jpred/lib/FASTA/File.pm

   1 package FASTA::File;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use base qw(Sequence::File);
   8 use FASTA;
   9
  10 sub old_read {
  11         my ($self, $fh) = @_;
  12
  13         my ($id, $seq, @seqs);
  14         while (<$fh>) {
  15                 chomp;
  16                 next if /^\s+$/;
  17
  18                 if (s/^>//) {
  19                         push @seqs, [ $id, $seq ] if $id and $seq;
  20                         $seq = undef;
  21                         $id = $_;
  22                 }
  23                 else { $seq .= $_ }
  24         }
  25         push @seqs, [ $id, $seq ] if $id and $seq;
  26
  27         for (@seqs) {
  28                 my $new = FASTA->new(id => ${$_}[0]);
  29                 $new->seq(split //, ${$_}[1]);
  30                 $self->add_entries($new);
  31         }
  32
  33         1;
  34 }
  35
  36 sub read {
  37         my ($self, $fh) = @_;
  38         local $/ = "\n>";
  39         while (<$fh>) {
  40                 s/^>//g;
  41                 s/>$//g;
  42
  43                 my ($id, @data) = split /\n/, $_;
  44                 my $entry = FASTA->new(id => $id);
  45                 $entry->seq( split //, join("", @data) );
  46
  47                 $self->add_entries($entry);
  48         }
  49
  50         1;
  51 }
  52
  53 sub write {
  54         my ($self, $fh) = @_;
  55
  56         local $| = 1;
  57
  58         for ($self->get_entries) {
  59                 my $id = $_->id;
  60                 my @seq = $_->seq;
  61
  62                 my $seq = join '', @seq;
  63                 $seq =~ s/\s*//g;
  64                 $seq =~ s/(.{72})/$1\n/g;
  65
  66                 print $fh ">$id\n$seq\n";
  67         }
  68 }
  69
  70 1;