JAL-1807 still testing
[jalviewjs.git] / bin / jalview / analysis / AlignmentAnnotationUtils.js
index 9522f6e..f742aa9 100644 (file)
@@ -1,73 +1,73 @@
-Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
-Clazz.load (null, "jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils", ["java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.BitSet", "$.Collections", "$.HashMap"], function () {
-c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AlignmentAnnotationUtils");
-c$.getShownHiddenTypes = Clazz.defineMethod (c$, "getShownHiddenTypes", 
-function (shownTypes, hiddenTypes, annotations, forSequences) {
-var visibleGraphGroups = jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.getVisibleLineGraphGroups (annotations);
-var groupLabels =  new java.util.HashMap ();
-var addedToShown =  new java.util.ArrayList ();
-var addedToHidden =  new java.util.ArrayList ();
-for (var aa, $aa = annotations.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {
-if (aa.annotations == null) {
-continue;
-}if (forSequences != null && (aa.sequenceRef != null && forSequences.contains (aa.sequenceRef))) {
-var calcId = aa.getCalcId ();
-var labelAsList =  new java.util.ArrayList ();
-var displayLabel = aa.label;
-labelAsList.add (displayLabel);
-if (aa.graph == 2 && aa.graphGroup > -1) {
-if (!groupLabels.containsKey (calcId)) {
-groupLabels.put (calcId,  new java.util.HashMap ());
-}var groupLabelsForCalcId = groupLabels.get (calcId);
-if (groupLabelsForCalcId.containsKey (new Integer (aa.graphGroup))) {
-if (!groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).contains (displayLabel)) {
-groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).add (displayLabel);
-}} else {
-groupLabelsForCalcId.put (new Integer (aa.graphGroup), labelAsList);
-}} else {
-var rememberAs = calcId + "!" + displayLabel;
-if (aa.visible && !addedToShown.contains (rememberAs)) {
-if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {
-shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
-}shownTypes.get (calcId).add (labelAsList);
-addedToShown.add (rememberAs);
-} else {
-if (!aa.visible && !addedToHidden.contains (rememberAs)) {
-if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {
-hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
-}hiddenTypes.get (calcId).add (labelAsList);
-addedToHidden.add (rememberAs);
-}}}}}
-for (var calcId, $calcId = groupLabels.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {
-for (var group, $group = groupLabels.get (calcId).keySet ().iterator (); $group.hasNext () && ((group = $group.next ()) || true);) {
-var groupLabel = groupLabels.get (calcId).get (new Integer (group));
-java.util.Collections.sort (groupLabel);
-if (visibleGraphGroups.get (group)) {
-if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {
-shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
-}if (!shownTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {
-shownTypes.get (calcId).add (groupLabel);
-}} else {
-if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {
-hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
-}if (!hiddenTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {
-hiddenTypes.get (calcId).add (groupLabel);
-}}}
-}
-}, "java.util.Map,java.util.Map,java.util.List,java.util.List");
-c$.getVisibleLineGraphGroups = Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleLineGraphGroups", 
-function (annotations) {
-var result =  new java.util.BitSet ();
-for (var ann, $ann = annotations.iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {
-if (ann.graph == 2 && ann.visible) {
-var gg = ann.graphGroup;
-if (gg > -1) {
-result.set (gg);
-}}}
-return result;
-}, "java.util.List");
-c$.asList = Clazz.defineMethod (c$, "asList", 
-function (anns) {
-return (anns == null ? java.util.Collections.emptyList () : java.util.Arrays.asList (anns));
-}, "~A");
-});
+Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
+Clazz.load (null, "jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils", ["java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.BitSet", "$.Collections", "$.HashMap"], function () {\r
+c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AlignmentAnnotationUtils");\r
+c$.getShownHiddenTypes = Clazz.defineMethod (c$, "getShownHiddenTypes", \r
+function (shownTypes, hiddenTypes, annotations, forSequences) {\r
+var visibleGraphGroups = jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.getVisibleLineGraphGroups (annotations);\r
+var groupLabels =  new java.util.HashMap ();\r
+var addedToShown =  new java.util.ArrayList ();\r
+var addedToHidden =  new java.util.ArrayList ();\r
+for (var aa, $aa = annotations.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {\r
+if (aa.annotations == null) {\r
+continue;\r
+}if (forSequences != null && (aa.sequenceRef != null && forSequences.contains (aa.sequenceRef))) {\r
+var calcId = aa.getCalcId ();\r
+var labelAsList =  new java.util.ArrayList ();\r
+var displayLabel = aa.label;\r
+labelAsList.add (displayLabel);\r
+if (aa.graph == 2 && aa.graphGroup > -1) {\r
+if (!groupLabels.containsKey (calcId)) {\r
+groupLabels.put (calcId,  new java.util.HashMap ());\r
+}var groupLabelsForCalcId = groupLabels.get (calcId);\r
+if (groupLabelsForCalcId.containsKey (new Integer (aa.graphGroup))) {\r
+if (!groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).contains (displayLabel)) {\r
+groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).add (displayLabel);\r
+}} else {\r
+groupLabelsForCalcId.put (new Integer (aa.graphGroup), labelAsList);\r
+}} else {\r
+var rememberAs = calcId + "!" + displayLabel;\r
+if (aa.visible && !addedToShown.contains (rememberAs)) {\r
+if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {\r
+shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
+}shownTypes.get (calcId).add (labelAsList);\r
+addedToShown.add (rememberAs);\r
+} else {\r
+if (!aa.visible && !addedToHidden.contains (rememberAs)) {\r
+if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {\r
+hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
+}hiddenTypes.get (calcId).add (labelAsList);\r
+addedToHidden.add (rememberAs);\r
+}}}}}\r
+for (var calcId, $calcId = groupLabels.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {\r
+for (var group, $group = groupLabels.get (calcId).keySet ().iterator (); $group.hasNext () && ((group = $group.next ()) || true);) {\r
+var groupLabel = groupLabels.get (calcId).get (new Integer (group));\r
+java.util.Collections.sort (groupLabel);\r
+if (visibleGraphGroups.get (group)) {\r
+if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {\r
+shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
+}if (!shownTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {\r
+shownTypes.get (calcId).add (groupLabel);\r
+}} else {\r
+if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {\r
+hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
+}if (!hiddenTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {\r
+hiddenTypes.get (calcId).add (groupLabel);\r
+}}}\r
+}\r
+}, "java.util.Map,java.util.Map,java.util.List,java.util.List");\r
+c$.getVisibleLineGraphGroups = Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleLineGraphGroups", \r
+function (annotations) {\r
+var result =  new java.util.BitSet ();\r
+for (var ann, $ann = annotations.iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {\r
+if (ann.graph == 2 && ann.visible) {\r
+var gg = ann.graphGroup;\r
+if (gg > -1) {\r
+result.set (gg);\r
+}}}\r
+return result;\r
+}, "java.util.List");\r
+c$.asList = Clazz.defineMethod (c$, "asList", \r
+function (anns) {\r
+return (anns == null ? java.util.Collections.emptyList () : java.util.Arrays.asList (anns));\r
+}, "~A");\r
+});\r