jpred/lib/Jpred.pm

   1 package Jpred;
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 jpred.pm -- Jpred module to define all necessary global and environment variables
   6
   7 =cut
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 BEGIN {
  13         use Exporter;
  14         our @ISA = ('Exporter');
  15         our @EXPORT = qw($WEBSERVER $WEBSERVERCGI $SERVERROOT $SRSSERVER $CHKLOG $RESULTS $PDBLNK $CSS $IMAGES $JNET $TIMEOUT $BATCHLIM $DUNDEE $JPREDUSER $JPREDEMAIL $MAILHOST $JPREDROOT $BINDIR $LIBDIR $JOBDIR $PREFIX $RESOURCE $BLASTDB $SWALL $SWALLFILT $PDB $PDB_DAT $JPREDHEAD $JPREDFOOT &xsystem);
  16         our @EXPORT_OK = @EXPORT;
  17 }
  18
  19 # URIs
  20 #our $WEBSERVER = 'http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred';
  21 our $WEBSERVER = 'http://webserv1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:3209';
  22 our $WEBSERVERCGI = "$WEBSERVER/cgi-bin";
  23 #$SERVERROOT = "$WEBSERVER/~www-jpred";
  24 our $SERVERROOT = "$WEBSERVER";
  25 our $SRSSERVER = 'http://srs.ebi.ac.uk/srs6bin/cgi-bin';
  26 our $CHKLOG = "$WEBSERVERCGI/chklog?";
  27 our $RESULTS = "$SERVERROOT/results";
  28 our $PDBLNK = "http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/";
  29 our $CSS = "$SERVERROOT/jpred.css";
  30 our $IMAGES = "$SERVERROOT/images";
  31 our $JNET = "$SERVERROOT/about.html#jnet";
  32
  33 # This is the time (in seconds) the job is allowed to take
  34 our $TIMEOUT = 60 * 60; # now is 60mins
  35 our $BATCHLIM = 200;
  36
  37 our $DUNDEE = "http://www.dundee.ac.uk";
  38
  39 # e-mail details
  40 our $JPREDUSER = 'www-jpred';
  41 our $JPREDEMAIL = 'www-jpred@compbio.dundee.ac.uk';
  42 our $MAILHOST = 'smtp.lifesci.dundee.ac.uk';   # CC 19/05/06 - updated to current smtp host from weevil
  43
  44
  45 # Server paths
  46 our $JPREDROOT = '/homes/www-jpred/devel';
  47
  48 # Directory for binaries either on the cluster or on the www server
  49 our $BINDIR = "$JPREDROOT/bin";
  50
  51 # path to perl modules
  52 our $LIBDIR = "$JPREDROOT/lib";
  53
  54 # Cluster paths
  55 our $JOBDIR = "$JPREDROOT/public_html/results"; # directory for output
  56
  57 # Cluster names
  58 our $PREFIX = "jp_";            # Prefix for job submissions (qstat will only display 10 chars of job name)
  59 our $RESOURCE = "www_service2"; # Resource for the submission to use
  60
  61 # Variables for external programs
  62 # psiblast
  63 $ENV{BLASTMAT} = "$JPREDROOT/data/blast";
  64 our $BLASTDB = $JPREDROOT."/databases";
  65 $ENV{BLASTDB} = $BLASTDB;
  66 our $SWALL = "$BLASTDB/uniref90";
  67 our $SWALLFILT = "$SWALL.filt";
  68 our $PDB = '/db/blastdb/pdb';
  69 our $PDB_DAT = '/db/blastdb/DB.dat';
  70
  71 # ncoils matrix location
  72 $ENV{COILSDIR} = "$JPREDROOT/data/coils";
  73
  74 # Error checking system call
  75 sub xsystem {
  76         my ($command) = @_;
  77         my $rc = 0xffff & system $command;
  78         if ($rc == 0) {
  79                 return;
  80         }
  81         elsif ($rc == 0xff00) {
  82                 print "'$command' failed!\n";
  83                 die "Jpred failed\n";
  84         }
  85         elsif (($rc & 0xff) == 0) {
  86                 $rc >>= 8;
  87                 die "'$command' did something else! (exited $rc)\n";
  88         }
  89         else {
  90                 if ($rc & 0x80) {
  91                         $rc &= ~0x80;
  92                         print "'$command' dumped core!\n";
  93                         die "Jpred failed\n";
  94                 }
  95         }
  96 }
  97
  98 # The header and footer for any HTML produced dynamically
  99 our $JPREDHEAD = "      <div id=\"header\">
 100
 101          <a href=\"$DUNDEE\">
 102          <img class=\"uod\" src=\"$IMAGES/logo_white_small.gif\" height=\"100\" width=\"108\" title=\"University of Dundee\" alt=\"University of Dundee Logo\" />
 103          </a>
 104         <a href=\"$SERVERROOT/index.html\">
 105         <img src=\"$IMAGES/jpred3.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"520\" title=\"Jpred Logo\" alt=\"Jpred Logo\" />
 106         </a>
 107          <a href=\"http://www.compbio.dundee.ac.uk\">
 108             <img src=\"$IMAGES/group.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"70\" title=\"Group Link\" alt=\"The Barton Group\" />
 109          </a>
 110
 111          <div id=\"navigation\">
 112             <table border=\"0\" cellpadding=\"0\" width=\"100%\">
 113                <tr>
 114                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/index.html\">Home</a></td>
 115
 116                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/about.html\">About</a></td>
 117                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/new.html\">News</a></td>
 118                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/faq.html\">FAQ</a></td>
 119                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/help.html\">Help</a></td>
 120                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/contact.html\">Contact</a></td>
 121                </tr>
 122
 123              </table>
 124          </div> <!-- End #navigation -->
 125       </div> <!-- End #header -->
 126 ";
 127
 128 our $JPREDFOOT = '
 129       <script type="text/javascript">
 130          var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");
 131          document.write(unescape("%3Cscript src=\'" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js\' type=\'text/javascript\'%3E%3C/script%3E"));
 132       </script>
 133       <script type="text/javascript">
 134          try{
 135             var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");
 136             pageTracker._trackPageview();
 137          } catch(err) {}
 138       </script>
 139 ';
 140 1;
 141
 142 =head1 DESCRIPTION
 143
 144 This module defines all the global and envirnmental variables required by the Jpred server scripts and binaries.
 145
 146 =head1 AUTHOR
 147
 148 I'm not sure who originally wrote this module, but I guess all of the following contributed:
 149
 150 James Cuff
 151 Jon Barber
 152 Chris Cole <christian@cole.name> (current maintainer)
 153
 154 =cut