jpred/lib/Pairwise.pm

   1 package Pairwise;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6 use IPC::Open3;
   7 use UNIVERSAL qw(isa);
   8 use File::Temp;
   9 use base qw(Root Common);
  10
  11 use Run qw(check);
  12
  13 sub path {
  14         my ($self, $path) = @_;
  15         if (defined $path) { $self->{path}= $path }
  16         else {
  17                 if (defined $self->{path}) { return $self->{path} }
  18                 else { croak "Path not defined" }
  19         }
  20 }
  21
  22 sub run {
  23         my ($self, $fasta) = @_;
  24
  25         croak "Non FASTA::File object passed to Pairwise::run" unless isa $fasta, 'FASTA::File';
  26
  27         local ($/, $?) = (undef, 0);
  28
  29         my $f = File::Temp->new->filename;
  30         $fasta->write_file($f);
  31
  32         my $pid = open my $fh, $self->path." $f |" or die $!;
  33
  34         my @output = join "\n", split "\n", <$fh>;
  35
  36         waitpid $pid, 0;
  37         check($self->path, $?) or die "Pairwise was naughty\n";
  38
  39         return @output;
  40 }
  41
  42 1;