JAL-1807 includes ?j2sdebug flag and DebugJS._(msg)
[jalviewjs.git] / site / js / j2sSwingJS.js
diff --git a/site/js/j2sSwingJS.js b/site/js/j2sSwingJS.js
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c4e47ed
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,5427 @@
+// j2sjmol.js \r
+\r
+// latest author: Bob Hanson, St. Olaf College, hansonr@stolaf.edu\r
\r
+// Requires JSmolCore.js and (for now; probably) JSmol.js\r
+// This version of j2slib requires jQuery and works in both Chrome and MSIE locally,\r
+// though Chrome cannot read local data files, and MSIE cannot read local binary data files.\r
+\r
+// Java programming notes by Bob Hanson:\r
+//   \r
+//   There are a few motifs to avoid when optimizing Java code to work smoothly\r
+//   with the J2S compiler:\r
+//   \r
+//   arrays: \r
+//   \r
+// 1. an array with null elements cannot be typed and must be avoided.\r
+// 2. instances of Java "instance of" involving arrays must be found and convered to calls to Clazz.isA...\r
+// 3. new int[n][] must not be used. Use instead JU.AU.newInt2(n);\r
+// 4. new int[] { 1, 2, 3 } has problems because it creates simply [ ] and not IntArray32\r
+//   \r
+//   numbers:\r
+//   \r
+// 1. Remember that EVERY number in JavaScript is a double -- doesn't matter if it is in IntArray32 or not. \r
+// 2. You cannot reliably use Java long, because doubles consume bits for the exponent which cannot be tested.\r
+// 3. Bit 31 of an integer is unreliable, since (int) -1 is now  , not just 0zFFFFFFFF, and \r
+//    FFFFFFFF + 1 = 100000000, not 0. In JavaScript, 0xFFFFFFFF is 4294967295, not -1.\r
+//    This means that writeInt(b) will fail if b is negative. What you need is instead\r
+//    writeInt((int)(b & 0xFFFFFFFFl) so that JavaScript knocks off the high bits explicitly. \r
+//\r
+//   general:\r
+//\r
+// 1. j2sRequireImport xxxx is needed if xxxx is a method used in a static function\r
+// 2. URL.getContent() is not supported. Use other means based on URL.toString()\r
+// 3. It is critical for performance to avoid any significant amount of function overloading.\r
+//    In particular, methods such as xxx(int a, int b) and xxx(float a, int b) MUST be renamed,\r
+//    because JavaScript only has Number, and there is absolutely no way to tell these apart.\r
+//    It's probably bad Java programming, anyway.\r
+// 4. Calls to super(...) can almost always be avoided. These trigger the SAEM\r
+//    (searchAndExecuteMethod) call, and it is very destructive to performance.\r
+//    Just find another way to do it.   \r
+\r
+ // NOTES by Bob Hanson: \r
\r
+ // J2S class changes:\r
+\r
+ // BH 7/24/2015 6:48:50 AM adding optional ?j2sdebug flag on page URL\r
+ //                      -- switches to using j2s/core/corexxx.js, not j2s/core/corexxx.z.js \r
+ //                      -- adds ";//# sourceURL="+file  in eval(js)\r
+ //                      -- enables DebugJS.$(msg) call to debugger;\r
+ //  see https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/JavaScript/Reference/Statements/debugger\r
+ //  see https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Tools/Debugger/How_to/Debug_eval_sources\r
+ // BH 7/23/2015 6:45:55 PM added sourceURL in each js class eval(), allowing full \r
+ //                         breakpoint debugging and code checking in Firefox and Chrome\r
+ // BH 7/19/2015 6:18:17 PM added os.name, line.separator, etc. to System.getProperty()\r
+ // BH 7/19/2015 5:39:10 PM added java.lang.System = System\r
+ // BH 7/19/2015 10:33:10 AM fix for SAEM equating "null" with number or boolean\r
+ // BH 7/18/2015 6:08:05 PM for Jmol I was able to remove the $private/$fx business, but now\r
+ //    I see that in general that cannot be done. Thinking about a strategy...\r
+ // BH 7/18/2015 4:43:38 PM better handling of TypeError and InternalError for e.getMessage() and e.getStackTrace()\r
+ // BH 7/17/2015 11:51:15 AM adds class.getResource(name) and class.getResourceAsStream(name) \r
+ // BH 7/16/2015 7:56:49 PM general instantiation using any constructor (in Java here):\r
+ // BH  x = class.forName("my.class.name").newInstance()\r
+ // BH or\r
+ // BH  x = class.forName("my.class.name").getConstructor(String.class,String.class).newInstance(new Object[] {"test", "now"})\r
+ // BH 7/15/2015 11:34:58 PM adding System.lineSeparator()\r
+ // BH 7/15/2015 7:32:41 AM adding class.getCanonicalName == getName\r
+ // BH 5/31/2015 5:38:14 PM  NPEExceptionPredicate fix\r
+ // BH 4/25/2015 9:16:12 AM SAEM misrepresnting Number as Object in parameters and Integer as Number \r
+ // BH 4/24/2015 7:32:54 AM Object.hashCode() and System.getIdentityHashCode() fail. changed to:     return this._$hashcode || (this._$hashcode = ++Clazz._hashCode)\r
+ // BH 4/23/2015 9:08:59 AM Clazz.instanceOf(a, b) needs to check for a == b.   \r
+ // BH 4/23/2015 9:08:59 AM xx.getContentType() is nonfunctional. Array.newInstance now defines a wrapper for .getClass().getComponentType() that works  \r
+ // BH 4/12/2015 11:48:03 AM added Clazz.getStackTrace(-n) -- reports actual parameter values for n levels\r
+ // BH 4/10/2015 8:23:05 AM adding Int32Array.prototype.clone and Float64.prototype.clone\r
+ // BH 4/5/2015 8:12:57 AM refactoring j2slib (this file) to make private functions really private using var\r
+ // BH 4/3/2015 6:14:34 AM adding anonymous local "ClazzLoader" (Clazz._Loader) --> "_Loader"\r
+ // BH 4/3/2015 6:14:34 AM adding Clazz._Loader._classPending, Clazz._Loader._classCount\r
+ // BH 4/3/2015 6:14:34 AM adding Clazz._Loader._checkLoad \r
+ //  -- forces asynchronous class loading\r
+ //  -- builds Clazz._Loader._classPending and Clazz._classCount\r
+ //  -- allows reporting \r
\r
+ // BH 3/24/2015 4:11:26 AM better file load failure message in _Loader.evaluate \r
+ // BH 2/28/2015 7:30:25 AM corrects newIntArray32() and newArray() for pre-defined arrays \r
+ //            int[] a =  new int[] {1,2,3,343};\r
+ //            int[][] b = new int[][] {new int[]{4,5},new int[]{5,6}}; \r
+\r
+ // BH 9/29/2014 11:34:19 PM removing support for getClass().isArray() \r
+ // BH 8/29/2014 9:15:57 AM total reworking of Java2Script in preparation for all-asynchronous loading\r
+ //                         (currently sync loading is only for \r
+ //                                                                                               LOAD command and load() function without ASYNC\r
+ //                            getInterface() \r
+ //                         see JSmol.js and Jmol._isAsync flag\r
+ // BH 5/11/2015 5:58:42 AM adding __signatures for debugging SAEM issues \r
+ // BH 3/29/2015 8:12:44 PM System.getProperty(x, "") does not return ""\r
+ // BH 8/23/2014 10:04:19 AM cleaning up a few general methods; Clazz.removeArrayItem\r
+ // BH 6/1/2014 10:58:46 AM fix for Clazz.isAP() not working\r
+ // BH 5/26/2014 5:19:29 PM removing superConstructor call in creating Enum constants\r
+ // BH 4/1/2014 7:55:54 PM removing all $fz references and instances where sub/super classes have same private function names\r
+ // BH 4/1/2014 4:47:30 PM all $_X removed; this is taken care of by Google Closure Compiler\r
+ // BH 4/1/2014 6:40:08 AM removing ClassLoader -- equals Clazz._Loader\r
+ // BH 4/1/2014 6:40:08 AM removing ClassLoaderProgressMonitor -- equals _LoaderProgressMonitor\r
+ // BH 4/1/2014 6:17:21 AM removing Class  -- only used for "Class.forName" in Jmol, which ANT will now change to "Clazz._4Name"\r
+ // BH 3/7/2014 9:05:06 AM Array.prototype.toString should not be aliased. -- http://sourceforge.net/p/jmol/bugs/560/ with Google Visualization\r
+\r
+ // BH 1/30/2014 12:54:22 PM gave all field variables prefix underscore. This allows Google Closure Compiler to skip them.  \r
+ // BH 12/3/2013 3:39:57 PM window["j2s.lib"].base implemented\r
+ // BH 12/1/2013 5:34:21 AM removed _LoaderProgressMonitor.initialize and all Clazz.event business; handled by Jmol.clearVars()\r
+ // BH 11/30/2013 12:43:58 PM adding Clazz.arrayIs() -- avoids Number.constructor.toString() infinite recursion\r
+ // BH 11/29/2013 6:33:51 AM adding Clazz._profiler -- reports use of SAEM\r
+ // BH 11/10/2013 9:02:20 AM fixing fading in MSIE  \r
+ // BH 11/3/2013 7:21:39 AM additional wrapping functions for better compressibility\r
+ // BH 10/30/2013 8:10:58 AM added getClass().getResource() -- returning a relative string, not a URL\r
+ // BH 10/30/2013 6:43:00 AM removed second System def and added System.$props and default System.property "line.separator" \r
+ // BH 6/15/2013 8:02:07 AM corrections to Class.isAS to return true if first element is null\r
+ // BH 6/14/2013 4:41:09 PM corrections to Clazz.isAI and related methods to include check for null object\r
+ // BH 3/17/2013 11:54:28 AM adds stackTrace for ERROR \r
+\r
+ // BH 3/13/2013 6:58:26 PM adds Clazz.clone(me) for BS clone \r
+ // BH 3/12/2013 6:30:53 AM fixes Clazz.exceptionOf for ERROR condition trapping\r
+ // BH 3/2/2013 9:09:53 AM delete globals c$ and $fz\r
+ // BH 3/2/2013 9:10:45 AM optimizing defineMethod using "look no further" "@" parameter designation (see "\\@" below -- removed 3/23/13)\r
+ // BH 2/27/2013 optimizing Clazz.getParamsType for common cases () and (Number)\r
+ // BH 2/27/2013 optimizing SAEM delegation for hashCode and equals -- disallows overloading of equals(Object)\r
\r
+ // BH 2/23/2013 found String.replaceAll does not work -- solution was to never call it.\r
+ // BH 2/9/2013 9:18:03 PM Int32Array/Float64Array fixed for MSIE9\r
+ // BH 1/25/2013 1:55:31 AM moved package.js from j2s/java to j2s/core \r
+ // BH 1/17/2013 4:37:17 PM String.compareTo() added\r
+ // BH 1/17/2013 4:52:22 PM Int32Array and Float64Array may not have .prototype.sort method\r
+ // BH 1/16/2013 6:20:34 PM Float64Array not available in Safari 5.1\r
+ // BH 1/14/2013 11:28:58 PM  Going to all doubles in JavaScript (Float64Array, not Float32Array)\r
+ //   so that (new float[] {13.48f})[0] == 13.48f, effectively\r
+\r
+ // BH 1/14/2013 12:53:41 AM  Fix for Opera 10 not loading any files\r
+ // BH 1/13/2013 11:50:11 PM  Fix for MSIE not loading (nonbinary) files locally\r
\r
+ // BH 12/1/2012 9:52:26 AM Compiler note: Thread.start() cannot be executed within the constructor;\r
\r
+ // BH 11/24/2012 11:08:39 AM removed unneeded sections\r
+ // BH 11/24/2012 10:23:22 AM  all XHR uses sync loading (_Loader.setLoadingMode)\r
+ // BH 11/21/2012 7:30:06 PM   if (base)       map["@" + pkg] = base;  critical for multiple applets\r
+\r
+ // BH 10/8/2012 3:27:41 PM         if (clazzName.indexOf("Array") >= 0) return "Array"; in Clazz.getClassName for function\r
+ // BH removed Clazz.ie$plit = "\\2".split (/\\/).length == 1; unnecessary; using RegEx slows process significantly in all browsers\r
+ // BH 10/6/12 added Int32Array, Float32Array, newArrayBH, upgraded java.lang and java.io\r
+ // BH added Integer.bitCount in core.z.js\r
+ // BH changed alert to Clazz.alert in java.lang.Class.js *.ClassLoader.js, java.lang.thread.js\r
+ // BH removed toString from innerFunctionNames due to infinite recursion\r
+ // BH note: Logger.error(null, e) does not work -- get no constructor for (String) (TypeError)\r
+ // BH added j2s.lib.console\r
+ // BH allowed for alias="."\r
+ // BH removed alert def --> Clazz.alert\r
+ // BH added wrapper at line 2856 \r
+ // BH newArray fix at line 2205\r
+ // BH System.getProperty fix at line 6693\r
+ // BH added Enum .value() method at line 2183\r
+ // BH added System.getSecurityManager() at end\r
+ // BH added String.contains() at end\r
+ // BH added System.gc() at end\r
+ // BH added Clazz.exceptionOf = updated\r
+ // BH added String.getBytes() at end\r
\r
+\r
+LoadClazz = function() {\r
+\r
+// BH This is the ONLY global used in J2S now. I do not think it is necessary,\r
+// but it is created by the compiler, and I have not found a work-around.\r
+// it is used as a local variable in class definitions to point to the \r
+// current method. See Clazz.p0p and Clazz.pu$h\r
+\r
+c$ = null;\r
+\r
+if (!window["j2s.clazzloaded"])\r
+       window["j2s.clazzloaded"] = false;\r
+\r
+if (window["j2s.clazzloaded"])return;\r
+\r
+window["j2s.clazzloaded"] = true;\r
+\r
+window["j2s.object.native"] = true;\r
+\r
+ // Clazz changes:\r
+\r
+ /* http://j2s.sf.net/ *//******************************************************************************\r
+ * Copyright (c) 2007 java2script.org and others.\r
+ * All rights reserved. This program and the accompanying materials\r
+ * are made available under the terms of the Eclipse Public License v1.0\r
+ * which accompanies this distribution, and is available at\r
+ * http://www.eclipse.org/legal/epl-v10.html\r
+ *\r
+ * Contributors:\r
+ *     Zhou Renjian - initial API and implementation\r
+ *****************************************************************************/\r
+/*******\r
+ * @author zhou renjian\r
+ * @create Nov 5, 2005\r
+ *******/\r
\r
+\r
+/**\r
+ * Class Clazz. All the methods are static in this class.\r
+ */\r
+/* static */\r
+/*Class = */ Clazz = {\r
+  _isQuiet: false,\r
+  _debugging: false\r
+};\r
+\r
+;(function(Clazz, Jmol) {\r
+\r
+\r
+try {\r
+Clazz._debugging = (document.location.href.indexOf("j2sdebug") >= 0);\r
+} catch (e) {\r
+}\r
+var __debuggingBH = false;\r
+var _globals = ["j2s.clazzloaded", "j2s.object.native"];\r
+Clazz.setGlobal = function(a, v) {\r
+       _globals.push(a);\r
+       window[a] = v;\r
+}\r
+\r
+Clazz.getGlobals = function() {\r
+       return _globals.sort().join("\n");\r
+}\r
+\r
+Clazz.setConsoleDiv = function(d) {\r
+       window["j2s.lib"] && (window["j2s.lib"].console = d);\r
+};\r
+\r
+// BH Clazz.getProfile monitors exactly what is being delegated with SAEM,\r
+// which could be a bottle-neck for function calling.\r
+// This is critical for performance optimization.\r
+\r
+// Jmol.getProfile()\r
+\r
+var _profile = (window["j2s.doProfile"]  && self.JSON ? {} : null);\r
+\r
+NullObject = function () {};\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz._supportsNativeObject = window["j2s.object.native"];\r
+\r
+if (Clazz._supportsNativeObject) {\r
+       Clazz._O = function () {};\r
+       Clazz._O.__CLASS_NAME__ = "Object";\r
+       Clazz._O["getClass"] = function () { return Clazz._O; }; \r
+} else {\r
+       Clazz._O = Object;\r
+}\r
+\r
+Clazz.Console = {};\r
+Clazz.dateToString = Date.prototype.toString;\r
+Clazz._hashCode = 0;\r
+\r
+var addProto = function(proto, name, func) {\r
+       return proto[name] = func;\r
+};\r
+\r
+;(function(proto) {\r
+       addProto(proto, "equals", function (obj) {\r
+               return this == obj;\r
+       });\r
+\r
+       addProto(proto, "hashCode", function () {\r
+  \r
+    return this._$hashcode || (this._$hashcode = ++Clazz._hashCode)\r
+\r
+  \r
+               try {\r
+                       return this.toString ().hashCode ();\r
+               } catch (e) {\r
+                       var str = ":";\r
+                       for (var s in this) {\r
+                               str += s + ":"\r
+                       }\r
+                       return str.hashCode ();\r
+               }\r
+       });\r
+\r
+       addProto(proto, "getClass", function () { return Clazz.getClass (this); });\r
+\r
+       addProto(proto, "clone", function () { return Clazz.clone(this); });\r
+\r
+       Clazz.clone = function(me) {\r
+               // BH allows @j2sNative access without super constructor\r
+               var o = new me.constructor();\r
+               for (var i in me) {\r
+                       o[i] = me[i];\r
+      }\r
+               return o;\r
+       }\r
+/*\r
+ * Methods for thread in Object\r
+ */\r
+       addProto(proto, "finalize", function () {});\r
+       addProto(proto, "notify", function () {});\r
+       addProto(proto, "notifyAll", function () {});\r
+       addProto(proto, "wait", function () {});\r
+       addProto(proto, "to$tring", Object.prototype.toString);\r
+       addProto(proto, "toString", function () { return (this.__CLASS_NAME__ ? "[" + this.__CLASS_NAME__ + " object]" : this.to$tring.apply(this, arguments)); });\r
+       Clazz._extendedObjectMethods = [ "equals", "hashCode", "getClass", "clone", "finalize", "notify", "notifyAll", "wait", "to$tring", "toString" ];\r
+\r
+})(Clazz._O.prototype);\r
+\r
+Clazz.extendJO = function(c, name) {  \r
+       if (name)\r
+               c.__CLASS_NAME__ = c.prototype.__CLASS_NAME__ = name;\r
+       if (Clazz._supportsNativeObject) {\r
+               for (var i = 0; i < Clazz._extendedObjectMethods.length; i++) {\r
+                       var p = Clazz._extendedObjectMethods[i];\r
+                       addProto(c.prototype, p, Clazz._O.prototype[p]);\r
+               }\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Try to fix bug on Safari\r
+ */\r
+//InternalFunction = Object;\r
+\r
+Clazz.extractClassName = function(clazzStr) {\r
+       // [object Int32Array]\r
+       var clazzName = clazzStr.substring (1, clazzStr.length - 1);\r
+       return (clazzName.indexOf("Array") >= 0 ? "Array" // BH -- for Float64Array and Int32Array\r
+               : clazzName.indexOf ("object ") >= 0 ? clazzName.substring (7) // IE\r
+               : clazzName);\r
+}\r
+/**\r
+ * Return the class name of the given class or object.\r
+ *\r
+ * @param clazzHost given class or object\r
+ * @return class name\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.getClassName = function (obj) {\r
+       if (obj == null)\r
+               return "NullObject";\r
+       if (obj instanceof Clazz.CastedNull)\r
+               return obj.clazzName;\r
+       switch(typeof obj) {\r
+       case "number":\r
+               return "n";\r
+       case "boolean":\r
+               return "b";\r
+       case "string":\r
+               // Always treat the constant string as String object.\r
+               // This will be compatiable with Java String instance.\r
+               return "String";\r
+       case "function":\r
+               if (obj.__CLASS_NAME__)\r
+                       return (arguments[1] ? obj.__CLASS_NAME__ : "Class"); /* user defined class name */\r
+               var s = obj.toString();\r
+               var idx0 = s.indexOf("function");\r
+               if (idx0 < 0)\r
+                       return (s.charAt(0) == '[' ? Clazz.extractClassName(s) : s.replace(/[^a-zA-Z0-9]/g, ''));\r
+               var idx1 = idx0 + 8;\r
+               var idx2 = s.indexOf ("(", idx1);\r
+               if (idx2 < 0)\r
+                       return "Object";\r
+               s = s.substring (idx1, idx2);\r
+               if (s.indexOf("Array") >= 0)\r
+                       return "Array"; \r
+               s = s.replace (/^\s+/, "").replace (/\s+$/, "");\r
+               return (s == "anonymous" || s == "" ? "Function" : s);\r
+       case "object":\r
+               if (obj.__CLASS_NAME__) // user defined class name\r
+                       return obj.__CLASS_NAME__;\r
+               if (!obj.constructor)\r
+                       return "Object"; // For HTML Element in IE\r
+               if (!obj.constructor.__CLASS_NAME__) {\r
+                       if (obj instanceof Number)\r
+                               return "Number";\r
+                       if (obj instanceof Boolean)\r
+                               return "Boolean";\r
+                       if (obj instanceof Array)\r
+                               return "Array";\r
+                       var s = obj.toString();\r
+      // "[object Int32Array]"\r
+                       if (s.charAt(0) == '[')\r
+                               return Clazz.extractClassName(s);\r
+               }\r
+       return Clazz.getClassName (obj.constructor, true);\r
+       }\r
+  // some new, unidentified class\r
+  return "Object";\r
+};\r
+/**\r
+ * Return the class of the given class or object.\r
+ *\r
+ * @param clazzHost given class or object\r
+ * @return class name\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.getClass = function (clazzHost) {\r
+       if (!clazzHost)\r
+               return Clazz._O;        // null/undefined is always treated as Object\r
+       if (typeof clazzHost == "function")\r
+               return clazzHost;\r
+       var clazzName;\r
+       if (clazzHost instanceof Clazz.CastedNull) {\r
+               clazzName = clazzHost.clazzName;\r
+       } else {\r
+               switch (typeof clazzHost) {\r
+               case "string":\r
+                       return String;\r
+         case "object":\r
+                       if (!clazzHost.__CLASS_NAME__)\r
+                               return (clazzHost.constructor || Clazz._O);\r
+                       clazzName = clazzHost.__CLASS_NAME__;\r
+               break;\r
+               default:\r
+                       return clazzHost.constructor;\r
+               }\r
+       }\r
+       return Clazz.evalType(clazzName, true);\r
+};\r
+\r
+\r
+/* private */\r
+var checkInnerFunction = function (hostSuper, funName) {\r
+       for (var k = 0; k < Clazz.innerFunctionNames.length; k++)\r
+               if (funName == Clazz.innerFunctionNames[k] && \r
+                               Clazz._innerFunctions[funName] === hostSuper[funName])\r
+                       return true;\r
+       return false;\r
+};\r
+\r
+var args4InheritClass = function () {};\r
+\r
+Clazz.inheritArgs = new args4InheritClass ();\r
+\r
+/**\r
+ * Inherit class with "extends" keyword and also copy those static members. \r
+ * Example, as in Java, if NAME is a static member of ClassA, and ClassB \r
+ * extends ClassA then ClassB.NAME can be accessed in some ways.\r
+ *\r
+ * @param clazzThis child class to be extended\r
+ * @param clazzSuper super class which is inherited from\r
+ * @param objSuper super class instance\r
+ */\r
+/* protected */\r
+Clazz.inheritClass = function (clazzThis, clazzSuper, objSuper) {\r
+       //var thisClassName = Clazz.getClassName (clazzThis);\r
+       for (var o in clazzSuper) {\r
+               if (o != "b$" && o != "prototype" && o != "superClazz"\r
+                               && o != "__CLASS_NAME__" && o != "implementz"\r
+                               && !checkInnerFunction (clazzSuper, o)) {\r
+                       clazzThis[o] = clazzSuper[o];\r
+               }\r
+       }\r
+       if (Clazz.unloadedClasses[Clazz.getClassName(clazzThis, true)]) {\r
+               // Don't change clazzThis.protoype! Keep it!\r
+       } else if (objSuper) {\r
+               // ! Unsafe reference prototype to an instance!\r
+               // Feb 19, 2006 --josson\r
+               // OK for this reference to an instance, as this is anonymous instance,\r
+               // which is not referenced elsewhere.\r
+               // March 13, 2006\r
+               clazzThis.prototype = objSuper; \r
+       } else if (clazzSuper !== Number) {\r
+               clazzThis.prototype = new clazzSuper (Clazz.inheritArgs);\r
+       } else { // Number\r
+               clazzThis.prototype = new Number ();\r
+       }\r
+       clazzThis.superClazz = clazzSuper;\r
+       /*\r
+        * Is it necessary to reassign the class name?\r
+        * Mar 10, 2006 --josson\r
+        */\r
+       //clazzThis.__CLASS_NAME__ = thisClassName;\r
+       clazzThis.prototype.__CLASS_NAME__ = clazzThis.__CLASS_NAME__;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Implementation of Java's keyword "implements".\r
+ * As in JavaScript there are on "implements" keyword implemented, a property\r
+ * of "implementz" is added to the class to record the interfaces the class\r
+ * is implemented.\r
+ * \r
+ * @param clazzThis the class to implement\r
+ * @param interfacez Array of interfaces\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.implementOf = function (clazzThis, interfacez) {\r
+       if (arguments.length >= 2) {\r
+               if (!clazzThis.implementz)\r
+                       clazzThis.implementz = [];\r
+               var impls = clazzThis.implementz;\r
+               if (arguments.length == 2) {\r
+                       if (typeof interfacez == "function") {\r
+                               impls.push(interfacez);\r
+                               copyProperties(clazzThis, interfacez);\r
+                       } else if (interfacez instanceof Array) {\r
+                               for (var i = 0; i < interfacez.length; i++) {\r
+                                       impls.push(interfacez[i]);\r
+                                       copyProperties(clazzThis, interfacez[i]);\r
+                               }\r
+                       }\r
+               } else {\r
+                       for (var i = 1; i < arguments.length; i++) {\r
+                               impls.push(arguments[i]);\r
+                               copyProperties(clazzThis, arguments[i]);\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/*\r
+ * Copy members of interface\r
+ */\r
+/* private */\r
+var copyProperties = function(clazzThis, clazzSuper) {\r
+       for (var o in clazzSuper)\r
+               if (o != "b$" \r
+                               && o != "prototype" && o != "superClazz"\r
+                               && o != "__CLASS_NAME__" && o != "implementz"\r
+                               && (typeof clazzSuper[o] != "function" || !checkInnerFunction(clazzSuper, o)))\r
+                       clazzThis[o] = clazzThis.prototype[o] = clazzSuper[o];\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * TODO: More should be done for interface's inheritance\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.extendInterface = Clazz.implementOf;\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz.equalsOrExtendsLevel = function (clazzThis, clazzAncestor) {\r
+       if (clazzThis === clazzAncestor)\r
+               return 0;\r
+       if (clazzThis.implementz) {\r
+               var impls = clazzThis.implementz;\r
+               for (var i = 0; i < impls.length; i++) {\r
+                       var level = Clazz.equalsOrExtendsLevel (impls[i], clazzAncestor);\r
+                       if (level >= 0)\r
+                               return level + 1;\r
+               }\r
+       }\r
+       return -1;\r
+};\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz.getInheritedLevel = function (clazzTarget, clazzBase) {\r
+       if (clazzTarget === clazzBase)\r
+               return 0;\r
+       var isTgtStr = (typeof clazzTarget == "string");\r
+       if (isTgtStr && ("void" == clazzTarget || "unknown" == clazzTarget))\r
+               return -1;\r
+       var isBaseStr = (typeof clazzBase == "string");\r
+       if (isBaseStr && ("void" == clazzBase || "unknown" == clazzBase))\r
+               return -1;\r
+       if (clazzTarget === (isTgtStr ? "NullObject" : NullObject)) {\r
+               switch (clazzBase) {\r
+    case "n":\r
+    case "b":\r
+      return -1;\r
+               case Number:\r
+               case Boolean:\r
+               case NullObject:\r
+                       break;\r
+               default:\r
+                       return 0;\r
+               }\r
+       }\r
+       if (isTgtStr)\r
+               clazzTarget = Clazz.evalType(clazzTarget);\r
+       if (isBaseStr)\r
+               clazzBase = Clazz.evalType(clazzBase);\r
+       if (!clazzBase || !clazzTarget)\r
+               return -1;\r
+       var level = 0;\r
+       var zzalc = clazzTarget; // zzalc <--> clazz\r
+       while (zzalc !== clazzBase && level < 10) {\r
+               /* maybe clazzBase is interface */\r
+               if (zzalc.implementz) {\r
+                       var impls = zzalc.implementz;\r
