences(final int[] vHiddenSequencesArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _hiddenSequencesList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(\r
-              vHiddenSequencesArray[i]));\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vPdbids\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setPdbids(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._pdbidsList.set(index, vPdbids);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vPdbidsArray\r
-   */\r
-  public void setPdbids(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _pdbidsList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @param start\r
-   *          the value of field 'start'.\r
-   */\r
-  public void setStart(final int start)\r
-  {\r
-    this._start = start;\r
-    this._has_start = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colour.\r
+     */\r
+    private int _colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colour\r
+     */\r
+    private boolean _has_colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _start.\r
+     */\r
+    private int _start;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _start\r
+     */\r
+    private boolean _has_start;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _end.\r
+     */\r
+    private int _end;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _end\r
+     */\r
+    private boolean _has_end;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _id.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _hidden.\r
+     */\r
+    private boolean _hidden;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _hidden\r
+     */\r
+    private boolean _has_hidden;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _featuresList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _featuresList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pdbidsList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _pdbidsList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _hiddenSequencesList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JSeq() {\r
+        super();\r
+        this._featuresList = new java.util.Vector();\r
+        this._pdbidsList = new java.util.Vector();\r
+        this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vFeatures\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addFeatures(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._featuresList.addElement(vFeatures);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vFeatures\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addFeatures(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._featuresList.add(index, vFeatures);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vHiddenSequences\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addHiddenSequences(\r
+            final int vHiddenSequences)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenSequences\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addHiddenSequences(\r
+            final int index,\r
+            final int vHiddenSequences)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vPdbids\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addPdbids(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vPdbids\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addPdbids(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._pdbidsList.add(index, vPdbids);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_colour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteEnd(\r
+    ) {\r
+        this._has_end= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteHidden(\r
+    ) {\r
+        this._has_hidden= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteStart(\r
+    ) {\r
+        this._has_start= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateFeatures.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Features elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateFeatures(\r
+    ) {\r
+        return this._featuresList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateHiddenSequences.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all int elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences(\r
+    ) {\r
+        return this._hiddenSequencesList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumeratePdbids.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Pdbids elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumeratePdbids(\r
+    ) {\r
+        return this._pdbidsList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Colour'.\r
+     */\r
+    public int getColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'End'.\r
+     */\r
+    public int getEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getFeatures.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Features at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getFeaturesCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getFeaturesCount(\r
+    ) {\r
+        return this._featuresList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'hidden'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Hidden'.\r
+     */\r
+    public boolean getHidden(\r
+    ) {\r
+        return this._hidden;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenSequences.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the int at the given index\r
+     */\r
+    public int getHiddenSequences(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the\r
+     * collection in an Array.  \r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public int[] getHiddenSequences(\r
+    ) {\r
+        int size = this._hiddenSequencesList.size();\r
+        int[] array = new int[size];\r
+        java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();\r
+        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
+            array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
+        }\r
+        return array;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenSequencesCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getHiddenSequencesCount(\r
+    ) {\r
+        return this._hiddenSequencesList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbids.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbidsCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getPdbidsCount(\r
+    ) {\r
+        return this._pdbidsList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Start'.\r
+     */\r
+    public int getStart(\r
+    ) {\r
+        return this._start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Colour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasEnd.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one End has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._has_end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasHidden.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Hidden has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasHidden(\r
+    ) {\r
+        return this._has_hidden;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStart.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Start has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStart(\r
+    ) {\r
+        return this._has_start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'hidden'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Hidden'.\r
+     */\r
+    public boolean isHidden(\r
+    ) {\r
+        return this._hidden;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllFeatures(\r
+    ) {\r
+        this._featuresList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllHiddenSequences(\r
+    ) {\r
+        this._hiddenSequencesList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllPdbids(\r
+    ) {\r
+        this._pdbidsList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeFeatures.\r
+     * \r
+     * @param vFeatures\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeFeatures(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures) {\r
+        boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeFeaturesAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeHiddenSequences.\r
+     * \r
+     * @param vHiddenSequences\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeHiddenSequences(\r
+            final int vHiddenSequences) {\r
+        boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeHiddenSequencesAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public int removeHiddenSequencesAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);\r
+        return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removePdbids.\r
+     * \r
+     * @param vPdbids\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removePdbids(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids) {\r
+        boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removePdbidsAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @param colour the value of field 'colour'.\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final int colour) {\r
+        this._colour = colour;\r
+        this._has_colour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @param end the value of field 'end'.\r
+     */\r
+    public void setEnd(\r
+            final int end) {\r
+        this._end = end;\r
+        this._has_end = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vFeatures\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setFeatures(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._featuresList.set(index, vFeatures);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vFeaturesArray\r
+     */\r
+    public void setFeatures(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _featuresList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {\r
+                this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'hidden'.\r
+     * \r
+     * @param hidden the value of field 'hidden'.\r
+     */\r
+    public void setHidden(\r
+            final boolean hidden) {\r
+        this._hidden = hidden;\r
+        this._has_hidden = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenSequences\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setHiddenSequences(\r
+            final int index,\r
+            final int vHiddenSequences)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vHiddenSequencesArray\r
+     */\r
+    public void setHiddenSequences(\r
+            final int[] vHiddenSequencesArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _hiddenSequencesList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++) {\r
+                this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(vHiddenSequencesArray[i]));\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vPdbids\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setPdbids(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._pdbidsList.set(index, vPdbids);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vPdbidsArray\r
+     */\r
+    public void setPdbids(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _pdbidsList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {\r
+                this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @param start the value of field 'start'.\r
+     */\r
+    public void setStart(\r
+            final int start) {\r
+        this._start = start;\r
+        this._has_start = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index ba483e6..f7e049a 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,217 +19,203 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JalviewModel implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _creationDate.\r
-   */\r
-  private java.util.Date _creationDate;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _version.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _version;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _vamsasModel.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.VamsasModel _vamsasModel;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _jalviewModelSequence.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence _jalviewModelSequence;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JalviewModel()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'creationDate'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'CreationDate'.\r
-   */\r
-  public java.util.Date getCreationDate()\r
-  {\r
-    return this._creationDate;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'jalviewModelSequence'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'JalviewModelSequence'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence getJalviewModelSequence()\r
-  {\r
-    return this._jalviewModelSequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'vamsasModel'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'VamsasModel'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.VamsasModel getVamsasModel()\r
-  {\r
-    return this._vamsasModel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'version'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Version'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getVersion()\r
-  {\r
-    return this._version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class JalviewModel implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _creationDate.\r
+     */\r
+    private java.util.Date _creationDate;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _version.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _version;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _vamsasModel.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.VamsasModel _vamsasModel;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _jalviewModelSequence.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence _jalviewModelSequence;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JalviewModel() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'creationDate'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'CreationDate'.\r
+     */\r
+    public java.util.Date getCreationDate(\r
+    ) {\r
+        return this._creationDate;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'jalviewModelSequence'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'JalviewModelSequence'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence getJalviewModelSequence(\r
+    ) {\r
+        return this._jalviewModelSequence;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'vamsasModel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'VamsasModel'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.VamsasModel getVamsasModel(\r
+    ) {\r
+        return this._vamsasModel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'version'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Version'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getVersion(\r
+    ) {\r
+        return this._version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'creationDate'.\r
+     * \r
+     * @param creationDate the value of field 'creationDate'.\r
+     */\r
+    public void setCreationDate(\r
+            final java.util.Date creationDate) {\r
+        this._creationDate = creationDate;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'jalviewModelSequence'.\r
+     * \r
+     * @param jalviewModelSequence the value of field\r
+     * 'jalviewModelSequence'.\r
+     */\r
+    public void setJalviewModelSequence(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence jalviewModelSequence) {\r
+        this._jalviewModelSequence = jalviewModelSequence;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'vamsasModel'.\r
+     * \r
+     * @param vamsasModel the value of field 'vamsasModel'.\r
+     */\r
+    public void setVamsasModel(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.VamsasModel vamsasModel) {\r
+        this._vamsasModel = vamsasModel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'version'.\r
+     * \r
+     * @param version the value of field 'version'.\r
+     */\r
+    public void setVersion(\r
+            final java.lang.String version) {\r
+        this._version = version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JalviewModel\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JalviewModel unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModel) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewModel.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'creationDate'.\r
-   * \r
-   * @param creationDate\r
-   *          the value of field 'creationDate'.\r
-   */\r
-  public void setCreationDate(final java.util.Date creationDate)\r
-  {\r
-    this._creationDate = creationDate;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'jalviewModelSequence'.\r
-   * \r
-   * @param jalviewModelSequence\r
-   *          the value of field 'jalviewModelSequence'.\r
-   */\r
-  public void setJalviewModelSequence(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence jalviewModelSequence)\r
-  {\r
-    this._jalviewModelSequence = jalviewModelSequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'vamsasModel'.\r
-   * \r
-   * @param vamsasModel\r
-   *          the value of field 'vamsasModel'.\r
-   */\r
-  public void setVamsasModel(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.VamsasModel vamsasModel)\r
-  {\r
-    this._vamsasModel = vamsasModel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'version'.\r
-   * \r
-   * @param version\r
-   *          the value of field 'version'.\r
-   */\r
-  public void setVersion(final java.lang.String version)\r
-  {\r
-    this._version = version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JalviewModel\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.JalviewModel unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModel) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewModel.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 61a74ff..cb66b37 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,968 +19,907 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _JSeqList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _JSeqList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _JGroupList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _JGroupList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _viewportList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _viewportList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _userColoursList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _userColoursList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _treeList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _treeList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _featureSettings.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings _featureSettings;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JalviewModelSequence()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._JSeqList = new java.util.Vector();\r
-    this._JGroupList = new java.util.Vector();\r
-    this._viewportList = new java.util.Vector();\r
-    this._userColoursList = new java.util.Vector();\r
-    this._treeList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vJGroup\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addJGroup(final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._JGroupList.addElement(vJGroup);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vJGroup\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addJGroup(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._JGroupList.add(index, vJGroup);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vJSeq\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addJSeq(final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._JSeqList.addElement(vJSeq);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vJSeq\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addJSeq(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._JSeqList.add(index, vJSeq);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vTree\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addTree(final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._treeList.addElement(vTree);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vTree\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addTree(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._treeList.add(index, vTree);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vUserColours\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addUserColours(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._userColoursList.addElement(vUserColours);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vUserColours\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addUserColours(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._userColoursList.add(index, vUserColours);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vViewport\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addViewport(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._viewportList.addElement(vViewport);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vViewport\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addViewport(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._viewportList.add(index, vViewport);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateJGroup.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
-  {\r
-    return this._JGroupList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateJSeq.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
-  {\r
-    return this._JSeqList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateTree.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Tree\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
-  {\r
-    return this._treeList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateUserColours.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.UserColours\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
-  {\r
-    return this._userColoursList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateViewport.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
-  {\r
-    return this._viewportList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'featureSettings'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FeatureSettings'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings getFeatureSettings()\r
-  {\r
-    return this._featureSettings;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJGroup.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.JGroup at the given\r
-   *         index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.JGroup getJGroup(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getJGroup: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) _JGroupList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.JGroup[] getJGroup()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.JGroup[] array = new jalview.schemabinding.version2.JGroup[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JGroup[]) this._JGroupList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJGroupCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getJGroupCount()\r
-  {\r
-    return this._JGroupList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJSeq.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.JSeq at the given\r
-   *         index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.JSeq getJSeq(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) _JSeqList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.JSeq[] getJSeq()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.JSeq[] array = new jalview.schemabinding.version2.JSeq[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JSeq[]) this._JSeqList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJSeqCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getJSeqCount()\r
-  {\r
-    return this._JSeqList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getTree.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Tree at the given\r
-   *         index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Tree getTree(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Tree) _treeList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getTree.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Tree[] getTree()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Tree[] array = new jalview.schemabinding.version2.Tree[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Tree[]) this._treeList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getTreeCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getTreeCount()\r
-  {\r
-    return this._treeList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getUserColours.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.UserColours at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.UserColours getUserColours(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) _userColoursList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getUserColours.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.UserColours[] getUserColours()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.UserColours[] array = new jalview.schemabinding.version2.UserColours[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.UserColours[]) this._userColoursList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getUserColoursCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getUserColoursCount()\r
-  {\r
-    return this._userColoursList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getViewport.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Viewport at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Viewport getViewport(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getViewport: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._viewportList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) _viewportList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getViewport.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Viewport[] getViewport()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Viewport[] array = new jalview.schemabinding.version2.Viewport[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Viewport[]) this._viewportList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getViewportCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getViewportCount()\r
-  {\r
-    return this._viewportList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllJGroup()\r
-  {\r
-    this._JGroupList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllJSeq()\r
-  {\r
-    this._JSeqList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllTree()\r
-  {\r
-    this._treeList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllUserColours()\r
-  {\r
-    this._userColoursList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllViewport()\r
-  {\r
-    this._viewportList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeJGroup.\r
-   * \r
-   * @param vJGroup\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeJGroup(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
-  {\r
-    boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeJGroupAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.JGroup removeJGroupAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeJSeq.\r
-   * \r
-   * @param vJSeq\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeJSeq(final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
-  {\r
-    boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeJSeqAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.JSeq removeJSeqAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeTree.\r
-   * \r
-   * @param vTree\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeTree(final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
-  {\r
-    boolean removed = _treeList.remove(vTree);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeTreeAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Tree removeTreeAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Tree) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeUserColours.\r
-   * \r
-   * @param vUserColours\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeUserColours(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
-  {\r
-    boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeUserColoursAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.UserColours removeUserColoursAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeViewport.\r
-   * \r
-   * @param vViewport\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeViewport(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
-  {\r
-    boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeViewportAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Viewport removeViewportAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'featureSettings'.\r
-   * \r
-   * @param featureSettings\r
-   *          the value of field 'featureSettings'.\r
-   */\r
-  public void setFeatureSettings(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings featureSettings)\r
-  {\r
-    this._featureSettings = featureSettings;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vJGroup\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setJGroup(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setJGroup: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._JGroupList.set(index, vJGroup);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vJGroupArray\r
-   */\r
-  public void setJGroup(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.JGroup[] vJGroupArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _JGroupList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vJSeq\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setJSeq(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._JSeqList.set(index, vJSeq);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vJSeqArray\r
-   */\r
-  public void setJSeq(final jalview.schemabinding.version2.JSeq[] vJSeqArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _JSeqList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vTree\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setTree(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._treeList.set(index, vTree);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vTreeArray\r
-   */\r
-  public void setTree(final jalview.schemabinding.version2.Tree[] vTreeArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _treeList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._treeList.add(vTreeArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vUserColours\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setUserColours(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._userColoursList.set(index, vUserColours);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vUserColoursArray\r
-   */\r
-  public void setUserColours(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.UserColours[] vUserColoursArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _userColoursList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vViewport\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setViewport(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setViewport: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._viewportList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._viewportList.set(index, vViewport);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vViewportArray\r
-   */\r
-  public void setViewport(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Viewport[] vViewportArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _viewportList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._viewportList.add(vViewportArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(\r
-                    jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _JSeqList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _JSeqList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _JGroupList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _JGroupList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _viewportList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _viewportList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _userColoursList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _userColoursList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _treeList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _treeList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _featureSettings.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings _featureSettings;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JalviewModelSequence() {\r
+        super();\r
+        this._JSeqList = new java.util.Vector();\r
+        this._JGroupList = new java.util.Vector();\r
+        this._viewportList = new java.util.Vector();\r
+        this._userColoursList = new java.util.Vector();\r
+        this._treeList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vJGroup\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addJGroup(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._JGroupList.addElement(vJGroup);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vJGroup\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addJGroup(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._JGroupList.add(index, vJGroup);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vJSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addJSeq(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._JSeqList.addElement(vJSeq);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vJSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addJSeq(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._JSeqList.add(index, vJSeq);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vTree\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addTree(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._treeList.addElement(vTree);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vTree\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addTree(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._treeList.add(index, vTree);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vUserColours\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addUserColours(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._userColoursList.addElement(vUserColours);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vUserColours\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addUserColours(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._userColoursList.add(index, vUserColours);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vViewport\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addViewport(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._viewportList.addElement(vViewport);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vViewport\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addViewport(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._viewportList.add(index, vViewport);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateJGroup.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JGroup elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateJGroup(\r
+    ) {\r
+        return this._JGroupList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateJSeq.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JSeq elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateJSeq(\r
+    ) {\r
+        return this._JSeqList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateTree.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Tree elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateTree(\r
+    ) {\r
+        return this._treeList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateUserColours.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.UserColours elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateUserColours(\r
+    ) {\r
+        return this._userColoursList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateViewport.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Viewport elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateViewport(\r
+    ) {\r
+        return this._viewportList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'featureSettings'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FeatureSettings'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings getFeatureSettings(\r
+    ) {\r
+        return this._featureSettings;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJGroup.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JGroup at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.JGroup getJGroup(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) _JGroupList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.JGroup[] getJGroup(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.JGroup[] array = new jalview.schemabinding.version2.JGroup[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JGroup[]) this._JGroupList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJGroupCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getJGroupCount(\r
+    ) {\r
+        return this._JGroupList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJSeq.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
+     * at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.JSeq getJSeq(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) _JSeqList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an\r
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.JSeq[] getJSeq(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.JSeq[] array = new jalview.schemabinding.version2.JSeq[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JSeq[]) this._JSeqList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJSeqCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getJSeqCount(\r
+    ) {\r
+        return this._JSeqList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getTree.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Tree\r
+     * at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Tree getTree(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Tree) _treeList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getTree.Returns the contents of the collection in an\r
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Tree[] getTree(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Tree[] array = new jalview.schemabinding.version2.Tree[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Tree[]) this._treeList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getTreeCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getTreeCount(\r
+    ) {\r
+        return this._treeList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getUserColours.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.UserColours at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.UserColours getUserColours(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) _userColoursList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getUserColours.Returns the contents of the collection\r
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.UserColours[] getUserColours(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.UserColours[] array = new jalview.schemabinding.version2.UserColours[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.UserColours[]) this._userColoursList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getUserColoursCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getUserColoursCount(\r
+    ) {\r
+        return this._userColoursList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getViewport.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Viewport at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Viewport getViewport(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) _viewportList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getViewport.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Viewport[] getViewport(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Viewport[] array = new jalview.schemabinding.version2.Viewport[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Viewport[]) this._viewportList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getViewportCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getViewportCount(\r
+    ) {\r
+        return this._viewportList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllJGroup(\r
+    ) {\r
+        this._JGroupList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllJSeq(\r
+    ) {\r
+        this._JSeqList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllTree(\r
+    ) {\r
+        this._treeList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllUserColours(\r
+    ) {\r
+        this._userColoursList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllViewport(\r
+    ) {\r
+        this._viewportList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeJGroup.\r
+     * \r
+     * @param vJGroup\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeJGroup(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup) {\r
+        boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeJGroupAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.JGroup removeJGroupAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeJSeq.\r
+     * \r
+     * @param vJSeq\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeJSeq(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq) {\r
+        boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeJSeqAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.JSeq removeJSeqAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeTree.\r
+     * \r
+     * @param vTree\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeTree(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree) {\r
+        boolean removed = _treeList.remove(vTree);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeTreeAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Tree removeTreeAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Tree) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeUserColours.\r
+     * \r
+     * @param vUserColours\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeUserColours(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours) {\r
+        boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeUserColoursAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.UserColours removeUserColoursAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeViewport.\r
+     * \r
+     * @param vViewport\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeViewport(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport) {\r
+        boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeViewportAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Viewport removeViewportAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'featureSettings'.\r
+     * \r
+     * @param featureSettings the value of field 'featureSettings'.\r
+     */\r
+    public void setFeatureSettings(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings featureSettings) {\r
+        this._featureSettings = featureSettings;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vJGroup\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setJGroup(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._JGroupList.set(index, vJGroup);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vJGroupArray\r
+     */\r
+    public void setJGroup(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JGroup[] vJGroupArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _JGroupList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++) {\r
+                this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vJSeq\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setJSeq(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._JSeqList.set(index, vJSeq);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vJSeqArray\r
+     */\r
+    public void setJSeq(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.JSeq[] vJSeqArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _JSeqList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++) {\r
+                this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vTree\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setTree(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._treeList.set(index, vTree);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vTreeArray\r
+     */\r
+    public void setTree(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Tree[] vTreeArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _treeList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++) {\r
+                this._treeList.add(vTreeArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vUserColours\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setUserColours(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._userColoursList.set(index, vUserColours);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vUserColoursArray\r
+     */\r
+    public void setUserColours(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.UserColours[] vUserColoursArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _userColoursList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++) {\r
+                this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vViewport\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setViewport(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._viewportList.set(index, vViewport);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vViewportArray\r
+     */\r
+    public void setViewport(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Viewport[] vViewportArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _viewportList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++) {\r
+                this._viewportList.add(vViewportArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 36e09f1..28541e7 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,328 +19,313 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _schemeName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _schemeName;\r
-\r
-  /**\r
-   * Jalview colour scheme document version.\r
-   * \r
-   */\r
-  private java.lang.String _version;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colourList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _colourList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JalviewUserColours()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._colourList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vColour\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addColour(final Colour vColour)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._colourList.addElement(vColour);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vColour\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addColour(final int index, final Colour vColour)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._colourList.add(index, vColour);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateColour.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all Colour elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateColour()\r
-  {\r
-    return this._colourList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getColour.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the Colour at the given index\r
-   */\r
-  public Colour getColour(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._colourList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getColour: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
+public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _schemeName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _schemeName;\r
+\r
+    /**\r
+     * Jalview colour scheme document version.\r
+     *  \r
+     */\r
+    private java.lang.String _version;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _colourList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JalviewUserColours() {\r
+        super();\r
+        this._colourList = new java.util.Vector();\r
     }\r
 \r
-    return (Colour) _colourList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getColour.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public Colour[] getColour()\r
-  {\r
-    Colour[] array = new Colour[0];\r
-    return (Colour[]) this._colourList.toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getColourCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getColourCount()\r
-  {\r
-    return this._colourList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'schemeName'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'SchemeName'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSchemeName()\r
-  {\r
-    return this._schemeName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'version'. The field 'version' has the following\r
-   * description: Jalview colour scheme document version.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Version'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getVersion()\r
-  {\r
-    return this._version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addColour(\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._colourList.addElement(vColour);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addColour(\r
+            final int index,\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._colourList.add(index, vColour);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateColour.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all Colour elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colourList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getColour.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the Colour at the given index\r
+     */\r
+    public Colour getColour(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (Colour) _colourList.get(index);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getColour.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public Colour[] getColour(\r
+    ) {\r
+        Colour[] array = new Colour[0];\r
+        return (Colour[]) this._colourList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getColourCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
      */\r
-  public void removeAllColour()\r
-  {\r
-    this._colourList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeColour.\r
-   * \r
-   * @param vColour\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeColour(final Colour vColour)\r
-  {\r
-    boolean removed = _colourList.remove(vColour);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeColourAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public Colour removeColourAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._colourList.remove(index);\r
-    return (Colour) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vColour\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setColour(final int index, final Colour vColour)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._colourList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setColour: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
+    public int getColourCount(\r
+    ) {\r
+        return this._colourList.size();\r
     }\r
 \r
-    this._colourList.set(index, vColour);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vColourArray\r
-   */\r
-  public void setColour(final Colour[] vColourArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _colourList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vColourArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._colourList.add(vColourArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'schemeName'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'SchemeName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSchemeName(\r
+    ) {\r
+        return this._schemeName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'version'. The field 'version'\r
+     * has the following description: Jalview colour scheme\r
+     * document version.\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Version'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getVersion(\r
+    ) {\r
+        return this._version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllColour(\r
+    ) {\r
+        this._colourList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeColour.\r
+     * \r
+     * @param vColour\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeColour(\r
+            final Colour vColour) {\r
+        boolean removed = _colourList.remove(vColour);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeColourAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public Colour removeColourAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._colourList.remove(index);\r
+        return (Colour) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vColour\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final int index,\r
+            final Colour vColour)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._colourList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setColour: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._colourList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._colourList.set(index, vColour);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vColourArray\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final Colour[] vColourArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _colourList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vColourArray.length; i++) {\r
+                this._colourList.add(vColourArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'schemeName'.\r
+     * \r
+     * @param schemeName the value of field 'schemeName'.\r
+     */\r
+    public void setSchemeName(\r
+            final java.lang.String schemeName) {\r
+        this._schemeName = schemeName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has\r
+     * the following description: Jalview colour scheme document\r
+     * version.\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param version the value of field 'version'.\r
+     */\r
+    public void setVersion(\r
+            final java.lang.String version) {\r
+        this._version = version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'schemeName'.\r
-   * \r
-   * @param schemeName\r
-   *          the value of field 'schemeName'.\r
-   */\r
-  public void setSchemeName(final java.lang.String schemeName)\r
-  {\r
-    this._schemeName = schemeName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has the following\r
-   * description: Jalview colour scheme document version.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param version\r
-   *          the value of field 'version'.\r
-   */\r
-  public void setVersion(final java.lang.String version)\r
-  {\r
-    this._version = version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(\r
-                    jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 34714b6..acfe18e 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,209 +19,198 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MapListFrom implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _start.\r
-   */\r
-  private int _start;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _start\r
-   */\r
-  private boolean _has_start;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _end.\r
-   */\r
-  private int _end;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _end\r
-   */\r
-  private boolean _has_end;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MapListFrom()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteEnd()\r
-  {\r
-    this._has_end = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteStart()\r
-  {\r
-    this._has_start = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'End'.\r
-   */\r
-  public int getEnd()\r
-  {\r
-    return this._end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Start'.\r
-   */\r
-  public int getStart()\r
-  {\r
-    return this._start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasEnd.\r
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-   */\r
-  public boolean hasEnd()\r
-  {\r
-    return this._has_end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStart.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Start has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasStart()\r
-  {\r
-    return this._has_start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
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-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class MapListFrom implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _start.\r
+     */\r
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+\r
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+     */\r
+    private boolean _has_start;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _end.\r
+     */\r
+    private int _end;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _end\r
+     */\r
+    private boolean _has_end;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MapListFrom() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteEnd(\r
+    ) {\r
+        this._has_end= false;\r
+    }\r
+\r
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+     */\r
+    public void deleteStart(\r
+    ) {\r
+        this._has_start= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'End'.\r
+     */\r
+    public int getEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Start'.\r
+     */\r
+    public int getStart(\r
+    ) {\r
+        return this._start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasEnd.\r
+     * \r
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+     */\r
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+    ) {\r
+        return this._has_end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStart.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Start has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStart(\r
+    ) {\r
+        return this._has_start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @param end the value of field 'end'.\r
+     */\r
+    public void setEnd(\r
+            final int end) {\r
+        this._end = end;\r
+        this._has_end = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @param start the value of field 'start'.\r
+     */\r
+    public void setStart(\r
+            final int start) {\r
+        this._start = start;\r
+        this._has_start = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListFrom\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.MapListFrom unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MapListFrom.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @param end\r
-   *          the value of field 'end'.\r
-   */\r
-  public void setEnd(final int end)\r
-  {\r
-    this._end = end;\r
-    this._has_end = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @param start\r
-   *          the value of field 'start'.\r
-   */\r
-  public void setStart(final int start)\r
-  {\r
-    this._start = start;\r
-    this._has_start = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.MapListFrom\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.MapListFrom unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MapListFrom.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 5b547ee..8c3a7e0 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,209 +19,198 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MapListTo implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _start.\r
-   */\r
-  private int _start;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _start\r
-   */\r
-  private boolean _has_start;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _end.\r
-   */\r
-  private int _end;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _end\r
-   */\r
-  private boolean _has_end;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MapListTo()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteEnd()\r
-  {\r
-    this._has_end = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteStart()\r
-  {\r
-    this._has_start = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'End'.\r
-   */\r
-  public int getEnd()\r
-  {\r
-    return this._end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Start'.\r
-   */\r
-  public int getStart()\r
-  {\r
-    return this._start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasEnd.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one End has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasEnd()\r
-  {\r
-    return this._has_end;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStart.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Start has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasStart()\r
-  {\r
-    return this._has_start;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class MapListTo implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _start.\r
+     */\r
+    private int _start;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _start\r
+     */\r
+    private boolean _has_start;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _end.\r
+     */\r
+    private int _end;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _end\r
+     */\r
+    private boolean _has_end;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MapListTo() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteEnd(\r
+    ) {\r
+        this._has_end= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteStart(\r
+    ) {\r
+        this._has_start= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'End'.\r
+     */\r
+    public int getEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Start'.\r
+     */\r
+    public int getStart(\r
+    ) {\r
+        return this._start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasEnd.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one End has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasEnd(\r
+    ) {\r
+        return this._has_end;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStart.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Start has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStart(\r
+    ) {\r
+        return this._has_start;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'end'.\r
+     * \r
+     * @param end the value of field 'end'.\r
+     */\r
+    public void setEnd(\r
+            final int end) {\r
+        this._end = end;\r
+        this._has_end = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'start'.\r
+     * \r
+     * @param start the value of field 'start'.\r
+     */\r
+    public void setStart(\r
+            final int start) {\r
+        this._start = start;\r
+        this._has_start = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListTo\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.MapListTo unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MapListTo.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'end'.\r
-   * \r
-   * @param end\r
-   *          the value of field 'end'.\r
-   */\r
-  public void setEnd(final int end)\r
-  {\r
-    this._end = end;\r
-    this._has_end = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'start'.\r
-   * \r
-   * @param start\r
-   *          the value of field 'start'.\r
-   */\r
-  public void setStart(final int start)\r
-  {\r
-    this._start = start;\r
-    this._has_start = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.MapListTo\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.MapListTo unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MapListTo.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index a4097a5..21d56e7 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -27,581 +17,566 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
 /**\r
  * developed after mapRangeType from\r
  * http://www.vamsas.ac.uk/schemas/1.0/vamsasTypes\r
- * \r
- * This effectively represents a java.util.MapList object\r
- * \r
+ *  \r
+ *  This effectively represents a java.util.MapList object\r
+ *  \r
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MapListType implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * number of dictionary symbol widths involved in each mapped position on this\r
-   * sequence (for example, 3 for a dna sequence exon region that is being\r
-   * mapped to a protein sequence). This is optional, since the unit can be\r
-   * usually be inferred from the dictionary type of each sequence involved in\r
-   * the mapping.\r
-   */\r
-  private long _mapFromUnit;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _mapFromUnit\r
-   */\r
-  private boolean _has_mapFromUnit;\r
-\r
-  /**\r
-   * number of dictionary symbol widths involved in each mapped position on this\r
-   * sequence (for example, 3 for a dna sequence exon region that is being\r
-   * mapped to a protein sequence). This is optional, since the unit can be\r
-   * usually be inferred from the dictionary type of each sequence involved in\r
-   * the mapping.\r
-   */\r
-  private long _mapToUnit;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _mapToUnit\r
-   */\r
-  private boolean _has_mapToUnit;\r
-\r
-  /**\r
-   * a region from start to end inclusive\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _mapListFromList;\r
-\r
-  /**\r
-   * a region from start to end inclusive\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _mapListToList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MapListType()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._mapListFromList = new java.util.Vector();\r
-    this._mapListToList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vMapListFrom\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addMapListFrom(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._mapListFromList.addElement(vMapListFrom);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vMapListFrom\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addMapListFrom(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._mapListFromList.add(index, vMapListFrom);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vMapListTo\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addMapListTo(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._mapListToList.addElement(vMapListTo);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vMapListTo\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addMapListTo(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._mapListToList.add(index, vMapListTo);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMapFromUnit()\r
-  {\r
-    this._has_mapFromUnit = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMapToUnit()\r
-  {\r
-    this._has_mapToUnit = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateMapListFrom.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.MapListFrom\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateMapListFrom()\r
-  {\r
-    return this._mapListFromList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateMapListTo.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.MapListTo\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateMapListTo()\r
-  {\r
-    return this._mapListToList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'mapFromUnit'. The field 'mapFromUnit' has the\r
-   * following description: number of dictionary symbol widths involved in each\r
-   * mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna sequence exon\r
-   * region that is being mapped to a protein sequence). This is optional, since\r
-   * the unit can be usually be inferred from the dictionary type of each\r
-   * sequence involved in the mapping.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MapFromUnit'.\r
-   */\r
-  public long getMapFromUnit()\r
-  {\r
-    return this._mapFromUnit;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getMapListFrom.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.MapListFrom at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.MapListFrom getMapListFrom(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._mapListFromList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getMapListFrom: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._mapListFromList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) _mapListFromList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getMapListFrom.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[] getMapListFrom()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[] array = new jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[]) this._mapListFromList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getMapListFromCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getMapListFromCount()\r
-  {\r
-    return this._mapListFromList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getMapListTo.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.MapListTo at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.MapListTo getMapListTo(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._mapListToList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getMapListTo: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._mapListToList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo) _mapListToList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getMapListTo.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.MapListTo[] getMapListTo()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.MapListTo[] array = new jalview.schemabinding.version2.MapListTo[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo[]) this._mapListToList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getMapListToCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getMapListToCount()\r
-  {\r
-    return this._mapListToList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'mapToUnit'. The field 'mapToUnit' has the\r
-   * following description: number of dictionary symbol widths involved in each\r
-   * mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna sequence exon\r
-   * region that is being mapped to a protein sequence). This is optional, since\r
-   * the unit can be usually be inferred from the dictionary type of each\r
-   * sequence involved in the mapping.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MapToUnit'.\r
-   */\r
-  public long getMapToUnit()\r
-  {\r
-    return this._mapToUnit;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMapFromUnit.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one MapFromUnit has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMapFromUnit()\r
-  {\r
-    return this._has_mapFromUnit;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMapToUnit.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one MapToUnit has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMapToUnit()\r
-  {\r
-    return this._has_mapToUnit;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllMapListFrom()\r
-  {\r
-    this._mapListFromList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllMapListTo()\r
-  {\r
-    this._mapListToList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeMapListFrom.\r
-   * \r
-   * @param vMapListFrom\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeMapListFrom(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom)\r
-  {\r
-    boolean removed = _mapListFromList.remove(vMapListFrom);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeMapListFromAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.MapListFrom removeMapListFromAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._mapListFromList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeMapListTo.\r
-   * \r
-   * @param vMapListTo\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeMapListTo(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo)\r
-  {\r
-    boolean removed = _mapListToList.remove(vMapListTo);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeMapListToAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.MapListTo removeMapListToAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._mapListToList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'mapFromUnit'. The field 'mapFromUnit' has the\r
-   * following description: number of dictionary symbol widths involved in each\r
-   * mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna sequence exon\r
-   * region that is being mapped to a protein sequence). This is optional, since\r
-   * the unit can be usually be inferred from the dictionary type of each\r
-   * sequence involved in the mapping.\r
-   * \r
-   * @param mapFromUnit\r
-   *          the value of field 'mapFromUnit'.\r
-   */\r
-  public void setMapFromUnit(final long mapFromUnit)\r
-  {\r
-    this._mapFromUnit = mapFromUnit;\r
-    this._has_mapFromUnit = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vMapListFrom\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setMapListFrom(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._mapListFromList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setMapListFrom: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._mapListFromList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._mapListFromList.set(index, vMapListFrom);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vMapListFromArray\r
-   */\r
-  public void setMapListFrom(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[] vMapListFromArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _mapListFromList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vMapListFromArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._mapListFromList.add(vMapListFromArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vMapListTo\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setMapListTo(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._mapListToList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setMapListTo: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._mapListToList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._mapListToList.set(index, vMapListTo);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vMapListToArray\r
-   */\r
-  public void setMapListTo(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MapListTo[] vMapListToArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _mapListToList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vMapListToArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._mapListToList.add(vMapListToArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'mapToUnit'. The field 'mapToUnit' has the\r
-   * following description: number of dictionary symbol widths involved in each\r
-   * mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna sequence exon\r
-   * region that is being mapped to a protein sequence). This is optional, since\r
-   * the unit can be usually be inferred from the dictionary type of each\r
-   * sequence involved in the mapping.\r
-   * \r
-   * @param mapToUnit\r
-   *          the value of field 'mapToUnit'.\r
-   */\r
-  public void setMapToUnit(final long mapToUnit)\r
-  {\r
-    this._mapToUnit = mapToUnit;\r
-    this._has_mapToUnit = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.MapListType\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.MapListType unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListType) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MapListType.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class MapListType implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * number of dictionary symbol widths involved in each\r
+     *  mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna\r
+     * sequence exon\r
+     *  region that is being mapped to a protein sequence). This is\r
+     * optional,\r
+     *  since the unit can be usually be inferred from the\r
+     * dictionary type of\r
+     *  each sequence involved in the mapping. \r
+     */\r
+    private long _mapFromUnit;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _mapFromUnit\r
+     */\r
+    private boolean _has_mapFromUnit;\r
+\r
+    /**\r
+     * number of dictionary symbol widths involved in each\r
+     *  mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna\r
+     * sequence exon\r
+     *  region that is being mapped to a protein sequence). This is\r
+     * optional,\r
+     *  since the unit can be usually be inferred from the\r
+     * dictionary type of\r
+     *  each sequence involved in the mapping. \r
+     */\r
+    private long _mapToUnit;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _mapToUnit\r
+     */\r
+    private boolean _has_mapToUnit;\r
+\r
+    /**\r
+     * a region from start to end inclusive\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _mapListFromList;\r
+\r
+    /**\r
+     * a region from start to end inclusive\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _mapListToList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MapListType() {\r
+        super();\r
+        this._mapListFromList = new java.util.Vector();\r
+        this._mapListToList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vMapListFrom\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addMapListFrom(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._mapListFromList.addElement(vMapListFrom);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vMapListFrom\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addMapListFrom(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._mapListFromList.add(index, vMapListFrom);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vMapListTo\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addMapListTo(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._mapListToList.addElement(vMapListTo);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vMapListTo\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addMapListTo(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._mapListToList.add(index, vMapListTo);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMapFromUnit(\r
+    ) {\r
+        this._has_mapFromUnit= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMapToUnit(\r
+    ) {\r
+        this._has_mapToUnit= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateMapListFrom.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListFrom elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateMapListFrom(\r
+    ) {\r
+        return this._mapListFromList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateMapListTo.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListTo elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateMapListTo(\r
+    ) {\r
+        return this._mapListToList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'mapFromUnit'. The field\r
+     * 'mapFromUnit' has the following description: number of\r
+     * dictionary symbol widths involved in each\r
+     *  mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna\r
+     * sequence exon\r
+     *  region that is being mapped to a protein sequence). This is\r
+     * optional,\r
+     *  since the unit can be usually be inferred from the\r
+     * dictionary type of\r
+     *  each sequence involved in the mapping. \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MapFromUnit'.\r
+     */\r
+    public long getMapFromUnit(\r
+    ) {\r
+        return this._mapFromUnit;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getMapListFrom.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListFrom at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.MapListFrom getMapListFrom(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._mapListFromList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getMapListFrom: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._mapListFromList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) _mapListFromList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getMapListFrom.Returns the contents of the collection\r
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[] getMapListFrom(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[] array = new jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[]) this._mapListFromList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getMapListFromCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getMapListFromCount(\r
+    ) {\r
+        return this._mapListFromList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getMapListTo.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListTo at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.MapListTo getMapListTo(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._mapListToList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getMapListTo: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._mapListToList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo) _mapListToList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getMapListTo.Returns the contents of the collection\r
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.MapListTo[] getMapListTo(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.MapListTo[] array = new jalview.schemabinding.version2.MapListTo[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo[]) this._mapListToList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getMapListToCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getMapListToCount(\r
+    ) {\r
+        return this._mapListToList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'mapToUnit'. The field\r
+     * 'mapToUnit' has the following description: number of\r
+     * dictionary symbol widths involved in each\r
+     *  mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna\r
+     * sequence exon\r
+     *  region that is being mapped to a protein sequence). This is\r
+     * optional,\r
+     *  since the unit can be usually be inferred from the\r
+     * dictionary type of\r
+     *  each sequence involved in the mapping. \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MapToUnit'.\r
+     */\r
+    public long getMapToUnit(\r
+    ) {\r
+        return this._mapToUnit;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMapFromUnit.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one MapFromUnit has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMapFromUnit(\r
+    ) {\r
+        return this._has_mapFromUnit;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMapToUnit.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one MapToUnit has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMapToUnit(\r
+    ) {\r
+        return this._has_mapToUnit;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllMapListFrom(\r
+    ) {\r
+        this._mapListFromList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllMapListTo(\r
+    ) {\r
+        this._mapListToList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeMapListFrom.\r
+     * \r
+     * @param vMapListFrom\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeMapListFrom(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom) {\r
+        boolean removed = _mapListFromList.remove(vMapListFrom);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeMapListFromAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.MapListFrom removeMapListFromAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._mapListFromList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeMapListTo.\r
