site/php/jsmol.php

   1 <?php\r
   2 \r
   3 // jsmol.php\r
   4 // Bob Hanson hansonr@stolaf.edu 1/11/2013\r
   5 //\r
   6 // 23 Mar 2015 -- checking for missing :// in queries\r
   7 // 2 Feb 2014 -- stripped of any exec calls and image options-- this was for JSmol image option - abandoned\r
   8 // 30 Oct 2013 -- saveFile should not convert " to _\r
   9 // 30 Sep 2013 -- adjusted error handling to only report E_ERROR not E_WARNING\r
  10 // 7 Sep 2013 -- adding PHP error handling\r
  11 //\r
  12 //////// note to administrators:\r
  13 //\r
  14 // from http://us3.php.net/file_get_contents: \r
  15 //\r
  16 // A URL can be used as a filename with this function if the fopen wrappers \r
  17 // have been enabled. See fopen() for more details on how to specify the \r
  18 // filename. See the Supported Protocols and Wrappers for links to information \r
  19 // about what abilities the various wrappers have, notes on their usage, and \r
  20 // information on any predefined variables they may provide.\r
  21 ///////\r
  22 //\r
  23 // Server-side Jmol delivers:\r
  24 //   simple relay for cross-domain files\r
  25 //\r
  26 //   options:\r
  27 //\r
  28 //   call\r
  29 //         "saveFile"\r
  30 //             returns posted data in "data=" with mime type "mimetype=" to file name "filename="\r
  31 //         "getInfoFromDatabase" \r
  32 //             returns XML data\r
  33 //             requires database="=" (RCSB REST service)\r
  34 //         "getRawDataFromDatabase"\r
  35 //               "_" \r
  36 //                  just use $query\r
  37 //               (anything else)\r
  38 //                  use $database.$query\r
  39 //\r
  40 //   encoding\r
  41 //         ""        no encoding (default)\r
  42 //         "base64"  BASE64-encoded binary files for Chrome synchronous AJAX\r
  43 //                      prepends ";base64," to encoded output  \r
  44 //\r
  45 // simple server tests:\r
  46 //\r
  47 // http://foo.wherever/jsmol.php?call=getRawDataFromDatabase&database=_&query=http://chemapps.stolaf.edu/jmol/data/t.pdb.gz\r
  48 // http://goo.wherever/jsmol.php?call=getRawDataFromDatabase&database=_&query=http://chemapps.stolaf.edu/jmol/data/t.pdb.gz&encoding=base64\r
  49 \r
  50 \r
  51 $myerror = "";\r
  52 \r
  53 function handleError($severity, $msg, $filename, $linenum) {\r
  54   global $myerror;\r
  55   switch($severity) {\r
  56   case E_ERROR:\r
  57     $myerror = "PHP error:$severity $msg $filename $linenum";\r
  58     break;\r
  59   }\r
  60   return true;\r
  61 }\r
  62 \r
  63 set_error_handler("handleError");\r
  64 \r
  65 function getValueSimple($json, $key, $default) {\r
  66  if ($json == "") {\r
  67         $val = $_REQUEST[$key];\r
  68  } else {\r
  69  // just do a crude check for "key"..."value"  -- nothing more than that;\r
  70  // only for very simple key/value pairs; mostly because we don't have the JSON\r
  71  // module set up for our server.\r
  72 \r
  73         list($junk,$info) = explode('"'.$key.'"', $json, 2);\r
  74         list($junk,$val) = explode('"', $info, 3);\r
  75         if ($val == "") {\r
  76                 $val = str_replace('"','_',$_REQUEST[$key]);\r
  77         }\r
  78  }\r
  79  if ($val == "") {\r
  80    $val = $default;\r
  81  }\r
  82  return $val;\r
  83 }\r
  84 \r
  85 if ($_GET['isform']=="true") {\r
  86         $values = "";\r
  87 } else {\r
  88         $values= file_get_contents("php://input");\r
  89 }\r
  90 $encoding = getValueSimple($values, "encoding", "");\r
  91 $call = getValueSimple($values, "call", "getRawDataFromDatabase");\r
  92 $query = getValueSimple($values, "query", "http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/ethanol/file?format=sdf&get3d=True");\r
  93 $database = getValueSimple($values, "database", "_");\r
  94 \r
  95 $imagedata = "";\r
  96 $contentType = "";\r
  97 $output = "";\r
  98 $isBinary = false;\r
  99 $filename = "";\r
 100 \r
 101 if ($call == "getInfoFromDatabase") {\r
 102   // TODO: add PDBe annotation business here\r
 103         if ($database == '=') {\r
 104                 $restQueryUrl = "http://www.pdb.org/pdb/rest/search";\r
 105                 $restReportUrl = "http://www.pdb.org/pdb/rest/customReport";\r
 106                 $xml = "<orgPdbQuery><queryType>org.pdb.query.simple.AdvancedKeywordQuery</queryType><description>Text Search</description><keywords>$query</keywords></orgPdbQuery>";\r
 107                 $context = stream_context_create(array('http' => array(\r