+                       for (var i = 0; i < impls.length; i++) {\r
+                               var implsLevel = Clazz.equalsOrExtendsLevel (impls[i], clazzBase);\r
+                               if (implsLevel >= 0)\r
+                                       return level + implsLevel + 1;\r
+                       }\r
+               }\r
+               zzalc = zzalc.superClazz;\r
+               if (!zzalc)\r
+                       return (clazzBase === Object || clazzBase === Clazz._O ? \r
+                               // getInheritedLevel(String, CharSequence) == 1\r
+                               // getInheritedLevel(String, Object) == 1.5\r
+                               // So if both #test(CharSequence) and #test(Object) existed,\r
+                               // #test("hello") will correctly call #test(CharSequence)\r
+                               // instead of #test(Object).\r
+                               level + 1.5 // 1.5! Special!\r
+                       : -1);\r
+               level++;\r
+       }\r
+       return level;\r
+};\r
+\r
+\r
+/**\r
+ * Implements Java's keyword "instanceof" in JavaScript's way.\r
+ * As in JavaScript part of the object inheritance is implemented in only-\r
+ * JavaScript way.\r
+ *\r
+ * @param obj the object to be tested\r
+ * @param clazz the class to be checked\r
+ * @return whether the object is an instance of the class\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.instanceOf = function (obj, clazz) {\r
+  // allows obj to be a class already, from arrayX.getClass().isInstance(y)\r
+       return (obj != null && clazz && (obj == clazz || obj instanceof clazz || Clazz.getInheritedLevel(Clazz.getClassName(obj), clazz) >= 0));\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Call super method of the class. \r
+ * The same effect as Java's expression:\r
+ * <code> super.* () </code>\r
+ * \r
+ * @param objThis host object\r
+ * @param clazzThis class of declaring method scope. It's hard to determine \r
+ * which super class is right class for "super.*()" call when it's in runtime\r
+ * environment. For example,\r
+ * 1. ClasssA has method #run()\r
+ * 2. ClassB extends ClassA overriding method #run() with "super.run()" call\r
+ * 3. ClassC extends ClassB\r
+ * 4. objC is an instance of ClassC\r
+ * Now we have to decide which super #run() method is to be invoked. Without\r
+ * explicit clazzThis parameter, we only know that objC.getClass() is ClassC \r
+ * and current method scope is #run(). We do not known we are in scope \r
+ * ClassA#run() or scope of ClassB#run(). if ClassB is given, Clazz can search\r
+ * all super methods that are before ClassB and get the correct super method.\r
+ * This is the reason why there must be an extra clazzThis parameter.\r
+ * @param funName method name to be called\r
+ * @param funParams Array of method parameters\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.superCall = function (objThis, clazzThis, funName, funParams) {\r
+       var fx = null;\r
+       var i = -1;\r
+       var clazzFun = objThis[funName];\r
+       if (clazzFun) {\r
+               if (clazzFun.claxxOwner) { \r
+                       // claxxOwner is a mark for methods that is single.\r
+                       if (clazzFun.claxxOwner !== clazzThis) {\r
+                               // This is a single method, call directly!\r
+                               fx = clazzFun;\r
+        \r
+                       }\r
+               } else if (!clazzFun.stacks && !(clazzFun.lastClaxxRef\r
+                                       && clazzFun.lastClaxxRef.prototype[funName]\r
+                                       && clazzFun.lastClaxxRef.prototype[funName].stacks)) { // super.toString\r
+                       fx = clazzFun;\r
+               } else { // normal wrapped method\r
+                       var stacks = clazzFun.stacks;\r
+                       if (!stacks)\r
+                               stacks = clazzFun.lastClaxxRef.prototype[funName].stacks;\r
+                       for (i = stacks.length; --i >= 0;) {\r
+                               /*\r
+                                * Once super call is computed precisely, there are no need \r
+                                * to calculate the inherited level but just an equals\r
+                                * comparision\r
+                                */\r
+                               //var level = Clazz.getInheritedLevel (clazzThis, stacks[i]);\r
+                               if (clazzThis === stacks[i]) { // level == 0\r
+                                       if (i > 0) {\r
+                                               fx = stacks[--i].prototype[funName];\r
+                                       } else {\r
+                                               /*\r
+                                                * Will this case be reachable?\r
+                                                * March 4, 2006\r
+                                                * Should never reach here if all things are converted\r
+                                                * by Java2Script\r
+                                                */\r
+                                               fx = stacks[0].prototype[funName]["\\unknown"];\r
+                                       }\r
+                                       break;\r
+                               } else if (Clazz.getInheritedLevel (clazzThis, stacks[i]) > 0) {\r
+                                       fx = stacks[i].prototype[funName];\r
+                                       break;\r
+                               }\r
+                       } // end of for loop\r
+               } // end of normal wrapped method\r
+       } // end of clazzFun\r
+       if (!fx) {\r
+               if (funName != "construct") {\r
+                       Clazz.alert (["j2slib","no class found",(funParams).typeString])\r
+                       newMethodNotFoundException(objThis, clazzThis, funName, \r
+                                       Clazz.getParamsType(funParams).typeString);     \r
+               }\r
+               /* there are members which are initialized out of the constructor */\r
+               /* No super constructor! */\r
+               return;\r
+       }\r
+       /* there are members which are initialized out of the constructor */\r
+       if (i == 0 && funName == "construct") {\r
+               var ss = clazzFun.stacks;\r
+               if (ss && !ss[0].superClazz && ss[0].con$truct)\r
+                       ss[0].con$truct.apply (objThis, []);\r
+       }\r
+       /*# {$no.debug.support} >>x #*/\r
+       /* not used in Jmol\r
+       if (Clazz.tracingCalling) {\r
+               var caller = arguments.callee.caller;\r
+               if (caller === Clazz.superConstructor) {\r
+                       caller = caller.arguments.callee.caller;\r
+               }\r
+               Clazz._callingStackTraces.push(new Clazz.callingStack (caller, clazzThis));\r
+               var ret = fx.apply (objThis, (funParams == null) ? [] : funParams);\r
+               Clazz._callingStackTraces.pop();\r
+               return ret;\r
+       }\r
+       */\r
+       /*# x<< #*/\r
+       return fx.apply (objThis, funParams || []);\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Call super constructor of the class. \r
+ * The same effect as Java's expression: \r
+ * <code> super () </code>\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.superConstructor = function (objThis, clazzThis, funParams) {\r
+       Clazz.superCall (objThis, clazzThis, "construct", funParams);\r
+       /* If there are members which are initialized out of the constructor */\r
+       if (clazzThis.con$truct) {\r
+               clazzThis.con$truct.apply (objThis, []);\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Class for null with a given class as to be casted.\r
+ * This class will be used as an implementation of Java's casting way.\r
+ * For example,\r
+ * <code> this.call ((String) null); </code>\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.CastedNull = function (asClazz) {\r
+       if (asClazz) {\r
+               if (asClazz instanceof String) {\r
+                       this.clazzName = asClazz;\r
+               } else if (asClazz instanceof Function) {\r
+                       this.clazzName = Clazz.getClassName (asClazz, true);\r
+               } else {\r
+                       this.clazzName = "" + asClazz;\r
+               }\r
+       } else {\r
+               this.clazzName = "Object";\r
+       }\r
+       this.toString = function () {\r
+               return null;\r
+       };\r
+       this.valueOf = function () {\r
+               return null;\r
+       };\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * API for Java's casting null.\r
+ * @see Clazz.CastedNull\r
+ *\r
+ * @param asClazz given class\r
+ * @return an instance of class Clazz.CastedNull\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.castNullAs = function (asClazz) {\r
+       return new Clazz.CastedNull (asClazz);\r
+};\r
+\r
+/////////////////////////// Exception handling ////////////////////////////\r
+\r
+/*\r
+ * Use to mark that the Throwable instance is created or not.\r
+ * \r
+ * Called from java.lang.Throwable, as defined in JSmolJavaExt.js\r
+ * \r
+ * The underscore is important - it tells the JSmol ANT task to NOT \r
+ * turn this into Clazz_initializingException, because coreBottom2.js does \r
+ * not include that call, and so Google Closure Compiler does not minify it.\r
+ *        \r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz._initializingException = false;\r
+\r
+/**\r
+ * BH: used in Throwable\r
+ *  \r
+ */  \r
+/* public */\r
+Clazz._callingStackTraces = [];\r
+\r
+/** \r
+ * MethodException will be used as a signal to notify that the method is\r
+ * not found in the current clazz hierarchy.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var MethodException = function () {\r
+       this.toString = function () {\r
+               return "J2S MethodException";\r
+       };\r
+};\r
+/* private */\r
+//var MethodNotFoundException = function () {\r
+//     this.toString = function () {\r
+//             return "J2S MethodNotFoundException";\r
+//     };\r
+//};\r
+\r
+  var _isNPEExceptionPredicate;\r
+\r
+/* super private */\r
+;(function() { \r
+  /* sgurin: native exception detection mechanism. Only NullPointerException detected and wrapped to java excepions */\r
+  /** private utility method for creating a general regexp that can be used later  \r
+   * for detecting a certain kind of native exceptions. use with error messages like "blabla IDENTIFIER blabla"\r
+   * @param msg String - the error message\r
+   * @param spliterName String, must be contained once in msg\r
+   * spliterRegex String, a string with the regexp literal for identifying the spitter in exception further error messages.\r
+   */\r
+  // reproduce NullPointerException for knowing how to detect them, and create detector function Clazz._isNPEExceptionPredicate\r
+  var $$o$$ = null;\r
+  \r
+  try {\r
+       $$o$$.hello();\r
+  } catch (e) {\r
+    var _ex_reg = function(msg, spliterName, spliterRegex) {\r
+       if(!spliterRegex) \r
+               spliterRegex="[^\\s]+"; \r
+       var idx = msg.indexOf (spliterName), \r
+               str = msg.substring (0, idx) + spliterRegex + msg.substring(idx + spliterName.length), \r
+               regexp = new RegExp("^"+str+"$");\r
+       return regexp;\r
+    };\r
+       if(/Opera[\/\s](\d+\.\d+)/.test(navigator.userAgent)) {// opera throws an exception with fixed messages like "Statement on line 23: Cannot convert undefined or null to Object Backtrace: Line....long text... " \r
+               var idx1 = e.message.indexOf(":"), idx2 = e.message.indexOf(":", idx1+2);\r
+               var _NPEMsgFragment = e.message.substr(idx1+1, idx2-idx1-20);\r
+               _isNPEExceptionPredicate = function(e) { return e.message.indexOf(_NPEMsgFragment)!=-1; };\r
+       }       else if(navigator.userAgent.toLowerCase().indexOf("webkit")!=-1) { //webkit, google chrome prints the property name accessed. \r
+               var _exceptionNPERegExp = _ex_reg(e.message, "hello");\r
+               _isNPEExceptionPredicate = function(e) { return _exceptionNPERegExp.test(e.message); };\r
+       }       else {// ie, firefox and others print the name of the object accessed: \r
+               var _exceptionNPERegExp = _ex_reg(e.message, "$$o$$");\r
+               _isNPEExceptionPredicate = function(e) { return _exceptionNPERegExp.test(e.message); };\r
+       }               \r
+  };\r
+})();\r
+\r
+/**sgurin\r
+ * Implements Java's keyword "instanceof" in JavaScript's way **for exception objects**.\r
+ * \r
+ * calls Clazz.instanceOf if e is a Java exception. If not, try to detect known native \r
+ * exceptions, like native NullPointerExceptions and wrap it into a Java exception and \r
+ * call Clazz.instanceOf again. if the native exception can't be wrapped, false is returned.\r
+ * \r
+ * @param obj the object to be tested\r
+ * @param clazz the class to be checked\r
+ * @return whether the object is an instance of the class\r
+ * @author: sgurin\r
+ */\r
+Clazz.exceptionOf = function(e, clazz) {\r
+       if(e.__CLASS_NAME__)\r
+               return Clazz.instanceOf(e, clazz);\r
+  if (!e.getMessage) {\r
+    e.getMessage = function() {return "" + this};\r
+  }\r
+  if (!e.printStackTrace) {\r
+    e.printStackTrace = function(){};\r
+    alert(e + " try/catch path:" + Clazz.getStackTrace(-10));\r
+  }\r
+       if(clazz == Error) {\r
+               if (("" + e).indexOf("Error") < 0)\r
+      return false;\r
+               System.out.println (Clazz.getStackTrace());\r
+    return true;\r
+               // everything here is a Java Exception, not a Java Error\r
+       }\r
+       return (clazz == Exception || clazz == Throwable\r
+               || clazz == NullPointerException && _isNPEExceptionPredicate(e));\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * BH need to limit this, as JavaScript call stack may be recursive\r
+ */ \r
+Clazz.getStackTrace = function(n) {\r
+       n || (n = 25);\r
+  // updateNode and updateParents cause infinite loop here\r
+       var s = "\n";\r
+       var c = arguments.callee;\r
+  var showParams = (n < 0);\r
+  if (showParams)\r
+    n = -n;\r
+       for (var i = 0; i < n; i++) {\r
+               if (!(c = c.caller))\r
+      break;\r
+    var sig = (c.toString ? c.toString().substring(0, c.toString().indexOf("{")) : "<native method>");\r
+               s += i + " " + (c.exName ? (c.claxxOwner ? c.claxxOwner.__CLASS_NAME__ + "."  : "") + c.exName  + sig.replace(/function /,""): sig) + "\n";\r
+               if (c == c.caller) {\r
+      s += "<recursing>\n";\r
+      break;\r
+    }\r
+    if (showParams) {\r
+      var args = c.arguments;\r
+      for (var j = 0; j < args.length; j++) {\r
+        var sa = "" + args[j];\r
+        if (sa.length > 60)\r
+          sa = sa.substring(0, 60) + "...";\r
+        s += " args[" + j + "]=" + sa.replace(/\s+/g," ") + "\n";\r
+      }\r
+    }\r
+       }\r
+       return s;\r
+}\r
+\r
+///////////////////// method creation ////////////////////////////////\r
+\r
+/**\r
+ * Make constructor for the class with the given function body and parameters\r
+ * signature.\r
+ * \r
+ * @param clazzThis host class\r
+ * @param funBody constructor body\r
+ * @param funParams constructor parameters signature\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.makeConstructor = function (clazzThis, funBody, funParams) {\r
+       Clazz.defineMethod (clazzThis, "construct", funBody, funParams);\r
+       if (clazzThis.con$truct) {\r
+               clazzThis.con$truct.index = clazzThis.con$truct.stacks.length;\r
+       }\r
+       //clazzThis.con$truct = clazzThis.prototype.con$truct = null;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Override constructor for the class with the given function body and\r
+ * parameters signature.\r
+ * \r
+ * @param clazzThis host class\r
+ * @param funBody constructor body\r
+ * @param funParams constructor parameters signature\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.overrideConstructor = function (clazzThis, funBody, funParams) {\r
+       Clazz.overrideMethod (clazzThis, "construct", funBody, funParams);\r
+       if (clazzThis.con$truct) {\r
+               clazzThis.con$truct.index = clazzThis.con$truct.stacks.length;\r
+       }\r
+       //clazzThis.con$truct = clazzThis.prototype.con$truct = null;\r
+};\r
+\r
+\r
+/*\r
+ * Define method for the class with the given method name and method\r
+ * body and method parameter signature.\r
+ *\r
+ * @param clazzThis host class in which the method to be defined\r
+ * @param funName method name\r
+ * @param funBody function object, e.g function () { ... }\r
+ * @param funParams paramether signature, e.g ["string", "number"]\r
+ * @return method of the given name. The method may be funBody or a wrapper\r
+ * of the given funBody.\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.defineMethod = function (clazzThis, funName, funBody, funParams) {\r
+       if (Clazz.assureInnerClass) \r
+    Clazz.assureInnerClass(clazzThis, funBody);\r
+       funBody.exName = funName;\r
+       var fpName = formatParameters(funParams);\r
+       var proto = clazzThis.prototype;\r
+       var f$ = proto[funName];\r
+  if (Clazz._Loader._checkLoad)\r
+    checkDuplicate(clazzThis, funName, fpName);\r
+       if (!f$ || (f$.claxxOwner === clazzThis && f$.funParams == fpName)) {\r
+               // property "funParams" will be used as a mark of only-one method\r
+               funBody.funParams = fpName; \r
+               funBody.claxxOwner = clazzThis;\r
+               funBody.exClazz = clazzThis; // make it traceable\r
+               return addProto(proto, funName, funBody);\r
+       }\r
+  // we have found a duplicate\r
+       var oldFun = null;\r
+       var oldStacks = f$.stacks;\r
+               if (!oldStacks) {\r
+                       /* method is not defined by Clazz.defineMethod () */\r
+      oldStacks = [];\r
+                       oldFun = f$;\r
+                       if (f$.claxxOwner) {\r
+                               oldStacks[0] = oldFun.claxxOwner;\r
+                       }\r
+               }\r
+               /*\r
+        * Method that is already defined in super class will be overridden\r
+        * with a new proxy method with class hierarchy stored in a stack.\r
+        * That is to say, the super methods are lost in this class' proxy\r
+        * method. \r
+        * When method are being called, methods defined in the new proxy \r
+        * method will be searched through first. And if no method fitted,\r
+        * it will then try to search method in the super class stacks.\r
+        */\r
+       if (!f$.stacks || f$.claxxReference !== clazzThis) {\r
+               //Generate a new delegating method for the class                \r
+    var id = ++SAEMid;\r
+       var delegate = function () {\r
+               return searchAndExecuteMethod(id, this, arguments.callee.claxxReference, arguments.callee.methodName, arguments);\r
+       };\r
+       delegate.methodName = funName;\r
+       delegate.claxxReference = clazzThis;\r
+               f$ = addProto(proto, funName, delegate);                                \r
+               // Keep the class inheritance stacks\r
+               var arr = [];\r
+               for (var i = 0; i < oldStacks.length; i++)\r
+                       arr[i] = oldStacks[i];\r
+               f$.stacks = arr;\r
+       }\r
+       var ss = f$.stacks;\r
+       if (findArrayItem(ss, clazzThis) < 0) ss.push(clazzThis);\r
+\r
+       if (oldFun) {\r
+               if (oldFun.claxxOwner === clazzThis) {\r
+                       f$[oldFun.funParams] = oldFun;\r
+                       oldFun.claxxOwner = null;\r
+                       // property "funParams" will be used as a mark of only-one method\r
+                       oldFun.funParams = null; // null ? safe ? // safe for != null\r
+               } else if (!oldFun.claxxOwner) {\r
+                       /*\r
+                        * The function is not defined Clazz.defineMethod ().\r
+                        * Try to fixup the method ...\r
+                        * As a matter of lost method information, I just suppose\r
+                        * the method to be fixed is with void parameter!\r
+                        */\r
+                       f$["\\unknown"] = oldFun;\r
+               }\r
+       }\r
+       funBody.exClazz = clazzThis; // make it traceable\r
+       f$[fpName] = funBody;\r
+       return f$;\r
+};                                                \r
+\r
+duplicatedMethods = {};\r
+\r
+var checkDuplicate = function(clazzThis, funName, fpName) {\r
+       var proto = clazzThis.prototype;\r
+       var f$ = proto[funName];\r
+  if (f$ && (f$.claxxOwner || f$.claxxReference) === clazzThis) {\r
+    key = clazzThis.__CLASS_NAME__ + "." + funName + fpName;\r
+    var m = duplicatedMethods[key];\r
+    if (m) {\r
+      var s = "Warning! Duplicate method found for " + key;\r
+      System.out.println(s);\r
+      Clazz.alert(s);\r
+      duplicatedMethods[key] = m + 1; \r
+    } else {\r
+      duplicatedMethods[key] = 1;\r
+    }\r
+  }\r
+}\r
+\r
+Clazz.showDuplicates = function(quiet) {\r
+  var s = "";\r
+  var a = duplicatedMethods;\r
+  var n = 0;\r
+  for (var key in a)\r
+    if (a[key] > 1) {\r
+      s += a[key] + "\t" + key + "\n";\r
+      n++;\r
+    }\r
+  s = "Duplicates: " + n + "\n\n" + s;\r
+  System.out.println(s);\r
+  if (!quiet)\r
+    alert(s);\r
+}\r
+\r
+var findArrayItem = function(arr, item) {\r
+       if (arr && item)\r
+               for (var i = arr.length; --i >= 0;)\r
+                       if (arr[i] === item)\r
+                               return i;\r
+       return -1;\r
+}\r
+\r
+var removeArrayItem = function(arr, item) {\r
+       var i = findArrayItem(arr, item);\r
+       if (i >= 0) {\r
+               var n = arr.length - 1;\r
+               for (; i < n; i++)\r
+                       arr[i] = arr[i + 1];\r
+               arr.length--;\r
+               return true;\r
+       }\r
+}\r
+\r
+/*\r
+ * Other developers may need to extend this formatParameters method\r
+ * to deal complicated situation.\r
+ */\r
+/* protected */\r
+var formatParameters = function (funParams) {\r
+       return (funParams ? funParams.replace (/~([NABSO])/g, \r
+      function ($0, $1) {\r
+       switch ($1) {\r
+       case 'N':\r
+               return "n";\r
+       case 'B':\r
+               return "b";\r
+       case 'S':\r
+               return "String";\r
+       case 'O':\r
+               return "Object";\r
+       case 'A':\r
+               return "Array";\r
+       }\r
+       return "Unknown";\r
+      }).replace (/\s+/g, "").replace (/^|,/g, "\\").replace (/\$/g, "org.eclipse.s") : "\\void");\r
+};\r
+\r
+/*\r
+ * Override the existed methods which are in the same name.\r
+ * Overriding methods is provided for the purpose that the JavaScript\r
+ * does not need to search the whole hierarchied methods to find the\r
+ * correct method to execute.\r
+ * Be cautious about this method. Incorrectly using this method may\r
+ * break the inheritance system.\r
+ *\r
+ * @param clazzThis host class in which the method to be defined\r
+ * @param funName method name\r
+ * @param funBody function object, e.g function () { ... }\r
+ * @param funParams paramether signature, e.g ["string", "number"]\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.overrideMethod = function(clazzThis, funName, funBody, funParams) {\r
+       if (Clazz.assureInnerClass) Clazz.assureInnerClass (clazzThis, funBody);\r
+       funBody.exName = funName;\r
+       var fpName = formatParameters(funParams);\r
+  if (Clazz._Loader._checkLoad)\r
+    checkDuplicate(clazzThis, funName, fpName);\r
+       /*\r
+        * Replace old methods with new method. No super methods are kept.\r
+        */\r
+       funBody.funParams = fpName; \r
+       funBody.claxxOwner = clazzThis;\r
+       return addProto(clazzThis.prototype, funName, funBody);\r
+};\r
+\r
+//////////////  Overridden and Overloaded Java Method Handling //////////////////\r
+//                       SAEM (SearchAndExecuteMethod)\r
+// adapted by BH\r
+//\r
+\r
+/*\r
+ * BH Clazz.getProfile monitors exactly what is being delegated with SAEM,\r
+ * which could be a bottle-neck for function calling.\r
+ * This is critical for performance optimization.\r
+ */ \r
+\r
+  var __signatures = ""; \r
+\r
+Clazz.getProfile = function() {\r
+       var s = "";\r
+       if (_profile) {\r
+               var l = [];\r
+               for (var i in _profile) {\r
+                       var n = "" + _profile[i];\r
+                       l.push("        ".substring(n.length) + n + "\t" + i);\r
+               }\r
+               s = l.sort().reverse().join("\r\n");\r
+               _profile = {};\r
+       }\r
+       return s + __signatures;\r
+}\r
+\r
+var addProfile = function(c, f, p, id) {\r
+       var s = id + " " + c.__CLASS_NAME__ + " " + f + " ";// + JSON.stringify(p);\r
+  if (__signatures.indexOf(s) < 0)\r
+    __signatures += s + "\n";    \r
+       _profile[s] || (_profile[s] = 0);\r
+       _profile[s]++;\r
+}\r
+\r
+/**\r
+ * Called also by Throwable\r
+ *  \r
+/* public */\r
+Clazz.getParamsType = function (funParams) {\r
+       // bh: optimization here for very common cases\r
+       var n = funParams.length;\r
+       switch (n) {\r
+       case 0:\r
+               var params = ["void"];\r
+               params.typeString = "\\void";\r
+               return params;\r
+       case 1:\r
+         // BH just so common\r
+    switch (typeof obj) {\r
+    case "number":\r
+                       var params = ["n"];\r
+                       params.typeString = "\\n";\r
+                       return params;\r
+    case "boolean":\r
+                       var params = ["b"];\r
+                       params.typeString = "\\b";\r
+                       return params;\r
+               }\r
+       }\r
+\r
+       var params = [];\r
+       params.hasCastedNull = false;\r
+       if (funParams) {\r
+               for (var i = 0; i < n; i++) {\r
+                       params[i] = Clazz.getClassName (funParams[i]);\r
+                       if (funParams[i] instanceof Clazz.CastedNull) {\r
+                               params.hasCastedNull = true;\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       params.typeString = "\\" + params.join ('\\');\r
+       return params;\r
+};\r
+\r
+var SAEMid = 0;\r
+xxxSAEMlist = "";\r
+\r
+//var SAEMarray = [];\r
+/**\r
+ * BH: OK, this was an idea that doesn't work. The idea was to tag SAEM calls\r
+ * and then refer back to an array. But the id number cannot be put in the right place.\r
+ * \r
+ * Say we have this:\r
+ * \r
+ * StringBuffer sb = new StringBuffer(); \r
+ * sb.append("").append(1);\r
+ * \r
+ * Here we have two different append methods to call. They are saved under two\r
+ * names:  StringBuffer.prototype.append["\\String"] \r
+ *     and StringBuffer.prototype.append["\\Number"]\r
+ * \r
+ * The job of generateDelegatingMethod is to discriminate between those two. We can do\r
+ * that, but the real issue is that we have to do that EVERY time a call is made.\r
