JAL-1355 correct 'thereshold' to 'threshold' in message keys
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Wed, 24 Aug 2016 13:39:05 +0000 (14:39 +0100)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Wed, 24 Aug 2016 13:39:05 +0000 (14:39 +0100)
15 files changed:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java
src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java
src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
src/jalview/gui/SliderPanel.java
src/jalview/gui/TextColourChooser.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

index 1e91f35..80ac9ca 100644 (file)
@@ -221,8 +221,8 @@ label.proteins = Proteins
 label.to_new_alignment = To New Alignment
 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
-label.modify_identity_thereshold = Modify Identity Threshold...
-label.modify_conservation_thereshold = Modify Conservation Threshold...
+label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
+label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
 label.input_from_textbox = Input from textbox
 label.centre_column_labels = Centre column labels
 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
@@ -515,10 +515,10 @@ label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults
 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
 label.connect_to_session = Connect to session {0}
 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
-label.threshold_feature_no_thereshold = No Threshold
-label.threshold_feature_above_thereshold = Above Threshold
-label.threshold_feature_below_thereshold = Below Threshold
-label.adjust_thereshold = Adjust threshold
+label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
+label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
+label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
+label.adjust_threshold = Adjust threshold
 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
@@ -859,7 +859,7 @@ label.service_url = Service URL
 label.copied_sequences = Copied sequences
 label.cut_sequences = Cut Sequences
 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
-label.percentage_identity_thereshold = Percentage Identity Threshold ({0})
+label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
 label.save_features_to_file = Save Features to File
@@ -902,7 +902,7 @@ error.null_from_clone1 = Null from clone1!
 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
-error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
+error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
@@ -933,7 +933,7 @@ error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
 label.cancelled_params = Cancelled {0}
 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
-error.implementation_error_dont_know_about_thereshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
+error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
@@ -1007,7 +1007,7 @@ label.pca_recalculating = Recalculating PCA
 label.pca_calculating = Calculating PCA
 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
-label.adjunst_foreground_text_colour_thereshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
+label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
@@ -1159,8 +1159,8 @@ label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
-label.enter_redundancy_thereshold = Enter the redundancy threshold
-label.select_dark_light_set_thereshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
+label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
+label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
 label.delete_all = Delete all sequences
 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
index 4738440..d8b2a61 100644 (file)
@@ -207,8 +207,8 @@ label.nucleotide = Nucle
 label.to_new_alignment = A nuevo alineamiento
 label.to_this_alignment = Añadir a este alineamiento
 label.apply_colour_to_all_groups = Aplicar color a todos los grupos
-label.modify_identity_thereshold = Modificar el umbral de identidad...
-label.modify_conservation_thereshold = Modificar el umbral de conservación...
+label.modify_identity_threshold = Modificar el umbral de identidad...
+label.modify_conservation_threshold = Modificar el umbral de conservación...
 label.input_from_textbox = Introducir desde el cuadro de texto
 label.centre_column_labels = Centrar las etiquetas de las columnas
 label.automatic_scrolling = Desplazamiento automático
@@ -477,10 +477,10 @@ label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reiniciar los colores min y max colour
 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Alinear las estructuras utlizando las {0} vistas de alineamiento enlazadas
 label.connect_to_session = Conectar a la sesión {0}
 label.threshold_feature_display_by_score = Filtrar la característica mostrada por puntuación.
-label.threshold_feature_no_thereshold = Sin umbral
-label.threshold_feature_above_thereshold = Por encima del umbral
-label.threshold_feature_below_thereshold = Por debajo del umbral
-label.adjust_thereshold = Ajustar umbral
+label.threshold_feature_no_threshold = Sin umbral
+label.threshold_feature_above_threshold = Por encima del umbral
+label.threshold_feature_below_threshold = Por debajo del umbral
+label.adjust_threshold = Ajustar umbral
 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Cambiar entre mostrar el umbral absoluto y el relativo.
 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Mostrar las características del mismo tipo con una etiqueta diferente y empleando un color distinto (p.e. características del dominio)
 label.select_colour_minimum_value = Seleccionar el color para el valor mínimo
@@ -792,7 +792,7 @@ label.service_url = URL del servicio
 label.copied_sequences = Secuencias copiadas
 label.cut_sequences = Cortar secuencias
 label.conservation_colour_increment = Incremento de Conservación del Color ({0})
-label.percentage_identity_thereshold = Umbral del Porcentaje de Identidad ({0})
+label.percentage_identity_threshold = Umbral del Porcentaje de Identidad ({0})
 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Propietario no soportado para el diálogo del Esquema Cromático del Usuario
 label.save_alignment_to_file = Guardar Alineamiento en fichero
 label.save_features_to_file = Guardar Características en un fichero
@@ -835,7 +835,7 @@ error.null_from_clone1 = Nulo de clone1!
 error.implementation_error_sortbyfeature = Error de implementación - sortByFeature debe ser uno de FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL o FEATURE_DENSITY.
 error.not_yet_implemented = No se ha implementado todavía
 error.unknown_type_dna_or_pep = Tipo desconocido {0} - dna o pep son los únicos valores permitidos
-error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient = Error de implementación: no se conoce el valor umbral para el AnnotationColourGradient actual.
+error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Error de implementación: no se conoce el valor umbral para el AnnotationColourGradient actual.
 error.invalid_separator_parameter = Separador de parámetros no válido - debe tener longitud mayor que cero
 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) no se ha implementado todavía
 error.empty_view_cannot_be_updated = una vista vacía no se puede actualizar.
@@ -866,7 +866,7 @@ error.not_implemented_clone = Clonar: no implementado
 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = llamada a setProgressBar antes de registrar el manejador de la barra de estado
 label.cancelled_params = {0} cancelado
 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Error de implementación: no es posible mostrar una vista de otro alineamiento en un AlignFrame.
-error.implementation_error_dont_know_about_thereshold_setting = Error de implementación: no se conoce la configuración del umbral para el AnnotationColourGradient actual.
+error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Error de implementación: no se conoce la configuración del umbral para el AnnotationColourGradient actual.
 error.eps_generation_not_implemented = La generación de EPS no se ha implementado todavía
 error.png_generation_not_implemented = La generación de PNG no se ha implementado todavía
 error.try_join_vamsas_session_another = Tratando de establecer una sesión VAMSAS cuando ya había otra conectada
@@ -940,7 +940,7 @@ label.pca_recalculating = Recalculando PCA
 label.pca_calculating = Calculando PCA
 label.select_foreground_colour = Escoger color del primer plano
 label.select_colour_for_text = Seleccione el color del texto
-label.adjunst_foreground_text_colour_thereshold = Ajustar el umbral del color del texto en primer plano
+label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Ajustar el umbral del color del texto en primer plano
 label.select_subtree_colour = Seleccioanr el color del sub-árbol
 label.create_new_sequence_features = Crear nueva(s) característica(s) de secuencia
 label.amend_delete_features = Arrelgar/Borrar características de {0}
@@ -1083,8 +1083,8 @@ label.edit_jabaws_url = Editar JABAWS URL
 label.add_jabaws_url = Añadir nueva JABAWS URL
 label.news_from_jalview = Noticias de http://www.jalview.org
 label.cut_paste_alignmen_file = Cortar & Pegar fichero de alineamiento
-label.enter_redundancy_thereshold = Introducir el umbral de redundancia
-label.select_dark_light_set_thereshold = <i>Seleccionar un color oscuro y un color claro para el texto y establecer el umbral en que<br>cambiar entre colores, basándose en el color de fondo</i>
+label.enter_redundancy_threshold = Introducir el umbral de redundancia
+label.select_dark_light_set_threshold = <i>Seleccionar un color oscuro y un color claro para el texto y establecer el umbral en que<br>cambiar entre colores, basándose en el color de fondo</i>
 label.select_feature_colour = Seleccionar color de las características
 label.ignore_gaps_consensus = Ignorar huecos en el consenso
 label.show_group_histogram = Mostrar histograma de grupo
index 849c05c..0312015 100644 (file)
@@ -3517,10 +3517,10 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
     nucleotideColour.setLabel(MessageManager.getString("label.nucleotide"));
     nucleotideColour.addActionListener(this);
     modifyPID.setLabel(MessageManager
-            .getString("label.modify_identity_thereshold"));
+            .getString("label.modify_identity_threshold"));
     modifyPID.addActionListener(this);
     modifyConservation.setLabel(MessageManager
-            .getString("label.modify_conservation_thereshold"));
+            .getString("label.modify_conservation_threshold"));
     modifyConservation.addActionListener(this);
     annotationColour.setLabel(MessageManager
             .getString("action.by_annotation"));
index 57b182c..5a9cd55 100644 (file)
@@ -138,11 +138,11 @@ public class AnnotationColourChooser extends Panel implements
     }
 