+     * \r
+     * @param vMapListTo\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeMapListTo(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo) {\r
+        boolean removed = _mapListToList.remove(vMapListTo);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeMapListToAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.MapListTo removeMapListToAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._mapListToList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListTo) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'mapFromUnit'. The field\r
+     * 'mapFromUnit' has the following description: number of\r
+     * dictionary symbol widths involved in each\r
+     *  mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna\r
+     * sequence exon\r
+     *  region that is being mapped to a protein sequence). This is\r
+     * optional,\r
+     *  since the unit can be usually be inferred from the\r
+     * dictionary type of\r
+     *  each sequence involved in the mapping. \r
+     * \r
+     * @param mapFromUnit the value of field 'mapFromUnit'.\r
+     */\r
+    public void setMapFromUnit(\r
+            final long mapFromUnit) {\r
+        this._mapFromUnit = mapFromUnit;\r
+        this._has_mapFromUnit = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vMapListFrom\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setMapListFrom(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom vMapListFrom)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._mapListFromList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setMapListFrom: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._mapListFromList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._mapListFromList.set(index, vMapListFrom);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vMapListFromArray\r
+     */\r
+    public void setMapListFrom(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListFrom[] vMapListFromArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _mapListFromList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vMapListFromArray.length; i++) {\r
+                this._mapListFromList.add(vMapListFromArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vMapListTo\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setMapListTo(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListTo vMapListTo)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._mapListToList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setMapListTo: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._mapListToList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._mapListToList.set(index, vMapListTo);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vMapListToArray\r
+     */\r
+    public void setMapListTo(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MapListTo[] vMapListToArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _mapListToList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vMapListToArray.length; i++) {\r
+                this._mapListToList.add(vMapListToArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'mapToUnit'. The field 'mapToUnit'\r
+     * has the following description: number of dictionary symbol\r
+     * widths involved in each\r
+     *  mapped position on this sequence (for example, 3 for a dna\r
+     * sequence exon\r
+     *  region that is being mapped to a protein sequence). This is\r
+     * optional,\r
+     *  since the unit can be usually be inferred from the\r
+     * dictionary type of\r
+     *  each sequence involved in the mapping. \r
+     * \r
+     * @param mapToUnit the value of field 'mapToUnit'.\r
+     */\r
+    public void setMapToUnit(\r
+            final long mapToUnit) {\r
+        this._mapToUnit = mapToUnit;\r
+        this._has_mapToUnit = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListType\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.MapListType unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MapListType.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 5ae5031..8dbc12f 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,155 +19,147 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Mapping extends jalview.schemabinding.version2.MapListType\r
-        implements java.io.Serializable\r
+public class Mapping extends jalview.schemabinding.version2.MapListType \r
+implements java.io.Serializable\r
 {\r
 \r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Internal choice value storage\r
-   */\r
-  private java.lang.Object _choiceValue;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _mappingChoice.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.MappingChoice _mappingChoice;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Mapping()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'choiceValue'. The field 'choiceValue' has the\r
-   * following description: Internal choice value storage\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ChoiceValue'.\r
-   */\r
-  public java.lang.Object getChoiceValue()\r
-  {\r
-    return this._choiceValue;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'mappingChoice'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MappingChoice'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.MappingChoice getMappingChoice()\r
-  {\r
-    return this._mappingChoice;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Internal choice value storage\r
+     */\r
+    private java.lang.Object _choiceValue;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _mappingChoice.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.MappingChoice _mappingChoice;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Mapping() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'choiceValue'. The field\r
+     * 'choiceValue' has the following description: Internal choice\r
+     * value storage\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ChoiceValue'.\r
+     */\r
+    public java.lang.Object getChoiceValue(\r
+    ) {\r
+        return this._choiceValue;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'mappingChoice'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MappingChoice'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.MappingChoice getMappingChoice(\r
+    ) {\r
+        return this._mappingChoice;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'mappingChoice'.\r
+     * \r
+     * @param mappingChoice the value of field 'mappingChoice'.\r
+     */\r
+    public void setMappingChoice(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.MappingChoice mappingChoice) {\r
+        this._mappingChoice = mappingChoice;\r
+        this._choiceValue = mappingChoice;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MapListType\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.MapListType unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MapListType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Mapping.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'mappingChoice'.\r
-   * \r
-   * @param mappingChoice\r
-   *          the value of field 'mappingChoice'.\r
-   */\r
-  public void setMappingChoice(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.MappingChoice mappingChoice)\r
-  {\r
-    this._mappingChoice = mappingChoice;\r
-    this._choiceValue = mappingChoice;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.MapListType\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.MapListType unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MapListType) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Mapping.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index db41f09..5f1930d 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,164 +19,152 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MappingChoice implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequence.\r
-   */\r
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-\r
-  /**\r
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-   */\r
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-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
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-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'dseqFor'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DseqFor'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDseqFor()\r
-  {\r
-    return this._dseqFor;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'sequence'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Sequence'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Sequence getSequence()\r
-  {\r
-    return this._sequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
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-    {\r
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+public class MappingChoice implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequence.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.Sequence _sequence;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _dseqFor.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _dseqFor;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MappingChoice() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'dseqFor'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'DseqFor'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDseqFor(\r
+    ) {\r
+        return this._dseqFor;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'sequence'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Sequence'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Sequence getSequence(\r
+    ) {\r
+        return this._sequence;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'dseqFor'.\r
+     * \r
+     * @param dseqFor the value of field 'dseqFor'.\r
+     */\r
+    public void setDseqFor(\r
+            final java.lang.String dseqFor) {\r
+        this._dseqFor = dseqFor;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'sequence'.\r
+     * \r
+     * @param sequence the value of field 'sequence'.\r
+     */\r
+    public void setSequence(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Sequence sequence) {\r
+        this._sequence = sequence;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.MappingChoice\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.MappingChoice unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.MappingChoice) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'dseqFor'.\r
-   * \r
-   * @param dseqFor\r
-   *          the value of field 'dseqFor'.\r
-   */\r
-  public void setDseqFor(final java.lang.String dseqFor)\r
-  {\r
-    this._dseqFor = dseqFor;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'sequence'.\r
-   * \r
-   * @param sequence\r
-   *          the value of field 'sequence'.\r
-   */\r
-  public void setSequence(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Sequence sequence)\r
-  {\r
-    this._sequence = sequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.MappingChoice\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.MappingChoice unmarshal(\r
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-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MappingChoice) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
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-  }\r
 \r
 }\r
index 85301fa..94a5566 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,163 +19,152 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class OtherData implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _key.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _key;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _value.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _value;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public OtherData()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'key'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Key'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getKey()\r
-  {\r
-    return this._key;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Value'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getValue()\r
-  {\r
-    return this._value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
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-    {\r
-      return false;\r
+public class OtherData implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _key.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _key;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _value.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _value;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public OtherData() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'key'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Key'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getKey(\r
+    ) {\r
+        return this._key;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Value'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getValue(\r
+    ) {\r
+        return this._value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
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+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'key'.\r
+     * \r
+     * @param key the value of field 'key'.\r
+     */\r
+    public void setKey(\r
+            final java.lang.String key) {\r
+        this._key = key;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @param value the value of field 'value'.\r
+     */\r
+    public void setValue(\r
+            final java.lang.String value) {\r
+        this._value = value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.OtherData\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.OtherData unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.OtherData.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'key'.\r
-   * \r
-   * @param key\r
-   *          the value of field 'key'.\r
-   */\r
-  public void setKey(final java.lang.String key)\r
-  {\r
-    this._key = key;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @param value\r
-   *          the value of field 'value'.\r
-   */\r
-  public void setValue(final java.lang.String value)\r
-  {\r
-    this._value = value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.OtherData\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.OtherData unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.OtherData) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.OtherData.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 6721c5b..6ff1819 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,357 +19,334 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Pdbentry implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _type.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _type;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _file.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _file;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _items.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _items;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Pdbentry()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._items = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vPdbentryItem\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addPdbentryItem(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._items.addElement(vPdbentryItem);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vPdbentryItem\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addPdbentryItem(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._items.add(index, vPdbentryItem);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumeratePdbentryItem.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumeratePdbentryItem()\r
-  {\r
-    return this._items.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'file'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'File'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getFile()\r
-  {\r
-    return this._file;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPdbentryItem.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem at the\r
-   *         given inde\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem getPdbentryItem(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._items.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbentryItem: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1)\r
-              + "]");\r
+public class Pdbentry implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _id.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _type.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _type;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _file.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _file;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _items.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _items;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Pdbentry() {\r
+        super();\r
+        this._items = new java.util.Vector();\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) _items.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPdbentryItem.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] getPdbentryItem()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] array = new jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[]) this._items\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPdbentryItemCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getPdbentryItemCount()\r
-  {\r
-    return this._items.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'type'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Type'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getType()\r
-  {\r
-    return this._type;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vPdbentryItem\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addPdbentryItem(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._items.addElement(vPdbentryItem);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vPdbentryItem\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addPdbentryItem(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._items.add(index, vPdbentryItem);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumeratePdbentryItem.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumeratePdbentryItem(\r
+    ) {\r
+        return this._items.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'file'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'File'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getFile(\r
+    ) {\r
+        return this._file;\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbentryItem.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem at the given inde\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem getPdbentryItem(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._items.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbentryItem: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) _items.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbentryItem.Returns the contents of the\r
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
+     * collection contents are changing in another thread, we pass\r
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
+     * exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] getPdbentryItem(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] array = new jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[]) this._items.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbentryItemCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
      */\r
-  public void removeAllPdbentryItem()\r
-  {\r
-    this._items.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removePdbentryItem.\r
-   * \r
-   * @param vPdbentryItem\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removePdbentryItem(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)\r
-  {\r
-    boolean removed = _items.remove(vPdbentryItem);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removePdbentryItemAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem removePdbentryItemAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._items.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'file'.\r
-   * \r
-   * @param file\r
-   *          the value of field 'file'.\r
-   */\r
-  public void setFile(final java.lang.String file)\r
-  {\r
-    this._file = file;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vPdbentryItem\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setPdbentryItem(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._items.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbentryItem: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1)\r
-              + "]");\r
+    public int getPdbentryItemCount(\r
+    ) {\r
+        return this._items.size();\r
     }\r
 \r
-    this._items.set(index, vPdbentryItem);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vPdbentryItemArray\r
-   */\r
-  public void setPdbentryItem(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] vPdbentryItemArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _items.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vPdbentryItemArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._items.add(vPdbentryItemArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'type'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Type'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getType(\r
+    ) {\r
+        return this._type;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllPdbentryItem(\r
+    ) {\r
+        this._items.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removePdbentryItem.\r
+     * \r
+     * @param vPdbentryItem\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removePdbentryItem(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem) {\r
+        boolean removed = _items.remove(vPdbentryItem);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removePdbentryItemAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem removePdbentryItemAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._items.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'file'.\r
+     * \r
+     * @param file the value of field 'file'.\r
+     */\r
+    public void setFile(\r
+            final java.lang.String file) {\r
+        this._file = file;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vPdbentryItem\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setPdbentryItem(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._items.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbentryItem: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._items.set(index, vPdbentryItem);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vPdbentryItemArray\r
+     */\r
+    public void setPdbentryItem(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] vPdbentryItemArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _items.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vPdbentryItemArray.length; i++) {\r
+                this._items.add(vPdbentryItemArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'type'.\r
+     * \r
+     * @param type the value of field 'type'.\r
+     */\r
+    public void setType(\r
+            final java.lang.String type) {\r
+        this._type = type;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Pdbentry\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Pdbentry unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Pdbentry) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Pdbentry.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'type'.\r
-   * \r
-   * @param type\r
-   *          the value of field 'type'.\r
-   */\r
-  public void setType(final java.lang.String type)\r
-  {\r
-    this._type = type;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Pdbentry\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Pdbentry unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Pdbentry) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Pdbentry.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 9cd3c47..3dbc99c 100755 (executable)
@@ -1,20 +1,10 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
 /**\r
@@ -22,193 +12,181 @@ package jalview.schemabinding.version2;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class PdbentryItem implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _propertyList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _propertyList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public PdbentryItem()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._propertyList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vProperty\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addProperty(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._propertyList.addElement(vProperty);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vProperty\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addProperty(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._propertyList.add(index, vProperty);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateProperty.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Property\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateProperty()\r
-  {\r
-    return this._propertyList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getProperty.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Property at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Property getProperty(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._propertyList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+public class PdbentryItem implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _propertyList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _propertyList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public PdbentryItem() {\r
+        super();\r
+        this._propertyList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vProperty\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addProperty(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._propertyList.addElement(vProperty);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vProperty\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addProperty(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._propertyList.add(index, vProperty);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateProperty.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Property elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateProperty(\r
+    ) {\r
+        return this._propertyList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getProperty.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Property at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Property getProperty(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Property) _propertyList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getProperty.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Property[] getProperty(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Property[] array = new jalview.schemabinding.version2.Property[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Property[]) this._propertyList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPropertyCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getPropertyCount(\r
+    ) {\r
+        return this._propertyList.size();\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Property) _propertyList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getProperty.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Property[] getProperty()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Property[] array = new jalview.schemabinding.version2.Property[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Property[]) this._propertyList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPropertyCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getPropertyCount()\r
-  {\r
-    return this._propertyList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
+    /**\r
      */\r
-  public void removeAllProperty()\r
-  {\r
-    this._propertyList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeProperty.\r
-   * \r
-   * @param vProperty\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeProperty(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-  {\r
-    boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removePropertyAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Property removePropertyAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Property) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vProperty\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setProperty(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._propertyList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+    public void removeAllProperty(\r
+    ) {\r
+        this._propertyList.clear();\r
     }\r
 \r
-    this._propertyList.set(index, vProperty);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vPropertyArray\r
-   */\r
-  public void setProperty(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property[] vPropertyArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _propertyList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Method removeProperty.\r
+     * \r
+     * @param vProperty\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeProperty(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty) {\r
+        boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removePropertyAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Property removePropertyAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Property) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vProperty\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setProperty(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._propertyList.set(index, vProperty);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vPropertyArray\r
+     */\r
+    public void setProperty(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property[] vPropertyArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _propertyList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++) {\r
+                this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);\r
+        }\r
     }\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 944bcfe..04685b9 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,285 +19,262 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Pdbids extends jalview.schemabinding.version2.Pdbentry\r
-        implements java.io.Serializable\r
+public class Pdbids extends jalview.schemabinding.version2.Pdbentry \r
+implements java.io.Serializable\r
 {\r
 \r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _structureStateList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _structureStateList;\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
 \r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
+    /**\r
+     * Field _structureStateList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _structureStateList;\r
 \r
-  public Pdbids()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._structureStateList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vStructureState\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addStructureState(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._structureStateList.addElement(vStructureState);\r
-  }\r
+    public Pdbids() {\r
+        super();\r
+        this._structureStateList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vStructureState\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addStructureState(\r
-          final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._structureStateList.add(index, vStructureState);\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method enumerateStructureState.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all\r
-   *         jalview.schemabinding.version2.StructureState elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateStructureState()\r
-  {\r
-    return this._structureStateList.elements();\r
-  }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getStructureState.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.StructureState at\r
-   *         the given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.StructureState getStructureState(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._structureStateList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "getStructureState: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._structureStateList.size() - 1) + "]");\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vStructureState\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addStructureState(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._structureStateList.addElement(vStructureState);\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) _structureStateList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vStructureState\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addStructureState(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._structureStateList.add(index, vStructureState);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getStructureState.Returns the contents of the collection in an\r
-   * Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.StructureState[] getStructureState()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.StructureState[] array = new jalview.schemabinding.version2.StructureState[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.StructureState[]) this._structureStateList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method enumerateStructureState.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.StructureState elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateStructureState(\r
+    ) {\r
+        return this._structureStateList.elements();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getStructureStateCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getStructureStateCount()\r
-  {\r
-    return this._structureStateList.size();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getStructureState.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.StructureState at the given\r
+     * index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.StructureState getStructureState(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._structureStateList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getStructureState: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._structureStateList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) _structureStateList.get(index);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    /**\r
+     * Method getStructureState.Returns the contents of the\r
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
+     * collection contents are changing in another thread, we pass\r
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
+     * exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.StructureState[] getStructureState(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.StructureState[] array = new jalview.schemabinding.version2.StructureState[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.StructureState[]) this._structureStateList.toArray(array);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getStructureStateCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getStructureStateCount(\r
+    ) {\r
+        return this._structureStateList.size();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-  public void removeAllStructureState()\r
-  {\r
-    this._structureStateList.clear();\r
-  }\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method removeStructureState.\r
-   * \r
-   * @param vStructureState\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeStructureState(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)\r
-  {\r
-    boolean removed = _structureStateList.remove(vStructureState);\r
-    return removed;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method removeStructureStateAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.StructureState removeStructureStateAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._structureStateList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) obj;\r
-  }\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllStructureState(\r
+    ) {\r
+        this._structureStateList.clear();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vStructureState\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setStructureState(\r
-          final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._structureStateList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "setStructureState: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._structureStateList.size() - 1) + "]");\r
+    /**\r
+     * Method removeStructureState.\r
+     * \r
+     * @param vStructureState\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeStructureState(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState) {\r
+        boolean removed = _structureStateList.remove(vStructureState);\r
+        return removed;\r
     }\r
 \r
-    this._structureStateList.set(index, vStructureState);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method removeStructureStateAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.StructureState removeStructureStateAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._structureStateList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) obj;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vStructureStateArray\r
-   */\r
-  public void setStructureState(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState[] vStructureStateArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _structureStateList.clear();\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vStructureState\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setStructureState(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._structureStateList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setStructureState: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._structureStateList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._structureStateList.set(index, vStructureState);\r
+    }\r
 \r
-    for (int i = 0; i < vStructureStateArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._structureStateList.add(vStructureStateArray[i]);\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vStructureStateArray\r
+     */\r
+    public void setStructureState(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.StructureState[] vStructureStateArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _structureStateList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vStructureStateArray.length; i++) {\r
+                this._structureStateList.add(vStructureStateArray[i]);\r
+        }\r
     }\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Pdbentry\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Pdbentry unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Pdbentry) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, reader);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Pdbentry\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Pdbentry unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Pdbentry) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, reader);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 13905ec..bfc4dde 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,163 +19,152 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Property implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _name;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _value;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Property()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Name'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getName()\r
-  {\r
-    return this._name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Value'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getValue()\r
-  {\r
-    return this._value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
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-    {\r
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+public class Property implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _name.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _name;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _value.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _value;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Property() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
+        return this._name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Value'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getValue(\r
+    ) {\r
+        return this._value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @param name the value of field 'name'.\r
+     */\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
+        this._name = name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @param value the value of field 'value'.\r
+     */\r
+    public void setValue(\r
+            final java.lang.String value) {\r
+        this._value = value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Property\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Property unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Property) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Property.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @param name\r
-   *          the value of field 'name'.\r
-   */\r
-  public void setName(final java.lang.String name)\r
-  {\r
-    this._name = name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @param value\r
-   *          the value of field 'value'.\r
-   */\r
-  public void setValue(final java.lang.String value)\r
-  {\r
-    this._value = value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Property\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Property unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Property) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Property.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 4ec2aaf..e606eeb 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,310 +19,293 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Sequence extends jalview.schemabinding.version2.SequenceType\r
-        implements java.io.Serializable\r
+public class Sequence extends jalview.schemabinding.version2.SequenceType \r
+implements java.io.Serializable\r
 {\r
 \r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * dataset sequence id for this sequence. Will be created as union of\r
-   * sequences.\r
-   * \r
-   */\r
-  private java.lang.String _dsseqid;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _DBRefList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _DBRefList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Sequence()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._DBRefList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vDBRef\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addDBRef(final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._DBRefList.addElement(vDBRef);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vDBRef\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addDBRef(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._DBRefList.add(index, vDBRef);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateDBRef.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.DBRef\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateDBRef()\r
-  {\r
-    return this._DBRefList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getDBRef.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.DBRef at the given\r
-   *         index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.DBRef getDBRef(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._DBRefList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getDBRef: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._DBRefList.size() - 1) + "]");\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * dataset sequence id for this sequence. Will be created as\r
+     * union of sequences.\r
+     *  \r
+     */\r
+    private java.lang.String _dsseqid;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _DBRefList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _DBRefList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Sequence() {\r
+        super();\r
+        this._DBRefList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vDBRef\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addDBRef(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._DBRefList.addElement(vDBRef);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vDBRef\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addDBRef(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._DBRefList.add(index, vDBRef);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateDBRef.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.DBRef elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateDBRef(\r
+    ) {\r
+        return this._DBRefList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getDBRef.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.DBRef at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.DBRef getDBRef(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._DBRefList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getDBRef: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._DBRefList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) _DBRefList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getDBRef.Returns the contents of the collection in an\r
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.DBRef[] getDBRef(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.DBRef[] array = new jalview.schemabinding.version2.DBRef[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.DBRef[]) this._DBRefList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getDBRefCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getDBRefCount(\r
+    ) {\r
+        return this._DBRefList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'dsseqid'. The field 'dsseqid'\r
+     * has the following description: dataset sequence id for this\r
+     * sequence. Will be created as union of sequences.\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Dsseqid'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDsseqid(\r
+    ) {\r
+        return this._dsseqid;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllDBRef(\r
+    ) {\r
+        this._DBRefList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeDBRef.\r
+     * \r
+     * @param vDBRef\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeDBRef(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef) {\r
+        boolean removed = _DBRefList.remove(vDBRef);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeDBRefAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.DBRef removeDBRefAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._DBRefList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vDBRef\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setDBRef(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._DBRefList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setDBRef: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._DBRefList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._DBRefList.set(index, vDBRef);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vDBRefArray\r
+     */\r
+    public void setDBRef(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.DBRef[] vDBRefArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _DBRefList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vDBRefArray.length; i++) {\r
+                this._DBRefList.add(vDBRefArray[i]);\r
+        }\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) _DBRefList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getDBRef.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.DBRef[] getDBRef()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.DBRef[] array = new jalview.schemabinding.version2.DBRef[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.DBRef[]) this._DBRefList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getDBRefCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getDBRefCount()\r
-  {\r
-    return this._DBRefList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'dsseqid'. The field 'dsseqid' has the following\r
-   * description: dataset sequence id for this sequence. Will be created as\r
-   * union of sequences.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Dsseqid'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDsseqid()\r
-  {\r
-    return this._dsseqid;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'dsseqid'. The field 'dsseqid' has\r
+     * the following description: dataset sequence id for this\r
+     * sequence. Will be created as union of sequences.\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param dsseqid the value of field 'dsseqid'.\r
+     */\r
+    public void setDsseqid(\r
+            final java.lang.String dsseqid) {\r
+        this._dsseqid = dsseqid;\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceType\r
      */\r
-  public void removeAllDBRef()\r
-  {\r
-    this._DBRefList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeDBRef.\r
-   * \r
-   * @param vDBRef\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeDBRef(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef)\r
-  {\r
-    boolean removed = _DBRefList.remove(vDBRef);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeDBRefAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.DBRef removeDBRefAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._DBRefList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vDBRef\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setDBRef(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.DBRef vDBRef)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._DBRefList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setDBRef: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._DBRefList.size() - 1) + "]");\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.SequenceType unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Sequence.class, reader);\r
     }\r
 \r
-    this._DBRefList.set(index, vDBRef);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vDBRefArray\r
-   */\r
-  public void setDBRef(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.DBRef[] vDBRefArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _DBRefList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vDBRefArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._DBRefList.add(vDBRefArray[i]);\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'dsseqid'. The field 'dsseqid' has the following\r
-   * description: dataset sequence id for this sequence. Will be created as\r
-   * union of sequences.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param dsseqid\r
-   *          the value of field 'dsseqid'.\r
-   */\r
-  public void setDsseqid(final java.lang.String dsseqid)\r
-  {\r
-    this._dsseqid = dsseqid;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.SequenceType\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.SequenceType unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceType) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Sequence.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index bd5efa9..481c37f 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
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- * \r
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- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,854 +19,789 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class SequenceSet implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _gapChar.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _gapChar;\r
-\r
-  /**\r
-   * reference to set where jalview will gather the dataset sequences for all\r
-   * sequences in the set.\r
-   * \r
-   */\r
-  private java.lang.String _datasetId;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequenceList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _sequenceList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _annotationList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _annotationList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequenceSetPropertiesList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _sequenceSetPropertiesList;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _alcodonFrameList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _alcodonFrameList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public SequenceSet()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._sequenceList = new java.util.Vector();\r
-    this._annotationList = new java.util.Vector();\r
-    this._sequenceSetPropertiesList = new java.util.Vector();\r
-    this._alcodonFrameList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAlcodonFrame\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAlcodonFrame(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._alcodonFrameList.addElement(vAlcodonFrame);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAlcodonFrame\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAlcodonFrame(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._alcodonFrameList.add(index, vAlcodonFrame);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAnnotation\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAnnotation(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._annotationList.addElement(vAnnotation);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAnnotation\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addAnnotation(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._annotationList.add(index, vAnnotation);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSequence\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSequence(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._sequenceList.addElement(vSequence);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSequence\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSequence(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._sequenceList.add(index, vSequence);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSequenceSetProperties\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSequenceSetProperties(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._sequenceSetPropertiesList.addElement(vSequenceSetProperties);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSequenceSetProperties\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSequenceSetProperties(\r
-          final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._sequenceSetPropertiesList.add(index, vSequenceSetProperties);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateAlcodonFrame.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateAlcodonFrame()\r
-  {\r
-    return this._alcodonFrameList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateAnnotation.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Annotation\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateAnnotation()\r
-  {\r
-    return this._annotationList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateSequence.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Sequence\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateSequence()\r
-  {\r
-    return this._sequenceList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateSequenceSetProperties.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all\r
-   *         jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateSequenceSetProperties()\r
-  {\r
-    return this._sequenceSetPropertiesList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodonFrame.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame at the\r
-   *         given inde\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame getAlcodonFrame(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._alcodonFrameList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getAlcodonFrame: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._alcodonFrameList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) _alcodonFrameList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodonFrame.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] getAlcodonFrame()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] array = new jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[]) this._alcodonFrameList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAlcodonFrameCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getAlcodonFrameCount()\r
-  {\r
-    return this._alcodonFrameList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAnnotation.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Annotation at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Annotation getAnnotation(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._annotationList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotation: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._annotationList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) _annotationList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAnnotation.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Annotation[] getAnnotation()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Annotation[] array = new jalview.schemabinding.version2.Annotation[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Annotation[]) this._annotationList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAnnotationCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getAnnotationCount()\r
-  {\r
-    return this._annotationList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'datasetId'. The field 'datasetId' has the\r
-   * following description: reference to set where jalview will gather the\r
-   * dataset sequences for all sequences in the set.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DatasetId'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDatasetId()\r
-  {\r
-    return this._datasetId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'gapChar'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'GapChar'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getGapChar()\r
-  {\r
-    return this._gapChar;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequence.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Sequence at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Sequence getSequence(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSequence: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Sequence) _sequenceList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequence.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Sequence[] getSequence()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Sequence[] array = new jalview.schemabinding.version2.Sequence[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Sequence[]) this._sequenceList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequenceCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getSequenceCount()\r
-  {\r
-    return this._sequenceList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequenceSetProperties.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the\r
-   *         jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties at the given\r
-   *         index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties getSequenceSetProperties(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceSetPropertiesList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "getSequenceSetProperties: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._sequenceSetPropertiesList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) _sequenceSetPropertiesList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequenceSetProperties.Returns the contents of the collection in\r
-   * an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] getSequenceSetProperties()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] array = new jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[]) this._sequenceSetPropertiesList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequenceSetPropertiesCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getSequenceSetPropertiesCount()\r
-  {\r
-    return this._sequenceSetPropertiesList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAlcodonFrame.\r
-   * \r
-   * @param vAlcodonFrame\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeAlcodonFrame(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)\r
-  {\r
-    boolean removed = _alcodonFrameList.remove(vAlcodonFrame);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAlcodonFrameAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame removeAlcodonFrameAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._alcodonFrameList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllAlcodonFrame()\r
-  {\r
-    this._alcodonFrameList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllAnnotation()\r
-  {\r
-    this._annotationList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllSequence()\r
-  {\r
-    this._sequenceList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllSequenceSetProperties()\r
-  {\r
-    this._sequenceSetPropertiesList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAnnotation.\r
-   * \r
-   * @param vAnnotation\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeAnnotation(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)\r
-  {\r
-    boolean removed = _annotationList.remove(vAnnotation);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeAnnotationAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Annotation removeAnnotationAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._annotationList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSequence.\r
-   * \r
-   * @param vSequence\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeSequence(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)\r
-  {\r
-    boolean removed = _sequenceList.remove(vSequence);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSequenceAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Sequence removeSequenceAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._sequenceList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Sequence) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSequenceSetProperties.\r
-   * \r
-   * @param vSequenceSetProperties\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeSequenceSetProperties(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)\r
-  {\r
-    boolean removed = _sequenceSetPropertiesList\r
-            .remove(vSequenceSetProperties);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSequenceSetPropertiesAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties removeSequenceSetPropertiesAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._sequenceSetPropertiesList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAlcodonFrame\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setAlcodonFrame(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._alcodonFrameList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setAlcodonFrame: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._alcodonFrameList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._alcodonFrameList.set(index, vAlcodonFrame);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAlcodonFrameArray\r
-   */\r
-  public void setAlcodonFrame(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] vAlcodonFrameArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _alcodonFrameList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vAlcodonFrameArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._alcodonFrameList.add(vAlcodonFrameArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vAnnotation\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setAnnotation(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._annotationList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotation: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._annotationList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._annotationList.set(index, vAnnotation);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vAnnotationArray\r
-   */\r
-  public void setAnnotation(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Annotation[] vAnnotationArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _annotationList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vAnnotationArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._annotationList.add(vAnnotationArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'datasetId'. The field 'datasetId' has the\r
-   * following description: reference to set where jalview will gather the\r
-   * dataset sequences for all sequences in the set.\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param datasetId\r
-   *          the value of field 'datasetId'.\r
-   */\r
-  public void setDatasetId(final java.lang.String datasetId)\r
-  {\r
-    this._datasetId = datasetId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'gapChar'.\r
-   * \r
-   * @param gapChar\r
-   *          the value of field 'gapChar'.\r
-   */\r
-  public void setGapChar(final java.lang.String gapChar)\r
-  {\r
-    this._gapChar = gapChar;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSequence\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setSequence(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSequence: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._sequenceList.set(index, vSequence);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSequenceArray\r
-   */\r
-  public void setSequence(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Sequence[] vSequenceArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _sequenceList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vSequenceArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._sequenceList.add(vSequenceArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSequenceSetProperties\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setSequenceSetProperties(\r
-          final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceSetPropertiesList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException(\r
-              "setSequenceSetProperties: Index value '" + index\r
-                      + "' not in range [0.."\r
-                      + (this._sequenceSetPropertiesList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._sequenceSetPropertiesList.set(index, vSequenceSetProperties);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSequenceSetPropertiesArray\r
-   */\r
-  public void setSequenceSetProperties(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] vSequenceSetPropertiesArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _sequenceSetPropertiesList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vSequenceSetPropertiesArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._sequenceSetPropertiesList.add(vSequenceSetPropertiesArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.SequenceSet\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.SequenceSet unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class SequenceSet implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _gapChar.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _gapChar;\r
+\r
+    /**\r
+     * reference to set where jalview will gather the dataset\r
+     * sequences for all sequences in the set. \r
+     *  \r
+     */\r
+    private java.lang.String _datasetId;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequenceList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _sequenceList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _annotationList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _annotationList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequenceSetPropertiesList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _sequenceSetPropertiesList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _alcodonFrameList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _alcodonFrameList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public SequenceSet() {\r
+        super();\r
+        this._sequenceList = new java.util.Vector();\r
+        this._annotationList = new java.util.Vector();\r
+        this._sequenceSetPropertiesList = new java.util.Vector();\r
+        this._alcodonFrameList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAlcodonFrame\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAlcodonFrame(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._alcodonFrameList.addElement(vAlcodonFrame);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAlcodonFrame\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAlcodonFrame(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._alcodonFrameList.add(index, vAlcodonFrame);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAnnotation\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAnnotation(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._annotationList.addElement(vAnnotation);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAnnotation\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addAnnotation(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._annotationList.add(index, vAnnotation);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSequence\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSequence(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._sequenceList.addElement(vSequence);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSequence\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSequence(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._sequenceList.add(index, vSequence);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSequenceSetProperties\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSequenceSetProperties(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._sequenceSetPropertiesList.addElement(vSequenceSetProperties);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSequenceSetProperties\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSequenceSetProperties(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._sequenceSetPropertiesList.add(index, vSequenceSetProperties);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateAlcodonFrame.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateAlcodonFrame(\r
+    ) {\r
+        return this._alcodonFrameList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateAnnotation.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Annotation elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateAnnotation(\r
+    ) {\r
+        return this._annotationList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateSequence.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Sequence elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateSequence(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateSequenceSetProperties.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateSequenceSetProperties(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceSetPropertiesList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodonFrame.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame at the given inde\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame getAlcodonFrame(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._alcodonFrameList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAlcodonFrame: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodonFrameList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) _alcodonFrameList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodonFrame.Returns the contents of the\r
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
+     * collection contents are changing in another thread, we pass\r
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
+     * exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] getAlcodonFrame(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] array = new jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[]) this._alcodonFrameList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAlcodonFrameCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getAlcodonFrameCount(\r
+    ) {\r
+        return this._alcodonFrameList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAnnotation.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Annotation at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Annotation getAnnotation(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) _annotationList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAnnotation.Returns the contents of the collection\r
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Annotation[] getAnnotation(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Annotation[] array = new jalview.schemabinding.version2.Annotation[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Annotation[]) this._annotationList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAnnotationCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getAnnotationCount(\r
+    ) {\r
+        return this._annotationList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'datasetId'. The field\r
+     * 'datasetId' has the following description: reference to set\r
+     * where jalview will gather the dataset sequences for all\r
+     * sequences in the set. \r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'DatasetId'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDatasetId(\r
+    ) {\r
+        return this._datasetId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'gapChar'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'GapChar'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getGapChar(\r
+    ) {\r
+        return this._gapChar;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequence.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Sequence at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Sequence getSequence(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Sequence) _sequenceList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequence.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Sequence[] getSequence(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Sequence[] array = new jalview.schemabinding.version2.Sequence[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Sequence[]) this._sequenceList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequenceCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getSequenceCount(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequenceSetProperties.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties at the\r
+     * given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties getSequenceSetProperties(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceSetPropertiesList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSequenceSetProperties: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetPropertiesList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) _sequenceSetPropertiesList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequenceSetProperties.Returns the contents of the\r
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
+     * collection contents are changing in another thread, we pass\r
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
+     * exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] getSequenceSetProperties(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] array = new jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[]) this._sequenceSetPropertiesList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequenceSetPropertiesCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getSequenceSetPropertiesCount(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceSetPropertiesList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAlcodonFrame.\r
+     * \r
+     * @param vAlcodonFrame\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeAlcodonFrame(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame) {\r
+        boolean removed = _alcodonFrameList.remove(vAlcodonFrame);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAlcodonFrameAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame removeAlcodonFrameAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._alcodonFrameList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllAlcodonFrame(\r
+    ) {\r
+        this._alcodonFrameList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllAnnotation(\r
+    ) {\r
+        this._annotationList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllSequence(\r
+    ) {\r
+        this._sequenceList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllSequenceSetProperties(\r
+    ) {\r
+        this._sequenceSetPropertiesList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAnnotation.\r
+     * \r
+     * @param vAnnotation\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeAnnotation(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation) {\r
+        boolean removed = _annotationList.remove(vAnnotation);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAnnotationAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Annotation removeAnnotationAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._annotationList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSequence.\r
+     * \r
+     * @param vSequence\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeSequence(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence) {\r
+        boolean removed = _sequenceList.remove(vSequence);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSequenceAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Sequence removeSequenceAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._sequenceList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Sequence) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSequenceSetProperties.\r
+     * \r
+     * @param vSequenceSetProperties\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeSequenceSetProperties(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties) {\r
+        boolean removed = _sequenceSetPropertiesList.remove(vSequenceSetProperties);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSequenceSetPropertiesAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties removeSequenceSetPropertiesAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._sequenceSetPropertiesList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAlcodonFrame\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setAlcodonFrame(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame vAlcodonFrame)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._alcodonFrameList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAlcodonFrame: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._alcodonFrameList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._alcodonFrameList.set(index, vAlcodonFrame);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAlcodonFrameArray\r
+     */\r
+    public void setAlcodonFrame(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame[] vAlcodonFrameArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _alcodonFrameList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vAlcodonFrameArray.length; i++) {\r
+                this._alcodonFrameList.add(vAlcodonFrameArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vAnnotation\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setAnnotation(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Annotation vAnnotation)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._annotationList.set(index, vAnnotation);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vAnnotationArray\r
+     */\r
+    public void setAnnotation(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Annotation[] vAnnotationArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _annotationList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vAnnotationArray.length; i++) {\r
+                this._annotationList.add(vAnnotationArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'datasetId'. The field 'datasetId'\r
+     * has the following description: reference to set where\r
+     * jalview will gather the dataset sequences for all sequences\r
+     * in the set. \r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param datasetId the value of field 'datasetId'.\r
+     */\r
+    public void setDatasetId(\r
+            final java.lang.String datasetId) {\r
+        this._datasetId = datasetId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'gapChar'.\r
+     * \r
+     * @param gapChar the value of field 'gapChar'.\r
+     */\r
+    public void setGapChar(\r
+            final java.lang.String gapChar) {\r
+        this._gapChar = gapChar;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSequence\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setSequence(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Sequence vSequence)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._sequenceList.set(index, vSequence);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSequenceArray\r
+     */\r
+    public void setSequence(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Sequence[] vSequenceArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _sequenceList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vSequenceArray.length; i++) {\r
+                this._sequenceList.add(vSequenceArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSequenceSetProperties\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setSequenceSetProperties(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties vSequenceSetProperties)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceSetPropertiesList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSequenceSetProperties: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetPropertiesList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._sequenceSetPropertiesList.set(index, vSequenceSetProperties);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSequenceSetPropertiesArray\r
+     */\r
+    public void setSequenceSetProperties(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties[] vSequenceSetPropertiesArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _sequenceSetPropertiesList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vSequenceSetPropertiesArray.length; i++) {\r
+                this._sequenceSetPropertiesList.add(vSequenceSetPropertiesArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceSet\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.SequenceSet unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index dca7936..a078c78 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
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- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,165 +19,152 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class SequenceSetProperties implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _key.
