put jalview.jar first in jnlp

Version changes

Jnlp info updated

Must check if group.sequences are null in remove gaps

Consume if enter pressed

Listen for return key

check groupsize is non zero

setIconImage

typo

image changed

added help and documentation for annotation editing.

libraries??

Add test case if code version not found

Version changes

Write jalview.version in resources

this.installIcons

Release and build date methods changed

Writes .build_properties file for build date and version

Runs if no files to open and -nodisplay is not used

press del to cut

delete markers from start to end

Remove all gaps must check jSize

Remove group if sequences are null

Help file url changed

dont add null group

Sequence to Uppercase before checksum

Formatting changes

Not used in Jalview

Put all libraries in Project space

dont check disk space, redirect stdout

wsld missing from cvs archive

readme

Target is 1.4

jalview-dev@jalview.org is the right email address?

renamed menu  for jPred to Jnet.

separated alignment menu bits.

more doco.

moved clustal to clustalw

lots of tidying in doco.

Moved to new repository

moved to new repository

InstallAnywhere config

better clustalw reference

export moved to its own file.

export alignment
graphics

feredoxin startup alignment with a tree.

more menu doco.

dont add sequence twice to new group

Sort Groups modified

dont convert to uppercase

textarea replaces textfield - can cut and paste sequence from seqpanel

remove gaps applies to selected area

use .jalview.uniprot.xml

Check colours not null

check colourscheme is not null

paintrefresher

add/remove updated

Column selection changed

REmove commented out lines

allow for fastpaint

add / remove editable columns

Tooltip changed

first jalarchive entry.

change name of uniprot file

add version

remove system.out

de-os-specificised some bits. Commented the file association entries
in jnlp for the moment.

removes jarsign.

help file bits.

pad-1 gaps fixed.

slight modification to srs query so it takes both uniprot accessions and names

Arbitrary decision to keep friendly id name when reading in uniprot headered fastA files.

update conservation colours after edit

ToolTip updated

add value to conservation mouseover

if seq is null, dont check pdb

mouse pressed moved to mouseclicked

Deselect sets annotationPanel activeres null

reset if clustalX colouring

Dont delete nextSeq

PaintRefresher must be sent alignment

super.paintComponent

Set background colour of applet RGB

protected now public

Double click to launch file browser

tooltips instant (hopefully)

No spaces allowed in sequence name

Load/Save trees

Returns TreePanel when opening Newick

Saves trees

null pointer fix.

uses paintrefresher

clustal probs

quit saves screen size

Updates checkboxes on load

PaintRefresh changed

protected now public

Quit actionPerformed

Get colourScheme with seqs and width

SeqFetcher modified