transpiler fix for arr[Integer]

JAL-3032  explicit Integer.intValue() conversion for safety

JAL-3026 FileParser for JFileChooser results as ByteArrayInputStream;
does not imply text.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 just the changes pulled already

JAL-3032 Dialogs Color picker -- untested commit

JAL-3032 comments only - starting work on dialogs

JAL-3032 part2 local file reading by JFileChooser

This commit adds the ALignFrame changes for handling the
JalviewFileChooser callback.

Consensus LOGO done

Consensus LOGO done

JAL-3032 fixes missing ToolTip

JAL-3033 tarball from site

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'task/JAL-3042_remove_SimpleDocument_dependency' into develop

JAL-3042 remove mention of adjustable search box history length from docs

JAL-3042 don't allow user to change default history length for an input box

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3035 removed jdas in libs documentation and noted spring modules as candidates for removal

JAL-3032 don't draw AlphaComposite.Clear on background

JAL-3033 JAL-3035 remove jdas.jar from  .classpath.js

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 documentation in 2.11 release notes (and 2.11 fictional release date)

JAL-3035 remove DAS UI documentation

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3035 - jalview-das is no more !
 - jsdas lib removed
 - DAS settings panel deleted (Feature settings pane has no tabs now)
 - all code for wrapping DAS sources and retrieving sequences and features from them is gone
 - test methods/main methods have been de-dasified or removed if their only purpose was to test DAS source discovery
 - fancy sorting code to account for DAS sequence source names has been removed

JAL-3035 (unrelated) random XML error in nbbuild.xml

JAL-3032 updateOverviewImage on construction

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3033 force overwrite for .classpath from .classpath.js

synchronize fixed

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 fail if the transpiler isn’t updated from swingjs/…

JAL-3033 local build server path for eclipse

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 don't place desktop at negative x or y position

JAL-3033 more copy/git debugging of task

JAL-3033 copy the right .classpath.js !

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 update the eclipse project before building, edit class path, and copy artefacts from eclipse project back to build directory

JAL-3033 custom .classpath for eclipse build

menu enable/disable for radio and checkbox items

String.concat$S missing

fix for fix for Character.toTitleCase

Collections difference Apache vs Oracle

<E> vs <T> for SingletonList

Collections difference Apache vs Oracle

<E> vs <T> for SingletonList

JAL-3033 try to configure eclipse workspace via property

JAL-3033 working ant target for headless build of jalviewjs

adds MouseEvent.preciseWheelRotation

JAL-3033 comment about testing if eclipse build completed

JAL-3033 configure dropins, run eclipse build and copy in resources in a single task

synchronized() fix; to/isTitleCase() as ...UpperCase()

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into tasks/JAL-3033_jalviewjs_ant

new SwingJS-site.zip and net.sf.j2s.core.jar

fixes synchronized()
fixes new int[] {'a'}

// BH 6/24/2018 -- synchronized

synchronized(a = new Object()) {...} ---> ...; only if an assignment or
not a simple function call to Object.getTreeLock()

JMenu/JMenuItem enable/disable

uses

$(node).[add/remove]Class("ui-menu-disabled ui-state-disabled");

Dialog motif:

    // BH 2018 -- providing a callback for SwingJS
    // dialogOption is just a simple way to provide
    // context for the modal-like response.
    // The only requirement is that desktop implement
    // PropertyChangeListener, which is used already in Java
    // for changes in input value and such within the dialogs.

    String dialogOption = "label.input_alignment_from_url";
    desktop.dialogData = new Object[] { dialogOption, viewport, history
};
    desktop.onDialogReturn(
            JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
            MessageManager.getString(dialogOption),
            JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));

    // no code may follow this, as SwingJS will not block
    // callback in JavaScript comes via a property change event,
    // thus going into desktop.onDialogReturn(int) just the same as
    // in Java.

asynchronous modal dialogs using PropertyChangeListener for JavaScript

JFrame fix for Window->JComponent

JAL-3032

Update complete for

- menubar background
- direct running of Jalview.main(args)
- InternalFrame production

AlignmentFrame opacity set to TRUE for JavaScript.

This seems to be some sort of JavaScript fluke, because if you set the
background color of an internal div to opaque but then set the
background color of that div's parent to transparent, then it goes
transparent.

default MenuBar menu background color

set to lighter grey to match Frame color (#EEEEEE) in
HTMLLookAndFeel.java

typo in swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.java

typo in synchronized() fix

org.json.simple

JAL-3032 BrowserLauncher simplified for JS

window.open(url)

moving SwingJS-site.zip to /swingjs/

RELATIVE_URL

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 JDesktop/JInternalFrames support + relative URL file loading

- preliminary
- no minimization to JDesktopIcon
- no maximization
- z-order not checked

See JalviewJS2.java

new SwingJS-site.zip

AlignFrame.java:

JS bypass for addServiceListeners()

AppletFormatAdapter.java:
DataSourceType.java:
FileParse.java:

adds DataSourceType.RELATIVE_URL

for indicating files relative to the HTML page.

Desktop.java:

JS bypass for Console, Dialog Thread, News, Vamsas, and URL links

Jalview.java

JS bypass forparsing h, help, nodisplay, nogui, jabaws, startup example.

JAL-3032 avoid assignments on the same line as synchronized

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3030 size split frame taller

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fix for no access-control-origin on jalview site

JAL-3033 formatting

JAL-3033 WIP ant tasks for jalviewjs

JAL-3032 more informative failure message

JInternalFrame implemented as such; no need for JSInternalFrame

JAL-3032 adds JSInternalFrame

JSInternalFrame extends JFrame.

Motif involves coercing a JInternalFrame in Java to a JSInternalFrame in
JavaScript:

<code>
JInternalFrame f;

/**
 * @j2sNative
 *
 * f = Clazz.new_('javax.swing.JSInternalFrame');
 *
 */
{
 f = new JInternalFrame();
}
</code>

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 transpiler and runtime fixes

for(final int xxx....)
regex Matcher charSequence.subSequence$I$I

JAL-3030 allow uncaught exceptions (for easier JS debuggin)

JAL-3030 try to open a split frame if file and file2 are supplied

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

ToolTip fixed.

new SwingJS-site.zip
new Transpiler "for var var"

JAL-3032 round Quality score for tooltip (as it becomes double in JalviewJS!)

JAL-3032 new SwingJS-site.zip

JToolTip (still issues with HTML)

core_jalview creation

JAL-3032 for (var var

temporary JSProgressBarUI

fixes menubar closer issue

JS fix for JTooltip popup cache class error - new SwingJS-site.zip

SeqCanvas and OverviewCanvas

It's important for us that these extend JPanel, not JComponent. This is
because we have slipped in a new subclass, JSComponent, that extends
JComponent and is a superclass of all Swing components in SwingJS.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fixes broken MissingResourceException

new SinwgJS-site.zip

JAL-3032 simplified _LoadFileWaitTillLoaded with no thread

new SwingJS-site.zip