-   */
-  private java.lang.String _key;
-
-  /**
-   * Field _value.
-   */
-  private java.lang.String _value;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public SequenceSetProperties()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'key'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Key'.
-   */
-  public java.lang.String getKey()
-  {
-    return this._key;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'value'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Value'.
-   */
-  public java.lang.String getValue()
-  {
-    return this._value;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+public class SequenceSetProperties implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _key.
+     */
+    private java.lang.String _key;
+
+    /**
+     * Field _value.
+     */
+    private java.lang.String _value;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public SequenceSetProperties() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'key'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Key'.
+     */
+    public java.lang.String getKey(
+    ) {
+        return this._key;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'value'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Value'.
+     */
+    public java.lang.String getValue(
+    ) {
+        return this._value;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'key'.
+     * 
+     * @param key the value of field 'key'.
+     */
+    public void setKey(
+            final java.lang.String key) {
+        this._key = key;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'value'.
+     * 
+     * @param value the value of field 'value'.
+     */
+    public void setValue(
+            final java.lang.String value) {
+        this._value = value;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties
+     */
+    public static jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'key'.
-   * 
-   * @param key
-   *          the value of field 'key'.
-   */
-  public void setKey(final java.lang.String key)
-  {
-    this._key = key;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'value'.
-   * 
-   * @param value
-   *          the value of field 'value'.
-   */
-  public void setValue(final java.lang.String value)
-  {
-    this._value = value;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled
-   *         jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties
-   */
-  public static jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) Unmarshaller
-            .unmarshal(
-                    jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties.class,
-                    reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index ce75ece..0d07812 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,215 +19,202 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class SequenceType implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _id.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _description.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _description;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequence.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _sequence;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _name.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _name;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public SequenceType()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Description'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDescription()\r
-  {\r
-    return this._description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Name'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getName()\r
-  {\r
-    return this._name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'sequence'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Sequence'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSequence()\r
-  {\r
-    return this._sequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class SequenceType implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _id.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _description.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _description;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequence.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _sequence;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _name.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _name;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public SequenceType() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Description'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getDescription(\r
+    ) {\r
+        return this._description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Name'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getName(\r
+    ) {\r
+        return this._name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'sequence'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Sequence'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSequence(\r
+    ) {\r
+        return this._sequence;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'description'.\r
+     * \r
+     * @param description the value of field 'description'.\r
+     */\r
+    public void setDescription(\r
+            final java.lang.String description) {\r
+        this._description = description;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'name'.\r
+     * \r
+     * @param name the value of field 'name'.\r
+     */\r
+    public void setName(\r
+            final java.lang.String name) {\r
+        this._name = name;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'sequence'.\r
+     * \r
+     * @param sequence the value of field 'sequence'.\r
+     */\r
+    public void setSequence(\r
+            final java.lang.String sequence) {\r
+        this._sequence = sequence;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceType\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.SequenceType unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.SequenceType.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'description'.\r
-   * \r
-   * @param description\r
-   *          the value of field 'description'.\r
-   */\r
-  public void setDescription(final java.lang.String description)\r
-  {\r
-    this._description = description;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'name'.\r
-   * \r
-   * @param name\r
-   *          the value of field 'name'.\r
-   */\r
-  public void setName(final java.lang.String name)\r
-  {\r
-    this._name = name;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'sequence'.\r
-   * \r
-   * @param sequence\r
-   *          the value of field 'sequence'.\r
-   */\r
-  public void setSequence(final java.lang.String sequence)\r
-  {\r
-    this._sequence = sequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.SequenceType\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.SequenceType unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceType) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.SequenceType.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 9a49315..f4e57a9 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,662 +19,648 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Setting implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _type.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _type;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colour.\r
-   */\r
-  private int _colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colour\r
-   */\r
-  private boolean _has_colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _display.\r
-   */\r
-  private boolean _display;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _display\r
-   */\r
-  private boolean _has_display;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _order.\r
-   */\r
-  private float _order;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _order\r
-   */\r
-  private boolean _has_order;\r
-\r
-  /**\r
-   * Optional minimum colour for graduated feature colour\r
-   */\r
-  private int _mincolour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _mincolour\r
-   */\r
-  private boolean _has_mincolour;\r
-\r
-  /**\r
-   * threshold value for graduated feature colour\r
-   */\r
-  private float _threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _threshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * threshold type for graduated feature colour\r
-   */\r
-  private int _threshstate;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _threshstate\r
-   */\r
-  private boolean _has_threshstate;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _max.\r
-   */\r
-  private float _max;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _max\r
-   */\r
-  private boolean _has_max;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _min.\r
-   */\r
-  private float _min;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _min\r
-   */\r
-  private boolean _has_min;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colourByLabel.\r
-   */\r
-  private boolean _colourByLabel;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colourByLabel\r
-   */\r
-  private boolean _has_colourByLabel;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _autoScale.\r
-   */\r
-  private boolean _autoScale;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _autoScale\r
-   */\r
-  private boolean _has_autoScale;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Setting()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteAutoScale()\r
-  {\r
-    this._has_autoScale = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColour()\r
-  {\r
-    this._has_colour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColourByLabel()\r
-  {\r
-    this._has_colourByLabel = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteDisplay()\r
-  {\r
-    this._has_display = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMax()\r
-  {\r
-    this._has_max = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMin()\r
-  {\r
-    this._has_min = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMincolour()\r
-  {\r
-    this._has_mincolour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteOrder()\r
-  {\r
-    this._has_order = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_threshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteThreshstate()\r
-  {\r
-    this._has_threshstate = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoScale'.\r
-   */\r
-  public boolean getAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Colour'.\r
-   */\r
-  public int getColour()\r
-  {\r
-    return this._colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
-   */\r
-  public boolean getColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'display'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Display'.\r
-   */\r
-  public boolean getDisplay()\r
-  {\r
-    return this._display;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'max'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Max'.\r
-   */\r
-  public float getMax()\r
-  {\r
-    return this._max;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'min'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Min'.\r
-   */\r
-  public float getMin()\r
-  {\r
-    return this._min;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour' has the\r
-   * following description: Optional minimum colour for graduated feature colour\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Mincolour'.\r
-   */\r
-  public int getMincolour()\r
-  {\r
-    return this._mincolour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'order'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Order'.\r
-   */\r
-  public float getOrder()\r
-  {\r
-    return this._order;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshold'. The field 'threshold' has the\r
-   * following description: threshold value for graduated feature colour\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Threshold'.\r
-   */\r
-  public float getThreshold()\r
-  {\r
-    return this._threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshstate'. The field 'threshstate' has the\r
-   * following description: threshold type for graduated feature colour\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Threshstate'.\r
-   */\r
-  public int getThreshstate()\r
-  {\r
-    return this._threshstate;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'type'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Type'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getType()\r
-  {\r
-    return this._type;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasAutoScale.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one AutoScale has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._has_autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Colour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColour()\r
-  {\r
-    return this._has_colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColourByLabel.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ColourByLabel has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._has_colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasDisplay.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Display has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasDisplay()\r
-  {\r
-    return this._has_display;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMax.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Max has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMax()\r
-  {\r
-    return this._has_max;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMin.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Min has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMin()\r
-  {\r
-    return this._has_min;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMincolour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Mincolour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMincolour()\r
-  {\r
-    return this._has_mincolour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasOrder.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Order has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasOrder()\r
-  {\r
-    return this._has_order;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Threshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasThreshstate.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Threshstate has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasThreshstate()\r
-  {\r
-    return this._has_threshstate;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AutoScale'.\r
-   */\r
-  public boolean isAutoScale()\r
-  {\r
-    return this._autoScale;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
-   */\r
-  public boolean isColourByLabel()\r
-  {\r
-    return this._colourByLabel;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'display'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Display'.\r
-   */\r
-  public boolean isDisplay()\r
-  {\r
-    return this._display;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'autoScale'.\r
-   * \r
-   * @param autoScale\r
-   *          the value of field 'autoScale'.\r
-   */\r
-  public void setAutoScale(final boolean autoScale)\r
-  {\r
-    this._autoScale = autoScale;\r
-    this._has_autoScale = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @param colour\r
-   *          the value of field 'colour'.\r
-   */\r
-  public void setColour(final int colour)\r
-  {\r
-    this._colour = colour;\r
-    this._has_colour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colourByLabel'.\r
-   * \r
-   * @param colourByLabel\r
-   *          the value of field 'colourByLabel'.\r
-   */\r
-  public void setColourByLabel(final boolean colourByLabel)\r
-  {\r
-    this._colourByLabel = colourByLabel;\r
-    this._has_colourByLabel = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'display'.\r
-   * \r
-   * @param display\r
-   *          the value of field 'display'.\r
-   */\r
-  public void setDisplay(final boolean display)\r
-  {\r
-    this._display = display;\r
-    this._has_display = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'max'.\r
-   * \r
-   * @param max\r
-   *          the value of field 'max'.\r
-   */\r
-  public void setMax(final float max)\r
-  {\r
-    this._max = max;\r
-    this._has_max = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'min'.\r
-   * \r
-   * @param min\r
-   *          the value of field 'min'.\r
-   */\r
-  public void setMin(final float min)\r
-  {\r
-    this._min = min;\r
-    this._has_min = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour' has the\r
-   * following description: Optional minimum colour for graduated feature colour\r
-   * \r
-   * @param mincolour\r
-   *          the value of field 'mincolour'.\r
-   */\r
-  public void setMincolour(final int mincolour)\r
-  {\r
-    this._mincolour = mincolour;\r
-    this._has_mincolour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'order'.\r
-   * \r
-   * @param order\r
-   *          the value of field 'order'.\r
-   */\r
-  public void setOrder(final float order)\r
-  {\r
-    this._order = order;\r
-    this._has_order = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshold'. The field 'threshold' has the\r
-   * following description: threshold value for graduated feature colour\r
-   * \r
-   * @param threshold\r
-   *          the value of field 'threshold'.\r
-   */\r
-  public void setThreshold(final float threshold)\r
-  {\r
-    this._threshold = threshold;\r
-    this._has_threshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshstate'. The field 'threshstate' has the\r
-   * following description: threshold type for graduated feature colour\r
-   * \r
-   * @param threshstate\r
-   *          the value of field 'threshstate'.\r
-   */\r
-  public void setThreshstate(final int threshstate)\r
-  {\r
-    this._threshstate = threshstate;\r
-    this._has_threshstate = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'type'.\r
-   * \r
-   * @param type\r
-   *          the value of field 'type'.\r
-   */\r
-  public void setType(final java.lang.String type)\r
-  {\r
-    this._type = type;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Settin\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Setting unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Setting.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class Setting implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _type.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _type;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colour.\r
+     */\r
+    private int _colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colour\r
+     */\r
+    private boolean _has_colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _display.\r
+     */\r
+    private boolean _display;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _display\r
+     */\r
+    private boolean _has_display;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _order.\r
+     */\r
+    private float _order;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _order\r
+     */\r
+    private boolean _has_order;\r
+\r
+    /**\r
+     * Optional minimum colour for graduated feature colour\r
+     */\r
+    private int _mincolour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _mincolour\r
+     */\r
+    private boolean _has_mincolour;\r
+\r
+    /**\r
+     * threshold value for graduated feature colour\r
+     */\r
+    private float _threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _threshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * threshold type for graduated feature colour\r
+     */\r
+    private int _threshstate;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _threshstate\r
+     */\r
+    private boolean _has_threshstate;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _max.\r
+     */\r
+    private float _max;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _max\r
+     */\r
+    private boolean _has_max;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _min.\r
+     */\r
+    private float _min;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _min\r
+     */\r
+    private boolean _has_min;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourByLabel.\r
+     */\r
+    private boolean _colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colourByLabel\r
+     */\r
+    private boolean _has_colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _autoScale.\r
+     */\r
+    private boolean _autoScale;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _autoScale\r
+     */\r
+    private boolean _has_autoScale;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Setting() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteAutoScale(\r
+    ) {\r
+        this._has_autoScale= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_colour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        this._has_colourByLabel= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteDisplay(\r
+    ) {\r
+        this._has_display= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMax(\r
+    ) {\r
+        this._has_max= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMin(\r
+    ) {\r
+        this._has_min= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMincolour(\r
+    ) {\r
+        this._has_mincolour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteOrder(\r
+    ) {\r
+        this._has_order= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_threshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteThreshstate(\r
+    ) {\r
+        this._has_threshstate= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean getAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Colour'.\r
+     */\r
+    public int getColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean getColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'display'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Display'.\r
+     */\r
+    public boolean getDisplay(\r
+    ) {\r
+        return this._display;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Max'.\r
+     */\r
+    public float getMax(\r
+    ) {\r
+        return this._max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Min'.\r
+     */\r
+    public float getMin(\r
+    ) {\r
+        return this._min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'mincolour'. The field\r
+     * 'mincolour' has the following description: Optional minimum\r
+     * colour for graduated feature colour\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Mincolour'.\r
+     */\r
+    public int getMincolour(\r
+    ) {\r
+        return this._mincolour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'order'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Order'.\r
+     */\r
+    public float getOrder(\r
+    ) {\r
+        return this._order;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshold'. The field\r
+     * 'threshold' has the following description: threshold value\r
+     * for graduated feature colour\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Threshold'.\r
+     */\r
+    public float getThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshstate'. The field\r
+     * 'threshstate' has the following description: threshold type\r
+     * for graduated feature colour\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Threshstate'.\r
+     */\r
+    public int getThreshstate(\r
+    ) {\r
+        return this._threshstate;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'type'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Type'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getType(\r
+    ) {\r
+        return this._type;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasAutoScale.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one AutoScale has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._has_autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Colour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColourByLabel.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ColourByLabel has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasDisplay.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Display has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasDisplay(\r
+    ) {\r
+        return this._has_display;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMax.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Max has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMax(\r
+    ) {\r
+        return this._has_max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMin.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Min has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMin(\r
+    ) {\r
+        return this._has_min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMincolour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Mincolour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMincolour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_mincolour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasOrder.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Order has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasOrder(\r
+    ) {\r
+        return this._has_order;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Threshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasThreshstate.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Threshstate has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasThreshstate(\r
+    ) {\r
+        return this._has_threshstate;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean isAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean isColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'display'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Display'.\r
+     */\r
+    public boolean isDisplay(\r
+    ) {\r
+        return this._display;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @param autoScale the value of field 'autoScale'.\r
+     */\r
+    public void setAutoScale(\r
+            final boolean autoScale) {\r
+        this._autoScale = autoScale;\r
+        this._has_autoScale = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @param colour the value of field 'colour'.\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final int colour) {\r
+        this._colour = colour;\r
+        this._has_colour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @param colourByLabel the value of field 'colourByLabel'.\r
+     */\r
+    public void setColourByLabel(\r
+            final boolean colourByLabel) {\r
+        this._colourByLabel = colourByLabel;\r
+        this._has_colourByLabel = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'display'.\r
+     * \r
+     * @param display the value of field 'display'.\r
+     */\r
+    public void setDisplay(\r
+            final boolean display) {\r
+        this._display = display;\r
+        this._has_display = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @param max the value of field 'max'.\r
+     */\r
+    public void setMax(\r
+            final float max) {\r
+        this._max = max;\r
+        this._has_max = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @param min the value of field 'min'.\r
+     */\r
+    public void setMin(\r
+            final float min) {\r
+        this._min = min;\r
+        this._has_min = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour'\r
+     * has the following description: Optional minimum colour for\r
+     * graduated feature colour\r
+     * \r
+     * @param mincolour the value of field 'mincolour'.\r
+     */\r
+    public void setMincolour(\r
+            final int mincolour) {\r
+        this._mincolour = mincolour;\r
+        this._has_mincolour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'order'.\r
+     * \r
+     * @param order the value of field 'order'.\r
+     */\r
+    public void setOrder(\r
+            final float order) {\r
+        this._order = order;\r
+        this._has_order = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshold'. The field 'threshold'\r
+     * has the following description: threshold value for graduated\r
+     * feature colour\r
+     * \r
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
+     */\r
+    public void setThreshold(\r
+            final float threshold) {\r
+        this._threshold = threshold;\r
+        this._has_threshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshstate'. The field\r
+     * 'threshstate' has the following description: threshold type\r
+     * for graduated feature colour\r
+     * \r
+     * @param threshstate the value of field 'threshstate'.\r
+     */\r
+    public void setThreshstate(\r
+            final int threshstate) {\r
+        this._threshstate = threshstate;\r
+        this._has_threshstate = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'type'.\r
+     * \r
+     * @param type the value of field 'type'.\r
+     */\r
+    public void setType(\r
+            final java.lang.String type) {\r
+        this._type = type;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Settin\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Setting unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Setting.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 4ce6aa7..7a2b076 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
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- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
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- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,435 +19,584 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class StructureState implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * internal content storage
-   */
-  private java.lang.String _content = "";
-
-  /**
-   * Field _visible.
-   */
-  private boolean _visible;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _visible
-   */
-  private boolean _has_visible;
-
-  /**
-   * Field _xpos.
-   */
-  private int _xpos;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _xpos
-   */
-  private boolean _has_xpos;
-
-  /**
-   * Field _ypos.
-   */
-  private int _ypos;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _ypos
-   */
-  private boolean _has_ypos;
-
-  /**
-   * Field _width.
-   */
-  private int _width;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _width
-   */
-  private boolean _has_width;
-
-  /**
-   * Field _height.
-   */
-  private int _height;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _height
-   */
-  private boolean _has_height;
-
-  /**
-   * additional identifier which properly disambiguates the structure view from
-   * any other view with the same attributes. This is not an ID, because it is
-   * possible to have many references to the same physical structure view from
-   * different sequences in an alignment. A structureState element citing the
-   * same viewId will appear for each instance.
-   */
-  private java.lang.String _viewId;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public StructureState()
-  {
-    super();
-    setContent("");
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-     */
-  public void deleteHeight()
-  {
-    this._has_height = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteVisible()
-  {
-    this._has_visible = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteWidth()
-  {
-    this._has_width = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteXpos()
-  {
-    this._has_xpos = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteYpos()
-  {
-    this._has_ypos = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'content'. The field 'content' has the following
-   * description: internal content storage
-   * 
-   * @return the value of field 'Content'.
-   */
-  public java.lang.String getContent()
-  {
-    return this._content;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'height'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Height'.
-   */
-  public int getHeight()
-  {
-    return this._height;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'viewId'. The field 'viewId' has the following
-   * description: additional identifier which properly disambiguates the
-   * structure view from any other view with the same attributes. This is not an
-   * ID, because it is possible to have many references to the same physical
-   * structure view from different sequences in an alignment. A structureState
-   * element citing the same viewId will appear for each instance.
-   * 
-   * @return the value of field 'ViewId'.
-   */
-  public java.lang.String getViewId()
-  {
-    return this._viewId;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'visible'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Visible'.
-   */
-  public boolean getVisible()
-  {
-    return this._visible;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'width'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Width'.
-   */
-  public int getWidth()
-  {
-    return this._width;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'xpos'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Xpos'.
-   */
-  public int getXpos()
-  {
-    return this._xpos;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'ypos'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Ypos'.
-   */
-  public int getYpos()
-  {
-    return this._ypos;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasHeight.
-   * 
-   * @return true if at least one Height has been added
-   */
-  public boolean hasHeight()
-  {
-    return this._has_height;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasVisible.
-   * 
-   * @return true if at least one Visible has been added
-   */
-  public boolean hasVisible()
-  {
-    return this._has_visible;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasWidth.
-   * 
-   * @return true if at least one Width has been added
-   */
-  public boolean hasWidth()
-  {
-    return this._has_width;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasXpos.
-   * 
-   * @return true if at least one Xpos has been added
-   */
-  public boolean hasXpos()
-  {
-    return this._has_xpos;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasYpos.
-   * 
-   * @return true if at least one Ypos has been added
-   */
-  public boolean hasYpos()
-  {
-    return this._has_ypos;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'visible'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Visible'.
-   */
-  public boolean isVisible()
-  {
-    return this._visible;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'content'. The field 'content' has the following
-   * description: internal content storage
-   * 
-   * @param content
-   *          the value of field 'content'.
-   */
-  public void setContent(final java.lang.String content)
-  {
-    this._content = content;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'height'.
-   * 
-   * @param height
-   *          the value of field 'height'.
-   */
-  public void setHeight(final int height)
-  {
-    this._height = height;
-    this._has_height = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'viewId'. The field 'viewId' has the following
-   * description: additional identifier which properly disambiguates the
-   * structure view from any other view with the same attributes. This is not an
-   * ID, because it is possible to have many references to the same physical
-   * structure view from different sequences in an alignment. A structureState
-   * element citing the same viewId will appear for each instance.
-   * 
-   * @param viewId
-   *          the value of field 'viewId'.
-   */
-  public void setViewId(final java.lang.String viewId)
-  {
-    this._viewId = viewId;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'visible'.
-   * 
-   * @param visible
-   *          the value of field 'visible'.
-   */
-  public void setVisible(final boolean visible)
-  {
-    this._visible = visible;
-    this._has_visible = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'width'.
-   * 
-   * @param width
-   *          the value of field 'width'.
-   */
-  public void setWidth(final int width)
-  {
-    this._width = width;
-    this._has_width = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'xpos'.
-   * 
-   * @param xpos
-   *          the value of field 'xpos'.
-   */
-  public void setXpos(final int xpos)
-  {
-    this._xpos = xpos;
-    this._has_xpos = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'ypos'.
-   * 
-   * @param ypos
-   *          the value of field 'ypos'.
-   */
-  public void setYpos(final int ypos)
-  {
-    this._ypos = ypos;
-    this._has_ypos = true;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.StructureState
-   */
-  public static jalview.schemabinding.version2.StructureState unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) Unmarshaller
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.StructureState.class,
-                    reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class StructureState implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * internal content storage
+     */
+    private java.lang.String _content = "";
+
+    /**
+     * Field _visible.
+     */
+    private boolean _visible;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _visible
+     */
+    private boolean _has_visible;
+
+    /**
+     * Field _xpos.
+     */
+    private int _xpos;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _xpos
+     */
+    private boolean _has_xpos;
+
+    /**
+     * Field _ypos.
+     */
+    private int _ypos;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _ypos
+     */
+    private boolean _has_ypos;
+
+    /**
+     * Field _width.
+     */
+    private int _width;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _width
+     */
+    private boolean _has_width;
+
+    /**
+     * Field _height.
+     */
+    private int _height;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _height
+     */
+    private boolean _has_height;
+
+    /**
+     * additional identifier which properly disambiguates
+     *  the structure view from any other view with the same
+     * attributes. This is not an ID,
+     *  because it is possible to have many references to the same
+     * physical structure view
+     *  from different sequences in an alignment. A structureState
+     * element citing the same
+     *  viewId will appear for each instance.
+     */
+    private java.lang.String _viewId;
+
+    /**
+     * Flag set if the alignment panel containing this JSeq should
+     * be explicitly linked to the Jmol view referred to/created by
+     * this structureState (since Jalview 2.7).
+     *  
+     */
+    private boolean _linkAlignPanel = true;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _linkAlignPanel
+     */
+    private boolean _has_linkAlignPanel;
+
+    /**
+     * Flag set if the alignment panel containing this JSeq should
+     * be included in those used to perform a structure
+     * superposition (since Jalview 2.7).
+     *  
+     */
+    private boolean _alignwithAlignPanel = true;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _alignwithAlignPanel
+     */
+    private boolean _has_alignwithAlignPanel;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public StructureState() {
+        super();
+        setContent("");
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deleteAlignwithAlignPanel(
+    ) {
+        this._has_alignwithAlignPanel= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteHeight(
+    ) {
+        this._has_height= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteLinkAlignPanel(
+    ) {
+        this._has_linkAlignPanel= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteVisible(
+    ) {
+        this._has_visible= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteWidth(
+    ) {
+        this._has_width= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteXpos(
+    ) {
+        this._has_xpos= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteYpos(
+    ) {
+        this._has_ypos= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'alignwithAlignPanel'. The field
+     * 'alignwithAlignPanel' has the following description: Flag
+     * set if the alignment panel containing this JSeq should be
+     * included in those used to perform a structure superposition
+     * (since Jalview 2.7).
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'AlignwithAlignPanel'.
+     */
+    public boolean getAlignwithAlignPanel(
+    ) {
+        return this._alignwithAlignPanel;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'content'. The field 'content'
+     * has the following description: internal content storage
+     * 
+     * @return the value of field 'Content'.
+     */
+    public java.lang.String getContent(
+    ) {
+        return this._content;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'height'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Height'.
+     */
+    public int getHeight(
+    ) {
+        return this._height;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'linkAlignPanel'. The field
+     * 'linkAlignPanel' has the following description: Flag set if
+     * the alignment panel containing this JSeq should be
+     * explicitly linked to the Jmol view referred to/created by
+     * this structureState (since Jalview 2.7).
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'LinkAlignPanel'.
+     */
+    public boolean getLinkAlignPanel(
+    ) {
+        return this._linkAlignPanel;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'viewId'. The field 'viewId' has
+     * the following description: additional identifier which
+     * properly disambiguates
+     *  the structure view from any other view with the same
+     * attributes. This is not an ID,
+     *  because it is possible to have many references to the same
+     * physical structure view
+     *  from different sequences in an alignment. A structureState
+     * element citing the same
+     *  viewId will appear for each instance.
+     * 
+     * @return the value of field 'ViewId'.
+     */
+    public java.lang.String getViewId(
+    ) {
+        return this._viewId;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'visible'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Visible'.
+     */
+    public boolean getVisible(
+    ) {
+        return this._visible;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'width'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Width'.
+     */
+    public int getWidth(
+    ) {
+        return this._width;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'xpos'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Xpos'.
+     */
+    public int getXpos(
+    ) {
+        return this._xpos;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'ypos'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Ypos'.
+     */
+    public int getYpos(
+    ) {
+        return this._ypos;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasAlignwithAlignPanel.
+     * 
+     * @return true if at least one AlignwithAlignPanel has been
+     * added
+     */
+    public boolean hasAlignwithAlignPanel(
+    ) {
+        return this._has_alignwithAlignPanel;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasHeight.
+     * 
+     * @return true if at least one Height has been added
+     */
+    public boolean hasHeight(
+    ) {
+        return this._has_height;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasLinkAlignPanel.
+     * 
+     * @return true if at least one LinkAlignPanel has been added
+     */
+    public boolean hasLinkAlignPanel(
+    ) {
+        return this._has_linkAlignPanel;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasVisible.
+     * 
+     * @return true if at least one Visible has been added
+     */
+    public boolean hasVisible(
+    ) {
+        return this._has_visible;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasWidth.
+     * 
+     * @return true if at least one Width has been added
+     */
+    public boolean hasWidth(
+    ) {
+        return this._has_width;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasXpos.
+     * 
+     * @return true if at least one Xpos has been added
+     */
+    public boolean hasXpos(
+    ) {
+        return this._has_xpos;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasYpos.
+     * 
+     * @return true if at least one Ypos has been added
+     */
+    public boolean hasYpos(
+    ) {
+        return this._has_ypos;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'alignwithAlignPanel'. The field
+     * 'alignwithAlignPanel' has the following description: Flag
+     * set if the alignment panel containing this JSeq should be
+     * included in those used to perform a structure superposition
+     * (since Jalview 2.7).
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'AlignwithAlignPanel'.
+     */
+    public boolean isAlignwithAlignPanel(
+    ) {
+        return this._alignwithAlignPanel;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'linkAlignPanel'. The field
+     * 'linkAlignPanel' has the following description: Flag set if
+     * the alignment panel containing this JSeq should be
+     * explicitly linked to the Jmol view referred to/created by
+     * this structureState (since Jalview 2.7).
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'LinkAlignPanel'.
+     */
+    public boolean isLinkAlignPanel(
+    ) {
+        return this._linkAlignPanel;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'visible'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Visible'.
+     */
+    public boolean isVisible(
+    ) {
+        return this._visible;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'alignwithAlignPanel'. The field
+     * 'alignwithAlignPanel' has the following description: Flag
+     * set if the alignment panel containing this JSeq should be
+     * included in those used to perform a structure superposition
+     * (since Jalview 2.7).
+     *  
+     * 
+     * @param alignwithAlignPanel the value of field
+     * 'alignwithAlignPanel'.
+     */
+    public void setAlignwithAlignPanel(
+            final boolean alignwithAlignPanel) {
+        this._alignwithAlignPanel = alignwithAlignPanel;
+        this._has_alignwithAlignPanel = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'content'. The field 'content' has
+     * the following description: internal content storage
+     * 
+     * @param content the value of field 'content'.
+     */
+    public void setContent(
+            final java.lang.String content) {
+        this._content = content;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'height'.
+     * 
+     * @param height the value of field 'height'.
+     */
+    public void setHeight(
+            final int height) {
+        this._height = height;
+        this._has_height = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'linkAlignPanel'. The field
+     * 'linkAlignPanel' has the following description: Flag set if
+     * the alignment panel containing this JSeq should be
+     * explicitly linked to the Jmol view referred to/created by
+     * this structureState (since Jalview 2.7).
+     *  
+     * 
+     * @param linkAlignPanel the value of field 'linkAlignPanel'.
+     */
+    public void setLinkAlignPanel(
+            final boolean linkAlignPanel) {
+        this._linkAlignPanel = linkAlignPanel;
+        this._has_linkAlignPanel = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'viewId'. The field 'viewId' has the
+     * following description: additional identifier which properly
+     * disambiguates
+     *  the structure view from any other view with the same
+     * attributes. This is not an ID,
+     *  because it is possible to have many references to the same
+     * physical structure view
+     *  from different sequences in an alignment. A structureState
+     * element citing the same
+     *  viewId will appear for each instance.
+     * 
+     * @param viewId the value of field 'viewId'.
+     */
+    public void setViewId(
+            final java.lang.String viewId) {
+        this._viewId = viewId;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'visible'.
+     * 
+     * @param visible the value of field 'visible'.
+     */
+    public void setVisible(
+            final boolean visible) {
+        this._visible = visible;
+        this._has_visible = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'width'.
+     * 
+     * @param width the value of field 'width'.
+     */
+    public void setWidth(
+            final int width) {
+        this._width = width;
+        this._has_width = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'xpos'.
+     * 
+     * @param xpos the value of field 'xpos'.
+     */
+    public void setXpos(
+            final int xpos) {
+        this._xpos = xpos;
+        this._has_xpos = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'ypos'.
+     * 
+     * @param ypos the value of field 'ypos'.
