jpred/lib/Profile/Generic.pm

   1 package Profile::Generic;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use base qw(Profile);
   6
   7 =head1 NAME
   8
   9 Profile::Generic
  10
  11 =head1 DESCRIPTION
  12
  13 Reads in a generic profile, where each position is represented by a line, and each piece of information is white space deliminated.
  14
  15 =head1 INHERITS
  16
  17 Profile.
  18
  19 =head1 METHODS
  20
  21 =head2 $obj->read($filehandle)
  22
  23 Reads in the profile contained in the file.
  24
  25 =cut
  26
  27 sub read {
  28         my ($self, $fh) = @_;
  29         while (<$fh>) {
  30                 chomp;
  31                 $self->add_pos(split);
  32         }
  33 }
  34
  35 =head2 $obj->write($filehandle);
  36
  37 Writes WS seperated profile, with each position on each line.
  38
  39 =cut
  40
  41 sub write {
  42         my ($self, $fh) = @_;
  43
  44         while ((my @data = $self->get_pos) > 1) {
  45                 print $fh " ".join("  ", @data), "\n";
  46         }
  47 }
  48
  49 1;