jpred/lib/SOV.pm

   1 package SOV;
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 SOV - Parses output for CASP SOV program.
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 Class for parsing SOV output.
  10
  11 =head1 METHODS
  12
  13 Inherits from Read and Root.
  14
  15 =cut
  16
  17 use base qw(Root Read);
  18
  19 =head2 q3()
  20
  21 Access q3 information. Returns SOV::Types object.
  22
  23 =head2 sov(), sov_0(), sov_50()
  24
  25 As for q3()
  26
  27 =cut
  28
  29 sub q3 {
  30         if ($_[1]) { $_[0]->{q3} = $_[1] }
  31         else { return defined $_[0]->{q3} ? $_[0]->{q3} : undef }
  32 }
  33
  34 sub sov_0 {
  35         if ($_[1]) { $_[0]->{sov_0} = $_[1] }
  36         else { return defined $_[0]->{sov_0} ? $_[0]->{sov_0} : undef }
  37 }
  38
  39 sub sov_50 {
  40         if ($_[1]) { $_[0]->{sov_50} = $_[1] }
  41         else { return defined $_[0]->{sov_50} ? $_[0]->{sov_50} : undef }
  42 }
  43
  44 sub sov {
  45         if ($_[1]) { $_[0]->{sov} = @_[1] }
  46         else { return defined $_[0]->{sov} ? $_[0]->{sov} : undef }
  47 }
  48
  49 sub read {
  50         my ($self, $fh) = @_;
  51
  52         local $/ = "\n";
  53         local $_;
  54
  55         # Get to the SOV and Q3 results
  56         while (<$fh>) { last if /^\s-{22}/ }
  57
  58         while (<$fh>) {
  59                 chomp;
  60                 if (s/^\s*Q3\s*:\s*//) {
  61                         $self->q3(to_struct(split / +/, $_))
  62                 }
  63                 elsif (s/^\s*SOV\s*:\s*//) {
  64                         $self->sov(to_struct(split / +/, $_))
  65                 }
  66                 elsif (s/^\s*SOV.*0].*:\s*//) {
  67                         $self->sov_0(to_struct(split / +/, $_))
  68                 }
  69                 elsif (s/^\s*SOV.*50%.*:\s*//) {
  70                         $self->sov_50(to_struct(split / +/, $_))
  71                 }
  72         }
  73
  74 }
  75
  76 sub to_struct ($$$$) {
  77         map { $_ > 1 ? $_ /= 100 : $_ } @_;
  78         my $new = SOV::Types->new(
  79                 all => +shift,
  80                 helix => +shift,
  81                 sheet => +shift,
  82                 coil => +shift
  83         );
  84 }
  85
  86 =head1 SOV::Types
  87
  88 Object that stores prediction information
  89
  90 =head1 METHODS
  91
  92 =head2 all(), helix(), sheet(), coil()
  93
  94 Accessors for accuracy of different types of secondary structure.
  95
  96 =cut
  97
  98 use Class::Struct SOV::Types => [
  99         all => '$',
 100         helix => '$',
 101         sheet => '$',
 102         coil => '$'
 103 ];
 104
 105 =head1 AUTHOR
 106
 107 Jonathan Barber <jon@compbio.dundee.ac.uk>
 108
 109 =cut
 110
 111 1;