+     */
+    public void setYpos(
+            final int ypos) {
+        this._ypos = ypos;
+        this._has_ypos = true;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled
+     * jalview.schemabinding.version2.StructureState
+     */
+    public static jalview.schemabinding.version2.StructureState unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.StructureState.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }
index f479c36..4e3f124 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,235 +19,223 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class ThresholdLine implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _label.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _label;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _value.\r
-   */\r
-  private float _value;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _value\r
-   */\r
-  private boolean _has_value;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colour.\r
-   */\r
-  private int _colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colour\r
-   */\r
-  private boolean _has_colour;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public ThresholdLine()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
+public class ThresholdLine implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _label.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _label;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _value.\r
+     */\r
+    private float _value;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _value\r
+     */\r
+    private boolean _has_value;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colour.\r
+     */\r
+    private int _colour;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colour\r
      */\r
-  public void deleteColour()\r
-  {\r
-    this._has_colour = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_colour;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public ThresholdLine() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColour(\r
+    ) {\r
+        this._has_colour= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteValue(\r
+    ) {\r
+        this._has_value= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Colour'.\r
+     */\r
+    public int getColour(\r
+    ) {\r
+        return this._colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'label'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Label'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._label;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Value'.\r
+     */\r
+    public float getValue(\r
+    ) {\r
+        return this._value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColour.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Colour has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColour(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasValue.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Value has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasValue(\r
+    ) {\r
+        return this._has_value;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colour'.\r
+     * \r
+     * @param colour the value of field 'colour'.\r
+     */\r
+    public void setColour(\r
+            final int colour) {\r
+        this._colour = colour;\r
+        this._has_colour = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'label'.\r
+     * \r
+     * @param label the value of field 'label'.\r
+     */\r
+    public void setLabel(\r
+            final java.lang.String label) {\r
+        this._label = label;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'value'.\r
+     * \r
+     * @param value the value of field 'value'.\r
+     */\r
+    public void setValue(\r
+            final float value) {\r
+        this._value = value;\r
+        this._has_value = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class, reader);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
      */\r
-  public void deleteValue()\r
-  {\r
-    this._has_value = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Colour'.\r
-   */\r
-  public int getColour()\r
-  {\r
-    return this._colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'label'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Label'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getLabel()\r
-  {\r
-    return this._label;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Value'.\r
-   */\r
-  public float getValue()\r
-  {\r
-    return this._value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Colour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColour()\r
-  {\r
-    return this._has_colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasValue.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Value has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasValue()\r
-  {\r
-    return this._has_value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @param colour\r
-   *          the value of field 'colour'.\r
-   */\r
-  public void setColour(final int colour)\r
-  {\r
-    this._colour = colour;\r
-    this._has_colour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'label'.\r
-   * \r
-   * @param label\r
-   *          the value of field 'label'.\r
-   */\r
-  public void setLabel(final java.lang.String label)\r
-  {\r
-    this._label = label;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @param value\r
-   *          the value of field 'value'.\r
-   */\r
-  public void setValue(final float value)\r
-  {\r
-    this._value = value;\r
-    this._has_value = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 498e29f..c73cb12 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,857 +19,834 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Tree implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _width.\r
-   */\r
-  private int _width;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _width\r
-   */\r
-  private boolean _has_width;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _height.\r
-   */\r
-  private int _height;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _height\r
-   */\r
-  private boolean _has_height;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xpos.\r
-   */\r
-  private int _xpos;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _xpos\r
-   */\r
-  private boolean _has_xpos;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _ypos.\r
-   */\r
-  private int _ypos;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _ypos\r
-   */\r
-  private boolean _has_ypos;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _fontName;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontSize.\r
-   */\r
-  private int _fontSize;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _fontSize\r
-   */\r
-  private boolean _has_fontSize;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontStyle.\r
-   */\r
-  private int _fontStyle;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _fontStyle\r
-   */\r
-  private boolean _has_fontStyle;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _threshold.\r
-   */\r
-  private float _threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _threshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_threshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showBootstrap.\r
-   */\r
-  private boolean _showBootstrap;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showBootstrap\r
-   */\r
-  private boolean _has_showBootstrap;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showDistances.\r
-   */\r
-  private boolean _showDistances;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showDistances\r
-   */\r
-  private boolean _has_showDistances;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _markUnlinked.\r
-   */\r
-  private boolean _markUnlinked;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _markUnlinked\r
-   */\r
-  private boolean _has_markUnlinked;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fitToWindow.\r
-   */\r
-  private boolean _fitToWindow;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _fitToWindow\r
-   */\r
-  private boolean _has_fitToWindow;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _currentTree.\r
-   */\r
-  private boolean _currentTree;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _currentTree\r
-   */\r
-  private boolean _has_currentTree;\r
-\r
-  /**\r
-   * Tree ID added for binding tree visualization settings to vamsas document\r
-   * trees in jalview 2.4.1\r
-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _title.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _title;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _newick.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _newick;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public Tree()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteCurrentTree()\r
-  {\r
-    this._has_currentTree = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteFitToWindow()\r
-  {\r
-    this._has_fitToWindow = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteFontSize()\r
-  {\r
-    this._has_fontSize = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteFontStyle()\r
-  {\r
-    this._has_fontStyle = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteHeight()\r
-  {\r
-    this._has_height = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteMarkUnlinked()\r
-  {\r
-    this._has_markUnlinked = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteShowBootstrap()\r
-  {\r
-    this._has_showBootstrap = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteShowDistances()\r
-  {\r
-    this._has_showDistances = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_threshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteWidth()\r
-  {\r
-    this._has_width = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteXpos()\r
-  {\r
-    this._has_xpos = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteYpos()\r
-  {\r
-    this._has_ypos = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'currentTree'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
-   */\r
-  public boolean getCurrentTree()\r
-  {\r
-    return this._currentTree;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
-   */\r
-  public boolean getFitToWindow()\r
-  {\r
-    return this._fitToWindow;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontName'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FontName'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getFontName()\r
-  {\r
-    return this._fontName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontSize'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FontSize'.\r
-   */\r
-  public int getFontSize()\r
-  {\r
-    return this._fontSize;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FontStyle'.\r
-   */\r
-  public int getFontStyle()\r
-  {\r
-    return this._fontStyle;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'height'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Height'.\r
-   */\r
-  public int getHeight()\r
-  {\r
-    return this._height;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following\r
-   * description: Tree ID added for binding tree visualization settings to\r
-   * vamsas document trees in jalview 2.4.1\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
-   */\r
-  public boolean getMarkUnlinked()\r
-  {\r
-    return this._markUnlinked;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'newick'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Newick'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNewick()\r
-  {\r
-    return this._newick;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowBootstrap()\r
-  {\r
-    return this._showBootstrap;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showDistances'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowDistances()\r
-  {\r
-    return this._showDistances;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Threshold'.\r
-   */\r
-  public float getThreshold()\r
-  {\r
-    return this._threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'title'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Title'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getTitle()\r
-  {\r
-    return this._title;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'width'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Width'.\r
-   */\r
-  public int getWidth()\r
-  {\r
-    return this._width;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'xpos'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Xpos'.\r
-   */\r
-  public int getXpos()\r
-  {\r
-    return this._xpos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'ypos'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Ypos'.\r
-   */\r
-  public int getYpos()\r
-  {\r
-    return this._ypos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasCurrentTree.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one CurrentTree has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasCurrentTree()\r
-  {\r
-    return this._has_currentTree;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFitToWindow.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one FitToWindow has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasFitToWindow()\r
-  {\r
-    return this._has_fitToWindow;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFontSize.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one FontSize has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasFontSize()\r
-  {\r
-    return this._has_fontSize;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFontStyle.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one FontStyle has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasFontStyle()\r
-  {\r
-    return this._has_fontStyle;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasHeight.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Height has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasHeight()\r
-  {\r
-    return this._has_height;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasMarkUnlinked.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one MarkUnlinked has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasMarkUnlinked()\r
-  {\r
-    return this._has_markUnlinked;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowBootstrap.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowBootstrap has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowBootstrap()\r
-  {\r
-    return this._has_showBootstrap;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowDistances.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowDistances has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowDistances()\r
-  {\r
-    return this._has_showDistances;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Threshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_threshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasWidth.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Width has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasWidth()\r
-  {\r
-    return this._has_width;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasXpos.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Xpos has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasXpos()\r
-  {\r
-    return this._has_xpos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasYpos.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Ypos has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasYpos()\r
-  {\r
-    return this._has_ypos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'currentTree'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
-   */\r
-  public boolean isCurrentTree()\r
-  {\r
-    return this._currentTree;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
-   */\r
-  public boolean isFitToWindow()\r
-  {\r
-    return this._fitToWindow;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
-   */\r
-  public boolean isMarkUnlinked()\r
-  {\r
-    return this._markUnlinked;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowBootstrap()\r
-  {\r
-    return this._showBootstrap;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showDistances'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowDistances()\r
-  {\r
-    return this._showDistances;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'currentTree'.\r
-   * \r
-   * @param currentTree\r
-   *          the value of field 'currentTree'.\r
-   */\r
-  public void setCurrentTree(final boolean currentTree)\r
-  {\r
-    this._currentTree = currentTree;\r
-    this._has_currentTree = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fitToWindow'.\r
-   * \r
-   * @param fitToWindow\r
-   *          the value of field 'fitToWindow'.\r
-   */\r
-  public void setFitToWindow(final boolean fitToWindow)\r
-  {\r
-    this._fitToWindow = fitToWindow;\r
-    this._has_fitToWindow = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontName'.\r
-   * \r
-   * @param fontName\r
-   *          the value of field 'fontName'.\r
-   */\r
-  public void setFontName(final java.lang.String fontName)\r
-  {\r
-    this._fontName = fontName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontSize'.\r
-   * \r
-   * @param fontSize\r
-   *          the value of field 'fontSize'.\r
-   */\r
-  public void setFontSize(final int fontSize)\r
-  {\r
-    this._fontSize = fontSize;\r
-    this._has_fontSize = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
-   * \r
-   * @param fontStyle\r
-   *          the value of field 'fontStyle'.\r
-   */\r
-  public void setFontStyle(final int fontStyle)\r
-  {\r
-    this._fontStyle = fontStyle;\r
-    this._has_fontStyle = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'height'.\r
-   * \r
-   * @param height\r
-   *          the value of field 'height'.\r
-   */\r
-  public void setHeight(final int height)\r
-  {\r
-    this._height = height;\r
-    this._has_height = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:\r
-   * Tree ID added for binding tree visualization settings to vamsas document\r
-   * trees in jalview 2.4.1\r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'markUnlinked'.\r
-   * \r
-   * @param markUnlinked\r
-   *          the value of field 'markUnlinked'.\r
-   */\r
-  public void setMarkUnlinked(final boolean markUnlinked)\r
-  {\r
-    this._markUnlinked = markUnlinked;\r
-    this._has_markUnlinked = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'newick'.\r
-   * \r
-   * @param newick\r
-   *          the value of field 'newick'.\r
-   */\r
-  public void setNewick(final java.lang.String newick)\r
-  {\r
-    this._newick = newick;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showBootstrap'.\r
-   * \r
-   * @param showBootstrap\r
-   *          the value of field 'showBootstrap'.\r
-   */\r
-  public void setShowBootstrap(final boolean showBootstrap)\r
-  {\r
-    this._showBootstrap = showBootstrap;\r
-    this._has_showBootstrap = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showDistances'.\r
-   * \r
-   * @param showDistances\r
-   *          the value of field 'showDistances'.\r
-   */\r
-  public void setShowDistances(final boolean showDistances)\r
-  {\r
-    this._showDistances = showDistances;\r
-    this._has_showDistances = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'threshold'.\r
-   * \r
-   * @param threshold\r
-   *          the value of field 'threshold'.\r
-   */\r
-  public void setThreshold(final float threshold)\r
-  {\r
-    this._threshold = threshold;\r
-    this._has_threshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'title'.\r
-   * \r
-   * @param title\r
-   *          the value of field 'title'.\r
-   */\r
-  public void setTitle(final java.lang.String title)\r
-  {\r
-    this._title = title;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'width'.\r
-   * \r
-   * @param width\r
-   *          the value of field 'width'.\r
-   */\r
-  public void setWidth(final int width)\r
-  {\r
-    this._width = width;\r
-    this._has_width = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'xpos'.\r
-   * \r
-   * @param xpos\r
-   *          the value of field 'xpos'.\r
-   */\r
-  public void setXpos(final int xpos)\r
-  {\r
-    this._xpos = xpos;\r
-    this._has_xpos = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'ypos'.\r
-   * \r
-   * @param ypos\r
-   *          the value of field 'ypos'.\r
-   */\r
-  public void setYpos(final int ypos)\r
-  {\r
-    this._ypos = ypos;\r
-    this._has_ypos = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Tree\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Tree unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Tree) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Tree.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+public class Tree implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _width.\r
+     */\r
+    private int _width;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _width\r
+     */\r
+    private boolean _has_width;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _height.\r
+     */\r
+    private int _height;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _height\r
+     */\r
+    private boolean _has_height;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xpos.\r
+     */\r
+    private int _xpos;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _xpos\r
+     */\r
+    private boolean _has_xpos;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _ypos.\r
+     */\r
+    private int _ypos;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _ypos\r
+     */\r
+    private boolean _has_ypos;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _fontName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _fontName;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _fontSize.\r
+     */\r
+    private int _fontSize;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _fontSize\r
+     */\r
+    private boolean _has_fontSize;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _fontStyle.\r
+     */\r
+    private int _fontStyle;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _fontStyle\r
+     */\r
+    private boolean _has_fontStyle;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _threshold.\r
+     */\r
+    private float _threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _threshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showBootstrap.\r
+     */\r
+    private boolean _showBootstrap;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showBootstrap\r
+     */\r
+    private boolean _has_showBootstrap;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showDistances.\r
+     */\r
+    private boolean _showDistances;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showDistances\r
+     */\r
+    private boolean _has_showDistances;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _markUnlinked.\r
+     */\r
+    private boolean _markUnlinked;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _markUnlinked\r
+     */\r
+    private boolean _has_markUnlinked;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _fitToWindow.\r
+     */\r
+    private boolean _fitToWindow;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _fitToWindow\r
+     */\r
+    private boolean _has_fitToWindow;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _currentTree.\r
+     */\r
+    private boolean _currentTree;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _currentTree\r
+     */\r
+    private boolean _has_currentTree;\r
+\r
+    /**\r
+     * Tree ID added for binding tree visualization settings to\r
+     * vamsas document trees in jalview 2.4.1\r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _title.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _title;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _newick.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _newick;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Tree() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteCurrentTree(\r
+    ) {\r
+        this._has_currentTree= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteFitToWindow(\r
+    ) {\r
+        this._has_fitToWindow= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteFontSize(\r
+    ) {\r
+        this._has_fontSize= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteFontStyle(\r
+    ) {\r
+        this._has_fontStyle= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteHeight(\r
+    ) {\r
+        this._has_height= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMarkUnlinked(\r
+    ) {\r
+        this._has_markUnlinked= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowBootstrap(\r
+    ) {\r
+        this._has_showBootstrap= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowDistances(\r
+    ) {\r
+        this._has_showDistances= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_threshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteWidth(\r
+    ) {\r
+        this._has_width= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteXpos(\r
+    ) {\r
+        this._has_xpos= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteYpos(\r
+    ) {\r
+        this._has_ypos= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'currentTree'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
+     */\r
+    public boolean getCurrentTree(\r
+    ) {\r
+        return this._currentTree;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
+     */\r
+    public boolean getFitToWindow(\r
+    ) {\r
+        return this._fitToWindow;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontName'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FontName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getFontName(\r
+    ) {\r
+        return this._fontName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontSize'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FontSize'.\r
+     */\r
+    public int getFontSize(\r
+    ) {\r
+        return this._fontSize;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FontStyle'.\r
+     */\r
+    public int getFontStyle(\r
+    ) {\r
+        return this._fontStyle;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'height'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Height'.\r
+     */\r
+    public int getHeight(\r
+    ) {\r
+        return this._height;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: Tree ID added for binding tree\r
+     * visualization settings to vamsas document trees in jalview\r
+     * 2.4.1\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
+     */\r
+    public boolean getMarkUnlinked(\r
+    ) {\r
+        return this._markUnlinked;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'newick'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Newick'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNewick(\r
+    ) {\r
+        return this._newick;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowBootstrap(\r
+    ) {\r
+        return this._showBootstrap;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showDistances'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowDistances(\r
+    ) {\r
+        return this._showDistances;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Threshold'.\r
+     */\r
+    public float getThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'title'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Title'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getTitle(\r
+    ) {\r
+        return this._title;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'width'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Width'.\r
+     */\r
+    public int getWidth(\r
+    ) {\r
+        return this._width;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'xpos'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Xpos'.\r
+     */\r
+    public int getXpos(\r
+    ) {\r
+        return this._xpos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ypos'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Ypos'.\r
+     */\r
+    public int getYpos(\r
+    ) {\r
+        return this._ypos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasCurrentTree.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one CurrentTree has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasCurrentTree(\r
+    ) {\r
+        return this._has_currentTree;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFitToWindow.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one FitToWindow has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasFitToWindow(\r
+    ) {\r
+        return this._has_fitToWindow;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFontSize.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one FontSize has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasFontSize(\r
+    ) {\r
+        return this._has_fontSize;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFontStyle.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one FontStyle has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasFontStyle(\r
+    ) {\r
+        return this._has_fontStyle;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasHeight.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Height has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasHeight(\r
+    ) {\r
+        return this._has_height;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMarkUnlinked.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one MarkUnlinked has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMarkUnlinked(\r
+    ) {\r
+        return this._has_markUnlinked;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowBootstrap.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowBootstrap has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowBootstrap(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showBootstrap;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowDistances.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowDistances has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowDistances(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showDistances;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Threshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasWidth.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Width has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasWidth(\r
+    ) {\r
+        return this._has_width;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasXpos.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Xpos has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasXpos(\r
+    ) {\r
+        return this._has_xpos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasYpos.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Ypos has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasYpos(\r
+    ) {\r
+        return this._has_ypos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'currentTree'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
+     */\r
+    public boolean isCurrentTree(\r
+    ) {\r
+        return this._currentTree;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
+     */\r
+    public boolean isFitToWindow(\r
+    ) {\r
+        return this._fitToWindow;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
+     */\r
+    public boolean isMarkUnlinked(\r
+    ) {\r
+        return this._markUnlinked;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowBootstrap(\r
+    ) {\r
+        return this._showBootstrap;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showDistances'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowDistances(\r
+    ) {\r
+        return this._showDistances;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'currentTree'.\r
+     * \r
+     * @param currentTree the value of field 'currentTree'.\r
+     */\r
+    public void setCurrentTree(\r
+            final boolean currentTree) {\r
+        this._currentTree = currentTree;\r
+        this._has_currentTree = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fitToWindow'.\r
+     * \r
+     * @param fitToWindow the value of field 'fitToWindow'.\r
+     */\r
+    public void setFitToWindow(\r
+            final boolean fitToWindow) {\r
+        this._fitToWindow = fitToWindow;\r
+        this._has_fitToWindow = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontName'.\r
+     * \r
+     * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
+     */\r
+    public void setFontName(\r
+            final java.lang.String fontName) {\r
+        this._fontName = fontName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontSize'.\r
+     * \r
+     * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
+     */\r
+    public void setFontSize(\r
+            final int fontSize) {\r
+        this._fontSize = fontSize;\r
+        this._has_fontSize = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
+     * \r
+     * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
+     */\r
+    public void setFontStyle(\r
+            final int fontStyle) {\r
+        this._fontStyle = fontStyle;\r
+        this._has_fontStyle = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'height'.\r
+     * \r
+     * @param height the value of field 'height'.\r
+     */\r
+    public void setHeight(\r
+            final int height) {\r
+        this._height = height;\r
+        this._has_height = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: Tree ID added for binding tree\r
+     * visualization settings to vamsas document trees in jalview\r
+     * 2.4.1\r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'markUnlinked'.\r
+     * \r
+     * @param markUnlinked the value of field 'markUnlinked'.\r
+     */\r
+    public void setMarkUnlinked(\r
+            final boolean markUnlinked) {\r
+        this._markUnlinked = markUnlinked;\r
+        this._has_markUnlinked = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'newick'.\r
+     * \r
+     * @param newick the value of field 'newick'.\r
+     */\r
+    public void setNewick(\r
+            final java.lang.String newick) {\r
+        this._newick = newick;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showBootstrap'.\r
+     * \r
+     * @param showBootstrap the value of field 'showBootstrap'.\r
+     */\r
+    public void setShowBootstrap(\r
+            final boolean showBootstrap) {\r
+        this._showBootstrap = showBootstrap;\r
+        this._has_showBootstrap = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showDistances'.\r
+     * \r
+     * @param showDistances the value of field 'showDistances'.\r
+     */\r
+    public void setShowDistances(\r
+            final boolean showDistances) {\r
+        this._showDistances = showDistances;\r
+        this._has_showDistances = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
+     */\r
+    public void setThreshold(\r
+            final float threshold) {\r
+        this._threshold = threshold;\r
+        this._has_threshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'title'.\r
+     * \r
+     * @param title the value of field 'title'.\r
+     */\r
+    public void setTitle(\r
+            final java.lang.String title) {\r
+        this._title = title;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'width'.\r
+     * \r
+     * @param width the value of field 'width'.\r
+     */\r
+    public void setWidth(\r
+            final int width) {\r
+        this._width = width;\r
+        this._has_width = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'xpos'.\r
+     * \r
+     * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
+     */\r
+    public void setXpos(\r
+            final int xpos) {\r
+        this._xpos = xpos;\r
+        this._has_xpos = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'ypos'.\r
+     * \r
+     * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
+     */\r
+    public void setYpos(\r
+            final int ypos) {\r
+        this._ypos = ypos;\r
+        this._has_ypos = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Tree\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Tree unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Tree) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Tree.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 28c415f..3cb65e0 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,109 +19,99 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class UserColourScheme extends JalviewUserColours implements\r
-        java.io.Serializable\r
+public class UserColourScheme extends JalviewUserColours \r
+implements java.io.Serializable\r
 {\r
 \r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
 \r
-  public UserColourScheme()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
+    public UserColourScheme() {\r
+        super();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(\r
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-                    reader);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme.class, reader);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 12356b5..062024f 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,164 +19,152 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class UserColours implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _id.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
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-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public UserColours()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'userColourScheme'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'UserColourScheme'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme getUserColourScheme()\r
-  {\r
-    return this._userColourScheme;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
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-    {\r
-      return false;\r
+public class UserColours implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _id.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _id;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _userColourScheme.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme _userColourScheme;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public UserColours() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'userColourScheme'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'UserColourScheme'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme getUserColourScheme(\r
+    ) {\r
+        return this._userColourScheme;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'.\r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'userColourScheme'.\r
+     * \r
+     * @param userColourScheme the value of field 'userColourScheme'\r
+     */\r
+    public void setUserColourScheme(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme userColourScheme) {\r
+        this._userColourScheme = userColourScheme;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.UserColours\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.UserColours unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.UserColours.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'.\r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'userColourScheme'.\r
-   * \r
-   * @param userColourScheme\r
-   *          the value of field 'userColourScheme'\r
-   */\r
-  public void setUserColourScheme(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme userColourScheme)\r
-  {\r
-    this._userColourScheme = userColourScheme;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
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-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.UserColours\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.UserColours unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,\r
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-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
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-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
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-  }\r
 \r
 }\r
index a0b3460..ae8e17f 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,436 +19,411 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class VAMSAS implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
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-\r
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-   * Field _treeList.\r
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-\r
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-  // ----------------/\r
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-  // ----------------/\r
-\r
-  public VAMSAS()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._treeList = new java.util.Vector();\r
-    this._sequenceSetList = new java.util.Vector();\r
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-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
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-   * \r
-   * \r
-   * @param vSequenceSet\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSequenceSet(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSequenceSet\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addSequenceSet(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._sequenceSetList.add(index, vSequenceSet);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vTree\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addTree(final java.lang.String vTree)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._treeList.addElement(vTree);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vTree\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addTree(final int index, final java.lang.String vTree)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._treeList.add(index, vTree);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateSequenceSet.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.SequenceSet\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet()\r
-  {\r
-    return this._sequenceSetList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateTree.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
-  {\r
-    return this._treeList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequenceSet.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.SequenceSet at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet getSequenceSet(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSequenceSet: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");\r
+public class VAMSAS implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _treeList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _treeList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _sequenceSetList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _sequenceSetList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public VAMSAS() {\r
+        super();\r
+        this._treeList = new java.util.Vector();\r
+        this._sequenceSetList = new java.util.Vector();\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) _sequenceSetList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequenceSet.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] getSequenceSet()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] array = new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[]) this._sequenceSetList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getSequenceSetCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getSequenceSetCount()\r
-  {\r
-    return this._sequenceSetList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getTree.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
-   */\r
-  public java.lang.String getTree(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSequenceSet\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSequenceSet(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);\r
     }\r
 \r
-    return (java.lang.String) _treeList.get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getTree.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public java.lang.String[] getTree()\r
-  {\r
-    java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
-    return (java.lang.String[]) this._treeList.toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getTreeCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getTreeCount()\r
-  {\r
-    return this._treeList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSequenceSet\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addSequenceSet(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._sequenceSetList.add(index, vSequenceSet);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vTree\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-  public void removeAllSequenceSet()\r
-  {\r
-    this._sequenceSetList.clear();\r
-  }\r
+    public void addTree(\r
+            final java.lang.String vTree)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._treeList.addElement(vTree);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vTree\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
      */\r
-  public void removeAllTree()\r
-  {\r
-    this._treeList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSequenceSet.\r
-   * \r
-   * @param vSequenceSet\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeSequenceSet(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
-  {\r
-    boolean removed = _sequenceSetList.remove(vSequenceSet);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeSequenceSetAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet removeSequenceSetAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._sequenceSetList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeTree.\r
-   * \r
-   * @param vTree\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeTree(final java.lang.String vTree)\r
-  {\r
-    boolean removed = _treeList.remove(vTree);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeTreeAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public java.lang.String removeTreeAt(final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);\r
-    return (java.lang.String) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vSequenceSet\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setSequenceSet(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSequenceSet: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");\r
+    public void addTree(\r
+            final int index,\r
+            final java.lang.String vTree)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._treeList.add(index, vTree);\r
     }\r
 \r
-    this._sequenceSetList.set(index, vSequenceSet);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vSequenceSetArray\r
-   */\r
-  public void setSequenceSet(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] vSequenceSetArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _sequenceSetList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vSequenceSetArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._sequenceSetList.add(vSequenceSetArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Method enumerateSequenceSet.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceSet elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceSetList.elements();\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vTree\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setTree(final int index, final java.lang.String vTree)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._treeList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index\r
-              + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateTree.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateTree(\r
+    ) {\r
+        return this._treeList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequenceSet.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.SequenceSet at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet getSequenceSet(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getSequenceSet: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) _sequenceSetList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequenceSet.Returns the contents of the collection\r
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] getSequenceSet(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] array = new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[]) this._sequenceSetList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getSequenceSetCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getSequenceSetCount(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceSetList.size();\r
     }\r
 \r
-    this._treeList.set(index, vTree);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vTreeArray\r
-   */\r
-  public void setTree(final java.lang.String[] vTreeArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _treeList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._treeList.add(vTreeArray[i]);\r
+    /**\r
+     * Method getTree.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
+     */\r
+    public java.lang.String getTree(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (java.lang.String) _treeList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getTree.Returns the contents of the collection in an\r
+     * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
+     * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
+     * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public java.lang.String[] getTree(\r
+    ) {\r
+        java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
+        return (java.lang.String[]) this._treeList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getTreeCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getTreeCount(\r
+    ) {\r
+        return this._treeList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllSequenceSet(\r
+    ) {\r
+        this._sequenceSetList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllTree(\r
+    ) {\r
+        this._treeList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSequenceSet.\r
+     * \r
+     * @param vSequenceSet\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeSequenceSet(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet) {\r
+        boolean removed = _sequenceSetList.remove(vSequenceSet);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeSequenceSetAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet removeSequenceSetAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._sequenceSetList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeTree.\r
+     * \r
+     * @param vTree\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeTree(\r
+            final java.lang.String vTree) {\r
+        boolean removed = _treeList.remove(vTree);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeTreeAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public java.lang.String removeTreeAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);\r
+        return (java.lang.String) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vSequenceSet\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setSequenceSet(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setSequenceSet: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._sequenceSetList.set(index, vSequenceSet);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vSequenceSetArray\r
+     */\r
+    public void setSequenceSet(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] vSequenceSetArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _sequenceSetList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vSequenceSetArray.length; i++) {\r
+                this._sequenceSetList.add(vSequenceSetArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vTree\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setTree(\r
+            final int index,\r
+            final java.lang.String vTree)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._treeList.set(index, vTree);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vTreeArray\r
+     */\r
+    public void setTree(\r
+            final java.lang.String[] vTreeArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _treeList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++) {\r
+                this._treeList.add(vTreeArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.VAMSAS\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.VAMSAS unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.VAMSAS\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.VAMSAS unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r
index d76cc82..26814dc 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,106 +19,98 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class VamsasModel extends VAMSAS implements java.io.Serializable\r
+public class VamsasModel extends VAMSAS \r
+implements java.io.Serializable\r
 {\r
 \r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
 \r
-  public VamsasModel()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
+    public VamsasModel() {\r
+        super();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.VAMSAS\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.VAMSAS unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.VamsasModel.class, reader);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.VAMSAS\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.VAMSAS unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.VamsasModel.class, reader);\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 3cfdb3e..49b0db2 100755 (executable)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -29,2465 +19,2416 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Viewport implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _conservationSelected.\r
-   */\r
-  private boolean _conservationSelected;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private boolean _has_conservationSelected;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pidSelected.\r
-   */\r
-  private boolean _pidSelected;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private boolean _has_pidSelected;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _bgColour.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _bgColour;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private int _consThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _consThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_consThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _pidThreshold.\r
-   */\r
-  private int _pidThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_pidThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _title.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _title;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showFullId.\r
-   */\r
-  private boolean _showFullId;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showFullId\r
-   */\r
-  private boolean _has_showFullId;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _rightAlignIds.\r
-   */\r
-  private boolean _rightAlignIds;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
-   */\r
-  private boolean _has_rightAlignIds;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showText.\r
-   */\r
-  private boolean _showText;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showText\r
-   */\r
-  private boolean _has_showText;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showColourText.\r
-   */\r
-  private boolean _showColourText;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showColourText\r
-   */\r
-  private boolean _has_showColourText;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showUnconserved.\r
-   */\r
-  private boolean _showUnconserved = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
-   */\r
-  private boolean _has_showUnconserved;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showBoxes.\r
-   */\r
-  private boolean _showBoxes;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showBoxes\r
-   */\r
-  private boolean _has_showBoxes;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _wrapAlignment.\r
-   */\r
-  private boolean _wrapAlignment;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
-   */\r
-  private boolean _has_wrapAlignment;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _renderGaps.\r
-   */\r
-  private boolean _renderGaps;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _renderGaps\r
-   */\r
-  private boolean _has_renderGaps;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showSequenceFeatures.\r
-   */\r
-  private boolean _showSequenceFeatures;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
-   */\r
-  private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showNPfeatureTooltip.\r
-   */\r
-  private boolean _showNPfeatureTooltip;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip\r
-   */\r
-  private boolean _has_showNPfeatureTooltip;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showDbRefTooltip.\r
-   */\r
-  private boolean _showDbRefTooltip;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip\r
-   */\r
-  private boolean _has_showDbRefTooltip;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _followHighlight.\r
-   */\r
-  private boolean _followHighlight = true;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _followHighlight\r
-   */\r
-  private boolean _has_followHighlight;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _followSelection.\r
-   */\r
-  private boolean _followSelection = true;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _followSelection\r
-   */\r
-  private boolean _has_followSelection;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showAnnotation.\r
-   */\r
-  private boolean _showAnnotation;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
-   */\r
-  private boolean _has_showAnnotation;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _centreColumnLabels.\r
-   */\r
-  private boolean _centreColumnLabels = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _centreColumnLabels\r
-   */\r
-  private boolean _has_centreColumnLabels;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showGroupConservation.\r
-   */\r
-  private boolean _showGroupConservation = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showGroupConservation\r
-   */\r
-  private boolean _has_showGroupConservation;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showGroupConsensus.\r
-   */\r
-  private boolean _showGroupConsensus = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showGroupConsensus\r
-   */\r
-  private boolean _has_showGroupConsensus;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showConsensusHistogram.\r
-   */\r
-  private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
-   */\r
-  private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _showSequenceLogo.\r
-   */\r
-  private boolean _showSequenceLogo = false;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
-   */\r
-  private boolean _has_showSequenceLogo;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
-   */\r
-  private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
-   */\r
-  private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xpos.\r
-   */\r
-  private int _xpos;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _xpos\r
-   */\r
-  private boolean _has_xpos;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _ypos.\r
-   */\r
-  private int _ypos;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _ypos\r
-   */\r
-  private boolean _has_ypos;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _width.\r
-   */\r
-  private int _width;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _width\r
-   */\r
-  private boolean _has_width;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _height.\r
-   */\r
-  private int _height;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _height\r
-   */\r
-  private boolean _has_height;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _startRes.\r
-   */\r
-  private int _startRes;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _startRes\r
-   */\r
-  private boolean _has_startRes;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _startSeq.\r
-   */\r
-  private int _startSeq;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _startSeq\r
-   */\r
-  private boolean _has_startSeq;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _fontName;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontSize.\r
-   */\r
-  private int _fontSize;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _fontSize\r
-   */\r
-  private boolean _has_fontSize;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _fontStyle.\r
-   */\r
-  private int _fontStyle;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _fontStyle\r
-   */\r
-  private boolean _has_fontStyle;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _viewName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _viewName;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequenceSetId.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _sequenceSetId;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _gatheredViews.\r
-   */\r
-  private boolean _gatheredViews;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
-   */\r
-  private boolean _has_gatheredViews;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textCol1.\r
-   */\r
-  private int _textCol1;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textCol1\r
-   */\r
-  private boolean _has_textCol1;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textCol2.\r
-   */\r
-  private int _textCol2;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textCol2\r
-   */\r
-  private boolean _has_textCol2;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _textColThreshold.\r
-   */\r
-  private int _textColThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
-   */\r
-  private boolean _has_textColThreshold;\r
-\r
-  /**\r
-   * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated\r
-   * views\r
-   * \r
-   */\r
-  private java.lang.String _id;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _annotationColours.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _hiddenColumnsList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
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-\r
-  public Viewport()\r
-  {\r
-    super();\r
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-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vHiddenColumns\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addHiddenColumns(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vHiddenColumns\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addHiddenColumns(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteCentreColumnLabels()\r
-  {\r
-    this._has_centreColumnLabels = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteConsThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_consThreshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteConservationSelected()\r
-  {\r
-    this._has_conservationSelected = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteFollowHighlight()\r
-  {\r
-    this._has_followHighlight = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteFollowSelection()\r
-  {\r
-    this._has_followSelection = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteFontSize()\r
-  {\r
-    this._has_fontSize = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteFontStyle()\r
-  {\r
-    this._has_fontStyle = false;\r
-  }\r
+public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _conservationSelected.\r
+     */\r
+    private boolean _conservationSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
+     */\r
+    private boolean _has_conservationSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pidSelected.\r
+     */\r
+    private boolean _pidSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pidSelected\r
+     */\r
+    private boolean _has_pidSelected;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _bgColour.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _bgColour;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _consThreshold.\r
+     */\r
+    private int _consThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _consThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_consThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pidThreshold.\r
+     */\r
+    private int _pidThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_pidThreshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _title.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _title;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showFullId.\r
+     */\r
+    private boolean _showFullId;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showFullId\r
+     */\r
+    private boolean _has_showFullId;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _rightAlignIds.\r
+     */\r
+    private boolean _rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
+     */\r
+    private boolean _has_rightAlignIds;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showText.\r
+     */\r
+    private boolean _showText;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showText\r
+     */\r
+    private boolean _has_showText;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showColourText.\r
+     */\r
+    private boolean _showColourText;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showColourText\r
+     */\r
+    private boolean _has_showColourText;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showUnconserved.\r
+     */\r
+    private boolean _showUnconserved = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
+     */\r
+    private boolean _has_showUnconserved;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showBoxes.\r
+     */\r
+    private boolean _showBoxes;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showBoxes\r
+     */\r
+    private boolean _has_showBoxes;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _wrapAlignment.\r
+     */\r
+    private boolean _wrapAlignment;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
+     */\r
+    private boolean _has_wrapAlignment;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _renderGaps.\r
+     */\r
+    private boolean _renderGaps;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _renderGaps\r
+     */\r
+    private boolean _has_renderGaps;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showSequenceFeatures.\r
+     */\r
+    private boolean _showSequenceFeatures;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
+     */\r
+    private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showNPfeatureTooltip.\r
+     */\r
+    private boolean _showNPfeatureTooltip;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip\r
+     */\r
+    private boolean _has_showNPfeatureTooltip;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showDbRefTooltip.\r
+     */\r
+    private boolean _showDbRefTooltip;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip\r
+     */\r
+    private boolean _has_showDbRefTooltip;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _followHighlight.\r
+     */\r
+    private boolean _followHighlight = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _followHighlight\r
+     */\r
+    private boolean _has_followHighlight;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _followSelection.\r
+     */\r
+    private boolean _followSelection = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _followSelection\r
+     */\r
+    private boolean _has_followSelection;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showAnnotation.\r
+     */\r
+    private boolean _showAnnotation;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
+     */\r
+    private boolean _has_showAnnotation;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _centreColumnLabels.\r
+     */\r
+    private boolean _centreColumnLabels = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _centreColumnLabels\r
+     */\r
+    private boolean _has_centreColumnLabels;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showGroupConservation.\r
+     */\r
+    private boolean _showGroupConservation = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showGroupConservation\r
+     */\r
+    private boolean _has_showGroupConservation;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showGroupConsensus.\r
+     */\r
+    private boolean _showGroupConsensus = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showGroupConsensus\r
+     */\r
+    private boolean _has_showGroupConsensus;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showConsensusHistogram.\r
+     */\r
+    private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
+     */\r
+    private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _showSequenceLogo.\r
+     */\r
+    private boolean _showSequenceLogo = false;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
+     */\r
+    private boolean _has_showSequenceLogo;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
+     */\r
+    private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
+     */\r
+    private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xpos.\r
+     */\r
+    private int _xpos;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _xpos\r
+     */\r
+    private boolean _has_xpos;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _ypos.\r
+     */\r
+    private int _ypos;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _ypos\r
+     */\r
+    private boolean _has_ypos;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _width.\r
+     */\r
+    private int _width;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _width\r
+     */\r
+    private boolean _has_width;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _height.\r
+     */\r
+    private int _height;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _height\r
+     */\r
+    private boolean _has_height;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _startRes.\r
+     */\r
+    private int _startRes;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _startRes\r
+     */\r
+    private boolean _has_startRes;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _startSeq.\r
      */\r
-  public void deleteGatheredViews()\r
-  {\r
-    this._has_gatheredViews = false;\r
-  }\r
+    private int _startSeq;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _startSeq\r
      */\r
-  public void deleteHeight()\r
-  {\r
-    this._has_height = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_startSeq;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _fontName.\r
      */\r
-  public void deleteIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    this._has_ignoreGapsinConsensus = false;\r
-  }\r
+    private java.lang.String _fontName;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _fontSize.\r
      */\r
-  public void deletePidSelected()\r
-  {\r
-    this._has_pidSelected = false;\r
-  }\r
+    private int _fontSize;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _fontSize\r
      */\r
-  public void deletePidThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_pidThreshold = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_fontSize;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _fontStyle.\r
      */\r
-  public void deleteRenderGaps()\r
-  {\r
-    this._has_renderGaps = false;\r
-  }\r
+    private int _fontStyle;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _fontStyle\r
      */\r
-  public void deleteRightAlignIds()\r
-  {\r
-    this._has_rightAlignIds = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_fontStyle;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _viewName.\r
      */\r
-  public void deleteShowAnnotation()\r
-  {\r
-    this._has_showAnnotation = false;\r
