jpred/lib/Profile/Jnet.pm

   1 package Profile::Jnet;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6 use UNIVERSAL qw(isa);
   7
   8 use base qw(Profile);
   9 use Utils qw(profile);
  10
  11 sub read {
  12         my ($self, $fh) = @_;
  13
  14         local $/ = "\n";
  15
  16         while (<$fh>) {
  17                 chomp;
  18                 $self->add_pos(split);
  19         }
  20 }
  21
  22 =head2 $prof->jpred_profile(@Sequence)
  23
  24 Creates a PSIBLAST like profile for Jpred.
  25
  26 =cut
  27
  28 sub jpred_profile {
  29         my ($self, @seqs) = @_;
  30         croak "Not passed Sequence objects" if grep { not isa $_, 'Sequence' } @seqs;
  31         $self->_check_seq_length(@seqs) or croak "Not passed sequences of equal length\n";
  32
  33         my @profile = profile( map { join "", $_->seqs } @seqs );
  34
  35         for (@profile) {
  36                 $self->add_pos(@{$_});
  37         }
  38 }
  39
  40 =for private
  41
  42 =head2 _check_seq_length(@Sequence);
  43
  44 Checks that we've been passed PSISEQ objects and that they are the same length. Returns undef if their not and warns, otherwise returns the length of the sequence.
  45
  46 =cut
  47
  48 sub _check_seq_length {
  49         undef = shift @_;
  50
  51         my %lengths;
  52         for (@_) {
  53                 $lengths{ $_->seq } = 1;
  54         }
  55
  56         if (keys %lengths != 1) {
  57                 warn "The sequences are of different lengths";
  58                 return undef;
  59         }
  60
  61         return (keys %lengths)[0];
  62 }
  63
  64 1;