jpred/lib/Jpred.pm

   1 package Jpred;
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 jpred.pm -- Jpred module to define all necessary global and environment variables
   6
   7 =cut
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 BEGIN {
  13   use Exporter;
  14   our @ISA = ('Exporter');
  15   our @EXPORT = qw(
  16     $WEBSERVER
  17     $WEBSERVERCGI
  18     $SERVERROOT
  19     $SRSSERVER
  20     $CHKLOG
  21     $RESULTS
  22     $PDBLNK
  23     $CSS
  24     $IMAGES
  25     $JNET
  26     $TIMEOUT
  27     $BATCHLIM
  28     $DUNDEE
  29     $JPREDUSER
  30     $JPREDEMAIL
  31     $MAILHOST
  32     $JPREDROOT
  33     $BINDIR
  34     $LIBDIR
  35     $JOBDIR
  36     $PREFIX
  37     $RESOURCE
  38     $BLASTDB
  39     $SWALL
  40     $SWALLFILT
  41     $PDB
  42     $PDB_DAT
  43     $JPREDHEAD
  44     $JPREDFOOT
  45     &xsystem
  46   );
  47   our @EXPORT_OK = @EXPORT;
  48 }
  49
  50 # library path for Mail::CheckUser dependency for jpred_form.
  51 # for some reason doesn't work if in PERL5LIB
  52 use lib '/sw/lib/perl5.10.1/lib/perl5';
  53
  54 # URIs
  55 our $WEBSERVER = 'http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred';
  56
  57 #our $WEBSERVER    = 'http://webserv1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:3209';
  58 our $WEBSERVERCGI = "$WEBSERVER/cgi-bin";
  59
  60 #$SERVERROOT = "$WEBSERVER/~www-jpred";
  61 our $SERVERROOT = "$WEBSERVER";
  62 our $SRSSERVER  = 'http://srs.ebi.ac.uk/srs6bin/cgi-bin';
  63 our $CHKLOG     = "$WEBSERVERCGI/chklog?";
  64 our $RESULTS    = "$SERVERROOT/results";
  65 our $PDBLNK     = "http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/";
  66 our $CSS        = "$SERVERROOT/jpred.css";
  67 our $IMAGES     = "$SERVERROOT/images";
  68 our $JNET       = "$SERVERROOT/about.html#jnet";
  69
  70 # This is the time (in seconds) the job is allowed to take
  71 our $TIMEOUT  = 60 * 60;    # now is 60mins
  72 our $BATCHLIM = 200;
  73
  74 our $DUNDEE = "http://www.dundee.ac.uk";
  75
  76 # e-mail details
  77 our $JPREDUSER  = 'www-jpred';
  78 our $JPREDEMAIL = 'www-jpred@compbio.dundee.ac.uk';
  79 our $MAILHOST   = 'smtp.lifesci.dundee.ac.uk';        # CC 19/05/06 - updated to current smtp host from weevil
  80
  81 # Server paths
  82 our $JPREDROOT = '/homes/www-jpred/live';
  83
  84 #our $JPREDROOT = '/homes/www-jpred/devel';
  85
  86 # Directory for binaries either on the cluster or on the www server
  87 our $BINDIR = "$JPREDROOT/bin";
  88
  89 # path to perl modules
  90 our $LIBDIR = "$JPREDROOT/lib";
  91
  92 # Cluster paths
  93 our $JOBDIR = "$JPREDROOT/public_html/results";    # directory for output
  94
  95 # Cluster names
  96 our $PREFIX   = "jp_";                             # Prefix for job submissions (qstat will only display 10 chars of job name)
  97 our $RESOURCE = "www_service2";                    # Resource for the submission to use
  98
  99 # Variables for external programs
 100 # psiblast
 101 $ENV{BLASTMAT} = "$JPREDROOT/data/blast";
 102 our $BLASTDB = $JPREDROOT . "/databases";
 103 $ENV{BLASTDB} = $BLASTDB;
 104 our $SWALL     = "$BLASTDB/uniref90";
 105 our $SWALLFILT = "$SWALL.filt";
 106 our $PDB       = '/db/blastdb/pdb';
 107 our $PDB_DAT   = '/db/blastdb/DB.dat';
 108
 109 # ncoils matrix location
 110 $ENV{COILSDIR} = "$JPREDROOT/data/coils";
 111
 112 # Error checking system call
 113 sub xsystem {
 114   my ($command) = @_;
 115   my $rc = 0xffff & system $command;
 116   if ( $rc == 0 ) {
 117     return;
 118   } elsif ( $rc == 0xff00 ) {
 119     print "'$command' failed!\n";
 120     die "Jpred failed\n";
 121   } elsif ( ( $rc & 0xff ) == 0 ) {
 122     $rc >>= 8;
 123     die "'$command' did something else! (exited $rc)\n";
 124   } else {
 125     if ( $rc & 0x80 ) {
 126       $rc &= ~0x80;
 127       print "'$command' dumped core!\n";
 128       die "Jpred failed\n";
 129     }
 130   }
 131 }
 132
 133 # The header and footer for any HTML produced dynamically
 134 our $JPREDHEAD = "      <div id=\"header\">
 135
 136          <a href=\"$DUNDEE\">
 137          <img class=\"uod\" src=\"$IMAGES/logo_white_small.gif\" height=\"100\" width=\"108\" title=\"University of Dundee\" alt=\"University of Dundee Logo\" />
 138          </a>
 139         <a href=\"$SERVERROOT/index.html\">
 140         <img src=\"$IMAGES/jpred3.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"520\" title=\"Jpred Logo\" alt=\"Jpred Logo\" />
 141         </a>
 142          <a href=\"http://www.compbio.dundee.ac.uk\">
 143             <img src=\"$IMAGES/group.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"70\" title=\"Group Link\" alt=\"The Barton Group\" />
 144          </a>
 145
 146          <div id=\"navigation\">
 147             <table border=\"0\" cellpadding=\"0\" width=\"100%\">
 148                <tr>
 149                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/index.html\">Home</a></td>
 150
 151                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/about.html\">About</a></td>
 152                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/new.html\">News</a></td>
 153                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/faq.html\">FAQ</a></td>
 154                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/help.html\">Help</a></td>
 155                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/contact.html\">Contact</a></td>
 156                </tr>
 157
 158              </table>
 159          </div> <!-- End #navigation -->
 160       </div> <!-- End #header -->
 161 ";
 162
 163 our $JPREDFOOT = '
 164       <script type="text/javascript">
 165          var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");
 166          document.write(unescape("%3Cscript src=\'" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js\' type=\'text/javascript\'%3E%3C/script%3E"));
 167       </script>
 168       <script type="text/javascript">
 169          try{
 170             var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");
 171             pageTracker._trackPageview();
 172          } catch(err) {}
 173       </script>
 174 ';
 175 1;
 176
 177 =head1 DESCRIPTION
 178
 179 This module defines all the global and envirnmental variables required by the Jpred server scripts and binaries.
 180
 181 =head1 AUTHOR
 182
 183 I'm not sure who originally wrote this module, but I guess all of the following contributed:
 184
 185 James Cuff
 186 Jon Barber
 187 Chris Cole <christian@cole.name> (current maintainer)
 188
 189 =cut