-  }\r
+    private java.lang.String _viewName;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _sequenceSetId.\r
      */\r
-  public void deleteShowBoxes()\r
-  {\r
-    this._has_showBoxes = false;\r
-  }\r
+    private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _gatheredViews.\r
      */\r
-  public void deleteShowColourText()\r
-  {\r
-    this._has_showColourText = false;\r
-  }\r
+    private boolean _gatheredViews;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
      */\r
-  public void deleteShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    this._has_showConsensusHistogram = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_gatheredViews;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _textCol1.\r
      */\r
-  public void deleteShowDbRefTooltip()\r
-  {\r
-    this._has_showDbRefTooltip = false;\r
-  }\r
+    private int _textCol1;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol1\r
      */\r
-  public void deleteShowFullId()\r
-  {\r
-    this._has_showFullId = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_textCol1;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _textCol2.\r
      */\r
-  public void deleteShowGroupConsensus()\r
-  {\r
-    this._has_showGroupConsensus = false;\r
-  }\r
+    private int _textCol2;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textCol2\r
      */\r
-  public void deleteShowGroupConservation()\r
-  {\r
-    this._has_showGroupConservation = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_textCol2;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _textColThreshold.\r
      */\r
-  public void deleteShowNPfeatureTooltip()\r
-  {\r
-    this._has_showNPfeatureTooltip = false;\r
-  }\r
+    private int _textColThreshold;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
      */\r
-  public void deleteShowSequenceFeatures()\r
-  {\r
-    this._has_showSequenceFeatures = false;\r
-  }\r
+    private boolean _has_textColThreshold;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
+     * instantiated views\r
+     *  \r
      */\r
-  public void deleteShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    this._has_showSequenceLogo = false;\r
-  }\r
+    private java.lang.String _id;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _annotationColours.\r
      */\r
-  public void deleteShowText()\r
-  {\r
-    this._has_showText = false;\r
-  }\r
+    private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 \r
-  /**\r
+    /**\r
+     * Field _hiddenColumnsList.\r
      */\r
-  public void deleteShowUnconserved()\r
-  {\r
-    this._has_showUnconserved = false;\r
-  }\r
+    private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 \r
-  /**\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public Viewport() {\r
+        super();\r
+        this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addHiddenColumns(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addHiddenColumns(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteCentreColumnLabels(\r
+    ) {\r
+        this._has_centreColumnLabels= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteConsThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_consThreshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteConservationSelected(\r
+    ) {\r
+        this._has_conservationSelected= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteFollowHighlight(\r
+    ) {\r
+        this._has_followHighlight= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteFollowSelection(\r
+    ) {\r
+        this._has_followSelection= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteFontSize(\r
+    ) {\r
+        this._has_fontSize= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteFontStyle(\r
+    ) {\r
+        this._has_fontStyle= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteGatheredViews(\r
+    ) {\r
+        this._has_gatheredViews= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteHeight(\r
+    ) {\r
+        this._has_height= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deletePidSelected(\r
+    ) {\r
+        this._has_pidSelected= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deletePidThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_pidThreshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteRenderGaps(\r
+    ) {\r
+        this._has_renderGaps= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteRightAlignIds(\r
+    ) {\r
+        this._has_rightAlignIds= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowAnnotation(\r
+    ) {\r
+        this._has_showAnnotation= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowBoxes(\r
+    ) {\r
+        this._has_showBoxes= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowColourText(\r
+    ) {\r
+        this._has_showColourText= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        this._has_showConsensusHistogram= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowDbRefTooltip(\r
+    ) {\r
+        this._has_showDbRefTooltip= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowFullId(\r
+    ) {\r
+        this._has_showFullId= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowGroupConsensus(\r
+    ) {\r
+        this._has_showGroupConsensus= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowGroupConservation(\r
+    ) {\r
+        this._has_showGroupConservation= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowNPfeatureTooltip(\r
+    ) {\r
+        this._has_showNPfeatureTooltip= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowSequenceFeatures(\r
+    ) {\r
+        this._has_showSequenceFeatures= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        this._has_showSequenceLogo= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowText(\r
+    ) {\r
+        this._has_showText= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        this._has_showUnconserved= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteStartRes(\r
+    ) {\r
+        this._has_startRes= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
      */\r
-  public void deleteStartRes()\r
-  {\r
-    this._has_startRes = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteStartSeq()\r
-  {\r
-    this._has_startSeq = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteTextCol1()\r
-  {\r
-    this._has_textCol1 = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteTextCol2()\r
-  {\r
-    this._has_textCol2 = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteTextColThreshold()\r
-  {\r
-    this._has_textColThreshold = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteWidth()\r
-  {\r
-    this._has_width = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteWrapAlignment()\r
-  {\r
-    this._has_wrapAlignment = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteXpos()\r
-  {\r
-    this._has_xpos = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteYpos()\r
-  {\r
-    this._has_ypos = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateHiddenColumns.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all\r
-   *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
-  {\r
-    return this._hiddenColumnsList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
-  {\r
-    return this._annotationColours;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'bgColour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'BgColour'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getBgColour()\r
-  {\r
-    return this._bgColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean getCentreColumnLabels()\r
-  {\r
-    return this._centreColumnLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getConsThreshold()\r
-  {\r
-    return this._consThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
-   */\r
-  public boolean getConservationSelected()\r
-  {\r
-    return this._conservationSelected;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
-   */\r
-  public boolean getFollowHighlight()\r
-  {\r
-    return this._followHighlight;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'followSelection'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
-   */\r
-  public boolean getFollowSelection()\r
-  {\r
-    return this._followSelection;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontName'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FontName'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getFontName()\r
-  {\r
-    return this._fontName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontSize'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FontSize'.\r
-   */\r
-  public int getFontSize()\r
-  {\r
-    return this._fontSize;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FontStyle'.\r
-   */\r
-  public int getFontStyle()\r
-  {\r
-    return this._fontStyle;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
-   */\r
-  public boolean getGatheredViews()\r
-  {\r
-    return this._gatheredViews;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'height'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Height'.\r
-   */\r
-  public int getHeight()\r
-  {\r
-    return this._height;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenColumns.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at\r
-   *         the given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getHiddenColumnsCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getHiddenColumnsCount()\r
-  {\r
-    return this._hiddenColumnsList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following\r
-   * description: unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
-   * instantiated views\r
-   * \r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Id'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getId()\r
-  {\r
-    return this._id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
-   */\r
-  public boolean getIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    return this._ignoreGapsinConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'PidSelected'.\r
-   */\r
-  public boolean getPidSelected()\r
-  {\r
-    return this._pidSelected;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getPidThreshold()\r
-  {\r
-    return this._pidThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
-   */\r
-  public boolean getRenderGaps()\r
-  {\r
-    return this._renderGaps;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
-   */\r
-  public boolean getRightAlignIds()\r
-  {\r
-    return this._rightAlignIds;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSequenceSetId()\r
-  {\r
-    return this._sequenceSetId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowAnnotation()\r
-  {\r
-    return this._showAnnotation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowBoxes()\r
-  {\r
-    return this._showBoxes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showColourText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowColourText()\r
-  {\r
-    return this._showColourText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    return this._showConsensusHistogram;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowDbRefTooltip()\r
-  {\r
-    return this._showDbRefTooltip;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showFullId'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowFullId()\r
-  {\r
-    return this._showFullId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowGroupConsensus()\r
-  {\r
-    return this._showGroupConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowGroupConservation()\r
-  {\r
-    return this._showGroupConservation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowNPfeatureTooltip()\r
-  {\r
-    return this._showNPfeatureTooltip;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowSequenceFeatures()\r
-  {\r
-    return this._showSequenceFeatures;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    return this._showSequenceLogo;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowText'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowText()\r
-  {\r
-    return this._showText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
-   */\r
-  public boolean getShowUnconserved()\r
-  {\r
-    return this._showUnconserved;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'startRes'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'StartRes'.\r
-   */\r
-  public int getStartRes()\r
-  {\r
-    return this._startRes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'startSeq'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'StartSeq'.\r
-   */\r
-  public int getStartSeq()\r
-  {\r
-    return this._startSeq;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textCol1'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'TextCol1'.\r
-   */\r
-  public int getTextCol1()\r
-  {\r
-    return this._textCol1;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textCol2'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'TextCol2'.\r
-   */\r
-  public int getTextCol2()\r
-  {\r
-    return this._textCol2;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
-   */\r
-  public int getTextColThreshold()\r
-  {\r
-    return this._textColThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'title'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Title'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getTitle()\r
-  {\r
-    return this._title;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'viewName'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ViewName'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getViewName()\r
-  {\r
-    return this._viewName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'width'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Width'.\r
-   */\r
-  public int getWidth()\r
-  {\r
-    return this._width;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
-   */\r
-  public boolean getWrapAlignment()\r
-  {\r
-    return this._wrapAlignment;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'xpos'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Xpos'.\r
-   */\r
-  public int getXpos()\r
-  {\r
-    return this._xpos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'ypos'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Ypos'.\r
-   */\r
-  public int getYpos()\r
-  {\r
-    return this._ypos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasCentreColumnLabels.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde\r
-   */\r
-  public boolean hasCentreColumnLabels()\r
-  {\r
-    return this._has_centreColumnLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasConsThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasConsThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_consThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasConservationSelected.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ConservationSelected has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasConservationSelected()\r
-  {\r
-    return this._has_conservationSelected;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFollowHighlight.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one FollowHighlight has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasFollowHighlight()\r
-  {\r
-    return this._has_followHighlight;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFollowSelection.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one FollowSelection has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasFollowSelection()\r
-  {\r
-    return this._has_followSelection;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFontSize.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one FontSize has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasFontSize()\r
-  {\r
-    return this._has_fontSize;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasFontStyle.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one FontStyle has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasFontStyle()\r
-  {\r
-    return this._has_fontStyle;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasGatheredViews.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasGatheredViews()\r
-  {\r
-    return this._has_gatheredViews;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasHeight.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Height has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasHeight()\r
-  {\r
-    return this._has_height;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPidSelected.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one PidSelected has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasPidSelected()\r
-  {\r
-    return this._has_pidSelected;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasPidThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasPidThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_pidThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasRenderGaps.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasRenderGaps()\r
-  {\r
-    return this._has_renderGaps;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasRightAlignIds.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasRightAlignIds()\r
-  {\r
-    return this._has_rightAlignIds;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowAnnotation.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowAnnotation()\r
-  {\r
-    return this._has_showAnnotation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowBoxes.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowBoxes()\r
-  {\r
-    return this._has_showBoxes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowColourText.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowColourText()\r
-  {\r
-    return this._has_showColourText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowConsensusHistogram.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    return this._has_showConsensusHistogram;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowDbRefTooltip.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowDbRefTooltip()\r
-  {\r
-    return this._has_showDbRefTooltip;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowFullId.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowFullId()\r
-  {\r
-    return this._has_showFullId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowGroupConsensus.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde\r
-   */\r
-  public boolean hasShowGroupConsensus()\r
-  {\r
-    return this._has_showGroupConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowGroupConservation.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowGroupConservation has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowGroupConservation()\r
-  {\r
-    return this._has_showGroupConservation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowNPfeatureTooltip.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowNPfeatureTooltip()\r
-  {\r
-    return this._has_showNPfeatureTooltip;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowSequenceFeatures.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
-  {\r
-    return this._has_showSequenceFeatures;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowSequenceLogo.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    return this._has_showSequenceLogo;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowText.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowText has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowText()\r
-  {\r
-    return this._has_showText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasShowUnconserved.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasShowUnconserved()\r
-  {\r
-    return this._has_showUnconserved;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStartRes.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one StartRes has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasStartRes()\r
-  {\r
-    return this._has_startRes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasStartSeq.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one StartSeq has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasStartSeq()\r
-  {\r
-    return this._has_startSeq;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextCol1.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasTextCol1()\r
-  {\r
-    return this._has_textCol1;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextCol2.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasTextCol2()\r
-  {\r
-    return this._has_textCol2;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasTextColThreshold.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasTextColThreshold()\r
-  {\r
-    return this._has_textColThreshold;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasWidth.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Width has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasWidth()\r
-  {\r
-    return this._has_width;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasWrapAlignment.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasWrapAlignment()\r
-  {\r
-    return this._has_wrapAlignment;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasXpos.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Xpos has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasXpos()\r
-  {\r
-    return this._has_xpos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasYpos.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Ypos has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasYpos()\r
-  {\r
-    return this._has_ypos;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
-   */\r
-  public boolean isCentreColumnLabels()\r
-  {\r
-    return this._centreColumnLabels;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
-   */\r
-  public boolean isConservationSelected()\r
-  {\r
-    return this._conservationSelected;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
-   */\r
-  public boolean isFollowHighlight()\r
-  {\r
-    return this._followHighlight;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'followSelection'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
-   */\r
-  public boolean isFollowSelection()\r
-  {\r
-    return this._followSelection;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
-   */\r
-  public boolean isGatheredViews()\r
-  {\r
-    return this._gatheredViews;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
-   */\r
-  public boolean isIgnoreGapsinConsensus()\r
-  {\r
-    return this._ignoreGapsinConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'PidSelected'.\r
-   */\r
-  public boolean isPidSelected()\r
-  {\r
-    return this._pidSelected;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
-   */\r
-  public boolean isRenderGaps()\r
-  {\r
-    return this._renderGaps;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
-   */\r
-  public boolean isRightAlignIds()\r
-  {\r
-    return this._rightAlignIds;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowAnnotation()\r
-  {\r
-    return this._showAnnotation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowBoxes()\r
-  {\r
-    return this._showBoxes;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showColourText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowColourText()\r
-  {\r
-    return this._showColourText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowConsensusHistogram()\r
-  {\r
-    return this._showConsensusHistogram;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowDbRefTooltip()\r
-  {\r
-    return this._showDbRefTooltip;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showFullId'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowFullId()\r
-  {\r
-    return this._showFullId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowGroupConsensus()\r
-  {\r
-    return this._showGroupConsensus;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowGroupConservation()\r
-  {\r
-    return this._showGroupConservation;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowNPfeatureTooltip()\r
-  {\r
-    return this._showNPfeatureTooltip;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowSequenceFeatures()\r
-  {\r
-    return this._showSequenceFeatures;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowSequenceLogo()\r
-  {\r
-    return this._showSequenceLogo;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showText'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowText'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowText()\r
-  {\r
-    return this._showText;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
-   */\r
-  public boolean isShowUnconserved()\r
-  {\r
-    return this._showUnconserved;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
-   */\r
-  public boolean isWrapAlignment()\r
-  {\r
-    return this._wrapAlignment;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void removeAllHiddenColumns()\r
-  {\r
-    this._hiddenColumnsList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeHiddenColumns.\r
-   * \r
-   * @param vHiddenColumns\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeHiddenColumns(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
-  {\r
-    boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeHiddenColumnsAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
-   * \r
-   * @param annotationColours\r
-   *          the value of field 'annotationColours'.\r
-   */\r
-  public void setAnnotationColours(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
-  {\r
-    this._annotationColours = annotationColours;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'bgColour'.\r
-   * \r
-   * @param bgColour\r
-   *          the value of field 'bgColour'.\r
-   */\r
-  public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)\r
-  {\r
-    this._bgColour = bgColour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.\r
-   * \r
-   * @param centreColumnLabels\r
-   *          the value of field 'centreColumnLabels'.\r
-   */\r
-  public void setCentreColumnLabels(final boolean centreColumnLabels)\r
-  {\r
-    this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;\r
-    this._has_centreColumnLabels = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
-   * \r
-   * @param consThreshold\r
-   *          the value of field 'consThreshold'.\r
-   */\r
-  public void setConsThreshold(final int consThreshold)\r
-  {\r
-    this._consThreshold = consThreshold;\r
-    this._has_consThreshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
-   * \r
-   * @param conservationSelected\r
-   *          the value of field 'conservationSelected'.\r
-   */\r
-  public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)\r
-  {\r
-    this._conservationSelected = conservationSelected;\r
-    this._has_conservationSelected = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'followHighlight'.\r
-   * \r
-   * @param followHighlight\r
-   *          the value of field 'followHighlight'.\r
-   */\r
-  public void setFollowHighlight(final boolean followHighlight)\r
-  {\r
-    this._followHighlight = followHighlight;\r
-    this._has_followHighlight = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'followSelection'.\r
-   * \r
-   * @param followSelection\r
-   *          the value of field 'followSelection'.\r
-   */\r
-  public void setFollowSelection(final boolean followSelection)\r
-  {\r
-    this._followSelection = followSelection;\r
-    this._has_followSelection = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontName'.\r
-   * \r
-   * @param fontName\r
-   *          the value of field 'fontName'.\r
-   */\r
-  public void setFontName(final java.lang.String fontName)\r
-  {\r
-    this._fontName = fontName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontSize'.\r
-   * \r
-   * @param fontSize\r
-   *          the value of field 'fontSize'.\r
-   */\r
-  public void setFontSize(final int fontSize)\r
-  {\r
-    this._fontSize = fontSize;\r
-    this._has_fontSize = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
-   * \r
-   * @param fontStyle\r
-   *          the value of field 'fontStyle'.\r
-   */\r
-  public void setFontStyle(final int fontStyle)\r
-  {\r
-    this._fontStyle = fontStyle;\r
-    this._has_fontStyle = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
-   * \r
-   * @param gatheredViews\r
-   *          the value of field 'gatheredViews'.\r
-   */\r
-  public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)\r
-  {\r
-    this._gatheredViews = gatheredViews;\r
-    this._has_gatheredViews = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'height'.\r
-   * \r
-   * @param height\r
-   *          the value of field 'height'.\r
-   */\r
-  public void setHeight(final int height)\r
-  {\r
-    this._height = height;\r
-    this._has_height = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vHiddenColumns\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setHiddenColumns(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
-    }\r
-\r
-    this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vHiddenColumnsArray\r
-   */\r
-  public void setHiddenColumns(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _hiddenColumnsList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:\r
-   * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated\r
-   * views\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param id\r
-   *          the value of field 'id'.\r
-   */\r
-  public void setId(final java.lang.String id)\r
-  {\r
-    this._id = id;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   * \r
-   * @param ignoreGapsinConsensus\r
-   *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
-   */\r
-  public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)\r
-  {\r
-    this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
-    this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
-   * \r
-   * @param pidSelected\r
-   *          the value of field 'pidSelected'.\r
-   */\r
-  public void setPidSelected(final boolean pidSelected)\r
-  {\r
-    this._pidSelected = pidSelected;\r
-    this._has_pidSelected = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
-   * \r
-   * @param pidThreshold\r
-   *          the value of field 'pidThreshold'.\r
-   */\r
-  public void setPidThreshold(final int pidThreshold)\r
-  {\r
-    this._pidThreshold = pidThreshold;\r
-    this._has_pidThreshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
-   * \r
-   * @param renderGaps\r
-   *          the value of field 'renderGaps'.\r
-   */\r
-  public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)\r
-  {\r
-    this._renderGaps = renderGaps;\r
-    this._has_renderGaps = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   * \r
-   * @param rightAlignIds\r
-   *          the value of field 'rightAlignIds'.\r
-   */\r
-  public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)\r
-  {\r
-    this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
-    this._has_rightAlignIds = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
-   * \r
-   * @param sequenceSetId\r
-   *          the value of field 'sequenceSetId'.\r
-   */\r
-  public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)\r
-  {\r
-    this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
-   * \r
-   * @param showAnnotation\r
-   *          the value of field 'showAnnotation'.\r
-   */\r
-  public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)\r
-  {\r
-    this._showAnnotation = showAnnotation;\r
-    this._has_showAnnotation = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
-   * \r
-   * @param showBoxes\r
-   *          the value of field 'showBoxes'.\r
-   */\r
-  public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)\r
-  {\r
-    this._showBoxes = showBoxes;\r
-    this._has_showBoxes = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showColourText'.\r
-   * \r
-   * @param showColourText\r
-   *          the value of field 'showColourText'.\r
-   */\r
-  public void setShowColourText(final boolean showColourText)\r
-  {\r
-    this._showColourText = showColourText;\r
-    this._has_showColourText = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   * \r
-   * @param showConsensusHistogram\r
-   *          the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
-   */\r
-  public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)\r
-  {\r
-    this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
-    this._has_showConsensusHistogram = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
-   * \r
-   * @param showDbRefTooltip\r
-   *          the value of field 'showDbRefTooltip'\r
-   */\r
-  public void setShowDbRefTooltip(final boolean showDbRefTooltip)\r
-  {\r
-    this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;\r
-    this._has_showDbRefTooltip = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showFullId'.\r
-   * \r
-   * @param showFullId\r
-   *          the value of field 'showFullId'.\r
-   */\r
-  public void setShowFullId(final boolean showFullId)\r
-  {\r
-    this._showFullId = showFullId;\r
-    this._has_showFullId = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.\r
-   * \r
-   * @param showGroupConsensus\r
-   *          the value of field 'showGroupConsensus'.\r
-   */\r
-  public void setShowGroupConsensus(final boolean showGroupConsensus)\r
-  {\r
-    this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;\r
-    this._has_showGroupConsensus = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showGroupConservation'.\r
-   * \r
-   * @param showGroupConservation\r
-   *          the value of field 'showGroupConservation'.\r
-   */\r
-  public void setShowGroupConservation(final boolean showGroupConservation)\r
-  {\r
-    this._showGroupConservation = showGroupConservation;\r
-    this._has_showGroupConservation = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
-   * \r
-   * @param showNPfeatureTooltip\r
-   *          the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
-   */\r
-  public void setShowNPfeatureTooltip(final boolean showNPfeatureTooltip)\r
-  {\r
-    this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;\r
-    this._has_showNPfeatureTooltip = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
-   * \r
-   * @param showSequenceFeatures\r
-   *          the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
-   */\r
-  public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)\r
-  {\r
-    this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
-    this._has_showSequenceFeatures = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
-   * \r
-   * @param showSequenceLogo\r
-   *          the value of field 'showSequenceLogo'\r
-   */\r
-  public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)\r
-  {\r
-    this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
-    this._has_showSequenceLogo = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showText'.\r
-   * \r
-   * @param showText\r
-   *          the value of field 'showText'.\r
-   */\r
-  public void setShowText(final boolean showText)\r
-  {\r
-    this._showText = showText;\r
-    this._has_showText = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
-   * \r
-   * @param showUnconserved\r
-   *          the value of field 'showUnconserved'.\r
-   */\r
-  public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)\r
-  {\r
-    this._showUnconserved = showUnconserved;\r
-    this._has_showUnconserved = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'startRes'.\r
-   * \r
-   * @param startRes\r
-   *          the value of field 'startRes'.\r
-   */\r
-  public void setStartRes(final int startRes)\r
-  {\r
-    this._startRes = startRes;\r
-    this._has_startRes = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'startSeq'.\r
-   * \r
-   * @param startSeq\r
-   *          the value of field 'startSeq'.\r
-   */\r
-  public void setStartSeq(final int startSeq)\r
-  {\r
-    this._startSeq = startSeq;\r
-    this._has_startSeq = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textCol1'.\r
-   * \r
-   * @param textCol1\r
-   *          the value of field 'textCol1'.\r
-   */\r
-  public void setTextCol1(final int textCol1)\r
-  {\r
-    this._textCol1 = textCol1;\r
-    this._has_textCol1 = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textCol2'.\r
-   * \r
-   * @param textCol2\r
-   *          the value of field 'textCol2'.\r
-   */\r
-  public void setTextCol2(final int textCol2)\r
-  {\r
-    this._textCol2 = textCol2;\r
-    this._has_textCol2 = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
-   * \r
-   * @param textColThreshold\r
-   *          the value of field 'textColThreshold'\r
-   */\r
-  public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)\r
-  {\r
-    this._textColThreshold = textColThreshold;\r
-    this._has_textColThreshold = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'title'.\r
-   * \r
-   * @param title\r
-   *          the value of field 'title'.\r
-   */\r
-  public void setTitle(final java.lang.String title)\r
-  {\r
-    this._title = title;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'viewName'.\r
-   * \r
-   * @param viewName\r
-   *          the value of field 'viewName'.\r
-   */\r
-  public void setViewName(final java.lang.String viewName)\r
-  {\r
-    this._viewName = viewName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'width'.\r
-   * \r
-   * @param width\r
-   *          the value of field 'width'.\r
-   */\r
-  public void setWidth(final int width)\r
-  {\r
-    this._width = width;\r
-    this._has_width = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   * \r
-   * @param wrapAlignment\r
-   *          the value of field 'wrapAlignment'.\r
-   */\r
-  public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)\r
-  {\r
-    this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
-    this._has_wrapAlignment = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'xpos'.\r
-   * \r
-   * @param xpos\r
-   *          the value of field 'xpos'.\r
-   */\r
-  public void setXpos(final int xpos)\r
-  {\r
-    this._xpos = xpos;\r
-    this._has_xpos = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'ypos'.\r
-   * \r
-   * @param ypos\r
-   *          the value of field 'ypos'.\r
-   */\r
-  public void setYpos(final int ypos)\r
-  {\r
-    this._ypos = ypos;\r
-    this._has_ypos = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
+    public void deleteStartSeq(\r
+    ) {\r
+        this._has_startSeq= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteTextCol1(\r
+    ) {\r
+        this._has_textCol1= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteTextCol2(\r
+    ) {\r
+        this._has_textCol2= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteTextColThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_textColThreshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteWidth(\r
+    ) {\r
+        this._has_width= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteWrapAlignment(\r
+    ) {\r
+        this._has_wrapAlignment= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteXpos(\r
+    ) {\r
+        this._has_xpos= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteYpos(\r
+    ) {\r
+        this._has_ypos= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateHiddenColumns.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
+    ) {\r
+        return this._hiddenColumnsList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
+    ) {\r
+        return this._annotationColours;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'bgColour'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'BgColour'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getBgColour(\r
+    ) {\r
+        return this._bgColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean getCentreColumnLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._centreColumnLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getConsThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._consThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
+     */\r
+    public boolean getConservationSelected(\r
+    ) {\r
+        return this._conservationSelected;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
+     */\r
+    public boolean getFollowHighlight(\r
+    ) {\r
+        return this._followHighlight;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'followSelection'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
+     */\r
+    public boolean getFollowSelection(\r
+    ) {\r
+        return this._followSelection;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontName'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FontName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getFontName(\r
+    ) {\r
+        return this._fontName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontSize'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FontSize'.\r
+     */\r
+    public int getFontSize(\r
+    ) {\r
+        return this._fontSize;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FontStyle'.\r
+     */\r
+    public int getFontStyle(\r
+    ) {\r
+        return this._fontStyle;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
+     */\r
+    public boolean getGatheredViews(\r
+    ) {\r
+        return this._gatheredViews;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'height'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Height'.\r
+     */\r
+    public int getHeight(\r
+    ) {\r
+        return this._height;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumns.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
+     * index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
+     * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
+     * collection contents are changing in another thread, we pass\r
+     * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
+     * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
+     * exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getHiddenColumnsCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getHiddenColumnsCount(\r
+    ) {\r
+        return this._hiddenColumnsList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: unique id used by jalview to\r
+     * synchronize between stored and instantiated views\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Id'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getId(\r
+    ) {\r
+        return this._id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'PidSelected'.\r
+     */\r
+    public boolean getPidSelected(\r
+    ) {\r
+        return this._pidSelected;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getPidThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._pidThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
+     */\r
+    public boolean getRenderGaps(\r
+    ) {\r
+        return this._renderGaps;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public boolean getRightAlignIds(\r
+    ) {\r
+        return this._rightAlignIds;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSequenceSetId(\r
+    ) {\r
+        return this._sequenceSetId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowAnnotation(\r
+    ) {\r
+        return this._showAnnotation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowBoxes(\r
+    ) {\r
+        return this._showBoxes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showColourText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowColourText(\r
+    ) {\r
+        return this._showColourText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowDbRefTooltip(\r
+    ) {\r
+        return this._showDbRefTooltip;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showFullId'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowFullId(\r
+    ) {\r
+        return this._showFullId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowGroupConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._showGroupConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowGroupConservation(\r
+    ) {\r
+        return this._showGroupConservation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowNPfeatureTooltip(\r
+    ) {\r
+        return this._showNPfeatureTooltip;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowSequenceFeatures(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceFeatures;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowText'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowText(\r
+    ) {\r
+        return this._showText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
+     */\r
+    public boolean getShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'startRes'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'StartRes'.\r
+     */\r
+    public int getStartRes(\r
+    ) {\r
+        return this._startRes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'startSeq'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'StartSeq'.\r
+     */\r
+    public int getStartSeq(\r
+    ) {\r
+        return this._startSeq;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'TextCol1'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol1(\r
+    ) {\r
+        return this._textCol1;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'TextCol2'.\r
+     */\r
+    public int getTextCol2(\r
+    ) {\r
+        return this._textCol2;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
+     */\r
+    public int getTextColThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._textColThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'title'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Title'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getTitle(\r
+    ) {\r
+        return this._title;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'viewName'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ViewName'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getViewName(\r
+    ) {\r
+        return this._viewName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'width'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Width'.\r
+     */\r
+    public int getWidth(\r
+    ) {\r
+        return this._width;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
+     */\r
+    public boolean getWrapAlignment(\r
+    ) {\r
+        return this._wrapAlignment;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'xpos'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Xpos'.\r
+     */\r
+    public int getXpos(\r
+    ) {\r
+        return this._xpos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ypos'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Ypos'.\r
+     */\r
+    public int getYpos(\r
+    ) {\r
+        return this._ypos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasCentreColumnLabels.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde\r
+     */\r
+    public boolean hasCentreColumnLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._has_centreColumnLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasConsThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasConsThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_consThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasConservationSelected.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasConservationSelected(\r
+    ) {\r
+        return this._has_conservationSelected;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFollowHighlight.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one FollowHighlight has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasFollowHighlight(\r
+    ) {\r
+        return this._has_followHighlight;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFollowSelection.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one FollowSelection has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasFollowSelection(\r
+    ) {\r
+        return this._has_followSelection;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFontSize.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one FontSize has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasFontSize(\r
+    ) {\r
+        return this._has_fontSize;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasFontStyle.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one FontStyle has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasFontStyle(\r
+    ) {\r
+        return this._has_fontStyle;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasGatheredViews.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasGatheredViews(\r
+    ) {\r
+        return this._has_gatheredViews;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasHeight.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Height has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasHeight(\r
+    ) {\r
+        return this._has_height;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPidSelected.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one PidSelected has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasPidSelected(\r
+    ) {\r
+        return this._has_pidSelected;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasPidThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasPidThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_pidThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasRenderGaps.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasRenderGaps(\r
+    ) {\r
+        return this._has_renderGaps;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasRightAlignIds.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasRightAlignIds(\r
+    ) {\r
+        return this._has_rightAlignIds;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowAnnotation.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowAnnotation(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showAnnotation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowBoxes.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowBoxes(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showBoxes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowColourText.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowColourText(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showColourText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowConsensusHistogram.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowDbRefTooltip.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowDbRefTooltip(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showDbRefTooltip;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowFullId.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowFullId(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showFullId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowGroupConsensus.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde\r
+     */\r
+    public boolean hasShowGroupConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showGroupConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowGroupConservation.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowGroupConservation has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowGroupConservation(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showGroupConservation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowNPfeatureTooltip.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowNPfeatureTooltip(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showNPfeatureTooltip;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowSequenceFeatures.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
+     * added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showSequenceFeatures;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowSequenceLogo.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowText.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowText has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowText(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasShowUnconserved.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._has_showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStartRes.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one StartRes has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStartRes(\r
+    ) {\r
+        return this._has_startRes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasStartSeq.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one StartSeq has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasStartSeq(\r
+    ) {\r
+        return this._has_startSeq;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextCol1.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextCol1(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textCol1;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextCol2.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextCol2(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textCol2;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasTextColThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasTextColThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_textColThreshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasWidth.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Width has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasWidth(\r
+    ) {\r
+        return this._has_width;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasWrapAlignment.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasWrapAlignment(\r
+    ) {\r
+        return this._has_wrapAlignment;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasXpos.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Xpos has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasXpos(\r
+    ) {\r
+        return this._has_xpos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasYpos.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Ypos has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasYpos(\r
+    ) {\r
+        return this._has_ypos;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
+     */\r
+    public boolean isCentreColumnLabels(\r
+    ) {\r
+        return this._centreColumnLabels;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
+     */\r
+    public boolean isConservationSelected(\r
+    ) {\r
+        return this._conservationSelected;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
+     */\r
+    public boolean isFollowHighlight(\r
+    ) {\r
+        return this._followHighlight;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'followSelection'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
+     */\r
+    public boolean isFollowSelection(\r
+    ) {\r
+        return this._followSelection;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
+     */\r
+    public boolean isGatheredViews(\r
+    ) {\r
+        return this._gatheredViews;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._ignoreGapsinConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'PidSelected'.\r
+     */\r
+    public boolean isPidSelected(\r
+    ) {\r
+        return this._pidSelected;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
+     */\r
+    public boolean isRenderGaps(\r
+    ) {\r
+        return this._renderGaps;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public boolean isRightAlignIds(\r
+    ) {\r
+        return this._rightAlignIds;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowAnnotation(\r
+    ) {\r
+        return this._showAnnotation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowBoxes(\r
+    ) {\r
+        return this._showBoxes;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showColourText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowColourText(\r
+    ) {\r
+        return this._showColourText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowConsensusHistogram(\r
+    ) {\r
+        return this._showConsensusHistogram;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowDbRefTooltip(\r
+    ) {\r
+        return this._showDbRefTooltip;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showFullId'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowFullId(\r
+    ) {\r
+        return this._showFullId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowGroupConsensus(\r
+    ) {\r
+        return this._showGroupConsensus;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowGroupConservation(\r
+    ) {\r
+        return this._showGroupConservation;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowNPfeatureTooltip(\r
+    ) {\r
+        return this._showNPfeatureTooltip;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowSequenceFeatures(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceFeatures;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowSequenceLogo(\r
+    ) {\r
+        return this._showSequenceLogo;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showText'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowText'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowText(\r
+    ) {\r
+        return this._showText;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
+     */\r
+    public boolean isShowUnconserved(\r
+    ) {\r
+        return this._showUnconserved;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
+     */\r
+    public boolean isWrapAlignment(\r
+    ) {\r
+        return this._wrapAlignment;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllHiddenColumns(\r
+    ) {\r
+        this._hiddenColumnsList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeHiddenColumns.\r
+     * \r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeHiddenColumns(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
+        boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeHiddenColumnsAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
+     * \r
+     * @param annotationColours the value of field\r
+     * 'annotationColours'.\r
+     */\r
+    public void setAnnotationColours(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
+        this._annotationColours = annotationColours;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'bgColour'.\r
+     * \r
+     * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
+     */\r
+    public void setBgColour(\r
+            final java.lang.String bgColour) {\r
+        this._bgColour = bgColour;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.\r
+     * \r
+     * @param centreColumnLabels the value of field\r
+     * 'centreColumnLabels'.\r
+     */\r
+    public void setCentreColumnLabels(\r
+            final boolean centreColumnLabels) {\r
+        this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;\r
+        this._has_centreColumnLabels = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
+     */\r
+    public void setConsThreshold(\r
+            final int consThreshold) {\r
+        this._consThreshold = consThreshold;\r
+        this._has_consThreshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
+     * \r
+     * @param conservationSelected the value of field\r
+     * 'conservationSelected'.\r
+     */\r
+    public void setConservationSelected(\r
+            final boolean conservationSelected) {\r
+        this._conservationSelected = conservationSelected;\r
+        this._has_conservationSelected = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'followHighlight'.\r
+     * \r
+     * @param followHighlight the value of field 'followHighlight'.\r
+     */\r
+    public void setFollowHighlight(\r
+            final boolean followHighlight) {\r
+        this._followHighlight = followHighlight;\r
+        this._has_followHighlight = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'followSelection'.\r
+     * \r
+     * @param followSelection the value of field 'followSelection'.\r
+     */\r
+    public void setFollowSelection(\r
+            final boolean followSelection) {\r
+        this._followSelection = followSelection;\r
+        this._has_followSelection = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontName'.\r
+     * \r
+     * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
+     */\r
+    public void setFontName(\r
+            final java.lang.String fontName) {\r
+        this._fontName = fontName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontSize'.\r
+     * \r
+     * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
+     */\r
+    public void setFontSize(\r
+            final int fontSize) {\r
+        this._fontSize = fontSize;\r
+        this._has_fontSize = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
+     * \r
+     * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
+     */\r
+    public void setFontStyle(\r
+            final int fontStyle) {\r
+        this._fontStyle = fontStyle;\r
+        this._has_fontStyle = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
+     * \r
+     * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
+     */\r
+    public void setGatheredViews(\r
+            final boolean gatheredViews) {\r
+        this._gatheredViews = gatheredViews;\r
+        this._has_gatheredViews = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'height'.\r
+     * \r
+     * @param height the value of field 'height'.\r
+     */\r
+    public void setHeight(\r
+            final int height) {\r
+        this._height = height;\r
+        this._has_height = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vHiddenColumns\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setHiddenColumns(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vHiddenColumnsArray\r
+     */\r
+    public void setHiddenColumns(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _hiddenColumnsList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
+                this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
+        }\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
+     * following description: unique id used by jalview to\r
+     * synchronize between stored and instantiated views\r
+     *  \r
+     * \r
+     * @param id the value of field 'id'.\r
+     */\r
+    public void setId(\r
+            final java.lang.String id) {\r
+        this._id = id;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     * \r
+     * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
+     * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
+     */\r
+    public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
+            final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
+        this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
+        this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
+     * \r
+     * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
+     */\r
+    public void setPidSelected(\r
+            final boolean pidSelected) {\r
+        this._pidSelected = pidSelected;\r
+        this._has_pidSelected = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
+     */\r
+    public void setPidThreshold(\r
+            final int pidThreshold) {\r
+        this._pidThreshold = pidThreshold;\r
+        this._has_pidThreshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
+     * \r
+     * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
+     */\r
+    public void setRenderGaps(\r
+            final boolean renderGaps) {\r
+        this._renderGaps = renderGaps;\r
+        this._has_renderGaps = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     * \r
+     * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
+     */\r
+    public void setRightAlignIds(\r
+            final boolean rightAlignIds) {\r
+        this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
+        this._has_rightAlignIds = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     * \r
+     * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
+     */\r
+    public void setSequenceSetId(\r
+            final java.lang.String sequenceSetId) {\r
+        this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
+     * \r
+     * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
+     */\r
+    public void setShowAnnotation(\r
+            final boolean showAnnotation) {\r
+        this._showAnnotation = showAnnotation;\r
+        this._has_showAnnotation = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
+     * \r
+     * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
+     */\r
+    public void setShowBoxes(\r
+            final boolean showBoxes) {\r
+        this._showBoxes = showBoxes;\r
+        this._has_showBoxes = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showColourText'.\r
+     * \r
+     * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
+     */\r
+    public void setShowColourText(\r
+            final boolean showColourText) {\r
+        this._showColourText = showColourText;\r
+        this._has_showColourText = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
+     * \r
+     * @param showConsensusHistogram the value of field\r
+     * 'showConsensusHistogram'.\r
+     */\r
+    public void setShowConsensusHistogram(\r
+            final boolean showConsensusHistogram) {\r
+        this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
+        this._has_showConsensusHistogram = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
+     * \r
+     * @param showDbRefTooltip the value of field 'showDbRefTooltip'\r
+     */\r
+    public void setShowDbRefTooltip(\r
+            final boolean showDbRefTooltip) {\r
+        this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;\r
+        this._has_showDbRefTooltip = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showFullId'.\r
+     * \r
+     * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
+     */\r
+    public void setShowFullId(\r
+            final boolean showFullId) {\r
+        this._showFullId = showFullId;\r
+        this._has_showFullId = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.\r
+     * \r
+     * @param showGroupConsensus the value of field\r
+     * 'showGroupConsensus'.\r
+     */\r
+    public void setShowGroupConsensus(\r
+            final boolean showGroupConsensus) {\r
+        this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;\r
+        this._has_showGroupConsensus = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showGroupConservation'.\r
+     * \r
+     * @param showGroupConservation the value of field\r
+     * 'showGroupConservation'.\r
+     */\r
+    public void setShowGroupConservation(\r
+            final boolean showGroupConservation) {\r
+        this._showGroupConservation = showGroupConservation;\r
+        this._has_showGroupConservation = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
+     * \r
+     * @param showNPfeatureTooltip the value of field\r
+     * 'showNPfeatureTooltip'.\r
+     */\r
+    public void setShowNPfeatureTooltip(\r
+            final boolean showNPfeatureTooltip) {\r
+        this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;\r
+        this._has_showNPfeatureTooltip = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
+     * \r
+     * @param showSequenceFeatures the value of field\r
+     * 'showSequenceFeatures'.\r
+     */\r
+    public void setShowSequenceFeatures(\r
+            final boolean showSequenceFeatures) {\r
+        this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
+        this._has_showSequenceFeatures = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
+     * \r
+     * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'\r
+     */\r
+    public void setShowSequenceLogo(\r
+            final boolean showSequenceLogo) {\r
+        this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
+        this._has_showSequenceLogo = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showText'.\r
+     * \r
+     * @param showText the value of field 'showText'.\r
+     */\r
+    public void setShowText(\r
+            final boolean showText) {\r
+        this._showText = showText;\r
+        this._has_showText = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
+     * \r
+     * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
+     */\r
+    public void setShowUnconserved(\r
+            final boolean showUnconserved) {\r
+        this._showUnconserved = showUnconserved;\r
+        this._has_showUnconserved = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'startRes'.\r
+     * \r
+     * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
+     */\r
+    public void setStartRes(\r
+            final int startRes) {\r
+        this._startRes = startRes;\r
+        this._has_startRes = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'startSeq'.\r
+     * \r
+     * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
+     */\r
+    public void setStartSeq(\r
+            final int startSeq) {\r
+        this._startSeq = startSeq;\r
+        this._has_startSeq = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol1'.\r
+     * \r
+     * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol1(\r
+            final int textCol1) {\r
+        this._textCol1 = textCol1;\r
+        this._has_textCol1 = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textCol2'.\r
+     * \r
+     * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
+     */\r
+    public void setTextCol2(\r
+            final int textCol2) {\r
+        this._textCol2 = textCol2;\r
+        this._has_textCol2 = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
+     * \r
+     * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
+     */\r
+    public void setTextColThreshold(\r
+            final int textColThreshold) {\r
+        this._textColThreshold = textColThreshold;\r
+        this._has_textColThreshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'title'.\r
+     * \r
+     * @param title the value of field 'title'.\r
+     */\r
+    public void setTitle(\r
+            final java.lang.String title) {\r
+        this._title = title;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'viewName'.\r
+     * \r
+     * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
+     */\r
+    public void setViewName(\r
+            final java.lang.String viewName) {\r
+        this._viewName = viewName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'width'.\r
+     * \r
+     * @param width the value of field 'width'.\r
+     */\r
+    public void setWidth(\r
+            final int width) {\r
+        this._width = width;\r
+        this._has_width = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     * \r
+     * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
+     */\r
+    public void setWrapAlignment(\r
+            final boolean wrapAlignment) {\r
+        this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
+        this._has_wrapAlignment = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'xpos'.\r
+     * \r
+     * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
+     */\r
+    public void setXpos(\r
+            final int xpos) {\r
+        this._xpos = xpos;\r
+        this._has_xpos = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'ypos'.\r
+     * \r
+     * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
+     */\r
+    public void setYpos(\r
+            final int ypos) {\r
+        this._ypos = ypos;\r
+        this._has_ypos = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 6c7c211..611c981 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -29,418 +19,421 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class WebServiceParameterSet implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * The short name for the parameter set. This will be shown amongst the other
-   * presets for the web service.