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
 
     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)
     {
@@ -162,7 +162,7 @@ public class AnnotationColourChooser extends Panel implements
       default:
         throw new Error(
                 MessageManager
-                        .getString("error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient"));
+                        .getString("error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient"));
       }
       thresholdIsMin.setState(acg.thresholdIsMinMax);
       thresholdValue.setText("" + acg.getAnnotationThreshold());
index 4cb5ede..fc49de5 100644 (file)
@@ -186,11 +186,11 @@ public abstract class AnnotationRowFilter extends Panel
   protected void populateThresholdComboBox(Choice threshold)
   {
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
   }
 
   public jalview.datamodel.AlignmentAnnotation getCurrentAnnotation()
index 3c04ccd..0e85017 100644 (file)
@@ -191,11 +191,11 @@ public class FeatureColourChooser extends Panel implements ActionListener,
     jPanel4.setBackground(Color.white);
     threshold.addItemListener(this);
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
     thresholdValue.addActionListener(this);
     slider.setBackground(Color.white);
     slider.setEnabled(false);
index 2fc15d0..2c53c08 100644 (file)
@@ -132,7 +132,7 @@ public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
       pid.cs = cs;
     }
     PIDSlider.setTitle(MessageManager
-            .formatMessage("label.percentage_identity_thereshold",
+            .formatMessage("label.percentage_identity_threshold",
                     new String[] { source }));
 
