jpred/lib/Pairwise.pm

   1 package Pairwise;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6 use IPC::Open3;
   7 use UNIVERSAL qw(isa);
   8 use File::Temp;
   9 use base qw(Root Common);
  10
  11 use Run qw(check);
  12
  13 sub path {
  14   my ( $self, $path ) = @_;
  15   if ( defined $path ) { $self->{path} = $path }
  16   else {
  17     if   ( defined $self->{path} ) { return $self->{path} }
  18     else                           { croak "Path not defined" }
  19   }
  20 }
  21
  22 sub run {
  23   my ( $self, $fasta ) = @_;
  24
  25   croak "Non FASTA::File object passed to Pairwise::run" unless isa $fasta, 'FASTA::File';
  26
  27   local ( $/, $? ) = ( undef, 0 );
  28
  29   my $f = File::Temp->new->filename;
  30   $fasta->write_file($f);
  31
  32   my $pid = open my $fh, $self->path . " $f |" or die $!;
  33
  34   my @output = join "\n", split "\n", <$fh>;
  35
  36   waitpid $pid, 0;
  37   check( $self->path, $? ) or die "Pairwise was naughty\n";
  38
  39   return @output;
  40 }
  41
  42 1;