-   * 
-   */
-  private java.lang.String _name;
-
-  /**
-   * A Jalview Web Service Parameter Set container version number. Version 1
-   * created for storing Jaba user presets.
-   * 
-   */
-  private java.lang.String _version;
-
-  /**
-   * Short description - as utf8 encoded text. This is usually displayed in the
-   * body of an HTML capable tooltip, so HTML tags may be embedded using
-   * standard UTF8 encoding.
-   * 
-   */
-  private java.lang.String _description;
-
-  /**
-   * URL for which the parameter set is valid. Jalview will use it to match up
-   * parameter sets to service instances that can parse the parameter set
-   * payload.
-   * 
-   */
-  private java.util.Vector _serviceURLList;
-
-  /**
-   * UTF8 encoded string to be processed into a specific web services' parameter
-   * set. Note - newlines may be important to the structure of this file.
-   * 
-   */
-  private java.lang.String _parameters;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public WebServiceParameterSet()
-  {
-    super();
-    this._serviceURLList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vServiceURL
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addServiceURL(final java.lang.String vServiceURL)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._serviceURLList.addElement(vServiceURL);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vServiceURL
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addServiceURL(final int index,
-          final java.lang.String vServiceURL)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._serviceURLList.add(index, vServiceURL);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateServiceURL.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateServiceURL()
-  {
-    return this._serviceURLList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'description'. The field 'description' has the
-   * following description: Short description - as utf8 encoded text. This is
-   * usually displayed in the body of an HTML capable tooltip, so HTML tags may
-   * be embedded using standard UTF8 encoding.
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Description'.
-   */
-  public java.lang.String getDescription()
-  {
-    return this._description;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'name'. The field 'name' has the following
-   * description: The short name for the parameter set. This will be shown
-   * amongst the other presets for the web service.
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Name'.
-   */
-  public java.lang.String getName()
-  {
-    return this._name;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'parameters'. The field 'parameters' has the
-   * following description: UTF8 encoded string to be processed into a specific
-   * web services' parameter set. Note - newlines may be important to the
-   * structure of this file.
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Parameters'.
-   */
-  public java.lang.String getParameters()
-  {
-    return this._parameters;
-  }
-
-  /**
-   * Method getServiceURL.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the java.lang.String at the given index
-   */
-  public java.lang.String getServiceURL(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._serviceURLList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getServiceURL: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._serviceURLList.size() - 1) + "]");
+public class WebServiceParameterSet implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * The short name for the parameter set. This will be shown
+     * amongst the
+     *  other presets for the web service.
+     *  
+     */
+    private java.lang.String _name;
+
+    /**
+     * A Jalview Web Service Parameter Set container
+     *  version number.
+     *  Version 1 created for storing Jaba user presets.
+     *  
+     */
+    private java.lang.String _version;
+
+    /**
+     * Short description - as utf8 encoded text. This is
+     *  usually displayed
+     *  in the body of an HTML capable tooltip, so HTML tags may be
+     * embedded
+     *  using standard UTF8 encoding.
+     *  
+     */
+    private java.lang.String _description;
+
+    /**
+     * URL for which the parameter set is valid. Jalview will use
+     * it to
+     *  match up parameter sets to service instances that can parse
+     * the
+     *  parameter set payload.
+     *  
+     */
+    private java.util.Vector _serviceURLList;
+
+    /**
+     * UTF8 encoded string to be processed into a specific web
+     * services'
+     *  parameter set. Note - newlines may be important to the
+     * structure
+     *  of this file.
+     *  
+     */
+    private java.lang.String _parameters;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public WebServiceParameterSet() {
+        super();
+        this._serviceURLList = new java.util.Vector();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vServiceURL
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addServiceURL(
+            final java.lang.String vServiceURL)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._serviceURLList.addElement(vServiceURL);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vServiceURL
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void addServiceURL(
+            final int index,
+            final java.lang.String vServiceURL)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        this._serviceURLList.add(index, vServiceURL);
+    }
+
+    /**
+     * Method enumerateServiceURL.
+     * 
+     * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
+     */
+    public java.util.Enumeration enumerateServiceURL(
+    ) {
+        return this._serviceURLList.elements();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'description'. The field
+     * 'description' has the following description: Short
+     * description - as utf8 encoded text. This is
+     *  usually displayed
+     *  in the body of an HTML capable tooltip, so HTML tags may be
+     * embedded
+     *  using standard UTF8 encoding.
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Description'.
+     */
+    public java.lang.String getDescription(
+    ) {
+        return this._description;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'name'. The field 'name' has the
+     * following description: The short name for the parameter set.
+     * This will be shown amongst the
+     *  other presets for the web service.
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Name'.
+     */
+    public java.lang.String getName(
+    ) {
+        return this._name;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'parameters'. The field
+     * 'parameters' has the following description: UTF8 encoded
+     * string to be processed into a specific web services'
+     *  parameter set. Note - newlines may be important to the
+     * structure
+     *  of this file.
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Parameters'.
+     */
+    public java.lang.String getParameters(
+    ) {
+        return this._parameters;
+    }
+
+    /**
+     * Method getServiceURL.
+     * 
+     * @param index
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     * @return the value of the java.lang.String at the given index
+     */
+    public java.lang.String getServiceURL(
+            final int index)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._serviceURLList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getServiceURL: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._serviceURLList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        return (java.lang.String) _serviceURLList.get(index);
+    }
+
+    /**
+     * Method getServiceURL.Returns the contents of the collection
+     * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.
+     * 
+     * @return this collection as an Array
+     */
+    public java.lang.String[] getServiceURL(
+    ) {
+        java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
+        return (java.lang.String[]) this._serviceURLList.toArray(array);
+    }
+
+    /**
+     * Method getServiceURLCount.
+     * 
+     * @return the size of this collection
+     */
+    public int getServiceURLCount(
+    ) {
+        return this._serviceURLList.size();
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'version'. The field 'version'
+     * has the following description: A Jalview Web Service
+     * Parameter Set container
+     *  version number.
+     *  Version 1 created for storing Jaba user presets.
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Version'.
+     */
+    public java.lang.String getVersion(
+    ) {
+        return this._version;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
     }
 
-    return (java.lang.String) _serviceURLList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getServiceURL.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public java.lang.String[] getServiceURL()
-  {
-    java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
-    return (java.lang.String[]) this._serviceURLList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getServiceURLCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getServiceURLCount()
-  {
-    return this._serviceURLList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'version'. The field 'version' has the following
-   * description: A Jalview Web Service Parameter Set container version number.
-   * Version 1 created for storing Jaba user presets.
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Version'.
-   */
-  public java.lang.String getVersion()
-  {
-    return this._version;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
     }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
+
+    /**
      */
-  public void removeAllServiceURL()
-  {
-    this._serviceURLList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeServiceURL.
-   * 
-   * @param vServiceURL
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeServiceURL(final java.lang.String vServiceURL)
-  {
-    boolean removed = _serviceURLList.remove(vServiceURL);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeServiceURLAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public java.lang.String removeServiceURLAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._serviceURLList.remove(index);
-    return (java.lang.String) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'description'. The field 'description' has the
-   * following description: Short description - as utf8 encoded text. This is
-   * usually displayed in the body of an HTML capable tooltip, so HTML tags may
-   * be embedded using standard UTF8 encoding.
-   * 
-   * 
-   * @param description
-   *          the value of field 'description'.
-   */
-  public void setDescription(final java.lang.String description)
-  {
-    this._description = description;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'name'. The field 'name' has the following
-   * description: The short name for the parameter set. This will be shown
-   * amongst the other presets for the web service.
-   * 
-   * 
-   * @param name
-   *          the value of field 'name'.
-   */
-  public void setName(final java.lang.String name)
-  {
-    this._name = name;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'parameters'. The field 'parameters' has the
-   * following description: UTF8 encoded string to be processed into a specific
-   * web services' parameter set. Note - newlines may be important to the
-   * structure of this file.
-   * 
-   * 
-   * @param parameters
-   *          the value of field 'parameters'.
-   */
-  public void setParameters(final java.lang.String parameters)
-  {
-    this._parameters = parameters;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vServiceURL
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setServiceURL(final int index,
-          final java.lang.String vServiceURL)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._serviceURLList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setServiceURL: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._serviceURLList.size() - 1) + "]");
+    public void removeAllServiceURL(
+    ) {
+        this._serviceURLList.clear();
     }
 
-    this._serviceURLList.set(index, vServiceURL);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vServiceURLArray
-   */
-  public void setServiceURL(final java.lang.String[] vServiceURLArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _serviceURLList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vServiceURLArray.length; i++)
-    {
-      this._serviceURLList.add(vServiceURLArray[i]);
+    /**
+     * Method removeServiceURL.
+     * 
+     * @param vServiceURL
+     * @return true if the object was removed from the collection.
+     */
+    public boolean removeServiceURL(
+            final java.lang.String vServiceURL) {
+        boolean removed = _serviceURLList.remove(vServiceURL);
+        return removed;
+    }
+
+    /**
+     * Method removeServiceURLAt.
+     * 
+     * @param index
+     * @return the element removed from the collection
+     */
+    public java.lang.String removeServiceURLAt(
+            final int index) {
+        java.lang.Object obj = this._serviceURLList.remove(index);
+        return (java.lang.String) obj;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'description'. The field
+     * 'description' has the following description: Short
+     * description - as utf8 encoded text. This is
+     *  usually displayed
+     *  in the body of an HTML capable tooltip, so HTML tags may be
+     * embedded
+     *  using standard UTF8 encoding.
+     *  
+     * 
+     * @param description the value of field 'description'.
+     */
+    public void setDescription(
+            final java.lang.String description) {
+        this._description = description;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'name'. The field 'name' has the
+     * following description: The short name for the parameter set.
+     * This will be shown amongst the
+     *  other presets for the web service.
+     *  
+     * 
+     * @param name the value of field 'name'.
+     */
+    public void setName(
+            final java.lang.String name) {
+        this._name = name;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'parameters'. The field 'parameters'
+     * has the following description: UTF8 encoded string to be
+     * processed into a specific web services'
+     *  parameter set. Note - newlines may be important to the
+     * structure
+     *  of this file.
+     *  
+     * 
+     * @param parameters the value of field 'parameters'.
+     */
+    public void setParameters(
+            final java.lang.String parameters) {
+        this._parameters = parameters;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param index
+     * @param vServiceURL
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
+     * given is outside the bounds of the collection
+     */
+    public void setServiceURL(
+            final int index,
+            final java.lang.String vServiceURL)
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
+        // check bounds for index
+        if (index < 0 || index >= this._serviceURLList.size()) {
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setServiceURL: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._serviceURLList.size() - 1) + "]");
+        }
+        
+        this._serviceURLList.set(index, vServiceURL);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param vServiceURLArray
+     */
+    public void setServiceURL(
+            final java.lang.String[] vServiceURLArray) {
+        //-- copy array
+        _serviceURLList.clear();
+        
+        for (int i = 0; i < vServiceURLArray.length; i++) {
+                this._serviceURLList.add(vServiceURLArray[i]);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has
+     * the following description: A Jalview Web Service Parameter
+     * Set container
+     *  version number.
+     *  Version 1 created for storing Jaba user presets.
+     *  
+     * 
+     * @param version the value of field 'version'.
+     */
+    public void setVersion(
+            final java.lang.String version) {
+        this._version = version;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled
+     * jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet
+     */
+    public static jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
     }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has the following
-   * description: A Jalview Web Service Parameter Set container version number.
-   * Version 1 created for storing Jaba user presets.
-   * 
-   * 
-   * @param version
-   *          the value of field 'version'.
-   */
-  public void setVersion(final java.lang.String version)
-  {
-    this._version = version;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled
-   *         jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet
-   */
-  public static jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet) Unmarshaller
-            .unmarshal(
-                    jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet.class,
-                    reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
 
 }
index 23cf8cb..fbc56a3 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.AlcodMap;\r
@@ -28,230 +18,217 @@ import jalview.schemabinding.version2.AlcodMap;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AlcodMapDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AlcodMapDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "alcodMap";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _dnasq\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_dnasq", "dnasq",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
-        return target.getDnasq();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
-          target.setDnasq((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class AlcodMapDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AlcodMapDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "alcodMap";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _dnasq\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_dnasq", "dnasq", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
+                return target.getDnasq();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
+                    target.setDnasq( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _dnasq\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _dnasq\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _mapping\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Mapping.class, "_mapping", "Mapping", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
+                return target.getMapping();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
+                    target.setMapping( (jalview.schemabinding.version2.Mapping) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Mapping();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mapping\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _mapping\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Mapping.class, "_mapping",\r
-            "Mapping", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
-        return target.getMapping();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AlcodMap target = (AlcodMap) object;\r
-          target.setMapping((jalview.schemabinding.version2.Mapping) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Mapping();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _mapping\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index f3b49b8..cd87309 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Alcodon;\r
@@ -28,296 +18,263 @@ import jalview.schemabinding.version2.Alcodon;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AlcodonDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
+public class AlcodonDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
 \r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
 \r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
 \r
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-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "alcodon";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
 \r
-    // -- _pos1\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Long.TYPE, "_pos1", "pos1",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Alcodon target = (Alcodon) object;\r
-        if (!target.hasPos1())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Long(target.getPos1());\r
-      }\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Alcodon target = (Alcodon) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deletePos1();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setPos1(((java.lang.Long) value).longValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+    public AlcodonDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "alcodon";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _pos1\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Long.TYPE, "_pos1", "pos1", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Alcodon target = (Alcodon) object;\r
+                if (!target.hasPos1()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Long(target.getPos1());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Alcodon target = (Alcodon) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deletePos1();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setPos1( ((java.lang.Long) value).longValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _pos1\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _pos1\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _pos2\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Long.TYPE, "_pos2", "pos2",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Alcodon target = (Alcodon) object;\r
-        if (!target.hasPos2())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _pos2\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Long.TYPE, "_pos2", "pos2", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Alcodon target = (Alcodon) object;\r
+                if (!target.hasPos2()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Long(target.getPos2());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Alcodon target = (Alcodon) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deletePos2();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setPos2( ((java.lang.Long) value).longValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _pos2\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Long(target.getPos2());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Alcodon target = (Alcodon) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deletePos2();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setPos2(((java.lang.Long) value).longValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _pos3\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Long.TYPE, "_pos3", "pos3", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Alcodon target = (Alcodon) object;\r
+                if (!target.hasPos3()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Long(target.getPos3());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Alcodon target = (Alcodon) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deletePos3();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setPos3( ((java.lang.Long) value).longValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _pos3\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _pos2\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _pos3\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Long.TYPE, "_pos3", "pos3",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Alcodon target = (Alcodon) object;\r
-        if (!target.hasPos3())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Long(target.getPos3());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Alcodon target = (Alcodon) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deletePos3();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setPos3(((java.lang.Long) value).longValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _pos3\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 5c646ca..5341376 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame;\r
@@ -28,250 +18,227 @@ import jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AlcodonFrameDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AlcodonFrameDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "AlcodonFrame";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _alcodonList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, "_alcodonList",\r
-            "alcodon", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
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-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
-        return target.getAlcodon();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
-          target.addAlcodon((jalview.schemabinding.version2.Alcodon) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class AlcodonFrameDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AlcodonFrameDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "AlcodonFrame";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _alcodonList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, "_alcodonList", "alcodon", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
+                return target.getAlcodon();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
+                    target.addAlcodon( (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
+                    target.removeAllAlcodon();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Alcodon();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _alcodonList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
-          target.removeAllAlcodon();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _alcodMapList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class, "_alcodMapList", "alcodMap", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
+                return target.getAlcodMap();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
+                    target.addAlcodMap( (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
+                    target.removeAllAlcodMap();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.AlcodMap();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _alcodMapList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Alcodon();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _alcodonList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _alcodMapList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class, "_alcodMapList",\r
-            "alcodMap", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
-        return target.getAlcodMap();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
-          target.addAlcodMap((jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AlcodonFrame target = (AlcodonFrame) object;\r
-          target.removeAllAlcodMap();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.AlcodMap();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _alcodMapList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 5a703c3..3d32ff6 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours;\r
@@ -28,447 +18,386 @@ import jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AnnotationColoursDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AnnotationColoursDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "AnnotationColours";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _aboveThreshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_aboveThreshold", "aboveThreshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-        if (!target.hasAboveThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class AnnotationColoursDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AnnotationColoursDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "AnnotationColours";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _aboveThreshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_aboveThreshold", "aboveThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                if (!target.hasAboveThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getAboveThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteAboveThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setAboveThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _aboveThreshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getAboveThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteAboveThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setAboveThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _annotation\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_annotation", "annotation", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                return target.getAnnotation();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                    target.setAnnotation( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _annotation\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _aboveThreshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _annotation\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_annotation", "annotation",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-        return target.getAnnotation();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-          target.setAnnotation((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _minColour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_minColour", "minColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                if (!target.hasMinColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getMinColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMinColour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMinColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _minColour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _annotation\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _minColour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_minColour", "minColour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-        if (!target.hasMinColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getMinColour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMinColour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMinColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _maxColour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_maxColour", "maxColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                if (!target.hasMaxColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getMaxColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMaxColour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMaxColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _maxColour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _minColour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _maxColour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_maxColour", "maxColour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-        if (!target.hasMaxColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colourScheme\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_colourScheme", "colourScheme", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                return target.getColourScheme();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                    target.setColourScheme( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colourScheme\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getMaxColour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMaxColour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMaxColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _threshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                if (!target.hasThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setThreshold( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _threshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _maxColour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colourScheme\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_colourScheme", "colourScheme",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-        return target.getColourScheme();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-          target.setColourScheme((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _colourScheme\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _threshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-        if (!target.hasThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationColours target = (AnnotationColours) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _threshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index c30ef18..c1910ee 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;\r
@@ -28,1071 +18,866 @@ import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AnnotationDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AnnotationDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "Annotation";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _graph\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasGraph())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class AnnotationDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AnnotationDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "Annotation";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _graph\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasGraph()) { return null; }\r
+                return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setGraph( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _graph\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _graphType\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasGraphType()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteGraphType();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setGraphType( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _graphType\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _graph\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _graphType\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasGraphType())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _sequenceRef\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                return target.getSequenceRef();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.setSequenceRef( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _sequenceRef\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteGraphType();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _groupRef\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                return target.getGroupRef();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.setGroupRef( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _groupRef\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _graphType\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _sequenceRef\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        return target.getSequenceRef();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.setSequenceRef((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _graphColour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasGraphColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteGraphColour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setGraphColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _graphColour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _sequenceRef\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _groupRef\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        return target.getGroupRef();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.setGroupRef((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _graphGroup\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasGraphGroup()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteGraphGroup();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setGraphGroup( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _graphGroup\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _groupRef\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _graphColour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasGraphColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteGraphColour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _scoreOnly\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasScoreOnly()) { return null; }\r
+                return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteScoreOnly();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setScoreOnly( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _scoreOnly\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _graphColour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _graphGroup\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasGraphGroup())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _score\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Double.TYPE, "_score", "score", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasScore()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Double(target.getScore());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteScore();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setScore( ((java.lang.Double) value).doubleValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _score\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteGraphGroup();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _visible\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasVisible()) { return null; }\r
+                return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteVisible();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setVisible( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _visible\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _graphGroup\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _centreColLabels\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasCentreColLabels()) { return null; }\r
+                return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteCentreColLabels();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setCentreColLabels( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _centreColLabels\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _scoreOnly\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasScoreOnly())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _scaleColLabels\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasScaleColLabels()) { return null; }\r
+                return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteScaleColLabels();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setScaleColLabels( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _scaleColLabels\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteScoreOnly();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showAllColLabels\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels", "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasShowAllColLabels()) { return null; }\r
+                return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowAllColLabels();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowAllColLabels( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showAllColLabels\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _scoreOnly\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _score\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasScore())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _autoCalculated\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                if (!target.hasAutoCalculated()) { return null; }\r
+                return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteAutoCalculated();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setAutoCalculated( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _autoCalculated\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Double(target.getScore());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteScore();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _annotationElementList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class, "_annotationElementList", "annotationElement", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                return target.getAnnotationElement();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.addAnnotationElement( (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.removeAllAnnotationElement();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _annotationElementList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _score\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _visible\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasVisible())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteVisible();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _label\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_label", "label", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                return target.getLabel();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.setLabel( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _label\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _visible\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _centreColLabels\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasCentreColLabels())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _description\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                return target.getDescription();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _description\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteCentreColLabels();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _thresholdLine\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class, "_thresholdLine", "thresholdLine", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Annotation target = (Annotation) object;\r
+                return target.getThresholdLine();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Annotation target = (Annotation) object;\r
+                    target.setThresholdLine( (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _thresholdLine\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _centreColLabels\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _scaleColLabels\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasScaleColLabels())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteScaleColLabels();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _scaleColLabels\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showAllColLabels\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",\r
-            "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasShowAllColLabels())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowAllColLabels();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showAllColLabels\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _autoCalculated\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        if (!target.hasAutoCalculated())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteAutoCalculated();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _autoCalculated\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _annotationElementList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,\r
-            "_annotationElementList", "annotationElement",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        return target.getAnnotationElement();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.removeAllAnnotationElement();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _annotationElementList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _label\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_label", "label",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        return target.getLabel();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.setLabel((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _label\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _description\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_description", "description",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        return target.getDescription();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.setDescription((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _description\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _thresholdLine\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,\r
-            "_thresholdLine", "thresholdLine",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Annotation target = (Annotation) object;\r
-        return target.getThresholdLine();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Annotation target = (Annotation) object;\r
-          target.setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _thresholdLine\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
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-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
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-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 2c3343b..61221a1 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement;\r
@@ -28,447 +18,388 @@ import jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AnnotationElementDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
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-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public AnnotationElementDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "annotationElement";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _position\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_position", "position",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-        if (!target.hasPosition())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class AnnotationElementDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public AnnotationElementDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "annotationElement";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _position\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_position", "position", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                if (!target.hasPosition()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getPosition());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setPosition( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _position\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getPosition());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setPosition(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                if (!target.hasColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteColour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _position\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-        if (!target.hasColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _displayCharacter\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_displayCharacter", "displayCharacter", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                return target.getDisplayCharacter();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                    target.setDisplayCharacter( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _displayCharacter\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteColour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _description\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                return target.getDescription();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                    target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _description\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _colour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _secondaryStructure\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_secondaryStructure", "secondaryStructure", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                return target.getSecondaryStructure();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                    target.setSecondaryStructure( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _secondaryStructure\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+            typeValidator.setLength(1);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _value\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_value", "value", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                if (!target.hasValue()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getValue());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteValue();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setValue( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _value\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _displayCharacter\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_displayCharacter",\r
-            "displayCharacter", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-        return target.getDisplayCharacter();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-          target.setDisplayCharacter((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _displayCharacter\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _description\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_description", "description",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-        return target.getDescription();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-          target.setDescription((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _description\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _secondaryStructure\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_secondaryStructure",\r
-            "secondaryStructure", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-        return target.getSecondaryStructure();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-          target.setSecondaryStructure((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _secondaryStructure\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-      typeValidator.setLength(1);\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _value\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_value", "value",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-        if (!target.hasValue())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Float(target.getValue());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          AnnotationElement target = (AnnotationElement) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteValue();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setValue(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _value\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index bd14d09..40cc7a5 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Colour;\r
@@ -28,592 +18,500 @@ import jalview.schemabinding.version2.Colour;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class ColourDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public ColourDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _xmlName = "colour";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _name\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_name", "Name",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        return target.getName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          target.setName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _name\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _RGB\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_RGB", "RGB",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        return target.getRGB();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          target.setRGB((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class ColourDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public ColourDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _xmlName = "colour";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _name\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_name", "Name", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                return target.getName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    target.setName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _name\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _RGB\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _minRGB\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_minRGB", "minRGB",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        return target.getMinRGB();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          target.setMinRGB((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _RGB\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_RGB", "RGB", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                return target.getRGB();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    target.setRGB( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _RGB\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _minRGB\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _threshType\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_threshType", "threshType",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        return target.getThreshType();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          target.setThreshType((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _minRGB\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_minRGB", "minRGB", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                return target.getMinRGB();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    target.setMinRGB( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _minRGB\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _threshType\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _threshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        if (!target.hasThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _threshType\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_threshType", "threshType", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                return target.getThreshType();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    target.setThreshType( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _threshType\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _threshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                if (!target.hasThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setThreshold( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _threshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _threshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _max\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_max", "max",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        if (!target.hasMax())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _max\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_max", "max", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                if (!target.hasMax()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getMax());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMax();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMax( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _max\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-        return new java.lang.Float(target.getMax());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMax();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMax(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _min\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_min", "min", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                if (!target.hasMin()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getMin());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMin();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMin( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _min\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _max\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _min\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_min", "min",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        if (!target.hasMin())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colourByLabel\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_colourByLabel", "colourByLabel", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                if (!target.hasColourByLabel()) { return null; }\r
+                return (target.getColourByLabel() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteColourByLabel();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setColourByLabel( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colourByLabel\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Float(target.getMin());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMin();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMin(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _autoScale\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_autoScale", "autoScale", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Colour target = (Colour) object;\r
+                if (!target.hasAutoScale()) { return null; }\r
+                return (target.getAutoScale() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Colour target = (Colour) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteAutoScale();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setAutoScale( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _autoScale\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _min\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colourByLabel\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_colourByLabel", "colourByLabel",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        if (!target.hasColourByLabel())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getColourByLabel() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteColourByLabel();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setColourByLabel(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _colourByLabel\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _autoScale\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_autoScale", "autoScale",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Colour target = (Colour) object;\r
-        if (!target.hasAutoScale())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getAutoScale() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Colour target = (Colour) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteAutoScale();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setAutoScale(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _autoScale\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Colour.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Colour.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 58c088b..1a55978 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
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- * \r
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- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.DBRef;\r
@@ -28,316 +18,287 @@ import jalview.schemabinding.version2.DBRef;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class DBRefDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public DBRefDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "DBRef";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _source\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_source", "source",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        DBRef target = (DBRef) object;\r
-        return target.getSource();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          DBRef target = (DBRef) object;\r
-          target.setSource((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class DBRefDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public DBRefDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "DBRef";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _source\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_source", "source", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                DBRef target = (DBRef) object;\r
+                return target.getSource();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    DBRef target = (DBRef) object;\r
+                    target.setSource( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _source\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _source\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _version\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_version", "version",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        DBRef target = (DBRef) object;\r
-        return target.getVersion();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          DBRef target = (DBRef) object;\r
-          target.setVersion((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _version\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_version", "version", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                DBRef target = (DBRef) object;\r
+                return target.getVersion();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    DBRef target = (DBRef) object;\r
+                    target.setVersion( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _version\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _version\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _accessionId\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_accessionId", "accessionId",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        DBRef target = (DBRef) object;\r
-        return target.getAccessionId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          DBRef target = (DBRef) object;\r
-          target.setAccessionId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _accessionId\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_accessionId", "accessionId", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                DBRef target = (DBRef) object;\r
+                return target.getAccessionId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    DBRef target = (DBRef) object;\r
+                    target.setAccessionId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _accessionId\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _accessionId\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _mapping\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Mapping.class, "_mapping", "Mapping", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                DBRef target = (DBRef) object;\r
+                return target.getMapping();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    DBRef target = (DBRef) object;\r
+                    target.setMapping( (jalview.schemabinding.version2.Mapping) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Mapping();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mapping\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _mapping\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Mapping.class, "_mapping",\r
-            "Mapping", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        DBRef target = (DBRef) object;\r
-        return target.getMapping();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          DBRef target = (DBRef) object;\r
-          target.setMapping((jalview.schemabinding.version2.Mapping) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Mapping();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _mapping\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.DBRef.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.DBRef.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index e50fc8c..92c919e 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Feature;\r
@@ -28,547 +18,464 @@ import jalview.schemabinding.version2.Feature;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class FeatureDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
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-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public FeatureDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "feature";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _begin\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_begin", "begin",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        if (!target.hasBegin())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class FeatureDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public FeatureDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "feature";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _begin\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_begin", "begin", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                if (!target.hasBegin()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getBegin());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setBegin( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _begin\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getBegin());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setBegin(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _end\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _end\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _begin\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _end\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        if (!target.hasEnd())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _type\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_type", "type", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                return target.getType();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    target.setType( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _type\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _description\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                return target.getDescription();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _description\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _end\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _type\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_type", "type",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        return target.getType();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          target.setType((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _status\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_status", "status", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                return target.getStatus();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    target.setStatus( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _status\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _type\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _description\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_description", "description",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        return target.getDescription();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          target.setDescription((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _featureGroup\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_featureGroup", "featureGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                return target.getFeatureGroup();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    target.setFeatureGroup( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _featureGroup\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _description\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _status\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_status", "status",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        return target.getStatus();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          target.setStatus((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _score\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_score", "score", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                if (!target.hasScore()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getScore());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteScore();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setScore( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _score\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _status\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _featureGroup\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_featureGroup", "featureGroup",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        return target.getFeatureGroup();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          target.setFeatureGroup((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _otherDataList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.OtherData.class, "_otherDataList", "otherData", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Feature target = (Feature) object;\r
+                return target.getOtherData();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    target.addOtherData( (jalview.schemabinding.version2.OtherData) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    Feature target = (Feature) object;\r
+                    target.removeAllOtherData();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.OtherData();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _otherDataList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _featureGroup\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _score\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_score", "score",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        if (!target.hasScore())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Float(target.getScore());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteScore();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setScore(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _score\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _otherDataList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.OtherData.class,\r
-            "_otherDataList", "otherData",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Feature target = (Feature) object;\r
-        return target.getOtherData();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          target.addOtherData((jalview.schemabinding.version2.OtherData) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Feature target = (Feature) object;\r
-          target.removeAllOtherData();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.OtherData();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _otherDataList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Feature.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Feature.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 8111b37..930aac9 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings;\r
@@ -28,250 +18,227 @@ import jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class FeatureSettingsDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public FeatureSettingsDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "FeatureSettings";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _settingList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Setting.class, "_settingList",\r
-            "setting", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
-        return target.getSetting();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
-          target.addSetting((jalview.schemabinding.version2.Setting) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class FeatureSettingsDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public FeatureSettingsDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "FeatureSettings";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _settingList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Setting.class, "_settingList", "setting", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
+                return target.getSetting();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
+                    target.addSetting( (jalview.schemabinding.version2.Setting) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
+                    target.removeAllSetting();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Setting();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _settingList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
-          target.removeAllSetting();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _groupList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Group.class, "_groupList", "group", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
+                return target.getGroup();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
+                    target.addGroup( (jalview.schemabinding.version2.Group) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
+                    target.removeAllGroup();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Group();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _groupList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Setting();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _settingList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _groupList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Group.class, "_groupList",\r
-            "group", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
-        return target.getGroup();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
-          target.addGroup((jalview.schemabinding.version2.Group) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          FeatureSettings target = (FeatureSettings) object;\r
-          target.removeAllGroup();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Group();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _groupList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index c6d3ee2..380d46e 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Features;\r
@@ -28,131 +18,134 @@ import jalview.schemabinding.version2.Features;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class FeaturesDescriptor extends\r
-        jalview.schemabinding.version2.descriptors.FeatureDescriptor\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public FeaturesDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.FeatureDescriptor());\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "features";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Features.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+public class FeaturesDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.FeatureDescriptor {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public FeaturesDescriptor() {\r
+        super();\r
+        setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.FeatureDescriptor());\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "features";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Features.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index a4a74e2..417dbbb 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Group;\r
@@ -28,240 +18,220 @@ import jalview.schemabinding.version2.Group;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class GroupDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public GroupDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "group";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _name\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_name", "name",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Group target = (Group) object;\r
-        return target.getName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Group target = (Group) object;\r
-          target.setName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class GroupDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public GroupDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "group";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _name\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_name", "name", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Group target = (Group) object;\r
+                return target.getName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Group target = (Group) object;\r
+                    target.setName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _name\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _name\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _display\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_display", "display",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Group target = (Group) object;\r
-        if (!target.hasDisplay())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _display\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_display", "display", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Group target = (Group) object;\r
+                if (!target.hasDisplay()) { return null; }\r
+                return (target.getDisplay() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Group target = (Group) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setDisplay( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _display\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return (target.getDisplay() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+    }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Group target = (Group) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
 \r
-          target.setDisplay(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _display\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Group.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Group.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 1b4933b..f307ee4 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns;\r
@@ -28,247 +18,226 @@ import jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class HiddenColumnsDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public HiddenColumnsDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "hiddenColumns";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _start\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
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-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
-        if (!target.hasStart())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class HiddenColumnsDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public HiddenColumnsDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "hiddenColumns";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _start\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
+                if (!target.hasStart()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteStart();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _start\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteStart();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _end\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
+                if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteEnd();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _end\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _start\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _end\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
-        if (!target.hasEnd())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          HiddenColumns target = (HiddenColumns) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteEnd();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _end\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 08b9aea..10965c3 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;\r
@@ -28,1160 +18,933 @@ import jalview.schemabinding.version2.JGroup;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JGroupDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JGroupDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "JGroup";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _start\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasStart())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteStart();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _start\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _end\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasEnd())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteEnd();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _end\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _name\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_name", "name",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        return target.getName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          target.setName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _name\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_colour", "colour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        return target.getColour();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          target.setColour((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _colour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _consThreshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasConsThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteConsThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _consThreshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _pidThreshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasPidThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deletePidThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _pidThreshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _outlineColour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasOutlineColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteOutlineColour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setOutlineColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _outlineColour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _displayBoxes\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasDisplayBoxes())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteDisplayBoxes();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setDisplayBoxes(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _displayBoxes\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+public class JGroupDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JGroupDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "JGroup";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _start\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasStart()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteStart();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _start\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _end\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteEnd();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _end\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _name\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_name", "name", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                return target.getName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    target.setName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _name\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                return target.getColour();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    target.setColour( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _consThreshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasConsThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteConsThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setConsThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _consThreshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _pidThreshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasPidThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deletePidThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setPidThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _pidThreshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _outlineColour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasOutlineColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteOutlineColour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setOutlineColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _outlineColour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _displayBoxes\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasDisplayBoxes()) { return null; }\r
+                return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteDisplayBoxes();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setDisplayBoxes( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _displayBoxes\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _displayText\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasDisplayText()) { return null; }\r
+                return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteDisplayText();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setDisplayText( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _displayText\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colourText\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasColourText()) { return null; }\r
+                return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteColourText();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setColourText( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colourText\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _textCol1\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasTextCol1()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteTextCol1();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setTextCol1( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _textCol1\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _textCol2\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasTextCol2()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteTextCol2();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setTextCol2( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _textCol2\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _textColThreshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold", "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasTextColThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteTextColThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setTextColThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _textColThreshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showUnconserved\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasShowUnconserved()) { return null; }\r
+                return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowUnconserved();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowUnconserved( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showUnconserved\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _ignoreGapsinConsensus\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus", "ignoreGapsinConsensus", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus()) { return null; }\r
+                return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteIgnoreGapsinConsensus();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setIgnoreGapsinConsensus( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _ignoreGapsinConsensus\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showConsensusHistogram\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram", "showConsensusHistogram", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasShowConsensusHistogram()) { return null; }\r
+                return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowConsensusHistogram();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowConsensusHistogram( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showConsensusHistogram\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showSequenceLogo\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo", "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                if (!target.hasShowSequenceLogo()) { return null; }\r
+                return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowSequenceLogo();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowSequenceLogo( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showSequenceLogo\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _seqList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_seqList", "seq", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JGroup target = (JGroup) object;\r
+                return target.getSeq();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    target.addSeq( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JGroup target = (JGroup) object;\r
