src/jalview/ext/varna/RnaModel.java

   1 package jalview.ext.varna;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5
   6 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
   7
   8 /**
   9  * Data bean wrapping the data items that define one RNA view
  10  */
  11 public class RnaModel
  12 {
  13   public final String title;
  14
  15   public final AlignmentAnnotation ann;
  16
  17   public final SequenceI seq;
  18
  19   public final boolean gapped;
  20
  21   public final RNA rna;
  22
  23   public RnaModel(String t, AlignmentAnnotation aa, SequenceI s, RNA r,
  24           boolean g)
  25   {
  26     title = t;
  27     ann = aa;
  28     seq = s;
  29     rna = r;
  30     gapped = g;
  31   }
  32 }