jpred/lib/HMMER/Profile.pm

   1 package HMMER::Profile;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6 use base qw(Root Read Write);
   7
   8 sub read {
   9         my ($self, $fh) = @_;
  10
  11         local $/ = "\n";
  12
  13         my ($flag, @data) = 0;
  14         while (my $line = <$fh>) {
  15                 $flag = 1, next if $line =~ /^Cons/;
  16                 next unless $flag;
  17                 next if $line =~ /^! \d+/;
  18                 last if $line =~ /^ \*/;
  19
  20                 chomp $line;
  21                 $line =~ s/^\s*//g;
  22                 #$self->seq($self->seq, [ (split / +/, $line)[1..24] ]);
  23
  24                 $self->add_line((split /\s+/, $line)[1..24]);
  25         }
  26 }
  27
  28 sub write {
  29         my ($self, $fh) = @_;
  30         for ($self->get_line) {
  31                 print join(" ", @{ $_}) , "\n";
  32                 exit;
  33                 #print join(" ", map { @{ $_ }), "\n";
  34                 print $fh join(" ", map { sprintf "%.5f", $_ } @{ $_ }), "\n";
  35         }
  36 }
  37
  38 sub add_line {
  39         my $self = shift;
  40         @_ or croak "No data passed to HMMER::Profile::add_line";
  41         push @{ $self->{__PACKAGE__."lines"} }, pack "d*", @_;
  42 }
  43
  44 sub get_line {
  45         my ($self, $line) = @_;
  46
  47         if (defined $line) { return [ unpack "d*", ${$self->{__PACKAGE__."lines"}}[$line] ] }
  48         else {
  49                 return map { [ unpack "d*", $_ ] } @{$self->{__PACKAGE__."lines"}}
  50         }
  51 }
  52
  53 1;
  54 __END__
  55
  56 =head1 NAME
  57
  58 HMMER::Profile - Convert the output of hmmconvert to a profile for Jnet
  59
  60 =head1 EXAMPLE
  61
  62 system("hmmconvert -p hmmer.model hmmer.prf");
  63
  64 my $prof = HMMER::Profile->new;
  65 $prof->read_file("hmmer.prf");
  66
  67 my @data = $prof->jnet
  68 print join(" ", @{$_}), "\n" for @data;
  69
  70 =head1 DESCRIPTION
  71
  72 Takes the output of the HMMER program hmmconvert with the -p option and calculates the profile used by Jpred to calculate secondary structure.
  73
  74 =head1 METHODS
  75
  76 =head2 my $prof = HMMER::Profile->new;
  77
  78 Create a new object.
  79
  80 =head2 $prof->read_file("path_to_hmmer_model_converted_to_prf");
  81
  82 Read a HMMER model that's been converted to PRF format via the HMMER hmmconvert program with the -p option.
  83
  84 =head2 my @data = $prof->seq
  85
  86 Returns an array of array refs of the HMMER numbers.
  87
  88 =head2 my @data = $prof->jnet
  89
  90 Returns an array of array refs of frequences for use in Jnet.
  91
  92 =head1 SEE ALSO
  93
  94 Packages Root, Read and Sequence.
  95
  96 =head1 BUGS
  97
  98 The whole set of profile modules is a bit of an abortion now, as there is no standard interface and the methods do different things for different objects. Converting the different representations is a nightmare because of this.
  99
 100 =head1 AUTHOR
 101
 102 Jonathan Barber <jon@compbio.dundee.ac.uk>