     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
index 19eed27..93c9a6b 100644 (file)
@@ -141,7 +141,7 @@ public class AnnotationColourChooser extends AnnotationRowFilter
       default:
         throw new Error(
                 MessageManager
-                        .getString("error.implementation_error_dont_know_about_thereshold_setting"));
+                        .getString("error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting"));
       }
       thresholdIsMin.setSelected(acg.thresholdIsMinMax);
       thresholdValue.setText("" + acg.getAnnotationThreshold());
index 17298ba..f0bea60 100644 (file)
@@ -257,11 +257,11 @@ public abstract class AnnotationRowFilter extends JPanel
   protected void populateThresholdComboBox(JComboBox<String> threshold)
   {
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
+            .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
   }
 
   protected void seqAssociated_actionPerformed(ActionEvent arg0,
index 79217ea..5594e1a 100644 (file)
@@ -242,11 +242,11 @@ public class FeatureColourChooser extends JalviewDialog
     threshold.setToolTipText(MessageManager
             .getString("label.threshold_feature_display_by_score"));
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_no_thereshold")); // index 0
+            .getString("label.threshold_feature_no_threshold")); // index 0
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_above_thereshold")); // index 1
+            .getString("label.threshold_feature_above_threshold")); // index 1
     threshold.addItem(MessageManager
-            .getString("label.threshold_feature_below_thereshold")); // index 2
+            .getString("label.threshold_feature_below_threshold")); // index 2
     jPanel3.setLayout(flowLayout2);
     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()
     {
@@ -263,7 +263,7 @@ public class FeatureColourChooser extends JalviewDialog
     slider.setOpaque(false);
     slider.setPreferredSize(new Dimension(100, 32));
     slider.setToolTipText(MessageManager
-            .getString("label.adjust_thereshold"));
+            .getString("label.adjust_threshold"));
     thresholdValue.setEnabled(false);
     thresholdValue.setColumns(7);
     jPanel3.setBackground(Color.white);
index 7fb0593..a9d2690 100755 (executable)
@@ -172,7 +172,7 @@ public class RedundancyPanel extends GSliderPanel implements Runnable
     progress = null;
 
     label.setText(MessageManager
-            .getString("label.enter_redundancy_thereshold"));
+            .getString("label.enter_redundancy_threshold"));
     slider.setVisible(true);
     applyButton.setEnabled(true);
     valueField.setVisible(true);
index e1e70dc..c3fec4f 100755 (executable)
@@ -220,7 +220,7 @@ public class SliderPanel extends GSliderPanel
     }
 
     PIDSlider.setTitle(MessageManager
-            .formatMessage("label.percentage_identity_thereshold",
+            .formatMessage("label.percentage_identity_threshold",
                     new String[] { source }));
 
     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
index f1c6768..39d9c1d 100644 (file)
@@ -81,7 +81,7 @@ public class TextColourChooser
             new JLabel(
                     "<html>"
                             + MessageManager
-                                    .getString("label.select_dark_light_set_thereshold")
+                                    .getString("label.select_dark_light_set_threshold")
                             + "</html>"), BorderLayout.NORTH);
     panel.add(col1);
     panel.add(slider);
@@ -133,7 +133,7 @@ public class TextColourChooser
                     ap,
                     bigpanel,
                     MessageManager
-                            .getString("label.adjunst_foreground_text_colour_thereshold"),
+                            .getString("label.adjunst_foreground_text_colour_threshold"),
                     JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION,
                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, null);
 
index 16d7422..d7def6b 100755 (executable)
@@ -1589,7 +1589,7 @@ public class GAlignFrame extends JInternalFrame
     });
 
     JMenuItem modifyPID = new JMenuItem(
-            MessageManager.getString("label.modify_identity_thereshold"));
+            MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
     {
       @Override
@@ -1599,7 +1599,7 @@ public class GAlignFrame extends JInternalFrame
       }
     });
     modifyConservation.setText(MessageManager
-            .getString("label.modify_conservation_thereshold"));
+            .getString("label.modify_conservation_threshold"));
     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
     {
       @Override
index 65179a2..d5065b5 100644 (file)
@@ -27,10 +27,8 @@ import jalview.ws.dbsources.EmblSource;
 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
 import jalview.ws.dbsources.PfamFull;
 import jalview.ws.dbsources.PfamSeed;
-import jalview.ws.dbsources.RfamFull;
 import jalview.ws.dbsources.RfamSeed;
 import jalview.ws.dbsources.Uniprot;
-import jalview.ws.dbsources.UniprotName;
 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
@@ -62,7 +60,7 @@ public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher
     addDBRefSourceImpl(EmblSource.class);
     addDBRefSourceImpl(EmblCdsSource.class);
     addDBRefSourceImpl(Uniprot.class);
-    addDBRefSourceImpl(UniprotName.class);
+    // addDBRefSourceImpl(UniprotName.class);
     addDBRefSourceImpl(Pdb.class);
     addDBRefSourceImpl(PfamFull.class);
     addDBRefSourceImpl(PfamSeed.class);