jpred/lib/PSIBLAST/Run.pm

   1 package PSIBLAST::Run;
   2
   3 use Carp;
   4 use base qw(Root);
   5 use Run qw(check);
   6
   7 sub new {
   8         my ($class, %args) = @_;
   9         my $self = {};
  10         bless $self, ref($class) || $class;
  11
  12         # -a number of CPUs used (default 1)
  13         # -e e-value threshold for reporting sequences (default 10)
  14         # -h e-value threshold for including sequences in PSSM (default 0.002)
  15         # -m type of output
  16         # -b max number of alignments reported (default 250)
  17         # -v max number of sequences described (default 500)
  18         # -j max number of itterations (default 1)
  19         $self->args("-e0.05 -h0.01 -m6 -b10000 -v10000 -j3");
  20         #$self->args("-a2 -e0.05 -h0.01 -m6 -b20000 -v20000 -j15");
  21 #       $self->BLASTMAT("/software/jpred_bin/blast");
  22 #       $self->BLASTDB("/software/jpred_uniprot_all_filt");
  23
  24         # Automatically run any arguments passed to the constructor
  25         for (keys %args) {
  26                 croak "No such method '$_' of object $class" unless $self->can($_);
  27                 $self->$_($args{$_});
  28         }
  29
  30         return $self;
  31 }
  32
  33 sub path { defined $_[1] ? $_[0]->{path} = $_[1] : $_[0]->{path} }
  34 sub args { defined $_[1] ? $_[0]->{args} = $_[1] : $_[0]->{args} }
  35 sub database { defined $_[1] ? $_[0]->{data} = "-d $_[1]" : $_[0]->{data} }
  36 sub input { defined $_[1] ? $_[0]->{input} = "-i $_[1]" : $_[0]->{input} }
  37 sub output { defined $_[1] ? $_[0]->{output} = "-o $_[1]" : $_[0]->{output} }
  38 sub matrix { defined $_[1] ? $_[0]->{matrix} = "-Q $_[1]" : $_[0]->{matrix} }
  39 sub debug { defined $_[1] ? $_[0]->{debug} = $_[1] : $_[0]->{debug} }      # CC corrected - now works as expected. Before, debug was always on.
  40 sub BLASTMAT { $ENV{BLASTMAT} = $_[1] }
  41 sub BLASTDB { $ENV{BLASTDB} = $_[1] }
  42
  43 sub run {
  44         my ($self) = @_;
  45
  46         # Required arguments
  47         for (qw(path output database input)) {
  48                 croak "Method '$_' needs to be set" unless defined $self->$_;
  49         }
  50
  51         # Construct the command line
  52         my @cmd;
  53         for (qw(path args database input matrix output)) {
  54                 next unless $self->$_;
  55                 push @cmd, $self->$_;
  56         }
  57
  58         my $cmd = join " ", @cmd;
  59         # Execute PSIBLAST and check it ran okay
  60         if ($self->debug) {
  61                 #for (keys %ENV) { warn "$_=$ENV{$_}\n" }
  62                 warn "$cmd\n"
  63         }
  64
  65         system($cmd) == 0 or check("blastpgp", $?) and die "blastpgp was naughty";
  66
  67         # Clean up the error.log file it produces
  68         if (-z "error.log") { unlink "error.log" }
  69         else { warn "blastpgp error.log file was not empty\n" }
  70 }
  71
  72 1;