JAL-247 draw/print sequence ids now uses common code (unwrapped case)

JAL-3091 release 2.10.5 added to release notes

JAL-3061 / JAL-3053

Fixed broken StockholmFileTest tests
curlyWUSSsecondaryStructureForRNASequence
fullWUSSsecondaryStructureForRNASequence
by adding " ." as a recognised Annotation.isWhiteSpace displayCharacter
(which happens for StockholmFile '.' RNA SS annotations)

JAL-2988 workaround for jalview save as dialogs - clear filename before displaying

JAL-2988 JAL-2976 update to latest VAqua release: VAqua5

JAL-3080 remove tree partition if no groups created

JAL-3078 reset Tree font (only!) on Cancel

JAL-3018 updated to Ensembl REST 7.0

JAL-3076 refactor for more efficient scan of 'gene' features

JAL-3076 fetch Ensembl sequence as JSON instead of Fasta

JAL-3061
Added test StockholmFileTest.stockholmFileRnaSSSpaceChars() to read in
RNA SS annotation with spaces, and check that StockholmFile print output
converts these to '.'s.
Also slight adjustment to StockholmFile.outputCharacter to avoid a
nullPointer exception.

Merge branch 'bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character

JAL-3053
JAL-3061
two bugs with a similar theme (RNA secondary structure annotations)

JAL-3053
This fixes the reading in of Vienna extended dot-bracket notation for
RNA secondary structure annotations (which includes ALPHA/alpha braces).

To avoid (almost all) ambiguity with a protein secondary structure
annotation (Es and Hs), there's a whole-annotation regex match to ensure
some other RNA-based extended dot-bracket feature is present, and then
the reading in can assume an RNA feature set.

Test StockholmFileTest.stockholmFileRnaSSAlphaChars() compares the test
file examples/rna_ss_test.stk with a hard-coded Jalview equivalent. The
Annotation rnasecstr pairing is checked. I've added a sort Comparator
for SequenceFeature to help ensure that check is correct.
--
JAL-3061
There is also a fix for the RNA Secondary Structure annotation output
that was preserving spaces in the output. This is not valid output in
this case, and so a '.' is used instead.

No test for this yet, will add later.

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character

Merge branch 'task/JAL-3047_clover2104b1_cherrypick' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-3047 don't set classes unconditionally (forgot to delete it in earlier patch)

JAL-3047 don’t let the makedist task complete if a clover build was performed

JAL-3047 ‘cloverclasses’ build directory for instrumented classes (allow incremental compile and avoid releasing instrumented classes in production builds)

JAL-3047 enable clover for testng

JAL-3047 ignore clover output dir

Stockholm file for test

Fixed bug ignoring "alpha" extended braces in RNA SS line in
StockholmFile.java (loading a stockholm file with alpha braces in the
SS_cons line)

Merge branch 'task/JAL-3047_clovercoverage' into develop

JAL-3047 don't set classes unconditionally (forgot to delete it in earlier patch)

JAL-3065

Change in all repo documentation advising launching Jalview with the
-Djava.ext.dirs=LIB
option to now use
-classpath="LIB/*:..."
instead. Using the -Djava.ext.dirs= option masks the JRE's own ext dir
which contains the sunjce packages.  This manifests as cipher problems
when accessing https resources (in particular https://www.ebi.ac.uk/...
when searching for PDB structures, activated when choosing Sequence->"3D
Structure Data...")

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-3047_clovercoverage' into develop

JAL-3047 don’t let the makedist task complete if a clover build was performed

JAL-3047 ‘cloverclasses’ build directory for instrumented classes (allow incremental compile and avoid releasing instrumented classes in production builds)

JAL-3047 enable clover for testng

JAL-3047 ignore clover output dir

JAL-3047 ant -Dclover.jar=../path/to/clover/lib/clover.jar to enable clover for testng ant task

Merge branch 'task/JAL-3042_remove_SimpleDocument_dependency' into develop

JAL-3042 remove mention of adjustable search box history length from docs

JAL-3042 don't allow user to change default history length for an input box

JAL-3035 removed jdas in libs documentation and noted spring modules as candidates for removal

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 documentation in 2.11 release notes (and 2.11 fictional release date)

