Percentage precalculated in aafrequency

isGap slightly more efficient

Add taylor to default colour check

Hashtable now in array, not vector

IgnoreGapsConsensus

Dont color Checking... red

Declare variables outside loops

Calculate gap and nogap ratio here

fixed leafMapping bug for Id's like SequenceX (where X=14 matches all X=1,10,11,12,13).
Fixes Mantis 0009227

Add notes on proxy settings

InstallAnywhere readme

New classes

Cache.getDefault

Proxy server, default browser, multiple links added

cache.getDefault

Try/catch loading default icons

Splash screen is repainted when checking latest version

Handle multiple url links

Can give a name to new browser window

Properties file is used in preference to viewport/cache/preferences replicating defaults

Edit/add/delete a sequence link

Applet handles multiple sequence links

Add docs in build

Fix for user entering number in search window

Version 2.02

1 & -1

Trees aren't save in headless state in this version

Loading thread moved to io.FileLoader

Use Container to get fontMetrics

FileLoading removed from desktop

Can run headless=true

Use font.getName, not font.getFontName

Remove ref to ServletGUI

use 1 & -1 if start/end not specified

if endRes <1, calc the endRes

Correct label for end res in copy

v2.02

backslash irrelevant in java

Copy seq ordering bug fixed

Output redirected to output.txt

Remove .txt, add command line instruction

homepage must have http:// at beginning

put jalview.jar first in jnlp

Version changes

Jnlp info updated

Must check if group.sequences are null in remove gaps

Consume if enter pressed

Listen for return key

check groupsize is non zero

setIconImage

typo

image changed

added help and documentation for annotation editing.

libraries??

Add test case if code version not found

Version changes

Write jalview.version in resources

this.installIcons

Release and build date methods changed

Writes .build_properties file for build date and version

Runs if no files to open and -nodisplay is not used

press del to cut

delete markers from start to end

Remove all gaps must check jSize

Remove group if sequences are null

Help file url changed

dont add null group

Sequence to Uppercase before checksum

Formatting changes

Not used in Jalview

Put all libraries in Project space

dont check disk space, redirect stdout

wsld missing from cvs archive

readme

Target is 1.4

jalview-dev@jalview.org is the right email address?

renamed menu  for jPred to Jnet.

separated alignment menu bits.

more doco.

moved clustal to clustalw

lots of tidying in doco.

Moved to new repository

moved to new repository

InstallAnywhere config

better clustalw reference

export moved to its own file.

export alignment
graphics

feredoxin startup alignment with a tree.

more menu doco.

dont add sequence twice to new group

Sort Groups modified

dont convert to uppercase

textarea replaces textfield - can cut and paste sequence from seqpanel

remove gaps applies to selected area

use .jalview.uniprot.xml

Check colours not null

check colourscheme is not null

paintrefresher

add/remove updated

Column selection changed