jpred/lib/Concise.pm

   1 package Concise;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use base qw(Root Sequence);
   8
   9 sub id {
  10         my ($self, $id) = @_;
  11
  12         if (defined $id) {
  13                 warn "'$1' detected in ID, changing to ';'\n" if $id =~ s/([:#])/;/
  14         }
  15
  16         $self->SUPER::id($id);
  17 }
  18
  19 sub seq {
  20         my ($self, @entries) = @_;
  21
  22         for (@entries) {
  23                 warn "'$1' detected in entry, changing to ';'\n" if s/([:#,])/;/
  24         }
  25
  26         $self->SUPER::seq(@entries);
  27 }
  28
  29 1;