websoft/bin/concise2jalview.pl

   1 #! /usr/bin/perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 use lib '/homes/www-jpred/new_site/jpred_new/lib';
   7
   8 use Concise;
   9 use Concise::File;
  10
  11 use Getopt::Long;
  12 use Pod::Usage;
  13
  14 my $file;
  15 my $out;
  16 my $help;
  17 my $man;
  18
  19 GetOptions (
  20    'file=s'    => \$file,
  21    'out=s'     => \$out,
  22    'help|?'    => \$help,
  23    'man'       => \$man
  24 ) or pod2usage(0);
  25
  26 pod2usage(-verbose => 1) if $help;
  27 pod2usage(-verbose => 2) if $man;
  28 pod2usage(-msg => 'Please give a concise file to read', -verbose => 0) if (!$file);
  29
  30 ## Hash of description lines for concise data types
  31 my %desc = (
  32    jnetpred    => 'Final secondary structure prediction by Jnet',
  33    JNETHMM     => 'Jnet prediction using HMMer profiles',
  34    JNETPSSM    => 'Jnet prediction using PSSM profiles',
  35    JNETJURY    => 'Positions where Jnet predictions do not agree',
  36    JNETSOL0    => 'Jnet solvent relative accessibility prediction at 0% cut-off',
  37    JNETSOL5    => 'Jnet solvent relative accessibility prediction at 5% cut-off',
  38    JNETSOL25   => 'Jnet solvent relative accessibility prediction at 25% cut-off',
  39    JNETCONF    => 'Confidence of Jnet prediction 0 (low) -> 9 (high)',
  40    Lupas_14     => 'Coiled-coil prediction windowed over 14 residues',
  41    Lupas_21     => 'Coiled-coil prediction windowed over 21 residues',
  42    Lupas_28     => 'Coiled-coil prediction windowed over 28 residues',
  43 );
  44
  45 ## If an output file is given open it and select it as the default output
  46 my $FH;
  47 if ($out) {
  48    open($FH, ">$out") or die "ERROR - unable to open '$out' for writing: $!\nDied";
  49    select($FH);
  50 }
  51
  52 ## Create a Concise::File object and fill it with the contents of the input file
  53 my $concise = Concise::File->new(read_file => $file);
  54
  55 ## Write the Jalview Annotation file to the default output
  56 print "JALVIEW_ANNOTATION\n";
  57 print "# Created by concise2jalview using '$file' as input\n\n";
  58 for my $data ($concise->get_entries) {
  59    my $string = join("|", $data->seq);
  60    if ($data->id =~ /prop|align/i) {       # skip sequence alignments and PROPH|C|E fields
  61       next;
  62    } elsif ($data->id =~ /jnetconf/i) {    # treat Jnet confidence as a bar graph as contains real numbers
  63       print "BAR_GRAPH\t", $data->id,"\t",$desc{$data->id}, "\t$string\n";
  64       next;
  65    } elsif ($data->id =~ /jnet(pred|hmm|align|pssm)/i) {  # strip out '-' chars from prediction fields as unrequired by Jalview
  66       $string =~ s/-//g;
  67    }
  68    # By default don't treat fields as graphable data and add a description line
  69    print "NO_GRAPH\t",$data->id,"\t",$desc{$data->id}, "\t$string\n";
  70 }
  71 exit;
  72
  73 =head1 NAME
  74
  75 concise2jalview -- covert Jnet concise files to Jalview annotation files
  76
  77 =head1 SYNOPSIS
  78
  79 concise2jalview --file <concise file> [--help] [--man] > <output file>
  80
  81 =head1 DESCRIPTION
  82
  83 This script takes a Jnet concise file as input and returns a Jalview annotation file as output. This allows Jalview to better view Jnet/Jpred prediction complete with descriptions of the various predictions.
  84
  85 All data types are included in the Jalview file except for 'JNETPROP*' and any sequence alignments.
  86
  87 =head1 OPTIONS
  88
  89 =over 4
  90
  91 =item B<--file> <concise file>
  92
  93 Give the path and name to the Jnet concise file.
  94
  95 =item B<--help>
  96
  97 Displays brief help.
  98
  99 =item B<--man>
 100
 101 Displays the full manpage.
 102
 103 =back
 104
 105 =head1 AUTHOR
 106
 107 Chris Cole <christian@cole.name>
 108
 109 =cut