+                    target.removeAllSeq();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _seqList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _displayText\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasDisplayText())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteDisplayText();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setDisplayText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _displayText\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colourText\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasColourText())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteColourText();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setColourText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _colourText\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _textCol1\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasTextCol1())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteTextCol1();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _textCol1\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _textCol2\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasTextCol2())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteTextCol2();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _textCol2\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _textColThreshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",\r
-            "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasTextColThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteTextColThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _textColThreshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showUnconserved\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasShowUnconserved())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowUnconserved();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _showUnconserved\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _ignoreGapsinConsensus\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",\r
-            "ignoreGapsinConsensus",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteIgnoreGapsinConsensus();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showConsensusHistogram\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",\r
-            "showConsensusHistogram",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasShowConsensusHistogram())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowConsensusHistogram();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _showConsensusHistogram\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showSequenceLogo\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",\r
-            "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        if (!target.hasShowSequenceLogo())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowSequenceLogo();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _showSequenceLogo\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _seqList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_seqList", "seq",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JGroup target = (JGroup) object;\r
-        return target.getSeq();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          target.addSeq((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JGroup target = (JGroup) object;\r
-          target.removeAllSeq();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _seqList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
 \r
 }\r
index b33eda7..427702d 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.JSeq;\r
@@ -28,586 +18,486 @@ import jalview.schemabinding.version2.JSeq;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JSeqDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JSeqDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "JSeq";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _colour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        if (!target.hasColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteColour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class JSeqDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JSeqDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "JSeq";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _colour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                if (!target.hasColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteColour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _colour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _start\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        if (!target.hasStart())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _start\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                if (!target.hasStart()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _start\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _end\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _end\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _start\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _end\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        if (!target.hasEnd())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _hidden\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_hidden", "hidden", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                if (!target.hasHidden()) { return null; }\r
+                return (target.getHidden() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteHidden();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setHidden( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _hidden\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _end\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _featuresList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Features.class, "_featuresList", "features", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                return target.getFeatures();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    target.addFeatures( (jalview.schemabinding.version2.Features) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    target.removeAllFeatures();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Features();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _featuresList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _hidden\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_hidden", "hidden",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        if (!target.hasHidden())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _pdbidsList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, "_pdbidsList", "pdbids", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                return target.getPdbids();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    target.addPdbids( (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    target.removeAllPdbids();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Pdbids();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _pdbidsList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-        return (target.getHidden() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteHidden();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setHidden(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _hiddenSequencesList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_hiddenSequencesList", "hiddenSequences", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JSeq target = (JSeq) object;\r
+                return target.getHiddenSequences();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.addHiddenSequences( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JSeq target = (JSeq) object;\r
+                    target.removeAllHiddenSequences();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _hiddenSequencesList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _hidden\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _featuresList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Features.class, "_featuresList",\r
-            "features", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        return target.getFeatures();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          target.addFeatures((jalview.schemabinding.version2.Features) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          target.removeAllFeatures();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Features();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _featuresList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _pdbidsList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, "_pdbidsList",\r
-            "pdbids", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        return target.getPdbids();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          target.addPdbids((jalview.schemabinding.version2.Pdbids) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          target.removeAllPdbids();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Pdbids();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _pdbidsList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _hiddenSequencesList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_hiddenSequencesList",\r
-            "hiddenSequences", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JSeq target = (JSeq) object;\r
-        return target.getHiddenSequences();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
 \r
-          target.addHiddenSequences(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JSeq target = (JSeq) object;\r
-          target.removeAllHiddenSequences();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _hiddenSequencesList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.JSeq.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.JSeq.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 4480ea9..9aad95c 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
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- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModel;\r
@@ -28,326 +18,295 @@ import jalview.schemabinding.version2.JalviewModel;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JalviewModelDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JalviewModelDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "JalviewModel";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _creationDate\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.util.Date.class, "_creationDate", "creationDate",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-        return target.getCreationDate();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-          target.setCreationDate((java.util.Date) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class JalviewModelDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JalviewModelDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "JalviewModel";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _creationDate\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.util.Date.class, "_creationDate", "creationDate", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                return target.getCreationDate();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                    target.setCreationDate( (java.util.Date) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new java.util.Date();\r
+            }\r
+        };\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.handlers.DateFieldHandler(handler);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _creationDate\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.DateTimeValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DateTimeValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new java.util.Date();\r
-      }\r
-    };\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.handlers.DateFieldHandler(handler);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _creationDate\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.DateTimeValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DateTimeValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _version\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_version", "version",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-        return target.getVersion();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-          target.setVersion((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _version\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_version", "version", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                return target.getVersion();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                    target.setVersion( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _version\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _version\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _vamsasModel\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.VamsasModel.class,\r
-            "_vamsasModel", "vamsasModel",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-        return target.getVamsasModel();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-          target.setVamsasModel((jalview.schemabinding.version2.VamsasModel) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _vamsasModel\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.VamsasModel.class, "_vamsasModel", "vamsasModel", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                return target.getVamsasModel();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                    target.setVamsasModel( (jalview.schemabinding.version2.VamsasModel) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.VamsasModel();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _vamsasModel\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.VamsasModel();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _vamsasModel\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _jalviewModelSequence\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class, "_jalviewModelSequence", "-error-if-this-is-used-", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                return target.getJalviewModelSequence();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
+                    target.setJalviewModelSequence( (jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setContainer(true);\r
+        desc.setClassDescriptor(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.JalviewModelSequenceDescriptor());\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _jalviewModelSequence\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _jalviewModelSequence\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class,\r
-            "_jalviewModelSequence", "-error-if-this-is-used-",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-        return target.getJalviewModelSequence();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModel target = (JalviewModel) object;\r
-          target.setJalviewModelSequence((jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setContainer(true);\r
-    desc.setClassDescriptor(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.JalviewModelSequenceDescriptor());\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _jalviewModelSequence\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.JalviewModel.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.JalviewModel.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 4ea81bc..d6fd0ba 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;\r
@@ -28,459 +18,387 @@ import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JalviewModelSequenceDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
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-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JalviewModelSequenceDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _JSeqList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
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-    {\r
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-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-        return target.getJSeq();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.addJSeq((jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class JalviewModelSequenceDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JalviewModelSequenceDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _JSeqList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                return target.getJSeq();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.addJSeq( (jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.removeAllJSeq();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _JSeqList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.removeAllJSeq();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _JGroupList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList", "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                return target.getJGroup();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.addJGroup( (jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.removeAllJGroup();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _JGroupList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _JSeqList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _JGroupList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList",\r
-            "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-        return target.getJGroup();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.addJGroup((jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _viewportList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList", "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                return target.getViewport();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.addViewport( (jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.removeAllViewport();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _viewportList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.removeAllJGroup();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _userColoursList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.UserColours.class, "_userColoursList", "UserColours", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                return target.getUserColours();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.addUserColours( (jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.removeAllUserColours();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _userColoursList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _JGroupList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _viewportList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList",\r
-            "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-        return target.getViewport();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.addViewport((jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _treeList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                return target.getTree();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.addTree( (jalview.schemabinding.version2.Tree) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.removeAllTree();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Tree();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _treeList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.removeAllViewport();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _featureSettings\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class, "_featureSettings", "FeatureSettings", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                return target.getFeatureSettings();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
+                    target.setFeatureSettings( (jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _featureSettings\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _viewportList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _userColoursList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,\r
-            "_userColoursList", "UserColours",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-        return target.getUserColours();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.addUserColours((jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.removeAllUserColours();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _userColoursList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _treeList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-        return target.getTree();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.addTree((jalview.schemabinding.version2.Tree) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.removeAllTree();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Tree();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _treeList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _featureSettings\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,\r
-            "_featureSettings", "FeatureSettings",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-        return target.getFeatureSettings();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
-          target.setFeatureSettings((jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _featureSettings\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 92537b5..d4b4d05 100644 (file)
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
-import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;\r
 import jalview.schemabinding.version2.Colour;\r
+import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewUserColoursDescriptor.\r
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class JalviewUserColoursDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public JalviewUserColoursDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org/colours";\r
-    _xmlName = "JalviewUserColours";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _schemeName\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_schemeName", "schemeName",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
-        return target.getSchemeName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
-          target.setSchemeName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class JalviewUserColoursDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public JalviewUserColoursDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org/colours";\r
+        _xmlName = "JalviewUserColours";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _schemeName\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_schemeName", "schemeName", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
+                return target.getSchemeName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
+                    target.setSchemeName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _schemeName\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _schemeName\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _version\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_version", "Version", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
+                return target.getVersion();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
+                    target.setVersion( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _version\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colourList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(Colour.class, "_colourList", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
+                return target.getColour();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
+                    target.addColour( (Colour) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
+                    target.removeAllColour();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new Colour();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colourList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _version\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_version", "Version",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
-        return target.getVersion();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
-          target.setVersion((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _version\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colourList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            Colour.class, "_colourList", "colour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
-        return target.getColour();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
-          target.addColour((Colour) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          JalviewUserColours target = (JalviewUserColours) object;\r
-          target.removeAllColour();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new Colour();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _colourList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index d83357c..f39b18f 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.MapListFrom;\r
@@ -28,251 +18,226 @@ import jalview.schemabinding.version2.MapListFrom;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MapListFromDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MapListFromDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "mapListFrom";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _start\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
-        if (!target.hasStart())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class MapListFromDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MapListFromDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "mapListFrom";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _start\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
+                if (!target.hasStart()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _start\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _end\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
+                if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _end\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _start\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _end\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
-        if (!target.hasEnd())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListFrom target = (MapListFrom) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
 \r
-          target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _end\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.MapListFrom.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.MapListFrom.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 70ce324..4de1738 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.MapListTo;\r
@@ -28,251 +18,226 @@ import jalview.schemabinding.version2.MapListTo;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MapListToDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MapListToDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "mapListTo";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _start\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListTo target = (MapListTo) object;\r
-        if (!target.hasStart())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class MapListToDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MapListToDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "mapListTo";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _start\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListTo target = (MapListTo) object;\r
+                if (!target.hasStart()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListTo target = (MapListTo) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _start\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListTo target = (MapListTo) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _end\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListTo target = (MapListTo) object;\r
+                if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListTo target = (MapListTo) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _end\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _start\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _end\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListTo target = (MapListTo) object;\r
-        if (!target.hasEnd())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListTo target = (MapListTo) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
 \r
-          target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _end\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.MapListTo.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.MapListTo.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 858753f..7dc7bc5 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.MapListType;\r
@@ -28,364 +18,311 @@ import jalview.schemabinding.version2.MapListType;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MapListTypeDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MapListTypeDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "mapListType";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _mapFromUnit\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Long.TYPE, "_mapFromUnit", "mapFromUnit",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListType target = (MapListType) object;\r
-        if (!target.hasMapFromUnit())\r
-        {\r
-          return null;\r
+public class MapListTypeDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MapListTypeDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "mapListType";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _mapFromUnit\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Long.TYPE, "_mapFromUnit", "mapFromUnit", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListType target = (MapListType) object;\r
+                if (!target.hasMapFromUnit()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Long(target.getMapFromUnit());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListType target = (MapListType) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setMapFromUnit( ((java.lang.Long) value).longValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mapFromUnit\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(1L);\r
         }\r
-        return new java.lang.Long(target.getMapFromUnit());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListType target = (MapListType) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setMapFromUnit(((java.lang.Long) value).longValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _mapToUnit\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Long.TYPE, "_mapToUnit", "mapToUnit", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListType target = (MapListType) object;\r
+                if (!target.hasMapToUnit()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Long(target.getMapToUnit());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListType target = (MapListType) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setMapToUnit( ((java.lang.Long) value).longValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mapToUnit\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(1L);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _mapFromUnit\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(1L);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _mapToUnit\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Long.TYPE, "_mapToUnit", "mapToUnit",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListType target = (MapListType) object;\r
-        if (!target.hasMapToUnit())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _mapListFromList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.MapListFrom.class, "_mapListFromList", "mapListFrom", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListType target = (MapListType) object;\r
+                return target.getMapListFrom();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListType target = (MapListType) object;\r
+                    target.addMapListFrom( (jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    MapListType target = (MapListType) object;\r
+                    target.removeAllMapListFrom();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.MapListFrom();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mapListFromList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-        return new java.lang.Long(target.getMapToUnit());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListType target = (MapListType) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setMapToUnit(((java.lang.Long) value).longValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _mapListToList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.MapListTo.class, "_mapListToList", "mapListTo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MapListType target = (MapListType) object;\r
+                return target.getMapListTo();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MapListType target = (MapListType) object;\r
+                    target.addMapListTo( (jalview.schemabinding.version2.MapListTo) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    MapListType target = (MapListType) object;\r
+                    target.removeAllMapListTo();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.MapListTo();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mapListToList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _mapToUnit\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.LongValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(1L);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _mapListFromList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.MapListFrom.class,\r
-            "_mapListFromList", "mapListFrom",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListType target = (MapListType) object;\r
-        return target.getMapListFrom();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListType target = (MapListType) object;\r
-          target.addMapListFrom((jalview.schemabinding.version2.MapListFrom) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListType target = (MapListType) object;\r
-          target.removeAllMapListFrom();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.MapListFrom();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _mapListFromList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _mapListToList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.MapListTo.class,\r
-            "_mapListToList", "mapListTo",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MapListType target = (MapListType) object;\r
-        return target.getMapListTo();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListType target = (MapListType) object;\r
-          target.addMapListTo((jalview.schemabinding.version2.MapListTo) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MapListType target = (MapListType) object;\r
-          target.removeAllMapListTo();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.MapListTo();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _mapListToList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.MapListType.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.MapListType.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 92aac5e..63543d7 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.MappingChoice;\r
@@ -28,226 +18,213 @@ import jalview.schemabinding.version2.MappingChoice;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MappingChoiceDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MappingChoiceDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsChoice();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _sequence\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Sequence.class, "_sequence",\r
-            "Sequence", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
-        return target.getSequence();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
-          target.setSequence((jalview.schemabinding.version2.Sequence) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class MappingChoiceDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MappingChoiceDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsChoice();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _sequence\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Sequence.class, "_sequence", "Sequence", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
+                return target.getSequence();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
+                    target.setSequence( (jalview.schemabinding.version2.Sequence) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Sequence();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _sequence\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Sequence();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _sequence\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _dseqFor\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_dseqFor", "dseqFor",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
-        return target.getDseqFor();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
-          target.setDseqFor((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _dseqFor\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_dseqFor", "dseqFor", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
+                return target.getDseqFor();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    MappingChoice target = (MappingChoice) object;\r
+                    target.setDseqFor( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _dseqFor\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+    }\r
+\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _dseqFor\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 9c748cf..95e1a87 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Mapping;\r
@@ -28,185 +18,179 @@ import jalview.schemabinding.version2.Mapping;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class MappingDescriptor extends\r
-        jalview.schemabinding.version2.descriptors.MapListTypeDescriptor\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MappingDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.MapListTypeDescriptor());\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "Mapping";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsChoice();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _mappingChoice\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class,\r
-            "_mappingChoice", "-error-if-this-is-used-",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Mapping target = (Mapping) object;\r
-        return target.getMappingChoice();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Mapping target = (Mapping) object;\r
-          target.setMappingChoice((jalview.schemabinding.version2.MappingChoice) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class MappingDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.MapListTypeDescriptor {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public MappingDescriptor() {\r
+        super();\r
+        setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.MapListTypeDescriptor());\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "Mapping";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsChoice();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _mappingChoice\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class, "_mappingChoice", "-error-if-this-is-used-", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Mapping target = (Mapping) object;\r
+                return target.getMappingChoice();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Mapping target = (Mapping) object;\r
+                    target.setMappingChoice( (jalview.schemabinding.version2.MappingChoice) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.MappingChoice();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setContainer(true);\r
+        desc.setClassDescriptor(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.MappingChoiceDescriptor());\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mappingChoice\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.MappingChoice();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setContainer(true);\r
-    desc.setClassDescriptor(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.MappingChoiceDescriptor());\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _mappingChoice\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Mapping.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Mapping.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 4e49c36..46f6682 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.OtherData;\r
@@ -28,231 +18,218 @@ import jalview.schemabinding.version2.OtherData;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class OtherDataDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public OtherDataDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "otherData";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _key\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_key", "key",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
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-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        OtherData target = (OtherData) object;\r
-        return target.getKey();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          OtherData target = (OtherData) object;\r
-          target.setKey((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class OtherDataDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public OtherDataDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "otherData";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _key\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_key", "key", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                OtherData target = (OtherData) object;\r
+                return target.getKey();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    OtherData target = (OtherData) object;\r
+                    target.setKey( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _key\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _key\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _value\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_value", "value",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        OtherData target = (OtherData) object;\r
-        return target.getValue();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          OtherData target = (OtherData) object;\r
-          target.setValue((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _value\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_value", "value", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                OtherData target = (OtherData) object;\r
+                return target.getValue();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    OtherData target = (OtherData) object;\r
+                    target.setValue( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _value\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _value\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-  }\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.OtherData.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.OtherData.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index f892f79..dbf0c3a 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Pdbentry;\r
@@ -28,329 +18,295 @@ import jalview.schemabinding.version2.Pdbentry;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class PdbentryDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public PdbentryDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _xmlName = "pdbentry";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class PdbentryDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public PdbentryDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _xmlName = "pdbentry";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _type\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_type", "type",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-        return target.getType();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-          target.setType((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _type\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_type", "type", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                return target.getType();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                    target.setType( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _type\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _type\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _file\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_file", "file",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-        return target.getFile();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-          target.setFile((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _file\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_file", "file", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                return target.getFile();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                    target.setFile( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _file\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _file\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _items\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem.class, "_items",\r
-            (java.lang.String) null, org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-        return target.getPdbentryItem();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-          target.addPdbentryItem((jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _items\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem.class, "_items", (java.lang.String) null, org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                return target.getPdbentryItem();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                    target.addPdbentryItem( (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
+                    target.removeAllPdbentryItem();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setContainer(true);\r
+        desc.setClassDescriptor(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.PdbentryItemDescriptor());\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _items\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+    }\r
 \r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Pdbentry target = (Pdbentry) object;\r
-          target.removeAllPdbentryItem();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setContainer(true);\r
-    desc.setClassDescriptor(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.PdbentryItemDescriptor());\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _items\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Pdbentry.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Pdbentry.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 0a043d7..693ad61 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem;\r
@@ -28,195 +18,185 @@ import jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class PdbentryItemDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public PdbentryItemDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "pdbentry";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _propertyList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Property.class, "_propertyList",\r
-            "property", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
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-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        PdbentryItem target = (PdbentryItem) object;\r
-        return target.getProperty();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          PdbentryItem target = (PdbentryItem) object;\r
-          target.addProperty((jalview.schemabinding.version2.Property) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          PdbentryItem target = (PdbentryItem) object;\r
-          target.removeAllProperty();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class PdbentryItemDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public PdbentryItemDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "pdbentry";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _propertyList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Property.class, "_propertyList", "property", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                PdbentryItem target = (PdbentryItem) object;\r
+                return target.getProperty();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    PdbentryItem target = (PdbentryItem) object;\r
+                    target.addProperty( (jalview.schemabinding.version2.Property) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    PdbentryItem target = (PdbentryItem) object;\r
+                    target.removeAllProperty();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Property();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _propertyList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Property();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _propertyList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
 \r
 }\r
index cf746cd..2547f1d 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Pdbids;\r
@@ -28,197 +18,186 @@ import jalview.schemabinding.version2.Pdbids;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class PdbidsDescriptor extends\r
-        jalview.schemabinding.version2.descriptors.PdbentryDescriptor\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public PdbidsDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.PdbentryDescriptor());\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "pdbids";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _structureStateList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.StructureState.class,\r
-            "_structureStateList", "structureState",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
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-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Pdbids target = (Pdbids) object;\r
-        return target.getStructureState();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Pdbids target = (Pdbids) object;\r
-          target.addStructureState((jalview.schemabinding.version2.StructureState) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Pdbids target = (Pdbids) object;\r
-          target.removeAllStructureState();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class PdbidsDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.PdbentryDescriptor {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public PdbidsDescriptor() {\r
+        super();\r
+        setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.PdbentryDescriptor());\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "pdbids";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _structureStateList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.StructureState.class, "_structureStateList", "structureState", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Pdbids target = (Pdbids) object;\r
+                return target.getStructureState();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Pdbids target = (Pdbids) object;\r
+                    target.addStructureState( (jalview.schemabinding.version2.StructureState) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    Pdbids target = (Pdbids) object;\r
+                    target.removeAllStructureState();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.StructureState();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _structureStateList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.StructureState();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _structureStateList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
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-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 0e27e21..15f2e37 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Property;\r
@@ -28,231 +18,218 @@ import jalview.schemabinding.version2.Property;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class PropertyDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public PropertyDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "property";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _name\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_name", "name",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Property target = (Property) object;\r
-        return target.getName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Property target = (Property) object;\r
-          target.setName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class PropertyDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public PropertyDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "property";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _name\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_name", "name", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Property target = (Property) object;\r
+                return target.getName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Property target = (Property) object;\r
+                    target.setName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _name\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _name\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _value\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_value", "value",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Property target = (Property) object;\r
-        return target.getValue();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Property target = (Property) object;\r
-          target.setValue((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _value\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_value", "value", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Property target = (Property) object;\r
+                return target.getValue();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Property target = (Property) object;\r
+                    target.setValue( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _value\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _value\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-  }\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Property.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Property.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 07a6181..4dfd168 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Sequence;\r
@@ -28,241 +18,223 @@ import jalview.schemabinding.version2.Sequence;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class SequenceDescriptor extends\r
-        jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public SequenceDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor());\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "Sequence";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _dsseqid\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_dsseqid", "dsseqid",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
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-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Sequence target = (Sequence) object;\r
-        return target.getDsseqid();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Sequence target = (Sequence) object;\r
-          target.setDsseqid((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class SequenceDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public SequenceDescriptor() {\r
+        super();\r
+        setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.SequenceTypeDescriptor());\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "Sequence";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _dsseqid\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_dsseqid", "dsseqid", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Sequence target = (Sequence) object;\r
+                return target.getDsseqid();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Sequence target = (Sequence) object;\r
+                    target.setDsseqid( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _dsseqid\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _dsseqid\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _DBRefList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, "_DBRefList",\r
-            "DBRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Sequence target = (Sequence) object;\r
-        return target.getDBRef();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Sequence target = (Sequence) object;\r
-          target.addDBRef((jalview.schemabinding.version2.DBRef) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _DBRefList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, "_DBRefList", "DBRef", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Sequence target = (Sequence) object;\r
+                return target.getDBRef();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Sequence target = (Sequence) object;\r
+                    target.addDBRef( (jalview.schemabinding.version2.DBRef) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    Sequence target = (Sequence) object;\r
+                    target.removeAllDBRef();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.DBRef();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _DBRefList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+    }\r
 \r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Sequence target = (Sequence) object;\r
-          target.removeAllDBRef();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.DBRef();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _DBRefList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Sequence.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Sequence.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index ab0d2b8..aa0c798 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.SequenceSet;\r
@@ -28,455 +18,387 @@ import jalview.schemabinding.version2.SequenceSet;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class SequenceSetDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public SequenceSetDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "SequenceSet";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _gapChar\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_gapChar", "gapChar",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-        return target.getGapChar();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.setGapChar((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class SequenceSetDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public SequenceSetDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "SequenceSet";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _gapChar\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_gapChar", "gapChar", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                return target.getGapChar();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.setGapChar( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _gapChar\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _gapChar\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
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-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _datasetId\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_datasetId", "datasetId",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-        return target.getDatasetId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.setDatasetId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _datasetId\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_datasetId", "datasetId", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                return target.getDatasetId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.setDatasetId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _datasetId\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _datasetId\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _sequenceList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Sequence.class, "_sequenceList",\r
-            "Sequence", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-        return target.getSequence();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.addSequence((jalview.schemabinding.version2.Sequence) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _sequenceList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Sequence.class, "_sequenceList", "Sequence", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                return target.getSequence();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.addSequence( (jalview.schemabinding.version2.Sequence) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.removeAllSequence();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Sequence();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _sequenceList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.removeAllSequence();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _annotationList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Annotation.class, "_annotationList", "Annotation", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                return target.getAnnotation();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.addAnnotation( (jalview.schemabinding.version2.Annotation) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.removeAllAnnotation();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.Annotation();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _annotationList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Sequence();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _sequenceList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _annotationList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.Annotation.class,\r
-            "_annotationList", "Annotation",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-        return target.getAnnotation();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.addAnnotation((jalview.schemabinding.version2.Annotation) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _sequenceSetPropertiesList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties.class, "_sequenceSetPropertiesList", "sequenceSetProperties", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                return target.getSequenceSetProperties();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.addSequenceSetProperties( (jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.removeAllSequenceSetProperties();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _sequenceSetPropertiesList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.removeAllAnnotation();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _alcodonFrameList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame.class, "_alcodonFrameList", "AlcodonFrame", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                return target.getAlcodonFrame();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.addAlcodonFrame( (jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
+                    target.removeAllAlcodonFrame();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _alcodonFrameList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.Annotation();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _annotationList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _sequenceSetPropertiesList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties.class,\r
-            "_sequenceSetPropertiesList", "sequenceSetProperties",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-        return target.getSequenceSetProperties();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.addSequenceSetProperties((jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.removeAllSequenceSetProperties();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _sequenceSetPropertiesList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _alcodonFrameList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame.class,\r
-            "_alcodonFrameList", "AlcodonFrame",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-        return target.getAlcodonFrame();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.addAlcodonFrame((jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
-          target.removeAllAlcodonFrame();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _alcodonFrameList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 11a25fb..9c3c578 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties;\r
@@ -28,227 +18,214 @@ import jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class SequenceSetPropertiesDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public SequenceSetPropertiesDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "sequenceSetProperties";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _key\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_key", "key",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
-        return target.getKey();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
-          target.setKey((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class SequenceSetPropertiesDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public SequenceSetPropertiesDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "sequenceSetProperties";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _key\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_key", "key", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
+                return target.getKey();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
+                    target.setKey( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _key\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _value\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_value", "value", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
+                return target.getValue();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
+                    target.setValue( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _value\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+    }\r
+\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _key\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _value\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_value", "value",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
-        return target.getValue();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceSetProperties target = (SequenceSetProperties) object;\r
-          target.setValue((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _value\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
 \r
 }\r
index 5554046..fa73621 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.SequenceType;\r
@@ -28,322 +18,293 @@ import jalview.schemabinding.version2.SequenceType;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class SequenceTypeDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public SequenceTypeDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "SequenceType";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class SequenceTypeDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public SequenceTypeDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "SequenceType";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _description\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_description", "description",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-        return target.getDescription();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-          target.setDescription((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _description\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                return target.getDescription();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                    target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _description\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _description\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _sequence\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_sequence", "sequence", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                return target.getSequence();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                    target.setSequence( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _sequence\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _name\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_name", "name", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                return target.getName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    SequenceType target = (SequenceType) object;\r
+                    target.setName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _name\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _sequence\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_sequence", "sequence",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-        return target.getSequence();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-          target.setSequence((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _sequence\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _name\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_name", "name",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-        return target.getName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          SequenceType target = (SequenceType) object;\r
-          target.setName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _name\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.SequenceType.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.SequenceType.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index ca375af..772e9bc 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Setting;\r
@@ -28,736 +18,603 @@ import jalview.schemabinding.version2.Setting;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class SettingDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public SettingDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "setting";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _type\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_type", "type",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        return target.getType();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          target.setType((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class SettingDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public SettingDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "setting";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _type\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_type", "type", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                return target.getType();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    target.setType( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _type\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _type\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _display\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_display", "display", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasDisplay()) { return null; }\r
+                return (target.getDisplay() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // ignore null values for non optional primitives\r
+                    if (value == null) { return; }\r
+                    \r
+                    target.setDisplay( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _display\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _colour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _display\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_display", "display",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasDisplay())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _order\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_order", "order", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasOrder()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getOrder());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteOrder();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setOrder( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _order\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-        return (target.getDisplay() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // ignore null values for non optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            return;\r
-          }\r
-\r
-          target.setDisplay(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _mincolour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_mincolour", "mincolour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasMincolour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getMincolour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMincolour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMincolour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _mincolour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _display\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _order\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_order", "order",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasOrder())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _threshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setThreshold( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _threshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-        return new java.lang.Float(target.getOrder());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteOrder();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setOrder(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _threshstate\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_threshstate", "threshstate", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasThreshstate()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getThreshstate());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteThreshstate();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setThreshstate( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _threshstate\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _order\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _mincolour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_mincolour", "mincolour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasMincolour())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _max\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_max", "max", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasMax()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getMax());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMax();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMax( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _max\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getMincolour());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMincolour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMincolour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _min\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_min", "min", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasMin()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getMin());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMin();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMin( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _min\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _mincolour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _threshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colourByLabel\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_colourByLabel", "colourByLabel", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasColourByLabel()) { return null; }\r
+                return (target.getColourByLabel() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteColourByLabel();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setColourByLabel( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colourByLabel\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _autoScale\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_autoScale", "autoScale", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Setting target = (Setting) object;\r
+                if (!target.hasAutoScale()) { return null; }\r
+                return (target.getAutoScale() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Setting target = (Setting) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteAutoScale();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setAutoScale( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _autoScale\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _threshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _threshstate\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_threshstate", "threshstate",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasThreshstate())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getThreshstate());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteThreshstate();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setThreshstate(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _threshstate\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _max\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_max", "max",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasMax())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Float(target.getMax());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMax();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMax(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _max\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _min\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_min", "min",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasMin())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Float(target.getMin());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMin();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMin(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _min\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colourByLabel\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_colourByLabel", "colourByLabel",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasColourByLabel())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getColourByLabel() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteColourByLabel();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setColourByLabel(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _colourByLabel\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Setting.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _autoScale\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_autoScale", "autoScale",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Setting target = (Setting) object;\r
-        if (!target.hasAutoScale())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getAutoScale() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Setting target = (Setting) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteAutoScale();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setAutoScale(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _autoScale\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
 \r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Setting.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 09171ea..3db3b4c 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.StructureState;\r
@@ -28,500 +18,508 @@ import jalview.schemabinding.version2.StructureState;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class StructureStateDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public StructureStateDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "structureState";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- _content\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_content", "PCDATA",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Text);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
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-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        StructureState target = (StructureState) object;\r
-        return target.getContent();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          StructureState target = (StructureState) object;\r
-          target.setContent((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class StructureStateDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public StructureStateDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "structureState";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- _content\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_content", "PCDATA", org.exolab.castor.xml.NodeType.Text);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                return target.getContent();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    target.setContent( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _content\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _content\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
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-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _visible\r
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-            java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
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-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        StructureState target = (StructureState) object;\r
-        if (!target.hasVisible())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _visible\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                if (!target.hasVisible()) { return null; }\r
+                return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteVisible();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setVisible( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _visible\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          StructureState target = (StructureState) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteVisible();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _xpos\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                if (!target.hasXpos()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteXpos();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setXpos( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _xpos\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _visible\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _xpos\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        StructureState target = (StructureState) object;\r
-        if (!target.hasXpos())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _ypos\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                if (!target.hasYpos()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteYpos();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setYpos( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _ypos\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          StructureState target = (StructureState) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteXpos();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _width\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                if (!target.hasWidth()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteWidth();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setWidth( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _width\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _xpos\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _ypos\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        StructureState target = (StructureState) object;\r
-        if (!target.hasYpos())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _height\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                if (!target.hasHeight()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteHeight();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setHeight( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _height\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          StructureState target = (StructureState) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteYpos();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _viewId\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_viewId", "viewId", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                return target.getViewId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    target.setViewId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _viewId\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _ypos\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _width\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        StructureState target = (StructureState) object;\r
-        if (!target.hasWidth())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _linkAlignPanel\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_linkAlignPanel", "linkAlignPanel", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                if (!target.hasLinkAlignPanel()) { return null; }\r
+                return (target.getLinkAlignPanel() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteLinkAlignPanel();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setLinkAlignPanel( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _linkAlignPanel\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          StructureState target = (StructureState) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteWidth();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _alignwithAlignPanel\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_alignwithAlignPanel", "alignwithAlignPanel", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                StructureState target = (StructureState) object;\r
+                if (!target.hasAlignwithAlignPanel()) { return null; }\r
+                return (target.getAlignwithAlignPanel() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    StructureState target = (StructureState) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteAlignwithAlignPanel();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setAlignwithAlignPanel( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _alignwithAlignPanel\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _width\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _height\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        StructureState target = (StructureState) object;\r
-        if (!target.hasHeight())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          StructureState target = (StructureState) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteHeight();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _height\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _viewId\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_viewId", "viewId",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        StructureState target = (StructureState) object;\r
-        return target.getViewId();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          StructureState target = (StructureState) object;\r
-          target.setViewId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _viewId\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.StructureState.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.StructureState.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index c683978..951e7ca 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine;\r
@@ -28,292 +18,263 @@ import jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class ThresholdLineDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
+public class ThresholdLineDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
 \r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
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+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
 \r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
 \r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
 \r
-  public ThresholdLineDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "thresholdLine";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
 \r
-    // -- _label\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_label", "label",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
-        return target.getLabel();\r
-      }\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
-          target.setLabel((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+    public ThresholdLineDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "thresholdLine";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _label\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_label", "label", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
