jpred/lib/Jpred.pm

   1 package Jpred;
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 jpred.pm -- Jpred module to define all necessary global and environment variables
   6
   7 =cut
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 BEGIN {
  13   use Exporter;
  14   our @ISA = ('Exporter');
  15   our @EXPORT =
  16     qw($WEBSERVER $WEBSERVERCGI $SERVERROOT $SRSSERVER $CHKLOG $RESULTS $PDBLNK $CSS $IMAGES $JNET $TIMEOUT $BATCHLIM $DUNDEE $JPREDUSER $JPREDEMAIL $MAILHOST $JPREDROOT $BINDIR $LIBDIR $JOBDIR $PREFIX $RESOURCE $BLASTDB $SWALL $SWALLFILT $PDB $PDB_DAT $JPREDHEAD $JPREDFOOT &xsystem);
  17   our @EXPORT_OK = @EXPORT;
  18 }
  19
  20 # library path for Mail::CheckUser dependency for jpred_form.
  21 # for some reason doesn't work if in PERL5LIB
  22 use lib '/sw/lib/perl5.10.1/lib/perl5';
  23
  24 ############################################################################
  25 # URIs
  26 #production server
  27 #our $WEBSERVER = 'http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred';
  28 #development server
  29 our $WEBSERVER    = 'http://gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:3209';
  30 ############################################################################
  31
  32 our $WEBSERVERCGI = "$WEBSERVER/cgi-bin";
  33
  34 #$SERVERROOT = "$WEBSERVER/~www-jpred";
  35 our $SERVERROOT = "$WEBSERVER";
  36 #our $SRSSERVER  = 'http://srs.ebi.ac.uk/srs6bin/cgi-bin';
  37 our $SRSSERVER  = 'http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi';
  38 our $CHKLOG     = "$WEBSERVERCGI/chklog?";
  39 our $RESULTS    = "$SERVERROOT/results";
  40 our $PDBLNK     = "http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/";
  41 our $CSS        = "$SERVERROOT/jpred.css";
  42 our $IMAGES     = "$SERVERROOT/images";
  43 our $JNET       = "$SERVERROOT/about.html#jnet";
  44
  45 # This is the time (in seconds) the job is allowed to take
  46 our $TIMEOUT  = 60 * 60;    # now is 60mins
  47 our $BATCHLIM = 200;
  48
  49 our $DUNDEE = "http://www.dundee.ac.uk";
  50
  51 # e-mail details
  52 our $JPREDUSER  = 'www-jpred';
  53 our $JPREDEMAIL = 'www-jpred@compbio.dundee.ac.uk';
  54 our $MAILHOST   = 'smtp.lifesci.dundee.ac.uk';        # CC 19/05/06 - updated to current smtp host from weevil
  55
  56 # Server paths
  57 #our $JPREDROOT = '/homes/www-jpred/live';
  58 our $JPREDROOT = '/homes/www-jpred/devel';
  59
  60 # Directory for binaries either on the cluster or on the www server
  61 our $BINDIR = "$JPREDROOT/bin";
  62
  63 # path to perl modules
  64 our $LIBDIR = "$JPREDROOT/lib";
  65
  66 # Cluster paths
  67 our $JOBDIR = "$JPREDROOT/public_html/results";    # directory for output
  68
  69 # Cluster names
  70 our $PREFIX   = "jp_";                             # Prefix for job submissions (qstat will only display 10 chars of job name)
  71 our $RESOURCE = "www_service2";                    # Resource for the submission to use
  72
  73 # Variables for external programs
  74 # psiblast
  75 $ENV{BLASTMAT} = "$JPREDROOT/data/blast";
  76 our $BLASTDB = $JPREDROOT . "/databases";
  77 $ENV{BLASTDB} = $BLASTDB;
  78 our $SWALL     = "$BLASTDB/uniref90";
  79 our $SWALLFILT = "$SWALL.filt";
  80 our $PDB       = '/db/blastdb/pdb';
  81 our $PDB_DAT   = '/db/blastdb/DB.dat';
  82
  83 # ncoils matrix location
  84 $ENV{COILSDIR} = "$JPREDROOT/data/coils";
  85
  86 # Error checking system call
  87 sub xsystem {
  88   my ($command) = @_;
  89   my $rc = 0xffff & system $command;
  90   if ( $rc == 0 ) {
  91     return;
  92   } elsif ( $rc == 0xff00 ) {
  93     print "'$command' failed!\n";
  94     die "Jpred failed\n";
  95   } elsif ( ( $rc & 0xff ) == 0 ) {
  96     $rc >>= 8;
  97     die "'$command' did something else! (exited $rc)\n";
  98   } else {
  99     if ( $rc & 0x80 ) {
 100       $rc &= ~0x80;
 101       print "'$command' dumped core!\n";
 102       die "Jpred failed\n";
 103     }
 104   }
 105 }
 106
 107 # The header and footer for any HTML produced dynamically
 108 our $JPREDHEAD = "      <div id=\"header\">
 109
 110          <a href=\"$DUNDEE\">
 111          <img class=\"uod\" src=\"$IMAGES/logo_white_small.gif\" height=\"100\" width=\"108\" title=\"University of Dundee\" alt=\"University of Dundee Logo\" />
 112          </a>
 113         <a href=\"$SERVERROOT/index.html\">
 114         <img src=\"$IMAGES/jpred3.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"520\" title=\"Jpred Logo\" alt=\"Jpred Logo\" />
 115         </a>
 116          <a href=\"http://www.compbio.dundee.ac.uk\">
 117             <img src=\"$IMAGES/group.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"70\" title=\"Group Link\" alt=\"The Barton Group\" />
 118          </a>
 119
 120          <div id=\"navigation\">
 121             <table border=\"0\" cellpadding=\"0\" width=\"100%\">
 122                <tr>
 123                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/index.html\">Home</a></td>
 124
 125                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/about.html\">About</a></td>
 126                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/new.html\">News</a></td>
 127                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/faq.html\">FAQ</a></td>
 128                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/help.html\">Help</a></td>
 129                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/contact.html\">Contact</a></td>
 130                </tr>
 131
 132              </table>
 133          </div> <!-- End #navigation -->
 134       </div> <!-- End #header -->
 135 ";
 136
 137 our $JPREDFOOT = '
 138       <script type="text/javascript">
 139          var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");
 140          document.write(unescape("%3Cscript src=\'" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js\' type=\'text/javascript\'%3E%3C/script%3E"));
 141       </script>
 142       <script type="text/javascript">
 143          try{
 144             var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");
 145             pageTracker._trackPageview();
 146          } catch(err) {}
 147       </script>
 148 ';
 149 1;
 150
 151 =head1 DESCRIPTION
 152
 153 This module defines all the global and envirnmental variables required by the Jpred server scripts and binaries.
 154
 155 =head1 AUTHOR
 156
 157 I'm not sure who originally wrote this module, but I guess all of the following contributed:
 158
 159 James Cuff
 160 Jon Barber
 161 Chris Cole <christian@cole.name> (current maintainer)
 162
 163 =cut