jpred/lib/HMMER/Profile/Jnet.pm

   1 package HMMER::Profile::Jnet;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use base qw(HMMER::Profile Write);
   8
   9 sub read {
  10         my ($self, $fh) = @_;
  11
  12         local $/ = "\n";
  13
  14         while (my $line = <$fh>) {
  15                 chomp $line;
  16                 my @data = split / /, $line;
  17                 croak "HMMER::Profile::Jnet: Wrong number of data items in ".$self->path." at line $." if @data != 24;
  18                 $self->add_line(@data);
  19         }
  20 }
  21
  22 sub jnet {
  23         my ($self) = @_;
  24         my @data;
  25         for ($self->get_line) {
  26                 # This provides the same output as for hmm2profile
  27                 push @data, [
  28                         map {
  29                                 sprintf "%2.5f", 1 / (1 + (exp(-($_ / 100))));
  30                         } @{$_}
  31                 ];
  32         }
  33         @data;
  34 }
  35
  36 sub write {
  37         my ($self, $fh) = @_;
  38
  39         #die "Sorry, I don't think you mean to use this function. If you do, remove this line";
  40
  41         for ($self->jnet) {
  42                 print $fh join(" ", @{$_}), "\n";
  43         }
  44 }
  45
  46 *seq = *jnet;
  47
  48 1;
  49
  50 __END__
  51
  52 =head1 NAME
  53
  54 HMMER::Profile::Jnet - Read in the data output from HMMER::Profile::jnet()
  55
  56 =head1 DESCRIPTION
  57
  58 Reads the output of the HMMER::Profile::jnet() function.
  59
  60 =head1 METHODS
  61
  62 =head2 my $prof = HMMER::Profile::Jnet->new;
  63
  64 Create a new object.
  65
  66 =head2 $prof->read_file($path_to_file);
  67
  68 Read in the data.
  69
  70 =head2 my @data = $prof->seq
  71
  72 Returns an AoA of the numbers.
  73
  74 =head1 SEE ALSO
  75
  76 Packages Root, Read, Sequence and HMMER::Profile.
  77
  78 =head1 AUTHOR
  79
  80 Jonathan Barber <jon@compbio.dundee.ac.uk>