jpred/lib/FASTA.pm

   1 package FASTA;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use base qw(Root Sequence);
   8
   9 sub id {
  10   my ( $self, $id ) = @_;
  11
  12   if ( defined $id ) {
  13
  14     #warn "'$1' detected in ID, changing to ';'\n" if $id =~ s/([:#])/;/
  15   }
  16
  17   $self->SUPER::id($id);
  18 }
  19
  20 sub seq {
  21   my ( $self, @entries ) = @_;
  22
  23   for (@entries) {
  24     warn "'$1' detected in entry, changing to ';'\n" if s/([:#,])/;/;
  25   }
  26
  27   $self->SUPER::seq(@entries);
  28 }
  29
  30 1;