+ * This is a problem that must be handled at compile time. There is no way to \r
+ * make .append("") to go one way the first time and another way the second time. \r
+ * What we need at run time is something like this:\r
+ * \r
+ * Clazz.delegate(sb.append,1,[""]) and Clazz.delegate(sb.append,2,[1])\r
+ * The we would be able to log those numbers at run time and refer to them.\r
+ *                     \r
+ * The only real way to avoid SAEM is: \r
+ * \r
+ * 1) to never call super() -- always call a differently named function in a superclass.\r
+ * 2) don't overload functions \r
+ *  \r
+ */   \r
+\r
+\r
+/**\r
+ * Search the given class prototype, find the method with the same\r
+ * method name and the same parameter signatures by the given \r
+ * parameters, and then run the method with the given parameters.\r
+ *\r
+ * @param objThis the current host object\r
+ * @param claxxRef the current host object's class\r
+ * @param fxName the method name\r
+ * @param funParams the given arguments\r
+ * @return the result of the specified method of the host object,\r
+ * the return maybe void.\r
+ * @throws MethodNotFoundException if no matched method is found\r
+ */\r
+/* protected */\r
+var searchAndExecuteMethod = function (id, objThis, claxxRef, fxName, args, _saem) {\r
+\r
+//  var fx = SAEMarray[id];\r
+//  if (fx) {\r
+//    return fx.apply(objThis, args);\r
+//  }\r
+\r
+\r
+       fx = objThis[fxName];\r
+       var params = Clazz.getParamsType(args);\r
+\r
+\r
+var s = "SAEM " + claxxRef.__CLASS_NAME__ + "." + fxName + "(" + params+ ")\n";\r
+if (xxxSAEMlist.length > 300)xxxSAEMlist = "";\r
+xxxSAEMlist += s;\r
\r
+\r
+  if (!fx)    \r
+    try {System.out.println(Clazz.getStackTrace(5))} catch (e){}\r
+       _profile && addProfile(claxxRef, fxName, params, id);\r
+       // Cache last matched method\r
+       if (fx.lastParams == params.typeString && fx.lastClaxxRef === claxxRef) {\r
+               var methodParams;\r
+               if (params.hasCastedNull) {\r
+                       methodParams = [];\r
+                       // For Clazz.CastedNull instances, the type name is\r
+                       // already used to indentified the method in searchMethod.\r
+                       for (var k = 0; k < args.length; k++)\r
+                               methodParams[k] = (args[k] instanceof Clazz.CastedNull ? null : args[k]);\r
+               } else {\r
+//      if (fx.lastMethod) SAEMarray[id] = fx.lastMethod;\r
+                       methodParams = args;\r
+               }\r
+               return (fx.lastMethod ? fx.lastMethod.apply(objThis, methodParams) : null);\r
+       }\r
+       fx.lastParams = params.typeString;\r
+       fx.lastClaxxRef = claxxRef;\r
+\r
+       var stacks = fx.stacks;\r
+       if (!stacks)\r
+               stacks = claxxRef.prototype[fxName].stacks;\r
+       var length = stacks.length;\r
+\r
+       /*\r
+        * Search the inheritance stacks to get the given class' function\r
+        */\r
+       var began = false; // began to search its super classes\r
+       for (var i = length; --i >= 0;) {\r
+               if (began || stacks[i] === claxxRef) {\r
+                       /*\r
+                        * First try to search method within the same class scope\r
+                        * with stacks[i] === claxxRef\r
+                        */\r
+                       var clazzFun = stacks[i].prototype[fxName];\r
+                       var ret = tryToSearchAndExecute(id, fxName, objThis, clazzFun, params,\r
+                                       args, fx);\r
+                       if (!(ret instanceof MethodException)) {\r
+                               return ret;\r
+                       }\r
+                       /*\r
+                        * As there are no such methods in current class, Clazz will try \r
+                        * to search its super class stacks. Here variable began indicates\r
+                        * that super searchi is began, and there is no need checking\r
+                        * <code>stacks[i] === claxxRef</code>\r
+                        */\r
+                       began = true; \r
+               } // end of if\r
+       } // end of for\r
+       if ("construct" == fxName) {\r
+               /*\r
+                * For non existed constructors, just return without throwing\r
+                * exceptions. In Java codes, extending Object can call super\r
+                * default Object#constructor, which is not defined in JS.\r
+                */\r
+               return;\r
+       }\r
+       newMethodNotFoundException(objThis, claxxRef, \r
+                       fxName, params.typeString);\r
+};\r
+\r
+\r
+/* private */\r
+var tryToSearchAndExecute = function(id, fxName, objThis, clazzFun, params, args, fx, _ttsaem) {\r
+       var method = [];\r
+       var generic = true;\r
+       for (var fn in clazzFun) {\r
+               if (fn.charCodeAt(0) == 92) { // 92 == '\\'.charCodeAt (0)\r
+                       var ps = fn.substring(1).split("\\");\r
+                       (ps.length == params.length) && method.push(ps);\r
+               generic = false;\r
+                       continue;\r
+               }\r
+               /*\r
+                * When there is only one method in the class, use the args\r
+                * to identify the parameter type.\r
+                *\r
+                * AbstractCollection.remove (Object)\r
+                * AbstractList.remove (int)\r
+                * ArrayList.remove (int)\r
+                *\r
+                * Then calling #remove (Object) method on ArrayList instance will \r
+                * need to search up to the AbstractCollection.remove (Object),\r
+                * which contains only one method.\r
+                */\r
+               /*\r
+                * See Clazz#defineMethod --Mar 10, 2006, josson\r
+                */\r
+               if (generic && fn == "funParams" && clazzFun.funParams) {\r
+                       fn = clazzFun.funParams;\r
+                       var ps = fn.substring(1).split ("\\");\r
+                       (ps.length == params.length) && (method[0] = ps);\r
+                       break;\r
+               }\r
+       }\r
+  var debug = false;//(method.length > 1 && method.join().indexOf("Listen")< 0 && params.join().indexOf("Null") >= 0)\r
+  if (debug)alert(fxName + " -- " + method.join("|") + " -- searching for method with " + params)\r
+  if (method.length == 0 || !(method = searchMethod(method, params, debug)))\r
+         return new MethodException();\r
+  if (debug) alert("OK: \\" + method)\r
+       var f = (generic ? clazzFun : clazzFun["\\" + method]);\r
+       //if (generic) \r
+  //{ /* Use the generic method */\r
+               /*\r
+                * Will this case be reachable?\r
+                * March 4, 2006 josson\r
+                * \r
+                * Reachable for calling #remove (Object) method on \r
+                * ArrayList instance\r
+                * May 5, 2006 josson\r
+                */\r
+       var methodParams = null;\r
+       if (params.hasCastedNull) {\r
+               methodParams = [];\r
+               for (var k = 0; k < args.length; k++) {\r
+                       if (args[k] instanceof Clazz.CastedNull) {\r
+                               /*\r
+                                * For Clazz.CastedNull instances, the type name is\r
+                                * already used to indentify the method in searchMethod.\r
+                                */\r
+                               methodParams[k] = null;\r
+                       } else {\r
+                               methodParams[k] = args[k];\r
+                       }\r
+               }\r
+       } else {\r
+               methodParams = args;\r
+       }\r
+       fx.lastMethod = f;\r
+  //if (!params.hasCastedNull) SAEMarray[id] = f;\r
+       return f.apply(objThis, methodParams);\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Search the existed polymorphic methods to get the matched method with\r
+ * the given parameter types.\r
+ *\r
+ * @param existedMethods Array of string which contains method parameters\r
+ * @param paramTypes Array of string that is parameter type.\r
+ * @return string of method parameters seperated by "\\"\r
+ */\r
+/* private */\r
+var searchMethod = function(roundOne, paramTypes, debug) {\r
+\r
+// Filter out all the fitted methods for the given parameters\r
+       var roundTwo = [];\r
+       var len = roundOne.length;\r
+       for (var i = 0; i < len; i++) {\r
+               var fittedLevel = [];\r
+               var isFitted = true;\r
+               var len2 = roundOne[i].length;\r
+               for (var j = 0; j < len2; j++) {\r
+    \r
+                       fittedLevel[j] = Clazz.getInheritedLevel (paramTypes[j], \r
+                                       roundOne[i][j]);\r
+      //if (debug)alert([paramTypes[j],fittedLevel[j],roundOne[i][j]])    \r
+                       if (fittedLevel[j] < 0) {\r
+                               isFitted = false;\r
+                               break;\r
+                       }\r
+               }\r
+               if (isFitted) {\r
+                       fittedLevel[paramTypes.length] = i; // Keep index for later use\r
+                       roundTwo.push(fittedLevel);\r
+               }\r
+       }\r
+       if (roundTwo.length == 0)\r
+               return null;\r
+       // Find out the best method according to the inheritance.\r
+       var resultTwo = roundTwo;\r
+       var min = resultTwo[0];\r
+       for (var i = 1; i < resultTwo.length; i++) {\r
+               var isVectorLesser = true;\r
+               for (var j = 0; j < paramTypes.length; j++) {\r
+                       if (min[j] < resultTwo[i][j]) {\r
+                               isVectorLesser = false;;\r
+                               break;\r
+                       }\r
+               }\r
+               if (isVectorLesser)\r
+                       min = resultTwo[i];\r
+       }\r
+       var index = min[paramTypes.length]; // Get the previously stored index\r
+       /*\r
+        * Return the method parameters' type string as indentifier of the\r
+        * choosen method.\r
+        */\r
+       return roundOne[index].join ('\\');\r
+};\r
+\r
+////////////////////////////////// package loading ///////////////////////\r
+\r
+/*\r
+ * all root packages. e.g. java.*, org.*, com.*\r
+ */\r
+/* protected */\r
+Clazz.allPackage = {};\r
+\r
+/**\r
+ * Will be used to keep value of whether the class is defined or not.\r
+ */\r
+/* protected */\r
+Clazz.allClasses = {};\r
+\r
+Clazz.lastPackageName = null;\r
+Clazz.lastPackage = null;\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz.unloadedClasses = [];\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.declarePackage = function (pkgName) {\r
+       if (Clazz.lastPackageName == pkgName)\r
+               return Clazz.lastPackage;\r
+       if (pkgName && pkgName.length) {\r
+               var pkgFrags = pkgName.split (/\./);\r
+               var pkg = Clazz.allPackage;\r
+               for (var i = 0; i < pkgFrags.length; i++) {\r
+                       if (!pkg[pkgFrags[i]]) {\r
+                               pkg[pkgFrags[i]] = { \r
+                                       __PKG_NAME__ : (pkg.__PKG_NAME__ ? \r
+                                               pkg.__PKG_NAME__ + "." + pkgFrags[i] : pkgFrags[i])\r
+                               }; \r
+                               // pkg[pkgFrags[i]] = {};\r
+                               if (i == 0) {\r
+                                       // eval ...\r
+                                       Clazz.setGlobal(pkgFrags[i], pkg[pkgFrags[i]]);\r
+                               }\r
+                       }\r
+                       pkg = pkg[pkgFrags[i]]\r
+               }\r
+               Clazz.lastPackageName = pkgName;\r
+               Clazz.lastPackage = pkg;\r
+               return pkg;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz.evalType = function (typeStr, isQualified) {\r
+       var idx = typeStr.lastIndexOf(".");\r
+       if (idx != -1) {\r
+               var pkgName = typeStr.substring (0, idx);\r
+               var pkg = Clazz.declarePackage (pkgName);\r
+               var clazzName = typeStr.substring (idx + 1);\r
+               return pkg[clazzName];\r
+       } \r
+       if (isQualified)\r
+               return window[typeStr];\r
+       switch (typeStr) {\r
+       case "string":\r
+               return String;\r
+       case "number":\r
+               return Number;\r
+  case "object":\r
+               return Clazz._O;\r
+       case "boolean":\r
+               return Boolean;\r
+       case "function":\r
+               return Function;\r
+  case "void":\r
+  case "undefined":\r
+  case "unknown":\r
+               return typeStr;\r
+       case "NullObject":\r
+               return NullObject;\r
+       default:\r
+               return window[typeStr];\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Define a class or interface.\r
+ *\r
+ * @param qClazzName String presents the qualified name of the class\r
+ * @param clazzFun Function of the body\r
+ * @param clazzParent Clazz to inherit from, may be null\r
+ * @param interfacez Clazz may implement one or many interfaces\r
+ *   interfacez can be Clazz object or Array of Clazz objects.\r
+ * @return Ruturn the modified Clazz object\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.defineType = function (qClazzName, clazzFun, clazzParent, interfacez) {\r
+       var cf = Clazz.unloadedClasses[qClazzName];\r
+       if (cf) {\r
+               clazzFun = cf;\r
+       }\r
+       var idx = qClazzName.lastIndexOf (".");\r
+       if (idx != -1) {\r
+               var pkgName = qClazzName.substring (0, idx);\r
+               var pkg = Clazz.declarePackage (pkgName);\r
+               var clazzName = qClazzName.substring (idx + 1);\r
+               if (pkg[clazzName]) {\r
+                       // already defined! Should throw exception!\r
+                       return pkg[clazzName];\r
+               }\r
+               pkg[clazzName] = clazzFun;\r
+       } else {\r
+               if (window[qClazzName]) {\r
+                       // already defined! Should throw exception!\r
+                       return window[qClazzName];\r
+               }\r
+               Clazz.setGlobal(qClazzName, clazzFun);\r
+       }\r
+       Clazz.decorateAsType(clazzFun, qClazzName, clazzParent, interfacez);\r
+       /*# {$no.javascript.support} >>x #*/\r
+       var iFun = Clazz._innerFunctions;\r
+       clazzFun.defineMethod = iFun.defineMethod;\r
+       clazzFun.defineStaticMethod = iFun.defineStaticMethod;\r
+       clazzFun.makeConstructor = iFun.makeConstructor;\r
+       /*# x<< #*/\r
+       return clazzFun;\r
+};\r
+\r
+var isSafari = (navigator.userAgent.indexOf ("Safari") != -1);\r
+var isSafari4Plus = false;\r
+if (isSafari) {\r
+       var ua = navigator.userAgent;\r
+       var verIdx = ua.indexOf("Version/");\r
+       if (verIdx  != -1) {\r
+               var verStr = ua.substring(verIdx + 8);\r
+               var verNumber = parseFloat(verStr);\r
+               isSafari4Plus = verNumber >= 4.0;\r
+       }\r
+}\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.instantialize = function (objThis, args) {\r
+\r
+\r
+       if (args && args.length == 1 && args[0] \r
+                       && args[0] instanceof args4InheritClass) {\r
+               return;\r
+       }\r
+       if (objThis instanceof Number) {\r
+               objThis.valueOf = function () {\r
+                       return this;\r
+               };\r
+       }\r
+       if (isSafari4Plus) { // Fix bug of Safari 4.0+'s over-optimization\r
+               var argsClone = [];\r
+               for (var k = 0; k < args.length; k++) {\r
+                       argsClone[k] = args[k];\r
+               }\r
+               args = argsClone;\r
+       }\r
+\r
+       var c = objThis.construct;\r
+       if (c) {\r
+               if (!objThis.con$truct) { // no need to init fields\r
+                       c.apply (objThis, args);\r
+               } else if (!objThis.getClass ().superClazz) { // the base class\r
+                       objThis.con$truct.apply (objThis, []);\r
+                       c.apply (objThis, args);\r
+               } else if ((c.claxxOwner \r
+                               && c.claxxOwner === objThis.getClass ())\r
+                               || (c.stacks \r
+                               && c.stacks[c.stacks.length - 1] == objThis.getClass ())) {\r
+                       /*\r
+                        * This #construct is defined by this class itself.\r
+                        * #construct will call Clazz.superConstructor, which will\r
+                        * call #con$truct back\r
+                        */\r
+                       c.apply (objThis, args);\r
+               } else { // constructor is a super constructor\r
+                       if (c.claxxOwner && !c.claxxOwner.superClazz \r
+                                               && c.claxxOwner.con$truct) {\r
+                               c.claxxOwner.con$truct.apply (objThis, []);\r
+                       } else if (c.stacks && c.stacks.length == 1\r
+                                       && !c.stacks[0].superClazz) {\r
+                               c.stacks[0].con$truct.apply (objThis, []);\r
+                       }\r
+                       c.apply (objThis, args);\r
+                       objThis.con$truct.apply (objThis, []);\r
+               }\r
+       } else if (objThis.con$truct) {\r
+               objThis.con$truct.apply (objThis, []);\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Once there are other methods registered to the Function.prototype, \r
+ * those method names should be add to the following Array.\r
+ */\r
+/*\r
+ * static final member of interface may be a class, which may\r
+ * be function.\r
+ */\r
+/* protected */\r
+Clazz.innerFunctionNames = [\r
+       "isInstance", "equals", "hashCode", /*"toString",*/ "getName", "getCanonicalName", "getClassLoader", "getResource", "getResourceAsStream" /*# {$no.javascript.support} >>x #*/, "defineMethod", "defineStaticMethod",\r
+       "makeConstructor" /*# x<< #*/\r
+];\r
+\r
+/*\r
+ * Static methods\r
+ */\r
+Clazz._innerFunctions = {\r
+       /*\r
+        * Similar to Object#equals\r
+        */\r
+   \r
+  isInstance: function(c) {\r
+    return Clazz.instanceOf(c, this);\r
+  },\r
+  \r
+       equals : function (aFun) {\r
+               return this === aFun;\r
+       },\r
+\r
+       hashCode : function () {\r
+               return this.getName ().hashCode ();\r
+       },\r
+\r
+       toString : function () {\r
+               return "class " + this.getName ();\r
+       },\r
+\r
+       /*\r
+        * Similar to Class#getName\r
+        */\r
+       getName : function () {\r
+               return Clazz.getClassName (this, true);\r
+       },\r
+       getCanonicalName : function () {\r
+               return this.__CLASS_NAME__;\r
+       },\r
+       getClassLoader : function () {\r
+               var clazzName = this.__CLASS_NAME__;\r
+               var baseFolder = Clazz._Loader.getClasspathFor(clazzName);\r
+               var x = baseFolder.lastIndexOf (clazzName.replace (/\./g, "/"));\r
+               if (x != -1) {\r
+                       baseFolder = baseFolder.substring (0, x);\r
+               } else {\r
+                       baseFolder = Clazz._Loader.getClasspathFor(clazzName, true);\r
+               }\r
+               var loader = Clazz._Loader.requireLoaderByBase(baseFolder);\r
+               loader.getResourceAsStream = Clazz._innerFunctions.getResourceAsStream;\r
+               loader.getResource = Clazz._innerFunctions.getResource; // BH\r
+               return loader;\r
+       },\r
+\r
+       getResource : function(name) {\r
+               var stream = this.getResourceAsStream(name);\r
+    return (stream ? stream.url : null);\r
+       },\r
+\r
+       getResourceAsStream : function (name) {\r
+               if (!name)\r
+                       return null;\r
+               name = name.replace (/\\/g, '/');\r
+               var baseFolder = null;\r
+    var fname = name;\r
+               var clazzName = this.__CLASS_NAME__;\r
+               if (arguments.length == 2 && name.indexOf ('/') != 0) { // additional argument\r
+                       name = "/" + name;\r
+               }\r
+               if (name.indexOf ('/') == 0) {\r
+                       //is.url = name.substring (1);\r
+                       if (arguments.length == 2) { // additional argument\r
+                               baseFolder = arguments[1];\r
+                               if (!baseFolder)\r
+                                       baseFolder = Clazz.binaryFolders[0];\r
+                       } else if (Clazz._Loader) {\r
+                               baseFolder = Clazz._Loader.getClasspathFor(clazzName, true);\r
+                       }\r
+                       if (!baseFolder) {\r
+                               fname = name.substring (1);\r
+                       } else {\r
+                               baseFolder = baseFolder.replace (/\\/g, '/');\r
+                               var length = baseFolder.length;\r
+                               var lastChar = baseFolder.charAt (length - 1);\r
+                               if (lastChar != '/') {\r
+                                       baseFolder += "/";\r
+                               }\r
+                               fname = baseFolder + name.substring (1);\r
+                       }\r
+               } else {\r
+                       if (this.base) {\r
+                               baseFolder = this.base;\r
+                       } else if (Clazz._Loader) {\r
+                               baseFolder = Clazz._Loader.getClasspathFor(clazzName);\r
+                               var x = baseFolder.lastIndexOf (clazzName.replace (/\./g, "/"));\r
+                               if (x != -1) {\r
+                                       baseFolder = baseFolder.substring (0, x);\r
+                               } else {\r
+                                       //baseFolder = null;\r
+                                       var y = -1;\r
+                                       if (baseFolder.indexOf (".z.js") == baseFolder.length - 5\r
+                                                       && (y = baseFolder.lastIndexOf ("/")) != -1) {\r
+                                               baseFolder = baseFolder.substring (0, y + 1);\r
+                                               var pkgs = clazzName.split (/\./);\r
+                                               for (var k = 1; k < pkgs.length; k++) {\r
+                                                       var pkgURL = "/";\r
+                                                       for (var j = 0; j < k; j++) {\r
+                                                               pkgURL += pkgs[j] + "/";\r
+                                                       }\r
+                                                       if (pkgURL.length > baseFolder.length) {\r
+                                                               break;\r
+                                                       }\r
+                                                       if (baseFolder.indexOf (pkgURL) == baseFolder.length - pkgURL.length) {\r
+                                                               baseFolder = baseFolder.substring (0, baseFolder.length - pkgURL.length + 1);\r
+                                                               break;\r
+                                                       }\r
+                                               }\r
+                                       } else {\r
+                                               baseFolder = Clazz._Loader.getClasspathFor(clazzName, true);\r
+                                       }\r
+                               }\r
+                       } else {\r
+                               var bins = Clazz.binaryFolders;\r
+                               if (bins && bins.length) {\r
+                                       baseFolder = bins[0];\r
+                               }\r
+                       }\r
+                       if (!baseFolder)\r
+                               baseFolder = "j2s/";\r
+                       baseFolder = baseFolder.replace (/\\/g, '/');\r
+                       var length = baseFolder.length;\r
+                       var lastChar = baseFolder.charAt (length - 1);\r
+                       if (lastChar != '/') {\r
+                               baseFolder += "/";\r
+                       }\r
+                       if (this.base) {\r
+                               fname = baseFolder + name;\r
+                       } else {\r
+                               var idx = clazzName.lastIndexOf ('.');\r
+                               if (idx == -1 || this.base) {\r
+                                       fname = baseFolder + name;\r
+                               } else {\r
+                                       fname = baseFolder + clazzName.substring (0, idx)\r
+                                                       .replace (/\./g, '/') +  "/" + name;\r
+                               }\r
+                       }            \r
+               }\r
+    var url = null;\r
+    try {\r
+      if (fname.indexOf(":/") < 0) {\r
+        var d = document.location.href.split("?")[0].split("/");\r
+        d[d.length - 1] = fname;\r
+        fname = d.join("/");\r
+      }\r
+      url = new java.net.URL(fname);\r
+    } catch (e) {\r
+    }\r
+               var data = (url == null ? null : Jmol._getFileData(fname.toString()));\r
+    if (!data || data == "error" || data.indexOf("[Exception") == 0)\r
+      return null;\r
+    var bytes = new java.lang.String(data).getBytes();      \r
+    var is = new java.io.BufferedInputStream ( new java.io.ByteArrayInputStream (bytes)); \r
+    is.url = url;\r
+               return is;\r
+       }/*# {$no.javascript.support} >>x #*/,\r
+\r
+       /*\r
+        * For JavaScript programmers\r
+        */\r
+       defineMethod : function (methodName, funBody, paramTypes) {\r
+               Clazz.defineMethod (this, methodName, funBody, paramTypes);\r
+       },\r
+\r
+       /*\r
+        * For JavaScript programmers\r
+        */\r
+       defineStaticMethod : function (methodName, funBody, paramTypes) {\r
+               Clazz.defineMethod (this, methodName, funBody, paramTypes);\r
+               this[methodName] = this.prototype[methodName];\r
+       },\r
+\r
+       /*\r
+        * For JavaScript programmers\r
+        */\r
+       makeConstructor : function (funBody, paramTypes) {\r
+               Clazz.makeConstructor (this, funBody, paramTypes);\r
+       }\r
+       /*# x<< #*/\r
+};\r
+\r
+\r
+var cStack = [];\r
+\r
+/**\r
+ * BH: I would like to be able to remove "self.c$" here, but that is tricky.\r
+ */\r
+  \r
+Clazz.pu$h = function (c) {\r
+  c || (c = self.c$); // old style\r
+       c && cStack.push(c);\r
+};\r
+\r
+Clazz.p0p = function () {\r
+       return cStack.pop();\r
+};\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz.decorateAsClass = function (clazzFun, prefix, name, clazzParent, \r
+               interfacez, parentClazzInstance, _decorateAsClass) {\r
