jpred/lib/Index/EMBOSS.pm

   1 package Index::EMBOSS;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use POSIX qw(WIFEXITED WEXITSTATUS WIFSIGNALED WTERMSIG);
   8 use IPC::Open3;
   9
  10 use base qw(Root);
  11
  12 use FASTA::File;
  13
  14 sub read_index { 1 }
  15
  16 sub get_sequence {
  17         my ($self, $key) = @_;
  18         croak "No value for get_sequence" unless $key;
  19
  20         my @cmd = split / /, "seqret -filter $key";
  21
  22         my $pid = open3(undef, \*RD, \*ERR, @cmd);
  23
  24         my $seqs = FASTA::File->new(read => \*RD);
  25         my @err = <ERR>;
  26
  27         pop @err;
  28         pop @err;
  29
  30         close RD; close ERR;
  31         waitpid $pid, 0;
  32
  33         # Everything was okay...
  34         if (WIFEXITED($?) and not WEXITSTATUS($?)) { return $seqs }
  35         # Non-zero exit
  36         elsif (WIFEXITED($?) and WEXITSTATUS($?)) {
  37                 carp "seqret had a problem: $?; $!";
  38                 carp @err;
  39         }
  40         # Was it stopped by an external program
  41         elsif (WIFSIGNALED($?)) {
  42                 carp "seqret halted by external signal ".WTERMSIG($?)
  43         }
  44         else {
  45                 carp "seqret suffered from a random pantwetting event"
  46         }
  47
  48         return undef;
  49 }
  50
  51 1;