websoft/bin/concise2simplehtml

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 ## CC 18/05/2006
   4 # New version of script as the original (OO perl) version
   5 # doesn't work on the new cluster. As it's a very simple
   6 # parser it can be easily re-implemented
   7
   8 use strict;
   9 use warnings;
  10 use Getopt::Long;
  11 use Jpred;
  12
  13 my $file;
  14 my $out;
  15
  16 GetOptions(
  17         'file=s' => \$file,
  18         'out=s'  => \$out
  19 ) or die $!;
  20
  21 $file or die "no --file argument\n";
  22
  23 open(my $FH, $file) or die "$!";
  24 my $query;
  25 my $pred;
  26 while(<$FH>) {
  27         # jnet concise file is a series of outputs preceeded by
  28         # a definition separated by ':' on each line e.g.:
  29         #
  30         # align1;QUERY:M,F,L,A,Q,E,I,I,R,K,K,R,D,G,H,A,L,S,D,E,E,I,...,
  31         # jpred:-,-,H,H,H,H,H,H,H,H,H,H,-,-,-,-,-,-,H,H,H,H,H,H,H,...,
  32         #
  33         # Find the two lines above and extract the query sequence and the
  34         # jpred prediction.
  35
  36         chomp;
  37
  38         my ($def, $data) = split /:/, $_ or next;
  39
  40         if ($def eq 'jnetpred') {
  41                 $pred = $data;
  42                 $pred =~ s/\,//g;   # remove all the ',' in prediction
  43         }
  44         if ($def =~ /align1/) {
  45                 next if $query;     # skip any hits to align1x sequences. We only want the 1st hit.
  46                 $query = $data;
  47                 $query =~ s/\,//g;  # remove all ',' in sequence
  48         }
  49 }
  50 close($FH);
  51 if (!$query || !$pred) {
  52         die "no jpred output or query sequence found in $file";
  53 }
  54
  55 # colour the predictions
  56 $pred =~ s{([H]+)}{<font color="#e90055">$1</font>}g;
  57 $pred =~ s{([E]+)}{<font color="#ffa800">$1</font>}g;
  58
  59 if ($out) {
  60         open(my $OUT, ">$out") or die "$out: $!";
  61         select($OUT);
  62 }
  63
  64
  65 my $html = '<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-1"?>
  66 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
  67 <html lang="en-GB" xml:lang="en-GB">
  68 <head><title>Simple JNet Output</title>
  69 <link rel="stylesheet" type="text/css" href="http:/webservices:12345/jpred.css" />
  70 </head><body><pre><code>';
  71 $html .= "$query\n";
  72 $html .= "$pred\n";
  73 $html .= "</code></pre>
  74 $JPREDFOOT</body></html>";
  75 print $html;
  76
  77 exit;
  78