+    \r
+       var prefixName = null;\r
+       if (prefix) {\r
+               prefixName = prefix.__PKG_NAME__;\r
+               if (!prefixName)\r
+                       prefixName = prefix.__CLASS_NAME__;      \r
+       }\r
+       var qName = (prefixName ? prefixName + "." : "") + name;\r
+  \r
+    if (Clazz._Loader._classPending[qName]) {\r
+      delete Clazz._Loader._classPending[qName];\r
+      Clazz._Loader._classCountOK++;\r
+      Clazz._Loader._classCountPending--;\r
+    }\r
+  if (Clazz._Loader && Clazz._Loader._checkLoad) {\r
+    System.out.println("decorating class " + prefixName + "." + name);\r
+  }\r
+       var cf = Clazz.unloadedClasses[qName];\r
+       if (cf) {\r
+               clazzFun = cf;\r
+       }\r
+       var qName = null;\r
+       decorateFunction(clazzFun, prefix, name);\r
+       if (parentClazzInstance) {\r
+               Clazz.inheritClass (clazzFun, clazzParent, parentClazzInstance);\r
+       } else if (clazzParent) {\r
+               Clazz.inheritClass (clazzFun, clazzParent);\r
+       }\r
+       if (interfacez) {\r
+               Clazz.implementOf (clazzFun, interfacez);\r
+       }\r
+       return clazzFun;\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var decorateFunction = function (clazzFun, prefix, name, _decorateFunction) {\r
+       var qName;\r
+       if (!prefix) {\r
+               // e.g. Clazz.declareInterface (null, "ICorePlugin", org.eclipse.ui.IPlugin);\r
+               qName = name;\r
+               Clazz.setGlobal(name, clazzFun);\r
+       } else if (prefix.__PKG_NAME__) {\r
+               // e.g. Clazz.declareInterface (org.eclipse.ui, "ICorePlugin", org.eclipse.ui.IPlugin);\r
+               qName = prefix.__PKG_NAME__ + "." + name;\r
+               prefix[name] = clazzFun;\r
+               if (prefix === java.lang)\r
+                       Clazz.setGlobal(name, clazzFun);\r
+       } else {\r
+               // e.g. Clazz.declareInterface (org.eclipse.ui.Plugin, "ICorePlugin", org.eclipse.ui.IPlugin);\r
+               qName = prefix.__CLASS_NAME__ + "." + name;\r
+               prefix[name] = clazzFun;\r
+       }\r
+       Clazz.extendJO(clazzFun, qName);\r
+       var inF = Clazz.innerFunctionNames;\r
+       for (var i = 0; i < inF.length; i++) {\r
+               clazzFun[inF[i]] = Clazz._innerFunctions[inF[i]];\r
+       }\r
+\r
+       if (Clazz._Loader) \r
+    Clazz._Loader.updateNodeForFunctionDecoration(qName);\r
+};\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz.declareInterface = function (prefix, name, interfacez, _declareInterface) {\r
+       var clazzFun = function () {};\r
+       decorateFunction(clazzFun, prefix, name);\r
+       if (interfacez) {\r
+               Clazz.implementOf (clazzFun, interfacez);\r
+       }\r
+       return clazzFun;\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.declareType = function (prefix, name, clazzParent, interfacez, \r
+               parentClazzInstance, _declareType) {\r
+       var f = function () {\r
+               Clazz.instantialize (this, arguments);\r
+       };\r
+       return Clazz.decorateAsClass (f, prefix, name, clazzParent, interfacez, \r
+                       parentClazzInstance);\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.declareAnonymous = function (prefix, name, clazzParent, interfacez, \r
+               parentClazzInstance, _declareAnonymous) {\r
+       var f = function () {\r
+               Clazz.prepareCallback(this, arguments);\r
+               Clazz.instantialize (this, arguments);\r
+       };\r
+       return Clazz.decorateAsClass (f, prefix, name, clazzParent, interfacez, \r
+                       parentClazzInstance);\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.decorateAsType = function (clazzFun, qClazzName, clazzParent, \r
+               interfacez, parentClazzInstance, inheritClazzFuns, _decorateAsType) {\r
+       Clazz.extendJO(clazzFun, qClazzName);\r
+       clazzFun.equals = Clazz._innerFunctions.equals;\r
+       clazzFun.getName = Clazz._innerFunctions.getName;\r
+       if (inheritClazzFuns) {\r
+               for (var i = 0; i < Clazz.innerFunctionNames.length; i++) {\r
+                       var methodName = Clazz.innerFunctionNames[i];\r
+                       clazzFun[methodName] = Clazz._innerFunctions[methodName];\r
+               }\r
+       }\r
+       if (parentClazzInstance) {\r
+               Clazz.inheritClass (clazzFun, clazzParent, parentClazzInstance);\r
+       } else if (clazzParent) {\r
+               Clazz.inheritClass (clazzFun, clazzParent);\r
+       }\r
+       if (interfacez) {\r
+               Clazz.implementOf (clazzFun, interfacez);\r
+       }\r
+       return clazzFun;\r
+};\r
+\r
+\r
+////////////////////////// default package declarations ////////////////////////\r
+\r
+/* sgurin: preserve Number.prototype.toString */\r
+Number.prototype._numberToString=Number.prototype.toString;\r
+\r
+\r
+Clazz.declarePackage ("java.io");\r
+//Clazz.declarePackage ("java.lang");\r
+Clazz.declarePackage ("java.lang.annotation"); // java.lang\r
+Clazz.declarePackage ("java.lang.instrument"); // java.lang\r
+Clazz.declarePackage ("java.lang.management"); // java.lang\r
+Clazz.declarePackage ("java.lang.reflect"); // java.lang\r
+Clazz.declarePackage ("java.lang.ref");  // java.lang.ref\r
+java.lang.ref.reflect = java.lang.reflect;\r
+Clazz.declarePackage ("java.util");\r
+//var reflect = Clazz.declarePackage ("java.lang.reflect");\r
+Clazz.declarePackage ("java.security");\r
+\r
+\r
+/*\r
+ * Consider these interfaces are basic!\r
+ */\r
+Clazz.declareInterface (java.io,"Closeable");\r
+Clazz.declareInterface (java.io,"DataInput");\r
+Clazz.declareInterface (java.io,"DataOutput");\r
+Clazz.declareInterface (java.io,"Externalizable");\r
+Clazz.declareInterface (java.io,"Flushable");\r
+Clazz.declareInterface (java.io,"Serializable");\r
+Clazz.declareInterface (java.lang,"Iterable");\r
+Clazz.declareInterface (java.lang,"CharSequence");\r
+Clazz.declareInterface (java.lang,"Cloneable");\r
+Clazz.declareInterface (java.lang,"Appendable");\r
+Clazz.declareInterface (java.lang,"Comparable");\r
+Clazz.declareInterface (java.lang,"Runnable");\r
+Clazz.declareInterface (java.util,"Comparator");\r
+\r
+java.lang.ClassLoader = {\r
+       __CLASS_NAME__ : "ClassLoader"\r
+};\r
+\r
+/******************************************************************************\r
+ * Copyright (c) 2007 java2script.org and others.\r
+ * All rights reserved. This program and the accompanying materials\r
+ * are made available under the terms of the Eclipse Public License v1.0\r
+ * which accompanies this distribution, and is available at\r
+ * http://www.eclipse.org/legal/epl-v10.html\r
+ *\r
+ * Contributors:\r
+ *     Zhou Renjian - initial API and implementation\r
+ *****************************************************************************/\r
+/*******\r
+ * @author zhou renjian\r
+ * @create March 10, 2006\r
+ *******/\r
+\r
+/**\r
+ * Once ClassExt.js is part of Class.js.\r
+ * In order to make the Class.js as small as possible, part of its content\r
+ * is moved into this ClassExt.js.\r
+ *\r
+ * See also http://j2s.sourceforge.net/j2sclazz/\r
+ */\r
\r
+/**\r
+ * Clazz.MethodNotFoundException is used to notify the developer about calling\r
+ * methods with incorrect parameters.\r
+ */\r
+/* protected */\r
+// Override the Clazz.MethodNotFoundException in Class.js to give details\r
+var newMethodNotFoundException = function (obj, clazz, method, params) {\r
+       var paramStr = "";\r
+       if (params) {\r
+               paramStr = params.substring (1).replace (/\\/g, ",");\r
+       }\r
+       var leadingStr = "";\r
+       if (method && method != "construct") {\r
+               leadingStr = "Method";\r
+       } else {\r
+               leadingStr = "Constructor";\r
+       }\r
+       var message = leadingStr + " " + Clazz.getClassName (clazz, true) + "." \r
+                                       + method + "(" + paramStr + ") is not found!";\r
+  throw new java.lang.NoSuchMethodException(message);        \r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Prepare "callback" for instance of anonymous Class.\r
+ * For example for the callback:\r
+ *     this.callbacks.MyEditor.sayHello();\r
+ *     \r
+ * This is specifically for inner classes that are referring to \r
+ * outer class methods and fields.   \r
+ *\r
+ * @param objThis the host object for callback\r
+ * @param args arguments object. args[0] will be classThisObj -- the "this"\r
+ * object to be hooked\r
+ * \r
+ * Attention: parameters should not be null!\r
+ */\r
+/* protected */\r
+Clazz.prepareCallback = function (innerObj, args) {\r
+       var outerObj = args[0];\r
+       var cbName = "b$"; // "callbacks";\r
+       if (innerObj && outerObj && outerObj !== window) {\r
+               var className = Clazz.getClassName(outerObj, true);             \r
+               var obs = {};\r
+               if (innerObj[cbName]) // must make a copy!\r
+                       for (var s in innerObj[cbName])\r
+                               obs[s] = innerObj[cbName][s];\r
+               innerObj[cbName] = obs;\r
+               \r
+               /*\r
+                * TODO: the following line is SWT-specific! Try to move it out!\r
+                */\r
+               //                      obs[className.replace (/org\.eclipse\.swt\./, "$wt.")] = outerObj;\r
+\r
+       // all references to outer class and its superclass objects must be here as well\r
+               obs[className] = outerObj;\r
+               var clazz = Clazz.getClass(outerObj);\r
+               while (clazz.superClazz) {\r
+                       clazz = clazz.superClazz;\r
+                       /*\r
+                        * TODO: the following line is SWT-specific! Try to move it out!\r
+                        */\r
+                       //                              obs[Clazz.getClassName (clazz, true)\r
+                       //                                              .replace (/org\.eclipse\.swt\./, "$wt.")] = outerObj;\r
+                       obs[Clazz.getClassName(clazz, true)] = outerObj;\r
+               }\r
+               var cbs = outerObj[cbName];\r
+               if (cbs)\r
+                       for (var s in cbs)\r
+                               obs[s] = cbs[s];\r
+       }\r
+       // remove "this" argument\r
+       // note that args is an instance of arguments -- NOT an array; does not have the .shift() method!\r
+       for (var i = 0; i < args.length - 1; i++)\r
+               args[i] = args[i + 1];\r
+       args.length--;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Construct instance of the given inner class.\r
+ *\r
+ * @param classInner given inner class, alway with name like "*$*"\r
+ * @param innerObj this instance which can be used to call back.\r
+ * @param finalVars final variables which the inner class may use\r
+ * @return the constructed object\r
+ *\r
+ * @see Clazz#cloneFinals\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.innerTypeInstance = function (clazzInner, innerObj, finalVars) {\r
+       if (!clazzInner)\r
+               clazzInner = arguments.callee.caller;\r
+       var obj;\r
+       if (finalVars || innerObj.$finals) {\r
+                       obj = new clazzInner(innerObj, Clazz.inheritArgs);\r
+               // f$ is short for the once choosen "$finals"\r
+               if (finalVars) {\r
+                       if (innerObj.f$) {\r
+                               var o = {};\r
+                               for (var attr in innerObj.f$)\r
+                                       o[attr] = innerObj.f$[attr];\r
+                               for (var attr in finalVars)\r
+                                       o[attr] = finalVars[attr];\r
+                               obj.f$ = o;\r
+                       } else {\r
+                               obj.f$ = finalVars;\r
+                       }\r
+               } else if (innerObj.f$) {\r
+                       obj.f$ = innerObj.f$;\r
+               }\r
+       } else {\r
+               switch (arguments.length) {\r
+               case 3:\r
+                       return new clazzInner(innerObj);\r
+               case 4:\r
+                       return (innerObj.__CLASS_NAME__ == clazzInner.__CLASS_NAME__\r
+                                       && arguments[3] === Clazz.inheritArgs ? innerObj : new clazzInner(innerObj, arguments[3]));\r
+               case 5:\r
+                       return new clazzInner(innerObj, arguments[3], arguments[4]);\r
+               case 6:\r
+                       return new clazzInner(innerObj, arguments[3], arguments[4], \r
+                                       arguments[5]);\r
+               case 7:\r
+                       return new clazzInner(innerObj, arguments[3], arguments[4], \r
+                                       arguments[5], arguments[6]);\r
+               case 8:\r
+                       return new clazzInner(innerObj, arguments[3], arguments[4], \r
+                                       arguments[5], arguments[6], arguments[7]);\r
+               case 9:\r
+                       return new clazzInner(innerObj, arguments[3], arguments[4], \r
+                                       arguments[5], arguments[6], arguments[7], arguments[8]);\r
+               case 10:\r
+                       return new clazzInner(innerObj, arguments[3], arguments[4], \r
+                                       arguments[5], arguments[6], arguments[7], arguments[8],\r
+                                       arguments[9]);\r
+               default:\r
+                       //Should construct instance manually.\r
+                       obj = new clazzInner(innerObj, Clazz.inheritArgs);\r
+                       break;\r
+               }\r
+       }\r
+       var n = arguments.length - 3;\r
+       var args = new Array(n);\r
+       for (var i = n; --i >= 0;)\r
+               args[i] = arguments[i + 3];\r
+       Clazz.instantialize(obj, args);\r
+       return obj;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Clone variables whose modifier is "final".\r
+ * Usage: var o = Clazz.cloneFinals ("name", name, "age", age);\r
+ *\r
+ * @return Object with all final variables\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.cloneFinals = function () {\r
+       var o = {};\r
+       var len = arguments.length / 2;\r
+       for (var i = len; --i >= 0;)\r
+               o[arguments[i + i]] = arguments[i + i + 1];\r
+       return o;\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.isClassDefined = Clazz.isDefinedClass = function(clazzName) {\r
+       if (!clazzName) \r
+               return false;           /* consider null or empty name as non-defined class */\r
+       if (Clazz.allClasses[clazzName])\r
+               return true;\r
+       var pkgFrags = clazzName.split (/\./);\r
+       var pkg = null;\r
+       for (var i = 0; i < pkgFrags.length; i++)\r
+               if (!(pkg = (pkg ? pkg[pkgFrags[i]] : Clazz.allPackage[pkgFrags[0]]))) {\r
+                       return false;\r
+    }\r
+  return (pkg && (Clazz.allClasses[clazzName] = true));\r
+};\r
+/**\r
+ * Define the enum constant.\r
+ * @param classEnum enum type\r
+ * @param enumName enum constant\r
+ * @param enumOrdinal enum ordinal\r
+ * @param initialParams enum constant constructor parameters\r
+ * @return return defined enum constant\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.defineEnumConstant = function (clazzEnum, enumName, enumOrdinal, initialParams, clazzEnumExt) {\r
+       var o = (clazzEnumExt ? new clazzEnumExt() : new clazzEnum());\r
+       // BH avoids unnecessary calls to SAEM\r
+       o.$name = enumName;\r
+       o.$ordinal = enumOrdinal;\r
+       //Clazz.superConstructor (o, clazzEnum, [enumName, enumOrdinal]);\r
+       if (initialParams && initialParams.length)\r
+               o.construct.apply (o, initialParams);\r
+       clazzEnum[enumName] = o;\r
+       clazzEnum.prototype[enumName] = o;\r
+       if (!clazzEnum["$ values"]) {         // BH added\r
+               clazzEnum["$ values"] = []          // BH added\r
+               clazzEnum.values = function() {     // BH added\r
+                       return this["$ values"];          // BH added\r
+               };                                  // BH added\r
+       }\r
+       clazzEnum["$ values"].push(o);\r
+       return o;\r
+};\r
+\r
+//////// (int) conversions //////////\r
+\r
+Clazz.floatToInt = function (x) {\r
+       return x < 0 ? Math.ceil(x) : Math.floor(x);\r
+};\r
+\r
+Clazz.floatToByte = Clazz.floatToShort = Clazz.floatToLong = Clazz.floatToInt;\r
+Clazz.doubleToByte = Clazz.doubleToShort = Clazz.doubleToLong = Clazz.doubleToInt = Clazz.floatToInt;\r
+\r
+Clazz.floatToChar = function (x) {\r
+       return String.fromCharCode (x < 0 ? Math.ceil(x) : Math.floor(x));\r
+};\r
+\r
+Clazz.doubleToChar = Clazz.floatToChar;\r
+\r
+\r
+\r
+///////////////////////////////// Array additions //////////////////////////////\r
+//\r
+// BH: these are necessary for integer processing, especially\r
+//\r
+//\r
+\r
+var getArrayClone = function(nbits) {\r
+  return function() {\r
+    var me = this;\r
+    var n = me.length;\r
+    var a = (nbits == 32 ? new Int32Array(n) : new Float64Array(n));\r
+    for (var i = n; --i >= 0;)\r
+      a[i] = me[i];\r
+    return a; \r
+  }\r
+}\r
+\r
+if (self.Int32Array && self.Int32Array != Array) {\r
+       Clazz.haveInt32 = true;\r
+       if (!Int32Array.prototype.sort)\r
+               Int32Array.prototype.sort = Array.prototype.sort\r
+       if (!Int32Array.prototype.clone)\r
+               Int32Array.prototype.clone = getArrayClone(32);\r
+} else {\r
+       Int32Array = function(n) {\r
+               if (!n) n = 0;\r
+               var b = new Array(n);\r
+               b.toString = function(){return "[object Int32Array]"}\r
+               for (var i = 0; i < n; i++)b[i] = 0\r
+               return b;\r
+       }\r
+       Clazz.haveInt32 = false;\r
+       Int32Array.prototype.sort = Array.prototype.sort\r
+       Int32Array.prototype.clone = getArrayClone(32);\r
+       Int32Array.prototype.int32Fake = function(){};\r
+}\r
+\r
+if (self.Float64Array && self.Float64Array != Array) {\r
+       Clazz.haveFloat64 = true;\r
+       if (!Float64Array.prototype.sort)\r
+               Float64Array.prototype.sort = Array.prototype.sort\r
+       if (!Float64Array.prototype.clone)\r
+               Float64Array.prototype.clone = getArrayClone(64);\r
+} else {\r
+       Clazz.haveFloat64 = false;\r
+       Float64Array = function(n) {\r
+               if (!n) n = 0;\r
+               var b = new Array(n);\r
+               for (var i = 0; i < n; i++)b[i] = 0.0\r
+               return b;\r
+       };\r
+       Float64Array.prototype.sort = Array.prototype.sort\r
+       Float64Array.prototype.clone = getArrayClone(64);\r
+       Float64Array.prototype.float64Fake = function() {}; // "present"\r
+       Float64Array.prototype.toString = function() {return "[object Float64Array]"};\r
+// Darn! Mozilla makes this a double, not a float. It's 64-bit.\r
+// and Safari 5.1 doesn't have Float64Array \r
+}\r
+\r
+/**\r
+ * Make arrays.\r
+ *\r
+ * @return the created Array object\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.newArray  = function () {\r
+       if (arguments[0] instanceof Array) {\r
+               // recursive, from newArray(n,m,value)\r
+               // as newArray([m, value], newInt32Array)\r
+               var args = arguments[0];\r
+               var f = arguments[1];\r
+       } else {\r
+               var args = arguments;\r
+               var f = Array;\r
+       }\r
+       var dim = args[0];\r
+       if (typeof dim == "string") {\r
+               dim = dim.charCodeAt (0); // char\r
+       }\r
+       var len = args.length - 1;\r
+       var val = args[len];\r
+  switch (args.length) {\r
+  case 0: // never\r
+  case 1:\r
+               return []; // maybe never?\r
+  case 2:\r
+               if (val == null)\r
+               return new Array(dim);\r
+         if (f === true && Clazz.haveInt32) return new Int32Array(dim);\r
+         if (f === false && Clazz.haveFloat64) return new Float64Array(dim);\r
+               var arr = (f === true ? new Int32Array() : f === false ? new Float64Array() : dim < 0 ? val : new Array(dim));\r
+               for (var i = dim; --i >= 0;)\r
+               arr[i] = val;\r
+         return arr;\r
+  default:\r
+       var xargs = new Array (len);\r
+       for (var i = 0; i < len; i++) {\r
+               xargs[i] = args[i + 1];\r
+       }\r
+       var arr = new Array (dim);\r
+       if (val == null || val >= 0 || len > 2)\r
+               for (var i = 0; i < dim; i++) {\r
+               // Call recursively!\r
+                       arr[i] = Clazz.newArray (xargs, f);\r
+               }\r
+       return arr;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+Clazz.newArray32 = function(args, isInt32) {\r
+       var dim = args[0];\r
+       if (typeof dim == "string")\r
+               dim = dim.charCodeAt (0); // char\r
+       var len = args.length - 1;\r
+       var val = args[len];\r
+       switch (args.length) {\r
+       case 0:\r
+       case 1:  \r
+               alert ("ERROR IN newArray32 -- args.length < 2");\r
+               return new Array(0);\r
+       case 2:\r
+    var isDefined = (dim < 0);\r
+    if (isDefined)\r
+      dim = val.length;\r
+    var a = (val < 0 ? new Array(dim) : isInt32 ? new Int32Array(dim) : new Float64Array(dim));\r
+    if (isDefined)\r
+      for (var i = dim; --i >= 0;)\r
+        a[i] = val[i];\r
+    return a;\r
+       }\r
+       var xargs = new Array(len);\r
+       for (var i = len; --i >= 0;) {\r
+               xargs[i] = args[i + 1];\r
+       }\r
+       var arr = new Array (dim);\r
+       for (var i = 0; i < dim; i++) {\r
+               // Call newArray referencing this array type\r
+               // only for the final iteration, and only if val === 0\r
+               arr[i] = Clazz.newArray (xargs, isInt32);\r
+       }\r
+       return arr;\r
+};\r
+\r
+\r
+/**\r
+ * Make arrays.\r
+ *\r
+ * @return the created Array object\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.newInt32Array  = function () {\r
+       return Clazz.newArray32(arguments, true);\r
+}\r
+\r
+/**\r
+ * Make arrays.\r
+ *\r
+ * @return the created Array object\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz.newFloat64Array  = function () {\r
+       return Clazz.newArray32(arguments, false);\r
+}\r
+\r
+Clazz.newFloatArray = Clazz.newDoubleArray = Clazz.newFloat64Array;\r
+Clazz.newIntArray = Clazz.newLongArray = Clazz.newShortArray = Clazz.newByteArray = Clazz.newInt32Array;\r
+Clazz.newCharArray = Clazz.newBooleanArray = Clazz.newArray;\r
+\r
+//$_AI=Clazz.newIntArray;\r
+//$_AF=Clazz.newFloatArray;\r
+//$_AD=Clazz.newDoubleArray;\r
+//$_AL=Clazz.newLongArray;\r
+//$_AS=Clazz.newShortArray;\r
+//$_AB=Clazz.newByteArray;\r
+//$_AC=Clazz.newCharArray;\r
+//$_Ab=Clazz.newBooleanArray;\r
+\r
+\r
+var arrayIs = function(a, what) {\r
+       // for some reason, Number.constructor.toString() now gives "too much recursion"\r
+       return a.constructor && a.constructor != Number && a.constructor.toString().indexOf(what) >= 0\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAS = function(a) { // just checking first parameter\r
+       return (a && typeof a == "object" && arrayIs(a, " Array") && (typeof a[0] == "string" || typeof a[0] == "undefined"));\r
+}\r
+\r
+Clazz.isASS = function(a) {\r
+       return (a && typeof a == "object" && Clazz.isAS(a[0]));\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAP = function(a) {\r
+       return (a && Clazz.getClassName(a[0]) == "JU.P3");\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAI = function(a) {\r
+       return (a && typeof a == "object" && (Clazz.haveInt32 ? arrayIs(a, "Int32Array") : a.int32Fake ? true : false));\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAII = function(a) { // assumes non-null a[0]\r
+       return (a && typeof a == "object" && Clazz.isAI(a[0]));\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAF = function(a) {\r
+       return (a && typeof a == "object" && (Clazz.haveFloat64 ? arrayIs(a, "Float64Array") : a.float64Fake ? true : false));\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAFF = function(a) { // assumes non-null a[0]\r
+       return (a && typeof a == "object" && Clazz.isAF(a[0]));\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAFFF = function(a) { // assumes non-null a[0]\r
+       return (a && typeof a == "object" && Clazz.isAFF(a[0]));\r
+}\r
+\r
+Clazz.isAFloat = function(a) { // just checking first parameter\r
+       return (a && typeof a == "object" && arrayIs(a, " Array") && Clazz.instanceOf(a[0], Float));\r
+}\r
+\r
+\r
+/**\r
+ * Make the RunnableCompatiability instance as a JavaScript function.\r
+ *\r
+ * @param jsr Instance of RunnableCompatiability\r
+ * @return JavaScript function instance represents the method run of jsr.\r
+ */\r
+/* public */\r
+/*\r
+Clazz.makeFunction = function (jsr) {\r
+// never used in Jmol -- called by Enum, but not accessible to it -- part of SWT\r
+       return function(e) {\r
+               if (!e)\r
+                       e = window.event;\r
+               if (jsr.setEvent)\r
+                       jsr.setEvent(e);\r
+               jsr.run();\r
+               switch (jsr.returnSet) {\r
+               case 1: \r
+                       return jsr.returnNumber;\r
+               case 2:\r
+                       return jsr.returnBoolean;\r
+               case 3:\r
+                       return jsr.returnObject;\r
+               }\r
+       };\r
+};\r
+*/\r
+\r
+/* protected */\r
+Clazz.defineStatics = function (clazz) {\r
+       for (var j = arguments.length, i = (j - 1) / 2; --i >= 0;) {\r
+               var val = arguments[--j]\r
+               var name = arguments[--j];\r
+               clazz[name] = clazz.prototype[name] = val;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.prepareFields = function (clazz, fieldsFun) {\r
+       var stacks = [];\r
+       if (clazz.con$truct) {\r
+               var ss = clazz.con$truct.stacks;\r
+               var idx = 0;//clazz.con$truct.index;\r
+               for (var i = idx; i < ss.length; i++) {\r
+                       stacks[i] = ss[i];\r
+               }\r
+       }\r
+       addProto(clazz.prototype, "con$truct", clazz.con$truct = function () {\r
+               var stacks = arguments.callee.stacks;\r
+               if (stacks) {\r
+                       for (var i = 0; i < stacks.length; i++) {\r
+                               stacks[i].apply (this, []);\r
+                       }\r
+               }\r
+       });\r
+       stacks.push(fieldsFun);\r
+       clazz.con$truct.stacks = stacks;\r
+       clazz.con$truct.index = 0;\r
+};\r
+\r
+/*\r
+ * Serialize those public or protected fields in class \r
+ * net.sf.j2s.ajax.SimpleSerializable.\r
+ */\r
+/* protected */\r
+/*\r
+Clazz.registerSerializableFields = function (clazz) {\r
+       var args = arguments;\r
+       var length = args.length;\r
+       var newArr = [];\r
+       if (clazz.declared$Fields) {\r
+               for (var i = 0; i < clazz.declared$Fields.length; i++) {\r
+                       newArr[i] = clazz.declared$Fields[i];\r
+               }\r
+       }\r
+       clazz.declared$Fields = newArr;\r
