Merge branch 'Release_2_8_Branch' into WIP_fix_JAL-1423

Conflicts:
examples/linkedapplets_ng.html

JAL-1400 sign the applet with manifest attributes for Java 1.6 and Java 1.7

JAL-1400 signed applets generally run with all permissions since 2014

Merge branch 'JAL-1422_srs' into Release_2_8_Branch

Conflicts:
examples/linkedapplets_ng.html

JAL-1422 update any existing configuration to replace SRS with EMBL-EBI Search link

JAL-1422 change default link to EMBL-EBI Search

JAL-1422 remove SRS and expasy links and replace with EMBL-EBI Search and Uniprot links in applet examples

Merge branch 'fix_JAL-1423' into Release_2_8_Branch

JAL-1423 - console error reporting and graceful handling for corrupt DAS local source entries

Merge branch 'JAL-1400_signapplet' into Release_2_8_Branch

JAL-1400 update manifest in the JmolApplet jar

Merge branch 'JAL-1400_signapplet' into Release_2_8_Branch

JAL-1400 disable 'Permissions' in manifest to see if it helps

Merge branch 'JAL-1400_signapplet' into Release_2_8_Branch

sandbox permissions

new required parameter for deploying the applet

Merge branch 'JAL-1400_signapplet' into Release_2_8_Branch

JAL-1400 add codebase and caller allowable codebase

Merge branch 'JAL-1139_proguard' into Release_2_8_Branch

JAL-1139 specified SHA1WithRSA for sig algorithm and removed Jmols original selfsigned certs

adivce from ant.apache.org/manual/Tasks/signjar.html re
building on Java 7 for deployment in Java 6
JAL-1139

Merge branch 'JAL-1139_proguard' into Release_2_8_Branch

JAL-1139 need to explicitly specify SHA1 for java 6 launch

Merge branch 'JAL-1139_proguard' into Release_2_8_Branch

JAL-1139 supress dependency warnings from proguard

Merge branch 'JAL-1139_proguard' into Release_2_8_Branch

JAL-1139 latest version of proguard needed for Java 1.7 builds

Merge branch 'JAL-1286' into Release_2_8_Branch

JAL-1286 additional tests to ensure that non-GZ files with a .gz at end
are read in correctly

JAL-1286 check if local file ends with .gz and opens as a gzip stream

JAL-1286 test input of gzip stream from local file

JAL-1400 found a fix for the sandbox exception - need a 'permissions' parameter
http://stackoverflow.com/questions/18914650/can-you-sign-a-java-applet-but-keep-it-in-the-sandbox-not-give-it-full-access-t
http://docs.oracle.com/javase/tutorial/deployment/applet/html.html

experiment with reinstating the sandbox permissions

JAL-1400 try putting explicit domain for jalviewLite applet

JAL-1400 Always create indices for jar before signing

JAL-1400 sign everything !

JAL-1400 explicit security settings for applet

JAL-1400 explicit security permissions for Desktop

JAL-1403 make sure MacOS installer searchers for the Apple Java install, otherwise it silently fails due to a JVM not being found.

JAL-1403 updated paths to IA 2013 and additional build parameter to disable the update thread so builds happen quicker

JAL-1403 upgraded the InstallAnywhere build file to IA Professional 2013

Merge branch 'JAL-1164_disorderforselection' into Release_2_8_Branch

JAL-1164 regression on JAL-1292 use bitset to mark graphGroup as rendered

JAL-1164 scope bySequence analysis methods to start/end of selected region or alignment region.

JAL-1114 javadoc

JAL-1114 promote start/end attributes to gettable fields of annotatable collections

JAL-1114 API javadoc

JAL-1164 only predict on currently selected sequences for perSequence

JAL-1385 expose core view model methods in interface

Merge branch 'JAL-1347' into Release_2_8_Branch

JAL-1347 RNA Structure consensus follows the alignment viewport consensus rendering settings in version 2.8.x

JAL-1347 flow control for display of profile data is upstream from this method

Merge branch 'JAL-1347' into Release_2_8_Branch

JAL-1347 identify and set rendering settings for consensus annotation rows
JAL-966 Note  - should abstract this logic even further away in Jalview v3

JAL-1347 refactor logic for setting display flags for histogram and profile to main control loop

JAL-1347 make it efficient to call getConsensus to test identity of alignment annotation rows

Merge branch 'Release_2_8_1_Branch' into Release_2_8_Branch

make sure 'example alignment' can be found in documentation

Merge branch 'structures/JAL-1016' into Release_2_8_Branch

JAL-1345 - set nSeconds arg for chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/#compare according to total number of superpositions

JAL-1016 Instruct user to report situations where the race condition still happens

JAL-1332 make SSM context discovery safer (particularly in plugin context)

JAL-583 refactor todo about separating code to construct Jmol superposition from the code that obtains the atom matching used to construct the expression

fix for JAL-1016 - wait around until we have a complete set of PDB filename mappings available in Jmol

JAL-1016 - do our assertions immediatly

Merge branch 'bug/JAL-1230' into Release_2_8_Branch

JAL-1230 update alignment state for annotation edits, and validate annotation panel height to ensure any autocalculated annotation is made visible

JAL-1230 proxy method for synchronising internal AlignmentI state in response to changes in alignment annotation

JAL-1230 simplify initialisation of consensus, conservation and structure consensus rows

Merge branch 'bug/JAL-1230' into Release_2_8_Branch

Merge commit '72c628b' into Release_2_8_Branch

Merge branch 'feature/JAL-1330' into Release_2_8_Branch

JAL-1330 pick primary seqeunce data source for authority rather than first node of sub tree

JAL-1230 comment unused code to avoid NPE

JAL-1327 TODO

JAL-1326 JAL-1327 update all graphline thresholds with flag for interactive or final adjustment event

JAL-1241 - generate colour for all annotation values within range

Merge branch 'JAL-1294_iupredexportimport' into Release_2_8_Branch

JAL-1325 formatting

JAL-1325 JAL-1294 resolve SEQUENCE_REF and GROUP_REF for GRAPHLINE statements

JAL-1294 JAL-1325 store graphline for individual annotation rows.

JAL-1294 JAL-1325 bugfix equals

JAL-1294 JAL-1325 test annotation threshold line equivalence

Merge branch 'JAL-1321_jws2_tooltips' into Release_2_8_Branch

JAL-1127 set option widgets to service defaults only when showing default settings

JAL-1240 avoid NPE when source has no proxy available

Merge branch 'JAL-1321_jws2_tooltips' into Release_2_8_Branch

JAL-1320 ascending alphabetical order

JAL-1320 preserve option/parameter order with LinkedHashMap

JAL-1320 sort options and parameters according to their name

typo

JAL-1321 don't show a tooltip for empty strings

Merge branch 'JAL-1319_jronn_npe' into Release_2_8_Branch

JAL-1319 (blacklist fix) check for presence of a score object before we start making annotation

Merge branch 'JAL-1312_ambiguity_na' into Release_2_8_Branch

JAL-1027 fix errors in alternative codon table

JAL-1027 check that ResidueProperties.codonHash2 is actually identical to the codon table used in previous versions

JAL-1027 use alternative codon table in ResidueProperties.codonHash2 for translation

JAL-1035 option to allow 'STOP' codon to translate as '*'

JAL-1312 patch for regression noticed after patch to jalview.analysis.Dna cdna translation