JAL-1499 slight refactoring of handling interleaved data blocks

JAL-1499 output !Domain and !Gene statements from alignment annotations

JAL-1499 sequence feature type = "Gene" or "Domain" (colour by label)

JAL-1499 Gene and Domain parsed to AlignmentAnnotation (currently as
well as SequenceFeature)

JAL-1499 output !Label lines for "MEGA Label" alignment annotation

JAL-1499 consistent use of FileFormatException

JAL-1499 convert unsupported gap character to '-'

JAL-1499 parsing !Label statements to AlignmentAnnotation

JAL-1499 test code refactor / tidy

JAL-1499 refactored processGeneOrDomain, expanded test

JAL-1499 corrected domainend parsing, add gene name to domain desc

JAL-1499 improved parsing of !Domain and !Gene including
Property=domainend

JAL-1499 parse !Gene statements to SequenceFeature

JAL-1499 tests with gaps; NSites = width

JAL-1499 parse files with position number comments like [24]

JAL-1499 replace identity symbols when parsing

JAL-1499 write position numbers at end of each line (interleaved)

JAL-1499 tweak output format for Description

JAL-1499 initial tests working, can export to / import from textbox ok

JAL-1499 first pass update of parsing and tests, more to come

JAL-1499 MEGA format, JAL-1421 List<String> url links

JAL-1499 "MEGA" text label

JAL-1909 repaint complementary alignment panel after up/down reordering

JAL-1859 try hoverDelay of 0.1s in Jmol for more responsive hover

merge

JAL-1907 bugfix for NPE while parsing a features file

JAL-1815 restore split frame geometry correctly including position

merge

JAL-1860 disabled default enter behaviour on pdb search summary table, and added implementation for backtab

JAL-1905 parse url including & correctly

JAL-1904 parse feature file colours on to alignment sequences

JAL-1860 only allow enter key when valid selection are made and the veiew/ok button is enabled

JAL-1860 keyboard operation of pdb sequence fetcher and pdb structure chooser

merge

JAL-1896 bugfix to enabled Jalview restore clustal, RNA Helices and T-Coffee colour schemes from BioJSON

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1894 update RELEASE for 2.9.0b1 release

JAL-1894 release notes updated

JAL-1424 tidied output

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1774 house keeping

JAL-1859 adding "set hoverDelay 0.001;" to Jmol startup seems to improve
responsiveness of hover

merge

JAL-1774 modifed warning dialog to use JVDialog rather than JOPtionPane

JAL-1892 duplicate entry removed

JAL-1799 update height of annotation labels to match annotations

JAL-1892 Spanish additions for Jalview 2.9

JAL-1152 set initial state of show alignment/sequence annotations menu

JAL-1152 small change to match revised annotation sorting logic

JAL-1619 obsolete help removed

JAL-1270 disable test as not really a test and goes mad on the server

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1805 typo corrected

JAL-1889 wrong clean for buildTest!

JAL-1270 JAL-1889 move the stevesoft test back into stevesoft package. It tests code note required for Jalview.

JAL-1788 typos corrected

JAL-1788 broken href fixed

JAL-1889 remove non-UTF8 characters so we can build on strict-UTF8 platforms

JAL-1774 JAL-1506 revised implementaion for clear highlighted column only when the cut/delete affects the entire sequence and updated the applet version to include a warning if the entire alignment is about to be deleted

merge

JAL-1506 revised implementation to clear only selected columns after a delete operation

JAL-1888 updated documentation for unit testing in jalview

JAL-1888 set verbosity and exclude the 'parallel' attribute so no parallel execution is performed for tests

JAL-1859 reinstated full path to file option (for local server)

JAL-1888 JAL-1551 format XML file (2 spaces, no tabs, align final > in wrapped tags)

JAL-1888 compile tests to separate directory and pass directly as fileset to testNG task

JAL-1888 documentation for testing target

JAL-1888 property to specify which testng groups should run (Functional is default)

JAL-1424 Ant task to report missing language bundle entries

JAL-1774 bugfix for misleading message after trying to delete solid column

merge

JAL-1486 off-by-one error bugfix

Merge branch 'JAL-1612_JAL-1439_JAL-1845_osx_icons_signing_installanywhere' into develop

JAL-1612 JAL-1439 JAL-1845 OSX Installers set Xdock:name=Jalview and Xdock:icon=<install path>/..icn file in launchAnywhere

JAL-1882 variable renamed to avoid confusion with member variable

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1885 small fix to isVersionStringLaterThan plus tests

merge

JAL-1881 Bugfix for annotation import from BioJS

JAL-1684 typo correction

JAL-1859 removed temporary test copy of pdb file

JAL-1859 refactor duplicated code to new HttpUtils class

JAL-1859 code tidy, remove 'absolute URL' option

JAL-1859 working variable to aid inspection in debugger

JAL-1859 try 1gaq.txt in /lang so it is in the built jar

JAL-1859 debug logging removed

JAL-1859 revert to resolving full path to PDB file

JAL-1859 refactor addProtocol, setProtocolState as resolveFileProtocol

JAL-1859 temporary debug output

JAL-1859 use unresolved PDB filename

JAL-1859 strip file name from applet documentbase

JAL-1859 refactoring / debugging added

JAL-1865 fixed so initial state of annotation sort options matches
display

JAL-1851 add retrieved sequence's start (-1) to match offset for start
of trimmed sequence

JAL-1880 updated mapping tests to ensure they handle subsequence offsets

JAL-1270 test added for separatorListToArray

JAL-1880 handle sequence offsets properly when mapping cDNA to protein

JAL-1684 align added alignment to match original in split frame

JAL-1684 align added alignment to match original in split frame

JAL-1684 ensure cDNA placed above protein in SplitFrame