+\r
+       if (length > 0 && length % 2 == 1) {\r
+               var fs = clazz.declared$Fields;\r
+               var n = (length - 1) / 2;\r
+               for (var i = 1; i <= n; i++) {\r
+                       var o = { name : args[i + i - 1], type : args[i + i] };\r
+                       var existed = false;\r
+                       for (var j = 0; j < fs.length; j++) {\r
+                               if (fs[j].name == o.name) { // reloaded classes\r
+                                       fs[j].type = o.type; // update type\r
+                                       existed = true;\r
+                                       break;\r
+                               }\r
+                       }\r
+                       if (!existed)\r
+                               fs.push(o);\r
+               }\r
+       }\r
+};\r
+*/\r
+/*\r
+ * Get the caller method for those methods that are wrapped by \r
+ * Clazz.searchAndExecuteMethod.\r
+ *\r
+ * @param args caller method's arguments\r
+ * @return caller method, null if there is not wrapped by \r
+ * Clazz.searchAndExecuteMethod or is called directly.\r
+ */\r
+/* protected */\r
+/*\r
+Clazz.getMixedCallerMethod = function (args) {\r
+       var o = {};\r
+       var argc = args.callee.caller; // tryToSearchAndExecute\r
+       if (argc && argc !== tryToSearchAndExecute) // inherited method's apply\r
+               argc = argc.arguments.callee.caller;\r
+       if (argc !== tryToSearchAndExecute\r
+               || (argc = argc.arguments.callee.caller) !== Clazz.searchAndExecuteMethod)\r
+               return null;\r
+       o.claxxRef = argc.arguments[1];\r
+       o.fxName = argc.arguments[2];\r
+       o.paramTypes = Clazz.getParamsType(argc.arguments[3]);  \r
+       argc = argc.arguments.callee.caller // Clazz.generateDelegatingMethod \r
+                                       && argc.arguments.callee.caller; // the private method's caller\r
+       if (!argc)\r
+               return null;\r
+       o.caller = argc;\r
+       return o;\r
+};\r
+*/\r
+/* BH -- The issue here is a subclass calling its private method FOO when\r
+ *       there is also a private method of the same name in its super class.\r
+ *       This can ALWAYS be avoided and, one could argue, is bad \r
+ *       program design anyway. In Jmol, the presence of this possibility\r
+ *       creates over 8000 references to the global $fx, which was only\r
+ *       checked in a few rare cases. We can then also remove $fz references.\r
+ *         \r
+ */\r
+\r
+/*\r
+ * Check and return super private method.\r
+ * In order make private methods be executed correctly, some extra javascript\r
+ * must be inserted into the beggining of the method body of the non-private \r
+ * methods that with the same method signature as following:\r
+ * <code>\r
+ *                     var $private = Clazz.checkPrivateMethod (arguments);\r
+ *                     if ($private) {\r
+ *                             return $private.apply (this, arguments);\r
+ *                     }\r
+ * </code>\r
+ * Be cautious about this. The above codes should be insert by Java2Script\r
+ * compiler or with double checks to make sure things work correctly.\r
+ *\r
+ * @param args caller method's arguments\r
+ * @return private method if there are private method fitted for the current \r
+ * calling environment\r
+ */\r
+/* public */\r
+\r
+Clazz.checkPrivateMethod = function () {\r
+  // get both this one and the one calling it\r
+  me = arguments.callee.caller;\r
+  caller = arguments.callee.caller.caller;\r
+  var stack = me.stacks;\r
+  // if their classes are the same, no issue\r
+  var mySig = "\\" + Clazz.getParamsType(arguments[0]).join("\\")\r
+  if (!me.privateNote) {\r
+    me.privateNote = "You are seeing this note because the method " \r
+    + me.exName + mySig + " in class " \r
+    + me.exClazz.__CLASS_NAME__\r
+    + " has a superclass method by the same name (possibly with the same parameters) that is private and "\r
+    + " therefore might be called improperly from this class. If your "\r
+    + " code does not run properly, or you want to make it run faster, change the name of this method to something else."\r
+    System.out.println(me.privateNote);\r
+    alert(me.privateNote);\r
+  }\r
+  /*\r
+  alert([me.exClazz.__CLASS_NAME__, me.exName,\r
+    caller.exClazz.__CLASS_NAME__, caller.exName,stack,mySig])\r
+  if (stack == null || caller.exClazz == me.exClazz)\r
+    return null;\r
+  // I am being called by a different class...\r
+  \r
+  for (var i = stack.length; --i >= 0;) {\r
+    if (stacks[i] != caller.claxxRef)\r
+      continue;\r
+    // and it is on MY class stack\r
+//    if (\r
+     \r
+  }\r
+  */\r
+  \r
+/*     var m = Clazz.getMixedCallerMethod (args);\r
+       if (m == null) return null;\r
+       var callerFx = m.claxxRef.prototype[m.caller.exName];\r
+       if (callerFx == null) return null; // may not be in the class hierarchies\r
+       var ppFun = null;\r
+       if (callerFx.claxxOwner ) {\r
+               ppFun = callerFx.claxxOwner.prototype[m.fxName];\r
+       } else {\r
+               var stacks = callerFx.stacks;\r
+               for (var i = stacks.length - 1; i >= 0; i--) {\r
+                       var fx = stacks[i].prototype[m.caller.exName];\r
+                       if (fx === m.caller) {\r
+                               ppFun = stacks[i].prototype[m.fxName];\r
+                       } else if (fx ) {\r
+                               for (var fn in fx) {\r
+                                       if (fn.indexOf ('\\') == 0 && fx[fn] === m.caller) {\r
+                                               ppFun = stacks[i].prototype[m.fxName];\r
+                                               break;\r
+                                       }\r
+                               }\r
+                       }\r
+                       if (ppFun) {\r
+                               break;\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       if (ppFun && ppFun.claxxOwner == null) {\r
+               ppFun = ppFun["\\" + m.paramTypes];\r
+       }\r
+       if (ppFun && ppFun.isPrivate && ppFun !== args.callee) {\r
+               return ppFun;\r
+       }\r
+*/  \r
+       return null;\r
+};\r
+\r
+\r
+//$fz = null; // for private method declaration\r
+\r
+\r
+// /*# {$no.debug.support} >>x #*/\r
+// /*\r
+//  * Option to switch on/off of stack traces.\r
+//  */\r
+// /* protect */\r
+//Clazz.tracingCalling = false;\r
+\r
+// /* private */\r
+// Clazz.callingStack = function (caller, owner) {\r
+//     this.caller = caller;\r
+//     this.owner = owner;\r
+// };\r
+\r
+/*# x<< #*/\r
+\r
+/**\r
+ * The first folder is considered as the primary folder.\r
+ * And try to be compatiable with _Loader system.\r
+ */\r
+/* private */\r
+\r
+\r
+/*** not used in Jmol\r
+ * *\r
+if (window["_Loader"] && _Loader.binaryFolders) {\r
+       Clazz.binaryFolders = _Loader.binaryFolders;\r
+} else {\r
+       Clazz.binaryFolders = ["j2s/", "", "j2slib/"];\r
+}\r
+\r
+Clazz.addBinaryFolder = function (bin) {\r
+       if (bin) {\r
+               var bins = Clazz.binaryFolders;\r
+               for (var i = 0; i < bins.length; i++) {\r
+                       if (bins[i] == bin) {\r
+                               return ;\r
+                       }\r
+               }\r
+               bins[bins.length] = bin;\r
+       }\r
+};\r
+Clazz.removeBinaryFolder = function (bin) {\r
+       if (bin) {\r
+               var bins = Clazz.binaryFolders;\r
+               for (var i = 0; i < bins.length; i++) {\r
+                       if (bins[i] == bin) {\r
+                               for (var j = i; j < bins.length - 1; j++) {\r
+                                       bins[j] = bins[j + 1];\r
+                               }\r
+                               bins.length--;\r
+                               return bin;\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       return null;\r
+};\r
+Clazz.setPrimaryFolder = function (bin) {\r
+       if (bin) {\r
+               Clazz.removeBinaryFolder (bin);\r
+               var bins = Clazz.binaryFolders;\r
+               for (var i = bins.length - 1; i >= 0; i--) {\r
+                       bins[i + 1] = bins[i];\r
+               }\r
+               bins[0] = bin;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+***/\r
+\r
+\r
+///////////////// special definitions of standard Java class methods ///////////\r
+\r
+/**\r
+ * This is a simple implementation for Clazz#load. It just ignore dependencies\r
+ * of the class. This will be fine for jar *.z.js file.\r
+ * It will be overriden by _Loader#load.\r
+ * For more details, see _Loader.js\r
+ */\r
+/* protected */\r
+/*\r
+Clazz.load = function (musts, clazz, optionals, declaration) {\r
+       // not used in Jmol\r
+       if (declaration)\r
+               declaration ();\r
+};\r
+*/\r
+\r
+/*\r
+ * Invade the Object prototype!\r
+ * TODO: make sure that invading Object prototype does not affect other\r
+ * existed library, such as Dojo, YUI, Prototype, ...\r
+ */\r
+java.lang.Object = Clazz._O;\r
+\r
+Clazz._O.getName = Clazz._innerFunctions.getName;\r
+\r
+\r
+java.lang.System = System = {\r
+       props : null, //new java.util.Properties (),\r
+       $props : {},\r
+       arraycopy : function (src, srcPos, dest, destPos, length) {\r
+               if (src !== dest) {\r
+                       for (var i = 0; i < length; i++) {\r
+                               dest[destPos + i] = src[srcPos + i];\r
+                       }\r
+               } else {\r
+                       var swap = [];\r
+                       for (var i = 0; i < length; i++) {\r
+                               swap[i] = src[srcPos + i];\r
+                       }\r
+                       for (var i = 0; i < length; i++) {\r
+                               dest[destPos + i] = swap[i];\r
+                       }\r
+               }\r
+       },\r
+       currentTimeMillis : function () {\r
+               return new Date ().getTime ();\r
+       },\r
+       gc : function() {}, // bh\r
+       getProperties : function () {\r
+               return System.props;\r
+       },\r
+       getProperty : function (key, def) {\r
+               if (System.props)\r
+                       return System.props.getProperty (key, def);\r
+               var v = System.$props[key];\r
+    if (typeof v != "undefined")\r
+      return v;\r
+    if (key.indexOf(".") > 0) {\r
+      v = null;    \r
+      switch (key) {\r
+      case "java.version":\r
+        v = "1.6";\r
+      case "file.separator":\r
+      case "path.separator":\r
+        v = "/";\r
+        break;        \r
+      case "line.separator":\r
+        v = (navigator.userAgent.indexOf("Windows") >= 0 ? "\r\n" : "\n");\r
+        break;\r
+      case "os.name":\r
+      case "os.version":\r
+        v = navigator.userAgent;\r
+        break;\r
+      }\r
+      if (v)\r
+        return System.$props[key] = v;\r
+    }\r
+    return (arguments.length == 1 ? null : def == null ? key : def); // BH\r
+       },\r
+       getSecurityManager : function() { return null },  // bh\r
+       setProperties : function (props) {\r
+               System.props = props;\r
+       },\r
+  lineSeparator : function() { return '\n' }, // bh\r
+       setProperty : function (key, val) {\r
+               if (!System.props)\r
+                       return System.$props[key] = val; // BH\r
+               System.props.setProperty (key, val);\r
+       }\r
+};\r
+\r
+System.identityHashCode=function(obj){\r
+  if(obj==null)\r
+    return 0;\r
+    \r
+        return obj._$hashcode || (obj._$hashcode = ++Clazz._hashCode)\r
+\r
+/*    \r
+  try{\r
+    return obj.toString().hashCode();\r
+  }catch(e){\r
+    var str=":";\r
+    for(var s in obj){\r
+     str+=s+":"\r
+    }\r
+    return str.hashCode();\r
+  }\r
+*/  \r
+}\r
+\r
+System.out = new Clazz._O ();\r
+System.out.__CLASS_NAME__ = "java.io.PrintStream";\r
+System.out.print = function () {};\r
+System.out.printf = function () {};\r
+System.out.println = function () {};\r
+System.out.write = function () {};\r
+\r
+System.err = new Clazz._O ();\r
+System.err.__CLASS_NAME__ = "java.io.PrintStream";\r
+System.err.print = function () {};\r
+System.err.printf = function () {};\r
+System.err.println = function () {};\r
+System.err.write = function () {};\r
+\r
+Clazz.popup = Clazz.assert = Clazz.log = Clazz.error = window.alert;\r
+\r
+Thread = function () {};\r
+Thread.J2S_THREAD = Thread.prototype.J2S_THREAD = new Thread ();\r
+Thread.currentThread = Thread.prototype.currentThread = function () {\r
+       return this.J2S_THREAD;\r
+};\r
+\r
+/* not used in Jmol\r
+Clazz.intCast = function (n) { // 32bit\r
+       var b1 = (n & 0xff000000) >> 24;\r
+       var b2 = (n & 0xff0000) >> 16;\r
+       var b3 = (n & 0xff00) >> 8;\r
+       var b4 = n & 0xff;\r
+       if ((b1 & 0x80) != 0) {\r
+               return -(((b1 & 0x7f) << 24) + (b2 << 16) + (b3 << 8) + b4 + 1);\r
+       } else {\r
+               return (b1 << 24) + (b2 << 16) + (b3 << 8) + b4;\r
+       }\r
+};\r
+Clazz.shortCast = function (s) { // 16bit\r
+       var b1 = (n & 0xff00) >> 8;\r
+       var b2 = n & 0xff;\r
+       if ((b1 & 0x80) != 0) {\r
+               return -(((b1 & 0x7f) << 8) + b2 + 1);\r
+       } else {\r
+               return (b1 << 8) + b4;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+Clazz.byteCast = function (b) { // 8bit\r
+       if ((b & 0x80) != 0) {\r
+               return -((b & 0x7f) + 1);\r
+       } else {\r
+               return b & 0xff;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+Clazz.charCast = function (c) { // 8bit\r
+       return String.fromCharCode (c & 0xff).charAt (0);\r
+};\r
+\r
+Clazz.floatCast = function (f) { // 32bit\r
+       return f;\r
+};\r
+\r
+*/\r
+\r
+\r
+/*\r
+ * Try to fix JavaScript's shift operator defects on long type numbers.\r
+ */\r
+\r
+/* not used in Jmol\r
+\r
+Clazz.longMasks = [];\r
+\r
+Clazz.longReverseMasks = [];\r
+\r
+Clazz.longBits = [];\r
+\r
+;(function () {\r
+       var arr = [1];\r
+       for (var i = 1; i < 53; i++) {\r
+               arr[i] = arr[i - 1] + arr[i - 1]; // * 2 or << 1\r
+       }\r
+       Clazz.longBits = arr;\r
+       Clazz.longMasks[52] = arr[52];\r
+       for (var i = 51; i >= 0; i--) {\r
+               Clazz.longMasks[i] = Clazz.longMasks[i + 1] + arr[i];\r
+       }\r
+       Clazz.longReverseMasks[0] = arr[0];\r
+       for (var i = 1; i < 52; i++) {\r
+               Clazz.longReverseMasks[i] = Clazz.longReverseMasks[i - 1] + arr[i];\r
+       }\r
+}) ();\r
+\r
+\r
+Clazz.longLeftShift = function (l, o) { // 64bit\r
+       if (o == 0) return l;\r
+       if (o >= 64) return 0;\r
+       if (o > 52) {\r
+               error ("[Java2Script] Error : JavaScript does not support long shift!");\r
+               return l;\r
+       }\r
+       if ((l & Clazz.longMasks[o - 1]) != 0) {\r
+               error ("[Java2Script] Error : Such shift operator results in wrong calculation!");\r
+               return l;\r
+       }\r
+       var high = l & Clazz.longMasks[52 - 32 + o];\r
+       if (high != 0) {\r
+               return high * Clazz.longBits[o] + (l & Clazz.longReverseMasks[32 - o]) << 0;\r
+       } else {\r
+               return l << o;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+Clazz.intLeftShift = function (n, o) { // 32bit\r
+       return (n << o) & 0xffffffff;\r
+};\r
+\r
+Clazz.longRightShift = function (l, o) { // 64bit\r
+       if ((l & Clazz.longMasks[52 - 32]) != 0) {\r
+               return Math.round((l & Clazz.longMasks[52 - 32]) / Clazz.longBits[32 - o]) + (l & Clazz.longReverseMasks[o]) >> o;\r
+       } else {\r
+               return l >> o;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+Clazz.intRightShift = function (n, o) { // 32bit\r
+       return n >> o; // no needs for this shifting wrapper\r
+};\r
+\r
+Clazz.long0RightShift = function (l, o) { // 64bit\r
+       return l >>> o;\r
+};\r
+\r
+Clazz.int0RightShift = function (n, o) { // 64bit\r
+       return n >>> o; // no needs for this shifting wrapper\r
+};\r
+\r
+*/\r
+// Compress the common public API method in shorter name\r
+//$_L=Clazz.load;\r
+//$_W=Clazz.declareAnonymous;$_T=Clazz.declareType;\r
+//$_J=Clazz.declarePackage;$_C=Clazz.decorateAsClass;\r
+//$_Z=Clazz.instantialize;$_I=Clazz.declareInterface;$_D=Clazz.isClassDefined;\r
+//$_H=Clazz.pu$h;$_P=Clazz.p0p;$_B=Clazz.prepareCallback;\r
+//$_N=Clazz.innerTypeInstance;$_K=Clazz.makeConstructor;$_U=Clazz.superCall;$_R=Clazz.superConstructor;\r
+//$_M=Clazz.defineMethod;$_V=Clazz.overrideMethod;$_S=Clazz.defineStatics;\r
+//$_E=Clazz.defineEnumConstant;\r
+//$_F=Clazz.cloneFinals;\r
+//$_Y=Clazz.prepareFields;$_A=Clazz.newArray;$_O=Clazz.instanceOf;\r
+//$_G=Clazz.inheritArgs;$_X=Clazz.checkPrivateMethod;$_Q=Clazz.makeFunction;\r
+//$_s=Clazz.registerSerializableFields;\r
+//$_k=Clazz.overrideConstructor;\r
+\r
+\r
+/////////////////////// inner function support /////////////////////////////////\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.innerFunctionNames = Clazz.innerFunctionNames.concat ([\r
+    "getSuperclass", "isAssignableFrom", \r
+    "getConstructor", \r
+    "getDeclaredMethod", "getDeclaredMethods",\r
+    "getMethod", "getMethods",   \r
+               "getModifiers", /*"isArray",*/ "newInstance"]);\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz._innerFunctions.getSuperclass = function () {\r
+       return this.superClazz; \r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz._innerFunctions.isAssignableFrom = function (clazz) {\r
+       return Clazz.getInheritedLevel (clazz, this) >= 0;      \r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz._innerFunctions.getConstructor = function () {\r
+       return new java.lang.reflect.Constructor (this, [], [], \r
+                       java.lang.reflect.Modifier.PUBLIC);\r
+};\r
+/**\r
+ * TODO: fix bug for polymorphic methods!\r
+ */\r
+/* public */\r
+Clazz._innerFunctions.getDeclaredMethods = Clazz._innerFunctions.getMethods = function () {\r
+       var ms = [];\r
+       var p = this.prototype;\r
+       for (var attr in p) {\r
+               if (typeof p[attr] == "function" && !p[attr].__CLASS_NAME__) {\r
+                       /* there are polynormical methods. */\r
+                       ms.push(new java.lang.reflect.Method (this, attr,\r
+                                       [], java.lang.Void, [], java.lang.reflect.Modifier.PUBLIC));\r
+               }\r
+       }\r
+       p = this;\r
+       for (var attr in p) {\r
+               if (typeof p[attr] == "function" && !p[attr].__CLASS_NAME__) {\r
+                       ms.push(new java.lang.reflect.Method (this, attr,\r
+                                       [], java.lang.Void, [], java.lang.reflect.Modifier.PUBLIC\r
+                                       | java.lang.reflect.Modifier.STATIC));\r
+               }\r
+       }\r
+       return ms;\r
+};\r
+/* public */\r
+Clazz._innerFunctions.getDeclaredMethod = Clazz._innerFunctions.getMethod = function (name, clazzes) {\r
+       var p = this.prototype;\r
+       for (var attr in p) {\r
+               if (name == attr && typeof p[attr] == "function" \r
+                               && !p[attr].__CLASS_NAME__) {\r
+                       /* there are polynormical methods. */\r
+                       return new java.lang.reflect.Method (this, attr,\r
+                                       [], java.lang.Void, [], java.lang.reflect.Modifier.PUBLIC);\r
+               }\r
+       }\r
+       p = this;\r
+       for (var attr in p) {\r
+               if (name == attr && typeof p[attr] == "function" \r
+                               && !p[attr].__CLASS_NAME__) {\r
+                       return new java.lang.reflect.Method (this, attr,\r
+                                       [], java.lang.Void, [], java.lang.reflect.Modifier.PUBLIC\r
+                                       | java.lang.reflect.Modifier.STATIC);\r
+               }\r
+       }\r
+       return null;\r
+};\r
+/* public */\r
+Clazz._innerFunctions.getModifiers = function () {\r
+       return java.lang.reflect.Modifier.PUBLIC;\r
+};\r
+\r
+Clazz._innerFunctions.newInstance = function (a) {\r
+       var clz = this;\r
+  switch(a == null ? 0 : a.length) {\r
+  case 0:\r
+    return new clz();\r
+  case 1:\r
+       return new clz(a[0]);\r
+  case 2:\r
+       return new clz(a[0], a[1]);\r
+  case 3:\r
+       return new clz(a[0], a[1], a[2]);\r
+  case 4:\r
+       return new clz(a[0], a[1], a[2], a[3]);\r
+  default:\r
+    var x = "new " + clz.__CLASS_NAME__ + "(";\r
+    for (var i = 0; i < a.length; i++)\r
+     x += (i == 0 ? "" : ",") + "a[" + i + "]";\r
+    x += ")";\r
+    return eval(x);\r
+  }\r
+};\r
+\r
+//Object.newInstance = Clazz._innerFunctions.newInstance;\r
+;(function(){  // BH added wrapper here\r
+       var inF = Clazz.innerFunctionNames;\r
+       for (var i = 0; i < inF.length; i++) {\r
+               Clazz._O[inF[i]] = Clazz._innerFunctions[inF[i]];\r
+               Array[inF[i]] = Clazz._innerFunctions[inF[i]];\r
+       }\r
+       //Array["isArray"] = function () {\r
+       //      return true;\r
+       //};\r
+})();\r
+\r
+//////////////////////////// hotspot and unloading /////////////////////////////\r
+/* For hotspot and unloading */\r
+\r
+if (window["Clazz"] && !window["Clazz"].unloadClass) {\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.unloadClass = function (qClazzName) {\r
+       var cc = Clazz.evalType (qClazzName);\r
+       if (cc) {\r
+               Clazz.unloadedClasses[qClazzName] = cc;\r
+               var clazzName = qClazzName;\r
+               var pkgFrags = clazzName.split (/\./);\r
+               var pkg = null;\r
+               for (var i = 0; i < pkgFrags.length - 1; i++)\r
+                       pkg = (pkg ? pkg[pkgFrags[i]] : Clazz.allPackage[pkgFrags[0]]);\r
+               if (!pkg) {\r
+                       Clazz.allPackage[pkgFrags[0]] = null;\r
+                       window[pkgFrags[0]] = null;\r
+                       // also try to unload inner or anonymous classes\r
+                       for (var c in window) {\r
+                               if (c.indexOf (qClazzName + "$") == 0) {\r
+                                       Clazz.unloadClass (c);\r
+                                       window[c] = null;\r
+                               }\r
+                       }\r
+               } else {\r
+                       pkg[pkgFrags[pkgFrags.length - 1]] = null;\r
+                       // also try to unload inner or anonymous classes\r
+                       for (var c in pkg) {\r
+                               if (c.indexOf (pkgFrags[pkgFrags.length - 1] + "$") == 0) {\r
+                                       Clazz.unloadClass (pkg.__PKG_NAME__ + "." + c);\r
+                                       pkg[c] = null;\r
+                               }\r
+                       }\r
+               }\r
+\r
+               if (Clazz.allClasses[qClazzName]) {\r
+                       Clazz.allClasses[qClazzName] = false;\r
+                       // also try to unload inner or anonymous classes\r
+                       for (var c in Clazz.allClasses) {\r
+                               if (c.indexOf (qClazzName + "$") == 0) {\r
+                                       Clazz.allClasses[c] = false;\r
+                               }\r
+                       }\r
+               }\r
+\r
+               for (var m in cc) {\r
+                       cleanDelegateMethod (cc[m]);\r
+               }\r
+               for (var m in cc.prototype) {\r
+                       cleanDelegateMethod (cc.prototype[m]);\r
+               }\r
+\r
+               if (Clazz._Loader) {\r
+                       Clazz._Loader.unloadClassExt(qClazzName);\r
+               }\r
+\r
+               return true;\r
+       }\r
+       return false;\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var cleanDelegateMethod = function (m) {\r
+       if (!m) \r
+               return;\r
+       if (typeof m == "function" && m.lastMethod\r
+                       && m.lastParams && m.lastClaxxRef) {\r
+               m.lastMethod = null;\r
+               m.lastParams = null;\r
+               m.lastClaxxRef = null;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+} // if (window["Clazz"] && !window["Clazz"].unloadClass)\r
+\r
+/******************************************************************************\r
+ * Copyright (c) 2007 java2script.org and others.\r
+ * All rights reserved. This program and the accompanying materials\r
+ * are made available under the terms of the Eclipse Public License v1.0\r
+ * which accompanies this distribution, and is available at\r
+ * http://www.eclipse.org/legal/epl-v10.html\r
+ *\r
+ * Contributors:\r
+ *     Zhou Renjian - initial API and implementation\r
+ *****************************************************************************/\r
+/*******\r
+ * @author zhou renjian\r
+ * @create July 10, 2006\r
+ *******/\r
+\r
+//if (window["ClazzNode"] == null) {\r
+/**\r
+ * TODO:\r
+ * Make optimization over class dependency tree.\r
+ */\r
+\r
+/*\r
+ * ClassLoader Summary\r
+ * \r
+ * ClassLoader creates SCRIPT elements and setup class path and onload \r
+ * callback to continue class loading.\r
+ *\r
+ * In the onload callbacks, _Loader will try to calculate the next-to-be-\r
+ * load *.js and load it. In *.js, it will contains some codes like\r
+ * Clazz.load (..., "$wt.widgets.Control", ...);\r
+ * to provide information to build up the class dependency tree.\r
+ *\r
+ * Some known problems of different browsers:\r
+ * 1. In IE, loading *.js through SCRIPT will first triggers onreadstatechange \r
+ * event, and then executes inner *.js source.\r
+ * 2. In Firefox, loading *.js will first executes *.js source and then \r
+ * triggers onload event.\r
+ * 3. In Opera, similar to IE, but trigger onload event. (TODO: More details \r
+ * should be studied. Currently, Opera supports no multiple-thread-loading)\r
+ * \r
+ * For class dependency tree, actually, it is not a tree. It is a reference\r
+ * net with nodes have n parents and n children. There is a root, which \r
+ * ClassLoader knows where to start searching and loading classes, for such\r
+ * a net. Each node is a class. Each class may require a set of must-classes, \r
+ * which must be loaded before itself getting initialized, and also need a set\r
+ * of optional classes, which also be loaded before being called.\r
+ *\r
+ * The class loading status will be in 6 stages.\r
+ * 1. Unknown, the class is newly introduced by other class.\r
+ * 2. Known, the class is already mentioned by other class.\r
+ * 3. Loaded, *.js source is in memory, but may not be initialized yet. It \r
+ * requires all its must-classes be intiailized, which is in the next stage.\r
+ * 4. Musts loaded, all must classes is already loaded and declared.\r
+ * 5. Delcared, the class is already declared (_Loader#isClassDefined).\r
+ * 6. Optionals loaded, all optional classes is loaded and declared.\r
+ *\r
+ * The ClassLoader tries to load all necessary classes in order, and intialize\r
+ * them in order. For such job, it will traverse the dependency tree, and try \r
+ * to next class to-be-loaded. Sometime, the class dependencies may be in one\r
+ * or more cycles, which must be broken down so classes is loaded in correct\r
+ * order.\r
