jpred/lib/PSIBLAST/Run.pm

   1 package PSIBLAST::Run;
   2
   3 use Carp;
   4 use base qw(Root);
   5 use Run qw(check);
   6
   7 sub new {
   8   my ( $class, %args ) = @_;
   9   my $self = {};
  10   bless $self, ref($class) || $class;
  11
  12   # -a number of CPUs used (default 1)
  13   # -e e-value threshold for reporting sequences (default 10)
  14   # -h e-value threshold for including sequences in PSSM (default 0.002)
  15   # -m type of output
  16   # -b max number of alignments reported (default 250)
  17   # -v max number of sequences described (default 500)
  18   # -j max number of itterations (default 1)
  19   $self->args("-e0.05 -h0.01 -m6 -b10000 -v10000 -j3");
  20
  21   #$self->args("-a2 -e0.05 -h0.01 -m6 -b20000 -v20000 -j15");
  22   #     $self->BLASTMAT("/software/jpred_bin/blast");
  23   #     $self->BLASTDB("/software/jpred_uniprot_all_filt");
  24
  25   # Automatically run any arguments passed to the constructor
  26   for ( keys %args ) {
  27     croak "No such method '$_' of object $class" unless $self->can($_);
  28     $self->$_( $args{$_} );
  29   }
  30
  31   return $self;
  32 }
  33
  34 sub path     { defined $_[1] ? $_[0]->{path}   = $_[1]      : $_[0]->{path} }
  35 sub args     { defined $_[1] ? $_[0]->{args}   = $_[1]      : $_[0]->{args} }
  36 sub database { defined $_[1] ? $_[0]->{data}   = "-d $_[1]" : $_[0]->{data} }
  37 sub input    { defined $_[1] ? $_[0]->{input}  = "-i $_[1]" : $_[0]->{input} }
  38 sub output   { defined $_[1] ? $_[0]->{output} = "-o $_[1]" : $_[0]->{output} }
  39 sub matrix   { defined $_[1] ? $_[0]->{matrix} = "-Q $_[1]" : $_[0]->{matrix} }
  40 sub debug    { defined $_[1] ? $_[0]->{debug}  = $_[1]      : $_[0]->{debug} }    # CC corrected - now works as expected. Before, debug was always on.
  41 sub BLASTMAT { $ENV{BLASTMAT} = $_[1] }
  42 sub BLASTDB  { $ENV{BLASTDB}  = $_[1] }
  43
  44 sub run {
  45   my ($self) = @_;
  46
  47   # Required arguments
  48   for (qw(path output database input)) {
  49     croak "Method '$_' needs to be set" unless defined $self->$_;
  50   }
  51
  52   # Construct the command line
  53   my @cmd;
  54   for (qw(path args database input matrix output)) {
  55     next unless $self->$_;
  56     push @cmd, $self->$_;
  57   }
  58
  59   my $cmd = join " ", @cmd;
  60
  61   # Execute PSIBLAST and check it ran okay
  62   if ( $self->debug ) {
  63
  64     #for (keys %ENV) { warn "$_=$ENV{$_}\n" }
  65     warn "$cmd\n";
  66   }
  67
  68   system($cmd) == 0 or check( "blastpgp", $? ) and die "blastpgp was naughty";
  69
  70   # Clean up the error.log file it produces
  71   if   ( -z "error.log" ) { unlink "error.log" }
  72   else                    { warn "blastpgp error.log file was not empty\n" }
  73 }
  74
  75 1;