JAL-3035 remove DAS UI documentation

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 - jalview-das is no more !
 - jsdas lib removed
 - DAS settings panel deleted (Feature settings pane has no tabs now)
 - all code for wrapping DAS sources and retrieving sequences and features from them is gone
 - test methods/main methods have been de-dasified or removed if their only purpose was to test DAS source discovery
 - fancy sorting code to account for DAS sequence source names has been removed

JAL-3035 (unrelated) random XML error in nbbuild.xml

JAL-3009 release notes

Merge branch 'bugs/JAL-3009_blockingNetworkThreads' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2999 what's new and tweak release notes order

JAL-2755 correct Javadoc and error handling

JAL-2920 format/comment tidy

JAL-2920 wrap description in <html/> if it includes <br/>

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 unit tests for 3 or more original or variant bases

JAL-2999 refine release notes

JAL-2999 release 2.10.4b1 on Thursday (promise!)

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 revised TODO for JAL-3025

JAL-2920 don’t output variant/original sequence as three-letter codes for more than three bases (pragmatic deviation from HGVC nomenclature)

JAL-2920 JAL-3017 uniprot XML schema included in mappings doc

JAL-1920 JAL-3017 use newline not <br/> in description and update test to cover multi-position variants and newline code

JAL-3013 ensure Chimera as a symlink gets resolved

JAL-3009 news reader thread should be in background. TODO: patch newsreader so it uses GUI thread for displaying itself ?


JAL-3009 Identifiers.Org retrieval on background thread.

JAL-2808 update test for revised treatment of 'mixed type' attribute values

JAL-3019 correctly form toRange of 'traversed' MapList

JAL-3018 updated REST versions to 6.3

JAL-3017 parse multiple variant elements for uniprot feature
 Conflicts:
src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java
Merged JAL-3017 into upstream JAL-2920 patches for HGVC nomenclature
note - should properly deal with delins variants http://varnomen.hgvs.org/recommendations/protein/variant/delins/

JAL-2999 update release notes and patch date to 5th June 2018

JAL-3017 parse multiple variant elements for uniprot feature

JAL-2808 don't capture or report min-max for mixed text/numeric attribute

JAL-2808 pre-fill numeric inequality filter with min/max range value

JAL-2999 2.10.4b1 release 31st May

Merge branch 'bug/JAL-797' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/FeaturesFile.java

JAL-2999 release date for 2.10.4b1 set for 27th May 2018

Merge branch 'documentation/JAL-2999_r2104b1' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2992panelHeight' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1460_dragndropWindows' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2992 simpler heuristic for available height

Merge branch 'bug/JAL-2991_exporttosvgwrapview' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-2994chimeraPath' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1460 clarify release notes - and mention that shortcuts are now handled by Jalview

JAL-2994 add a few future release points for good measure in Chimera path search on Windows

JAL-1460 temp variable for clearer conditional and some extra brackets for readability only


JAL-1460 javadoc

JAL-2995 tooltip on fields with double-click to browse for file

JAL-2994 temporary patch with paths to Chimera for Windows

JAL-2999 issues resolved (or nearly so) for 2.10.4b1

JAL-2997 additional tests

JAL-1460 tidied up the use of windows link file parser

JAL-1460 more complete drag'n'drop debugging info and bugfixes

JAL-1460 process .lnk files dragged to Jalview when on Windows using WindowsShortCutHandler class (thanks to StackOverFlow post..)


JAL-1460 new data flavor for URLs added belt-and-braces URL drop code found in Marinacci and Adamson’s ’Swing Hacks’ (https://books.google.co.uk/books?id=oNbFfcyAtv4C&lpg=PA336&ots=hflsI561Dv&dq=java%20drag%20and%20drop%20url&pg=PA337#v=onepage&q=java%20drag%20and%20drop%20url&f=false ) plus OS X bug workaround.

JAL-2993 AlignFrame listen for keystrokes in OverviewPanel

JAL-2997 unit test

fix for JAL-2991 - we could do better :/

JAL-2997 handle tab-delimited trailing column number when parsing

JAL-2999 release notes and version bump for jalview 2.10.4b1

JAL-2895 replace $$Jalview-Version$$ in help.jhm with build version when indexing built in help pages

JAL-797 Cmd-W act WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW

JAL-2920 use HGVS notation for protein variant feature

JAL-2986 corrected findIndex for out of range residue value