+ *\r
+ * Loading order and intializing order is very important for the ClassLoader.\r
+ * The following technical options are considered:\r
+ * 1. SCRIPT is loading asynchronously, which means controling order must use\r
+ * callback methods to continue.\r
+ * 2. Multiple loading threads are later introduced, which requires the \r
+ * ClassLoader should use variables to record the class status.\r
+ * 3. Different browsers have different loading orders, which means extra tests\r
+ * should be tested to make sure loading order won't be broken.\r
+ * 4. Java2Script simulator itself have some loading orders that must be \r
+ * honored, which means it should be integrated seamlessly to Clazz system.\r
+ * 5. Packed *.z.js is introduced to avoid lots of small *.js which requires \r
+ * lots of HTTP connections, which means that packed *.z.js should be treated\r
+ * specially (There will be mappings for such packed classes).\r
+ * 6. *.js or *.css loading may fail according to network status, which means\r
+ * another loading try should be performed, so _Loader is more robust.\r
+ * 7. SWT lazy loading is later introduced, which means that class loading\r
+ * process may be paused and should be resumed later.\r
+ *\r
+ * Some known bugs:\r
+ * <code>$_L(["$wt.graphics.Drawable","$wt.widgets.Widget"],\r
+ *  "$wt.widgets.Control", ...</code>\r
+ * has errors while must classes in different order such as\r
+ * <code>$_L(["$wt.widgets.Widget", "$wt.graphics.Drawable"],\r
+ *  "$wt.widgets.Control", ...</code>\r
+ * has no error.\r
+ * \r
+ * Other maybe bug scenarios:\r
+ * 1. In <code>_Loader.maxLoadingThreads = 1;</code> single loading thread \r
+ * mode, there are no errors, but in default multiple thread loading mode, \r
+ * there are errors.\r
+ * 2. No errors in one browser, but has errors on other browsers (Browser \r
+ * script loading order differences).\r
+ * 3. First time loading has errors, but reloading it gets no errors (Maybe \r
+ * HTTP connections timeout, but should not accur in local file system, or it\r
+ * is a loading bug by using JavaScript timeout thread).\r
+ */\r
+\r
+/*\r
+ * The following comments with "#" are special configurations for a much\r
+ * smaller *.js file size.\r
+ *\r
+ * @see net.sf.j2s.lib/src/net/sf/j2s/lib/build/SmartJSCompressor.java\r
+ */\r
+/**\r
+ * Static class loader class\r
+ */\r
+Clazz._Loader = Clazz.ClazzLoader = function () {};\r
+\r
+/**\r
+ * Class dependency tree node\r
+ */\r
+/* private */\r
+var Node = function () {\r
+       this.parents = [];\r
+       this.musts = [];\r
+       this.optionals = [];\r
+       this.declaration = null;\r
+       this.name = null; // id\r
+       this.path = null;\r
+//     this.requires = null;\r
+//     this.requiresMap = null;\r
+       this.onLoaded = null;\r
+       this.status = 0;\r
+       this.random = 0.13412;\r
+};\r
+\r
+\r
+;(function(Clazz, _Loader) {\r
+\r
+_Loader._checkLoad = Jmol._checkLoad;\r
\r
+_Loader.updateNodeForFunctionDecoration = function(qName) {\r
+       var node = findNode(qName);\r
+       if (node && node.status == Node.STATUS_KNOWN) {\r
+               window.setTimeout((function(nnn) {\r
+                       return function() {\r
+                               updateNode(nnn);\r
+                       };\r
+               })(node), 1);\r
+       }\r
+}\r
+\r
+Node.prototype.toString = function() {\r
+       return this.name || this.path || "ClazzNode";\r
+}\r
+\r
+Node.STATUS_UNKNOWN = 0;\r
+Node.STATUS_KNOWN = 1;\r
+Node.STATUS_CONTENT_LOADED = 2;\r
+Node.STATUS_MUSTS_LOADED = 3;\r
+Node.STATUS_DECLARED = 4;\r
+Node.STATUS_LOAD_COMPLETE = 5;\r
+\r
+                                                \r
+var loaders = [];\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.requireLoaderByBase = function (base) {\r
+       for (var i = 0; i < loaders.length; i++) {\r
+               if (loaders[i].base == base) {\r
+                       return loaders[i];\r
+               }\r
+       }\r
+       var loader = new _Loader ();\r
+       loader.base = base; \r
+       loaders.push(loader);\r
+       return loader;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Class dependency tree\r
+ */\r
+var clazzTreeRoot = new Node();\r
+\r
+/**\r
+ * Used to keep the status whether a given *.js path is loaded or not.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var loadedScripts = {};\r
+\r
+/**\r
+ * Multiple threads are used to speed up *.js loading.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var inLoadingThreads = 0;\r
+\r
+/**\r
+ * Maximum of loading threads\r
+ */\r
+/* private */\r
+var maxLoadingThreads = 6;\r
+\r
+var userAgent = navigator.userAgent.toLowerCase ();\r
+var isOpera = (userAgent.indexOf ("opera") != -1);\r
+var isIE = (userAgent.indexOf ("msie") != -1) && !isOpera;\r
+var isGecko = (userAgent.indexOf ("gecko") != -1);\r
+\r
+/*\r
+ * Opera has different loading order which will result in performance degrade!\r
+ * So just return to single thread loading in Opera!\r
+ *\r
+ * FIXME: This different loading order also causes bugs in single thread!\r
+ */\r
+if (isOpera) {\r
+       maxLoadingThreads = 1;\r
+       var index = userAgent.indexOf ("opera/");\r
+       if (index != -1) {\r
+               var verNumber = 9.0;\r
+               try {\r
+                       verNumber = parseFloat(userAgent.subString (index + 6));\r
+               } catch (e) {}\r
+               if (verNumber >= 9.6) {\r
+                       maxLoadingThreads = 6;\r
+               }\r
+       } \r
+}\r
+\r
+/**\r
+ * Try to be compatiable with Clazz system.\r
+ * In original design _Loader and Clazz are independent!\r
+ *  -- zhourenjian @ December 23, 2006\r
+ */\r
+var isClassdefined;\r
+var definedClasses;\r
+\r
+if (self.Clazz && Clazz.isClassDefined) {\r
+       isClassDefined = Clazz.isClassDefined;\r
+} else {\r
+       definedClasses = {};\r
+       isClassDefined = function (clazzName) {\r
+               return definedClasses[clazzName] == true;\r
+       };\r
+}\r
+\r
+/**\r
+ * Expand the shortened list of class names.\r
+ * For example:\r
+ * JU.Log, $.Display, $.Decorations\r
+ * will be expanded to \r
+ * JU.Log, JU.Display, JU.Decorations\r
+ * where "$." stands for the previous class name's package.\r
+ *\r
+ * This method will be used to unwrap the required/optional classes list and \r
+ * the ignored classes list.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var unwrapArray = function (arr) {\r
+       if (!arr || arr.length == 0)\r
+               return [];\r
+       var last = null;\r
+       for (var i = 0; i < arr.length; i++) {\r
+               if (!arr[i])\r
+                       continue;\r
+               if (arr[i].charAt (0) == '$') {\r
+                       if (arr[i].charAt (1) == '.') {\r
+                               if (!last)\r
+                                       continue;\r
+                               var idx = last.lastIndexOf (".");\r
+                               if (idx != -1) {\r
+                                       var prefix = last.substring (0, idx);\r
+                                       arr[i] = prefix + arr[i].substring (1);\r
+                               }\r
+                       } else {\r
+                               arr[i] = "org.eclipse.s" + arr[i].substring (1);\r
+                       }\r
+               }\r
+               last = arr[i];\r
+       }\r
+       return arr;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Used to keep to-be-loaded classes.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var classQueue = [];\r
+\r
+/* private */\r
+var classpathMap = {};\r
+\r
+/* private */\r
+var pkgRefCount = 0;\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.loadPackageClasspath = function (pkg, base, isIndex, fSuccess, mode, pt) {\r
+       var map = classpathMap;\r
+       mode || (mode = 0);\r
+       fSuccess || (fSuccess = null);\r
+       pt || (pt = 0);\r
+\r
+       /*\r
+        * In some situation, maybe,\r
+        * _Loader.packageClasspath ("java", ..., true);\r
+        * is called after other _Loader#packageClasspath, e.g.\r
+        * <code>\r
+        * _Loader.packageClasspath ("org.eclipse.swt", "...", true);\r
+        * _Loader.packageClasspath ("java", "...", true);\r
+        * </code>\r
+        * which is not recommended. But _Loader should try to adjust orders\r
+        * which requires "java" to be declared before normal _Loader\r
+        * #packageClasspath call before that line! And later that line\r
+        * should never initialize "java/package.js" again!\r
+        */\r
+       var isPkgDeclared = (isIndex && map["@" + pkg]);\r
+       if (mode == 0 && isIndex && !map["@java"] && pkg.indexOf ("java") != 0 && needPackage("java")) {\r
+               _Loader.loadPackage("java", fSuccess ? function(_package){_Loader.loadPackageClasspath(pkg, base, isIndex, fSuccess, 1)} : null);\r
+               if (fSuccess)\r
+                       return;\r
+       }\r
+       if (pkg instanceof Array) {\r
+               unwrapArray(pkg);\r
+               if (fSuccess) {\r
+                       if (pt < pkg.length)\r
+                               _Loader.loadPackageClasspath(pkg[pt], base, isIndex, function(_loadPackageClassPath){_Loader.loadPackageClasspath(pkg, base, isIndex, fSuccess, 1, pt + 1)}, 1);\r
+                       else\r
+                               fSuccess();\r
+               } else {\r
+                       for (var i = 0; i < pkg.length; i++)\r
+                               _Loader.loadPackageClasspath(pkg[i], base, isIndex, null);\r
+               }\r
+               return;\r
+       }\r
+       switch (pkg) {\r
+       case "java.*":\r
+               pkg = "java";\r
+               // fall through\r
+       case "java":\r
+               if (base) {\r
+                       // support ajax for default\r
+                       var key = "@net.sf.j2s.ajax";\r
+                       if (!map[key])\r
+                               map[key] = base;\r
+                       key = "@net.sf.j2s";\r
+                       if (!map[key])\r
+                               map[key] = base;\r
+               }               \r
+               break;\r
+       case "swt":\r
+               pkg = "org.eclipse.swt";\r
+               break;\r
+       case "ajax":\r
+               pkg = "net.sf.j2s.ajax";\r
+               break;\r
+       case "j2s":\r
+               pkg = "net.sf.j2s";\r
+               break;\r
+       default:\r
+               if (pkg.lastIndexOf(".*") == pkg.length - 2)\r
+                       pkg = pkg.substring(0, pkg.length - 2);\r
+               break;\r
+       }\r
+       if (base) // critical for multiple applets\r
+               map["@" + pkg] = base;\r
+       if (isIndex && !isPkgDeclared && !window[pkg + ".registered"]) {\r
+               pkgRefCount++;\r
+               if (pkg == "java")\r
+                       pkg = "core" // JSmol -- moves java/package.js to core/package.js\r
+               _Loader.loadClass(pkg + ".package", function () {\r
+                                       if (--pkgRefCount == 0)\r
+                                               runtimeLoaded();\r
+                                       //fSuccess && fSuccess();\r
+                               }, true, true, 1);\r
+               return;\r
+       }\r
+       fSuccess && fSuccess();\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * BH: allows user/developer to load classes even though wrapping and Google\r
+ * Closure Compiler has not been run on the class.\r
+ *   \r
+ */\r
+Clazz.loadClass = function (name, onLoaded, async) {\r
+  if (!self.Class) {\r
+    Class = Clazz;\r
+    Class.forName = Clazz._4Name;\r
+    JavaObject = Clazz._O;\r
+    // maybe more here\r
+  }\r
+  return (name && _Loader.loadClass(name, onLoaded, true, async, 1));\r
+}\r
+\r
+/**\r
+ * Load the given class ant its related classes.\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.loadClass = function (name, onLoaded, forced, async, mode) {\r
+\r
+  mode || (mode = 0); // BH: not implemented\r
+  (async == null) && (async = false);\r
+  \r
+       if (typeof onLoaded == "boolean")\r
+               return Clazz.evalType(name);\r
+\r
+  System.out.println("loadClass " + name)\r
+\r
+       // Make sure that packageClasspath ("java", base, true); \r
+       // is called before any _Loader#loadClass is called.\r
+\r
+       if (needPackage("java"))\r
+               _Loader.loadPackage("java");\r
+       if (needPackage("core"))\r
+               _Loader.loadPackage("core");    \r
+\r
+//     var swtPkg = "org.eclipse.swt";\r
+//     if (name.indexOf (swtPkg) == 0 || name.indexOf ("$wt") == 0) {\r
+//             _Loader.assurePackageClasspath (swtPkg);\r
+//     }\r
+//     if (name.indexOf ("junit") == 0) {\r
+//             _Loader.assurePackageClasspath ("junit");\r
+//     }\r
+\r
+       // Any _Loader#loadClass calls will be queued until java.* core classes are loaded.\r
+\r
+       _Loader.keepOnLoading = true;\r
+       \r
+       if (!forced && (pkgRefCount && name.lastIndexOf(".package") != name.length - 8\r
+                       || name.indexOf("java.") != 0 && !isClassDefined(runtimeKeyClass)\r
+                )) {   \r
+               queueBe4KeyClazz.push([name, onLoaded]);\r
+    \r
+    \r
+  System.out.println("loadclass-queuing" + name+ runtimeKeyClass + " "+ isClassDefined(runtimeKeyClass))\r
+\r
+               return;    \r
+       }\r
+       var b;\r
+       if ((b = isClassDefined(name)) || isClassExcluded(name)) {\r
+               if (b && onLoaded) {\r
+                       var nn = findNode(name);\r
+                       if (!nn || nn.status >= Node.STATUS_LOAD_COMPLETE) {\r
+                               if (async) {\r
+                                       window.setTimeout(onLoaded, 25);\r
+                               } else {\r
+                                       onLoaded();\r
+                               }\r
+                       }\r
+               }\r
+               return;\r
+       }\r
+       var path = _Loader.getClasspathFor(name);\r
+  var existed = loadedScripts[path];\r
+       var qq = classQueue;\r
+       if (!existed)\r
+               for (var i = qq.length; --i >= 0;)\r
+                       if (qq[i].path == path || qq[i].name == name) {\r
+                               existed = true;\r
+                               break;\r
+                       }\r
+       if (existed) {\r
+               if (onLoaded) {\r
+                       var n = findNode(name);\r
+                       if (n) {\r
+                               if (!n.onLoaded) {\r
+                                       n.onLoaded = onLoaded;\r
+                               } else if (onLoaded != n.onLoaded) {\r
+                                       n.onLoaded = (function (nF, oF) { return function () { nF(); oF() };    }) (n.onLoaded, onLoaded);\r
+                               }\r
+                       }\r
+               }\r
+               return;\r
+       }\r
+\r
+       var n = (Clazz.unloadedClasses[name] && findNode(name) || new Node());\r
+       n.name = name;\r
+       n.path = path;\r
+       n.isPackage = (path.lastIndexOf("package.js") == path.length - 10);\r
+       mappingPathNameNode(path, name, n);\r
+       n.onLoaded = onLoaded;\r
+       n.status = Node.STATUS_KNOWN;\r
+       var needBeingQueued = false;\r
+       for (var i = qq.length; --i >= 0;) {\r
+               if (qq[i].status != Node.STATUS_LOAD_COMPLETE) {\r
+                       needBeingQueued = true;\r
+                       break;\r
+               }\r
+       }\r
+       \r
+       if (n.isPackage) {//forced\r
+               // push class to queue\r
+               var pt = qq.length;\r
+               for (; --pt >= 0;) {\r
+                       if (qq[pt].isPackage) \r
+                               break;\r
+                       qq[pt + 1] = qq[pt];\r
+               }\r
+               qq[++pt] = n;\r
+       } else if (needBeingQueued) {\r
+               qq.push(n);\r
+       }\r
+       if (!needBeingQueued) { // can be loaded directly\r
+               var bSave = false;\r
+               if (onLoaded) { \r
+                       bSave = isLoadingEntryClass;\r
+                       isLoadingEntryClass = true;\r
+               }\r
+    if (forced)onLoaded = null;\r
+               addChildClassNode(clazzTreeRoot, n, true);\r
+               loadScript(n, n.path, n.requiredBy, false, onLoaded ? function(_loadClass){ isLoadingEntryClass = bSave; onLoaded()}: null);\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/*\r
+ * Check whether given package's classpath is setup or not.\r
+ * Only "java" and "org.eclipse.swt" are accepted in argument.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var needPackage = function(pkg) {\r
+  // note that false != null and true != null\r
+       return (window[pkg + ".registered"] != null && !classpathMap["@" + pkg]);\r
+}\r
+\r
+/* private */\r
+_Loader.loadPackage = function(pkg, fSuccess) {\r
+       fSuccess || (fSuccess = null);\r
+       window[pkg + ".registered"] = false;\r
+       _Loader.loadPackageClasspath(pkg, \r
+               (_Loader.J2SLibBase || (_Loader.J2SLibBase = (_Loader.getJ2SLibBase() || "j2s/"))), \r
+               true, fSuccess);\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Register classes to a given *.z.js path, so only a single *.z.js is loaded\r
+ * for all those classes.\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.jarClasspath = function (jar, clazzes) {\r
+       if (!(clazzes instanceof Array))\r
+               clazzes = [classes];\r
+       unwrapArray(clazzes);\r
+       for (var i = clazzes.length; --i >= 0;)\r
+               classpathMap["#" + clazzes[i]] = jar;\r
+       classpathMap["$" + jar] = clazzes;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Usually be used in .../package.js. All given packages will be registered\r
+ * to the same classpath of given prefix package.\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.registerPackages = function (prefix, pkgs) {\r
+       //_Loader.checkInteractive ();\r
+       var base = _Loader.getClasspathFor (prefix + ".*", true);\r
+       for (var i = 0; i < pkgs.length; i++) {\r
+               if (window["Clazz"]) {\r
+                       Clazz.declarePackage (prefix + "." + pkgs[i]);\r
+               }\r
+               _Loader.loadPackageClasspath (prefix + "." + pkgs[i], base);\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Using multiple sites to load *.js in multiple threads. Using multiple\r
+ * sites may avoid 2 HTTP 1.1 connections recommendation limit.\r
+ * Here is a default implementation for http://archive.java2script.org.\r
+ * In site archive.java2script.org, there are 6 sites:\r
+ * 1. http://archive.java2script.org or http://a.java2script.org\r
+ * 2. http://erchive.java2script.org or http://e.java2script.org\r
+ * 3. http://irchive.java2script.org or http://i.java2script.org\r
+ * 4. http://orchive.java2script.org or http://o.java2script.org\r
+ * 5. http://urchive.java2script.org or http://u.java2script.org\r
+ * 6. http://yrchive.java2script.org or http://y.java2script.org\r
+ */\r
+/* protected */\r
+       /*\r
+_Loader.multipleSites = function (path) {\r
+       var deltas = window["j2s.update.delta"];\r
+       if (deltas && deltas instanceof Array && deltas.length >= 3) {\r
+               var lastOldVersion = null;\r
+               var lastNewVersion = null;\r
+               for (var i = 0; i < deltas.length / 3; i++) {\r
+                       var oldVersion = deltas[i + i + i];\r
+                       if (oldVersion != "$") {\r
+                               lastOldVersion = oldVersion;\r
+                       }\r
+                       var newVersion = deltas[i + i + i + 1];\r
+                       if (newVersion != "$") {\r
+                               lastNewVersion = newVersion;\r
+                       }\r
+                       var relativePath = deltas[i + i + i + 2];\r
+                       var key = lastOldVersion + "/" + relativePath;\r
+                       var idx = path.indexOf (key);\r
+                       if (idx != -1 && idx == path.length - key.length) {\r
+                               path = path.substring (0, idx) + lastNewVersion + "/" + relativePath;\r
+                               break;\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       var length = path.length;\r
+       if (maxLoadingThreads > 1 \r
+                       && ((length > 15 && path.substring (0, 15) == "http://archive.")\r
+                       || (length > 9 && path.substring (0, 9) == "http://a."))) {\r
+               var index = path.lastIndexOf("/");\r
+               if (index < length - 3) {\r
+                       var arr = ['a', 'e', 'i', 'o', 'u', 'y'];\r
+                       var c1 = path.charCodeAt (index + 1);\r
+                       var c2 = path.charCodeAt (index + 2);\r
+                       var idx = (length - index) * 3 + c1 * 5 + c2 * 7; // Hash\r
+                       return path.substring (0, 7) + arr[idx % 6] + path.substring (8);\r
+               }\r
+       }\r
+       return path;\r
+};\r
+       */\r
+\r
+/**\r
+ * Return the *.js path of the given class. Maybe the class is contained\r
+ * in a *.z.js jar file.\r
+ * @param clazz Given class that the path is to be calculated for. May\r
+ * be java.package, or java.lang.String\r
+ * @param forRoot Optional argument, if true, the return path will be root\r
+ * of the given classs' package root path.\r
+ * @param ext Optional argument, if given, it will replace the default ".js"\r
+ * extension.\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.getClasspathFor = function (clazz, forRoot, ext) {\r
+       var path = classpathMap["#" + clazz];\r
+       if (!path || forRoot || ext) {\r
+               var base;\r
+               var idx;\r
+               if (path) {\r
+                       clazz = clazz.replace(/\./g, "/");      \r
+                       if ((idx = path.lastIndexOf(clazz)) >= 0 \r
+                               || (idx = clazz.lastIndexOf("/")) >= 0 \r
+                                       && (idx = path.lastIndexOf(clazz.substring(0, idx))) >= 0)\r
+                               base = path.substring(0, idx);\r
+               } else {\r
+                       idx = clazz.length + 2;\r
+                       while ((idx = clazz.lastIndexOf(".", idx - 2)) >= 0)\r
+                               if ((base = classpathMap["@" + clazz.substring(0, idx)]))\r
+                                       break;\r
+                       if (!forRoot)\r
+                               clazz = clazz.replace (/\./g, "/");     \r
+               }\r
+               if (base == null) {\r
+                       var bins = "binaryFolders";\r
+                       base = (window["Clazz"] && Clazz[bins] && Clazz[bins].length ? Clazz[bins][0] \r
+                               : _Loader[bins] && _Loader[bins].length ? _Loader[bins][0]\r
+                               : "j2s");\r
+               }\r
+               path = (base.lastIndexOf("/") == base.length - 1 ? base : base + "/") + (forRoot ? ""\r
+                       : clazz.lastIndexOf("/*") == clazz.length - 2 ? clazz.substring(0, idx + 1)\r
+                       : clazz + (!ext ? ".js" : ext.charAt(0) != '.' ? "." + ext : ext));\r
+       }               \r
+       return path;//_Loader.multipleSites(path);\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * To ignore some classes.\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.ignore = function () {\r
+       var clazzes = (arguments.length == 1 && arguments[0] instanceof Array ?\r
+                       clazzes = arguments[0] : null);\r
+       var n = (clazzes ? clazzes.length : arguments.length);\r
+       if (!clazzes) {\r
+               clazzes = new Array(n);\r
+               for (var i = 0; i < n; i++)\r
+                       clazzes[i] = arguments[i];\r
+       }\r
+       unwrapArray(clazzes);\r
+       for (var i = 0; i < n; i++)\r
+               excludeClassMap["@" + clazzes[i]] = 1;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * The following *.script* can be overriden to indicate the \r
+ * status of classes loading.\r
+ *\r
+ * TODO: There should be a Java interface with name like INativeLoaderStatus\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.onScriptLoading = function (file){};\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.onScriptLoaded = function (file, isError){};\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.onScriptInitialized = function (file){};\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.onScriptCompleted = function (file){};\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.onClassUnloaded = function (clazz){};\r
+\r
+/**\r
+ * After all the classes are loaded, this method will be called.\r
+ * Should be overriden to run *.main([]).\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.onGlobalLoaded = function () {};\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.keepOnLoading = true; // never set false in this code\r
+\r
+\r
+/* private */\r
+var mapPath2ClassNode = {};\r
+\r
+/* private */\r
+var isClassExcluded = function (clazz) {\r
+       return excludeClassMap["@" + clazz];\r
+};\r
+\r
+/* Used to keep ignored classes */\r
+/* private */\r
+var excludeClassMap = {};\r
+\r
+/* private */\r
+var evaluate = function(file, file0, js) {\r
+               try {\r
+                       eval(js + ";//# sourceURL="+file);\r
+               } catch (e) {      \r
+      if (Clazz._isQuiet) \r
+        return;\r
+                       var s = "[Java2Script] The required class file \n\n" + file + (js.indexOf("[Exception") == 0 && js.indexOf("data: no") ? \r
+         "\nwas not found.\n"\r
+        : "\ncould not be loaded. Script error: " + e.message + " \n\ndata:\n\n" + js) + "\n\n" + Clazz.getStackTrace();\r
+               alert(s)\r
+                       Clazz.alert(s);\r
+                       throw e;\r
+               }\r
+               _Loader.onScriptLoaded(file, false);\r
+               tryToLoadNext(file0);\r
+}\r
+\r
+/* private */\r
+var failedHandles = {};\r
+\r
+/* private */\r
+var generateRemovingFunction = function (node) {\r
+       return function () {\r
+               if (node.readyState != "interactive") {\r
+                       try {\r
+                               if (node.parentNode)\r
+                                       node.parentNode.removeChild (node);\r
+                       } catch (e) { }\r
+                       node = null;\r
+               }\r
+       };\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var removeScriptNode = function (n) {\r
+       if (window["j2s.script.debugging"]) {\r
+               return;\r
+       }\r
+       // lazily remove script nodes.\r
+       window.setTimeout (generateRemovingFunction (n), 1);\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz._4Name = function(clazzName, applet, state) {\r
+       if (Clazz.isClassDefined(clazzName))\r
+               return Clazz.evalType(clazzName);\r
+       var f = (Jmol._isAsync && applet ? applet._restoreState(clazzName, state) : null);\r
+       if (f == 1)\r
+               return null; // must be already being created\r
+       if (_Loader.setLoadingMode(f ? _Loader.MODE_SCRIPT : "xhr.sync")) {\r