 108                         'method' => 'POST',\r
 109                         'header' => 'Content-Type: application/x-www-form-urlencoded',\r
 110                         'content' => $xml))\r
 111                 );\r
 112                 $output = file_get_contents($restQueryUrl, false, $context);\r
 113                 $n = strlen($output)/5;\r
 114                 if ($n == 0) {\r
 115                         $output = "ERROR: \"$query\" not found";\r
 116                 } else {\r
 117                         if (strlen($query) == 4 && $n != 1) {\r
 118                                 $QQQQ = strtoupper($query);\r
 119                                 if (strpos("123456789", substr($QQQQ, 0, 1)) == 0 && strpos($output, $QQQQ) > 0) {\r
 120                                         $output = "$QQQQ\n".$output.str_replace("$QQQQ\n", "",$output);\r
 121                                 }                 \r
 122                         }\r
 123                         if ($n > 50) {\r
 124                                 $output = substr($output, 0, 250);\r
 125                         }\r
 126                         $output = str_replace("\n",",",$output);\r
 127                         //http://www.rcsb.org/pdb/rest/customReport?pdbids=1crn,1d66,1blu,&customReportColumns=structureId,structureTitle\r
 128                         $output = $restReportUrl."?pdbids=".$output."&customReportColumns=structureId,structureTitle";\r
 129                         $output = "<result query=\"$query\" count=\"$n\">".file_get_contents($output)."</result>";\r
 130                 }\r
 131         } else {\r
 132           $myerror = "jsmol.php cannot use $call with $database";\r
 133         }\r
 134         \r
 135 } else if ($call == "getRawDataFromDatabase") {\r
 136         $isBinary = (strpos(".gz", $query) >= 0);\r
 137                 if ($database != "_")\r
 138                         $query = $database.$query;\r
 139                 if (strpos($query, '://') == 0) {\r
 140       $output = "";\r
 141     } else if (strpos($query, '?POST?') > 0) {\r
 142                         list($query,$data) = explode('?POST?', $query, 2);\r
 143                         $context = stream_context_create(array('http' => array(\r
 144                                 'method' => 'POST',\r
 145                                 'header' => 'Content-Type: application/x-www-form-urlencoded',\r
 146                                 'content' => $data))\r
 147                         );\r
 148                         $output = file_get_contents($query, false, $context);\r
 149                 } else {\r
 150                         $output = file_get_contents($query);\r
 151                 }\r
 152 } else if ($call == "saveFile") {\r
 153         $imagedata = $_REQUEST["data"];//getValueSimple($values, "data", ""); don't want to convert " to _ here\r
 154         $filename = getValueSimple($values, "filename", "");\r
 155         $contentType = getValueSimple($values, "mimetype", "application/octet-stream");\r
 156         if ($encoding == "base64") {\r
 157                 $imagedata = base64_decode($imagedata);\r
 158                 $encoding = "";\r
 159         }\r
 160 } else {\r
 161         $myerror = "jsmol.php unrecognized call: $call";\r
 162 }\r
 163 \r
 164 ob_start();\r
 165 \r
 166  if ($myerror != "") {\r
 167    $output = $myerror;\r
 168  } else { \r
 169    if ($imagedata != "") {\r
 170         $output = $imagedata;\r
 171         header('Content-Type: '.$contentType);\r
 172         if ($filename != "") {\r
 173           header('Content-Description: File Transfer');\r
 174                 header("Content-Disposition: attachment; filename=\"$filename\"");\r
 175       header('Content-Transfer-Encoding: binary');\r
 176       header('Expires: 0');\r
 177       header('Cache-Control: must-revalidate');\r
 178       header('Pragma: public');\r
 179         }\r
 180    } else {\r
 181         header('Access-Control-Allow-Origin: *');\r
 182         if ($isBinary) {\r
 183                 header('Content-Type: text/plain; charset=x-user-defined');\r
 184         } else {\r
 185                 header('Content-Type: application/json');\r
 186         }\r
 187    }\r
 188    if ($encoding == "base64") {\r
 189          $output = ";base64,".base64_encode($output);\r
 190    }\r
 191  } \r
 192  header('Last-Modified: '.date('r'));\r
 193  header('Accept-Ranges: bytes');\r
 194  header('Content-Length: '.strlen($output));\r
 195  print($output);\r
 196 ob_end_flush();\r
 197 ?>\r
 198 \r