websoft/bin/Makefile

   1 # Makefile for construction of databases that Jpred uses.
   2 # The pdb make target has been over documented so as to provide
   3 # explanation of the method behind the madness.
   4 # All variables are defined at the top of the file, and then targets
   5 # are defined afterwards
   6
   7 # Suffixes created by BLAST, ptm is also created, but I think this is
   8 # a temporary file, so is mentioned explicitly in the clean target
   9 BLAST_SUFFIX = .phr .pin .psd .psi .psq
  10
  11 # Specifically add path for some of the commands so we know we'll
  12 # find them
  13 PATH := $(PATH):/r0/www_servers/jpred/jpred_bin:/site/Linux/bin
  14
  15 # Define commands that occur multiple times
  16 # The wget command means that you have to give the output location first,
  17 # then the target
  18 WGET = wget -N -t 10
  19 FORMATDB = formatdb -o T -i
  20
  21 # Variables specific for PDB stuff
  22 # URL to get the file from
  23 PDB_URL = ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/msd/pdb_aa.fasta
  24 PDB_FILE = $(notdir $(PDB_URL))
  25 # Target path to download to
  26 PDB_FASTA = pdb.fasta
  27 # Files created by running formatdb on $(PDB_FASTA)
  28 PDB_BLAST = $(addprefix $(PDB_FASTA), $(BLAST_SUFFIX))
  29 # Directory to install the files into
  30 #PDB_TARGET = /r0/www_servers/jpred/databases/pdb
  31 PDB_TARGET = /tmp/jpred/databases/pdb
  32 # The target paths of the files that are to be installed
  33 PDB_INSTALL =  $(addprefix $(PDB_TARGET)/, $(PDB_BLAST) $(PDB_FASTA))
  34
  35 # Variables specific for SWALL
  36 SP_URL = ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/sp_tr_nrdb/fasta/sprot.fas.gz
  37 SP_FILE = $(notdir $(SP_URL))
  38 TREMBL_URL = ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/sp_tr_nrdb/fasta/trembl.fas.gz
  39 TREMBL_FILE = $(notdir $(TREMBL_URL))
  40
  41 SWALL_FASTA = swall.fasta
  42 SWALL_INDX = swall.jidx
  43 SWALL_FILT = swall.filt
  44 SWALL_BLAST = $(addprefix $(SWALL_FILT), $(BLAST_SUFFIX))
  45 SWALL_TARGET = /tmp/jpred/cluster/packages/jpred_swall
  46 SWALL_INSTALL = $(addprefix $(SWALL_TARGET)/, $(SWALL_BLAST) $(SWALL_FASTA) $(SWALL_FILT))
  47
  48 ######################################################################
  49 all: pdb.db swall.db
  50
  51 ######################################################################
  52 # PDB FASTA seqeunce database
  53
  54 # Heirarchy of dependancies (indentation denotes dependancy):
  55 # /installation/dir/pdb.fasta{,.{phr,pin,psd,psi,psq}}
  56 #       pdb_wget
  57 #       pdb.fasta{.{phr,pin,psd,psi,psq}}
  58 #               pdb.fasta
  59 #                       pdb_aa.fasta
  60 # pdb_wget creates pdb_aa.fasta
  61
  62 # This states that the PDB target depends upon the pdb_wget target and
  63 # the files in the variable $(PDB_INSTALL), this is the group of formatdb
  64 # index files and the original FASTA file used to create them in the
  65 # installation directory
  66 pdb.db: pdb_wget $(PDB_INSTALL)
  67
  68 # This installs the files into the final directory
  69 $(PDB_INSTALL): $(PDB_BLAST)
  70         mkdir -p $(PDB_TARGET)
  71         install -m 644 $(PDB_BLAST) $(PDB_FASTA) $(PDB_TARGET)
  72
  73 # Do BLAST DB formating. This depends on a group of files, so if any of
  74 # them are deleted/too old, then they're reformated.
  75 $(PDB_BLAST): $(PDB_FASTA)
  76         $(FORMATDB) $(PDB_FASTA)
  77
  78 $(PDB_FASTA): $(PDB_FILE)
  79         cp $(PDB_FILE) $(PDB_FASTA)
  80
  81 # This is a phony rule that's always executed, in this case it's to check
  82 # whether a newer version of the PDB FASTA file has been deposited on the
  83 # FTP site.
  84 # It has to be a phony rule as if it's made a normal rule that depends
  85 # on the file that's downloaded, its always considered upto date and the
  86 # wget command isn't run.
  87 .PHONY: pdb_wget
  88 pdb_wget:
  89         $(WGET) $(PDB_FASTA) $(PDB_URL)
  90
  91 ######################################################################
  92
  93 swall.db: sp_wget trembl_wget $(SWALL_INSTALL)
  94
  95 $(SWALL_INSTALL): $(SWALL_BLAST) $(SWALL_FASTA) $(SWALL_FILT) $(SWALL_INDX)
  96         mkdir -p $(SWALL_TARGET)
  97         install -m 644 $(SWALL_BLAST) $(SWALL_FASTA) $(SWALL_FILT) $(SWALL_INDX) $(SWALL_TARGET)
  98
  99 $(SWALL_BLAST): $(SWALL_FILT)
 100         $(FORMATDB) $(SWALL_FILT)
 101
 102 # This next line defines a temporary variable for the target
 103 $(SWALL_FILT): TMP_FILE := $(shell tempfile -d /r0/scratch)
 104 $(SWALL_FILT): $(SWALL_FASTA)
 105         seg $(SWALL_FASTA) 12 2.2 2.5 -x > $(TMP_FILE)
 106         ~/src/helixfilt/helixfilt $(TMP_FILE) > $(SWALL_FILT)
 107         rm $(TMP_FILE)
 108
 109 $(SWALL_INDX): $(SWALL_FASTA)
 110         db_dbmindex $(SWALL_FASTA) $(SWALL_INDX)
 111
 112 $(SWALL_FASTA): $(SP_FILE) $(TREMBL_FILE)
 113         gzip -c -d $(SP_FILE) > $(SWALL_FASTA)
 114         gzip -c -d $(TREMBL_FILE) >> $(SWALL_FASTA)
 115
 116 $(SP_FILE): sp_wget
 117
 118 $(TREMBL_FILE): trembl_wget
 119
 120 .PHONY: sp_wget
 121 sp_wget:
 122         $(WGET) $(SP_URL)
 123
 124 .PHONY: trembl_wget
 125 trembl_wget:
 126         $(WGET) $(TREMBL_URL)
 127
 128 ######################################################################
 129 clean:
 130         -rm $(SWALL_FASTA) $(SWALL_INDX) $(SWALL_FILT) $(SWALL_BLAST)
 131         -rm $(PDB_FASTA) $(PDB_BLAST)
 132         -rm formatdb.log *.ptm
 133
 134 distclean: clean
 135         -rm $(PDB_FILE) $(SP_FILE) $(TREMBL_FILE)
 136
 137 installclean:
 138         -rm -r $(SWALL_TARGET)
 139         -rm -r $(PDB_TARGET)