+               _Loader.loadClass(clazzName, f, false, true, 1);\r
+               return null; // this will surely throw an error, but that is OK\r
+       }\r
+       //alert ("Using Java reflection: " + clazzName + " for " + applet._id + " \n"+ Clazz.getStackTrace());\r
+       _Loader.loadClass(clazzName);\r
+       return Clazz.evalType(clazzName);\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * BH: possibly useful for debugging\r
+ */ \r
+Clazz.currentPath= "";\r
+\r
+/**\r
+ * Load *.js by adding script elements into head. Hook the onload event to\r
+ * load the next class in dependency tree.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var loadScript = function (node, file, why, ignoreOnload, fSuccess, _loadScript) {\r
+\r
+       Clazz.currentPath = file;\r
+       if (ignoreOnload)alert("WHY>>")\r
+//BH removed   // maybe some scripts are to be loaded without needs to know onload event.\r
+//     if (!ignoreOnload && loadedScripts[file]) {\r
+//             _Loader.tryToLoadNext(file);\r
+//             return;\r
+//     }\r
+       loadedScripts[file] = true;\r
+       // also remove from queue\r
+       removeArrayItem(classQueue, file);\r
+\r
+    // forces not-found message\r
+    isUsingXMLHttpRequest = true;\r
+    isAsynchronousLoading = false;\r
+  if (_Loader._checkLoad) {\r
+    System.out.println("\t" + file + (why ? "\n -- required by " + why : "") + "  ajax=" + isUsingXMLHttpRequest + " async=" + isAsynchronousLoading)\r
+  }\r
+\r
+  var file0 = file;\r
+  if (Clazz._debugging) {\r
+    file = file.replace(/\.z\.js/,".js");\r
+  }\r
+\r
+       _Loader.onScriptLoading(file);\r
+       if (isUsingXMLHttpRequest && !isAsynchronousLoading) {\r
+               // alert("\t" + file + (why ? "\n -- required by " + why : "") + "  ajax=" + isUsingXMLHttpRequest + " async=" + isAsynchronousLoading + " " + Clazz.getStackTrace())\r
+               // synchronous loading\r
+               // works in MSIE locally unless a binary file :)\r
+               // from Jmol.api.Interface only\r
+               var data = Jmol._getFileData(file);\r
+    try{\r
+                 evaluate(file, file0, data);\r
+    }catch(e) {\r
+      alert(e + " loading file " + file + " " + node.name + " " + Clazz.getStackTrace());\r
+    }\r
+    if (fSuccess) {\r
+//      System.out.println("firing in loadScript " + file + " " + (fSuccess && fSuccess.toString()))\r
+      fSuccess(); \r
+    }\r
+               return;\r
+       }\r
+  \r
+  \r
+System.out.println("for file " + file +" fSuccess = " + (fSuccess ? fSuccess.toString() : ""))\r
+       var info = {\r
+               dataType:"script",\r
+               async:true, \r
+               type:"GET", \r
+               url:file,\r
+               success:W3CScriptOnCallback(file, false, fSuccess),\r
+               error:W3CScriptOnCallback(file, true, fSuccess)\r
+       };\r
+       inLoadingThreads++;\r
+       Jmol.$ajax(info);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var W3CScriptOnCallback = function (path, forError, fSuccess) {\r
+  var s = Clazz.getStackTrace();\r
+  // if (!fSuccess)alert("why no fSuccess?" + s)\r
+       return function () {\r
+  //System.out.println("returning " + (fSuccess ? fSuccess.toString() : "no function ") + s) \r
+               if (forError && __debuggingBH)Clazz.alert ("############ forError=" + forError + " path=" + path + " ####" + (forError ? "NOT" : "") + "LOADED###");\r
+               if (isGecko && this.timeoutHandle)\r
+                       window.clearTimeout(this.timeoutHandle), this.timeoutHandle = null;\r
+               if (inLoadingThreads > 0)\r
+                       inLoadingThreads--;\r
+               //System.out.println("w3ccalback for " + path + " " + inLoadingThreads + " threads")\r
+               this.onload = null;\r
+               this.onerror = null;\r
+               if (forError) \r
+                       alert ("There was a problem loading " + path);\r
+               _Loader.onScriptLoaded(path, true);\r
+               var node = this;                        \r
+               var f;\r
+    if (fSuccess)\r
+      f = function(_W3scriptFS){removeScriptNode(node);tryToLoadNext(path, fSuccess); };\r
+    else\r
+      f = function(_W3script){removeScriptNode(node);tryToLoadNext(path)};\r
+               if (loadingTimeLag >= 0)\r
+                       window.setTimeout(function() { tryToLoadNext(path, f); }, loadingTimeLag);\r
+               else\r
+                       tryToLoadNext(path, f);\r
+       };\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var isLoadingEntryClass = true;\r
+\r
+/* private */\r
+var besidesJavaPackage = false;\r
+\r
+/**\r
+ * After class is loaded, this method will be executed to check whether there\r
+ * are classes in the dependency tree that need to be loaded.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var tryToLoadNext = function (file, fSuccess) {\r
+       var node = mapPath2ClassNode["@" + file];\r
+       if (!node) // maybe class tree root\r
+               return;\r
+       var n;\r
+  // check for content loaded\r
+       var clazzes = classpathMap["$" + file];\r
+       if (clazzes) {\r
+               for (var i = 0; i < clazzes.length; i++) {\r
+                       var name = clazzes[i];\r
+                       if (name != node.name && (n = findNode(name))) {\r
+                               if (n.status < Node.STATUS_CONTENT_LOADED) {\r
+                                       n.status = Node.STATUS_CONTENT_LOADED;\r
+                                       updateNode(n);\r
+                               }\r
+                       } else {\r
+                               n = new Node();\r
+                               n.name = name;\r
+                               var pp = classpathMap["#" + name];\r
+                               if (!pp) {\r
+                                       alert (name + " J2S error in tryToLoadNext");\r
+                                       error("Java2Script implementation error! Please report this bug!");\r
+                               }\r
+                               n.path = pp;\r
+                               mappingPathNameNode (n.path, name, n);\r
+                               n.status = Node.STATUS_CONTENT_LOADED;\r
+                               addChildClassNode(clazzTreeRoot, n, false);\r
+                               updateNode(n);\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       if (node instanceof Array) {\r
+               for (var i = 0; i < node.length; i++) {\r
+                       if (node[i].status < Node.STATUS_CONTENT_LOADED) {\r
+                               node[i].status = Node.STATUS_CONTENT_LOADED;\r
+                               updateNode(node[i]);\r
+                       }\r
+               }\r
+       } else if (node.status < Node.STATUS_CONTENT_LOADED) {\r
+               var stillLoading = false;\r
+               var ss = document.getElementsByTagName ("SCRIPT");\r
+               for (var i = 0; i < ss.length; i++) {\r
+                       if (isIE) {\r
+                               if (ss[i].onreadystatechange && ss[i].onreadystatechange.path == node.path\r
+                                               && ss[i].readyState == "interactive") {\r
+                                       stillLoading = true;\r
+                                       break;\r
+                               }\r
+                       } else if (ss[i].onload && ss[i].onload.path == node.path) {\r
+                               stillLoading = true;\r
+                               break;\r
+                       }\r
+               }\r
+               if (!stillLoading) {\r
+                       node.status = Node.STATUS_CONTENT_LOADED;\r
+                       updateNode(node);\r
+               }\r
+       }\r
+       /*\r
+        * Maybe in #optinalLoaded inside above _Loader#updateNode calls, \r
+        * _Loader.keepOnLoading is set false (Already loaded the wanted\r
+        * classes), so here check to stop.\r
+        */\r
+        \r
+       if (!_Loader.keepOnLoading) // set externally\r
+               return;\r
+\r
+ // check for a "must" class that has content and load it\r
+       var cq;\r
+       var working = true;\r
+       if ((n = findNextMustClass(Node.STATUS_KNOWN))) {\r
+               loadClassNode(n);\r
+               while (inLoadingThreads < maxLoadingThreads) {\r
+                       if (!(n = findNextMustClass(Node.STATUS_KNOWN)))\r
+                               break;\r
+                       loadClassNode(n); // will increase inLoadingThreads!\r
+               }\r
+       } else if ((cq = classQueue).length != 0) { \r
+               /* queue must be loaded in order! */\r
+               n = cq.shift();\r
+               if (!loadedScripts[n.path] \r
+                               || cq.length != 0 \r
+                               || !isLoadingEntryClass\r
+                               || n.musts.length\r
+                               || n.optionals.length) {\r
+                       addChildClassNode(clazzTreeRoot, n, true);\r
+                       loadScript(n, n.path, n.requiredBy, false);\r
+               } else if (isLoadingEntryClass) {\r
+                       /*\r
+                        * The first time reaching here is the time when ClassLoader\r
+                        * is trying to load entry class. Class with #main method and\r
+                        * is to be executed is called Entry Class.\r
+                        *\r
+                        * Here when loading entry class, ClassLoader should not call\r
+                        * the next following loading script. This is because, those\r
+                        * scripts will try to mark the class as loaded directly and\r
+                        * then continue to call #onLoaded callback method,\r
+                        * which results in an script error!\r
+                        */\r
+                       isLoadingEntryClass = false;\r
+               }\r
+       } else if ((n = findNextRequiredClass(Node.STATUS_KNOWN))) {\r
+               loadClassNode(n);\r
+               while (inLoadingThreads < maxLoadingThreads) {\r
+                       if (!(n = findNextRequiredClass(Node.STATUS_KNOWN)))\r
+                               break;\r
+                       loadClassNode(n); // will increase inLoadingThreads!\r
+               }\r
+       } else {\r
+               working = false;\r
+       }\r
+       if (working || inLoadingThreads > 0)\r
+               return;\r
+  // \r
+  // now check all classes that MUST be loaded prior to initialization \r
+  // of some other class (static calls, extends, implements)\r
+  // and all classes REQUIRED somewhere in that class, possibly by the constructor\r
+  // (that is, "new xxxx()" called somewhere in code) and update them\r
+  // that have content but are not declared already \r
+       var f = [findNextMustClass,findNextRequiredClass];\r
+       var lastNode = null;\r
+       for (var i = 0; i < 2; i++)\r
+               while ((n = f[i](Node.STATUS_CONTENT_LOADED))) {\r
+                       if (i == 1 && lastNode === n) // Already existed cycle ?\r
+                               n.status = Node.STATUS_LOAD_COMPLETE;\r
+                       updateNode(n);\r
+                       lastNode = n;\r
+               }\r
+    \r
+  // check for load cycles\r
+  \r
+       while (true) {\r
+               tracks = [];\r
+               if (!checkCycle(clazzTreeRoot, file))\r
+                       break;\r
+       }\r
+  \r
+  // and update all MUST and REQUIRED classes that are declared already \r
+  \r
+       for (var i = 0; i < 2; i++) {\r
+               lastNode = null;\r
+               while ((n = f[i](Node.STATUS_DECLARED))) {\r
+                       if (lastNode === n) \r
+                               break;\r
+                       updateNode(lastNode = n);\r
+               }\r
+       }\r
+       var done = [];\r
+       for (var i = 0; i < 2; i++) \r
+               while ((n = f[i](Node.STATUS_DECLARED)))\r
+                       done.push(n), n.status = Node.STATUS_LOAD_COMPLETE;\r
+       if (done.length) {\r
+               for (var i = 0; i < done.length; i++)\r
+                       destroyClassNode(done[i]);\r
+               for (var i = 0; i < done.length; i++)\r
+                       if ((f = done[i].onLoaded))\r
+                               done[i].onLoaded = null, f();\r
+       }\r
+  \r
+  \r
+  \r
+  \r
+  \r
+  \r
+  \r
+       //System.out.println(node.name + " loaded completely" + _Loader.onGlobalLoaded + "\n\n")\r
+  if (fSuccess) {\r
+    //System.out.println("tryToLoadNext firing " + _Loader._classCountOK + "/" + _Loader._classCountPending + " "   + fSuccess.toString() + " " + Clazz.getStackTrace())\r
+         fSuccess();\r
+  } else if (_Loader._classCountPending) {\r
+    for (var name in _Loader._classPending) {\r
+      var n = findNode(name);\r
+      System.out.println("class left pending " + name + " " + n);\r
+      if (n) {\r
+        updateNode(n);\r
+        break;\r
+      }\r
+    }\r
+  } else {\r
+    \r
+ // System.out.println("I think I'm done " \r
+  // + _Loader._classCountOK + "/" + _Loader._classCountPending + " " \r
+   //+ _Loader.onGlobalLoaded.toString() + " " + Clazz.getStackTrace()\r
+ //  )\r
+    if (_Loader._checkLoad) {\r
+      System.out.println("I think I'm done: SAEM call count: " + SAEMid);\r
+      Clazz.showDuplicates(true);\r
+    }\r
+  }\r
+       _Loader.onGlobalLoaded();\r
+};\r
+\r
+\r
+var tracks = [];\r
+\r
+/*\r
+ * There are classes reference cycles. Try to detect and break those cycles.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var checkCycle = function (node, file) {\r
+       var ts = tracks;\r
+       var len = ts.length;\r
+  // add this node to tracks\r
+       ts.push(node);\r
+       var i = len;\r
+       for (; --i >= 0;)\r
+               if (ts[i] === node && ts[i].status >= Node.STATUS_DECLARED) \r
+                       break;\r
+       if (i >= 0) {\r
+    // this node is already in tracks, and it has been declared already\r
+    // for each node in tracks, set its status to "LOAD_COMPLETE"\r
+    // update all parents, remove all parents, and fire its onLoaded function\r
+    // then clear tracks and return true (keep checking)  \r
+    if (_Loader._checkLoad) {\r
+      var msg = "cycle found loading " + file + " for " + node;\r
+      System.out.println(msg)\r
+    } \r
+               for (; i < len; i++) {\r
+      var n = ts[i];\r
+                       n.status = Node.STATUS_LOAD_COMPLETE;\r
+                       destroyClassNode(n); // Same as above\r
+                       for (var k = 0; k < n.parents.length; k++)\r
+                               updateNode(n.parents[k]);\r
+                       n.parents = [];\r
+      var f = n.onLoaded;\r
+      if (_Loader._checkLoad) {\r
+        var msg = "cycle setting status to LOAD_COMPLETE for " + n.name + (f ? " firing " + f.toString() : "");\r
+        System.out.println(msg)\r
+      } \r
+                       if (f)\r
+                               n.onLoaded = null, f();\r
+               }\r
+               ts.length = 0;\r
+               return true;\r
+       }\r
+       var a = [node.musts, node.optionals];\r
+       for (var j = 0; j < 2; j++)\r
+               for (var r = a[j], i = r.length; --i >= 0;)\r
+                       if (r[i].status == Node.STATUS_DECLARED && checkCycle(r[i], file)) \r
+                               return true;\r
+  // reset _tracks to its original length      \r
+       ts.length = len;\r
+       return false; // done \r
+};\r
+\r
+\r
+_Loader._classCountPending = 0;\r
+_Loader._classCountOK = 0;\r
+_Loader._classPending = {};\r
+\r
+_Loader.showPending = function() {\r
+  var a = [];\r
+  for (var name in _Loader._classPending) {\r
+    var n = findNode(name);\r
+    if (!n) {\r
+      alert("No node for " + name);\r
+      continue;\r
+    }\r
+    a.push(n);\r
+    System.out.println(showNode("", "", n, "", 0));     \r
+  }  \r
+  return a;\r
+}\r
+\r
+var showNode = function(s, names, node, inset, level) {\r
+  names += "--" + node.name;\r
+  s += names + "\n";\r
+  if (level > 5) {\r
+    s += inset + " ...\n";\r
+    return s;\r
+  }\r
+  inset += "\t";\r
+  s += inset + "status: " + node.status + "\n";\r
+  if (node.parents && node.parents.length && node.parents[0] && node.parents[0].name) {\r
+    s += inset + "parents: " + node.parents.length + "\n";\r
+    for (var i = 0; i < node.parents.length; i++) {\r
+      s = showNode(s, names, node.parents[i], inset + "\t", level+1);\r
+    }\r
+    s += "\n";\r
+  }\r
+//  if (node.requiredBy) {\r
+//    s += inset + "requiredBy:\n";\r
+//    s = showNode(s, names, node.requiredBy, inset + "\t", level+1);\r
+//    s += "\n";\r
+//  }\r
+  return s;    \r
+}     \r
+\r
+/**\r
+ * Update the dependency tree nodes recursively.\r
+ */\r
+/* private */\r
+updateNode = function(node, _updateNode) {\r
+       if (!node.name || node.status >= Node.STATUS_LOAD_COMPLETE) {\r
+               destroyClassNode(node);\r
+               return;\r
+       }\r
+       var ready = true;\r
+  // check for declared and also having MUSTS\r
+       if (node.musts.length && node.declaration) {\r
+               for (var mustLength = node.musts.length, i = mustLength; --i >= 0;) {\r
+                       var n = node.musts[i];\r
+                       n.requiredBy = node;\r
+                       if (n.status < Node.STATUS_DECLARED && isClassDefined (n.name)) {\r
+                               var nns = []; // a stack for onLoaded events\r
+                               n.status = Node.STATUS_LOAD_COMPLETE;\r
+                               destroyClassNode(n); // Same as above\r
+                               if (n.declaration       && n.declaration.clazzList) {\r
+                                       // For those classes within one *.js file, update them synchronously.\r
+                                       for (var j = 0, list = n.declaration.clazzList, l = list.length; j < l; j++) {\r
+                                               var nn = findNode (list[j]);\r
+                                               if (nn && nn.status != Node.STATUS_LOAD_COMPLETE\r
+                                                               && nn !== n) {\r
+                                                       nn.status = n.status;\r
+                                                       nn.declaration = null;\r
+                                                       destroyClassNode(nn);\r
+                                                       nn.onLoaded && nns.push(nn);\r
+                                               }\r
+                                       }\r
+                                       n.declaration = null;\r
+                               }\r
+        // fire all onLoaded events\r
+                               if (n.onLoaded)\r
+                                       nns.push(n);\r
+                               for (var j = 0; j < nns.length; j++) {\r
+                                       var onLoaded = nns[j].onLoaded;\r
+                                       if (onLoaded) {\r
+                                               nns[j].onLoaded = null;\r
+                                               onLoaded();\r
+                                       }\r
+                               }\r
+                       } else {\r
+                               (n.status == Node.STATUS_CONTENT_LOADED) && updateNode(n); // musts may be changed\r
+                               if (n.status < Node.STATUS_DECLARED)\r
+                                       ready = false;\r
+                       }\r
+                       if (node.musts.length != mustLength) {\r
+                               // length changed -- restart!\r
+                               i = mustLength = node.musts.length;\r
+                               ready = true;\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       if (!ready)\r
+               return;\r
+       if (node.status < Node.STATUS_DECLARED) {\r
+               var decl = node.declaration;\r
+               if (decl)\r
+                       decl(), decl.executed = true;\r
+    if(_Loader._checkLoad) {\r
+            if (_Loader._classPending[node.name]) {\r
+              delete _Loader._classPending[node.name];\r
+              _Loader._classCountOK;\r
+              _Loader._classCountPending--;\r
+//              System.out.println("OK " + (_Loader._classCountOK) + " FOR " + node.name)\r
+            }\r
+    }\r
+               node.status = Node.STATUS_DECLARED;\r
+               if (definedClasses)\r
+                       definedClasses[node.name] = true;\r
+               _Loader.onScriptInitialized(node.path);\r
+               if (node.declaration && node.declaration.clazzList) {\r
+                       // For those classes within one *.js file, update them synchronously.\r
+                       for (var j = 0, list = node.declaration.clazzList, l = list.length; j < l; j++) {\r
+                               var nn = findNode(list[j]);\r
+                               if (nn && nn.status != Node.STATUS_DECLARED\r
+                                               && nn !== node) {\r
+                                       nn.status = Node.STATUS_DECLARED;\r
+                                       if (definedClasses)\r
+                                               definedClasses[nn.name] = true;\r
+                                       _Loader.onScriptInitialized(nn.path);\r
+                               }\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       var level = Node.STATUS_DECLARED;\r
+       if (node.optionals.length == 0 && node.musts.length == 0\r
+                       || node.status > Node.STATUS_KNOWN && !node.declaration\r
+                       || checkStatusIs(node.musts, Node.STATUS_LOAD_COMPLETE)\r
+                                       && checkStatusIs(node.optionals, Node.STATUS_LOAD_COMPLETE)) { \r
+               level = Node.STATUS_LOAD_COMPLETE;\r
+               if (!doneLoading(node, level))\r
+                       return false;\r
+                       // For those classes within one *.js file, update them synchronously.\r
+               if (node.declaration && node.declaration.clazzList) {\r
+                       for (var j = 0, list = node.declaration.clazzList, l = list.length; j < l; j++) {\r
+                               var nn = findNode(list[j]);\r
+                               if (nn && nn.status != level && nn !== node) {\r
+                                       nn.declaration = null;\r
+                                       if (!doneLoading(nn, level))\r
+                                               return false;\r
+                               }\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+  // _Loader.updateParents = function (node, level, _updateParents)\r
+       if (node.parents && node.parents.length) {\r
+       for (var i = 0; i < node.parents.length; i++) {\r
+               var p = node.parents[i];\r
+               if (p.status < level) \r
+                       updateNode(p, p.name);\r
+       }\r
+       if (level == Node.STATUS_LOAD_COMPLETE)\r
+               node.parents = [];\r
+  }\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var checkStatusIs = function(arr, status){\r
+       for (var i = arr.length; --i >= 0;)\r
+               if (arr[i].status < status)\r
+                       return false;\r
+       return true;\r
+}\r
+/* private */\r
+var doneLoading = function(node, level, _doneLoading) {\r
+       node.status = level;\r
+       _Loader.onScriptCompleted(node.path);\r
+  \r
+       var onLoaded = node.onLoaded;\r
+       if (onLoaded) {\r
+               node.onLoaded = null;\r
+               onLoaded();\r
+               if (!_Loader.keepOnLoading)\r
+                       return false;\r
+       }\r
+  \r
+       destroyClassNode(node);\r
+       return true;\r
+}\r
+\r
+/*\r
+ * Be used to record already used random numbers. And next new random\r
+ * number should not be in the property set.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var usedRandoms = {\r
+  "r0.13412" : 1\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var getRnd = function() {\r
+       while (true) { // get a unique random number\r
+               var rnd = Math.random();\r
+               var s = "r" + rnd;\r
+               if (!usedRandoms[s])\r
+                       return (usedRandoms[s] = 1, clazzTreeRoot.random = rnd);\r
+       }\r
+}\r
+\r
+/* protected */\r
+var findNode = function(clazzName) {\r
+       getRnd();\r
+       return findNodeUnderNode(clazzName, clazzTreeRoot);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var findNextRequiredClass = function(status) {\r
+       getRnd();\r
+       return findNextRequiredNode(clazzTreeRoot, status);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var findNextMustClass = function(status) {\r
+       return findNextMustNode(clazzTreeRoot, status);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var findNodeUnderNode = function(clazzName, node) {\r
+       var n;\r
+       // node, then musts then optionals\r
+       return (node.name == clazzName ? node \r
+               : (n = findNodeWithin(clazzName, node.musts))\r
+               || (n = findNodeWithin(clazzName, node.optionals)) \r
+               ? n : null);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var findNodeWithin = function(name, arr) {\r
+       var rnd = clazzTreeRoot.random;\r
+       for (var i = arr.length; --i >= 0;) {\r
+               var n = arr[i];\r
+               if (n.name == name)\r
+                       return n;\r
+               if (n.random != rnd) {\r
+                       n.random = rnd;\r
+                       if ((n = findNodeUnderNode(name, n)))\r
+                               return n;\r
+               }\r
+       }\r
+       return null;\r
+}\r
+\r
+/* private */\r
+var checkStatus = function(n, status) {\r
+       return (n.status == status \r
+                       && (status != Node.STATUS_KNOWN || !loadedScripts[n.path])\r
+                       && (status == Node.STATUS_DECLARED      || !isClassDefined (n.name)));\r
+}\r
+\r
+/* private */\r
+var findNextMustNode = function(node, status) {\r
+       for (var i = node.musts.length; --i >= 0;) {\r
+               var n = node.musts[i];\r
+               if (checkStatus(n, status) || (n = findNextMustNode(n, status)))\r
+                       return n;       \r
+       }\r
+       return (checkStatus(node, status) ? node : null); \r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var findNextRequiredNode = function (node, status) {\r
+       // search musts first\r
+       // search optionals second\r
+       // search itself last\r
+       var n;\r
+       return ((n = searchClassArray(node.musts, status))\r
+               || (n = searchClassArray(node.optionals, status))\r
+               || checkStatus(n = node, status) ? n : null);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var searchClassArray = function (arr, status) {\r
+       if (arr) {\r
+               var rnd = clazzTreeRoot.random;\r
+               for (var i = 0; i < arr.length; i++) {\r
+                       var n = arr[i];\r
+                       if (checkStatus(n, status))\r
