websoft/bin/concise2fasta

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 # Converts concise file into fasta format
   4 # also puts in the consensus.
   5
   6 use strict;
   7 use warnings;
   8
   9 my ( @seqs, %seq, @pred, %pred );
  10
  11 my @var = (
  12   "Lupas_21",  "Lupas_14", "Lupas_28", "JNETPSSM",  "MULTCOIL", "MULTCOIL_TRIMER", "MULTCOIL_DIMER", "JNETFREQ",
  13   "JNETALIGN", "JNETHMM",  "JNETSOL5", "JNETSOL25", "JNETSOL0", "jnetpred",        "jpred",          "JNETCONF"
  14 );
  15
  16 if   ( $ARGV[0] ) { open( IN, "<$ARGV[0]" ) or die($!); }
  17 else              { open( IN, "<-" )        or die($!); }
  18
  19 while (<IN>) {
  20   if (/^\n/) { next; }
  21   my ( $id, $seq ) = split( ":", $_ );
  22   if ( !$id || !$seq ) { next; }    # Check we have proper values
  23   $seq =~ s/,//g;
  24   chomp($seq);
  25   if ( $id =~ /;/ ) {               # Then it's an alignment
  26     @_ = split( ";", $id );
  27     push @seqs, $_[1];
  28     $seq{ $_[1] } = $seq;
  29   }
  30   foreach (@var) {
  31     if ( $_ eq $id ) {
  32       push @pred, $_;
  33       $pred{$_} = $seq;
  34     }
  35   }
  36 }
  37 close(IN);
  38
  39 foreach (@seqs) {
  40   $seq{$_} =~ s/(.{72})/$1\n/g;
  41   print ">$_\n$seq{$_}\n";
  42 }
  43
  44 foreach (@pred) {
  45   $pred{$_} =~ s/[TCYWXZSI\?_]/-/g;
  46   $pred{$_} =~ s/B/E/g;
  47   $pred{$_} =~ s/G/H/g;
  48
  49   if (/SOL/) { $pred{$_} =~ s/E/B/g; }
  50   $pred{$_} =~ s/(.{72})/$1\n/g;
  51   print ">$_\n$pred{$_}\n";
  52 }