jpred/lib/PSIBLAST/PSSM.pm

   1 package PSIBLAST::PSSM;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use base qw(Root Read Write);
   8
   9 sub read {
  10         my ($self, $fh) = @_;
  11
  12         local $/ = "\n";
  13
  14         my $xsum = 0;
  15         while (my $line = <$fh>) {
  16                 if ($line =~ /^\s{11}A  R  N  D  C  Q  E/) {
  17                         while ($line = <$fh>) {
  18                                 chomp;
  19                                 last if $line =~ /^\s*$/;
  20
  21                                 my @pssm = split /\s+/, $line;
  22
  23                                 my @data;
  24                                 for (@pssm[3..22]) {
  25                                         push @data, sprintf "%2.8f", 1 / (1 + (exp(- $_)));
  26                                         $xsum += $_;
  27                                 }
  28
  29                                 $self->add_pos(@data);
  30                         }
  31                 }
  32         }
  33
  34 }
  35
  36 sub add_pos {
  37         my ($self, @data) = @_;
  38
  39         @data == 20 or croak "add_pos passed wrong length array";
  40
  41         push @{ $self->{__PACKAGE__."pos"} }, \@data;
  42 }
  43
  44 {
  45         my $i = 0;
  46
  47         sub get_pos {
  48                 my ($self) = @_;
  49
  50                 if (defined (my $foo = $self->get_num_pos($i++))) {
  51                         return $foo
  52                 }
  53                 else {
  54                         $i = 0;
  55                         return undef;
  56                 }
  57         }
  58 }
  59
  60 sub seq {
  61         my ($self, $data) = @_;
  62
  63         if ($data) {
  64                 confess "Not passed ARRAY" unless ref $data eq 'ARRAY';
  65                 $self->add_pos(@{ $data });
  66         }
  67         else {
  68                 my $size = $self->get_pos_size - 1;
  69                 $size or return ();
  70                 return map { $self->get_num_pos($_) } 0..$size;
  71         }
  72 }
  73
  74 sub get_num_pos {
  75         my ($self, $pos) = @_;
  76         confess "No positions passed to get_num_pos" unless defined $pos;
  77         return undef unless exists $self->{__PACKAGE__."pos"};
  78         return ${ $self->{__PACKAGE__."pos"} }[$pos];
  79 }
  80
  81 sub get_pos_size {
  82         my ($self) = @_;
  83         exists $self->{__PACKAGE__."pos"} ?
  84                 return scalar @{ $self->{__PACKAGE__."pos"} } :
  85                 0;
  86 }
  87
  88 sub write {
  89         my ($self, $fh) = @_;
  90         while (my $pos = $self->get_pos) {
  91                 print $fh join(" ", @{$pos}), "\n"
  92         }
  93 }
  94
  95 1;
  96
  97 __END__
  98
  99 =head1 NAME
 100
 101 PSIBLAST::PSSM - Read PSIBLAST PSSM files
 102
 103 =head1 EXAMPLE
 104
 105  my $pssm = PSIBLAST::PSSM->new;
 106  $pssm->read_file("data.pssm");
 107
 108  for ($pssm->seq) {
 109         print join(" ", @{$_}), "\n";
 110  }
 111
 112 =head1 DESCRIPTION
 113
 114 Class for reading PSIBLAST PSSM files, subclasses the Root, Read and Write classes.
 115
 116 =head1 METHODS
 117
 118 =head2 my $pssm = PSIBLAST::PSSM->new()
 119
 120 Create the object. See Root module for details.
 121
 122 =head2 $pssm->read_file("path_to_file");
 123
 124 Read in a PSIBLAST PSSM file. See Read module for other methods.
 125
 126 =head2 $pssm->add_pos(@data);
 127
 128 Adds data from PSIBLAST PSSM.
 129
 130 =head2 $pssm->get_pos;
 131
 132 Itterator for returning the data for each position loaded in the object.
 133
 134 =head2 $pssm->write;
 135
 136 Prints the PSSM file for use by Jnet.
 137
 138 =head2 $pssm->seq([ @data ] );
 139   $data = $pssm->seq;
 140
 141 Gah! Deprecated.
 142
 143 =head1 SEE ALSO
 144
 145 Root, Read and Write modules.
 146
 147 =head1 AUTHOR
 148
 149 Jonathan Barber <jon@compbio.dundee.ac.uk>