JAL-2719 JAL-1264 add annotation elements so “Add Reference Annotation” menu should be shown for the dataset annotation

JAL-2994 put ‘\’ first in character class clause of regex - otherwise doesn’t compile with error ‘Unterminated character class’

JAL-3070 clearer test failed error message for REST service tests

JAL-3070 set host URL correctly from parsed description in web service UIinfo

JAL-3070 refactored Client specific code from jalview.ws.jws2.MSA* as implementors of jalview.ws.api.* interfaces

JAL-3070 pull up sequence anonymisation hash, presets and params list.

JAL-3070 pull up logic for offering a parameters dialog for a service to base client class

JAL-3070 abstract class for services with adjustable parameters

JAL-3070 use ArgumentI in all public constructors, convert to service specific argument object only when needed

JAL-3070 pull up setWebService and alignFrame reference

JAL-3070 UIinfo provides JobParameterStoreI

JAL-3070 pushed down JABAWS specific args for WsJobParameters to Jws2Client

JAL-3070 refactored JABAWS specific jalview.gui.WsJobParameters main method - this looks to be a duplicate of Jws2ParamView which is already marked as an interactive test so needs review

 final merge for merge/wsinterfaces_mchmmer_JAL-3070_JAL-1950
 Changes to be committed:
modified:   src/jalview/gui/WsJobParameters.java

Merge branch 'features/mchmmer' into merge/wsinterfaces_mchmmer_JAL-3070_JAL-1950
merging refactored wsui with mchmmer to get latest service parameters goodness.

JAL-3070 pull up hostURL and postURL to UIinfo and getter for action ext

JAL-3070 core service descriptors for JABAWS services abstracted to jalview.ws.api.UIinfo
Note: The jws2.WSClient’s ’serviceType’ is now UIinfo.getName() - reflecting that serviceType was actually the name of the service

JAL-3070 refactored base analysis action descriptor from RestClient for
use in all web service clients

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-3047_clovercoverage' into develop

JAL-3047 don’t let the makedist task complete if a clover build was performed

JAL-3047 ‘cloverclasses’ build directory for instrumented classes (allow incremental compile and avoid releasing instrumented classes in production builds)

JAL-3047 enable clover for testng

JAL-3047 ignore clover output dir

JAL-3047 ant -Dclover.jar=../path/to/clover/lib/clover.jar to enable clover for testng ant task

Merge branch 'task/JAL-3042_remove_SimpleDocument_dependency' into develop

JAL-3042 remove mention of adjustable search box history length from docs

JAL-3042 don't allow user to change default history length for an input box

JAL-3035 removed jdas in libs documentation and noted spring modules as candidates for removal

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 documentation in 2.11 release notes (and 2.11 fictional release date)

JAL-3035 remove DAS UI documentation

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 - jalview-das is no more !
 - jsdas lib removed
 - DAS settings panel deleted (Feature settings pane has no tabs now)
 - all code for wrapping DAS sources and retrieving sequences and features from them is gone
 - test methods/main methods have been de-dasified or removed if their only purpose was to test DAS source discovery
 - fancy sorting code to account for DAS sequence source names has been removed

JAL-3035 (unrelated) random XML error in nbbuild.xml

JAL-2755 correct Javadoc and error handling

JAL-3013 resolve symlink to hmmer binaries folder

Merge branch 'develop' into features/mchmmer

JAL-3013 ensure Chimera as a symlink gets resolved

JAL-2956 don't load (non-existent) HMMER jar entry in New View

JAL-3011 include annotation scores in sequence id tooltip and sequence details report

Merge branch 'develop' into features/mchmmer

JAL-2808 update test for revised treatment of 'mixed type' attribute values

JAL-3019 correctly form toRange of 'traversed' MapList

JAL-3018 updated REST versions to 6.3

JAL-2808 don't capture or report min-max for mixed text/numeric attribute

JAL-2808 pre-fill numeric inequality filter with min/max range value

JAL-2629 suppress 'Add Database' menu option in favour of file chooser argument

JAL-3005 JAL-2629 file chooser argument for HMM search database

JAL-3005 JAL-3008 render file chooser and radio button arguments

JAL-3008 new parameter type RadioChoiceParameter

JAL-3005 new argument type FileParameter for file chooser

JAL-3005 refactor updateRecentlyOpened to enable reuse

JAL-2994 utility method to match a list of folder/file patterns

JAL-2994 restrict search to \Program Files\Chimera*

JAL-2994 use pattern matches to search for chimera.exe

Merge branch 'develop' into features/mchmmer

Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

Merge branch 'bug/JAL-797' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/FeaturesFile.java

JAL-2999 release date for 2.10.4b1 set for 27th May 2018

Merge branch 'documentation/JAL-2999_r2104b1' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2992panelHeight' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1460_dragndropWindows' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2992 simpler heuristic for available height

Merge branch 'bug/JAL-2991_exporttosvgwrapview' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-2994chimeraPath' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1460 clarify release notes - and mention that shortcuts are now handled by Jalview

JAL-2994 add a few future release points for good measure in Chimera path search on Windows

JAL-1460 temp variable for clearer conditional and some extra brackets for readability only


JAL-1460 javadoc

JAL-2995 tooltip on fields with double-click to browse for file

JAL-2994 temporary patch with paths to Chimera for Windows

JAL-2999 issues resolved (or nearly so) for 2.10.4b1

JAL-2997 additional tests

JAL-1460 tidied up the use of windows link file parser

JAL-1460 more complete drag'n'drop debugging info and bugfixes

JAL-1460 process .lnk files dragged to Jalview when on Windows using WindowsShortCutHandler class (thanks to StackOverFlow post..)


JAL-1460 new data flavor for URLs added belt-and-braces URL drop code found in Marinacci and Adamson’s ’Swing Hacks’ (https://books.google.co.uk/books?id=oNbFfcyAtv4C&lpg=PA336&ots=hflsI561Dv&dq=java%20drag%20and%20drop%20url&pg=PA337#v=onepage&q=java%20drag%20and%20drop%20url&f=false ) plus OS X bug workaround.

JAL-2993 AlignFrame listen for keystrokes in OverviewPanel

JAL-2997 unit test

fix for JAL-2991 - we could do better :/

JAL-2997 handle tab-delimited trailing column number when parsing

JAL-2999 release notes and version bump for jalview 2.10.4b1

JAL-2895 replace $$Jalview-Version$$ in help.jhm with build version when indexing built in help pages

JAL-2716 fix to reset choice parameter on Revert

JAL-2716 fix broken checkIfModified behaviour

JAL-2629 method refactor and menu tidying

JAL-797 Cmd-W act WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW

JAL-2719 parse bit score annotation from search results

JAL-1264 exclude score-only from 'Add Reference Annotations'

JAL-2629 JAL-2937 respect 'align automatically' option for HMMSearch

JAL-2989 refactoring to reduce code duplication

JAL-2711 show short file names in search database combo box

JAL-2989 support value display names for Option or Parameters combo boxes

JAL-2711 removed unused and flaky utility method

JAL-2939 check for hmm present when processing groups

JAL-2985 show label instead of checkbox for a required (Jalview) Option

Merge branch 'develop' into features/mchmmer

JAL-2986 corrected findIndex for out of range residue value

JAL-2986 additional asserts for SequenceCursor updates