JAL-1563 house keeping/updated API doc for new method added for FTS pagination

JAL-1563 Further increased swing timer for search textfield to 2500ms, removed 1200ms delay which was initially added to enable the search summary table initialise without interference, and implemented pagination for Uniprot FTS

JAL-1563 increased swing timer for search action from 500ms to 1500ms

JAL-1563 fixed failing tests for FTS Rest Client core

JAL-1563 Increased default response size to 500, and tweaked 'Organism' and 'Gene Names' column width parameters

JAL-1563 Implemented hack to make table both scrollable and resizable and made Uniprot responses to be sorted by score

JAL-1563 Added Id (Uniprot Id) to the dynamic column config file and changed primary key from 'entry name' to 'Id'. Also fixed generic batch retrieval mode when the search target is set to the primary key column

JAL-1563 Added fix to prevent swing timer from reinitiating search action when jalview gains focus on the FTS interface

JAL-1563 further modificaiton of the uniprot data column configuration file

JAL-1563 Modified Uniprot data column configurations and improved implementation to cope with when there are discrepancies between search code and column code

re-enabled new uniprot sequence fetcher on spike branch

merge

JAL-1563 reverted to old uniprot fetcher to enable Geoff's presentation tomorrow

JAL-2077 reinstate JAL-1554 fix for left-then-right click workaround to prevent ID links opening

JAL-2077 reinstate annotation label popup by handling at MousePressed rather than MouseClicked

JAL-1981 catch any exception when setting QuaQua look and feel

Merge branch 'bug/JAL-2080_javaws_slow_291' into develop

JAL-2080 removed all 'Class-Path' references in libs

JAL-2080 removed classpath references to Xerces and commons-logging in jar manifest

JAL-2080 mark jalview.jar as main jar resource

merge

JAL-2071 improvement to get column data files as InputStream

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 changed extension for data column config files

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 resolved fts data column config file path for PDB and UniProt

JAL-2071 House keeping

JAL-2074 removed hard-coded groovy lib path in classpath

JAL-2071 improvement to reduce webservice requests to Free Text Search (FTS) services by using swing timer to deffer textfield actions until user stops typing for a certain amount of time

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2074 add the groovy 1.8.2 library back to classpath

develop merge

JAL-2074 backed out groovy upgrade - back to 1.8.2

develop merge

JAL-2074 groovy-all didn’t get added :q

JAL-2074 switch to non-indy groovy to see if class loader problem remains

JAL-2078 fixed broken link to groovy page

JAL-2071 added unit tests for FTSRestClient

JAL-1812 JAL-2068 only allow one Groovy console open at a time

JAL-1551 JAL-2077 formatting

JAL-2077 - reinstate popups on osx

Merge branch 'JAL-2075_features_hiddeng' into develop

JAL-2075 test showing hidden columns bug in feature score model

JAL-2075 refactor FeatureScoreModel to native testNG asserts

JAL-2075 make GroovyConsole a singleton so tests requiring a valid AlignFrame but no desktop can run

JAL-2075 fix: use AlignmentView.getVisibleContigs and SeqCigar.findPosition to locate aligned features

JAL-2075 findPosition for SeqCigar (with test)

JAL-2075 formatting

JAL-1563 JAL-2071 Update and completed implementation for UniProt FTS support

JAL-2071 further refactoring, optimisation, and house keeping for the generic Free Text Search implementation

JAL-1812 JAL-2068 add Run Groovy Script to AlignFrame Calculate menu

JAL-2068 code and test for case of minValue == maxValue

JAL-2068 framework and example scripts for pluggable alignment
annotation workers

JAL-2068 Javadoc added

JAL-2068 redundant implements clauses removed

JAL-2068 convenience helper method for graduated score colour

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4' into develop

JAL-2074 updated URLs and removed 'how to get groovy' classpath stuff

JAL-2074 updated groovy-all to 2.4.6-indy

fix for JAL-2072

JAL-2071 architectural improvement for Plugable Free Text Search Services

JAL-2067 fixed broken link

JAL-2041 add ID,clinical_significance to feature attributes (for export)

JAL-2041 clinical_significance shown on sequence feature tooltip

JAL-1421 typed map / lists, explicit imports, method refactoring

JAL-2049 small refactor of constructors to avoid code duplication

JAL-1421 type parameter added to some collections

JAL-2049 revised computePeptideVariants to transfer id, clinical_sig

JAL-1705 refactored/utility methods to detect e.g. 'PhenCode_variation'

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-653 test updated for 'use ID for description'

JAL-1270 JAL-653 use 'parse immediately' FeaturesFile constructor

merge

JAL-1994 Removed redistributed plugin.jar from applet build path

JAL-2046 fix: patched SeqsetUtils so sequence features aren’t duplicated when reinstating sequence details

JAL-2046 test to demonstrate feature duplication bug

Merge branch 'bug/JAL-2046_ds_sharing_features_broken' into develop

JAL-1270 more fix for failing Functional test

merge

JAL-1270 Fixed failing tests due to race conditions in PDBSearchPanelTest and PDBSequenceFetcherTest classes

JAL-2047 delay to allow table model initilisation to complete

JAL-2050 only hide introns if exons are present! Removed 'hide introns'
checkbox from Preferences gui

JAL-2049 separate protein variant per dna variant (combinations tbd)

JAL-1705 code/comment tidy only

JAL-2051 fetch Ensembl Gene accessions one at a time

merge

JAL-2054 Renamed getStartEnd in AlignFrame to getVisibleStartAndEndIndex, and refactored method to Alignment class, and created a test for it accordingly

JAL-391 help for reverse / complement options

JAL-1705 (new preference option to) hide introns when fetching genomic
sequences

merge

Restored auto-deleted file from commit: ad54c1ae5bc1b931a6a0cd0b914c19cbc27fe12d

Merge branch 'feature/JAL-2050_intronhidden' into develop

JAL-2050 JAL-1722 new getSelectedRange() method to quickly hide selected columns

JAL-2053 fix erratic hidden column marker display

JAL-2053 JAL-1551 javadoc and simpler code

JAL-1722 fix: don’t draw visible regions outside viewport view

merge

JAL-2047 JAL-1919 fixed empty tooltip text when a cell in PDB Search and Structure Chooser interface has empty text and trapped other minor exceptions

JAL-1960 updated test to capture new behaviour improvement