jpred/lib/FASTA/File.pm

   1 package FASTA::File;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use base qw(Sequence::File);
   8 use FASTA;
   9
  10 sub old_read {
  11   my ( $self, $fh ) = @_;
  12
  13   my ( $id, $seq, @seqs );
  14   while (<$fh>) {
  15     chomp;
  16     next if /^\s+$/;
  17
  18     if (s/^>//) {
  19       push @seqs, [ $id, $seq ] if $id and $seq;
  20       $seq = undef;
  21       $id  = $_;
  22     } else {
  23       $seq .= $_;
  24     }
  25   }
  26   push @seqs, [ $id, $seq ] if $id and $seq;
  27
  28   for (@seqs) {
  29     my $new = FASTA->new( id => ${$_}[0] );
  30     $new->seq( split //, ${$_}[1] );
  31     $self->add_entries($new);
  32   }
  33
  34   1;
  35 }
  36
  37 sub read {
  38   my ( $self, $fh ) = @_;
  39   local $/ = "\n>";
  40   while (<$fh>) {
  41     s/^>//g;
  42     s/>$//g;
  43
  44     my ( $id, @data ) = split /\n/, $_;
  45     my $entry = FASTA->new( id => $id );
  46     $entry->seq( split //, join( "", @data ) );
  47
  48     $self->add_entries($entry);
  49   }
  50
  51   1;
  52 }
  53
  54 sub write {
  55   my ( $self, $fh ) = @_;
  56
  57   local $| = 1;
  58
  59   for ( $self->get_entries ) {
  60     my $id  = $_->id;
  61     my @seq = $_->seq;
  62
  63     my $seq = join '', @seq;
  64     $seq =~ s/\s*//g;
  65     $seq =~ s/(.{72})/$1\n/g;
  66
  67     print $fh ">$id\n$seq\n";
  68   }
  69 }
  70
  71 1;