jpred/lib/Profile/Scanps/Result.pm

   1 package Profile::Scanps::Result;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6 use base qw(Profile::Generic);
   7 use Scanps::Result;
   8
   9 sub read {
  10         my ($self, $fh) = @_;
  11         my $scanps = Scanps::Result->new($fh);
  12
  13         # Get third, or last iteration, which ever is smaller
  14         my $it = $scanps->iterations - 1;
  15         $it > 2 and $it = 2; # iterations is zero based
  16         my @positions = $scanps->profile($it);
  17
  18         for (@positions) {
  19                 my (undef, @data) = split /\s+/, $_;
  20                 $self->add_pos(@data[0..22]);
  21         }
  22 }
  23
  24 sub write {
  25         my ($self, $fh) = @_;
  26
  27         while ((my @data = $self->get_pos) > 1) {
  28                 print $fh map({ sprintf "%2.5f ", 1 / (1 + exp(-$_/100)) } @data), "\n";
  29                 #print $fh join(" ", map  $_ / 100 } @data), "\n";
  30                 #print $fh join(" ", @data), "\n";
  31         }
  32 }
  33
  34 1;
  35
  36 __END__
  37
  38 =head1 NAME
  39
  40 Profile::Scanps::Result - Reads a profile from a Scanps result file
  41
  42 =head1 DESCRIPTION
  43
  44 Reads the profile that can be provided at the end of a Scanps file.
  45
  46 =head1 INHERITANCE
  47
  48 Inherits from Profile and Generic modules.
  49
  50 =head1 METHODS
  51
  52 =head2 read()
  53
  54 =cut