+                               return n;\r
+                       if (n.random != rnd) {\r
+                               n.random = rnd; // mark as visited!\r
+                               if ((n = findNextRequiredNode(n, status)))\r
+                                       return n;\r
+                       }\r
+               }\r
+       }\r
+       return null;\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * This map variable is used to mark that *.js is correctly loaded.\r
+ * In IE, _Loader has defects to detect whether a *.js is correctly\r
+ * loaded or not, so inner loading mark is used for detecting.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var innerLoadedScripts = {};\r
+\r
+/**\r
+ * This method will be called in almost every *.js generated by Java2Script\r
+ * compiler.\r
+ */\r
+/* public */\r
+var load = function (musts, name, optionals, declaration) {\r
+  // called as name.load in Jmol\r
+       if (name instanceof Array) {\r
+               unwrapArray(name);\r
+               for (var i = 0; i < name.length; i++)\r
+                       load(musts, name[i], optionals, declaration, name);\r
+               return;\r
+       }       \r
+\r
+  if (_Loader._checkLoad) {\r
+    if (_Loader._classPending[name]) {\r
+      //alert("duplicate load for " + name)\r
+    } else {\r
+      _Loader._classPending[name] = 1;\r
+      if (_Loader._classCountPending++ == 0)\r
+        _Loader._classCountOK = 0;\r
+      System.out.println("Loading class " + name);\r
+    }\r
+  }\r
+\r
+//     if (clazz.charAt (0) == '$')\r
+//             clazz = "org.eclipse.s" + clazz.substring (1);\r
+       var node = mapPath2ClassNode["#" + name];\r
+       if (!node) { // load called inside *.z.js?\r
+               var n = findNode(name);\r
+               node = (n ? n : new Node());\r
+               node.name = name;\r
+               node.path = classpathMap["#" + name] || "unknown";\r
+               mappingPathNameNode(node.path, name, node);\r
+               node.status = Node.STATUS_KNOWN;\r
+               addChildClassNode(clazzTreeRoot, node, false);\r
+       }\r
+       processRequired(node, musts, true);\r
+       if (arguments.length == 5 && declaration) {\r
+               declaration.status = node.status;\r
+               declaration.clazzList = arguments[4];\r
+       }\r
+       node.declaration = declaration;\r
+       if (declaration) \r
+               node.status = Node.STATUS_CONTENT_LOADED;\r
+       processRequired(node, optionals, false);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var processRequired = function(node, arr, isMust) {\r
+       if (arr && arr.length) {\r
+               unwrapArray(arr);\r
+               for (var i = 0; i < arr.length; i++) {\r
+                       var name = arr[i];\r
+                       if (!name)\r
+                               continue;\r
+                       if (isClassDefined(name)\r
+                                       || isClassExcluded(name))\r
+                               continue;\r
+                       var n = findNode(name);\r
+                       if (!n) {\r
+                               n = new Node();\r
+                               n.name = name;\r
+                               n.status = Node.STATUS_KNOWN;\r
+                       }\r
+                       n.requiredBy = node;\r
+                       addChildClassNode(node, n, isMust);\r
+               }\r
+       }\r
+}\r
+\r
+/*\r
+ * Try to be compatiable of Clazz\r
+ */\r
+if (window["Clazz"]) {\r
+       Clazz.load = load;\r
+} else {\r
+  _Loader.load = load;\r
+}  \r
+/**\r
+ * Map different class to the same path! Many classes may be packed into\r
+ * a *.z.js already.\r
+ *\r
+ * @path *.js path\r
+ * @name class name\r
+ * @node Node object\r
+ */\r
+/* private */\r
+var mappingPathNameNode = function (path, name, node) {\r
+       var map = mapPath2ClassNode;\r
+       var keyPath = "@" + path;\r
+       var v = map[keyPath];\r
+       if (v) {\r
+               if (v instanceof Array) {\r
+                       var existed = false;\r
+                       for (var i = 0; i < v.length; i++) {\r
+                               if (v[i].name == name) {\r
+                                       existed = true;\r
+                                       break;\r
+                               }\r
+                       }\r
+                       if (!existed)\r
+                               v.push(node);\r
+               } else {\r
+                       map[keyPath] = [v, node];\r
+               }\r
+       } else {\r
+               map[keyPath] = node;\r
+       }\r
+       map["#" + name] = node;\r
+};\r
+\r
+/* protected */\r
+var loadClassNode = function (node) {\r
+       var name = node.name;\r
+       if (!isClassDefined (name) \r
+                       && !isClassExcluded (name)) {\r
+               var path = _Loader.getClasspathFor (name/*, true*/);\r
+               node.path = path;\r
+               mappingPathNameNode (path, name, node);\r
+               if (!loadedScripts[path]) {\r
+                       loadScript(node, path, node.requiredBy, false);\r
+                       return true;\r
+               }\r
+       }\r
+       return false;\r
+};\r
+\r
+\r
+/**\r
+ * Used in package\r
+/* public */\r
+var runtimeKeyClass = _Loader.runtimeKeyClass = "java.lang.String";\r
+\r
+/**\r
+ * Queue used to store classes before key class is loaded.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var queueBe4KeyClazz = [];\r
+\r
+/* private */\r
+var J2sLibBase;\r
+\r
+/**\r
+ * Return J2SLib base path from existed SCRIPT src attribute.\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.getJ2SLibBase = function () {\r
+       var o = window["j2s.lib"];\r
+       return (o ? o.base + (o.alias == "." ? "" : (o.alias ? o.alias : (o.version ? o.version : "1.0.0")) + "/") : null);\r
+};\r
+\r
+/**\r
+ * Indicate whether _Loader is loading script synchronously or \r
+ * asynchronously.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var isAsynchronousLoading = true;\r
+\r
+/* private */\r
+var isUsingXMLHttpRequest = false;\r
+\r
+/* private */\r
+var loadingTimeLag = -1;\r
+\r
+_Loader.MODE_SCRIPT = 4;\r
+_Loader.MODE_XHR = 2;\r
+_Loader.MODE_SYNC = 1;\r
+\r
+/**\r
+ * String mode:\r
+ * asynchronous modes:\r
+ * async(...).script, async(...).xhr, async(...).xmlhttprequest,\r
+ * script.async(...), xhr.async(...), xmlhttprequest.async(...),\r
+ * script\r
+ * \r
+ * synchronous modes:\r
+ * sync(...).xhr, sync(...).xmlhttprequest,\r
+ * xhr.sync(...), xmlhttprequest.sync(...),\r
+ * xmlhttprequest, xhr\r
+ *                                                    \r
+ * Integer mode:\r
+ * Script 4; XHR 2; SYNC bit 1; \r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.setLoadingMode = function (mode, timeLag) {\r
+       var async = true;\r
+       var ajax = true;\r
+       if (typeof mode == "string") {\r
+               mode = mode.toLowerCase();\r
+               if (mode.indexOf("script") >= 0)\r
+                       ajax = false;\r
+               else\r
+                       async = (mode.indexOf("async") >=0);\r
+               async = false; // BH\r
+       } else {\r
+               if (mode & _Loader.MODE_SCRIPT)\r
+                       ajax = false;\r
+               else\r
+                       async = !(mode & _Loader.MODE_SYNC);\r
+       }\r
+       isUsingXMLHttpRequest = ajax;\r
+       isAsynchronousLoading = async;\r
+       loadingTimeLag = (async && timeLag >= 0 ? timeLag: -1);\r
+       return async;\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var runtimeLoaded = function () {\r
+       if (pkgRefCount || !isClassDefined(runtimeKeyClass))\r
+               return;\r
+       var qbs = queueBe4KeyClazz;\r
+       for (var i = 0; i < qbs.length; i++)\r
+               _Loader.loadClass(qbs[i][0], qbs[i][1]);\r
+       queueBe4KeyClazz = [];\r
+};\r
+\r
+/*\r
+ * Load those key *.z.js. This *.z.js will be surely loaded before other \r
+ * queued *.js.\r
+ */\r
+/* public */\r
+_Loader.loadZJar = function (zjarPath, keyClass) {\r
+// used only by package.js for core.z.js\r
+       var f = null;\r
+       var isArr = (keyClass instanceof Array);\r
+       if (isArr)\r
+               keyClass = keyClass[keyClass.length - 1];\r
+       else\r
+               f = (keyClass == runtimeKeyClass ? runtimeLoaded : null);                       \r
+       _Loader.jarClasspath(zjarPath, isArr ? keyClass : [keyClass]);\r
+       // BH note: runtimeKeyClass is java.lang.String \r
+       _Loader.loadClass(keyClass, f, true);\r
+};\r
+\r
+var NodeMap = {};\r
+var _allNodes = [];\r
+\r
+/**\r
+ * The method help constructing the multiple-binary class dependency tree.\r
+ */\r
+/* private */\r
+var addChildClassNode = function (parent, child, isMust) {\r
+       var existed = false;\r
+       var arr;\r
+       if (isMust) {\r
+               arr = parent.musts;\r
+               if (!child.requiredBy)\r
+                       child.requiredBy = parent;\r
+//             if (!parent.requiresMap){\r
+//                     parent.requires = [];\r
+//                     parent.requiresMap = {};\r
+//             }\r
+//             if (!parent.requiresMap[child.name]) {\r
+//                     parent.requiresMap[child.name] = 1;\r
+//                     parent.requires.push[child];\r
+//             }\r
+       } else {\r
+               arr = parent.optionals;\r
+       }\r
+       if (!NodeMap[child.name]) {\r
+               _allNodes.push(child)\r
+               NodeMap[child.name]=child\r
+       }\r
+       for (var i = 0; i < arr.length; i++) {\r
+               if (arr[i].name == child.name) {\r
+                       existed = true;\r
+                       break;\r
+               }\r
+       }\r
+       if (!existed) {\r
+               arr.push(child);\r
+               if (isLoadingEntryClass \r
+                               && child.name.indexOf("java") != 0 \r
+                               && child.name.indexOf("net.sf.j2s.ajax") != 0) {\r
+                       if (besidesJavaPackage)\r
+                               isLoadingEntryClass = false;\r
+                       besidesJavaPackage = true;\r
+//             } else if (child.name.indexOf("org.eclipse.swt") == 0 \r
+//                             || child.name.indexOf("$wt") == 0) {\r
+//                     window["swt.lazy.loading.callback"] = swtLazyLoading;\r
+//                     if (needPackage("org.eclipse.swt"))\r
+//                             return _Loader.loadPackage("org.eclipse.swt", function() {addParentClassNode(child, parent)});\r
+               }\r
+       }\r
+       addParentClassNode(child, parent);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var addParentClassNode = function(child, parent) {\r
+       if (parent.name && parent != clazzTreeRoot && parent != child)\r
+               for (var i = 0; i < child.parents.length; i++)\r
+                       if (child.parents[i].name == parent.name)\r
+                               return;\r
+       child.parents.push(parent);\r
+}\r
+\r
+/* private */\r
+var destroyClassNode = function (node) {\r
+       var parents = node.parents;\r
+       if (parents)\r
+               for (var k = parents.length; --k >= 0;)\r
+                       removeArrayItem(parents[k].musts, node) || removeArrayItem(parents[k].optionals, node);\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+_Loader.unloadClassExt = function (qClazzName) {\r
+       if (definedClasses)\r
+               definedClasses[qClazzName] = false;\r
+       if (classpathMap["#" + qClazzName]) {\r
+               var pp = classpathMap["#" + qClazzName];\r
+               classpathMap["#" + qClazzName] = null;\r
+               var arr = classpathMap["$" + pp];\r
+               removeArrayItem(arr, qClazzName) && (classpathMap["$" + pp] = arr);\r
+       }\r
+       var n = findNode(qClazzName);\r
+       if (n) {\r
+               n.status = Node.STATUS_KNOWN;\r
+               loadedScripts[n.path] = false;\r
+       }\r
+       var path = _Loader.getClasspathFor (qClazzName);\r
+       loadedScripts[path] = false;\r
+       innerLoadedScripts[path] && (innerLoadedScripts[path] = false);\r
+       _Loader.onClassUnloaded(qClazzName);\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+var assureInnerClass = function (clzz, fun) {\r
+       clzz = clzz.__CLASS_NAME__;\r
+       if (Clazz.unloadedClasses[clzz]) {\r
+               if (clzz.indexOf("$") >= 0)\r
+                       return;\r
+               var list = [];\r
+               var key = clzz + "$";\r
+               for (var s in Clazz.unloadedClasses)\r
+                       if (Clazz.unloadedClasses[s] && s.indexOf(key) == 0)\r
+                               list.push(s);\r
+               if (!list.length) \r
+                       return;\r
+               fun = "" + fun;\r
+               var idx1, idx2;\r
+               if ((idx1 = fun.indexOf(key)) < 0 || (idx2 = fun.indexOf("\"", idx1 + key.length)) < 0) \r
+                       return;\r
+               clzz = fun.substring(idx1, idx2);\r
+               if (!Clazz.unloadedClasses[clzz] || (idx1 = fun.indexOf("{", idx2) + 1) == 0)\r
+                       return;\r
+               if ((idx2 = fun.indexOf("(" + clzz + ",", idx1 + 3)) < 0\r
+                       || (idx2 = fun.lastIndexOf("}", idx2 - 1)) < 0)\r
+                               return;\r
+               eval(fun.substring(idx1, idx2));\r
+               Clazz.unloadedClasses[clzz] = null;\r
+       }\r
+};\r
+\r
+Clazz.binaryFolders =  _Loader.binaryFolders = [ _Loader.getJ2SLibBase() ];\r
+\r
+})(Clazz, Clazz._Loader);\r
+\r
+//}\r
+/******************************************************************************\r
+ * Copyright (c) 2007 java2script.org and others.\r
+ * All rights reserved. This program and the accompanying materials\r
+ * are made available under the terms of the Eclipse Public License v1.0\r
+ * which accompanies this distribution, and is available at\r
+ * http://www.eclipse.org/legal/epl-v10.html\r
+ *\r
+ * Contributors:\r
+ *     Zhou Renjian - initial API and implementation\r
+ *****************************************************************************/\r
+/*******\r
+ * @author zhou renjian\r
+ * @create Jan 11, 2007\r
+ *******/\r
+\r
+Clazz._LoaderProgressMonitor = {};\r
+\r
+;(function(CLPM, Jmol) {\r
+\r
+var fadeOutTimer = null;\r
+var fadeAlpha = 0;\r
+var monitorEl = null;\r
+var lastScrollTop = 0;\r
+var bindingParent = null;\r
+\r
+CLPM.DEFAULT_OPACITY = (Jmol && Jmol._j2sLoadMonitorOpacity ? Jmol._j2sLoadMonitorOpacity : 55);\r
+\r
+/* public */\r
+/*CLPM.initialize = function (parent) {\r
+       bindingParent = parent;\r
+       if (parent && !attached) {\r
+               attached = true;\r
+               //Clazz.addEvent (window, "unload", cleanup);\r
+               // window.attachEvent ("onunload", cleanup);\r
+       }\r
+};\r
+*/\r
+\r
+/* public */\r
+CLPM.hideMonitor = function () {\r
+       monitorEl.style.display = "none";\r
+}\r
+\r
+/* public */\r
+CLPM.showStatus = function (msg, fading) {\r
+       if (!monitorEl) {\r
+               createHandle ();\r
+               if (!attached) {\r
+                       attached = true;\r
+                       //Clazz.addEvent (window, "unload", cleanup);\r
+                       // window.attachEvent ("onunload", cleanup);\r
+               }\r
+       }\r
+       clearChildren(monitorEl);\r
+  if (msg == null) {\r
+    if (fading) {\r
+      fadeOut();\r
+    } else {\r
+       CLPM.hideMonitor();\r
+    }\r
+    return;\r
+  }\r
+  \r
+       monitorEl.appendChild(document.createTextNode ("" + msg));\r
+       if (monitorEl.style.display == "none") {\r
+               monitorEl.style.display = "";\r
+       }\r
+       setAlpha(CLPM.DEFAULT_OPACITY);\r
+       var offTop = getFixedOffsetTop();\r
+       if (lastScrollTop != offTop) {\r
+               lastScrollTop = offTop;\r
+               monitorEl.style.bottom = (lastScrollTop + 4) + "px";\r
+       }\r
+       if (fading) {\r
+               fadeOut();\r
+       }\r
+};\r
+\r
+/* private static */ \r
+var clearChildren = function (el) {\r
+       if (!el)\r
+               return;\r
+       for (var i = el.childNodes.length; --i >= 0;) {\r
+               var child = el.childNodes[i];\r
+               if (!child)\r
+                       continue;\r
+               if (child.childNodes && child.childNodes.length)\r
+                       clearChildren (child);\r
+               try {\r
+                       el.removeChild (child);\r
+               } catch (e) {};\r
+       }\r
+};\r
+/* private */ \r
+var setAlpha = function (alpha) {\r
+       if (fadeOutTimer && alpha == CLPM.DEFAULT_OPACITY) {\r
+               window.clearTimeout (fadeOutTimer);\r
+               fadeOutTimer = null;\r
+       }\r
+       fadeAlpha = alpha;\r
+       var ua = navigator.userAgent.toLowerCase();\r
+       monitorEl.style.filter = "Alpha(Opacity=" + alpha + ")";\r
+       monitorEl.style.opacity = alpha / 100.0;\r
+};\r
+/* private */ \r
+var hidingOnMouseOver = function () {\r
+  CLPM.hideMonitor();\r
+};\r
+\r
+/* private */ \r
+var attached = false;\r
+/* private */ \r
+var cleanup = function () {\r
+       //if (monitorEl) {\r
+       //      monitorEl.onmouseover = null;\r
+       //}\r
+       monitorEl = null;\r
+       bindingParent = null;\r
+       //Clazz.removeEvent (window, "unload", cleanup);\r
+       //window.detachEvent ("onunload", cleanup);\r
+       attached = false;\r
+};\r
+/* private */ \r
+var createHandle = function () {\r
+       var div = document.createElement ("DIV");\r
+       div.id = "_Loader-status";\r
+       div.style.cssText = "position:absolute;bottom:4px;left:4px;padding:2px 8px;"\r
+                       + "z-index:" + (window["j2s.lib"].monitorZIndex || 10000) + ";background-color:#8e0000;color:yellow;" \r
+                       + "font-family:Arial, sans-serif;font-size:10pt;white-space:nowrap;";\r
+       div.onmouseover = hidingOnMouseOver;\r
+       monitorEl = div;\r
+       if (bindingParent) {\r
+               bindingParent.appendChild(div);\r
+       } else {\r
+               document.body.appendChild(div);\r
+       }\r
+       return div;\r
+};\r
+/* private */ \r
+\r
+var fadeOut = function () {\r
+       if (monitorEl.style.display == "none") return;\r
+       if (fadeAlpha == CLPM.DEFAULT_OPACITY) {\r
+               fadeOutTimer = window.setTimeout(function () {\r
+                                       fadeOut();\r
+                               }, 750);\r
+               fadeAlpha -= 5;\r
+       } else if (fadeAlpha - 10 >= 0) {\r
+               setAlpha(fadeAlpha - 10);\r
+               fadeOutTimer = window.setTimeout(function () {\r
+                                       fadeOut();\r
+                               }, 40);\r
+       } else {\r
+               monitorEl.style.display = "none";\r
+       }\r
+};\r
+/* private */\r
+var getFixedOffsetTop = function (){\r
+       if (bindingParent) {\r
+               var b = bindingParent;\r
+               return b.scrollTop;\r
+       }\r
+       var dua = navigator.userAgent;\r
+       var b = document.body;\r
+       var p = b.parentNode;\r
+       var pcHeight = p.clientHeight;\r
+       var bcScrollTop = b.scrollTop + b.offsetTop;\r
+       var pcScrollTop = p.scrollTop + p.offsetTop;\r
+       return (dua.indexOf("Opera") < 0 && document.all ? (pcHeight == 0 ? bcScrollTop : pcScrollTop)\r
+               : dua.indexOf("Gecko") < 0 ? (pcHeight == p.offsetHeight \r
+                               && pcHeight == p.scrollHeight ? bcScrollTop : pcScrollTop) : bcScrollTop);\r
+};\r
+\r
+/* not used in Jmol\r
+if (window["ClazzLoader"]) {\r
+       _Loader.onScriptLoading = function(file) {\r
+               CLPM.showStatus("Loading " + file + "...");\r
+       };\r
+       _Loader.onScriptLoaded = function(file, isError) {\r
+               CLPM.showStatus(file + (isError ? " loading failed." : " loaded."), true);\r
+       };\r
+       _Loader.onGlobalLoaded = function(file) {\r
+               CLPM.showStatus("Application loaded.", true);\r
+       };\r
+       _Loader.onClassUnloaded = function(clazz) {\r
+               CLPM.showStatus("Class " + clazz + " is unloaded.", true);\r
+  };\r
+}\r
+*/\r
+\r
+})(Clazz._LoaderProgressMonitor, Jmol);\r
+\r
+//}\r
+/******************************************************************************\r
+ * Copyright (c) 2007 java2script.org and others.\r
+ * All rights reserved. This program and the accompanying materials\r
+ * are made available under the terms of the Eclipse Public License v1.0\r
+ * which accompanies this distribution, and is available at\r
+ * http://www.eclipse.org/legal/epl-v10.html\r
+ *\r
+ * Contributors:\r
+ *     Zhou Renjian - initial API and implementation\r
+ *****************************************************************************/\r
+/*******\r
+ * @author zhou renjian\r
+ * @create Nov 5, 2005\r
+ *******/\r
+\r
+;(function(Con, Sys) {\r
+/**\r
+ * Setting maxTotalLines to -1 will not limit the console result\r
+ */\r
+/* protected */\r
+Con.maxTotalLines =    10000;\r
+\r
+/* protected */\r
+Con.setMaxTotalLines = function (lines) {\r
+       Con.maxTotalLines = (lines > 0 ? lines : 999999);\r
+}\r
+\r
+/* protected */\r
+Con.maxLatency = 40;\r
+\r
+/* protected */\r
+Con.setMaxLatency = function (latency) {\r
+       Con.maxLatency = (latency > 0 ? latency : 40);\r
+};\r
+\r
+/* protected */\r
+Con.pinning  = false;\r
+\r
+/* protected */\r
+Con.enablePinning = function (enabled) {\r
+       Con.pinning = enabled;\r
+};\r
+\r
+/* private */\r
+Con.linesCount = 0;\r
+\r
+/* private */\r
+Con.metLineBreak = false;\r
+\r
+\r
+/*\r
+ * Give an extension point so external script can create and bind the console\r
+ * themself.\r
+ *\r
+ * TODO: provide more template of binding console window to browser.\r
+ */\r
+/* protected */\r
+Con.createConsoleWindow = function (parentEl) {\r
+       var console = document.createElement ("DIV");\r
+       console.style.cssText = "font-family:monospace, Arial, sans-serif;";\r
+       document.body.appendChild (console);\r
+       return console;\r
+};\r
+\r
+var c160 = String.fromCharCode(160); //nbsp;\r
+c160 += c160+c160+c160;\r
+\r
+/* protected */\r
+Con.consoleOutput = function (s, color) {\r
+       var o = window["j2s.lib"];\r
+       var console = (o && o.console);\r
+       if (console && typeof console == "string")\r
+               console = document.getElementById(console)\r
+       if (!console)\r
+               return false; // BH this just means we have turned off all console action\r
+       if (Con.linesCount > Con.maxTotalLines) {\r
+               for (var i = 0; i < Con.linesCount - Con.maxTotalLines; i++) {\r
+                       if (console && console.childNodes.length > 0) {\r
+                               console.removeChild (console.childNodes[0]);\r
+                       }\r
+               }\r
+               Con.linesCount = Con.maxTotalLines;\r
+       }\r
+\r
+       var willMeetLineBreak = false;\r
+       s = (typeof s == "undefined" ? "" : s == null ? "null" : "" + s);\r
+       s = s.replace (/\t/g, c160);\r
+       if (s.length > 0)\r
+               switch (s.charAt(s.length - 1)) {\r
+               case '\n':\r
+               case '\r':\r
+                       s = (s.length > 1 ? s.substring (0, s.length - (s.charAt (s.length - 2) == '\r' ? 2 : 1)) : "");\r
+                       willMeetLineBreak = true;\r
+                       break;\r
+               }\r
+\r
+       var lines = null;\r
+       s = s.replace (/\t/g, c160);\r
+       lines = s.split(/\r\n|\r|\n/g);\r
+       for (var i = 0, last = lines.length - 1; i <= last; i++) {\r
+               var lastLineEl = null;\r
+               if (Con.metLineBreak || Con.linesCount == 0 \r
+                               || console.childNodes.length < 1) {\r
+                       lastLineEl = document.createElement ("DIV");\r
+                       console.appendChild (lastLineEl);\r
+                       lastLineEl.style.whiteSpace = "nowrap";\r
+                       Con.linesCount++;\r
+               } else {\r
+                       try {\r
+                               lastLineEl = console.childNodes[console.childNodes.length - 1];\r
+                       } catch (e) {\r
+                               lastLineEl = document.createElement ("DIV");\r
+                               console.appendChild (lastLineEl);\r
+                               lastLineEl.style.whiteSpace = "nowrap";\r
+                               Con.linesCount++;\r
+                       }\r
+               }\r
+               var el = document.createElement ("SPAN");\r
+               lastLineEl.appendChild (el);\r
+               el.style.whiteSpace = "nowrap";\r
+               if (color)\r
+                       el.style.color = color;\r
+               var l = lines[i]\r
+               if (l.length == 0)\r
+                       l = c160;\r
+               el.appendChild(document.createTextNode(l));\r
+               if (!Con.pinning)\r
+                       console.scrollTop += 100;\r
+               Con.metLineBreak = (i != last || willMeetLineBreak);\r
+       }\r
+\r
+       var cssClazzName = console.parentNode.className;\r
+       if (!Con.pinning && cssClazzName\r
+                       && cssClazzName.indexOf ("composite") != -1) {\r
+               console.parentNode.scrollTop = console.parentNode.scrollHeight;\r
+       }\r
+       Con.lastOutputTime = new Date ().getTime ();\r
+};\r
+\r
+/*\r
+ * Clear all contents inside the console.\r
+ */\r
+/* public */\r
+Con.clear = function () {\r
+       try {\r
+               Con.metLineBreak = true;\r
+               var o = window["j2s.lib"];\r
+               var console = o && o.console;\r
+               if (!console || !(console = document.getElementById (console)))\r
+                       return;\r
+               var childNodes = console.childNodes;\r
+               for (var i = childNodes.length; --i >= 0;)\r
+                       console.removeChild (childNodes[i]);\r
+               Con.linesCount = 0;\r
+       } catch(e){};\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Clazz.alert = function (s) {\r
+       Con.consoleOutput (s + "\r\n");\r
+};\r
+\r
+\r
+/* public */\r
+Sys.out.print = function (s) { \r
+       Con.consoleOutput (s);\r
+};\r
+/* public */\r
+Sys.out.println = function(s) { \r
+       Con.consoleOutput(typeof s == "undefined" ? "\r\n" : s == null ?  s = "null\r\n" : s + "\r\n");\r
+};\r
+\r
+Sys.out.write = function (buf, offset, len) {\r
+       Sys.out.print(String.instantialize(buf).substring(offset, offset+len));\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Sys.err.__CLASS_NAME__ = "java.io.PrintStream";\r
+\r
+/* public */\r
+Sys.err.print = function (s) { \r
+       Con.consoleOutput (s, "red");\r
+};\r
+\r
+/* public */\r
+Sys.err.println = function (s) {\r
+       Con.consoleOutput (typeof s == "undefined" ? "\r\n" : s == null ?  s = "null\r\n" : s + "\r\n", "red");\r
+};\r
+\r
+Sys.err.write = function (buf, offset, len) {\r
+       Sys.err.print(String.instantialize(buf).substring(offset, offset+len));\r
+};\r
+\r
+})(Clazz.Console, System);\r
+\r
+})(Clazz, Jmol); // requires JSmolCore.js\r
+\r
+}; // called by external application \r