+                return target.getLabel();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
+                    target.setLabel( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _label\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _label\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _value\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_value", "value",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
-        if (!target.hasValue())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _value\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_value", "value", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
+                if (!target.hasValue()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getValue());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteValue();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setValue( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _value\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-        return new java.lang.Float(target.getValue());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteValue();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setValue(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _colour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
+                if (!target.hasColour()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteColour();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _colour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _value\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _colour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
-        if (!target.hasColour())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          ThresholdLine target = (ThresholdLine) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteColour();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _colour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 9d70d62..f4741a2 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
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- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Tree;\r
@@ -28,978 +18,798 @@ import jalview.schemabinding.version2.Tree;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class TreeDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public TreeDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "tree";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _width\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasWidth())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteWidth();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class TreeDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public TreeDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "tree";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _width\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasWidth()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteWidth();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setWidth( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _width\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _width\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _height\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasHeight())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _height\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasHeight()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteHeight();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setHeight( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _height\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteHeight();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _xpos\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasXpos()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteXpos();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setXpos( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _xpos\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _height\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _xpos\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasXpos())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _ypos\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasYpos()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteYpos();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setYpos( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _ypos\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteXpos();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _fontName\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_fontName", "fontName", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                return target.getFontName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    target.setFontName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _fontName\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _xpos\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _ypos\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasYpos())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _fontSize\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasFontSize()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getFontSize());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteFontSize();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setFontSize( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _fontSize\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteYpos();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _fontStyle\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasFontStyle()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteFontStyle();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setFontStyle( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _fontStyle\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _ypos\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _fontName\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_fontName", "fontName",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        return target.getFontName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          target.setFontName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _threshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setThreshold( ((java.lang.Float) value).floatValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _threshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _fontName\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _fontSize\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasFontSize())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showBootstrap\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showBootstrap", "showBootstrap", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasShowBootstrap()) { return null; }\r
+                return (target.getShowBootstrap() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowBootstrap();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowBootstrap( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showBootstrap\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getFontSize());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteFontSize();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setFontSize(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showDistances\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showDistances", "showDistances", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasShowDistances()) { return null; }\r
+                return (target.getShowDistances() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowDistances();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowDistances( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showDistances\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _fontSize\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _fontStyle\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasFontStyle())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _markUnlinked\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_markUnlinked", "markUnlinked", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasMarkUnlinked()) { return null; }\r
+                return (target.getMarkUnlinked() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteMarkUnlinked();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setMarkUnlinked( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _markUnlinked\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteFontStyle();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setFontStyle(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _fitToWindow\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_fitToWindow", "fitToWindow", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasFitToWindow()) { return null; }\r
+                return (target.getFitToWindow() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteFitToWindow();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setFitToWindow( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _fitToWindow\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _fontStyle\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _threshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _currentTree\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_currentTree", "currentTree", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                if (!target.hasCurrentTree()) { return null; }\r
+                return (target.getCurrentTree() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteCurrentTree();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setCurrentTree( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _currentTree\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-        return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        super.setIdentity(desc);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new java.lang.String();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _threshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showBootstrap\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showBootstrap", "showBootstrap",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasShowBootstrap())\r
-        {\r
-          return null;\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _title\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_title", "title", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                return target.getTitle();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    target.setTitle( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _title\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-        return (target.getShowBootstrap() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowBootstrap();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowBootstrap(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _newick\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_newick", "newick", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Tree target = (Tree) object;\r
+                return target.getNewick();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Tree target = (Tree) object;\r
+                    target.setNewick( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _newick\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showBootstrap\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showDistances\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showDistances", "showDistances",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasShowDistances())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowDistances() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowDistances();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowDistances(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _showDistances\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _markUnlinked\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_markUnlinked", "markUnlinked",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasMarkUnlinked())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getMarkUnlinked() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteMarkUnlinked();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setMarkUnlinked(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _markUnlinked\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _fitToWindow\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_fitToWindow", "fitToWindow",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasFitToWindow())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getFitToWindow() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteFitToWindow();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setFitToWindow(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _fitToWindow\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _currentTree\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_currentTree", "currentTree",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        if (!target.hasCurrentTree())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getCurrentTree() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteCurrentTree();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setCurrentTree(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _currentTree\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Tree.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    super.setIdentity(desc);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new java.lang.String();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _title\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_title", "title",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        return target.getTitle();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          target.setTitle((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _title\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _newick\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_newick", "newick",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Tree target = (Tree) object;\r
-        return target.getNewick();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Tree target = (Tree) object;\r
-          target.setNewick((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _newick\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
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-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index eb93e57..be7012a 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme;\r
@@ -28,132 +18,134 @@ import jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class UserColourSchemeDescriptor\r
-        extends\r
-        jalview.schemabinding.version2.descriptors.JalviewUserColoursDescriptor\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
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-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public UserColourSchemeDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.JalviewUserColoursDescriptor());\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "UserColourScheme";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+public class UserColourSchemeDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.JalviewUserColoursDescriptor {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public UserColourSchemeDescriptor() {\r
+        super();\r
+        setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.JalviewUserColoursDescriptor());\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "UserColourScheme";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index e98dffb..bda1c5e 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.UserColours;\r
@@ -28,229 +18,215 @@ import jalview.schemabinding.version2.UserColours;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class UserColoursDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public UserColoursDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "UserColours";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        UserColours target = (UserColours) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          UserColours target = (UserColours) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class UserColoursDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public UserColoursDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "UserColours";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                UserColours target = (UserColours) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    UserColours target = (UserColours) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _userColourScheme\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme.class, "_userColourScheme", "UserColourScheme", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                UserColours target = (UserColours) object;\r
+                return target.getUserColourScheme();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    UserColours target = (UserColours) object;\r
+                    target.setUserColourScheme( (jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setRequired(true);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _userColourScheme\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
+        { //-- local scope\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
 \r
-    // -- _userColourScheme\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme.class,\r
-            "_userColourScheme", "UserColourScheme",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        UserColours target = (UserColours) object;\r
-        return target.getUserColourScheme();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          UserColours target = (UserColours) object;\r
-          target.setUserColourScheme((jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setRequired(true);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _userColourScheme\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.UserColours.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.UserColours.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index b46ab62..375f435 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;\r
@@ -28,256 +18,232 @@ import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class VAMSASDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public VAMSASDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
-    _xmlName = "VAMSAS";\r
-    _elementDefinition = false;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _treeList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_treeList", "Tree",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
-        return target.getTree();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
-          target.addTree((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+public class VAMSASDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public VAMSASDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
+        _xmlName = "VAMSAS";\r
+        _elementDefinition = false;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _treeList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_treeList", "Tree", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
+                return target.getTree();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
+                    target.addTree( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
+                    target.removeAllTree();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _treeList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
-          target.removeAllTree();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _sequenceSetList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class, "_sequenceSetList", "SequenceSet", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
+                return target.getSequenceSet();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
+                    target.addSequenceSet( (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
+                    target.removeAllSequenceSet();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _sequenceSetList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
         }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _treeList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _sequenceSetList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class,\r
-            "_sequenceSetList", "SequenceSet",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
-        return target.getSequenceSet();\r
-      }\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
-          target.addSequenceSet((jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
-          target.removeAllSequenceSet();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    // -- validation code for: _sequenceSetList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
 \r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 9b25bae..bc14cfd 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.VamsasModel;\r
@@ -28,131 +18,134 @@ import jalview.schemabinding.version2.VamsasModel;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class VamsasModelDescriptor extends\r
-        jalview.schemabinding.version2.descriptors.VAMSASDescriptor\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public VamsasModelDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.VAMSASDescriptor());\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "vamsasModel";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.VamsasModel.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
+public class VamsasModelDescriptor extends jalview.schemabinding.version2.descriptors.VAMSASDescriptor {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public VamsasModelDescriptor() {\r
+        super();\r
+        setExtendsWithoutFlatten(new jalview.schemabinding.version2.descriptors.VAMSASDescriptor());\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "vamsasModel";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
+        return null;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.VamsasModel.class;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
+    }\r
 \r
 }\r
index 254b785..21b8cf2 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
 \r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import jalview.schemabinding.version2.Viewport;\r
@@ -28,2488 +18,1941 @@ import jalview.schemabinding.version2.Viewport;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class ViewportDescriptor extends\r
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _elementDefinition.\r
-   */\r
-  private boolean _elementDefinition;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsPrefix.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsPrefix;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _nsURI.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _nsURI;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _xmlName.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _xmlName;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public ViewportDescriptor()\r
-  {\r
-    super();\r
-    _nsURI = "www.jalview.org";\r
-    _xmlName = "Viewport";\r
-    _elementDefinition = true;\r
-\r
-    // -- set grouping compositor\r
-    setCompositorAsSequence();\r
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
-    // -- initialize attribute descriptors\r
-\r
-    // -- _conservationSelected\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_conservationSelected",\r
-            "conservationSelected",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasConservationSelected())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getConservationSelected() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteConservationSelected();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setConservationSelected(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _conservationSelected\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _pidSelected\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_pidSelected", "pidSelected",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasPidSelected())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getPidSelected() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deletePidSelected();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setPidSelected(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _pidSelected\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _bgColour\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_bgColour", "bgColour",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getBgColour();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.setBgColour((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _bgColour\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _consThreshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasConsThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteConsThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _consThreshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _pidThreshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasPidThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deletePidThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _pidThreshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _title\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_title", "title",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getTitle();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.setTitle((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _title\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showFullId\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showFullId", "showFullId",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowFullId())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowFullId() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowFullId();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowFullId(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showFullId\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _rightAlignIds\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_rightAlignIds", "rightAlignIds",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasRightAlignIds())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getRightAlignIds() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteRightAlignIds();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setRightAlignIds(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _rightAlignIds\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showText\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showText", "showText",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowText())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowText();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showText\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showColourText\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showColourText", "showColourText",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowColourText())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowColourText();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowColourText(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showColourText\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showUnconserved\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowUnconserved())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowUnconserved();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showUnconserved\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showBoxes\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showBoxes", "showBoxes",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowBoxes())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowBoxes();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowBoxes(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showBoxes\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _wrapAlignment\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_wrapAlignment", "wrapAlignment",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasWrapAlignment())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getWrapAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteWrapAlignment();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setWrapAlignment(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _wrapAlignment\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _renderGaps\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_renderGaps", "renderGaps",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasRenderGaps())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getRenderGaps() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteRenderGaps();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setRenderGaps(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _renderGaps\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showSequenceFeatures\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceFeatures",\r
-            "showSequenceFeatures",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowSequenceFeatures())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowSequenceFeatures() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowSequenceFeatures();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowSequenceFeatures(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showSequenceFeatures\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showNPfeatureTooltip\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showNPfeatureTooltip",\r
-            "showNPfeatureTooltip",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowNPfeatureTooltip())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowNPfeatureTooltip() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowNPfeatureTooltip();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowNPfeatureTooltip(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showNPfeatureTooltip\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showDbRefTooltip\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showDbRefTooltip",\r
-            "showDbRefTooltip", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowDbRefTooltip())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowDbRefTooltip() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowDbRefTooltip();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowDbRefTooltip(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showDbRefTooltip\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _followHighlight\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_followHighlight", "followHighlight",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasFollowHighlight())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getFollowHighlight() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteFollowHighlight();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setFollowHighlight(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _followHighlight\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _followSelection\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_followSelection", "followSelection",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasFollowSelection())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getFollowSelection() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteFollowSelection();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setFollowSelection(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _followSelection\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showAnnotation\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showAnnotation", "showAnnotation",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowAnnotation())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowAnnotation() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowAnnotation();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowAnnotation(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showAnnotation\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+public class ViewportDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _elementDefinition.\r
+     */\r
+    private boolean _elementDefinition;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsPrefix.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsPrefix;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _nsURI.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _nsURI;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _xmlName.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _xmlName;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public ViewportDescriptor() {\r
+        super();\r
+        _nsURI = "www.jalview.org";\r
+        _xmlName = "Viewport";\r
+        _elementDefinition = true;\r
+        \r
+        //-- set grouping compositor\r
+        setCompositorAsSequence();\r
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
+        //-- initialize attribute descriptors\r
+        \r
+        //-- _conservationSelected\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_conservationSelected", "conservationSelected", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasConservationSelected()) { return null; }\r
+                return (target.getConservationSelected() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteConservationSelected();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setConservationSelected( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _conservationSelected\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _pidSelected\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_pidSelected", "pidSelected", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasPidSelected()) { return null; }\r
+                return (target.getPidSelected() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deletePidSelected();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setPidSelected( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _pidSelected\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _bgColour\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_bgColour", "bgColour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getBgColour();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.setBgColour( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _bgColour\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _consThreshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasConsThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteConsThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setConsThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _consThreshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _pidThreshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasPidThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deletePidThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setPidThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _pidThreshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _title\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_title", "title", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getTitle();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.setTitle( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _title\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showFullId\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showFullId", "showFullId", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowFullId()) { return null; }\r
+                return (target.getShowFullId() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowFullId();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowFullId( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showFullId\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _rightAlignIds\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_rightAlignIds", "rightAlignIds", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasRightAlignIds()) { return null; }\r
+                return (target.getRightAlignIds() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteRightAlignIds();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setRightAlignIds( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _rightAlignIds\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showText\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showText", "showText", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowText()) { return null; }\r
+                return (target.getShowText() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowText();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowText( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showText\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showColourText\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showColourText", "showColourText", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowColourText()) { return null; }\r
+                return (target.getShowColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowColourText();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowColourText( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showColourText\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showUnconserved\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowUnconserved()) { return null; }\r
+                return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowUnconserved();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowUnconserved( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showUnconserved\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showBoxes\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showBoxes", "showBoxes", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowBoxes()) { return null; }\r
+                return (target.getShowBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowBoxes();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowBoxes( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showBoxes\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _wrapAlignment\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_wrapAlignment", "wrapAlignment", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasWrapAlignment()) { return null; }\r
+                return (target.getWrapAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteWrapAlignment();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setWrapAlignment( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _wrapAlignment\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _renderGaps\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_renderGaps", "renderGaps", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasRenderGaps()) { return null; }\r
+                return (target.getRenderGaps() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteRenderGaps();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setRenderGaps( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _renderGaps\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showSequenceFeatures\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceFeatures", "showSequenceFeatures", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowSequenceFeatures()) { return null; }\r
+                return (target.getShowSequenceFeatures() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowSequenceFeatures();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowSequenceFeatures( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showSequenceFeatures\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showNPfeatureTooltip\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showNPfeatureTooltip", "showNPfeatureTooltip", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowNPfeatureTooltip()) { return null; }\r
+                return (target.getShowNPfeatureTooltip() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowNPfeatureTooltip();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowNPfeatureTooltip( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showNPfeatureTooltip\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showDbRefTooltip\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showDbRefTooltip", "showDbRefTooltip", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowDbRefTooltip()) { return null; }\r
+                return (target.getShowDbRefTooltip() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowDbRefTooltip();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowDbRefTooltip( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showDbRefTooltip\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _followHighlight\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_followHighlight", "followHighlight", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasFollowHighlight()) { return null; }\r
+                return (target.getFollowHighlight() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteFollowHighlight();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setFollowHighlight( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _followHighlight\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _followSelection\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_followSelection", "followSelection", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasFollowSelection()) { return null; }\r
+                return (target.getFollowSelection() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteFollowSelection();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setFollowSelection( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _followSelection\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showAnnotation\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showAnnotation", "showAnnotation", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowAnnotation()) { return null; }\r
+                return (target.getShowAnnotation() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowAnnotation();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowAnnotation( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showAnnotation\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _centreColumnLabels\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColumnLabels", "centreColumnLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasCentreColumnLabels()) { return null; }\r
+                return (target.getCentreColumnLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteCentreColumnLabels();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setCentreColumnLabels( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _centreColumnLabels\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showGroupConservation\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showGroupConservation", "showGroupConservation", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowGroupConservation()) { return null; }\r
+                return (target.getShowGroupConservation() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowGroupConservation();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowGroupConservation( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showGroupConservation\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showGroupConsensus\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showGroupConsensus", "showGroupConsensus", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowGroupConsensus()) { return null; }\r
+                return (target.getShowGroupConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowGroupConsensus();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowGroupConsensus( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showGroupConsensus\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showConsensusHistogram\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram", "showConsensusHistogram", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowConsensusHistogram()) { return null; }\r
+                return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowConsensusHistogram();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowConsensusHistogram( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showConsensusHistogram\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _showSequenceLogo\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo", "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasShowSequenceLogo()) { return null; }\r
+                return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteShowSequenceLogo();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setShowSequenceLogo( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _showSequenceLogo\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _ignoreGapsinConsensus\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus", "ignoreGapsinConsensus", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus()) { return null; }\r
+                return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteIgnoreGapsinConsensus();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setIgnoreGapsinConsensus( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _ignoreGapsinConsensus\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _xpos\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasXpos()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteXpos();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setXpos( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _xpos\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _ypos\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasYpos()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteYpos();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setYpos( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _ypos\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _width\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasWidth()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteWidth();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setWidth( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _width\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _height\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasHeight()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteHeight();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setHeight( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _height\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _startRes\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_startRes", "startRes", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasStartRes()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getStartRes());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteStartRes();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setStartRes( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _startRes\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _startSeq\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_startSeq", "startSeq", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasStartSeq()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getStartSeq());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteStartSeq();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setStartSeq( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _startSeq\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _fontName\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_fontName", "fontName", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getFontName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.setFontName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _fontName\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _fontSize\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasFontSize()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getFontSize());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteFontSize();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setFontSize( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _fontSize\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _fontStyle\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasFontStyle()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteFontStyle();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setFontStyle( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _fontStyle\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _viewName\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_viewName", "viewName", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getViewName();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.setViewName( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _viewName\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _sequenceSetId\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_sequenceSetId", "sequenceSetId", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        desc.setImmutable(true);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getSequenceSetId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.setSequenceSetId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _sequenceSetId\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _gatheredViews\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_gatheredViews", "gatheredViews", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasGatheredViews()) { return null; }\r
+                return (target.getGatheredViews() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteGatheredViews();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setGatheredViews( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _gatheredViews\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _textCol1\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasTextCol1()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteTextCol1();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setTextCol1( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _textCol1\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _textCol2\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasTextCol2()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteTextCol2();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setTextCol2( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _textCol2\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _textColThreshold\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold", "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                if (!target.hasTextColThreshold()) { return null; }\r
+                return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    // if null, use delete method for optional primitives \r
+                    if (value == null) {\r
+                        target.deleteTextColThreshold();\r
+                        return;\r
+                    }\r
+                    target.setTextColThreshold( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return null;\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _textColThreshold\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+            typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
+            typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _id\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
+        super.setIdentity(desc);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getId();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.setId( (java.lang.String) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new java.lang.String();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _id\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+            org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator typeValidator;\r
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator();\r
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- initialize element descriptors\r
+        \r
+        //-- _annotationColours\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class, "_annotationColours", "AnnotationColours", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getAnnotationColours();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.setAnnotationColours( (jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(false);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _annotationColours\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        { //-- local scope\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
+        //-- _hiddenColumnsList\r
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns.class, "_hiddenColumnsList", "hiddenColumns", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
+                throws IllegalStateException\r
+            {\r
+                Viewport target = (Viewport) object;\r
+                return target.getHiddenColumns();\r
+            }\r
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
+            {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.addHiddenColumns( (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) value);\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
+                try {\r
+                    Viewport target = (Viewport) object;\r
+                    target.removeAllHiddenColumns();\r
+                } catch (java.lang.Exception ex) {\r
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
+                }\r
+            }\r
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
+                return new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns();\r
+            }\r
+        };\r
+        desc.setHandler(handler);\r
+        desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
+        desc.setMultivalued(true);\r
+        addFieldDescriptor(desc);\r
+        \r
+        //-- validation code for: _hiddenColumnsList\r
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
+        fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
+        { //-- local scope\r
+        }\r
+        desc.setValidator(fieldValidator);\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _centreColumnLabels\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColumnLabels",\r
-            "centreColumnLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasCentreColumnLabels())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getCentreColumnLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteCentreColumnLabels();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setCentreColumnLabels(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _centreColumnLabels\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showGroupConservation\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showGroupConservation",\r
-            "showGroupConservation",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowGroupConservation())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowGroupConservation() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowGroupConservation();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowGroupConservation(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showGroupConservation\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showGroupConsensus\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showGroupConsensus",\r
-            "showGroupConsensus", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowGroupConsensus())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowGroupConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowGroupConsensus();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowGroupConsensus(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showGroupConsensus\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showConsensusHistogram\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",\r
-            "showConsensusHistogram",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowConsensusHistogram())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowConsensusHistogram();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showConsensusHistogram\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _showSequenceLogo\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",\r
-            "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasShowSequenceLogo())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteShowSequenceLogo();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _showSequenceLogo\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _ignoreGapsinConsensus\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",\r
-            "ignoreGapsinConsensus",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteIgnoreGapsinConsensus();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _xpos\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasXpos())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteXpos();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _xpos\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _ypos\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasYpos())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteYpos();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _ypos\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _width\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasWidth())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteWidth();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _width\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _height\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasHeight())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteHeight();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _height\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _startRes\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_startRes", "startRes",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasStartRes())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getStartRes());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteStartRes();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setStartRes(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _startRes\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _startSeq\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_startSeq", "startSeq",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasStartSeq())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getStartSeq());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteStartSeq();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setStartSeq(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _startSeq\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _fontName\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_fontName", "fontName",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getFontName();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.setFontName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _fontName\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _fontSize\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasFontSize())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getFontSize());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteFontSize();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setFontSize(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _fontSize\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _fontStyle\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasFontStyle())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteFontStyle();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setFontStyle(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _fontStyle\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _viewName\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_viewName", "viewName",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getViewName();\r
-      }\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.setViewName((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
+    /**\r
+     * Method getAccessMode.\r
+     * \r
+     * @return the access mode specified for this class.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
+    ) {\r
         return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _viewName\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _sequenceSetId\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_sequenceSetId", "sequenceSetId",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    desc.setImmutable(true);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getSequenceSetId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.setSequenceSetId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _sequenceSetId\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
-    }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _gatheredViews\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Boolean.TYPE, "_gatheredViews", "gatheredViews",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasGatheredViews())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return (target.getGatheredViews() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
-                : java.lang.Boolean.FALSE);\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteGatheredViews();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setGatheredViews(((java.lang.Boolean) value)\r
-                  .booleanValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _gatheredViews\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getIdentity.\r
+     * \r
+     * @return the identity field, null if this class has no\r
+     * identity.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
+    ) {\r
+        return super.getIdentity();\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _textCol1\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasTextCol1())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteTextCol1();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _textCol1\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+    /**\r
+     * Method getJavaClass.\r
+     * \r
+     * @return the Java class represented by this descriptor.\r
+     */\r
+    public java.lang.Class getJavaClass(\r
+    ) {\r
+        return jalview.schemabinding.version2.Viewport.class;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _textCol2\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasTextCol2())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteTextCol2();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _textCol2\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpacePrefix.\r
+     * \r
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
+    ) {\r
+        return _nsPrefix;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _textColThreshold\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",\r
-            "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        if (!target.hasTextColThreshold())\r
-        {\r
-          return null;\r
-        }\r
-        return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          // if null, use delete method for optional primitives\r
-          if (value == null)\r
-          {\r
-            target.deleteTextColThreshold();\r
-            return;\r
-          }\r
-          target.setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return null;\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _textColThreshold\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
-      typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
-      typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
+    /**\r
+     * Method getNameSpaceURI.\r
+     * \r
+     * @return the namespace URI used when marshaling and\r
+     * unmarshaling as XML.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
+    ) {\r
+        return _nsURI;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _id\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            java.lang.String.class, "_id", "id",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
-    super.setIdentity(desc);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getId();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.setId((java.lang.String) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
 \r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new java.lang.String();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
-\r
-    // -- validation code for: _id\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
-      org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator typeValidator;\r
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator();\r
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
+    /**\r
+     * Method getValidator.\r
+     * \r
+     * @return a specific validator for the class described by this\r
+     * ClassDescriptor.\r
+     */\r
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
+    ) {\r
+        return this;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- initialize element descriptors\r
-\r
-    // -- _annotationColours\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class,\r
-            "_annotationColours", "AnnotationColours",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getAnnotationColours();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.setAnnotationColours((jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(false);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _annotationColours\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method getXMLName.\r
+     * \r
+     * @return the XML Name for the Class being described.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getXMLName(\r
+    ) {\r
+        return _xmlName;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-    // -- _hiddenColumnsList\r
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
-            jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns.class,\r
-            "_hiddenColumnsList", "hiddenColumns",\r
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
-    {\r
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
-              throws IllegalStateException\r
-      {\r
-        Viewport target = (Viewport) object;\r
-        return target.getHiddenColumns();\r
-      }\r
-\r
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.addHiddenColumns((jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) value);\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
-              IllegalArgumentException\r
-      {\r
-        try\r
-        {\r
-          Viewport target = (Viewport) object;\r
-          target.removeAllHiddenColumns();\r
-        } catch (java.lang.Exception ex)\r
-        {\r
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
-        }\r
-      }\r
-\r
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
-      {\r
-        return new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns();\r
-      }\r
-    };\r
-    desc.setHandler(handler);\r
-    desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
-    desc.setMultivalued(true);\r
-    addFieldDescriptor(desc);\r
 \r
-    // -- validation code for: _hiddenColumnsList\r
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
-    fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
-    { // -- local scope\r
+    /**\r
+     * Method isElementDefinition.\r
+     * \r
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
+     * of a global\r
+     * element or element with anonymous type definition.\r
+     */\r
+    public boolean isElementDefinition(\r
+    ) {\r
+        return _elementDefinition;\r
     }\r
-    desc.setValidator(fieldValidator);\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getAccessMode.\r
-   * \r
-   * @return the access mode specified for this class.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
-  {\r
-    return null;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getIdentity.\r
-   * \r
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
-  {\r
-    return super.getIdentity();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getJavaClass.\r
-   * \r
-   * @return the Java class represented by this descriptor.\r
-   */\r
-  public java.lang.Class getJavaClass()\r
-  {\r
-    return jalview.schemabinding.version2.Viewport.class;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpacePrefix.\r
-   * \r
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
-  {\r
-    return _nsPrefix;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getNameSpaceURI.\r
-   * \r
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
-  {\r
-    return _nsURI;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getValidator.\r
-   * \r
-   * @return a specific validator for the class described by this\r
-   *         ClassDescriptor.\r
-   */\r
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
-  {\r
-    return this;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getXMLName.\r
-   * \r
-   * @return the XML Name for the Class being described.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getXMLName()\r
-  {\r
-    return _xmlName;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isElementDefinition.\r
-   * \r
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
-   *         element or element with anonymous type definition.\r
-   */\r
-  public boolean isElementDefinition()\r
-  {\r
-    return _elementDefinition;\r
-  }\r
 \r
 }\r
index bf029a2..8c61a2d 100644 (file)
@@ -1,24 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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- * 
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- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet;
@@ -28,379 +18,337 @@ import jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class WebServiceParameterSetDescriptor extends
-        org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _elementDefinition.
-   */
-  private boolean _elementDefinition;
-
-  /**
-   * Field _nsPrefix.
-   */
-  private java.lang.String _nsPrefix;
-
-  /**
-   * Field _nsURI.
-   */
-  private java.lang.String _nsURI;
-
-  /**
-   * Field _xmlName.
-   */
-  private java.lang.String _xmlName;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public WebServiceParameterSetDescriptor()
-  {
-    super();
-    _nsURI = "www.jalview.org/xml/wsparamset";
-    _xmlName = "WebServiceParameterSet";
-    _elementDefinition = false;
-
-    // -- set grouping compositor
-    setCompositorAsSequence();
-    org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
-    org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
-    org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
-    // -- initialize attribute descriptors
-
-    // -- _name
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
-            java.lang.String.class, "_name", "name",
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
-    desc.setImmutable(true);
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
-    {
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
-              throws IllegalStateException
-      {
-        WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-        return target.getName();
-      }
-
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-      {
-        try
-        {
-          WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-          target.setName((java.lang.String) value);
-        } catch (java.lang.Exception ex)
-        {
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+public class WebServiceParameterSetDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _elementDefinition.
+     */
+    private boolean _elementDefinition;
+
+    /**
+     * Field _nsPrefix.
+     */
+    private java.lang.String _nsPrefix;
+
+    /**
+     * Field _nsURI.
+     */
+    private java.lang.String _nsURI;
+
+    /**
+     * Field _xmlName.
+     */
+    private java.lang.String _xmlName;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public WebServiceParameterSetDescriptor() {
+        super();
+        _nsURI = "www.jalview.org/xml/wsparamset";
+        _xmlName = "WebServiceParameterSet";
+        _elementDefinition = false;
+        
+        //-- set grouping compositor
+        setCompositorAsSequence();
+        org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;
+        org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;
+        org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;
+        //-- initialize attribute descriptors
+        
+        //-- _name
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_name", "name", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
+        desc.setImmutable(true);
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
+                throws IllegalStateException
+            {
+                WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                return target.getName();
+            }
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+            {
+                try {
+                    WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                    target.setName( (java.lang.String) value);
+                } catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
+                return null;
+            }
+        };
+        desc.setHandler(handler);
+        desc.setRequired(true);
+        desc.setMultivalued(false);
+        addFieldDescriptor(desc);
+        
+        //-- validation code for: _name
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);
+        { //-- local scope
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
         }
-      }
-
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
-      {
-        return null;
-      }
-    };
-    desc.setHandler(handler);
-    desc.setRequired(true);
-    desc.setMultivalued(false);
-    addFieldDescriptor(desc);
-
-    // -- validation code for: _name
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);
-    { // -- local scope
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
-    }
-    desc.setValidator(fieldValidator);
-    // -- initialize element descriptors
-
-    // -- _version
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
-            java.lang.String.class, "_version", "Version",
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
-    desc.setImmutable(true);
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
-    {
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
-              throws IllegalStateException
-      {
-        WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-        return target.getVersion();
-      }
-
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-      {
-        try
-        {
-          WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-          target.setVersion((java.lang.String) value);
-        } catch (java.lang.Exception ex)
-        {
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        desc.setValidator(fieldValidator);
+        //-- initialize element descriptors
+        
+        //-- _version
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_version", "Version", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
+        desc.setImmutable(true);
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
+                throws IllegalStateException
+            {
+                WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                return target.getVersion();
+            }
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+            {
+                try {
+                    WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                    target.setVersion( (java.lang.String) value);
+                } catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
+                return null;
+            }
+        };
+        desc.setHandler(handler);
+        desc.setMultivalued(false);
+        addFieldDescriptor(desc);
+        
+        //-- validation code for: _version
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+        { //-- local scope
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
         }
-      }
-
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
-      {
-        return null;
-      }
-    };
-    desc.setHandler(handler);
-    desc.setMultivalued(false);
-    addFieldDescriptor(desc);
-
-    // -- validation code for: _version
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    { // -- local scope
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
-    }
-    desc.setValidator(fieldValidator);
-    // -- _description
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
-            java.lang.String.class, "_description", "description",
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
-    desc.setImmutable(true);
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
-    {
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
-              throws IllegalStateException
-      {
-        WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-        return target.getDescription();
-      }
-
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-      {
-        try
-        {
-          WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-          target.setDescription((java.lang.String) value);
-        } catch (java.lang.Exception ex)
-        {
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        desc.setValidator(fieldValidator);
+        //-- _description
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
+        desc.setImmutable(true);
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
+                throws IllegalStateException
+            {
+                WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                return target.getDescription();
+            }
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+            {
+                try {
+                    WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                    target.setDescription( (java.lang.String) value);
+                } catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
+                return null;
+            }
+        };
+        desc.setHandler(handler);
+        desc.setMultivalued(false);
+        addFieldDescriptor(desc);
+        
+        //-- validation code for: _description
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+        { //-- local scope
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
         }
-      }
-
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
-      {
-        return null;
-      }
-    };
-    desc.setHandler(handler);
-    desc.setMultivalued(false);
-    addFieldDescriptor(desc);
-
-    // -- validation code for: _description
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    { // -- local scope
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
-    }
-    desc.setValidator(fieldValidator);
-    // -- _serviceURLList
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
-            java.lang.String.class, "_serviceURLList", "serviceURL",
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
-    {
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
-              throws IllegalStateException
-      {
-        WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-        return target.getServiceURL();
-      }
-
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-      {
-        try
-        {
-          WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-          target.addServiceURL((java.lang.String) value);
-        } catch (java.lang.Exception ex)
-        {
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        desc.setValidator(fieldValidator);
+        //-- _serviceURLList
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_serviceURLList", "serviceURL", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
+                throws IllegalStateException
+            {
+                WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                return target.getServiceURL();
+            }
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+            {
+                try {
+                    WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                    target.addServiceURL( (java.lang.String) value);
+                } catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {
+                try {
+                    WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                    target.removeAllServiceURL();
+                } catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
+                return new java.lang.String();
+            }
+        };
+        desc.setHandler(handler);
+        desc.setRequired(true);
+        desc.setMultivalued(true);
+        addFieldDescriptor(desc);
+        
+        //-- validation code for: _serviceURLList
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);
+        { //-- local scope
         }
-      }
-
-      public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
-              IllegalArgumentException
-      {
-        try
-        {
-          WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-          target.removeAllServiceURL();
-        } catch (java.lang.Exception ex)
-        {
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());
+        desc.setValidator(fieldValidator);
+        //-- _parameters
+        desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_parameters", "parameters", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
+        desc.setImmutable(true);
+        handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {
+            public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) 
+                throws IllegalStateException
+            {
+                WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                return target.getParameters();
+            }
+            public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) 
+                throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
+            {
+                try {
+                    WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
+                    target.setParameters( (java.lang.String) value);
+                } catch (java.lang.Exception ex) {
+                    throw new IllegalStateException(ex.toString());
+                }
+            }
+            public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {
+                return null;
+            }
+        };
+        desc.setHandler(handler);
+        desc.setRequired(true);
+        desc.setMultivalued(false);
+        addFieldDescriptor(desc);
+        
+        //-- validation code for: _parameters
+        fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
+        fieldValidator.setMinOccurs(1);
+        { //-- local scope
+            org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
+            typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
+            fieldValidator.setValidator(typeValidator);
+            typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
         }
-      }
-
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
-      {
-        return new java.lang.String();
-      }
-    };
-    desc.setHandler(handler);
-    desc.setRequired(true);
-    desc.setMultivalued(true);
-    addFieldDescriptor(desc);
-
-    // -- validation code for: _serviceURLList
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);
-    { // -- local scope
+        desc.setValidator(fieldValidator);
     }
-    desc.setValidator(fieldValidator);
-    // -- _parameters
-    desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
-            java.lang.String.class, "_parameters", "parameters",
-            org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
-    desc.setImmutable(true);
-    handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
-    {
-      public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
-              throws IllegalStateException
-      {
-        WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-        return target.getParameters();
-      }
 
-      public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
-              throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
-      {
-        try
-        {
-          WebServiceParameterSet target = (WebServiceParameterSet) object;
-          target.setParameters((java.lang.String) value);
-        } catch (java.lang.Exception ex)
-        {
-          throw new IllegalStateException(ex.toString());
-        }
-      }
 
-      public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
-      {
-        return null;
-      }
-    };
-    desc.setHandler(handler);
-    desc.setRequired(true);
-    desc.setMultivalued(false);
-    addFieldDescriptor(desc);
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
 
-    // -- validation code for: _parameters
-    fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
-    fieldValidator.setMinOccurs(1);
-    { // -- local scope
-      org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
-      typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
-      fieldValidator.setValidator(typeValidator);
-      typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
+    /**
+     * Method getAccessMode.
+     * 
+     * @return the access mode specified for this class.
+     */
+    public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(
+    ) {
+        return null;
     }
-    desc.setValidator(fieldValidator);
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
 
-  /**
-   * Method getAccessMode.
-   * 
-   * @return the access mode specified for this class.
-   */
-  public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
-  {
-    return null;
-  }
-
-  /**
-   * Method getIdentity.
-   * 
-   * @return the identity field, null if this class has no identity.
-   */
-  public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
-  {
-    return super.getIdentity();
-  }
+    /**
+     * Method getIdentity.
+     * 
+     * @return the identity field, null if this class has no
+     * identity.
+     */
+    public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(
+    ) {
+        return super.getIdentity();
+    }
 
-  /**
-   * Method getJavaClass.
-   * 
-   * @return the Java class represented by this descriptor.
-   */
-  public java.lang.Class getJavaClass()
-  {
-    return jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet.class;
-  }
+    /**
+     * Method getJavaClass.
+     * 
+     * @return the Java class represented by this descriptor.
+     */
+    public java.lang.Class getJavaClass(
+    ) {
+        return jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet.class;
+    }
 
-  /**
-   * Method getNameSpacePrefix.
-   * 
-   * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
-   */
-  public java.lang.String getNameSpacePrefix()
-  {
-    return _nsPrefix;
-  }
+    /**
+     * Method getNameSpacePrefix.
+     * 
+     * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
+     */
+    public java.lang.String getNameSpacePrefix(
+    ) {
+        return _nsPrefix;
+    }
 
-  /**
-   * Method getNameSpaceURI.
-   * 
-   * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
-   */
-  public java.lang.String getNameSpaceURI()
-  {
-    return _nsURI;
-  }
+    /**
+     * Method getNameSpaceURI.
+     * 
+     * @return the namespace URI used when marshaling and
+     * unmarshaling as XML.
+     */
+    public java.lang.String getNameSpaceURI(
+    ) {
+        return _nsURI;
+    }
 
-  /**
-   * Method getValidator.
-   * 
-   * @return a specific validator for the class described by this
-   *         ClassDescriptor.
-   */
-  public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
-  {
-    return this;
-  }
+    /**
+     * Method getValidator.
+     * 
+     * @return a specific validator for the class described by this
+     * ClassDescriptor.
+     */
+    public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(
+    ) {
+        return this;
+    }
 
-  /**
-   * Method getXMLName.
-   * 
-   * @return the XML Name for the Class being described.
-   */
-  public java.lang.String getXMLName()
-  {
-    return _xmlName;
-  }
+    /**
+     * Method getXMLName.
+     * 
+     * @return the XML Name for the Class being described.
+     */
+    public java.lang.String getXMLName(
+    ) {
+        return _xmlName;
+    }
 
-  /**
-   * Method isElementDefinition.
-   * 
-   * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
-   *         element or element with anonymous type definition.
-   */
-  public boolean isElementDefinition()
-  {
-    return _elementDefinition;
-  }
+    /**
+     * Method isElementDefinition.
+     * 
+     * @return true if XML schema definition of this Class is that
+     * of a global
+     * element or element with anonymous type definition.
+     */
+    public boolean isElementDefinition(
+    ) {
+        return _elementDefinition;
+    }
 
 }